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ペーパー一枚への道 その2

1地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/12(金) 08:00:05
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128一言居士:2019/04/16(火) 07:14:50
[GOFのFI幹細胞の件9]
ここまで、キメラはntESで作られているということを若山さんはヴァカンティと小保方さんに説明していませんが、これって何の犯罪でしょうかね。論文は三誌すべて結果的にリジェクトされている。若山さんは論文は必ずリジェクトされると判断していたと思います。自分が査読者だったら落とすでしょ。酸浴させてナイフ切り分けしたらキメラができたって誰も信じやしませんね。現に若山さんは自分自身がそんな作り方をしてないと知ってる。ヴァカンティのティシュー誌に掲載してたらいいじゃないか。誰にも再現なんかできやしないよ。ESコンタミだったかなあで終わりだ。「僕のマウス」を渡していたんだけど、そういえば半々にGFPがきたからなあ、とヴァカンティには後で説明したらいい。小保方さんが自分のラボに来てくれさえすればそれでいいんだ。

129一言居士:2019/04/16(火) 07:15:47
[GOFのFI幹細胞の件10]
ところが、ヴァカンティはそうしなかった。一流誌にこだわったのはヴァカンティで、デイナがニューヨーカーに書いた以下の記事の中に彼の言葉が書き留められている。小保方さんに向かって言った言葉でしょうね。若山さんは困ったでしょうね。

130一言居士:2019/04/16(火) 07:16:29
[GOFのFI幹細胞の件11]
>>
In the spring of 2012, Vacanti, Obokata, and Wakayama made their first submission to Nature. The journal rejected their manuscript, arguing that they had failed to prove that the cells had converted: perhaps they had simply isolated other stemlike cells within the tissue, or perhaps the samples had been contaminated with embryonic stem cells. Reviewers at Cell and at Science concurred.

131一言居士:2019/04/16(火) 07:17:12
[GOFのFI幹細胞の件12]
“The bar to say you’ve demonstrated your hypothesis is correct is very high for those journals,” Vacanti says. “It’s a lower bar for other journals. Do you decide to try to jump over a lower bar or do you jump higher?”

132一言居士:2019/04/16(火) 07:17:43
[GOFのFI幹細胞の件13]
若山研とヴァカンティ研の内輪の話を世間に持ち出したのは誰かということは繰り返しません。若山さんは本当のことも言えずにとても追い込まれてしまったんですね。でも最後まで論文がリジェクトされる可能性が高いと期待していたでしょうね。3誌のことがありますからね。論旨は何も変わっていない。リジェクトされて当たり前だ。加えてレターなんてと、その予測と笹井さんと丹羽さんの名声が結果的には災いしたんですね。とうとう通りそうになって、若山さんは万が一のために考えていたシナリオを実行せざるを得なくなったんでしょうね。通ってなかったら収まっていたかもしれません。2013年の8月に笹井さんと話をした。その時が最後のチャンスだったかもしれません。取り合えず以上です。私にとっての問題はこれからです。

133小野小町:2019/04/16(火) 07:19:50
6-9がアップされなかったのね。
>>

> 一言居士さん、

コメント6-9なんですが、表現がきついので、学とみ子はアップに躊躇しました。

時々、仮説という言葉が入ってはいるのですが、もう少し、トーンダウンして書かないとまずい?と懸念しました。

当ブログでは、チト、遠慮いただけるとありがたいです。

あくまで、仮説のひとつとして、かつ、実在人物に十分に配慮してコメントを書いてくださるようにお願いしたいです。

それぞれのブログの読み手は、あなたの仮説をどのように評価するかも自由なのですから、そうした読み手の自由度にも十分配慮して、あなたは文章づくりをしてください。

むしろ、当ブログでは、核移植以外の可能性を披露していただけると助かります。
2019/4/14(日) 午後 2:14返信する

134一言居士:2019/04/16(火) 07:21:12
僕の返事だよ。
>>
[学さんへの連絡1]
>>学さん
了解しました。あのままでお願いします。ES捏造でなければ本物だということにはならないという論理だけ批判してもらったらよかったんですけど、他のことも説明可能だということを紹介しておかないと、あれはどう、これはどうという目的外の話になる。でも、そういう人と話してもどうせ得るものはないんですから不要といえば不要でした。私も自分のブログは何度も考えたんですけどね。私は世に問うつもりはまるでないんです。世間の片隅には分かっている人間もいるよと落書きしておきたいだけなんです。その意味ではしたらばはとても便利な場所だったんですけどね。人の助けを借りたいがためにちょっと一研究者ブログに出張に出かけたのが知られる契機となってアンチの猛攻を受ける結果にしてしまった。

135一言居士:2019/04/16(火) 07:22:05
[学さんへの連絡2]
ブログ規約は存じあげています。まあ、小保方さんに対してはあちこちで全く守られていませんけどね。取り合えずここではntES仮説でレターの結果が説明できるかという課題を自分で勝手に抱いているんです。もうすぐ終わってお暇出来ると思います。後のことは自分で考えます。ところでヤフーブログは終了予定ですが学さんはどこかへお引越しの準備はなさらないんですか? 以上です。

136小野小町:2019/04/16(火) 07:24:32
あなたこの後で自分宛と間違えてTs.Markerさんに返事出したのよね。
>>
ChIP-seq のTSはCD1 まだ若山研時代では?

