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STAP問題の全解に向けて、No1

1一言居士:2019/02/27(水) 22:00:17
どうですかあ。

41閲覧者:2019/02/28(木) 10:26:52
デンドログラムは後にしよう。この発想がいつごろからのものかもまた錯綜しているからね。
手もここでFI幹細胞の中にSTAP幹細胞が混じってる可能性があると書いてるのは、だれが
言い出したことだということだったよな。
樹形図で<STAP幹細胞***FI幹細胞***TS細胞>でFI幹細胞が他の二つの中間に位置しているから
コンタミの可能性があるって、どういう理屈なのかがまずわからないね。

42閲覧者:2019/02/28(木) 10:27:48
手も→でも

43小野小町:2019/02/28(木) 10:34:05
STAP細胞は胎児貢献能と胎盤貢献能があると主張していて、これをACTH+Lifで
培養すると胎盤貢献能を失ってES様のSTAP幹細胞になると言ってるんでしょ。
でも同じSTAP細胞をFGF4で培養すると胎児貢献能を失ってTS様のFI幹細胞になると
主張しているんでしょ。

44閲覧者:2019/02/28(木) 10:41:09
the possibility of contamination of STAP stem cells in the Fgf4-induced stem-cell population って
FI幹細胞の培養中にSTAP幹細胞が入った可能性を言ってるんでしょ。FI幹細胞の元はSTAP細胞だよね。STAP細胞を
FGF4培地に入れているところにSTAP幹細胞が入ったからといって、何がどうだというのかな。

45一言居士:2019/02/28(木) 11:04:29
結局、樹形図なんでしょ。胎盤貢献能のことではなくて、Figure2-iの階層の
並びがおかしいというクレームがあったということではないかな。

46小野小町:2019/02/28(木) 11:05:03
誰からの?

47在原業平:2019/02/28(木) 11:07:13
第一回目のリヴァイズ要請の中にはないんで、その後の査読要請の中にあったんだろうね。
途中の査読は公表されてないからわからないね。

48小野小町:2019/02/28(木) 11:08:15
そもそも樹上図って何なのよ。

49デラ・ストリート:2019/02/28(木) 11:33:27
Figure 1-iのリジェンドは以下よ。
>>
i, Cluster tree diagram from hierarchical clustering of global expression profiles. Red, approximately unbiased P values.

50小野小町:2019/02/28(木) 11:36:31
global expression profilesって何なのよ。

51ペリー・メイスン:2019/02/28(木) 11:43:22
『網羅的』発現特性だ。何の発現特性かというと遺伝子発現特性だ。これらの
遺伝子発現を各遺伝子の性質によって分類していってグループ分けし、階層を作る。
それを樹形図にまとめて概念化する。そういう仕事があるみたいね。この場合、
この仕事をした人がMitsutaka Kadotaさんだということは彼も共同著者の中に入っていて
手記に登場されるので分かってるね。

52デラ・ストリート:2019/02/28(木) 11:45:40
当時GRASに居た人で笹井さんに目をかけてもらってた人ね。小保方さんの細胞の
遺伝子解析に関しても協力を頼まれてたのよね。

53小野小町:2019/02/28(木) 11:49:21
この樹上図を作ってみるという発想も言い出しっぺが誰なのかわからないのよね。
①若山さん
②小保方さん
③笹井さん
④査読者要請

54在原業平:2019/02/28(木) 11:57:12
④は無いだろうよ。
桂報告は以下だね。16P。
>>
(調査結果)
TS細胞および FI幹細胞のRNA-seq解析に関しては、それぞれ複数サンプルがシークエンスされ、その中の 1 サンプルずつの解析結果が論文に採用されている。それ以外の細胞に関する RNA-seq では 1 サンプルしか解析されていない。このことに関し、理研に残 っていて論文には用いられていない RNA-seq データおよび複数サンプル解析を行った経緯について調査を行った。 2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が 挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。 第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっているとの理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1の可能性が高い)由来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。これら2種類のTS細胞RNA-seqデータ、 3 種類の FI 幹細胞 RNA-seq データは、どのデータを採用するかにより、Letter Fig.2i に示された樹形(発現プロファイルの類似度に基づいた系統樹)が変わることが確認された。これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と笹井氏であるが、その理由は、小保方氏によれば、サンプルの中で中間的なものを示そうと考えたとのことであった。

