STAP問題の全解に向けて、その20 - 1520838176

737：カール・ヤスパース：2018/03/27(火) 07:47:37: 本題、何でしたっけ?
738：デラ・ストリート：2018/03/27(火) 07:52:27: 若山さんは大田ESと偽って、FESにFLS、そしてntES-G1,G2にB6/129の小保方核抜きntESを
入れた臭いわね。
本題はやっとTSブログの問題に戻れるわ。
739：開高健：2018/03/27(火) 07:54:57: くたびれたなあ。ここまで来るのに苦労が多いよな。ジグソーパズルって作るのは
簡単なんだよね。そしてバラバラにするのも簡単だ。でもそれを復元するのには
莫大なエネルギーが必要だ。エントロピーの法則そのものだね。
740：アンリ・ベルクソン：2018/03/27(火) 07:55:48: 声明はエントロピー増大の法則に逆らう装置だ。
741：小野小町：2018/03/27(火) 07:58:04: ベルクソンさん、生命ね。
死んだ人を生き返らせることは今のところできないのね。死んだ細胞を生き返らせることすら
できない。
742：在原業平：2018/03/27(火) 08:00:51: そもそも生命を作ることは人間にはできていない。
743：小野小町：2018/03/27(火) 08:01:39: 神様にはできたのね。
744：孤舟：2018/03/27(火) 08:02:58: そう考えて置くと最もエネルギー消費量が少ない。
745：デラ・ストリーチ：2018/03/27(火) 08:29:19: まずは桂報告ね。
>>
２－３－１－２．ChIP-seq や RNA-seq などの公開データに関する疑義 STAP 論文において用いられた NGS データ(RNA-seq、ChIP-seq input データ（公共データベースに公開）)、および本研究に関連して取得され、論文には用いられなかった RNA-seq データを、本調査にてシークエンスした NGS データ(各種ゲノムおよび STAP ChIP-seq input サンプル由来 DNA)と関連づけて解析することにより、以下の問題点が明らかとなった。
746：ペリー・メイスン：2018/03/27(火) 08:32:17: ①公共データベースに公開分
②本研究に関連して取得され、論文には用いられなかった RNA-seq データを、本調査にてシークエンスした NGS データ分
の二系統だね。
747：デラ・ストリート：2018/03/27(火) 08:33:51: そうね。では検討お願いよ。
>>
１）実際に RNA-seq、ChIP-seq に用いた細胞株／マウス系統が論文記載、公共データベース登録内容と異なっている
（調査結果）論文や公共データベース登録内容に基づくと、これらの解析に用いている細胞株は CD45+細胞、TS 細胞を除いて 129xB6 ヘテロ系統マウス由来であり、挿入されている GFP のタイプは CAG もしくは Oct4 である。しかし、ChIP-seq input データの解析から、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、CD45+細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが強く示唆された。一方 RNA-seq (Truseq)データの解析からは、 FI 幹細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、CD45+と STAP 細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、STAP 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが示唆された。このように、RNA-seq における FI 幹細胞ではマウス系統が論文記載のものと異なっており、また ChIP-seq における FI 幹細胞、STAP 幹細胞では論文には記載のない Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞が用いられている。これらの実験は全て小保方氏によりサンプル調製がされているため、どのようにサンプルを用意したのかを中心に聞き取り調査を実施したが、その当時あった細胞を集めて用意したとの説明しか得られず、ノート等の記載も見当たらないため詳細は不明であった。
748：名無しさん：2018/03/27(火) 08:40:43: >>お気に入りはTSさんのところにFI-SCのデータに
TSのコンタミは無いとツイートされてるわね。

どこですか？
749：小野小町：2018/03/27(火) 08:43:22: CD45+細胞、TS 細胞を除くのね。CD45+細胞は以下ね。
>>
SSR1171553　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4::gfp C57BL/6　CD45 positive cells derived from spleen
SSR1171554　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4::gfp C57BL/6　CD45 positive cells derived from spleen
SSR1171555　CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4::gfp C57BL/6　CD45 positive cells derived from spleen
SSR1171556　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv　CD45 positive cells derived from spleen
SSR1171557　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　C57BL/6x129/Sv　CD45 positive cells derived from spleen
750：カール・ヤスパース：2018/03/27(火) 08:48:44: >>748 ：名無しさん：2018/03/27(火) 08:40:43

