STAP問題の全解に向けて、その20 - 1520838176

810：シャーロック・ホームズ：2018/03/29(木) 10:42:30: さて、いよいよだね。
<ChIP-seq inputデータの解析から・・・STAP 細胞・・・は CAG-GFPが
挿入された129xB6へテロ系統由来であることが強く示唆された。一方
RNA-seq (Truseq)データの解析からは・・・STAP 細胞はCAG-GFPが挿入された
129xB6へテロ系統・・・であることが示唆された。
811：小野小町：2018/03/29(木) 10:49:40: なるほど。
>>
SSR1171578 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv(129xB6:CAG-GFP)
SSR1171579 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv(129xB6:CAG-GFP)
SSR1171580 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv(129xB6:CAG-GFP)
SSR1171581 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　C57BL/6x129/Sv(129xB6:CAG-GFP)
SSR1171582 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　C57BL/6x129/Sv(129xB6:CAG-GFP)
SSR1171583 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　C57BL/6x129/Sv(129xB6:CAG-GFP)
SSR1171584 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　C57BL/6x129/Sv(129xB6:CAG-GFP)
812：在原業平：2018/03/29(木) 10:54:31: 129xB6へテロ系統というのは別系統同士の掛け合わせという意味でGFPに関しても
ヘテロであるかどうかには触れていないんだね。つまり「僕のマウス」はヘテロ系統だけど
GFPに関してのみはホモなんだよね。ここはGFPがヘテロであった場合も考えておかないと
いけないね。というのも最初のキメラ成功時のマウスはGFPヘテロだつたからね。
しかも、CAG-GFPがヘテロというケースにはAcr-CAG-GFPのケースもあるので
紛らわしいんだね。
813：小野小町：2018/03/29(木) 10:57:48: いずれにせよC57BL/6x129/Svであるべきはずのものが(129xB6:CAG-GFP)であったと
結論されているんだから大事件だわよね。
ただ、その前に先ほど除かれたもののところでCD45陽性細胞をそこに含めたんだけど
文章に混乱があるわね。あとの記載と矛盾するところがある。
814：デラ・ストリート：2018/03/29(木) 10:59:05: もう一度、そこのところの全文貼り付けるわね。
>>
１）実際に RNA-seq、ChIP-seq に用いた細胞株／マウス系統が論文記載、公共データベース登録内容と異なっている
（調査結果）論文や公共データベース登録内容に基づくと、これらの解析に用いている細胞株は CD45+細胞、TS 細胞を除いて 129xB6 ヘテロ系統マウス由来であり、挿入されている GFP のタイプは CAG もしくは Oct4 である。しかし、ChIP-seq input データの解析から、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、CD45+細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが強く示唆された。一方 RNA-seq (Truseq)データの解析からは、 FI 幹細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、CD45+と STAP 細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統、STAP 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来であることが示唆された。このように、RNA-seq における FI 幹細胞ではマウス系統が論文記載のものと異なっており、また ChIP-seq における FI 幹細胞、STAP 幹細胞では論文には記載のない Acr-GFP/CAG-GFP が挿入された細胞が用いられている。これらの実験は全て小保方氏によりサンプル調製がされているため、どのようにサンプルを用意したのかを中心に聞き取り調査を実施したが、その当時あった細胞を集めて用意したとの説明しか得られず、ノート等の記載も見当たらないため詳細は不明であった。
815：小野小町：2018/03/29(木) 11:07:27: <論文や公共データベース登録内容に基づくと、これらの解析に用いている
細胞株は CD45+細胞、TS 細胞を除いて 129xB6 ヘテロ系統マウス由来であり、
挿入されている GFP のタイプは CAG もしくは Oct4 である。>の<CD45+細胞、
TS 細胞を除いて>の文節がどこまでかかっているのかだわ。常識的には<CD45+細胞、
TS 細胞を除いて 129xB6 ヘテロ系統マウス由来であり>と掛かり終わっていて、
だってGFPはは除く人用もなく合ってるわね。ところがそれだと、<CD45+細胞>の
中にGOFだけでなく<129xB6 ヘテロ系統マウス>もあるし、かつそれ以外に以下もある。
>>
SSR1171558　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1 129/Sv
SSR1171559　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2 129/Sv
816：小野小町：2018/03/29(木) 11:08:44: だってGFPはは除く人用もなくなく→だってGFPは除く必要もなく
817：在原業平：2018/03/29(木) 11:12:05: 桂報告書の文章の書き手は無教養で知的訓練のなされていない脳味噌の持ち主か、
嘘をつくことをその任務としている脳味噌であるかのどちらかなんだ。
818：小野小町：2018/03/29(木) 11:13:28: なるほど。でもそのことは今は置いておいて、CD45+のマウス背景は調べられているのかしら?
どっちなの?
819：在原業平：2018/03/29(木) 11:18:41: <しかし、ChIP-seq input データの解析から、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が
挿入された 129xB6 へテロ系統、CD45+細胞は Oct4-GFP が挿入された B6 ホモ系統、
STAP 細胞, STAP 幹細胞は CAG-GFP が挿入された 129xB6 へテロ系統由来である
ことが強く示唆された。>とあるんだから、ここにはCD45+細胞のうちのGOF分だけが
入っている。それはかかり具合が全文に及んでいるということとは矛盾する。でも、
CD45+細胞はF1の分もあるよね。
820：小野小町：2018/03/29(木) 11:22:49: 私たちの持っているデータとみているものが違うのかしらね。CD45+細胞の
F1分に気づいていないのだったらCD45+細胞に関しては調べられているとしていいのかしらね。
でも大事なのはCD45+細胞のF1の分だわよね。それについて技地曖昧にしているのだったら
<嘘をつくことをその任務としている脳味噌>だということになるのね。
821：在原業平：2018/03/29(木) 11:25:02: データなのでちゃんと整理できることに過ぎないよね。そんなことに関してすら
こんなに曖昧なレトリックを使っているところに既に怪しさがある。さもなければ
とんでもないアホがやってる。
822：孤舟：2018/03/29(木) 11:26:48: 日本の理研ってその程度のレベルなの?
アホが採用される研究所なんだな。ふふ。

