遠藤高帆博士の論文 - 1412748401

1：ふふふ：2014/10/08(水) 15:06:41: Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency

一塩基多型対立遺伝子頻度を用いたRNA-seqのための品質制御方法
407：名無しさん：2014/12/27(土) 08:47:58: でもこの事件は若山さんの確認があれば防げてたと再三報告書が指摘してる。
それは事実だと思うし、若山さんは再現検証実験の報告記者会見の後で
結果を受けて、責任を痛感していると二度目の謝罪をしているんで
そのときにこういう今回の発表の仕方を了解したと思うね。まあ、引き受けた
弟子の不始末の責任を自分も担うという覚悟だろうね。立派だと思う。
408：名無しさん：2014/12/27(土) 08:49:33: 小保方さんは体調不良で弁護士とも連絡が取りにくいと言われているな。
409：名無しさん：2014/12/27(土) 08:55:44: 彼女はやはり精神疾患の一種だと思われるな。子供の頃の願望と現実の
入り混じった精神状態から発生する虚言症の類が何か特殊な理由で
発達段階で完全に払拭されないままに来たんでしょ。家庭環境だろうねえ。
ちょっと甘やかされて育ちすぎたかな。普通は社会生活、集団生活の中で
矯正されていくもんだけどな。
410：名無しさん：2014/12/27(土) 08:57:53: 体調が悪いというのは嘘と現実が今始めて彼女の中で戦ってるのね。
411：名無しさん：2014/12/27(土) 09:00:37: それにしても、小保方さんの往生際の悪さに辟易しますね。
若山氏や理研にどれだけ迷惑かけたのか認識していないようですね。
普通なら２月に論文取下げすべきところ。自身で行った実験データが無いとは。
テラトーマは言い逃れ出来ないことは分っていたはず。
412：名無しさん：2014/12/27(土) 09:03:35: たぶん今まで彼女の嘘を厳しく指摘した人が居なかったのよ。普通は
未成年段階までに痛い目に合うよ。今回、初めて理研が総力を上げて
あなたは嘘をついているんだよと指摘した。人件費まで計算したら
１億円と言わないんじゃないか。彼女のために使われたね。
もっと早く指摘されていたら、たぶん誰かに張り倒される程度で
既に矯正されていて、こんなことにならなかったかもしれない。
413：名無しさん：2014/12/27(土) 09:06:36: 懲戒解雇に対して彼女の方から抗弁するだろうか。
414：名無しさん：2014/12/27(土) 09:10:53: 体調が悪いというのが本当ならしないと思う。
体調が悪いというのは彼女の中で何かが戦ってるということを意味している。
本当の悪党は分かった上でやるから苦しまない。サワラコウチさんを
見れば分かる。ばれたらあっけらかんとしている。
415：名無しさん：2014/12/27(土) 09:14:20: こっちはどうなの？