>お気に入りはTSさんのところにFI-SCのデータに
TSのコンタミは無いとツイートされてるわね。
>どこですか？

tt
‏

@ts_marker
9 時間
9 時間前

その他
Everyone in the world can witness.
SRR1171567 FI-SC H3K27me3
SRR1171568 FI-SC H3K4me3
SRR1171569 FI-SC input DNA
Incidentally, contamination of TS cells has not been reported in this data.
751：ヘーゲル：2018/03/27(火) 08:53:58: 今からやろうとしているところなんだけどな。その三つの上に二つあるのが以下で
これにGOFに対してTSが混じってると桂報告書に書かれているから、その分じゃないぞと
TSさんが言ってるんだ。

SSR1171565 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1
SSR1171566 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2
752：在原業平：2018/03/27(火) 08:58:40: 物事は何事も順番だよ。
小町ちゃんが挙げてくれたCD45 positive CellsはGOFが3つとC57BL/6x129/SvのF1が二つだね。
753：小野小町：2018/03/27(火) 09:04:28: そうだわ。今は桂報告の検討からまず除かれた分をやってるのよ。もう一つはTSね。
>>
SSR1171590　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1　Tropoblast stem cells
SSR1171591　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1　Tropoblast stem cells
SSR1171592　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　CD1 　Tropoblast stem cells
SSR1171593　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1　Tropoblast stem cells
SSR1171594　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input 5　CD1　Tropoblast stem cells
754：在原業平：2018/03/27(火) 09:14:03: CD1というのはICRマウスのことだね。若山さんはこのTSは作っていないから、これは
論文さ読後のリバイズ実験の必要のために、丹羽研のラボメンバーが作ってくれたんだね。
若山さんの作った「僕のマウス」TSがなぜか使えなかったんだよね。
木星リスト112番と-３０℃-フリーザーの９番にあるんだけどね。
755：名無しさん：2018/03/27(火) 09:20:37: >>750

ありがとうございます。
756：ドクター・ワトソン：2018/03/27(火) 09:30:00: 若山さんは129B6CAG－GFPホモ6でTSを2株樹立した。そして自分は１株を持っていると
リストに書いている。でも木星リストの112番はTS-5でコントロールと小保方さんは言っている。
それから－３０℃フリーザーの９番は細胞ではない分だからね。TS3-1,3-2,6-1,6-2,
8-1,8-2で青字筆者は小保方さんではない。ただコントロールと答えている。
757：金髪美女：2018/03/27(火) 09:34:16: 今日の婦人公論に小保方さんの記事があるみたいです。
758：シャーロック・ホームズ：2018/03/27(火) 09:43:33: 小保方さんは104番のTS P4に関して丹羽研由来と書いている。15番のTSに関しても
ちゃんと区別できてる。－３０℃の分は組織ブロックだからTSがあると言うのは胎盤や羊膜じゃないかな。
そしてTSと書かれたものはコントロールなんだろうね。
まず112番から若山さんのTSは少なくとも５株あったとわかる。彼は２株だと書いている。なぜかな。
そして、コントロールTSの胎盤も作っていることは確からしいね。ただ、それを使って手伝っていた人の
青文字でサンプル表示されているということだな。
759：小野小町：2018/03/27(火) 09:46:13: ああら、おめずらしい、金髪さん。在原業平君、早く買って来て。
760：ジム ◆L2homMtBOk：2018/03/27(火) 11:59:23: 人間って１年でこんなに変われるものなのだなぁ
１年前の瀬戸内寂聴さんとの対談時は、薬の副作用もあり痛々しさを感じるものであった
それが今回の婦人公論の撮影では、女優さんかと思えるほど綺麗にとれている
篠山マジックもあるんだろうが、顔の左右不均衡もなくなった
まずはめでたしめでたし
761：名無しさん：2018/03/27(火) 12:23:44: >>女優さんかと思えるほど綺麗にとれている