55一言居士:2019/02/28(木) 12:03:47
<これらの複数のデータから論文に採用されたデータを取捨したのは小保方氏と
笹井氏である>と書かれているから、この樹上図は少なくとも二人の間では納得して
添付されているのだと分かるね。<2012年8月に第1回目>を提出しているのは
若山さんの指示だからね。でもこの時の分析の目的が樹上図作成であったかどうかは
これだけの情報ではわからないな。<2013年1月および6月にGRASに提供>したのが問題で、
1月はまだ原稿段階だ。6月は既にリヴァイズが始まっている。1月には査読者が何か言うなんて
時期ではない。まだ論文は提出されていない。

56一言居士:2019/02/28(木) 12:09:44
<第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと
異なっているとの理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月
および6月にGRASに提供し>とあるのは、桂調査チームが小保方さんもしくは
無くなる前の笹井さんに確認したということだろうね。もしそうなら、
樹上図は12/11ヴァージョン作成時の幹細胞化論文原稿の段階ではすでに
入っていて笹井さんが、この図を変だと言ったか、あるいは笹井さんがこういう図を
入れようとして1回目のデータを見たが、変だなということになってやり直し、
しかし、6月のは今度は査読者に指摘されたということになるのかな。

57小野小町:2019/02/28(木) 12:16:29
ちと、ランチ!

58在原業平:2019/02/28(木) 16:10:53
小町ちゃん、コーヒーね。

59小野小町:2019/02/28(木) 16:16:55
ため息さん朝見たのと内容がちと変わってるわね。はは。
>>
sigh
2019年2月27日 5:48 PM
2019/2/27(水) 午後 1:48 [ 一言居士 ]さんがなにやら当方のコメントについて言っていますので、返信しました。2019.2.27 17:46頃
>一言居士さん
私小説「あの日」の記述、特に若山氏の言動に関する部分を根拠に議論はしませんので、一言居士さんはどうぞご自由に発言なさってください。

60在原業平:2019/02/28(木) 16:18:39
我々がチェックしているのを知らないんだろうね。学さんもあしらい芸のうちだからね。

61ペリー・メイスン:2019/02/28(木) 16:21:20
やっと静かな環境になったんでサクサク行こうよ。ジムさんも気づいてないのかな。
顔出しがないね。

62一言居士:2019/02/28(木) 16:22:13
この問題が山だよ。ここを超えたら終わりだと思うよ。

63閲覧者:2019/02/28(木) 16:28:23
論旨としては、樹形図を見て変に思うかもしれないが、FI-SCにはSTAP幹細胞の
コンタミは無いよと証明しているつもりの実験がFigure1-j,kなんだよな。まずjは
ES細胞がコントルールになってる。JAK阻害剤を入れると入れないときより
多能性マーカー遺伝子の発現が減る。ところがFI-SCで同じことを試みると
JAKインヒビターを入れないときと入れた時と変化がない。これは何だと。

64小野小町:2019/02/28(木) 16:35:55
なんだと言われてもねえ。レター論文には、<Previous studies have indicated
that inner cell mass (ICM)-type pluripotent cells can be removed from
culture by treating the culture with a JAK inhibitor <16>(Extended Data Fig. 5a, b).
とあるんだけど、肝心の元論部にそんなことが書いてあるかなあ。<16>はYang, J. et al.よね。

65デラ・ストリート:2019/02/28(木) 16:39:00
元論文の要旨は以下よね。
>>
LIF promotes induction of pluripotency independent of its role in self-renewal
Increased Jak/Stat3 activation is sufficient to convert EpiSCs to naive pluripotency
Jak/Stat3 activation is a limiting factor in somatic cell reprogramming
Jak/Stat3 facilitates progression of intermediate states to pluripotency
①LIFは自己複製におけるその役割とは別に多能性の誘導を促進する
②Jak / Stat3活性の増加だけでEpiSCをナイーブ型多能性に変換するに十分である
③Jak / Stat3活性は体細胞リプログラミングの制限因子である
④Jak / Stat3は多能性の中間状態の進行を促進する

