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雑談スレッド
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現状、私が参加しているプロジェクトの中で唯一SSE対応しているSIMAPですが、
今月中旬ごろからhmmerという新しいアプリケーションがリリースされています。
これはHidden Markov Modelsという確率モデルによって蛋白質の立体構造に
アプローチしようというものらしいのですが、詳しいことは良く分かりません。
別分野で使われているモデルを持ち込んでの予測という手法はなかなか面白いとは
思います。
↓9/9のところに原文があります
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/old_news.php
で、何が言いたかったのかというと、この新しいhmmerもSSE対応しているのは
いいのですが、なぜかAMDのCPUでは異常に計算が遅いのです。
（計算結果は問題ないようなのですが）
同等性能のP4やCoreDuoの2倍以上はかかる感じで、SSEが爆速のCore2Duoの
3倍以上かかっています。
現象は確認されているようで、プロジェクトのトップページにも書かれていますが
まだ対応できていないようです。
そのせいというわけでもないでしょうが、SIMAPの私の国内順位が2位に下がって
いました。主力がAMDである私にはつらい…
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