どこがｗ
762：ジム ◆L2homMtBOk：2018/03/27(火) 13:34:42: いちいち人の主観までケチつけるんじゃないよ
それに女優には、泉ピン子までいるのだから（笑）
763：ジム ◆L2homMtBOk：2018/03/27(火) 14:45:30: 私は以前から婦人公論での日記の連載は、小保方さんにとってのデトックスになると考えていたが、やはりそれは当たっていた
P74　ずっと「あの日」の中にい続けていた私を解放してくれたのは、『婦人公論』での日記の連載でした
764：ジム ◆L2homMtBOk：2018/03/27(火) 15:12:07: 証拠
2017年01月27日 14:04
私の予想
②これは私も経験があるが、小保方さんが日記を書くのは、当時の自分が措かれた感情を吐き出すためのデトックスの意味合いがある
これはきわめて精神衛生上必要な行為である
765：アキ：2018/03/27(火) 17:11:18: マスメディアにさらされ過激な攻撃者がボウフラのようにじゃんじゃんわきでてきたことは本当に同情したけど
そのマスメディアの力を使ってデトックスしたのね。

太極拳みたいね。上善水のごとしだわ。
766：ジム ◆L2homMtBOk：2018/03/27(火) 17:14:42: STAP細胞はいずれ、OBOKATA細胞と呼ばれるようになるであろう
767：ジム ◆L2homMtBOk：2018/03/27(火) 20:19:23: >>760
＞人間って１年でこんなに変われるものなのだなぁ
訂正
人間って２年弱でこんなに変われるものなのだなぁ
768：名無しさん：2018/03/27(火) 20:30:26: 自分の不正を棚に上げてデトックスね

本当に自分の事しか考えないやつだな

社会の為になにかしたいなら、ちゃんと説明してからにしな

GRASに出したFI幹細胞はどうやって調合したの？
769：toxic colitis：2018/03/27(火) 21:13:43: >>768

言葉を吐いている息が臭いな。内臓が腐っているのであろう。
770：ルートン：2018/03/28(水) 00:00:00: 根本さんの所でOoboeさんが興奮されてたんで、とりあえず公論のサイト見てきました。
一部抜粋の記事と写真あり。

別人みたいじゃあないですか‼
誰か芸能人に似てる気が…誰かな？
771：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2018/03/28(水) 03:57:07: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！
772： 地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう：2018/03/28(水) 07:24:53: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😔　😳　😡　😱　🐝　🌅　👰　🙅　🙍
🙋　👩　👮　👪　🙇　🙈　🙊　💪　👍　👎　👉　👊　👋　🙏　🙌　
👏　👣　👅　💋　🐦　👻　💩　🌠　🌟　💢　💚　💜　💙　💞　💓　
🎼　🎻　🎷　🎺　🎹　🎥　🎶　🎵　🎧　🔊　📞　🔫　🚓　🍸　☕　　
🍰　🍶　🍻　📡　🔑　🌈　📖　🆖　⏫　⏬　❎　🆘　💸　💐　🚨　
🏣　🏢　🚢　🏦　🏭　⛵　🚇　⚾　⚽　🏈　🎿　🏊　♨　🎲　🎌　　
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🍷　❗　💡　☀　✈　✂　✒　✌　♠　🌀　🔓　🔥　🔰　🎴　✨　💦　💨
773：在原業平：2018/03/28(水) 07:26:37: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
774：名無しさん：2018/03/28(水) 07:42:40: 小保方さん、顔が全く変わりましたね
775：小野小町：2018/03/28(水) 07:48:58: 小保方さんの美しい写真が評判ね。
お気に入りは学さんが八面六臂よ。
776：在原業平：2018/03/28(水) 08:00:08: <最近の私>でも気づいていたけど、当時の日記とは違って今は文章も美しく整ってるね。
文は人なりだからね。写経するように読むとその人の正に今書かれようとしている心と
それを正に今書かんとしている意識のあり姿が見える。これぞ文芸の楽しみだよな。
彼女は寂聴さんの先生だった人のところに居るんじゃないの。
777：小野小町：2018/03/28(水) 08:02:38: さあ、どうなのかしら。私寂聴さん全然読んでないわ。どこかで出家した時の
話は見かけたわね。
778：在原業平：2018/03/28(水) 08:04:54: 文学は古典だけでも数多いからね。昔小林秀雄が読まず嫌いも作っておかないと
手が回らないと言ったことがあったね。でも、これを機に読んでみようかな。
779：ジム ◆L2homMtBOk：2018/03/28(水) 08:07:47: 日記では小保方さんの弱弱しさ全開だったからな
そのギャップが激しい（笑）
780：孤舟：2018/03/28(水) 08:13:18: 阿久悠から電話だ。お気に入りの釣り場で今叩いている。
781：名無しさん：2018/03/28(水) 08:14:08: 小保方さんが婦人公論で来てた服。グッチらしいね