66ペリー・メイスン:2019/02/28(木) 16:51:01
JAKというのはJanus-Associated Kinaseだね。これが大量に発現されると分化が
制約されるんだね。多能性細胞の多能性を維持しているのがJAKと呼ばれている
キナーゼたんぱく質なんだね。だからこのたんぱく質の発現を阻止するたんぱく質である
JAK阻害剤を入れてやると、多能性細胞の多能性を維持していたJAKキナーゼが
分解されて、細胞は多能性段階から分化段階へ進んでしまう。ES細胞にJAKiを加えると
多能性マーカー発現が減ってくるわけだね。その証明がFigure1-jの左半分のコントロールだね。
ES細胞で試してその通りになった。

67一言居士:2019/02/28(木) 17:03:32
でも、隣のFI-SCで同じことをしてる。そして多能性マーカー遺伝子の発現量が
変わらないことをもって、STAP幹細胞がコンタミしているのでは無いと主張しているのが
チンプンカンプンなんだよな。ES細胞がコンタミしているのではないと主張するのなら
わかるんだが、STAP幹細胞は論文上ではESではないよね。体細胞を刺激してできた
リプログラム細胞を培地誘導で自己増殖するようにしたものだということになってる。
生殖細胞経由のインナーセルマス細胞ではない。
あえて言えばntESですらないんでしょ。意味不明だよね。

68ドリス・デイ:2019/02/28(木) 17:09:00
>>61
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69閲覧者:2019/02/28(木) 17:09:48
STAP幹細胞は論文上は<inner cell mass (ICM)-type pluripotent cells>ではないはずだね。
だから論文がES細胞を取り除こうとしていることは論旨と矛盾している。
でも、ところが一方で我々はこのFI-SCを小保方細胞核使用ntESである例えばFLSであると
言ってるんだよね。この点ではまさに、この論文自体が間違いの論旨の中に
FI-SCがntESではないという証明を秘めていたかのように見えてしまっているという皮肉な
問題が起きてるんだよな。

70カラミティ・ジェーン:2019/02/28(木) 17:11:26
>>68

ご配慮、ありがとうございます。

71在原業平:2019/02/28(木) 17:19:41
Yang, J. et al.に関する筆者の誤解が根底にあるということだね。
<Previous studies have indicated that inner cell mass (ICM)-type pluripotent
cells can be removed from culture by treating the culture with a JAK inhibitor <16>
(Extended Data Fig. 5a, b).>の<inner cell mass (ICM)-type pluripotent cells>って
どこに書いてあるか。論文にはEpiSCsと書かれている。

72ドクター・ワトソン:2019/02/28(木) 17:41:20
我々が解かねばならない問題はExtended Data Figure 5だね。Oct4-GFP-ESに
JAKiを入れたら多能性マーカーのOct4-GFPは消えている。このES細胞は若山研では
今まで使われていないESなので、提供者は丹羽さんのようだよね。ついでFI-SCの
Oct4-GFP発現細胞とされているものにJAKiを入れてもOct4-GFPは消えない。

73小野小町:2019/02/28(木) 17:44:08
まあ、作ってないと若山さんが証言しているGOFのFI-SCね。でもそれよりも、
私たちがこれをntES(GLS)だと言ってるのになぜGFPが消えないのかの謎の方が問題なのね。

74一言居士:2019/02/28(木) 17:49:46
これが事実なら受精卵ESにJAKiを入れたら分化抑制が外れて分化を始めるから
Oct4-GFPが消えていくのだとということはいいとして、では体細胞移植クローン胚からの
ES細胞を更にキメラ胚に入れて共培養した後に取り出した細胞をFGF4誘導したものに
JAKiを入れても多能性マーカーは消えるのかという問題があるよな。でも
その前にもっと重要なことがある。FI-SCのOct4-GFPはどうして蛍光しているのか?

