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STAP問題の全解に向けて、その2
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広いなあ。うしししし。
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<129/B6 ヘテロ領域の境界>の意味は不明だわね。第６染色体のホモ領域の
形を言ってるのか、それとも別の染色体部分も含めて言ってるのか。
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以下の６番のホモ領域の幅を見たらどう。
3.STAP-stem AC129-1
4.129B6F1 GFP ES-6
5.STAP CHIP-seq control
4だけが明らかに細いよね。しかもこのような違いが4の1-6に更にあったと言う意味かな。
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4は13と14の掛け合わせだわ。掛け合わせた形は全部一致している。６番の中程だけに
1-6間で差異が出るとしたら13の中程がヘテロであることによるんでしょ。
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１bpごとにホモかヘテロかを表示はできないね。億と言う単位だ。そしてSNPsに
関してはTSさんが<マウスのSNPsは1000万といわれていますが、調査報告ではB6と
129で違う300万を使用している。>と書いてる。
これでもひとつづつグラフ化は出来ないからある範囲を取ってそこにどれだけの
割合と言う縦の棒グラフを作った上でその範囲ごとの結果を横に集積したものかな。
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すると件の６番の中ほどはまず１２９側は縦に全部ヘテロだよね。これは
この幅の間は129とB6が半々あるということだな。縦の途中で切れてるとそれは
その範囲内でのホモとヘテロ割合を示す。ホモは上がピンクで下を紺にするという
表示ルールだね。ここは縦の関係で上半分がピンクで下半分が紺ということはないんだね。
その場合は全体が緑に表示されることになる理屈だ。ピンクと緑、緑と紺はあり得るわけだ。
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すると129の６番染色体の中ほどはあの幅でヘテロなのね。その意味は129のSNPsと
B6のSNPsが半々にある。
そこにF1を作るときに、まず自分の配偶子に分けられる129とB6のフラグメントがある。
そして当然相手の配偶子からもSNPsが来るわね。相手はB6よね。このときにB6側は全部
B6なのね。それは14の６番染色体が全部ピンクだと言うことを見れば分かる。
これで掛け合わせると129側の配偶子にどれだけB6フラグメントが配分されたかによって
F1ES1-6間でピンクの幅が変わる、という理解でいいの?
全部
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DNAフラグメントは原則染色体単位で配偶子に配分されるんでしょ。理屈だけ言うと
ヘテロだったところは129とB6の二つに分けられて二種類の配偶子になる。ここに
B6側からB6が来るとB6xB6かB6x129の二種類しかできない。するとあの部分は全部が
ピンクになるか全部が緑にしかならないはずだ。
つまり、あのグラフの作られ方はたぶん閲覧者の言うようなことではなさそうだぜ。
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そうじゃないよ。ヘテロだったところは129とB6の二つに分けられるんだけど
一つ前の両親の染色体に分割されるんでしょ。その両親のそれぞれが既に
129とB6のSNPsを混交した配列を持っている。そこに全B6SNPsが相手からくるんだよ。
するとB6同士が結びついたところだけがピンクになる。
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なるほど。でも、それでも二種類しかできないよね。
>>
しかし、この B6 ホモ領域と 129/B6 ヘテロ領域の境界は 129B6 F1ES1 〜6 の間で異なっていた。このばらつきは、129 CAG-GFP マウスの配偶子が形成される 際、減数分裂の過程で、B6 と 129 の染色体の組換えによって生じた可能性が高いと考え られる。
つまり、二種類ではなくばらついてるんじゃないの?