210000円だって

ttp://twitter.com/B_B_yk/status/978759627570536448/photo/1
782：イェイ：2018/03/28(水) 08:14:49: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😔　😳　😡　😱　🐝　🌅　👰　🙅　🙍
🙋　👩　👮　👪　🙇　🙈　🙊　💪　👍　👎　👉　👊　👋　🙏　🙌　
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783：名無しさん：2018/03/28(水) 08:15:42: 【朗報】小保方晴子さん、ついにSTAP細胞発見！顔の細胞が生まれ変わった模様

ttp://nanjwalker.blog.jp/archives/23098111.html
784：Oob：2018/03/28(水) 09:07:13: 768　名無しさん

7　　　　　　6 8

(な)　も　　(む)　なし　　(や)つ　あたり　かな
785：ジム ◆L2homMtBOk：2018/03/28(水) 09:14:46: 名無しのアンチは自分の醜さを露呈しているな
なんで写真撮影のモデルが低価格の服を着なければいかないのか（笑）
786：ルートン：2018/03/28(水) 16:17:54: ミヤネ屋で婦人公論4/10、チラッと紹介されてましたね。
写真も出てたから、変わりぶりにビックリされた方も多いでしょう。宣伝になったでしょうね。
787：名無しさん：2018/03/28(水) 21:01:23: 　ttps://news.biglobe.ne.jp/entertainment/0328/asj_180328_3045795897.html

グラビア登場！STAP細胞・小保方晴子氏の「美貌」に騒然！

STAP細胞に関する論文がネイチャー誌に掲載され、一躍「リケジョの星」として注目を集めるも一転、論文の不正や研究の実態に疑問が寄せられ、一気にバッシングの対象となった小保方晴子氏。久しく表舞台に姿を見せなかったが、このたびSTAP細胞の騒動について書き記した日記を出版。「婦人公論」にてグラビアデビューを果たした。ワイドショーでそのニュースが報じられると、視聴者は騒然。ネット上には数々のコメントが書き込まれている。

「そのルックスがSTAP細胞騒動の時と違いすぎるようで、『こんな顔だったっけ？』『めっちゃ美人になってる』という意見のほか『論文だけでなく顔面も偽装か』『STAP細胞の実用化に成功したのか』と皮肉る声まで。また、自死した研究者もいた騒動だっただけに、どのツラ下げて…という思いがいまだに根強いようですね。『相当自己顕示欲が強いね』といった批判のコメントも数多く見受けられます。今後の活動について『なんでもやってみたい』と答えているそうで、艶系DVDへの出演をすすめる声まであがっています」（芸能ライター）

　悲劇のヒロインのようなスタンスが鼻につく人もいまだ多いようだ。
788：ｍ：2018/03/28(水) 21:54:12: 787

少しは、まともな人間として人生歩めよ（笑
最低だ。
789：ｍ：2018/03/28(水) 22:05:30: ここの、名無しのほとんどは、どこぞの卑劣なブログのＡＩなのはよくわかる。
どこまで恥をさらせば気が済むのか理解に苦しむ。
精神病患者なのか人道と言う言葉すらわからないネットのクズなのかわかりませんが、いずれにせよ「ネットのゴミ」なのは間違いない。
790：名無しさん：2018/03/29(木) 06:23:05: >>787

