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遠藤高帆博士の論文

1ふふふ:2014/10/08(水) 15:06:41
Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency

一塩基多型対立遺伝子頻度を用いたRNA-seqのための品質制御方法

215名無しさん:2014/12/22(月) 17:43:04
>>214

データ管理ならフリーのWebサイトにでも置けば?
リンクくらい張れるっしょ。

216名無しさん:2014/12/22(月) 18:46:11
 誰がFIをつくって、誰がFIでキメラを作ったんだ。はっきりしてくれ!

217源氏蛍 ◆VnRg4xmClA:2014/12/22(月) 18:57:08
>>204

そうだと思いますよ。

それ以外の可能性を考えてみましたが、一度キメラ作成に成功したあとは好調なペースでキメラができていっていますので、そうとしか考えられません。

今回の検証実験の結果を見ると、細胞を酸処理するとランダムに遺伝子が発現するということかもしれないので、もしも酸処理により遺伝子の発現量が下がる場合もあるのであれば、奇跡的な今回調べていな))い分化マーカー遺伝子の発現が消えるという現象

218名無しさん:2014/12/22(月) 19:06:49
>>215

自分達こそいくらでも空いたつまんないスレがあるじゃないか。

219源氏蛍 ◆VnRg4xmClA:2014/12/22(月) 19:09:33
すみません。送信ミスしました。
訂正の上、再送信します。

>>204

そうだと思いますよ。

それ以外の可能性を考えてみましたが、一度キメラ作成に成功したあとは好調なペースでキメラができていっていますので、そうとしか考えられません。

今回の検証実験の結果を見ると、細胞を酸処理するとランダムに遺伝子が発現するということかもしれないので、もしも酸処理により遺伝子の発現量が下がる場合もあるのであれば、奇跡的な確率ながら、今回調べていない分化マーカー遺伝子の発現が全て大幅に低下し、多能性マーカー遺伝子の全てが高いレベルで発現する細胞が1つくらい現れるという現象が起こるのかもしれません。
小保方さんの執念がその低い確率を引き寄せ、細胞塊ごと注入する方法であれば細胞塊の中にひとつでもそういう細胞が含まれていればキメラはできるのかも、とも考えてみましたが、
そのような天文学的な低確率で当たりを引き続けることがあるとは思えませんので、少なくとも2体目のキメラ以降はES細胞によるものだと思われます。

220名無しさん:2014/12/22(月) 19:10:18
>>
217

//////
ーーーー
●   ●  ES+胎盤も免疫染色で確認したという
  へ    小保方の嘘の組み合わせというトリックですね。

221名無しさん:2014/12/22(月) 19:14:26
>>219

//////
ーーーー
●   ●  1体目が本物で2体目が偽物なんて考えなくていいでしょう。
  へ    それは悪質なねつ造詐欺ですね。未熟さゆえに迷惑かけたのではありませんね。

222名無しさん:2014/12/22(月) 19:15:24
>>216

 「会見の中で若山さんは、STAP幹細胞と同様に「FI幹細胞を樹立したのは自分だが、FI幹細胞にMEKiおよびJAKiを添加した実験は小保方さんが行った。」と発言していました。」

223源氏蛍 ◆VnRg4xmClA:2014/12/22(月) 19:25:35
>>213
早稲田の調査報告書を読むと、博論のときのテラトーマは小保方さんの作成ですが、キメラは若山さんに依頼して作ってもらっていたようです。

ttp://www.waseda.jp/jp/news14/data/140717_committee_report.pdf

224源氏蛍 ◆VnRg4xmClA:2014/12/22(月) 19:43:28
>>220
STAP細胞が胎盤にも分化するというのは、最初は胎盤内に胎児側から伸びている血管とその中の血液が光ったのを誤認したもので、
丹羽さんが見たという「確実に胎盤側までSTAP細胞由来の組織が入り込んでいる標本」は、ES+TSで作ったか、一部で報告されている特定の条件の下でESが胎盤に分化する現象によるものではないかと考えています。

225名無しさん:2014/12/22(月) 20:52:30
>>224

//////
ーーーー
●   ●  誤認とは?またなんと中途半端な判断なのでしょうか。
  へ     あたかもキメラそのものをESでねつ造させたことを
         忘れているかのように聞こえますよ。

226源氏蛍 ◆VnRg4xmClA:2014/12/22(月) 22:39:33
胎盤が光っていると最初に言い出したのは、小保方さんではなく若山研のメンバーの誰からしいですから。

あとここはあまり消費したくない人がいるようですので、以降の議論は別のスレッドで行いましょう。

227名無しさん:2014/12/23(火) 08:00:11
源氏蛍様、有難うございます。クラークケントは左右の人差し指で
一文字ずつポツリポツリとタイプライターを叩いて記事を書きながら
同時に網膜の裏に事件を見ると、突然、背広を脱ぎ捨てると新聞社の
窓を開け空高く飛び出して行くのでした。
日本語入力の私は右手の中指一つで50音を拾いながら、今欣喜雀躍の
感情の余りピョンピョンと麻原空中浮揚を実践している様を書き連ねて
いるのでした。

228名無しさん:2014/12/23(火) 10:38:00
memoより

「・FI-SCを樹立して、キメラを作る実験は行ったが、薬剤感受性の実験は小保方さんが担当した。」

 「・FI幹細胞は若山研に1〜2系統あるが、検証はTS細胞に詳しくないこともあり自分の方でやる事は考えていない。」

229名無しさん:2014/12/23(火) 22:35:07
やっぱり、FI-SC樹立、そこからキメラを若山さんがやったんだ〜。
逃げられませんな。

230名無しさん:2014/12/24(水) 09:19:22
小保方さん、博論で行き詰ってたのね。
誰かが打開してやった。ここでも誰かさんはメールの事実を確認していない。

231名無しさん:2014/12/24(水) 09:49:46
なんか不可解な事件だね。
ティシュー論文のアブストラクトあったよね。
あれ頼むよ。

232セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 09:52:12
また、俺かよ。でも小保方さんも理研を退職して、こっちも
第三者調査委員会の報告までやることないからなあ。

(概要)
成熟した成体組織は適切な環境を維持するとき、通常は胚発生の初期段階に関連する多くの遺伝子を発現する幹細胞を含む。三胚葉のすべてを代表する成体組織(脊髄、筋肉、および肺)から調達された細胞は、それぞれが3胚葉すべての細胞を代表する細胞に成熟する可能性を示しながら。     異なる胚葉由来の成体組織から単離された細胞は、細胞の不均一な集団で構成された非接着性クラスター又は球として増殖させた。

233名無しさん:2014/12/24(水) 09:53:41
変な訳文だな。

234セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 09:55:35
原文がおかしいのよ。文章の編集切り貼りしているときにおかしくなったんだろうね。

クラスタまたはスフィアが解離されたとき、細胞はいくつかの世代の間に非付着性スフィアを新しく作り直す能力をもった。生体に移植されたとき、免疫不全マウスへの生分解性立脚点に関連して、三胚葉に特徴的な細胞を含む組織を生成した。これらの知見は、成体組織中の、全く違う、以前に考えられていたより生殖系列全体での分化により大きな効力を示した胚性幹(ES)細胞とは峻別される、幹細胞集団の存在を示唆している。このような細胞は組織工学および再生医療分野において潜在的に胚性幹(ES)細胞と同じくらい有用であり得る。

235名無しさん:2014/12/24(水) 09:57:53
免疫不全マウスに移植したらちゃんと再生してきたんだから、
死んだ細胞ではないし、当然何らかの幹細胞ではあるのよね。
新発見かどうかは別問題としても。

236名無しさん:2014/12/24(水) 09:59:48
今となってはそこも本当にやった実験なんですかという疑いが
もたれてしまってる。

237名無しさん:2014/12/24(水) 10:05:02
でもどっちかなんでしょ。嘘か本当か。
本当ならここまでは三胚葉由来器官の中にまだそれぞれの未分化細胞があって、
肺からとった物は肺になり、神経からとった物は神経になり、骨髄から
とったものは骨髄になったという趣旨よね。後の博論から推論するに。

238名無しさん:2014/12/24(水) 10:09:13
でもピペットで吸い取ってそれぞれの器官からそれぞれの幹細胞を取り出せた
ということが既に信じがたいし、免疫不全マウスに移植したらそれぞれの
器官に特徴的な細胞が出来たというのも信じがたくないか?