＞＞小保方晴子氏の代理人を務める三木秀夫弁護士（大阪弁護士会）は２６日、
大阪市内で記者団の取材に応じ、ＥＳ細胞（胚性幹細胞）の混入について
「小保方氏は混入はないと信じていた。ましてや自分が入れるなんてことは
考えられない」と小保方氏による混入を強く否定。「本人の体調が非常に
悪く、連絡が取りにくい状態だ。（異議申し立てなど）今後のことはまだ
協議しておらず、コメントは控えたい」と述べた。
416：名無しさん：2014/12/27(土) 09:16:19: 弁護士はことが終わるまでは戦う姿勢でいるさ。油断しない。
でも小保方さんが何もしない意思であればそれでお仕舞いじゃないか。
417：名無しさん：2014/12/27(土) 09:18:56: 懲戒委員会の結論が出て、訴訟にでもならない限りはこれで自然解消
という結末かな。それで随分たってから真相記事がでるとか。
418：名無しさん：2014/12/27(土) 09:21:14: だれかノンフィクションでも書くかな。
でも結論は今回の報告書で明確だからね。
論理を働かせることのできる頭をもっていさえすれば
誰がＥＳを混入させたかは明らかだ。
419：名無しさん：2014/12/27(土) 09:24:14: ５年間もこんなことし続けているなんてちょっと普通ではないね。
420：名無しさん：2014/12/27(土) 09:25:16: 運転手は君だ、車掌は僕だ、後のみんなは電車のお客。
421：名無しさん：2014/12/27(土) 09:26:00: ごっこの世界の人が現実の世界の人の中に混じってたのね。
422：名無しさん：2014/12/27(土) 09:29:11: レアケースだと思うね。どこかで発覚するもんだよ。
最後の最後まで発覚しないですわノーベル賞かという段階の
少し前で発覚した。小学生のときにばれてたら本人は幸せだったろうな。
何がしかの才能はこんなにあるんでしょうや。不運な人だ。
423：名無しさん：2014/12/27(土) 09:29:57: 笹井さんは今生きてたらなんだと笑いとばしたんじゃないの。
424：名無しさん：2014/12/27(土) 09:31:06: だから彼には彼の抱えていた問題の大きさが別にあったんだろうな。
425：名無しさん：2014/12/27(土) 10:16:30: なんか終わったら、結局詰まんない話だなあ？
426：名無しさん：2014/12/27(土) 10:22:42: そりゃそうだよ。科学的新発見の話とねつ造じゃ天地の開きがある。
でも、今回の外部委員会の報告書は立派な業績じゃないかな。
ネガティブな結論だということは残念だけど、能力の高さは証明されたでしょ。
現在の遺伝子解析技術とはこういうものだと世間に知らせた功績は大きいよ。
犯罪を減少させる要因になるかも知れないね。
427：名無しさん：2014/12/27(土) 10:24:27: 北朝鮮が送ってきた遺骨もこれで嘘がばれてるけど、
今回のはそんなレベルじゃないからな。
428：名無しさん：2014/12/27(土) 10:25:14: 君は疑ってたけど遠藤論文は正しかったんだね。
429：名無しさん：2014/12/27(土) 10:28:00: そうだね。小保方がねつ造していなければ遠藤論文は間違っていなければ
ならないと思ってからね。
今回の分析は遠藤論文の手法も使ってるね。特に小保方が提出していた
資料の残りもまだ残されていたんだね。もう一度原資料からやり直してるね。
徹底的なものだ。
430：名無しさん：2014/12/27(土) 10:30:07: その資料は小保方が自分で提出していて、証言もあれば
かつ自分自身も認めているね。
431：名無しさん：2014/12/27(土) 10:31:32: 若山さんに言われて当時沢山作っていてそれを全部集めて提出したと
本人が証言している。
432：名無しさん：2014/12/27(土) 10:34:46: それで全部だったので後はなくなったということらしいね。
その資料のデータが登録されていて遠藤さんはそれを分析したけど
実は、分析時のナマデータも残っていたから今回はそれも調査した。
その結果ＥＳだったと？
433：名無しさん：2014/12/27(土) 10:35:37: そうだね。
434：名無しさん：2014/12/27(土) 10:36:19: となるとＥＳの混入犯は？
435：名無しさん：2014/12/27(土) 10:37:57: そうは短絡できないのよ。提出時期は分かっていて、そのころ
小保方さんは若山研にいる。インキュベーターに工作できるのは
理研の全員ということなのよ。
436：名無しさん：2014/12/27(土) 10:39:57: 記者の質問でその頃とても沢山ＳＴＡＰ細胞が出来たのだと小保方さんが
言ったという答えがあったね。
437：名無しさん：2014/12/27(土) 10:43:41: あそこな。俺たちもずいぶん考えたな。ＳＴＡＰというからにはキメラが
できてる細胞の一団から提出しないとＳＴＡＰであることにならない。にもかかわらず
あの提出は既に若山さんが居ない時期ではないかと考えたね。
438：名無しさん：2014/12/27(土) 10:47:01: その情報は間違ってたのよね。笹井と一緒にやってるときと書かれてたからな。
もっと前に提出していてそのころまだ若山さんは山梨に異動してない。
今回の記者の質問に答えた教授が確認してるね。
439：名無しさん：2014/12/27(土) 11:16:19: あの報告書で知られた事実として幹細胞は２０１２年１月から
８月までの間に作られているね。たぶんキメラも同じ時期だろうね。
若山さんは以前から兼務になってるんだけど実際に山梨に引っ越したのは
２０１３年の３月よね。
440：名無しさん：2014/12/27(土) 11:18:28: まあ、一応犯人は特定できないということの根拠はあるのかな。
441：名無しさん：2014/12/27(土) 11:24:01: 今回調べた理研の調査対象の範囲内では誰と決め付けられないということだろうね。
でも論文不正をしているのは誰かということと総合すればほぼ指弾されていると
言っていいだろうね。
ましてや、テラトーマは、全て彼女が行なっていて、無論それはＳＴＡＰが
あるのだから出来て当たり前ということが、今回オクト４強発現細胞が
できなかったこととあわせてよければ、間接的に否定されている。
442：名無しさん：2014/12/27(土) 11:26:36: それは別々のことだということに対しては今度はスフィア段階からの
免疫不全マウスでの実験でティシュー段階からの実験結果はなんだと
言うことに繋がって行くのね。
443：名無しさん：2014/12/27(土) 11:31:41: そこはもう早稲田は論文の再提出がなければ自動的に取り消し決定をしているから
もはや再提出は無いと思うけど、仮に提出されたら、黙って審査で落とすか、
遡って不正証明をするかによって違ってくるけど、早稲田はもう、黙って
落とす方を選ぶだろうね。それはねつ造だとしたらこの場合病気だとしか
考えられないんで、万が一のことを考えて、争いにせずに落とすと思うよ。
それよりも本人が再提出しないと思う。
444：名無しさん：2014/12/27(土) 11:33:30: 人が一人なくなってるんだけどな。
445：名無しさん：2014/12/27(土) 11:37:14: ああいうのはトンネル内での玉突き事故みたいな巻き込まれの交通事故に
近い諦め方するよりないね。
446：名無しさん：2014/12/27(土) 11:40:37: つらい結果だね。
447：名無しさん：2014/12/27(土) 11:43:43: 理研上層部はみな心に傷を負っているでしょうと桂さんが言ってたね。
448：名無しさん：2014/12/27(土) 11:44:21: 桂小五郎の子孫かな？
449：名無しさん：2014/12/27(土) 11:46:24: 小五郎は木戸姓に改姓したんじゃないの。
長州の親族の出身じゃないの。
450：名無しさん：2014/12/27(土) 11:46:59: ほんまかいな。
451：名無しさん：2014/12/27(土) 11:48:31: 知らない。だけどあそこは昔昭和天皇の生物学の先生も出したような組織だから
変な人はいないでしょう。
452：名無しさん：2014/12/27(土) 11:49:52: なんかなあ、終わったなあ。
453：名無しさん：2014/12/27(土) 11:50:54: かの論文にあるＳＴＡＰ細胞は存在しない。その正体はＥＳである。
これでいいんだね。
454：名無しさん：2014/12/27(土) 11:51:57: 残された問題は三面記事に過ぎない。
詰まらない。
455：名無しさん：2014/12/27(土) 11:52:56: 詰まらんな。
456：名無しさん：2014/12/27(土) 11:53:35: グッバイしようか。
457：名無しさん：2014/12/27(土) 11:54:05: グッバイだ。
458：名無しさん：2015/01/04(日) 10:54:13: トリソミーはなかったみたいだね。
459：名無しさん：2015/01/04(日) 19:09:38: >>458
トリソミーは、一つ「STAP幹細胞」から検出されたね。