また、Sox21の高発現を最初に観てるはずなのが、例の論文著者。
2019/4/14(日) 午前 10:06[ Ts.Marker ]返信する

137一言居士:2019/04/16(火) 07:25:20
[Ts.Markerさんへの応答1]
>>ChIP-seq のTSはCD1 まだ若山研時代では?

本当はそれが自然なんですが、言いきれていません。なぜかと言うとRNA-seqでCD1系統とされているのは桂報告のTS2ですね。TS1は129B6-CAGですからいわば「僕のマウス」TSです。これが分化してしまっているらしいことから丹羽研からCD1系統でTSを作って渡している。
>>
TSについては細胞培養時に分化し たことが考えられたことから、丹羽研のメンバーが培養・サンプル調製を行ったものを 追加して作図に用いた。(26P)

138一言居士:2019/04/16(火) 07:25:59
[Ts.Markerさんへの応答2]
でもこの分(TS2)は公共データ登録はされていませんね。登録されているのはRNA-seqの「僕のマウス」TS(TS1)だけです。そしてCD1のTSが登録されているのはChip-seq分です。Figure 4-bのTSですよね。RNA-seqで「僕のマウス」TSが分化してしまっているらしいから丹羽研のCD1系のTS(TS2)でやり直したのなら、Chip-seq分もCD1でやり直した可能性がある。笹井研での実験の可能性もあります。そもそも若山研時代に「僕のマウス」TS(TS1)があるのにどうしてCD1でChip-seqをやりますかね。
Sox21に関してはもう一度論ずることになると思います。以上です。

139小野小町:2019/04/16(火) 07:28:10
相手が違ってたのね。
>>
> 一言居士さん
つや姫に向けてでした。
> 言いたかったことは色々あるのですが、遠藤氏のツイッターで十分だと思いました...

これで十分ですね。

注)> Chip-seq分もCD1でやり直した可能性がある
やってれば、記録は残る。****kawa氏が知ってる?
2019/4/14(日) 午後 8:20[ Ts.Marker ]返信する

140デラ・ストリート:2019/04/16(火) 07:30:09
今度は一言居士さんに対する応答になってるから、昨晩返事を出したのね。
まだアップされてない分を貼っといてよ。

141一言居士:2019/04/16(火) 07:33:18
[Ts.Markerさん CD1の件1]
>>Ts.Markerさん
つや姫さんの件、そのお名前も討論の経緯も全くフォローしていません。僕の応答はトンチンカンでしたら忘れてください。ただ、粕川さんは松崎解析チームにいた人ですね。知ってるはずです。
僕はあなたに教えられて公共データ登録情報の取得方法を知りましたが、長くその意味が分からなくて、あなたの解析結果もあなたが何も説明してくれないから、むしろ和モガさんのブログの説明でその意味するところを少しだけ理解しました。今も完全には分かっていません。でも、データの整理はど素人でもできるんでいろいろと分析しました。その結果、通常と違って、小保方さんは直接登録したのではなく、理研を介して登録している。

142一言居士:2019/04/16(火) 07:34:09
[Ts.Markerさん CD1の件2]
小保方さんは2013/11/5に理研にデータを提出している。にも関らず、理研は2014/2/13にNCBIに提出した。事件が発生した後です。事件は竹市さんに学会からの連名のメールの来た2014/2/7前後に発生しました(手記142P)。理研の提出は世界展望(2014/2/13)と11jigen(2014/2/14)がネットで小保方さんの博論の捏造を言い立てた日の前後と一致している。小保方さんはレター論文に提出したと書いてますから、2013/11/5に理研に渡したものは年内には登録されるはずと思っていたでしょう。ところが理研は提出忘れしていたか、それを手元で止めていた。この件に関してネット上で小保方さんは公開データ登録義務を知らずに人に言われて慌てて出したという噂が流されたのを覚えています。何かしら呼応も疑われるところです。