ttp://hayabusa9.5ch.net/test/read.cgi/mnewsplus/1522238283/

ttp://hayabusa9.5ch.net/test/read.cgi/mnewsplus/1522247946/

相変わらず嫌われてるね
791： 地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう：2018/03/29(木) 08:10:42: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😔　😳　😡　😱　🐝　🌅　👰　🙅　🙍
🙋　👩　👮　👪　🙇　🙈　🙊　💪　👍　👎　👉　👊　👋　🙏　🙌　
👏　👣　👅　💋　🐦　👻　💩　🌠　🌟　💢　💚　💜　💙　💞　💓　
🎼　🎻　🎷　🎺　🎹　🎥　🎶　🎵　🎧　🔊　📞　🔫　🚓　🍸　☕　　
🍰　🍶　🍻　📡　🔑　🌈　📖　🆖　⏫　⏬　❎　🆘　💸　💐　🚨　
🏣　🏢　🚢　🏦　🏭　⛵　🚇　⚾　⚽　🏈　🎿　🏊　♨　🎲　🎌　　
🎳　🎢　🌁
🍷　❗　💡　☀　✈　✂　✒　✌　♠　🌀　🔓　🔥　🔰　🎴　✨　💦　💨
792：在原業平：2018/03/29(木) 08:11:34: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
793：小野小町：2018/03/29(木) 08:12:59: お気に入りは変化なしよ。
794：デラ・ストリート：2018/03/29(木) 08:20:31: >>
SSR1171553　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4::gfp C57BL/6　CD45 positive cells derived from spleen
SSR1171554　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4::gfp C57BL/6　CD45 positive cells derived from spleen
SSR1171555　CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4::gfp C57BL/6　CD45 positive cells derived from spleen
SSR1171556　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv　CD45 positive cells derived from spleen
SSR1171557　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　C57BL/6x129/Sv　CD45 positive cells derived from spleen
>>
SSR1171590　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1　Tropoblast stem cells
SSR1171591　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1　Tropoblast stem cells
SSR1171592　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　CD1 　Tropoblast stem cells
SSR1171593　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1　Tropoblast stem cells
SSR1171594　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input 5　CD1　Tropoblast stem cells
795：ペリー・メイスン：2018/03/29(木) 08:25:58: <論文や公共データベース登録内容に基づくと、これらの解析に用いている
細胞株は CD45+細胞、TS 細胞を除いて >とある中の公共データベースの分の
除かれたもののリストだね。上がCD45陽性、下がTSで、このTS細胞は
当時若山さんの作ったコントロールではなくて、論文リヴァイズ時に丹羽研で
作った分だね。
796：ドクター・ワトソン：2018/03/29(木) 09:31:17: CD45+細胞というのは脾臓の中の白血球だけを選別したものという意味だね。
GPFマウスとF1マウスの二種類の脾臓から採取された白血球で酸処理前だね。
797：シャーロック・ホームズ：2018/03/29(木) 09:36:49: 小保方さんはF1のストレーンに関してC57BL/6x129/Svと記載している。この細胞は
マウスを渡されて小保方さんが脾臓を取り出しフローサイトメトリーでCD45+Cellsだけを
分離したものだから、これを調べれば渡されたマウスが何であったかは分かるはずなんだね。
でも桂報告はこれを調べなかったね。
798：小野小町：2018/03/29(木) 09:38:17: C57BL/6x129/Svじゃないの?
799：ドクター・ワトソン：2018/03/29(木) 09:44:14: 調べないと分からないでしょ。現に他の細胞株からはC57BL/6x129/Svではないものが
出ている。
800：デラ・ストリート：2018/03/29(木) 09:50:13: 除かれたものは後二つあったわ。
>>
SSR1171572 CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv CD45 positiv cells
SSR1171573 CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv CD45 positiv cells
801：小野小町：2018/03/29(木) 09:52:21: これも調べられていないのね。この段階のものは若山さんがマウスを渡し、小保方さんが
選別したもので他の人の手は入って居ないわね。
802：在原業平：2018/03/29(木) 09:57:09: そうだ。第三者の可能性は無い。小保方さんは若山さんからマウスストレーンを