どこかのブログでは、それが、マウス系統が違うって、騒いでいる人がいるけど、遠藤さんの論文で指摘したのは、「STAP幹細胞」ではなく『STAP細胞』だから、
そもそも、それとは、別に考えるものだよね。

僕が思うに、おそらく、今回、調査委員会で遺伝子解析された数種類のES細胞は、どれも樹立した日から、あまり、植え次ぎのされていない
いわば、品質が保証されているものだったのだろう。
でも、これは、あたり前だよね。
どれも「STAP幹細胞」と比較するための基準になるものだから。

実際に、小保方さんが、理研で『STAP細胞』としてRNAの形で遺伝子解析に出した時に使われた細胞は、ES細胞で、かなり植え次ぎがされていたものだっただろう。
それにはトリソミーがあるのさ。
そして、その細胞自体は、今回の遺伝子解析には使われていないで、理研の冷蔵庫の中で眠っているということだよ。
おそらくね。
460：名無しさん：2015/01/05(月) 13:32:38: 8番欠失をもつ126　＋　3番欠失を持つAcr岡部研B6

なぞの留学生がWにだまって全身GFPのESを作っておったのか？

　これなら、仔マウスもFES1に似てるな。
461：名無しさん：2015/01/05(月) 14:19:59: >>460
>>全身GFPのESを作っておったのか？

ESは細胞だから全身GFPじゃないけど。

そのESは留学生が帰国する際にすべて持って行った事になっていて、保管記録もそうなっていたはずよ。
だから、Wはラボには存在するはずはないと思っていたはずだね。
そもそもが別の用途で作製したもののはずだし。

Wに内緒で誰かさんに引き継がれて、継代培養されていない限り、入手はできない。
さて、それは誰か。
462：名無しさん：2015/01/05(月) 14:41:37: 129/GFP ES の作成者は、留学生？
463：名無しさん：2015/01/05(月) 15:05:56: FES1　は　O氏　　すべて持ち出す　？