75閲覧者:2019/02/28(木) 17:52:31
そもそもそこなんだよな。Figure 2-bは一旦GFPが消えたのちにどうしてまた第一継代で
薄く蛍光し始めるのか。FGF4に入れたらTS様になってES様の性質は失うと書いてないか?

76ペリー・メイスン:2019/02/28(木) 17:55:17
結局そこに戻るんだな。誰が一体、STAP細胞は胎児貢献能と胎盤貢献能を持ち、
STAP幹細胞は培地誘導で胎盤貢献能を失い、FI幹細胞は胎児貢献能を失うと書いたのか?

77開高健:2019/02/28(木) 18:00:00
笹井さんくさいね。論文を通さないといけない。レター論文は外さずにネイチャ再投稿と
決まっている。この何が何だかわからない実験結果を何とか取りまとめなければならなかった。
>>
Thus, our findings indicate that epigenetic fate determination of mammalian cells can be markedly converted in a context-dependent manner by strong environmental cues.

78井伏鱒二:2019/02/28(木) 18:31:58
語彙選択ってそのとき読んでいた文章に影響されたりするよねえ。cuesって別に特段
どうってことない語彙なんだろうけどね。Yang, J. et al.の文章にそういう表現が
出てくると何か考えてたのかなあとふと思ってしまうけどな。
>>
This reprogramming is completely suppressed if cells are maintained in activin and Fgf, demonstrating the dominant influence of extrinsic cues.

79在原業平:2019/02/28(木) 18:34:28
小町ちゃん、ジンライムね。また明日だ。

80小野小町:2019/02/28(木) 18:37:06
あ、そ。

youtube.com/watch?v=M9qzpVHoqTU

81ふむ:2019/02/28(木) 18:40:41
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82地球の上に朝が来た。その裏側は夜だろう。:2019/03/01(金) 07:48:20
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83在原業平:2019/03/01(金) 07:50:12
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

84小野小町:2019/03/01(金) 07:54:52
Ooboeさんが学さんのところで質問されてたんで、一言居士さんがコメント送ったようね。

85一言居士:2019/03/01(金) 08:02:26
うん、細胞が小さい原因はリンパ球が小さいからだ。ネイチャー論文は間違いが
多いんだけど、その根本原因は若山さんがキメラのできた理由を結果的に言わないままに
なってしまったからだよ。大本の現象事実が嘘になってるんで、考察がひどく
ゆがめられてしまってるんだ。これは小保方さんの責任ではない。キメラができているという
前提で他の人が考えてみればわかることでしょ。誰もネイチャーのような説明にしか
しようがないでしょ。できてないと分かっていたら、あるいはできてないかもしれないと
疑っていいのだったら、あんな立論にはならないよ。

86閲覧者:2019/03/01(金) 08:14:21
笹井さんと丹羽さんはだからああいう状況の中の仕事としては仕方ないんだよな。
実験指導したのは若山さんだからね。
小保方さんは若山さんを疑えないし、疑義があっても言い出せない立場なんだな。
だからこれも無理ないことでしょ。
若山さんは彼女をリクルートしようとして、その経緯の中で一時的嘘をついているだけで、
更に進んで、教育的にも彼女にそのおかしさを気づかせようとしているんだけど、彼女は
若山さんの指導を好まなかった。若山さんの研究に関心がなかったんだ。
で、結局これもほとんど事故的に理研が引き継いでしまった。理研が訳あり研究を引き継いだに
関して若山さんに罪はないよ。
理研だって訳ありなんて知らないことだ。誰にも罪がない。
こういう事故ってあるんだなということだね。

87開高健:2019/03/01(金) 08:18:22
センセーショナリズムで販売部数を伸ばしたいマスコミも裏には活字離れがあるよな。
誰かが悪いということにしないと収まらないという民度も未開だよな。