聞く以外にそれを知る方法は無い。この場合GOFは漆黒のマウスなのでF1と
間違えることはない。でもF1の親の雌雄の逆転に関して小保方さんは知ることはできない。
従って彼女は聞かされたとおりに書くよりないんだ。仮に彼女がこの段階で
何かしようとしまいと。
803：小野小町：2018/03/29(木) 10:09:51: 彼女はこの段階でESを混入させることはあり得ないのね。調べるとOct4が
発現していることになってしまうわね。まだ酸浴もさせていない。
仮にこれを調べてストレーンがC57BL/6x129/Svだったとしたら、それは
若山さんが渡した通りだということになるわね。それは若山さんの嘘ね。
彼は「僕のマウス」で実験をしていたことになってるわね。そして逆に
それがC57BL/6x129/Svでなかったら、若山さんは小保方さんにストレーンに
関して嘘を教えていたことになる。そして、その嘘の理由が大問題になるわね。
今のところ小保方さんはマウスの雌雄表記に関して無知であっという話に
なっているけど、彼女は論文で雌雄を書き分けているのよね。つまり、彼女の
無知だと言っている方が嘘を言い訳しているのよね。
804：ペリー・メイスン：2018/03/29(木) 10:11:54: では取り除かれていないものの方を検討してくれよ。まずは酸浴細胞が
いいんじゃないの?
805：デラ・ストリート：2018/03/29(木) 10:17:01: >>
SSR1171578 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　Oct3/4 expressing cells
SSR1171579 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　Oct3/4 expressing cells
SSR1171580 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv　Oct3/4 expressing cells
SSR1171581 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　C57BL/6x129/Sv　Oct3/4 expressing cells
SSR1171582 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　C57BL/6x129/Sv　Oct3/4 expressing cells
SSR1171583 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　C57BL/6x129/Sv　Oct3/4 expressing cells
SSR1171584 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　C57BL/6x129/Sv　Oct3/4 expressing cells
806：小野小町：2018/03/29(木) 10:19:19: これがSTAP細胞なのね。GOFの分は無いのね。
807：在原業平：2018/03/29(木) 10:22:32: そうだ。GOFマウスのSTAP細胞は提出されていない。Oct4-GFPの無いF1なので
<Oct3/4 expressing cells >と小保方さんが書いているのは無論免染もしくは
PCRの結果だ。
808：小野小町：2018/03/29(木) 10:26:04: ノフラー氏とか関さんは自家蛍光ばかり言い立てて捏造だとチンドン屋を決め込んだんだけど
彼女はハーバード時代はGFPマウスなんか使ってないのよね。免染とPCRね。自家蛍光なんて
関係ないわね。
809：ドクター・ワトソン：2018/03/29(木) 10:29:35: 小保方さんはマウス背景は全てC57BL/6x129/Svと書いているよね。CD45+Cellsを
酸浴させたものだ。
この段階だと第三者が入り込み得るんだね。１週間インキュベーター内で放置される。
810：シャーロック・ホームズ：2018/03/29(木) 10:42:30: さて、いよいよだね。
<ChIP-seq inputデータの解析から・・・STAP 細胞・・・は CAG-GFPが
挿入された129xB6へテロ系統由来であることが強く示唆された。一方
RNA-seq (Truseq)データの解析からは・・・STAP 細胞はCAG-GFPが挿入された
129xB6へテロ系統・・・であることが示唆された。
811：小野小町：2018/03/29(木) 10:49:40: なるほど。
>>
SSR1171578 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv(129xB6:CAG-GFP)
SSR1171579 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv(129xB6:CAG-GFP)
SSR1171580 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv(129xB6:CAG-GFP)
SSR1171581 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　C57BL/6x129/Sv(129xB6:CAG-GFP)
SSR1171582 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　C57BL/6x129/Sv(129xB6:CAG-GFP)
SSR1171583 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　C57BL/6x129/Sv(129xB6:CAG-GFP)
SSR1171584 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　C57BL/6x129/Sv(129xB6:CAG-GFP)
812：在原業平：2018/03/29(木) 10:54:31: 129xB6へテロ系統というのは別系統同士の掛け合わせという意味でGFPに関しても