239名無しさん:2014/12/24(水) 10:11:38
器官幹細胞というのは既にいろんなものが知られているけど
こんなに簡単に大きさだけでは選別できないし、何を選別したかは
分からないが、それが全部三胚葉器官に特徴的な細胞になったというのも
あまりに簡単すぎる。嘘だと思うよ。

240名無しさん:2014/12/24(水) 10:13:08
じゃあ、嘘だとして、博論はティシューの成果を繰り返しているだけよね。

241名無しさん:2014/12/24(水) 10:14:06
そこにキメラの実験が加わるのよ。それは若山研に持ち込んで依頼したということが
分かってる。

242名無しさん:2014/12/24(水) 10:14:47
でも嘘なんだから何もないわけでしょ。何を持ち込んだのよ。

243名無しさん:2014/12/24(水) 10:19:25
いろんなことを試したことになってるんだけど、ピペットで小さい細胞を
吸い出したものを培養したものさ。スフィアと呼んでいる。他の論文にもある
概念よ。

244名無しさん:2014/12/24(水) 10:20:45
それはもはや何にでもなる細胞なのかい?

245名無しさん:2014/12/24(水) 10:25:53
いつのまにか博論ではバカンティの胞子様細胞になってる。つまり三胚葉の
それぞれの器官の幹細胞ではなく、もっと未分化な細胞になってる。

246名無しさん:2014/12/24(水) 10:26:32
それはティシュー論文と整合しないのでは?

247名無しさん:2014/12/24(水) 10:29:27
いや、博論では、培地によって三胚葉に分化するんだよ。だから何でもに
なる細胞だけど、骨を形成させたかったらそういう培地で骨に誘導しないといけない。
その辺の事情はティシューはアブストラクトだけしか手に入れてないから
どういうことをしたか判断できない。

248名無しさん:2014/12/24(水) 10:32:52
じゃあ、嘘か本当か、この時点ではまだ判断出来ないということ?

249名無しさん:2014/12/24(水) 10:37:06
そういうことになるかな。ただ注意しないといけないのは、ここまで全て
何か分からないスフィアなるものから現実のテラトーマなり、免疫不全マウスでの
組織が出来てると書いてあることよ。今回の再現検証実験では何も出来なかった。
ここの乖離が何時始まったかということだね。最初からではないかという疑いが
一番強いんだけど、途中に介在していらんことした人が居なかったかという
疑いが何時までも残っているのさ。その疑いが晴らせるかということ。

250名無しさん:2014/12/24(水) 10:38:44
なるほど。じゃ博士論文見せてよ。

251名無しさん:2014/12/24(水) 10:40:34
これが又下書き草稿を提出してしまったということになってる。
ただ小保方さんによる日本語概要がついてるよ。

早稲田大学大学院先進理工学研究科
博 士 論 文 概 要
論 文 題 目
Isolation of pluripotent adult stem cells
discovered from tissues derived from all three germ layers
三胚葉由来組織に共通した
万能性体性幹細胞の探索
申 請 者
Haruko
Obokata
小保方
晴子
生命医科学専攻 環境生命科学研究
2010年 12月

252名無しさん:2014/12/24(水) 10:41:08
体性幹細胞は、成体の体内に実際に存在し、生体の恒常性を保つため老化細胞の代替となる若い細胞を生み出し、炎症などの生体反応に応答して失われた細胞を補充する役割を担っていると考えられている。現在までに、造血幹細胞、間葉系幹細胞、神経幹細胞は多種の分化可塑性を有する体性幹細胞として研究が進められている。また、前駆細胞との区別が難しいが、各種生体組織にはそれぞれの組織幹細胞が存在していると考えられており、多くは培養系においてその存在が認められている。間葉系幹細胞研究に代表されるように、体性幹細胞の研究は発生学的な観察に基づき展開されている。哺乳類の発生において三胚葉分化は決定的な過程であり、体性幹細胞の多くも三胚葉分化の後に存在が確認されることから、三胚葉分化が起こった後は、例えば外胚葉系組織に存在している幹細胞が中胚葉や内胚葉由来組織の細胞に分化する、中胚葉系に存在している細胞が外胚葉・内胚葉由来組織の細胞に分化すると言った、いわゆる胚葉を超えた分化は起こりえないと考えられている。しかし近年、分子生物学的解析手法の発展により間葉系幹細胞の一部は外胚葉系の細胞から構成されることや、間葉系幹細胞が生体内で神経形成に関与するなどといった、いわゆる胚葉を越えた分化が三胚葉形成の後にも起こっていることが報告されている。これらの報告により、体性幹細胞の起源や分化能の限界についての大前提に疑問がもたれるようになってきている。

253名無しさん:2014/12/24(水) 10:41:40
Vacantiらは2000年に、全身の生体の組織内には三胚葉由来によらず非常に強いストレスに耐性を有するspore-like stem cellが存在し体性幹細胞の補充に寄与している可能性を提唱してきた。その後、他の研究グループからも同様な概念に基づいた研究報告が相次いでいる。2002年には骨髄中に万能性幹細胞MAPCが存在することが報告され、2004年には間葉系幹細胞の一部に分化万能性を有するMIAMI cellが存在することが報告され、2006年には造血幹細胞の小さいサイズの分画の中にVSELS cellsが存在することが報告され、2010年には間葉系細胞の一部にストレス耐性のmuse cellsが存在することが報告されている。本研究では、spore-like stem cellの仮説を証明する第一歩として、全身の組織に共通の性質を持つ幹細胞が存在することを証明することを目標とし、幹細胞の採取、解析、再生医療研究応用への可能性を検討した。第一章では、生体組織由来のpluripotent stem cellに関する研究の動向を概説し、本研究の背景をまとめると共に、本研究の意義及び目的を明らかにした。

254名無しさん:2014/12/24(水) 10:42:15
第二章では、spore-like stem cellの採取法を検討すると共に、幹細胞マーカーの発現を解析した。Spore-like stem cellsは細胞直径が非常に小さいという特徴を有しているため、小さい細胞を採取する方法を施行した。まず、cell sorterを用いてBlack6 マウスの骨髄細胞から、直径6μm以下の細胞のみを回収した。続いて低浸透の溶液で細胞を短時間処理することによって、大きな細胞の細胞膜を破壊し小さな細胞のみを回収した。また先端を10μmほどまで細めたガラスピペットで細胞を粉砕することによって小さい細胞を回収した。それぞれの方法で回収した細胞群を無血清培地で培養を行うと浸透圧処理または粉砕処理によって回収された細胞群から浮遊した球形のコロニー形成(以降sphereと呼ぶ)が確認された。粉砕処理を行った場合、高頻度にsphere形成が観察された。sphere形成の数は年齢依存的であり、生後4週齢のマウスからは生後8週齢のマウスの約二倍の数が観察された。Sphere形成は幹細胞の強い自己複製増殖能の結果として現れる現象であると考えられているため、免疫染色により、幹細胞マーカーの発現解析を行った。まず間葉系幹細胞や造血幹細胞など広範な体性幹細胞に発現が報告されているc-kitとSca-1の発現を調べた結果、多くのsphereに発現が確認された。続いてES細胞や発生初期の受精卵に発現が観察される万能性幹細胞マーカーであるSSEA-1とE-cadherinの発現を調べた結果、これらも多くのsphereに発現が確認されることが明らかとなった。

255名無しさん:2014/12/24(水) 10:42:57
タンパク質レベルでの万能性幹細胞マーカーの発現が確認されたことから、遺伝子レベルでの万能性幹細胞マーカーの発現をES細胞の遺伝子発現と比較して検討を行った。特に、タンパク質レベルでのマーカーの発現強度は個々のsphereによって異なっていたため、個々のsphereは異なる遺伝子発現パターンを示すのではないかと言う予想の下、sphere一つ一つを顕微鏡下で採取し遺伝子発現の解析を行った。その結果、Oct4, Nanog, Sox2, Ecat1, Cripto, Esg1など万能性幹細胞に特異的に発現が見られる遺伝子マーカーが高頻度に発現していることが分かった。