88井伏鱒二:2019/03/01(金) 08:20:29
世紀の原発事故で民心は動揺している世相だしな。

89タカハシワケ:2019/03/01(金) 08:26:13
貧すりゃ鈍するというぞ。経済政策をちゃんとさせないとな。政府が国民に
借金して財政赤字が膨らむのは全然心配しなくていいのさ。なんなら永遠に
膨らませたままでもいいのさ。米国はそれを知ってる。これに早く気付かないとな。
どうも、国際財閥の世界経営上のコントロールというより、日本人が鈍してるのが
主因のようだな。

90アダム・スミス:2019/03/01(金) 08:29:09
法人税をもとに戻さないと。もう十分留保させた。バランス感覚だよ。

91孤舟:2019/03/01(金) 08:33:13
まだ消費税を上げたがってる心理が理解できないね。輸出企業からのバックが
ほしいだけとしか思えないね。自分の生活しか考えていなくて、せせこましい。
国が富まないから資金は外へ捨ててる。間抜けすぎる。国が富めばどこからでも
金はわいてくるのにな。いつになったら気づくのかな。

92タカハシワケ:2019/03/01(金) 08:37:30
国民に精神的バックボーンがないからだよ。目的を失って久しいね。戦後復興が
終わったら何していいかわからなくなった。目的がないのなら、ベストの状態を維持するには
どうしたらいいかを考えればいいのに、それもしないからこうなってる。
とても能力レベルが低い。失敗の連続だ。よくもここまで間違え続けられるものだ。

93孤舟:2019/03/01(金) 08:41:50
戦後の倫理観の根幹は死んだ戦友が見てるというものだったね。復興の偉業を
達成してのち、死者の目を意識しなくなった。そもそも日本人の倫理は
戦友の悲惨な死の記憶だけだったのかな。

94タカハシワケ:2019/03/01(金) 08:47:54
武士道というのも敗戦後に完全に滅び去ったね。日本だけでなく、たぶん、
世界にとっても戦後は終わろうとしているね。新しい価値の創造がなされる
前夜かな。

95孤舟:2019/03/01(金) 08:48:37
世界を見渡して何か新しいものが見えるかね。

96タカハシワケ:2019/03/01(金) 08:53:59
まあ、経済的に後進国がキャッチアップしつつあるだけだね。繰り返ししか見えないね。
米国は他国を助けすぎて自分を弱めちゃってるんで、立て直ししているだけだ。
裏返すといまだに米国の世界経営が必要なんだな。放置してると昔の野蛮を
繰り返しそうだからね。チャンコロが実例だ。

97孤舟:2019/03/01(金) 08:56:33
チャンコロの支配と米国の支配とどちらがマシかという話だな。
答えは実績で示されているからな。でもこれは新しい芽生えではないよな。
ただ過去を繰り返しているだけだ。飽きたな。

98タカハシワケ:2019/03/01(金) 08:58:01
人は飽きたころ死ぬぞ。ふふふ。

99ヘーゲル:2019/03/01(金) 08:59:09
本題頼むぜ。

100カール・ヤスパース:2019/03/01(金) 08:59:46
本題、何でしたっけ?

101デラ・ストリート:2019/03/01(金) 09:03:13
ここでしょ。
>>
76: ペリー・メイスン :2019/02/28(木) 17:55:17
結局そこに戻るんだな。誰が一体、STAP細胞は胎児貢献能と胎盤貢献能を持ち、
STAP幹細胞は培地誘導で胎盤貢献能を失い、FI幹細胞は胎児貢献能を失うと書いたのか?