143一言居士:2019/04/16(火) 07:35:00
[Ts.Markerさん CD1の件3]
無論常識的にはまだ論文が発表されていないのですから守秘のために理研は登録を控えていたと考えるのが普通で、このことは、若山さんがMTA無しで試料を持ち出したこととも共通していると思います。理研は若山さんと後にちゃんと約定すると約束した上で守秘のためにイレギュラー処理をしていると思っています。ただ、内部に情報漏洩者もしくは工作者がいて呼応している可能性は疑われますね。理研の登録日は記者会見発表の2014/1/28でもよかったはずです。ご承知の通り、このTS細胞に関してだけでも、登録上では5件すべてマウス背景はCD1と書かれている。でもRNA-seq分はCD1ではありませんよね。いわゆる「僕のマウス」TSだ。小保方さんはこんな間違いをするほど多忙でしたかね。TSに限りませんね。F1マウスは全部C57BL/6x129/Svと雌雄が逆に書かれている。とても変だと思います。誰かが手を入れた可能性も疑義される。尤も博論に草稿提出して気づかなかった人です。草稿であることは間違いないんですけどね。間違えるかと。とても粗忽だと思います。

144一言居士:2019/04/16(火) 07:35:35
[Ts.Markerさん CD1の件4]
問題の<B6+10%α(CD1である可能性が高い)>のFI-SCですが、遠藤さんは無論RNAの解析ですからSNPsの分析でそう結論して、あなたも確認されていますね。一方、桂調査は細胞リスト表にある11種の細胞をNGS全ゲノム解析してマウス背景を確定している。無論GFPや雌雄や遺伝子異常もすべて分かっています。CTS1も全解析されていて129B6でAcr-CAG-GFPだと分かっている。でもCTS-11〜13は解析していませんから、リスト表示は嘘になってるんですね。リストはCTS-11〜13も含んだ形になっています。実際にはCTS-11〜13は解析してないのですから虚偽と言っていいですね。

145一言居士:2019/04/16(火) 07:37:19
[Ts.Markerさん CD1の件5]
TS-11〜13を全解析して、仮にB6だと分かったらGOF由来FI-SCがあったと分かる。でも調べなかった。にも関わらず公共データベース登録されていたデータは調べてB6だということ、10%のCD1らしきものが混じっていると結論した。FI-SCだと書かれている試料からB6のSNPsが出ているにも関わらずCTS-11〜13を全解析しなかった。小保方さんと笹井さんや丹羽さんはレター論文でOct4-GFPのFI-SCがあるという前提で論文を書いている。これが無かったのなら、どういうことなんだと大騒ぎにならないといけない問題です。話にならない論文だということになる。あると示している公共データを認めていながら桂チームはそれでもCTS-11〜13を全解析しなかったんです。全解析が高価すぎるというならGFPだけ調べることもできたはずです。理由は若山さんが作った記憶がないと言ったからです。そんな馬鹿な話がどこにあるでしょうかね。

146一言居士:2019/04/16(火) 07:38:31
[Ts.Markerさん CD1の件6]
基本的にはNGS全ゲノム解析だけではその細胞がESなのかTSなのかSTAPなのかSTAP-SCなのかFI-SCなのかはわかりませんね。ESやTSに関しては多能性細胞だと知られて長くどういう遺伝子が働いて多能性維持しているのか等々の研究も進んでいますから、RNA発現解析である程度は区別が可能なんでしょ。実際に発現している遺伝子だけを調べるわけですね。でも細胞はいろんなRNAを発現していますから、無論多視点で比較しないといけない。だからヒートマップなんかを使うと一目瞭然になるんでしょ。小保方さんのヒートマップでCD45、ES、STAPのどれからも多かれ少なかれOct4発現があることで、多視点比較が必要だと分かります。Oct4発現があるからESだということにはならない。

147一言居士:2019/04/16(火) 07:39:35
[Ts.Markerさん CD1の件7]
これはTSにおけるCdx2でも、Eomesでも、Itgα7でも、Elf5でも、あるいはSox21でも同じです。TSでそういう遺伝子が特異な働きをしていることは知られていますが、それらの遺伝子が発現していたらTSだということではない。逆は必ずしも真でない。遠藤論文にはそういう基本的な論理に関しての錯誤がありますね。Sox21は言うに及ばず、Elf5の発現があるからTSだなんて論理は通りません。専門分野が違おうと、国が違おうと、そこで使われている論理は人類共通です。素人も玄人もない。