ヘテロであるかどうかには触れていないんだね。つまり「僕のマウス」はヘテロ系統だけど
GFPに関してのみはホモなんだよね。ここはGFPがヘテロであった場合も考えておかないと
いけないね。というのも最初のキメラ成功時のマウスはGFPヘテロだつたからね。
しかも、CAG-GFPがヘテロというケースにはAcr-CAG-GFPのケースもあるので
紛らわしいんだね。
813：小野小町：2018/03/29(木) 10:57:48: いずれにせよC57BL/6x129/Svであるべきはずのものが(129xB6:CAG-GFP)であったと
結論されているんだから大事件だわよね。
ただ、その前に先ほど除かれたもののところでCD45陽性細胞をそこに含めたんだけど
文章に混乱があるわね。あとの記載と矛盾するところがある。
814：デラ・ストリート：2018/03/29(木) 10:59:05: もう一度、そこのところの全文貼り付けるわね。
>>
１）実際に RNA-seq、ChIP-seq に用いた細胞株／マウス系統が論文記載、公共データベース登録内容と異なっている
（調査結果）論文や公共データベース登録内容に基づくと、これらの解析に用いている細胞株は CD45+細胞、TS 細胞を除いて 129xB6 ヘテロ系統マウス由来であり、挿入されている GFP のタイプは CAG もしくは Oct4 である。しかし、ChIP-seq input データの解析から、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、CD45+細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが強く示唆された。一方 RNA-seq (Truseq)データの解析からは、 FI 幹細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、CD45+と STAP 細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、STAP 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが示唆された。このように、RNA-seq における FI 幹細胞ではマウス系統が論文記載のものと異なっており、また ChIP-seq における FI 幹細胞、STAP 幹細胞では論文には記載のない Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞が用いられている。これらの実験は全て小保方氏によりサンプル調製がされているため、どのようにサンプルを用意したのかを中心に聞き取り調査を実施したが、その当時あった細胞を集めて用意したとの説明しか得られず、ノート等の記載も見当たらないため詳細は不明であった。
815：小野小町：2018/03/29(木) 11:07:27: <論文や公共データベース登録内容に基づくと、これらの解析に用いている
細胞株は CD45+細胞、TS 細胞を除いて 129xB6 ヘテロ系統マウス由来であり、
挿入されている GFP のタイプは CAG もしくは Oct4 である。>の<CD45+細胞、
TS 細胞を除いて>の文節がどこまでかかっているのかだわ。常識的には<CD45+細胞、
TS 細胞を除いて 129xB6 ヘテロ系統マウス由来であり>と掛かり終わっていて、
だってGFPはは除く人用もなく合ってるわね。ところがそれだと、<CD45+細胞>の
中にGOFだけでなく<129xB6 ヘテロ系統マウス>もあるし、かつそれ以外に以下もある。
>>
SSR1171558　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1 129/Sv
SSR1171559　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2 129/Sv
816：小野小町：2018/03/29(木) 11:08:44: だってGFPはは除く人用もなくなく→だってGFPは除く必要もなく
817：在原業平：2018/03/29(木) 11:12:05: 桂報告書の文章の書き手は無教養で知的訓練のなされていない脳味噌の持ち主か、
嘘をつくことをその任務としている脳味噌であるかのどちらかなんだ。
818：小野小町：2018/03/29(木) 11:13:28: なるほど。でもそのことは今は置いておいて、CD45+のマウス背景は調べられているのかしら?
どっちなの?
819：在原業平：2018/03/29(木) 11:18:41: <しかし、ChIP-seq input データの解析から、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が
挿入された 129xB6 へテロ系統、CD45+細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、
STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来である
ことが強く示唆された。>とあるんだから、ここにはCD45+細胞のうちのGOF分だけが
入っている。それはかかり具合が全文に及んでいるということとは矛盾する。でも、
CD45+細胞はF1の分もあるよね。
820：小野小町：2018/03/29(木) 11:22:49: 私たちの持っているデータとみているものが違うのかしらね。CD45+細胞の
F1分に気づいていないのだったらCD45+細胞に関しては調べられているとしていいのかしらね。
でも大事なのはCD45+細胞のF1の分だわよね。それについて技地曖昧にしているのだったら
<嘘をつくことをその任務としている脳味噌>だということになるのね。
821：在原業平：2018/03/29(木) 11:25:02: データなのでちゃんと整理できることに過ぎないよね。そんなことに関してすら
こんなに曖昧なレトリックを使っているところに既に怪しさがある。さもなければ
とんでもないアホがやってる。
822：孤舟：2018/03/29(木) 11:26:48: 日本の理研ってその程度のレベルなの?
アホが採用される研究所なんだな。ふふ。