阿久悠から電話だぜ。
823：イェイ：2018/03/29(木) 11:28:05: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😔　😳　😡　😱　🐝　🌅　👰　🙅　🙍
🙋　👩　👮　👪　🙇　🙈　🙊　💪　👍　👎　👉　👊　👋　🙏　🙌　
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824：ルートン：2018/03/29(木) 13:07:06: …はなから、「無い」と決めつけて世界を見るのと、存在を意識しながら世界を見るのとでは、真実に出合える確率もスピードも変わる…

「あるとしたら、どういう事だったのか」と考察する人

「ないに決まっている」と思考停止している人

この二者は永遠に交わる事はないだろう。
825：ジム ◆L2homMtBOk：2018/03/29(木) 14:14:36: 中央公論なかなかやるねぇ（笑）
書店でこの写真見たら、思わず手にとるよ
誰だこの女性アイドルは？

ttp://blog.livedoor.jp/obokata2657/archives/23044897.html
826：元祖無責任男：2018/03/29(木) 15:49:19: 桜の開花に合わせて、おれの酒をうまくしてくれるじゃないか。
桜🌸の時期に合わせたのは出版社の計画かい？天の計らいかい？
まあ、どっちでもいいや。桜の木の下で高まる気持ちをおさえつつ
ページを開く‥
827：谷啓：2018/03/29(木) 17:24:05: で、どうだった？
828：元祖無責任男：2018/03/29(木) 17:27:50: せかすんじゃないよ、そういうオマエはいまどこを読んでんだ？こっちは
「二人で三人前の焼肉を３０分ほどでたいらげ、昔のように笑った。‥」
えーと、いま25ページだ。
829：アキ：2018/03/29(木) 17:29:55: まったくアンタは、食べものと酒の話が好きねえ。
830：元祖無責任男：2018/03/29(木) 17:34:17: うるさいなぁ。これからだいじなとこなんだ。邪魔しないでよ、イライザ。
831：アキ：2018/03/29(木) 17:44:13: まぁー
アタシがむかし、キャンディキャンディを購読してたの知ってイヤミ言うのね。
失礼しちゃうわ。
832：谷啓：2018/03/29(木) 17:46:49: アキねえはねえ、
聖子ちゃんブームのときもさんざんキライとか言ってて、ヘアスタイルは聖子ちゃんカットしてたからね、くふふふ。
833：Oob：2018/03/30(金) 08:34:35: 824 ル－トンさん

とても、分かりやすい対比ですね！
学さんちに来ている、専門家
知識保有自慢ばかり、「どや！」と
岩盤に固まった、前頭葉から何かが
創造されるかしら？
834：ジム ◆L2homMtBOk：2018/03/30(金) 15:48:41: しかし婦人公論最新号を読んでも、小保方さんが心身とも回復された様子が見て取れる
小保方さんをずっと見守ってきた私としてはとても嬉しい
「小保方晴子日記」を読む限り、どこまでつらい日々が続くのかと心配になるが、ついにその状態から立ち直ってくれたとは感慨深い
瀬戸内寂聴さんが「あなたは必ず甦る」と予言したとおり、２年後に復活したのだ
835：ジム ◆L2homMtBOk：2018/03/30(金) 17:54:20: ただ中央公論から写真集だけは、出さんでほしい（笑）
836：Oob：2018/03/30(金) 23:50:31: ジムさん

ほんと、賛成です。また週刊誌にバッシングされるもんね！
837：自死の自由を！安楽死施設をつくりましょう！：2018/03/31(土) 02:00:10: 自死の自由を！

安楽死施設をつくりましょう！