148一言居士:2019/04/16(火) 07:40:17
[Ts.Markerさん CD1の件8]
遠藤氏はTSだと無意識なのか意図的なのかはともかく早とちりしましたが、桂報告は断定することは躊躇しました。曰く、<(少量混じっ ていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ(CD1 系統)と酷似している)と。TSと断定できないということはESと酷似していても不思議はないと言ってるのに等しいので、ひょっとして、この公共データ登録されたB6背景のFI-SCのRNAはExtended Data Figure 5-e.fの実験で使われた10%混ぜられたOct4-GFP/CAG-BFP共挿入ES細胞の背景がCD1だったからで、CD1背景のTSと同様に丹羽研提供のものだったからではないかと申し上げている。遠藤氏と桂チームは論文をちゃんと読んでないのか。10%混ぜられていると知ったら気づかないか。どうしてそれを調べないのか。丹羽さんに聞いたら分かることです。確認してない。これも馬鹿げた話です。

149一言居士:2019/04/16(火) 07:41:19
[Ts.Markerさん CD1の件8]
既存のESやTSならまだしもSTAP細胞、STAP幹細胞、FI幹細胞やとその派生物に関してはまだキメラができて多能性細胞だということが証明されたばかりで、どういう遺伝子発現があってどんな働き方をしているのかは分かってませんよね。笹井さんや丹羽さんが今回の遺伝子解析は"浅い解析"(手記124P)と言っている真意ですね。ただキメラは出来てるというのは彼らの間での大前提で疑われていない。つまり、論文はSTAP細胞は多能性細胞であると主張している。

150一言居士:2019/04/16(火) 07:42:28
[Ts.Markerさん CD1の件9]
その大前提が取り払われて、捏造じゃないかということになった。つまりSTAP細胞は多能性細胞であるか否かが分からなくなったということなんですから、論文の趣旨に沿ってその意味を考える態度は変更を余儀なくされている。論文の主旨はでたらめである可能性があるから忘れなさいと。でも捏造であれ、実験結果は事実が含まれているんで、全部嘘にはできません。ではそれらの事実らしきものが、論文が嘘か誠か分からない中で、何を意味しているかを考えないといけなくなる。
そういう検討は可能だと思って今私は学さんの用意してくれたExtended Data Figure5のあるこの場所に居るんです。取り合えず以上です。

151デラ・ストリート:2019/04/16(火) 07:46:13
あなた、学さんの質問にも答えてるわね。
>>
> 一言居士さん
>ES捏造でなければ本物だということにはならないという論理だけ批判してもらったらよかったんですけど、

時々、あなたの文章がわかりにくいです。
この文章もそうです。
ご自身の頭の中には、構想があるでしょうが、たくさんの言葉が省略されていますね。二重否定でかつ主語を欠くと、他人にはわかりにくいです。

当方が質問をしようと思うと、消えてしまうというのは困りますよ。自分自身だけのためとか、落書きをしているだけだ!とか言うのもやめてくださいね。

あなたが、一研究者で何を追及されたのか?を私は聞きたいです。

また、ES派の活動に資金が流れているというなら、そのからくりも知りたいです。

後世の人がSTAP事件を語り継いでくれるようご努力ください。
2019/4/14(日) 午後 8:06返信する

152一言居士:2019/04/16(火) 07:47:03
>>学さん
>あなたが、一研究者で何を追及されたのか?を私は聞きたいです。

12/27のテラトーマがリシピエントマウスの体細胞であるということがあり得るのかと。
そこで徒労してブログ主からアク禁を食らってしたらばの自分の住処に戻った瞬間にntESだと気付きました。あなたが今お書きになっているように、クローン胚からのntESを若山さんはもう一度キメラ胚に入れて再度ES化する。そのときにリシピエント卵のインナーセルマスからもテラトーマができるんです。それでGFPが無い。4Nであってもまだ胎生致死段階前なんです。だからソートしないといけない。桂チームは生データがあるんですから全遺伝子解析したらよかったんです。リシピエントの体細胞ならB6です。キメラ胚のリシピエントなら若山研では通常はICRマウスだということは動物実験申請書でも明らかです。以上です。

153一言居士:2019/04/16(火) 07:48:11
「学さん宛訂正]
リシピエントの体細胞ならB6です。キメラ胚のリシピエントなら若山研では通常はICRマウスだということは動物実験申請書でも明らかです。

テラトーマのリシピエントマウスの体細胞なら免疫不全マウスであるヌードマウスです。キメラ胚を作るときのリシピエント卵のインナーセルマスからのテラトーマだったらICRマウスです。桂チームはそれを確認しないでGFPがないからヌードマウスの体細胞だと断定した。何度も見慣れた光景です。以上。

154地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/17(水) 15:31:37
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155在原業平:2019/04/17(水) 15:33:17
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

156小野小町:2019/04/17(水) 15:34:16
え? こんな時間に?