阿久悠から電話だぜ。
823：イェイ：2018/03/29(木) 11:28:05: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😔　😳　😡　😱　🐝　🌅　👰　🙅　🙍
🙋　👩　👮　👪　🙇　🙈　🙊　💪　👍　👎　👉　👊　👋　🙏　🙌　
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🎼　🎻　🎷　🎺　🎹　🎥　🎶　🎵　🎧　🔊　📞　🔫　🚓　🍸　☕　　
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🍷　❗　💡　☀　✈　✂　✒　✌　♠　🌀　🔓　🔥　🔰　🎴　✨　💦　💨
824：ルートン：2018/03/29(木) 13:07:06: …はなから、「無い」と決めつけて世界を見るのと、存在を意識しながら世界を見るのとでは、真実に出合える確率もスピードも変わる…

「あるとしたら、どういう事だったのか」と考察する人

「ないに決まっている」と思考停止している人

この二者は永遠に交わる事はないだろう。
825：ジム ◆L2homMtBOk：2018/03/29(木) 14:14:36: 中央公論なかなかやるねぇ（笑）
書店でこの写真見たら、思わず手にとるよ
誰だこの女性アイドルは？

ttp://blog.livedoor.jp/obokata2657/archives/23044897.html
826：元祖無責任男：2018/03/29(木) 15:49:19: 桜の開花に合わせて、おれの酒をうまくしてくれるじゃないか。
桜🌸の時期に合わせたのは出版社の計画かい？天の計らいかい？
まあ、どっちでもいいや。桜の木の下で高まる気持ちをおさえつつ
ページを開く‥
827：谷啓：2018/03/29(木) 17:24:05: で、どうだった？
828：元祖無責任男：2018/03/29(木) 17:27:50: せかすんじゃないよ、そういうオマエはいまどこを読んでんだ？こっちは
「二人で三人前の焼肉を３０分ほどでたいらげ、昔のように笑った。‥」
えーと、いま25ページだ。
829：アキ：2018/03/29(木) 17:29:55: まったくアンタは、食べものと酒の話が好きねえ。
830：元祖無責任男：2018/03/29(木) 17:34:17: うるさいなぁ。これからだいじなとこなんだ。邪魔しないでよ、イライザ。
831：アキ：2018/03/29(木) 17:44:13: まぁー
アタシがむかし、キャンディキャンディを購読してたの知ってイヤミ言うのね。
失礼しちゃうわ。
832：谷啓：2018/03/29(木) 17:46:49: アキねえはねえ、
聖子ちゃんブームのときもさんざんキライとか言ってて、ヘアスタイルは聖子ちゃんカットしてたからね、くふふふ。
833：Oob：2018/03/30(金) 08:34:35: 824 ル－トンさん

とても、分かりやすい対比ですね！
学さんちに来ている、専門家
知識保有自慢ばかり、「どや！」と
岩盤に固まった、前頭葉から何かが
創造されるかしら？
834：ジム ◆L2homMtBOk：2018/03/30(金) 15:48:41: しかし婦人公論最新号を読んでも、小保方さんが心身とも回復された様子が見て取れる
小保方さんをずっと見守ってきた私としてはとても嬉しい
「小保方晴子日記」を読む限り、どこまでつらい日々が続くのかと心配になるが、ついにその状態から立ち直ってくれたとは感慨深い
瀬戸内寂聴さんが「あなたは必ず甦る」と予言したとおり、２年後に復活したのだ
835：ジム ◆L2homMtBOk：2018/03/30(金) 17:54:20: ただ中央公論から写真集だけは、出さんでほしい（笑）
836：Oob：2018/03/30(金) 23:50:31: ジムさん

ほんと、賛成です。また週刊誌にバッシングされるもんね！