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業平さん。僕の名前で書き込まないでね。でもその後にこう続いている。
>>
ただし、細胞株樹立時の体細胞分裂における染色体組換えがこの多様性に寄与 した可能性もある。
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バラツキは二種類ではないよね。それ以上にばらついた原因として
1.129 CAG-GFP マウスの配偶子が形成される 際、減数分裂の過程で、B6 と 129 の染色体の組換えによって生じた
2.細胞株樹立時の体細胞分裂における染色体組換え
の、二つを挙げているが、肝心の最初がヘテロだったというところが抜けてないかな。
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1.最初がヘテロだったことによる減数分裂による二種配偶子が原因
2.減数分裂の過程での染色体の組換えが原因
3.体細胞分裂における染色体組換えが原因
この三つね。１だけでは２種類にしかならないのね。
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129の６番のあの部分がピンクだったらF1は全部あの部分がピンクになったんでしょ。
他の染色体は全部一方のホモがそのままF1でもホモで残ってるね。もっとも
B6側は１８番にわずかに129のホモが見えてるだけでほぼすべてB6だね。そのわずかの
部分もF1に残されている。
組み換えがあったのなら他の染色体のヘテロ部分にもあった確率を考えないといけないよね。
どうも理屈が怪しい。もしくはこちらの理解がどこか間違ってる臭いね。
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よし、そこで一旦ペンディングにしよう。あまり細部に入り込み過ぎると全体の
理解がおろそかになる。先にちょっと身を引いて全体の問題をチェックしようぜ。
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結局桂報告が立証しようとしているのは以下の細胞の同一性なのよね。そのこと自体はどうなのよ。
>>
6.STAP-stem FLS3
7.129/GFP ES
8.FI-SC CTS1
9.FES1
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7は小保方さん自身がFLSだと言ってるんだからね。少なくともあの精神状態の中でも
ラベルを見てそう言ったんだね。８は若山さんが作ったものだし、9はどこにあったものかも
確定できてないんでしょ。欧米のように最初から警察を入れるという法律になってたら
そんなに難しくない調査が後手後手になって行って追い込まれて行ったんでしょ。そして
文科省からは早い決着を要請されていた。分からんなら分からんといえばいいんだが
そういうわけにもいかなかった。法律ではこういう不始末は警察を入れることにはなってないけど
入れてはいけないと言う規則ではないよね。入れてれば早かったね。でも、
最初はみんな半信半疑だったんだね。そのあたりの事情は分かるよ。
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文科省の不正も絡んでいたろうからね。山梨大に次官が学長として天下ってたり
理研にも事務方に定年前に天下ってるよね。そういう問題にすり替わっていくことを恐れたと
いう事情も今となっては良く分かるね。
小保方さんに我慢しろっと言ってたらしい大将も法律違反者だったんだろうね。
もう居ないんだろ。当時小保方さんはそんなことは思いもよらないよね。
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客観的事実としてはどうだい。４つは同じオリジンから作られたと言っていいのかね。そして作られた順番からして
9がオリジンだと。
>>
6.STAP-stem FLS3
7.129/GFP ES
8.FI-SC CTS1
9.FES1
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４つは極めて近い関係にあると言うことは言える。しかし、9がオリジンであると
言えるためにはこの中身が本当に当時の太田さんの作ったESなのだと言うことが
証明されないといけない。
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その証明はされているの?
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いや、この細胞の取り寄せ経路が既にooboeさん達の追求を受けている。
また、そもそも太田ESのサンプルが正式に若山研に残されていたのでは
ないかという疑義も出て居る。また、なぜ理研が山梨大経由で太田ESを
取り寄せたかが疑義されている。つまりどうして京大の太田さんから
直接取り寄せなかったのかと。ノートリアスグループがグルになって
隠蔽しているのではないかと言う疑いだね。
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そこに加えて、TSさんの言い出したFES1とFES2との奇妙な関係だね。そしてそれは
元となるマウスから来ている奇妙さだと我々は見たわけだね。ただ単にTerとx1の
違いのみならず129GFPマウスを作る以前の129にすでに汚染があると。そしてその
汚染された129が今回の事件に何らかの関係があると見てるんだね。特に
ジャームライントランスミッション時の戻し交配だね。129GFPと元の129の区別も
つかないような杜撰な管理になってたのではないかという可能性まで見据えないといけない。
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なるほどね。そこで129GFP mouseの６番染色体の中央にある緑のバンドから如何にして
F1に多様性あるパターンが出来るのかの正しい理解が必要になるのね。真実は細部に
宿るのね。常に分析と総合の繰り返しなのね。
今日は用事があるのよね。んじゃね。
youtube.com/watch?v=o10AM5-NpMk
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自死の自由を！
安楽死施設をつくりましょう！
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モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
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若山さんはFLSのジャームライントランスミッションの実験時、どうして、論文の
実験とは別に、129の母親と戻し交配をしたのかしらねえ?