157在原業平:2019/04/17(水) 15:35:14
忙しくて。はは。こんな時間になっちゃったよ。

158一言居士:2019/04/17(水) 15:36:22
僕はTs.Markerさんの疑問に答えてきたよ。

159小野小町:2019/04/17(水) 15:38:48
これでしょ。
>>
若山研で、CD1のTSが所有又は使用できたのかが鍵だね。
2019/4/17(水) 午前 0:12[ Ts.Marker ]返信する

160一言居士:2019/04/17(水) 15:39:36
[桂報告の矛盾1]
>>Ts.Marker さん
>若山研で、CD1のTSが所有又は使用できたのかが鍵だね。

横レスかもしれませんが、お答えいたします。STAP関連実験で使われた細胞は事後であれMTAされていてTSは「僕のマウス」TSしか若山さんは持ち出ししていないことになっていますので公共データ登録されているChip-seqのCD1TSは丹羽研供出のものという推測にならないとおかしい。無論、Tru-seqのCD1TSは桂報告書がはっきりと丹羽研供出と述べていますね。若山さんは胎盤が光ったから調べるようにと指示したキメラ胎児のコントロールとしてESとTSを作ってどちらもキメラを作って胎盤を渡したと証言していますし、現に木星リストにもありますから、STAP実験で作られたTSはCAGホモの「僕のマウス」TSだということになるのが、論理的帰結です。

161一言居士:2019/04/17(水) 15:40:13
[桂報告の矛盾2]
Tru-seqは樹上図を作ったときに8月分のデータは「僕のマウス」TSが分化していたのではないかと疑われる発現になっていて、小保方さんの持っていた若山さんから渡されていた「僕のマウス」TSで取り直しても同じだろうからというので6月に丹羽研でCD1のTSを作って遺伝子発現解析用のコントロールとして提供したということになる。つまり樹状図が論文に加えられたのも4月の査読指示から行われていると考えられる。従ってはFigure-4bのChip-seqもCD1TSだと考えるのが当然で、分化していると判断されている8月のデータを使うことはないはずですね。

162一言居士:2019/04/17(水) 15:40:45
[桂報告の矛盾3]
レター論文で公共データ登録紹介されている分は以下です。
RNA-seq and ChIP-seq files have been submitted to the NCBI BioSample databases under accessions SAMN02393426, SAMN02393427, SAMN02393428, SAMN02393429, SAMN02393430, SAMN02393431, SAMN02393432, SAMN02393433, SAMN02393434 and SAMN02393435.
実際に登録されているデータはもっと多いですが、ナンバーの後ろにアスタリスクのあるものとこのレターの紹介と一致している。 ただしSAMN02393433だけはつけ忘れられている。

163一言居士:2019/04/17(水) 15:41:16
[桂報告の矛盾4]
これを見ると、小保方さんはレター論文ではFI-SCとTSに関して以下の分だけを登録したように書いている。
Tru-Seq
⑦SRR1171565 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (GOF+CD1-桂報告書)
⑧SRR1171566 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv (GOF+CD1-桂報告書)
⑬SRR1171590 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)

164一言居士:2019/04/17(水) 15:41:57
[桂報告の矛盾5]
⑬⑭は分化していると判断されたもので8月の分析分ですね。でも小保方さんはキメラ胎盤の比較をするためのコントロールとして渡されたTSはこれだからいの一番にこれを登録した。遺伝子解析は別にどんなTSでもESでもコントロールにできますね。私が丹羽研?と書いているのはCD1と記載されているからですが、実際に検証されたのは129xB6-CAGですから「僕のマウス」TSだということがわかる。これは若山さんのTSです。やっぱりこれにCD1と書いたのは誰かという問題があるんですね。

165一言居士:2019/04/17(水) 15:42:45
[桂報告の矛盾6]
桂報告書はこれを丹羽研から供出されたと書いているのにこの分析結果が129B6-CAGであることとの矛盾に気づいていません。分化していたから丹羽研がCD1を供出したと書いて置きながら、この「僕のマウス」TSに関してCD1TSだと書かていることだけは信じていることになる説明になってるんです。だから私は丹羽さんのCD1TSのTru-Seqデータは登録されていないと申し上げた。でも⑬⑭はここにCD1と記載されていなかったら若山さんのTSですよね。誰がCD1と書いたのか。これは分化していたから丹羽研が提供して取り直したデータではありませんよね。取り直したデータはどこにあるのか。無いんです。桂報告が分析したのはこの⑬⑭なんですよ。

166一言居士:2019/04/17(水) 15:43:22
[桂報告の矛盾7]
では⑦⑧にコンタミされたと仄めかしたCD1のTSは何を分析したのか。⑬⑭は129B6ですよ。彼らがコンタミされたと言ってるCD1TSの特徴と言っているデータはChIP-seqデータなんですよ。丹羽研のものです。これが若山研のだったら丹羽研から供出されたものは一切公共データ登録されていないということになる。でも、桂報告はCD1TSがあると書いている。どこにあるんでしょうね。

