雑談スレッド - 1131026416 - したらば掲示板

1：toma01：2005/11/03(木) 23:00:16: BOINCに関係あることや、関係ないことを書き込むスレッドです。
BOINCに関する質問は「Q&Aスレ」へどうぞ。
2：toma01：2005/11/03(木) 23:16:27: World Community Grid( www.worldcommunitygrid.org )と言うプロジェクトが始まっています。
Rosseta@HOME の兄弟プロジェクトで中身は一緒のようです。
r@hのトップページにある解説からWC_Gridへのリンクが張られています。

ただし、BOINCはLINUX版のみです。WIN版はUDと同じクライアントです。
クライアントプログラムには共にRosettaの名前が入っています。
r@hとはバージョンが違うので別プログラムのようです。
Linuxマシンは両方に参加させておくといいかもしれません。
3：レフレール ◆XksB4AwhxU：2005/11/04(金) 04:52:59: Human Proteome Folding Projectですねぇ。
私はUD参加していなかったので今回とりあえず様子見とします。
興味ある方は始められるもよいかと思います。

Rosetta@homeは、海外組を取り入れて追い上げてくる国内チームも現れましたね。
私も競争目的ではありませんが楽しみがまた一つできましたよ。
4：yamashin：2005/11/04(金) 22:09:30: 私はUDもやってて、これまでCPUTime10年ほど処理してきたので、参考までに…

WC_Grid = UDでRosettaと呼ばれているHuman Proteome Folding Project　で、
Rosetta@Home とも内容は同じですが、WUの分け方が違うようです。

Rosetta@Homeは、最近WUが小さくなって数十分から1時間半程度で処理できますが
Human Proteome Folding Project は15時間から120時間くらいとかなり時間がかかるうえ
ばらつきも大きいです。
折り畳み数が多いWUに当たると、％が全く進まなくなって不安になります。
（文中の処理時間はいずれもAthlon64 3400+定格、PAHは30分弱で処理）
5：レフレール ◆XksB4AwhxU：2005/11/05(土) 15:58:18: Rosetta@HomeにもWUばらつきあるものの、120時間は恐ろしく硬いWUですねぇ。(>_<)
折り畳み試行が多いということがWUを硬くしているんですね。
となると、メモリ制限があるのでしょうか？他のアプリケーションは走らせられないかなぁ？

現在は停止していますがXtremlabの500WU落下も恐怖ですよ。なんたって全てのWUの報告期限が5日間ですから。
6：toma01：2005/11/05(土) 22:36:05: WC_Gridの経過です。
Result：３個
WU当たりTime：2:15～4:30
Point：計354、BOINCのXMLでは35.4になります。
(AMD Athlon(tm) XP 1700+、メモリ378MB)

システム条件(for Linux)は下記の通りで、windows用より緩いです。
# At least 256 MB RAM
# At least 15 MB of free disk space
# An Intel or AMD x86 processor

どうやら、Linux用はWUが小さいようですね。
7：レフレール ◆XksB4AwhxU：2005/11/06(日) 00:27:00: worldcommunitygridにアカウントとチームを作ってみました。
LinuxバージョンはBOINC5.2以上を必要とするのですねぇ。アップするまでにRosetta@homeのWUを片付けることにしましたよ。
8：yamashin：2005/11/09(水) 00:32:48: PAHで、新しい種類のWUが配布されていますね。
名前を見るとprionとなっていますが、一体何者？
狂牛病で知られるようになった、プリオンか？
今のところ公式サイトでは何のアナウンスもありませんが。

ウチの4400+@2.4Gでは40分弱/2WUと以前の1.3倍ほどかかっています。
9：レフレール ◆XksB4AwhxU：2005/11/09(水) 02:01:37: "bprion_1_*_*"ですね。私もやっと落ちてきました。
プリオンで間違いないと思います。
ただしプリオンはシャペロンを持つ生物であるならば必ず存在する可能性があるものですから、まだ伝達性海綿状脳症に代表される哺乳類のプリオンであるかはまだわかりません。

ターゲットは
Helix H0001　Actin binding
　http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=1vii
Helix H0002　DNA-binding protein
　http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=1DV0
Helix H0003　Transcription
　http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=1gvd
Helix H0004　DNA-binding protein
　http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=1mbh
Helix H0005　DNA-binding protein
　http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=1gab
Helix H0006　DNA-binding protein
　http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=1idy
Helix H0007　DNA-binding protein
　http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=1prv
Helix H0008　DNA-binding protein
　http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=1hdd
Helix H0009　Immunoglobulin-binding protein
　http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=1bdc
Helix H0010　Cysteine motif
　http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=1hp8
Helix H0011　DNA-binding protein
　http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=1bw6
Helix H0012　DNA-binding protein
　http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=2ezh

などと移ってきています。（上記リンクは欧州生物情報研究所サイトより　http://www.ebi.ac.uk/）
因みに上記データベースから"prion"で検索すると58個の蛋白質が解析された、もしくは解析中であることがわかります。