129/GFP　ES　は留学生　持って行った記録ある？
464：名無しさん：2015/01/05(月) 17:56:07: >>463
>>129/GFP　ES　は留学生　持って行った記録ある？

129/GFP ES は樹立日も作成者も不明。
しかし、129/GFP ES は解析の結果、FES1 (129B6GFP1 FES♂) と酷似していた。
FES1は2005年に若山研で作製された。
下記にある様に、STAP研究が始まる前に2010年3月時点で、作成者が転出時にすべて持ち出したとされている。
記録があったかどうかまでは言及されていないが、遺伝子組み換え試料の持ち出しは移管手続きが必要だから、手続き資料は残っていたはず（但し、すべて持ち出したかまでは記録する事はない）。

しかし、小保方が自らSTAP細胞を作製し、テラトーマを作った細胞片の解析結果は、FES1と一致している。

理研の調査報告書P.14。
ttp://www3.riken.jp/stap/j/c13document5.pdf

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＜抜粋＞
ES 細胞混入のもう 1 つの謎は、ES 細胞 FES1 がどのようにして STAP 細胞研究時の CDB 若山研に存在したかである。
ES 細胞 FES1 は 2005 年に当時の CDB 若山研メンバーによって樹立されたが、その後、研究に使わず、2010 年 3 月(CDB 若山研で STAP 研究が始まる前)に転出した時に ES 細胞 FES1 の凍結保存試料を全部持ち出して CDB 若山研には残さなかったとされている。
当時の CDB 若山研メンバーへの質問状と聞き取り調査、および関係者の実験ノートの調査でも、当該メンバー以外に ES 細胞 FES1 を使用した者は見つからなかった。
しかし、CDB 若山研が終了した後に小保方研のフリーザーに残っていた「129/GFP ES」と書かれた試料が見つかった。
この試料はゲノム解析により ES 細胞 FES1 とほぼ同一であることが判明したが、この試料については、調査委員会の質問に対し、小保方氏、若山氏をはじめ、CDB 若山研メンバーは全く知らないという回答であった。
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465：名無しさん：2015/01/06(火) 02:04:15: >>461 理研における研究で理研の研究資源で得られた全ての成果は理研が第一に取得している
466：名無しさん：2015/01/06(火) 08:24:36: >>461
NHK番組では、留学生がフリーザーのES（129/GFPES）を、自分のもののようにインタビューに答えていた。
467：名無しさん：2015/01/06(火) 10:11:33: >>465

全く意味不明のレスですな。
468：名無しさん：2015/01/06(火) 10:38:21: >>467 全部持ってくなんてあり得ないってことさ(*´∀｀)
469：名無しさん：2015/01/06(火) 10:49:24: 　留学生は、FES1とほぼ同じ129/GFP　ESをあんなに大量に
どうやって作成した？

　ところで、　99.9％　と　99.2％　は、同一　と　ほぼ同一　。
470：名無しさん：2015/01/06(火) 11:03:20: 留学生がEFS1を作ったんでなくて、留学生の作ったESをEFS1だと発表したんだろ(*´∀｀)
471：名無しさん：2015/01/06(火) 11:06:35: >>468

ESなら作製方法も確立されているし、継代培養でトリソミーがでるより、新たに作った方が良い事は、ESをやっている研究者なら皆が思うことね。
データベース登録と実験ノートがあれば十分だから、継代培養のためのESサンプルなどいらない。
冷凍保存していたSTAP幹細胞ですら廃棄したのに、そもそも若山研で使う予定のないES細胞のサンプルなんて、残す必要が無い。
472：名無しさん：2015/01/06(火) 11:07:55: >>469

継代培養で増やせるだろ。
しかし、何をもって大量と言っているの？
473：名無しさん：2015/01/06(火) 11:14:48: >>471 凍結保存もあるよ
注文受けて販売もしてる
474：名無しさん：2015/01/06(火) 11:43:18: >>470
2005年には、当該留学生は存在せずだと。（一般ブログより）
475：名無しさん：2015/01/06(火) 11:47:35: >>473

マウスのFES1は、BRCのデータベースにないね。
476：名無しさん：2015/01/06(火) 11:55:12: 今のに無いだけだね
477：名無しさん：2015/01/06(火) 11:57:03: ESあれば留学生は不要
478：名無しさん：2015/01/06(火) 12:15:41: 　ntES G1 と　ntES G2 は、　99.9% 一致。
　
　FES1　と　129/GFP　ES　は、　99.3% 一致。