167一言居士:2019/04/17(水) 15:44:25
[桂報告の矛盾8]
⑦⑧は当然GOF由来FI-SCで論文のメインの論旨を構成している物証なんですからこれを登録するのは当たり前です。そこにCD1がコンタミしていると最初に主張したのが遠藤さんです。これで小保方さんの捏造を示唆したんですね。でもこれはExtended Data Figure 5-e,fで使われた試料を解析に出したからなんですね。ここに出たCD1はESで、そこで検出されたElf5はESから発現していたElf5だと私は申し上げていて、これを確認するのは簡単で熊本大学におられる丹羽さんに聞けばいいだけです。でも電話しても彼は答えないと思いますよ。理由はもう皆さんお分かりの通りで、業界ではもう空気を読めと言うことになっちゃってるんですよね。これが日本人の長所でもあり弱点でもある和をもって尊しと為すなんでしょうね。小保方さんとヴァカンティ、小島さんたちは今のところその犠牲者ということです。以上です。深いところのあそこに戻ります。

168小野小町:2019/04/17(水) 15:46:16
Ts.Markerさんの返事は以下ね。
>>
STAPの前から丹羽研とはコラボしてるみたいだけど。
MTAも持っていったものだけで、さらに指摘を受けてからのものだから。
2019/4/17(水) 午後 0:43[ Ts.Marker ]返信する

169閲覧者:2019/04/17(水) 15:58:47
ある派には自家撞着があるんだよね。それに気づいていない。今気づかされようとしていて
固まっちゃってるんだよね。DORAさんもそうだね。細胞の入れ替えが無かったのだとしたら
GLSの証明は小保方さんの犯人説を確定するんだよ。細胞が入れ替えられていたらそれ自体で
もうすでに若山さんの犯罪になる。どちらも犯人でないという道はない。

170小野小町:2019/04/17(水) 16:01:48
CD1TSは若山研にあったものというTs.Markerさんの仮説はそうでないと彼の
ある論が崩れるのよね。

171一言居士:2019/04/17(水) 16:07:20
ChIP-seqのTSが若山研のものだったとしよう。TSに関する公共データは以下だ。
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
ChIP-Seq
⑯SRR1171592 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑰SRR1171593 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑱SRR1171594 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input  CD1 (CD1系統-スライド)

172閲覧者:2019/04/17(水) 16:09:13
全部若山研のだと仮定するんだね。
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
ChIP-Seq
⑯SRR1171592 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑰SRR1171593 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑱SRR1171594 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input  CD1 (CD1系統-スライド)

173ドクター・ワトソン:2019/04/17(水) 16:22:56
そこに間違いがあるね。⑯⑰⑱は(CD1系統-スライド)ではない。16P。
>>
(少量混じっ ていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ(CD1 系統)と酷似している)。

174シャーロック・ホームズ:2019/04/17(水) 16:27:37
RNA-seq データ(CD1 系統)はChIP-secではない。
別途、<RNA-seq データ(CD1 系統)>があるということだな。ここまでは分かってる。以下だな。
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
不明分<NA-seq データ(CD1 系統)> (CD1系統-スライド)
ChIP-Seq
⑯SRR1171592 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1
⑰SRR1171593 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1
⑱SRR1171594 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input  CD1

175シャーロック・ホームズ:2019/04/17(水) 16:28:48
不明分<NA-seq →不明分<RNA-seq

176小野小町:2019/04/17(水) 16:31:33
ChIP-SeqのTS分は中身が本当にCD1であるかどうかも確認されてないのね。

177在原業平:2019/04/17(水) 16:33:00
不明分<RNA-seq データ(CD1 系統)> (CD1系統-スライド) は丹羽研提供と言ってるんだな。

178一言居士:2019/04/17(水) 16:34:41
こうか?
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
不明分<NA-seq データ(CD1 系統)> 丹羽研 (CD1系統-スライド)
ChIP-Seq
⑯SRR1171592 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1
⑰SRR1171593 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1
⑱SRR1171594 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input  CD1

179小野小町:2019/04/17(水) 16:38:23
そこにこういうことなのね。
>>
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテ ロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が 挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。 第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを 実施した。

180在原業平:2019/04/17(水) 16:40:18
TS1はどれでTS2はどれなのかね。

181一言居士:2019/04/17(水) 16:42:45
こうなるのかな。
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)<TS1>
⑭SRR1171591 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)<TS1>
不明分<RNA-seq データ(CD1 系統)> 丹羽研 (CD1系統-スライド)<TS2>
ChIP-Seq
⑯SRR1171592 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1
⑰SRR1171593 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1
⑱SRR1171594 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input  CD1