確かに発表されておらず、メッセージボードに書き込んでいる人もいます。
それにしてもWUが先行することもあるんですねぇ。
10：レフレール ◆XksB4AwhxU：2005/11/09(水) 11:51:51: 新ターゲットがサイトにアップされました！

"Bovine Prion Protein Fragment 121-230"
Bovine（ウシ胎児）由来脳内プリオンです。
　http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=1DWY

Small Helix H0012からBovine Prionへの移行でアミノ酸数が75→112。
WUが硬いはずですね。

今後のターゲット拡大に期待ですよ。
11：Hypsap：2005/11/15(火) 19:48:26: 　皆さん、今晩は
　
　今度は "cypa" なるものが御降臨されました。

アプリ： c32a1B120_4.30_windows_intelx86.exe
名前：cypa000A_2_559.inpほか
推定処理所要時間：bprionの半分

　　　　　　　　　　　　　　　　　　Hypsap
12：FCA：2005/11/20(日) 12:04:18: Xtremlab はサーバー停止が1箇月におよび、BOINCstats の統計からは外されてしまった様です。
代わって、μFluids なる新プロジェクトがスタートしました。
http://www.ufluids.net/
内容としては面白そうなので参加してみようと思ったら、アカウントを作るリンクが見当たりません。どうすれば良いのだろう？
13：toma01：2005/11/20(日) 21:32:10: >アカウントを作るリンクが見当たりません。
BOINCクライアント5.2.7はアカウントキーが不要になりました。
クライアントの、"Attach to project"でURL（http://www.ufluids.net/ ）とEメールアドレス、
パスワードを入力すれば参加できるはずですよ。
14：toma01：2005/11/20(日) 21:42:03: 追加情報
ダメもとで http://www.ufluids.net/create_account_form.php を入力したら登録画面が表示されました。
ここで登録して、アカウントキーが通知されれば参加できるのではないでしょうか？
15：FCA：2005/11/20(日) 22:26:29: >>14
toma01さん、情報ありがとうございました。本当にこのURLで｢FCA｣を登録することができました。
早速、1台(AthlonXP 3000+)のBOINCクライアントをVer.5.2.7にUpし、Einstein@HomeとμFluidsを50:50の比率で始めてみました。
Predictor@Homeは従来どおり別の1台(Pentium4 2.4GHz)に専任とさせているのでペースは変わらない筈です。
何だか、｢Q&Aスレ｣みたいになってしまった。
16：レフレール ◆XksB4AwhxU：2005/11/23(水) 15:10:43: どうもすみませんです。
お久しぶりです、レフレールです。

先週より友人が事件に巻き込まれてしまい作業を手伝っていました。ICUに入っている友人の容態が非常に芳しくないのですが後はご家族に任せることにし、このProtein structural analysis room Japanに復帰します。

どうもご迷惑をおかけしました。
17：yamashin：2005/11/23(水) 19:45:27: レフレール研究所長、おかえりなさいませ。
私はクランチこそ続けているものの（やってるのはPCか…）、
wikiも1ページ書いただけでそれっきりにしてました。
もうちょっとは書かないと、とは思っているのですが。
18：yamashin：2005/11/24(木) 21:06:17: World Community Grid に、プロジェクト「FightAIDS@Home」が追加されていました。
見てのとおり、エイズに関する解析を行うようです。
http://www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/viewFaahResearch.do

ただ、今のところWindowsのみの対応みたいです。
19：toma01：2005/11/27(日) 13:51:58: SIMAPというプロジェクトが近々(？)始まるようです。
Similarity Matrix of Proteins - タンパク質の類似性マトリックス
現在、新規登録はできません。
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/
20：レフレール ◆XksB4AwhxU：2005/11/27(日) 15:51:26: >>18 yamashinさん、情報ありがとうございます！　World Community Gridは私も参加していますが、UDから流れる方が多くBOINCから流れる方は少ないですね。
そして、yamashinさんは私たちのチームのP@Hトップクランチャーとなりました！この場を借りまして感謝の意を表します。私も並ぶことはできませんが必死についていきますよｗ

>>19 toma01さん、情報ありがとうございます！　生物情報学の世界では「ホモロジー検索」と言われていますね。様々な生物ゲノムから作られる蛋白質の配列相同性を虱潰し的に（結果的には全て検索しなければなりませんが）調べることにより、例えば哺乳類間で同系の蛋白質を分類したりと生物の進化の過程も詳細を知ることが可能となるものと思います。蛋白質の配列相同性データベース・予測プロトコルの構築はPredictor@homeなどと補完する点もあるため、医学系生物系プロジェクトを進める私たちにとっては「外せない」プロジェクトになるのではなかろうかと思います。
たいへん興味深いプロジェクトですよね。他のプロジェクトが相対的にスピードダウンとなってしまいそうですが、ぜひとも参加してみたいと思います！