256名無しさん:2014/12/24(水) 10:43:31
第三章では、これらの細胞の分化能をin vitro, in vivoの双方で調査した。ES細胞から三胚葉由来の細胞へ分化させるための培養条件を参考に、培養条件を設定し分化誘導実験を行った。その結果、sphere由来の細胞は神経・筋肉・肝実質細胞などの代表的な三胚葉由来組織細胞へ分化できることが確認された。生体内での分化能と増殖能を検討するために移植実験を行った。Sphereの細胞はPGA上に播種され、2-3日PGA(poliglycolic acid)上に細胞を接着させるために培養した後、NOD/SCIDマウスの皮下に移植した。4-6週間後に移植片を採取し、組織学的、免疫組織化学的に解析を行った。移植後直径3mmほどのカプセル化した塊を形成した。内部には上皮、神経、筋肉、管といった三胚葉由来すべての組織形成が確認された。以上の結果から、粉砕処理後にsphereを形成する細胞は、無血清条件下で培養すると、非常に幼弱なタンパク質・遺伝子を発現し、培養系、生体内双方において三胚葉系由来組織への分化能を有することが示された。

257名無しさん:2014/12/24(水) 10:44:05
第四章では同様の細胞群がその他の組織にも存在しているかを確認するため三胚葉由来組織の代表的な組織である脊髄(外胚葉)、筋肉(中胚葉)、肺(内胚葉)から細胞を単離し、粉砕処理後、無血清培養条件下で浮遊培養を行った。タンパク質マーカーの発現は骨髄で行ったときと同様にc-kit, Sca-1, SSEA-1, E-cadherin陽性の細胞が確認された。遺伝子発現解析の結果、骨髄のときと同様、ES細胞に特異的な遺伝子の発現が多数確認された。特に肺由来のsphereからは高頻度にOct4陽性のsphere細胞塊が確認された。一方、脊髄からは多くのsphere形成が確認されるが、Oct4などのES細胞特異的な遺伝子マーカーを発現したsphereの割合は骨髄由来のsphereと比較して低い値を示した。培養系での分化誘導実験を行うと、骨髄のときと同様に、各特異的なマーカーで陽性を示す三胚葉由来組織の細胞へと分化した。さらにPGAに播種しNOD/SCIDマウスの皮下に移植すると、骨髄のときと同様に上皮、神経、筋肉、軟骨、腺といった三胚葉系の組織へと分化した。以上のことから、骨髄中から発見された広範な分化能を有する細胞群は、脊髄、筋肉、肺といったすべての三胚葉由来組織からも単離され得ることが確認された。

258名無しさん:2014/12/24(水) 10:44:37
第五章では、幹細胞の万能性を証明するための最も重要な証明方法であるキメラマウスの作成を幼弱神経幹細胞培養条件であるbFGF, LIF依存浮遊培養系によって培養したsphereを用いて試みた。ICRマウスの受精卵とsphereを用いた凝集法によってキメラ卵を作成し、24時間培養した後、子宮に移植した。20日後に産まれた新生児の毛皮にはsphere由来の毛が観察されなかった。また産まれてきた新生児の数は移植した受精卵の数よりも少なかった。キメラの胎生致死、もしくは特定の組織への貢献、もしくは低頻度での貢献の可能性が考えられたため、胎生12.5日目の胎児の解析を行った。その結果全身にsphere由来の細胞が散在していることが確認された。このことから、sphere由来の細胞は全身の組織形成に寄与できる能力を有していることが明らかとなった。

259名無しさん:2014/12/24(水) 10:45:18
第六章では本研究の総括と展望について述べた。本研究ではこれまでの常識を超えた体性幹細胞の起源と分化可能性についての新しい学説をもとに、体性幹細胞の創生の可能性を探る実験を試みた。本研究で得られた幹細胞が実際に生体内に存在するかどうかは、これから明確にすべき大きな課題である。しかしながら培養法をさらに効率化することによって大量培養を可能とし、組織工学をはじめとする再生医療研究の新たな細胞ソースとして期待できる。また、これまでiPS細胞を始めとした万能性幹細胞の創生の研究が盛んに行われているが、再生医療研究に必要なのは安全に機能する体性幹細胞であり、万能性幹細胞からの体性幹細胞の分化誘導は難しい。そこで本研究の第四章で検討したような体性幹細胞を体細胞から創出する試みが成功すれば細胞生物学的にも発生学的にも非常にインパクトのある研究成果となり、再生医療応用に最も適した細胞ソースを提供できるようになるものと期待される。

260名無しさん:2014/12/24(水) 10:53:56
早稲田大学 博士(工学) 学位申請 研究業績書
氏 名 小保方 晴子 印
(2010年 11月 現在)
種 類 別
題名、 発表・発行掲載誌名、 発表・発行年月、 連名者(申請者含む)
報文

講演(海外)
(1) Haruko Obokata, Masayuki Yamato, Kohji Nishida, Satoshi Tsuneda, and Teruo Okano, "Subcutaneous transplantation of autologous oral mucosal epithelial cell sheets fabricated on temperature-responsive culture dishes", Journal of Biomedical Materials Research: A 86:1088-96. 2007
(2) Haruko Obokata, Koji Kojima, Masayuki Yamato, Satoshi Tsuneda, Charles A. Vacanti, “The potential of stem cells in adult tissues representative of the three germ layers.”
Tissue Eng Part A. 2010 in press.
(3) Haruko Obokata, Masayuki Yamato, Kohji Nishida, Satoshi Tsuneda, and Teruo Okano,
“Time-course アナリシーズ of reconstructed ultrastructure change in oral mucosal epithelium cell sheet after subcutaneous transplantation” submitted to Journal of Tissue Engineering and Regenerative Medicine.
(4) Haruko Obokata, Masayuki Yamato, Satoshi Tsuneda, and Teruo Okano, “Protocol for reproducible subcutaneous transplantation of cell sheets” submitted to Nature Protocols.
(5) Haruko Obokata, Masayuki Yamato, Satoshi Tsuneda, and Teruo Okano, “The effectiveness of inflammatory cytokines for regeneration of transplanted cultured keratinocyte cells” submitted to Journal of Investigative Dermatology
(6) Haruko Obokata, Masayuki Yamato, Satoshi Tsuneda, and Teruo Okano, “Hyperacute inflammation アナリシーズ after subcutaneous transplantation of human fibroblast cell sheets into Lewis rats.”submitted to Xenotransplantation.
(1) Haruko Obokata, Masayuki Yamato, Kohji Nishida, Satoshi Tsuneda, and Teruo Okano, "Subcutaneous transplantation of autologous oral mucosal epithelial cell sheets fabricated on temperature-responsive culture dishes", Society for Biomaterials 2007 Annual Meeting, Chicago, IL, April 17-21, 2007.
(2) Haruko Obokata, Masayuki Yamato, Kohji Nishida, Satoshi Tsuneda, and Teruo Okano, "Time-course observation of subcutaneous transplanted autologous oral mucosal epithelial cell sheets fabricated on temperature-responsive culture dishes",, The 13th World Congress of International Society for Artificial Organs, IFAO-JSAO Annual Meeting, Osaka, Japan, Jun 28-31, 2007
(3) Haruko Obokata, Masayuki Yamato, Kohji Nishida, Satoshi Tsuneda, and Teruo Okano, "Inflammatory アナリシーズ of subcutaneously-transplanted human epithelial cell sheets", Termis-AP, Tokyo, Japan, December 3-5, 2007