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３）STAP幹細胞FLSのGFP挿入パターンがホモではなくヘテロであったことを著者が認識し ていながら、その実験の不整合の原因を確認しなかった疑いについて （なお、論文に書かれているB6GFP×129/Svや129/Sv×B6GFP等の表記は、実際にマウスの 交配を行った若山氏によれば、間違いとのことである。）
（調査結果)
STAP幹細胞FLSから作製した4Nキメラを戻し交配して得た子にGFPを含まないマウスが 含まれていた。このことは、STAPFLS幹細胞FLSを作成したマウスは129(CAG-GFPホモ)と B6（CAG-GFPホモ）を交配したF1であるとの、若山氏の認識と矛盾する結果だが、若山氏 と小保方氏はこの矛盾について、それ以上の追求をしなかった。 本件について、若山氏は質問状に対する回答で「その当時、STAP現象は絶対に本当だ と思っていたため、この疑問点は自分のマウスの交配のミスによるものだと判断しまし た」と回答している。そして、若山氏の結論として「誰かの実験を手伝ったとき、つじ つまが合わない現象が起こった場合、真っ先に自分の担当した部分を疑うのは当然」と も回答した。
（評価）
上に述べた状況から、CDB若山研のマウスの飼育管理体制は若山氏が中心となり、それ に数名のスタッフが携わっていたと、若山氏の説明からうかがうことができる。また、 マウスの系統管理も、系統間のコンタミネーションに対しては、部屋、あるいはラック を変えるなどの防止策は採られていた。一方、小保方氏に関しては、マウスの飼育を若 山氏に全面的に依存していたことから、この問題に関する責任は低いものと認められる。 以上から、その実験の不整合の原因を確認しなかったという点については「若山氏のミ ス」ということで片付けられ、問題であることは認めながらも、その原因を追求しない ままにしておいたことは、科学者として避けるべきであった。しかし、調査により得ら れた証拠に基づき判断する限り、研究不正とは認められない。
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以下の言い訳は全く通らないね。渡されたマウスが何であるかは若山さんが
小保方さんに教えないと、小保方さんはそれを論文に書くことすらできない。
GFPがホモであると教えられていたらそう書くしかないし、そう書いて困る
こともない。逆にホモだと教えられていたのに、ヘテロだと書く理由があるなら
それを指摘しないといけない。しかも、論文を若山さんは読んでいる。
チェックすらしていないというのでしょうかね。この判断は桂チームの
敢えて言えば意図的犯罪とも言えるほどの間違いですね。
>>
（なお、論文に書かれているB6GFP×129/Svや129/Sv×B6GFP等の表記は、実際にマウスの 交配を行った若山氏によれば、間違いとのことである。）
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小保方さんはヘテロだと聞いていて、しかもGFPがB6に入っていると聞いていたから
論文にそう書いたとあたなは考えたのね。それが最初の成功時に渡されていたマウスが
岡部マウスとのF1だと考えた理由ね。
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そうだ。それだけでは若山さんの作ったCAGマウスとのF1だと考えることも出来たが
ご承知の通りテラトーマからアクロシンがでたからね。太田ESの混入でないのに
アクロシンが出るというのは岡部マウスとの関係しかない。
太田ESの混入か、F1が岡部マウスとのF1であったかどちらかしかないでしょ。
桂報告は太田ESの混入と結論した。では混入犯は小保方さんか、小保方さんでないかの
どちらかだ。小保方さんならその動機と太田ES入手ルートを解明しないといけない。
若山さんが太田ESなんか混入するわけもない。そんなことしなくても自分で作れる。
第三者は無い。何故なら、小保方さんと若山さんの間で事実関係に関して深刻な対立が
出たら必ずどちらかが犯人だからだ。小保方さんは手記で光る精子の実験に関して証言した。
若山さんは記者会見で岡部マウスのことはうっかりしていたと証言した。この対立は
どちらかが嘘をついていて、どちらかが犯人であることを証明している。従って、
こちらの道は小保方さんが犯人であるよりないが、その動機と細胞入手経路に
関して何の解明も無い。
残るのはF1が岡部マウスだったという可能性だ。
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最初に渡された細胞が129xB6-Acr-CAG-GFPマウスだったら論文は嘘ではないわね。
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嘘ではないばかりか、実験がフェイクである必要すらない。GFPはキメラの中で
光りさえすればいいんで、種類なんか問わない。
小保方さんは自分の細胞はキメラ形成能を持っていたんだと信じたから論文に
そう書いた。でもキメラができたのは自分の細胞の多能性だけでは無かったのだ。
若山さんの技術で他の卵子の細胞質の力を借りてキメラになった。小保方さんの細胞は
核移植されていたんだよ。体細胞がそのままキメラになったのではなかったんだよ。
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若山さんはいろんな動機はあるが主に山梨大での自分のプロジェクトのテーマに