102在原業平:2019/03/01(金) 09:19:23
ここに戻るんだな。
>>
在原業平
なるほどな。
レター論文の主旨は、STAP細胞は胎児貢献能と胎盤貢献能があるが、STAP細胞をFGF4誘導したら胎児貢献能は失うのだ、ということで、これを言い出したのは若山さんで小保方さんにそう伝えていたものか、それとも小保方さんが渡されたデータから12/11ヴァージョン作成時に別途まとめていた中に書き込んでいたものなのか、あるいは、笹井さんが小保方さんから受け取った原稿を含むデータと若山さんとの2、3度に及ぶ面会時に聞いた話とを素材にそういういう風に現象を解釈したのか、という問題なんだね。
GOFのFI-SCを作っていたら、レター論文の主旨を小保方さんに示唆したのは自分だということになるよな。STAP細胞をFGF4誘導したら胎児貢献能は失うのだのだという証明のためにFigure2-bはつけられている。
この写真が若山さんが撮影していたら、それを示唆したのは若山さんだということになるね。
だから、これは自分は作って無いということにしないと証言が矛盾してしまうんだな。
2019-02-25 19:27:48

103開高健:2019/03/01(金) 09:24:27
我々は昨日こう書いた。
>>
77: 開高健 :2019/02/28(木) 18:00:00
笹井さんくさいね。論文を通さないといけない。レター論文は外さずにネイチャ再投稿と決まっている。この何が何だかわからない実験結果を何とか取りまとめなければならなかった。
>>
Thus, our findings indicate that epigenetic fate determination of mammalian cells can be markedly converted in a context-dependent manner by strong environmental cues.

78: 井伏鱒二 :2019/02/28(木) 18:31:58
語彙選択ってそのとき読んでいた文章に影響されたりするよねえ。cuesって別に特段どうってことない語彙なんだろうけどね。Yang, J. et al.の文章にそういう表現が出てくると何か考えてたのかなあとふと思ってしまうけどな。
>>
This reprogramming is completely suppressed if cells are maintained in activin and Fgf, demonstrating the dominant influence of extrinsic cues.

104在原業平:2019/03/01(金) 19:24:15
小町ちゃん、ジンライムね。月初は忙しくて行けないよ。

105地球の上に朝が来た。その裏側は夜だろう。:2019/03/02(土) 10:44:02
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106在原業平:2019/03/02(土) 10:44:49
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

107小野小町:2019/03/02(土) 10:47:04
忙しいわねえ。年度末も近づいてるわね。

108在原業平:2019/03/02(土) 10:49:19
魚釣りも忙しくなってるんだよ。2月の後半から動き出すんだ。まだ姿は見てないけどね。
昨日は80センチの鯉を捕った。

109小野小町:2019/03/02(土) 10:50:01
捕ったって、釣り上げたの?

110在原業平:2019/03/02(土) 10:52:46
いやいや、80センチの鯉を掬えるヘラ手網はないよ。ご老体だったらしくて岸辺に寄ったから
タオルを被せて抱きかかえるように丘に上げた。

111小野小町:2019/03/02(土) 10:53:31
そして食べた?

112在原業平:2019/03/02(土) 10:54:45
馬鹿言うな。写真撮ってドボンだ。

113小野小町:2019/03/02(土) 10:56:11
学さんのところでOoboeさんからお礼ね。

114在原業平:2019/03/02(土) 11:00:06
ああ、返事書いといたよ。Ooboeさんたちはアーティクル論文のキメラが本物で
あって欲しいんだよな。小保方さんのスフィア細胞は彼女の研究している通りに
存在しているんだけど、その細胞から直接キメラができたと記載されているのは
若山さんの嘘だ。世間は若山さんの嘘の動機に無頓着だったということを
書いといたよ。

115小野小町:2019/03/02(土) 11:02:46
細胞の大きさの件は岡部研からのクレームなのか知らねえ。

116在原業平:2019/03/02(土) 11:05:26
わからないね。ただ、渋谷さんがアップしていた動画と、パートナー氏から紹介されて
楠本さんがアップしていたES細胞の胚盤胞へのインジェクション写真はどちらも
大阪大学の岡部研のものだ。後者は我々も紹介したよね。

117小野小町:2019/03/02(土) 11:09:27
岡部さんは若山さんの友人なんでしょうからね。困るでしょうね。
外国のものを探すといいわね。見るだけなら別に構わないんで、すでに納得している人も
多いんじゃないの。