　▲0.6%は、継代培養による変異か検出誤差か？
479：名無しさん：2015/01/06(火) 12:22:34: //////
ーーーー
●　　　●　何度言ったら分かるの。ここに書き込まないで。
　　へ　　　　この事件はまだ終わってないよ。隣の新スレでやってよ。
480：名無しさん：2015/01/06(火) 12:25:43: BRCから入手したら、すべて記録が残る。
CDBとBRCは別組織。
481：名無しさん：2015/01/06(火) 23:41:18: 　留学生Cは、FES1を解凍し増殖した。
もしくは、普通に岡部マウスと129でESを作った。

もし後者ならば、FES１likeな129B6は、いくらでも出来たことになる。

もし、前者でも連続500クローンをやっていたW研では、FES1 likeな129B6マウスを、
いくらでもO女史に提供できた。

遠藤さんもNGSデータで、確認してくれ！
482：名無しさん：2015/01/12(月) 15:11:41: ふむ。
483：セント・パンテレイモン・ふふふ三世：2015/01/14(水) 08:48:46: なんですか、鉄さん、親分に向かってその口の利き方は。
484：セント・パンテレイモン・ふふふ三世：2015/01/14(水) 08:49:46: あっ、間違えた。糞！
485：名無しさん：2015/01/16(金) 08:48:58: STAP関連細胞株ゲノム配列データ

kahoさん　出番だ。
486：名無しさん：2015/01/16(金) 10:38:19: 理研の報告書読みなさい。
ＫＡＨＯは参加してない。
487：名無しさん：2015/01/16(金) 11:16:19: 終わりに代えて　を　読みなさい。
488：名無しさん：2015/01/16(金) 12:13:13: 応答の関係が分からないがいずれにせよ、
ＥＳの証明は理研の調査委員会でされていて、
このあたりのスレでは更なる推論を重ねて犯人は小保方と決まった。
そして誰もいなくなった。
処分がどうなるか待ってる人が近くで暇つぶしの書き込みを
してるだけだが「出番」の意味が分からない。
このスレ消耗しないでね。
万が一大逆転があったらまた続きやるつもりなんで。
そっとしといて。
489：名無しさん：2015/04/07(火) 22:30:05: ふむ
490：名無しさん：2015/04/19(日) 06:30:15: ふむふむ。
491：ヘーゲル：2015/04/21(火) 07:34:45: こっちにしようかな。
492：ヤスパース：2015/04/21(火) 07:36:38: シュッ、シュッ、シュッ。
ああいい香りだ。愚鈍の臭いが消えますネエ。
シュッ、シュッ、シュッ。
493：開高健：2015/04/21(火) 07:37:51: ああ、肩が痛い。
494：孤舟：2015/04/21(火) 07:38:34: どうしました。開高さん。
495：開高健：2015/04/21(火) 07:41:03: 昨日の夜１０時頃だったかなあ。腹ぼての２尺の鯉を掛けて切れないんで
上げてしまったんで肩の筋肉が痛んで、、、
496：孤舟：2015/04/21(火) 07:41:55: ハリスは何号使ってるんですか？
497：開高健：2015/04/21(火) 07:43:32: コンマ8。竿は丈三。
498：孤舟：2015/04/21(火) 07:44:22: へえー、逆に良く切れずに上げましたね。
499：開高健：2015/04/21(火) 07:46:11: 良くないよ。胴に乗る竿を使ってるのよ。だからなかなか切れない。
暴れまわってもうつり場はめちゃくちゃ。ボーズだよ。
500：孤舟：2015/04/21(火) 07:48:03: 昨日は誰かひとり48.5を上げただけでしょ。
そういうこともある。ボーズでもいいじゃないですか。
竿を出せるだけでも楽しいでしょ。
501：開高健：2015/04/21(火) 07:50:27: 今晩敵を討つ。
502：山村聡：2015/04/21(火) 07:55:42: わあっはっはっは。釣ったのは僕だよ、開高君。どうだ、参ったか。
503：開高健：2015/04/21(火) 07:58:26: あなたでしたか。音がしたからな。誰か釣ったなとは思ってたが。
でも５０上ダービーで競ってる時にお兄ちゃんレベル釣ったって
嬉しがってていいんですか。今晩僕が出しますからね。
504：山村聡：2015/04/21(火) 08:01:23: くふふふふふ。いいよぅぅぅ。でも今はやっぱり嬉しい。
505：孤舟：2015/04/21(火) 08:03:36: 釣ったときは皆会心の笑みだからな。
506：ヘンリー・フォンダ：2015/04/21(火) 08:07:43: 開高さん、今晩も行くんですか。膏薬貼っといた方がいいぞ。
肩上がんなくなるから。