したかったと言うのがあなたの見立てなのね。その時に前提となるのは、このキメラが
ntESなら若山さんは別に小保方さんを必要としないのね。小保方さんの細胞を使うのと
普通の細胞を使うのとでは差が無いといけないわよね。つまり酸浴刺激されて
三胚様分化する核を使うと何か画期的なことがあるのじゃないといけないわね。
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彼の技術は達成率の低さに悩んでいた。これが向上すると言うことが無ければ
彼はこんな道に迷いこまずに、最初から現在あるがままの仕事をしていたと
思うよ。彼は小保方さんの細胞の核を使って確認をしていたと思う。そして
ある程度の確信を抱いていたと思うよ。それがこの先彼をのめり込ませていく
原因になったと思う。そうでなく達成率も上がらないのにどうして小保方さんの
核を使う必要があるだろうか。最初のGOFマウスで失敗したとき小保方さんを
ヴァカンティの許に返しているよ。
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彼女はとても研究熱心だと言うわね。そのことは笹井さんも、又丹羽さんも
感じていたようね。実験が手馴れているというのは丹羽さんが証言していて
こういうのは回数だわよね。こなさないと身につかないということがあるわね。
あの１７歳のヘビメタギャルだってああなるまで１０年間指を動かし続けたんでしょ。
そういうのは同じ経験を持つ人たちには分かるのよね。
若山さんはただ彼女の研究者としての資質が欲しかっただけじゃなかったの?
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彼女には将来性を感じさせる何かがあったんだろうね。ヴァカンティもデイナの
質問に、彼女がハードワーカーだということはすぐに分かったと答えているよ。
でも、それだけで彼が小保方さんに対して助手の地位を用意するなんて言い出さないと思うよ。
彼女はポスドクになってまだ２年目だぜ。
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男女の仲を言う人もいるわね。
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それは週刊実話の世界だね。そういうあること無いこと無いことの世界が好きな人は
自分たちでたんとやるがいいよ。
ただ、僕は彼女が若山さんをしばしば食事に誘いだしていたという話と、奥さんが
小保方さんのスカート丈が短すぎると注意したと言う話は別途メモしているよ。
これは内部からのリークだからね。こういうことを流す人が居ると言う事実は
事件と関係しているから我々の関心の対象だ。でも今はそんな段階では無い。
核心部がきれいに解けるとそういうことの意味付けは自然についてくるはずだよ。
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彼女が若山さんの要請に答えて山梨大について行けてたら
この研究とそれに関する論文はこんな運命にはならなかったのね。
あなたの推測によれば。
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歴史にIFはないよ。我々が本当に知っているのは無限の可能性の中から
現実となったものだけだ。明日の天気は明日になって初めて確実な知識になる。
彼女は契約の縛りで山梨大に自分の研究ごと移籍することはできない。そうするためには
ヴァカンティとの新たな共同研究契約を結ばないといけない。本当はこの道も
あったんだけどな。それに彼女は山梨に行きたくなかった。それは日本の研究会の
因習の所為のようだね。ボスの命令一下少々のデータ改ざんもしなければならない。
それと何よりも、彼女は自分の細胞の性質をもっと詳しく知りたかった。それが
若山さんの研究方針と異なっていた。彼女は若山さんのポスドクでは無かったが故に
別の選択肢を持っていた。バカンティ研に戻ろうとしたとき、またも理研から
引き留め工作が入って、彼女はユニットリーダーになったがその時の研究目的は
若山さんの方針とは無関係な本来の自分の研究目的だった。
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若山さんの方はこのキメラ成功の技術は自分のクローン作製技術なので
ヴァカンティとの共同研究にはしたくなかったというのがあなたの見立てね。
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若山さんは小保方さんの細胞はそのままではキメラ形成しないと知っていた。
何しろ自分が確認していることだからね。小保方さんがヴァカンティの許に帰ったら
その原因の究明という研究に進むことになる。これはこれで立派な研究というより、
そちらの方が未知の細胞の研究としては正道じゃないのかな。若山さんはそれを
利用しようとしたわけだ。そこには予算のとれるプロジェクトという欲が絡んでいるね。
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若山さんの研究もそれ自体としてはねつ造でもなんでもないのね。むしろ
彼女を自分の方に引き留めるための嘘があって、彼女の引き留めが
出来なさそうだとわかってから困ったことになったのね。ただ、それも
論文がリジェクトされているうちはまだ深刻な事態にはなっていなかった。