118在原業平:2019/03/02(土) 11:25:10
学さんのブログのコメント欄にも書いといたけどマウス受精卵の大きさは
直径約80マイクロメーターだ。胚盤胞期までほぼ同じ大きさだ。
桑実胚は第4回と第5回までの卵割期の細胞で16細胞期から32細胞になる。
取り出して浮遊培養するとその直径は33マイクロメーターから26マイクロメーターの
直径細胞になる。実際には卵膜の中に閉じ込められているから球にはなれず
コンパクションを起こしていて桑の実状に見えるから桑実胚と呼ばれている。
16細胞期だとして、半球の中に8個だそれを半分に切ると4個だよ。そして
今度は横に半部に切ると2個だ更に縦に半分にしたところに1個押し込められている。

119小野小町:2019/03/02(土) 11:26:20
みかんの房を想像するといいのね。

120孤舟:2019/03/02(土) 11:27:13
阿久悠から電話だ。

121地球の上に朝が来た。その裏側は夜だろう。:2019/03/03(日) 08:37:08
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122在原業平:2019/03/03(日) 08:37:53
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

123小野小町:2019/03/03(日) 08:39:50
お気に入りは根本さんがヤフーブログが閉鎖予定でお困りね。学さんのところで
あのねさんが持論展開ね。

124在原業平:2019/03/03(日) 08:47:16
今、まさに我々が検討している場所に拘わる問題だね。レター論文の趣旨と
キメラ関係の実験以外を行ったのは誰だというところだ。今のところ我々は
ベースの発想は若山さん発だと思っているが、ひょっとして笹井さんなのかと
疑義している最中だね。あの人は結構そそっかしいところがあるみたいなんで
勘違いは指摘しといたけど、岸が座長を降りたとか、石井さんと間違えてる
くさいんだけど、あの、リンパ球以外を遠心分離した残りから取り出したというのも
勘違い臭いよね。遠心分離できなかったからFACSでの大きさによる選別が
新発見として報告されてるんだろ。

125小野小町:2019/03/03(日) 08:49:37
あの人はでも似たような実験をしている専門家くさいことを漏らされてるわね。
特に、インジェクションに関しては若山研のレベルでない機械を使ってるようよね。

126在原業平:2019/03/03(日) 08:53:37
マウスのリンパ球は活動して義足を延ばしてないときに最も小さいんだけど、
その時の一番小さいサイズは5マイクロメーターなんだ。アーティクルの
胚盤胞へのスフィア塊インジェクション写真の管の中で塊から離れ落ちて
後ろからついてきている一粒の大きさがそのくらいだね。クローン胚って
あの大きさの中の核だけをとってくる技術なんだよな。

127小野小町:2019/03/03(日) 09:04:48
すごい技術ね。日進月歩で今は自動化されつつあるのね。でも、無論可能な技術なんでしょ。

128在原業平:2019/03/03(日) 09:09:45
もちろん可能だよ。理研のあの報告書はntESを作るときに血液を使うのは患者の
負担が少なくていいが、リンパ球は受容体再構成があって、完全なDNAではないから
再構成のない他の白血球を使うためにその選別法として大きさによるFACS選別を
可能にしたと言ってるんだから、あの小ささの細胞の核を抜くという技術は既存だと
わかるじゃないか。白血球の核も抜けなくて白血球由来のntESはできない。

129一言居士:2019/03/03(日) 09:28:49
これを見ると勉強になるね。除核するのはリシピエント卵だけだ。ドナー細胞はそのままインジェクトする。
>>
*ttp://www.naro.affrc.go.jp/publicity_report/publication/files/nilgs_report_09.pdf

130閲覧者:2019/03/03(日) 09:32:08
牛での実験だね。電気ショックを与えて融合させてから培養するんだね。
ガラス管はその都度ドナー細胞の大きさに合わせて引き延ばして作成する。

131在原業平:2019/03/03(日) 09:40:05
マウスのいろんな組織細胞の大きさがなかなかわからないんだけど、
卵の大きさはほぼ80マイクロメーターだね。80/1000ミリメーターだね。
1/100ミリメーターより少し小さい視認できる。
>>
株式会社テクノス
検出限界は50ミクロンの点 ・ (視力1.0の場合)
毛やひび割れなどの連続した物はもっと小さくても見える・・・とあります。
>>
髪の毛の太さは約10ミクロンです。