182閲覧者:2019/04/17(水) 16:51:20
TS2は6月分にしかなんないね。CD1のTSを提供したのはTS1が分化していた結果になっていたからだね。
8月に若山研でCD1のTSを必要としていないよね。分化しているかもという話は理研が引き取ってからだ。
ChIP-seq分も丹羽研だね。

183小野小町:2019/04/17(水) 16:52:16
Ts.Marker さんに連絡したら。

184一言居士:2019/04/17(水) 17:13:59
貼ってきたよ。
>>
[ChIP-seqの件1]
>>Ts.Marker さん
ややこしいですね。ちょっと整理し直してみました。ChIP-seq分を若山研のものと仮定しました。
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)<TS1>
⑭SRR1171591 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)<TS1>
※データベース外 丹羽研 <RNA-seq データ(CD1 系統)-桂報告書> (CD1系統-スライド)<TS2>

185一言居士:2019/04/17(水) 17:14:56
[ChIP-seqの件2]
ChIP-Seq
⑯SRR1171592 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1 (マウス背景調査はされていない)
⑰SRR1171593 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1(マウス背景調査はされていない)
⑱SRR1171594 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input  CD1(マウス背景調査はされていない)

186一言居士:2019/04/17(水) 17:15:34
[ChIP-seqの件3]
<TS2>は6月分にしかなりませんね。査読指示後ですね。そこでCD1のTSを丹羽研が提供したのは8月のTS1が分化しているような結果になっていたからですね。分化しているかもという話は査読後の検討からですね。8月時点での若山研でCD1のTSを必要としてませんよね。ChIP-seq分も丹羽研ではないですか。以上です。

187小野小町:2019/04/17(水) 17:33:36
桂報告の隠し事の多さは相変わらずなのね。

188地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/18(木) 08:37:14
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189在原業平:2019/04/18(木) 08:38:17
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

190小野小町:2019/04/18(木) 08:40:12
事件のにおいね。松崎の犯罪みたいね。笹井さんの追い落とし工作の可能性が出できたわね。

191一言居士:2019/04/18(木) 08:41:58
昨日貼り付けたものを学さんは本文に組み入れて知らん顔している。Ts.Markerさんは
無言になった。

192シャーロック・ホームズ:2019/04/18(木) 08:48:00
理研のSTAP細胞と東北大のミューズ細胞はティシュー論文時からのライバルなんだけど
大隈は東北大の出身で、松崎は東大だが東北大で教授をしていた。遠藤も東北大だ。
世界展望や11jigenも連動して行動している。これはベースに
①業界がバックについた文科省予算の奪い合い競争がある。
②CDBの次期理事長を座を狙う松崎GDの一歩先んじて単独の副センター長に抜擢された笹井さんへの反感があって、東大閥の岸を利用している。

193ドクター・ワトソン:2019/04/18(木) 08:49:45
そのあたりはもう最初から臭ってたことだけどな。CD1が絡んでいたんだな。

194在原業平:2019/04/18(木) 08:51:32
結果笹井さんが自決したんで一旦後任は京大出身者になってるわけだね。

195閲覧者:2019/04/18(木) 09:07:17
FI-SCにTSがコンタミされていて樹上図が捏造されているという根拠が
小保方さんの犯人説とFI-SCの否定と延いてはSTAPの否定、ESコンタミに
つながるように論理構成されているんだな。遠藤だとか大日向たちだよな。
ははは。いじましいね。

196一言居士:2019/04/18(木) 09:09:21
ノートリアス松崎が中心だな。<1月(最終)>はやっぱり意図的な間違いなんだな。
わざとやってる。1月はまだ原稿提出されていない。1月と6月では大違いなんだな。

197閲覧者:2019/04/18(木) 09:16:12
逆は必ずしも真ならずと高校生でも知ってる論理の基本を無視してTSマーカーがでたら
TSだと馬鹿な論文書いてマスコミ誘導した遠藤も結託しているんだよな。これは
胎盤関係だね。その前にESコンタミ論を言い出したのは若山さんだよな。3月に既に
第三者機関と称して知人に理研の許可なくサンプル解析させている。

198小野小町:2019/04/18(木) 09:17:24
松崎はそれを笹井さん追い落としのチャンスとみたのね。

199在原業平:2019/04/18(木) 09:19:41
情報の最初のリーク元は若山さんだよ。それを利用したという行為は後の問題だ。
①若山
②東北大利権
③理研内権力闘争
と巻き込んでいったのは若山さんだ。