でも、バカンティが特許申請してからはもはやあれは嘘だよと言い出せなくなったのね。
あの近辺で「僕のマウス」ESが作られたのね。
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我々は最初のころここの辺りの経緯に解けない謎を感じていただろう。
そんな嘘を隠したままどうして彼は自分の血液まで提供してSTAP細胞の
性質を調べようとしたのか。そしてこのことが所詮は倫理委員会に
かかって他者の知ることとなると分かり切っているのにそうしたのはなぜか。
何か信じていることがあるんだよね。
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そのあたりの経緯とやらを。
>>
2012/1/31 FLS1 樹立 GLS1〜13 FLB1〜2 樹立
2012/2/2 FLS2〜8 樹立 FLB3〜6 樹立
2012/2/3 FLB7〜8 樹立
2012/3/12 西川氏TCR再構成アドバイス
2012/3/31 若山氏山梨大に転任、理研非常勤TL
2012/4/19 129B6FES1(僕のマウスES)樹立???桂報告 持ち出し資料では5/25。 1〜6まである。
2012/4/24 米国特許仮出願
2012/4/27 倫理委員会にて竹市所長の知るところとなる。(若山研究室から神戸研究所研究倫理第一委員会に「STAP 現象 をヒト体細胞に適用する計画」が申請され、小保方氏が説明 )
2012/4/? ネイチャー投稿、不採択 この時に既に博論画像はあった。
2012/5/25 CTS1 樹立 、129B6F1ES(僕のマウスES)樹立、129B6F1TS(僕のマウスTS)樹立
2012/6/6 セル誌投稿分不採択 TCR再構成の切り貼りレーンが使われている
2012/7/9 CTS11〜13 樹立
2012/8/13 AC129-1,2樹立
2012/8/21 サイエンス誌投稿分不採用
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彼は自分の研究に夢中になってると同時に、この研究を小保方さんが知れば
自分についてくると言う望みをまだ捨ててない。と、同時に彼が小保方さんについている
嘘が、ヴァカンティの特許申請によって、打ち明けられない嘘になりつつあることも
感じて居る。無論特許は酸浴細胞の作り方なのでキメラ作製との間にまだ
語られていない手続きがあると言うこととは矛盾しないので嘘にはなってない。
でも、このまま論文がリジェクトされていれば無論特許も却下されるだけだという
安心感もある。そしてCTSの研究を続けてこの研究と一緒に発表すればまだ可能性があると
小保方さんの引き留めに未練をもっている。しかし、それが無理と分かって
AC129を「僕のマウス」ESでつくり、理研の若山研閉鎖時にもFLS-Tをやはり
「僕のマウス」ESで作って逃げる用意をしている。実行するか否かは今度は笹井さんの
リバイズ論文が通るか否の結果次第だ。そういう用心の初めが4/19の「僕のマウス」ESの
樹立だと思っている持ち出しリストには5/25になっているが、桂リストは4/19の
日付をどこから拾ってきたのか。重大な意味を持つ疑念だと思っている。
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その伏線が戻し交配なのね。あなたの解釈では。
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彼女はジャームライントランスミッション実験に関して本文に以下のように記している。
>>
To make germline transmission more efficient, we intercrossed chimaeras in some experiments.
ここにはインタークロスでない実験結果も含まれているんだね。でも若山さんは半分に来なかったと言ってるね。
この書き方はそれを意識した書き方かな。
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この8ijの表はFLS1-8の2Nと4Nの結果で全部トランスミッションに関してYESだわね。
>>
STAP 幹細胞 FLS は、Article Fig.5c の増殖曲線の測定（小保方氏の聞き取り調査に よる）、同 Fig.5j-l のキメラマウス（以下「キメラ」という）作製、 Article Extended Data Fig.8d のメチル化解析、同 Fig.8i,j のキメラ作製に用いられた。また、FI 幹細 胞 CTS は、Letter Fig.2f,g および Letter Extended Data Fig.2a,b のキメラ作製に用 いられた。
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それぞれの表の下のコントロールESは若山さんの主張なら、FLSが「僕のマウス」
なんだから、当然「僕のマウス」ESだよね。つまり若山さんの主張では5/25樹立開始されて
何代か継代して確認して後にキメラを作り、かつその子孫を作ったわけだから
継代無しでも２０日かけて成人させ、又２０日かけて子孫を生まれさせたんだから
最低でも４０日後だ。つまり7/4の結果表だね。初期の論文には無かったデータということになるね。
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