STAP問題の全解に向けて、No1

54：在原業平：2019/02/28(木) 11:57:12: ④は無いだろうよ。
桂報告は以下だね。16P。
>>
（調査結果)
TS細胞および FI幹細胞のRNA-seq解析に関しては、それぞれ複数サンプルがシークエンスされ、その中の 1 サンプルずつの解析結果が論文に採用されている。それ以外の細胞に関する RNA-seq では 1 サンプルしか解析されていない。このことに関し、理研に残っていて論文には用いられていない RNA-seq データおよび複数サンプル解析を行った経緯について調査を行った。 2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1の可能性が高い)由来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。これら2種類のTS細胞RNA-seqデータ、 3 種類の FI 幹細胞 RNA-seq データは、どのデータを採用するかにより、Letter Fig.2i に示された樹形（発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹）が変わることが確認された。これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった。

※書き込む際の注意事項はこちら

※画像アップローダーはこちら

（画像を表示できるのは「画像リンクのサムネイル表示」がオンの掲示板に限ります）