200小野小町:2019/04/18(木) 09:20:41
事件はCDBが小保方さんを呼び戻したことによって発生したのね。

201デラ・ストリート:2019/04/18(木) 09:22:17
なんか愚かね。頭悪いわね。

202ペリー・メイスン:2019/04/18(木) 09:23:21
デラ、頭悪いから悪事を働くのさ。頭いいやつって悪いことしないぜ。

203イェイ:2019/04/18(木) 16:46:57
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204在原業平:2019/04/18(木) 16:48:11
小町ちゃん、ジンライムね。ヴォランティアで疲れたわ。

205小野小町:2019/04/18(木) 16:52:08
そろそろExtended Data Figure 5-a,bの問題に入りましょうよ。難関ね。

206一言居士:2019/04/18(木) 16:53:26
小保方さんはB6の受精卵ESを持たないよね。

207閲覧者:2019/04/18(木) 17:10:09
小保方さんがコントロールとして使いたいからと言って学生から一皿もらったのは
ntESだからね。このExtended Data Figure 5-a,bで受精卵ESもntESも同じだなんて
実験をする人はまともな科学者にはいないね。JAKiの元論文はES細胞での実験だね。
誰かがOct4-GFPマウスの受精卵ES細胞を提供したということさ。

208小野小町:2019/04/18(木) 17:11:35
査読者がやれといった実験なんだから提供者は笹井研か丹羽研ね。他ではない。

209在原業平:2019/04/18(木) 17:21:24
リヴァイズ通知のあった4月以前ではない。

210在原業平:2019/04/18(木) 17:37:06
JAKiを入れたら分化し始めたんだろうね。Oct4-GFPは消えた。

211デラ・ストリート:2019/04/18(木) 17:42:40
そうね。そしていよいよOct4-GFPマウス由来のFI-SCにJAKiを入れたが、蛍光は
消えなかった。つまり分化を抑制しているはずのヤーヌスキナーゼを分解阻害したんだけど
FI-SCの多能性状態は変わらなかった。

212ペリー・メイスン:2019/04/18(木) 17:44:16
はてね。FI-SCが多能性細胞であることは何によって保証されていたんだっけな。

213デラ・ストリート:2019/04/18(木) 18:00:03
キメラができたことによるわ。あるいはテラトーマができたことに。

214ペリー・メイスン:2019/04/18(木) 18:07:59
どこに証拠があるの?

215デラ・ストリート:2019/04/18(木) 18:27:30
①Figure 2-f,gにキメラと胎盤写真がある。
②木星リスト14-17番に胎盤と羊膜と胎児と胎盤の繋がっている試料があって<若山研■■氏>と書かれている。
③木星リスト20番にテラトーマの染色結果スライドがある。

216デラ・ストリート:2019/04/18(木) 18:31:49
②のグラススライド切片の伏字は多分寺下さんね。小保方さんと一緒に作業した。
FI-SCのキメラを渡したのは無論若山さんだわね。これって①がCAG-GFPなんで、
Jahki検証で使われているGOF由来FI-SCキメラとは違うわね。

217デラ・ストリート:2019/04/18(木) 18:33:25
Jahki検証で→JAKi検証で

218小野小町:2019/04/18(木) 18:40:37
小保方さんと寺下さんは若山研では年齢が近いということがあって仲良しね。
でも彼女も東北大なのよね。若山さんは寺下さんの先生と知り合いで寺下さんを
預かっているのね。太田ESは東北大の黒木さんのところに山梨から分析以来の
結果、送られたわね。

219在原業平:2019/04/18(木) 18:41:50
全部つながってきたな。

220一言居士:2019/04/18(木) 18:42:56
寺下さんは全然悪意はないよ。事件後結構つらいことになったんじゃないかな。

221閲覧者:2019/04/18(木) 18:45:05
CTS1からはアクロシンが出でいるからね。CAGの光っているのはCTS1関係のキメラだ。

222シャーロック・ホームズ:2019/04/18(木) 18:52:44
ではExtended Data Figure 5-c,dのFI-SCはなんだ?
なぜ、論文の、もしくは元論文の理屈では受精卵ESなら消えるはずのOct4-GFPが
消えないんだい?

223ドクター・ワトソン:2019/04/18(木) 18:54:22
だから、論文の、もしくは元論文の理屈が正しいならこのFI-SCは受精卵ESでないことは
確かだということになる。

224シャーロック・ホームズ:2019/04/18(木) 18:56:53
さあ、このGOF由来のFI-SCに関してはキメラ実験結果が無いんで、そもそも
多能性細胞であるかどうかすら分からない。ただ、Oct4-GFP発現していて、
JAKiを入れても発現は消えないという何らかの細胞だね。

225小野小町:2019/04/18(木) 18:59:18
何であり得るの?

226地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/19(金) 06:40:45
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227在原業平:2019/04/19(金) 06:42:03
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。


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