132小野小町:2019/03/03(日) 09:50:11
アーティクルFigure1-gのSTAP細胞は幅5長さ10マイクロメータくらいね。
酸浴させて浸透圧で水分が少し抜けるのと、マクロファージだったら形を
変えることができるわね。何を撮影したかは不明ね。

133デラ・ストリート:2019/03/03(日) 10:00:27
脾臓細胞の内容に関して以下の記事があるわね。
>>
*ttps://www.researchgate.net/post/Size_of_mouse_splenocytes
>
5 years ago
Joseph michael Cantor
University of California, San Diego
5-10 um on average, with resting B and T cells comprising the lower end of the range and macrophages on the upper end. Adult mouse spleens typically contain 1x10e8 white blood cells: 50-60% B cells, 30% T cells, 5% macrophages, and <5% others.

134小野小町:2019/03/03(日) 10:07:48
マウスの脾臓から白血球を選別すると10の8乗個含んでるのね。その中の割合は以下ね。
①B細胞50-60%
②T細胞30%
③マクロファージ5%
④その他5%
なのね。どれも大きさは5-10マイクロメーターで、休んでる状態のB,T細胞は5を含み
マクロファージは10を含むと。

135在原業平:2019/03/03(日) 10:15:36
小保方さんの酸浴細胞の大きさはここの説明と合致しているよね。スフィア塊の中は
上記①②③④の構成になつてる。丹羽さんが最初の記者会見で説明した通りの
ヘテロな集団なんだから、アーティクルFigure1-gのSTAP細胞の写真がこのうちの
どれであったかは分からないよな。ただ大きさは最大でも10マイクロメーターなんだよ。

136小野小町:2019/03/03(日) 10:26:25
学さんのところで議論した桑実胚は4回から5回目の卵割なんだから、1/16もしくは
1/36の体積に分割されているのね。これは球の直径に直すと最初が80マイクロメーターの
球なんだから80→64(2細胞)→51(4細胞)→41(8細胞)→33(16細胞:桑実胚)→26(32細胞:桑実胚)ね。
桑実胚の後期である32細胞期でも理論直径は26マイクロメーターなのね。STAP細胞は最大で10だから
2.6倍ね。体積は三乗だから1000対17576で17.5倍ね。2.6の三乗ね。管の中に見えてる
STAP細胞塊のくずれた1個がいかに小さく見えるかの原因ね。直径が2.6倍という
言葉の感覚とは違うのよね。17.5倍の体積ね。

137在原業平:2019/03/03(日) 10:34:52
桑実胚の写真はグーグルの画像検索では出てこないから桑の実で検索すると
その中に桑実胚の写真も出てくる。イメージ的には似てるけど大きさは
7.5倍だということは知っといた方がいいね。ちなみに卵割は極があって、
すべて均等に卵割していくわけではないから全部同じ大きさだとは限らない。
それとこの後の胚盤胞期になると各細胞は水分を卵割腔の中に放出するから
理論値よりずっと小さくなる。水は方円の器に従うという性質があるので
この後に組織細胞が形成されて形を変えていくときのための隙間を作るんだね。

138小野小町:2019/03/03(日) 10:37:34
着床するまでは卵の中にあったものは外に出ないし、中に入ってくるものも
原則ないのね。

139在原業平:2019/03/03(日) 10:40:33
卵管の中を移動するときに幾分水分と栄養補給があるといわれているけど、
わずかだね。大きくなりすぎると子宮までの移動に差し障る。本格的補給は
子宮壁に埋没して胎盤ができてからだ。

140小野小町:2019/03/03(日) 10:47:43
若山さんは嘘をついているのよね。そのことがこのレター論文をめぐる考察にも
要素として加味されることになるのね。若山さんはレター論文の主旨は自分の
考えていたことではないと主張したがっているのよね。なぜかと。


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