261名無しさん:2014/12/24(水) 10:55:30
早稲田大学 博士(工学) 学位申請 研究業績書
種 類 別
題名、 発表・発行掲載誌名、 発表・発行年月、 連名者(申請者含む)
講演(国内)
(4) Koji Kojima, Shohta Kodama, Haruko Obokata, Ana C Paz, Charles A. Vacanti. “Generation of Pneumospheres from Pulmonary Stem Cells.” Termis-NA, San Diego, December 7-10, 2008,
(5) Haruko Obokata, Masayuki Yamato, Kohji Nishida, Satoshi Tsuneda, and Teruo Okano, “Subcutaneous Transplantation of Oral Mucosal Epithelial Cell Sheets Fabricated on Temperature-Responsive Culture Dishes”, TERMIS-WC, Seoul, Korea, August 31- September 3, 2009
(6) Haruko Obokata, Masayuki Yamato, Kohji Nishida, Satoshi Tsuneda, and Teruo Okano, “Inflammation アナリシーズ after Subcutaneous Transplantation of Cell Sheets for a Novel Tissue Engineering Method”, TERMIS-WC, Seoul, Korea, August 31- September 3, 2009
(7) Koji Kojima, Haruko Obokata, Ana C Paz and Charles A. Vacanti. “Generation of Pneumospheres from Pulmonary Stem Cells.” TERMIS-WC, Seoul, Korea, August 31- September 3,2009
(8) Haruko Obokata, Koji Kojima, Masayuki Yamato, Teruhiko Wakayama, Teruo Okano, Satoshi Tsuneda and Charles A. Vacanti, “The potential of stem cells in adult tissues representative of the three germ layers.”TERMIS-NA, Orlando, December 5-9 2010
(9) Koji Kojima, Haruko Obokata, Jason Ross and Charles A. Vacanti. “Autologous Tissue Engineered Trachea with Epithelial Cell Sheets in Ovine Model.” TERMIS-NA, Orlando, December 5-9 2010
(10) 小保方晴子、大和雅之、西田幸二、常田聡、岡野光夫、「温度応答性培養皿で作製した口腔粘膜上皮細胞シートの皮下移植」、第6回日本再生医療学会総会、横浜、2007年3月14日
(11) 小保方晴子、大和雅之、西田幸二、常田聡、岡野光夫、「温度応答性培養皿で作製した口腔粘膜上皮細胞シートの皮下移植」、第7回日本再生医療学会総会、名古屋、2008年3月14日
(12) 小保方晴子、大和雅之、西田幸二、常田聡、岡野光夫、「細胞シート皮下移植後の急性期炎症反応解析」、第29回炎症・再生学会、東京、2008年7月8日-10日
(13) 小保方晴子、大和雅之、西田幸二、常田聡、岡野光夫、「ヒト上皮細胞シート皮下移植後の経時的炎症反応解析」、第9回日本再生医療学会総会、広島、2010年3月17日
(14) 小保方晴子、小島宏司、大和雅之、若山照彦、常田聡、岡野光夫、Charles A. Vacanti,「三胚葉由来組織に共通した成体幹細胞の探索」第10回日本再生医療学会総会、東京、2011年3月1日-2日

早稲田大学 博士(工学) 学位申請 研究業績書
種 類 別
題名、 発表・発行掲載誌名、 発表・発行年月、 連名者(申請者含む)
国際特許
著書・著作物
Haruko Obokata, Charles A. Vacanti.
Sub Population of Retained Embryonic Like Cells
(成体の中に存在する幼弱な表現系を有し、3胚葉系の細胞に分化することのできる幹細胞集団)
大和雅之、小保方晴子 「成長因子」バイオマテリアルの基礎、日本バイオマテリアル学会、印刷中

262名無しさん:2014/12/24(水) 10:56:02
以上

263名無しさん:2014/12/24(水) 10:58:29
海外公演までやってるのな。ちゃんと勉強してたみたいにみえるんだけど
このあたりからねつ造してるとなると、まあ、ご苦労さんとしか言いようがないよね。

264名無しさん:2014/12/24(水) 10:59:18
これって日本語の概要なんでしょ。本論文は?

265名無しさん:2014/12/24(水) 11:01:56
本論文は11次元がどこかからひっぱってきた一部しかない。
しかも、下書き草稿というのは明白だけどよければ貼っとこか。

266セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:06:44
又俺? でも目次とNIHのコピペはそのままでいいでしょ。

1. Background
1.1 General Introduction 1
• Importance of stem cells
• Unique properties of all stem cells
1.2 Adult stem cell 7
• History ofAdult stem cell research
• Function of adult stem cells
1.3 Research methods for identifying adult stem cells 10
• Normal differentiation pathways of adult
stem cells.
• Transdifferentiation.
1.4 Pluripotent stem cells - 14
• The similarities and differences between
embryonic and adult stem cells
• Embryonic stem cells
A. Establish of embryonic stem cells grown in
the laboratory
B. Tests for identifying embryonic stem cells
• Induced pluripotent stem cells
1.5 Possibility of existence of adult pluripotent stem cells - 20
• Spore-like stem cells
1.6 Hypothesis of this research - - 23

267セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:08:17
続き

2. Isolation of small cells
2.1 Introduction 27
2.1.1 Stem cells and small cells 27
2.1.2 Stem cells and sphere formation 27
2.2 Experimental 28
2.2.1 Isolation of small cells 28
2.2.2 Characterization of small cells 29
2.3 Results - - - 30
2.3.1 Sphere forming from isolated cells 30
2.3.2 Effect of trituration 30
2.3.3 Culture conditions of small cells 31
2.3.4 Sphere formation from bone marrow cells 31
2.3.5 Immature cell marker expression 32
2.3.6 Expression of embryonic like phenotypes 33
2.3.7 Quantitative PCR of Pluripotent markers 34
2.4 Summary of section 2 - 35
2.5 Discussion - 35
2.6 References - 45

268セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:08:51
続き

3. Characterization of small cells
3.1 Introduction - 48
3.1.1 Differentiation potential of stem cells
3.2 Experimental - - 48
3.2.1 Differentiation potential of cells in vitro 48
3.2.2 Differentiation potential in vivo 48
3.3 Results - 49
3.3.1 Differentiation potential of cells in vitro 50
3.3.2 Differentiation potential of cells in vivo 51
3.4 Summary of section 3 51
3.5 Discussion - - 51
3.6 Referances 58

269セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:09:43
続き

4. Isolation of small cells from
TISSUES DERIVED FROM ALL THREE
GERM LAYERS
4.1 Introduction 63
4.2 Experimental - 63
4.2.1 Isolation of small cells from various tissues 64
4.2.2 Characterization of isolated small cells 64
m
4.2.3 Differentiation potential of sphere forming small cells 64
4.3 Results 65
4.3.1 Sphere formation from tissues derived from representative of the
three germ layers 65
4.3.2 Immature gene expression of spheres derived from tissues
representative of the three germ layers 66
4.3.3 Differentiation potential of Cells derived from tissues
representative of the three germ layers 67
4.3.4 Differentiation potential of cells in vivo 68
4.4 Summary of section 4 69
4.5 Discussion 69
4.6 References 76

270セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:11:54
続き

5.2.2 Genotyping 82
5.2.3 Immunohistological アナリシーズ - 82
5.3 Results - 83
5.3.1 Generation of chimera zygotes 83
5.3.2 アナリシーズ of adult chimera mice 83
5.3.3 アナリシーズ of chimera fetuses 83
5.4 Summary of section 5 - - 84
5.5 Discussion - 85
5.6 References 93

271セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:13:34
続き

6. Future prospects
6.1 General overview - - - - 95
6.2 Cell source for tissue engineering regenerative medicine 95
6.3 Future issues - 96
APPENDIX - 97
• Material and method
• Primer sequences
ACKNOWLEDGEMENTS - los
CURRICULUM VITAE

272セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:15:58
以上、目次終り。次はバックグラウンド。

1.Background
1.1 General Introduction
• Importance of stem cells
Stem cells have the remarkable potential to develop into many different cell types
in the body during early life and growth. In addition, in many tissues they serve as
a sort of internal repair system, dividing essentially without limit to replenish other
cells as long as the person or animal is stiH alive. When a stem cell divides, each
new cell has the potential either to remain a stem cell or become another type of cell
with a more specialized function, such as a muscle cell, a red blood cell, or a brain
ceU.

273セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:17:01
続き

Stem cells are distinguished from other cell types by two important characteristics.
First, they are unspeciaHzed cells capable of renewing themselves through cell
division, sometimes after long periods of inactivity. Second, under certain
physiologic or experimental conditions, they can be induced to become tissue- or
organ-specific cells with special functions. In some organs, such as the gut and bone
marrow, stem cells regularly divide to repair and replace worn out or damaged
tissues. In other organs, however, such as the pancreas and the heart, stem cells
only divide under special conditions.

274セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:17:44
続き

Until recently, scientists primarily worked with two kinds of stem cells from
animals and humans^ embryonic stem cells and non-embryonic "somatic" or "adult"
stem ceUs. The functions and characteristics of these ceUs will be explained in this
section. Scientists discovered ways to derive embryonic stem cells from early mouse
embryos nearly 30 years ago, in 1981. The detailed study of the biology of mouse
stem ceUs led to the discovery, in 1998, of a method to derive stem ceUs from human
embryos and grow the cells in the laboratory. These cells are called human
embryonic stem cells. The embryos used in these studies were created for
reproductive purposes through in vitro fertilization procedures. When they were no
longer needed for that purpose, they were donated for research with the informed
consent of the donor. In 2006, researchers made another breakthrough by
identifying conditions that would allow some specialized adult cells to be
reprogrammed genetically to assume a stem cell-like state. This new type of stem
cell, called induced pluripotent stem cells (iPSCs), will be discussed in a later part of
this section.

275セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:18:30
続き

Stem ceUs are important for hving organisms for many reasons. In the 3* to
5-day-old embryo, called a blastocyst, the inner cells give rise to the entire body of
the organism, including all of the many specialized cell types and organs such as the
heart, lung, skin, sperm, eggs and other tissues. In some adult tissues, such as bone
marrow, muscle, and brain, discrete populations of adult stem cells generate
replacements for cells that are lost through normal wear and tear, injury, or
disease.

276セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:19:05
続き

Given their unique regenerative abilities, stem cells offer new potentials for
treating diseases such as diabetes, and heart disease. However, much work remains
to be done in the laboratory and the clinic to understand how to use these cells for
cell-based therapies to treat disease, which is also referred to as regenerative or
reparative medicine.

277セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:19:54
続き

Laboratory studies of stem cells enable scientists to learn about the cells' essential
properties and what makes them different from specialized cell types. Scientists are
already using stem cells in the laboratory to screen new drugs and to develop model
systems to study normal growth and identify the causes of birth defects.
Research on stem cells continues to advance knowledge about how an organism
develops from a single cell and how healthy cells replace damaged cells in adult
organisms. Stem cell research is one of the most fascinating areas of contemporary
biology, but, as with many expanding fields of scientific inquiry, research on stem
cells raises scientific questions as rapidly as it generates new discoveries.

278セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:20:25
続き

• The unique properties of all stem cells
Stem cells differ from other kinds of cells in the body. All stem cells—^regardless of
their source—^have three general properties^ they are capable of dividing and
renewing themselves for long periods," they are unspecialized; and they can give rise
to specialized cell types.

279セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:20:57
続き

Stem cells are capable ofdividing and renewing themselves for longperiods. Unlike
muscle cells, blood cells, or nerve cells—^which do not normally replicate
themselves—stem cells may replicate many times, or proliferate. A starting
population of stem cells that proHferates for many months in the laboratory can
yield milHons of cells. If the resulting cells continue to be unspecialized, like the
parent stem cells, the cells are said to be capable of long-term self-renewal.
Scientists are trying to understand two fundamental properties of stem cells that
relate to their long-term self-renewal
why can embryonic stem cells proliferate for a year or more in the laboratory
without differentiating, but most non-embryonic stem cells cannot; and what are
the factors in hving organisms that normally regulate stem cell proHferation and
self-renewal?

280セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:21:27
続き

Discovering the answers to these questions may make it possible to understand how
cell proliferation is regulated during normal embryonic development or during the
abnormal cell division that leads to cancer. Such information would also enable
scientists to grow embryonic and non-embryonic stem cells more efficiently in the
laboratory.

281セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:22:32
続き

The specijSc factors and conditions that allow stem cells to remain unspeciaHzed are
of great interest to scientists. It has taken scientists many years of trial and error to
learn to derive and maintain stem cells in the laboratory without them
spontaneously differentiating into specific cell tj^es. For example, it took two
decades to learn how to grow human embryonic stem cells in the laboratory
following the development of conditions for growing mouse stem cells. Therefore,
understanding the signals in a mature organism that cause a stem cell population
to prohferate and remain unspecialized until the cells are needed. Such information
is critical for scientists to be able to grow large numbers of unspecialized stem cells
in the laboratory for further experimentation.

282セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:22:58
続き

Stem cells are unspecialized. One of the fundamental properties of a stem cell is
that it does not have any tissue-specific structures that allow it to perform
specialized functions. For example, a stem cell cannot work with its neighbors to
pump blood through the body (like a heart muscle cell), and it cannot carry oxygen
molecules through the bloodstream (like a red blood cell). However, unspecialized
stem ceUs can give rise to specialized cells, including heart muscle cells, blood cells,
or nerve cells.

283セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:23:26
続き

Stem cells can give rise to specialized cells. When unspecialized stem cells give rise
to specialized cells, the process is called differentiation. While differentiating, the
cell usually goes through several stages, becoming more specialized at each step.
Scientists are just beginning to understand the signals inside and outside cells that
trigger each stem of the differentiation process. The internal signals are controlled
by a cell's genes, which are interspersed across long strands of DNA, and carry
coded instructions for all cellular structures and functions. The external signals for
cell differentiation include chemicals secreted by other cells, physical contact with
neighboring cells, and certain molecules in the microenvironment. The interaction
of signals during differentiation causes the ceU's DNA to acquire epigenetic marks
that restrict DNA expression in the cell and can be passed on through cell division.

284セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:24:00
続き

Many questions about stem cell differentiation remain. For example, are the
internal and external signals for cell differentiation similar for all kinds of stem
cells? Can specific sets of signals be identified that promote differentiation into
specific cell types? Addressing these questions may lead scientists to find new ways
to control stem cell differentiation in the laboratory, thereby growing cells or tissues
that can be used for specific purposes such as cell-based therapies or drug
screening.

285セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:24:39
続き

Adult stem cells typically generate the cell types of the tissue in which they reside.
For example, a blood-forming adult stem cell in the bone marrow normally gives
rise to the many types of blood cells. It is generally accepted that a blood-forming
cell in the bone marrow—^which is called a hematopoietic stem cell—cannot give rise
to the cells of a very different tissue, such as nerve cells in the brain. Experiments
over the last several years have purported to show that stem cells from one tissue
may give rise to cell tj^es of a completely different tissue. This remains an area of
great debate within the research community. This controversy demonstrates the
challenges of studying adult stem cells and suggests that additional research using
adult stem cells is necessary to understand their full potential as future therapies.

286セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:27:58
続き

1.2 Adult stem cells
An adult stem cell is thought to be an undifferentiated cell, found among
differentiated cells in a tissue or organ that can renew itself and can differentiate to
yield some or all of the major specialized cell types of the tissue or organ. The
primary roles of adult stem cells in a hving organism are to maintain and repair the
tissue in which they are found. Scientists also use the term somatic stem cell
instead of adult stem cell, where somatic refers to cells of the body (not the germ
cells, sperm or eggs). Unlike embryonic stem cells, which are defined by their origin
(cells from the preimplantation-stage embryo), the origin ofadult stem cells in some
mature tissues is still under investigation.

287セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:29:26
続き

Research on adult stem cells has generated a great deal of excitement. Scientists
have found adult stem cells in many more tissues than they once thought possible.
This finding has led researchers and clinicians to ask whether adult stem cells could
be used for transplants. In fact, adult hematopoietic, or blood-forming, stem cells
from bone marrow have been used in transplants for 40 years. Scientists now have
evidence that stem cells

288セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:31:17
続き

exist in the brain and the heart. If the differentiation of
adult stem cells can be controlled in the laboratory, these cells may become the
basis of transplantation-based therapies.
• History of Adult stem cell research
The history of research on adult stem cells began about 50 years ago. In the 1950s,
researchers discovered that the bone marrow contains at least two kinds of stem
cells. One population, called hematopoietic stem cells, forms all the types of blood
cells in the body. A second population, called bone marrow stromal stem cells (also
called mesenchymal stem cells, or skeletal stem cells by some), were discovered a
few years later. These non-hematopoietic stem cells make up a small proportion of
the stromal cell population in the bone marrow, and can generate bone, cartilage,
fat, cells that support the formation of blood, and fibrous connective tissue.
In the 1960s, scientists who were studying rats discovered two regions of the brain
that contained dividing cells that ultimately become nerve cells. Despite these
reports, most scientists believed that the adult brain could not generate new nerve
cells. It was not until the 1990s that scientists agreed that the adult brain does
contain stem cells that are able to generate the brain's three major cell
types—astrocjrtes and oligodendrocytes, which are non-neuronal cells, and neurons,
or nerve cells.

289セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:32:23
続き

• Function of Adult stem cells
Adult stem cells have been identified in many organs and tissues, including brain,
bone marrow, peripheral blood, blood vessels, skeletal muscle, skin, teeth, heart,
gut, Hver, ovarian epithelium, and testis. They are thought to reside in a specific
area of each tissue (called a "stem cell niche"). In many tissues, current evidence
suggests that some types of stem cells are pericytes, cells that compose the
outermost layer of small blood vessels. Stem cells may remain quiescent
(non-dividing) for long periods of time until they are activated by a normal need for
more cells to maintain tissues, or by disease or tissue injury.
Typically, there is a very small number of stem cells in each tissue, and once
removed from the body, their capacity to divide is limited, making generation of
large quantities of stem cells difficult. Scientists in many laboratories are trying to
find better ways to grow large quantities of adult stem cells in cell culture and to
manipulate them to generate specific cell types so they can be used to treat injury or
disease. Some examples of potential treatments include regenerating bone using
cells derived from bone marrow stroma, developing insulin-producing cells for
type 1 diabetes, and repairing damaged heart muscle following a heart attack with
cardiac muscle cells.

290セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:33:10
続き

1.3 Research methods for identifying adult stem cells
Scientists often use one or more of the following methods to identify adult stem
cells: (i) label the cells in a living tissue with molecular markers and then
determine the speciaHzed cell types they generate; (2) remove the cells from a living
animal, label them in cell culture, and transplant them back into another animal to
determine whether the cells replace (or "repopulate") their tissue of origin.
Importantly, it must be demonstrated that a single adult stem cell can generate a
line of genetically identical cells that then gives rise to all the appropriate
differentiated cell tj^es of the tissue. To confirm experimentally that a putative
adult stem cell is indeed a stem cell, scientists tend to show either that the cell can
give rise to these genetically identical cells in culture, and/or that a purified
population of these candidate stem cells can repopulate or reform the tissue after
transplant into an animal.
As indicated above, scientists have reported that adult stem cells occur in many
tissues and that they enter normal differentiation pathways to form the specialized
cell types of the tissue in which they reside.

291セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:34:28
続き

• Normal differentiation pathways of adult stem cells.
In a living animal, adult stem cells are available to divide, when needed, and can
give rise to mature ceU types that have characteristic shapes and specialized
structures and functions of a particular tissue. Hematopoietic stem cells give rise to
all the types of blood cells' red blood cells, B lymphocytes, T lymphocytes, natural
killer cells, neutrophils, basophils, eosinophils, monocytes, and macrophages.
Mesenchymal stem cells give rise to a variety of cell types' bone cells (osteocytes),
cartilage cells (chondrocytes), fat cells (adipocytes), and other kinds of connective
tissue cells such as those in tendons.
Neural stem cells in the brain give rise to its three major cell types- nerve cells
(neurons) and two categories of non-neuronal cells—astrocytes and
oligodendrocytes.
Epithelial stem cells in the hning of the digestive tract occur in deep crypts and give
rise to several ceD types: absorptive cells, goblet cells, paneth cells, and
enteroendocrine cells.
Skin stem cells occur in the basal layer of the epidermis and at the base of hair
follicles. The epidermal stem cells give rise to keratinocytes, which migrate to the
surface of the skin and form a protective layer. The follicular stem cells can give rise
to both the hair follicle and to the epidermis.

292セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:35:36
続き

• Transdifferentiation.
A number of experiments have reported that certain adult stem cell t5^es can
differentiate into cell t5TDes seen in organs or tissues other than those expected from
the cells' predicted lineage (i.e., brain stem cells that differentiate into blood cells or
blood-forming cells that differentiate into cardiac muscle cells, and so forth). This
reported phenomenon is called transdifferentiation.
Although isolated instances of transdifferentiation have been observed in some
vertebrate species, whether this phenomenon actually occurs in humans is under
debate by the scientific community. Instead of transdifferentiation, the observed
instances may involve fusion of a donor cell with a recipient cell. Another possibility
is that transplanted stem cells are secreting factors that encourage the recipient's
own stem cells to begin the repair process. Even when transdifferentiation has been
detected, only a very small percentage of cells undergo the process.

293セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:36:31
続き

In a variation of transdifferentiation experiments, scientists have recently
demonstrated that certain adult cell t5T)es can be "reprogrammed" into other ceU
tjT^es in vivo using a weU-controUed process of genetic modification (see Section VI
for a discussion of the principles of reprogramming). This strategy may offer a way
to reprogram available cells into other cell types that have been lost or damaged due
to disease. For example, one recent experiment shows how pancreatic beta cells, the
insulin-producing ceUs that are lost or damaged in diabetes, could possibly be
created by reprogramming other pancreatic ceUs. By "re-starting" expression of
three critical beta-cell genes in differentiated adult pancreatic exocrine cells,
researchers were able to create beta ceU-like cells that can secrete insulin. The
reprogrammed cells were similar to beta cells in appearance, size, and shape;
expressed genes characteristic of beta cells." and were able to partially restore blood
sugar regulation in mice whose own beta cells had been chemically destroyed. While
not transdifferentiation by definition, this method for reprogramming adult cells
may be used as a model for directly reprogramming other adult cell types.
In addition to reprogramming ceils to become a specific ceD type, it is now possible
to reprogram adult somatic cells to become like embryonic stem cells (induced
pluripotent stem cells, iPSCs) through the introduction of embryonic genes. Thus, a
source of cells can be generated that are specific to the donor, thereby avoiding
issues of histocompatibility, if such cells were to be used for tissue regeneration.
However, like embryonic stem cells, determination of the methods by which iPSCs
can be completely and reproducibly committed to appropriate cell Hneages is still
under investigation

294セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:38:08
続き

1.4 Pluripotent stem cells
• The similarities and differences between embryonic and adult stem cells
Human embryonic and adult stem cells each have advantages and disadvantages
regarding potential use for cell-based regenerative therapies. One major difference
between adult and embryonic stem cells is their different abilities in the number
and type of differentiated ceU types they can become. Embryonic stem cells can
become all cell types of the body because they are pluripotent. Adult stem cells are
thought to be limited to differentiating into different cell types of their tissue of
origin.
Embryonic stem cells can be grown relatively easily in culture. Adult stem cells are
rare in mature tissues, so isolating these cells from an adult tissue is challenging,
and methods to expand their numbers in cell culture have not yet been worked out.
This is an important distinction, as large numbers of cells are needed for stem cell
replacement therapies.
Scientists believe that tissues derived from embryonic and adult stem cells may
differ in the likeHhood of being rejected after transplantation. We don't yet know
whether tissues derived from embryonic stem cells would cause transplant rejection,
since the first phase 1 cHnical trial testing the safety of cells derived from hESCS
has only recently been approved by the United States Food and Drug
Administration (FDA).

295セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:39:00
続き

Adult stem cells, and tissues derived from them, are currently believed less likely to
initiate rejection after transplantation. This is because a patient's own cells could be
expanded in culture, coaxed into assuming a specific cell tj^e (differentiation), and
then reintroduced into the patient. The use of adult stem cells and tissues derived
from the patient's own adult stem cells would mean that the cells are less lilcely to
be rejected by the immune system. This represents a significant advantage, as
immune rejection can be circumvented only by continuous administration of
immunosuppressive drugs, and the drugs themselves may cause deleterious side
effects
• Embryonic stem cells
A. What stages of early embryonic development are important for generating
embryonic stem cells?
Embryonic stem cells, as their name suggests, are derived from embryos. Most
embryonic stem cells are derived from embryos that develop from eggs that have
been fertilized in \dtro—^in an in vitro fertilization clinic—and then donated for
research purposes with informed consent of the donors. They are not derived from
eggs fertilized in a woman's body.

296セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:39:56
続き

A. Establish of embryonic stem cells grown in the laboratory
Growing cells in the laboratory is known as cell culture. Human embryonic stem
cells (hESCs) are generated by transferring cells from a preimplantation-stage
embryo into a plastic laboratory cultm'e dish that contains a nutrient broth known
as culture medium. The cells divide and spread over the surface of the dish. The
inner surface of the culture dish is typically coated with mouse embryonic skin cells
that have been treated so they will not di\dde. This coating layer of cells is called a
feeder layer. The mouse cells in the bottom of the culture dish provide the cells a
sticky surface to which they can attach. Also, the feeder cells release nutrients into
the culture medium. Researchers have devised ways to grow embryonic stem cells
without mouse feeder cells. This is a significant scientific advance because of the
risk that viruses or other macromolecules in the mouse cells may be transmitted to
the human cells.
The process of generating an embryonic stem cell line is somewhat inefficient, so
Hnes are not produced each time cells from the preimplantation-stage embryo are
placed into a culture dish. However, if the plated cells survive, divide and multiply
enough to crowd the dish, they are removed gently and plated into several fresh
culture dishes. The process of re-plating or subculturing the cells is repeated many
times and for many months. Each cycle of subculturing the cells is referred to as a
passage. Once the cell line is estabhshed, the original cells yield millions of
embryonic stem cells. Embryonic stem cells that have proliferated in cell culture for
a prolonged period of time without differentiating, are pluripotent, and have not
developed genetic abnormalities are referred to as an embryonic stem cell line. At
any stage in the process, batches of cells can be frozen and shipped to other
laboratories for further culture and experimentation.

297セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:40:47
続き

B. Tests for identifying embryonic stem cells
At various points during the process of generating embryonic stem cell lines,
scientists test the cells to see whether they exhibit the fundamental properties that
make them embryonic stem cells. This process is called characterization.
Scientists who study human embryonic stem cells have not yet agreed on a
standard battery of tests that measure the cells' fundamental properties. However,
laboratories that grow human embryonic stem cell lines use several kinds of tests,
including-
Growing and subculturing the stem cells for many months. This ensures that the
cells are capable of long-term growth and self-renewal. Scientists inspect the
cultures through a microscope to see that the cells look healthy and remain
undifferentiated.
Using specific techniques to determine the presence of transcription factors that are
typically produced by undifferentiated cells. Two of the most important
transcription factors are Nanog and Oct4. Transcription factors help turn genes on
and off at the right time, which is an important part of the processes of cell
differentiation and embryonic development. In this case, both Oct 4 and Nanog are
associated with maintaining the stem cells in an undifferentiated state, capable of
self-renewal.

298セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:41:39
続き

Using specific techniques to determine the presence of paricular cell surface
markers that are typically produced by undifferentiated cells.
Examining the chromosomes under a microscope. This is a method to assess
whether the chromosomes are damaged or if the number of chromosomes has
changed. It does not detect genetic mutations in the cells.
Determining whether the cells can be re-grown, or subcultured, after freezing,
thawing, and re-plating.
Testing whether the human embryonic stem cells are pluripotent by l) allowing the
cells to differentiate spontaneously in cell culture.' 2) manipulating the cells so they
will differentiate to form cells characteristic of the three germ layers; or 3) injecting
the cells into a mouse with a suppressed immune system to test for the formation of
a benign tumor called a teratoma. Since the mouse's immune system is suppressed,
the injected human stem cells are not rejected by the mouse immune system and
scientists can observe growth and differentiation of the human stem cells.
Teratomas t5T)ically contain a mixture of many differentiated or partly
differentiated cell types—an indication that the embryonic stem cells are capable of
differentiating into multiple cell types. As long as the embryonic stem cells in
culture are grown under appropriate conditions, they can remain undifferentiated
(unspecialized). But if cells are allowed to clump together to form embryoid bodies,
they begin to differentiate spontaneously. They can form muscle cells, nerve cells,
and many other cell tjTpes. Although spontaneous differentiation is a good
indication that a culture of embryonic stem cells is healthy, it is not an efficient way
to produce cultures of specific cell types.

299セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:42:23
続き

So, to generate cultures of specific types of differentiated cells—^heart muscle cells,
blood cells, or nerve cells, for example—scientists try to control the differentiation of
embryonic stem cells. They change the chemical composition of the culture medium,
alter the surface of the culture dish, or modify the cells by inserting specific genes.
Through years of experimentation, scientists have established some basic protocols
or "recipes" for the directed differentiation of embryonic stem cells into some specific
cell types.
If scientists can reliably direct the differentiation of embryonic stem cells into
specific cell types, they may be able to use the resulting, differentiated cells to treat
certain diseases in the future. Diseases that might be treated by transplanting cells
generated from human embryonic stem cells include Parkinson's disease, diabetes,
traumatic spinal cord injury, Duchenne's muscular dystrophy, heart disease, and
vision and hearing loss.

300セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:43:09
続き

• Induced pluripotent stem ceUs
Induced pluripotent stem cells (iPSCs) are adult ceUs that have been genetically
reprogrammed to an embryonic stem cell-like state by being forced to express genes
and factors important for maintaining the defining properties of embryonic stem
cells. Although these cells meet the defining criteria for pluripotent stem cells, it is
not known if iPSCs and embryonic stem cells differ in clinically significant ways.
Mouse iPSCs were first reported in 2006, and human iPSCs were first reported in
late 2007. Mouse iPSCs demonstrate important characteristics of pluripotent stem
cells, including expressing stem cell markers, forming tumors containing cells from
all three germ layers, and being able to contribute to many different tissues when
injected into mouse embryos at a very early stage in development. Human iPSCs
also express stem cell markers and are capable of generating cells characteristic of
all three germ layers.
Although additional research is needed, iPSCs are already useful tools for drug
development and modeHng of diseases, and scientists hope to use them in
transplantation medicine. Viruses are currently used to introduce the
reprogramming factors into adult cells, and this process must be carefully
controlled and tested before the technique can lead to useful treatments for humans.
In animal studies, the virus used to introduce the stem cell factors sometimes
causes cancers. Researchers are currently investigating non-viral delivery
strategies. In any case, this breakthrough discovery has created a powerful new way
to "de-differentiate" cells whose developmental fates had been previously assumed
to be determined. In addition, tissues derived from iPSCs wiU be a nearly identical
match to the ceU donor and thus probably avoid rejection by the immune system.
The iPSC strategy creates pluripotent stem cells that, together with studies of other
types of pluripotent stem cells, will help researchers learn how to reprogram cells to
repair damaged tissues in the human body.

301セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:44:40
続き

1.5 Possibility of existence of adult pluripotent stem cells
Many important questions about adult stem cells remain to be answered. They
include:
How many kinds of adult stem cells

302セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:45:12
続き

exist, and in whichtissues do they exist?
How do adult stem cells evolve during development and how are they maintained in
the adult? Are they "leftover" embrj'^onic stem cells, or do they arise in some other
way?
As described above, stem cells were discovered by studies of development. In
development, germ-layer differentiation is a critical point. All adult stem cells
discovered until today are known to be generated after germ-layer differentiation.
By this reason, adult stem cells cannot differentiate crossing germ layers.
Whereas, some scientists suggested that "left over" embryonic cells still reside in
adult body.
For example, MAPC, spore-like stem cells, MIAMI cells, VSESC and MUSE ceUs.
They suggest those theories because some phenomena can not be explained by
knowledge from development study. Adult stem cells have generally been felt to be
Hmited to multipotency and unable to cross germ layer lineages as they develop.
However, first, a part of mesenchymal stem ceUs were derived firom ectoderm not
mesoderm. Second, a part of mesenchymal stem cells can differentiate into cells
derived firom ectoderm. Thus, some of adult stem cells cross the germ layers. If the
origin of germ layer is critical for determining stem cells' fate, these phenomena can
not be explained. This is the reason why researchers suggest that "left over"
embryonic cells still reside in adult body.

303セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:51:35
続き

Especially spore-like stem cell research suggested a very unique theory.
• Spore-like stem cells (Figure 2)
While the existence of adult stem cells has been reported for more than a decade,
our research team has advanced the theory that common adult stem cells reside in
all body tissues, they possess small figure and stress-tolerant property. These cells
were named spore-like stem cells.
1.6 Hypothesis of this research
• Sphere formation
Sphere formation is recognizes as one of isolation method of adult stem cells.
Because, stem cells should hold a strong proliferative potential and self-renewal
potency, sphere formation is recognized as a result of those potencies.
Interestingly, as presented by neurospheres, some sphere forming stem cells show
gene expression over lapping with ES cells.
• Immature adult stem ceUs
If stem cells which can cross the germ layer lineages

304セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:54:17
続き

exist in adult body, we assume
that they should be very distinct from ES ceUs because ES cells were not native cells
.

305セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:54:48
続き

existing in native organisms. ES cells are artificial.

• Hypothesis
Considering all the various factors together.
1. Adult stem cells stem which can cross germ layers (very
immature adult stem cells) may exist.
2. They are very small, and stress-tolerant
3. They form spheres
In this study, we characterized cells isolated from three adult tissues (lung, muscle
and spinal cord) representative of the three different germ layers (endoderm,
mesoderm and ectoderm) and from bone marrow. The cells were triturated to break
mature cells and propagated as non-adherent clusters or spheres in a serum-free
culture medium. We found that cells from each source, initially expressed many of
the markers associated with ESCs and demonstrated differentiation potential into
all three germ layers at a time that neural Hneage markers had not yet been
expressed. Ultimately cells from each tissue, differentiated into cells representative
of all three germ layers in \itro. The isolation initially contained a significant
amount of floating debris, non-adherent cells, insoluble proteins or fibers, and other
extraneous materials, all of which appeared to participate in the formation of
non-adherent spherical clusters that contained the cells. The cellular make-up of
individual spheres was not identical; that is, spheres were composed of
heterogeneous populations of cells, even when the spheres were generated from
cells procured fi'om the same tissue at the same time. Similarities or differences
seen in the cell content of different spheres, were believed to be secondary to the
environment in which they were cultured.

306セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 11:55:26
以上、バックグラウンド終り。

307名無しさん:2014/12/24(水) 11:56:12
長えよう!

308名無しさん:2014/12/24(水) 11:59:14
すまんすまん。こんなに長いとは思わなかった。一気にスペース
消耗しちまったな。でも、このコピペは小保方が留学初期に
読んでこの世界に引きずり込まれた文章なんじゃないかなあと
ちょっと前から引っかかってたんだけどな。

309セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 12:40:10
じゃあ、11次元が引っ張ってきた第2章な。

2. 小細胞の単離

2.1 導入

2.1.1 幹細胞と小細胞
一般的に言えば、幹細胞は小さい。細胞質と核の割合は幹細胞の顕著な指標の一つである。しかし、小細胞だけの単離方法はもう確立されている。
2.1.2 幹細胞とスフィア形成
幹細胞が強い増殖能力および自己再生能力を持っていることが認識されて以来、スフィア形成は幹細胞特性の結果の一つとして認識されている。最近では多くの報告が、様々な成体組織がスフィア形成細胞を含むことを示している。網膜、脳、角膜、嗅覚神経上皮、膵臓、皮膚、筋肉および骨髄を含む多くの成人組織に由来する細胞が、胚性幹(ES)細胞がそうであるように、非付着性のクラスタ又はスフィアとして増殖されてきた。

310セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 12:40:52
これらのレポートに記載されているスフィアに含まれる細胞は神経系統マーカーを発現し、幹細胞能力の様々な程度を保有するように見える。我々は様々な報告書に記載された成体幹細胞は発達の異なる段階での効力の異なる程度を表現する同一の成体幹細胞を表すと考えている。スフィア形成細胞は前もって予想されていたよりもはるかに未成熟です。我々は内胚葉、中胚葉または外胚葉からのどんな組織から獲得された大人の幹細胞でも、適切な環境下で維持するとき、広い多能性と混在した胚葉を示すことができるのではという仮説を立てた。そこで我々はまず小細胞を単離する方法を検討した。そして次に無血清状態でスフィア形成能があるかどうか調べた。

311セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 12:41:27
2.2 実験

2.2.1 小細胞の単離
以下に述べているように骨髄、肺、筋肉および脊髄組織は3〜4週齢のC57BL / 6Jマウスから入手した。骨髄はインスリン注射器を用いて培養液で大腿骨と脛骨を洗い出すことによって取得した。細胞は1×10^細胞/ cmで、2%B27、20ng/ mlのbFGF及び10ng/ mlのEGFを補充したF12/ DMEM(1:1、v / v)に播種した。
げっ歯類骨髄の小細胞を単離するために、以下の3種類の方法が試された。

A. 細胞ソーター
前方散乱はサイズ定義された水滴により調整された。直径8マイクロメートル未満の細胞が単離された。

B. 浸透圧
骨髄細胞は成熟細胞を破壊するために低浸透圧液体に曝された。

C. 細ガラスピペットを使用しての粉砕
標準ガラスピペットは細い先端を作るために焼かれて伸ばされた。成熟細胞は細ガラスピペットを何度も通され機械的ストレスによって破壊された。得られた小さな細胞は、無血清培地で培養し、スフィアが幹細胞の数としてカウントされた。

312セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 12:41:59
2.2.2 小細胞の性格付け
免疫組織化学。タンパク質発現は下記に記された免疫組織化学法を用いて評価された。各ガラススライドはanti-c-kit rat monoclonal 抗体, anti-Sca-1 rat monoclonal 抗体または、 anti-E-cadherin rat monoclonal 抗体によって培養された。 PBSで洗浄後、細胞は goat anti-rat IgG Texas Red-conjugated 抗体と goat anti-rat IgG Fluorescein-conjugated 抗体で培養された。ES細胞検出キットを用いてSSEA-1およびアルカリホスファターゼ(AP)染色が行なわれた。
単体スフィァのリアルタイムポリメナール連鎖反応(PT-PCR)。単体スフィアが個別に顕微鏡下に集められた。総RNAが各単体スフィアから抽出され、次にオリゴdTプライミング逆転写(RT)が行なわれた。 RT-PCRは35サイクルのiCycler上のTaqDNAポリメラーゼを用いて行われた。

313セント・パンテレイモン・ふふふ三世:2014/12/24(水) 12:42:40
2.3 結果
2.3.1単離された細胞からのスフィア形成
粉砕と浸透圧が球を生産した。一方、セルソーターはスフィアを生産しなかった。粉砕が最も多くスフィアを生産した。そこで我々は粉砕法を小細胞の単離方法として採用した。

2.3.2 粉砕法の効果
粉砕した後、小細胞集団は、天然の骨髄細胞と比較して増加した(図3AおよびB)。しかし細胞の直径が8マイクロメーター以上の全ての細胞が消えたわけではない。粉砕された細胞は培養中にスフィァを形成した。、、、ネイティブ骨髄細胞(図3AおよびB)。しかし細胞の8マイクロ以上の全ての細胞が、、、興味深いことに、スフィアは小細胞だけでできている(図3C)。したがって粉砕法が小細胞のみを培養、成長させることができると示された。

314名無しさん:2014/12/24(水) 12:47:57
小保方が寝ぼけていてoptimisticとosmotic をズット取り違えたままの
箇所だね。この取り違えに関する早稲田の解釈も笑わせるね。optimisticが
楽観的という意味を知らない人居ないし、本人が浸透圧の
話しているのにosmoticという言葉を知らないなんてありえないよね。
疲労からの取り違えに決まってるところを自分たちが見てない負い目が
あるもんだからわけの分からん解釈してる。


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