遠藤高帆博士の論文 - 1412748401

1：ふふふ：2014/10/08(水) 15:06:41: Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency

一塩基多型対立遺伝子頻度を用いたRNA-seqのための品質制御方法
2：ふふふ：2014/10/08(水) 15:08:13: 要約
RNAシークエンシング（RNA-seq）は個別遺伝子の発現レベルに関してのみならず、その細胞の
ゲノム配列についての情報をも提供する。我々が全ゲノム一塩基多型（SNP）変異体情報のある
メッセンジャーＲＮＡデータを使用する場合、対立遺伝子頻度は細胞集団の遺伝子組成、
および/または、染色体異常を示し得る。ここに私はどのようにしてmRNAの中のSNPが
最近取り下げられた刺激惹起性多能性獲得（ＳＴＡＰ）細胞論文に基づいたRNA-seqデータに
焦点を当てることによって、RNA-seqの実験を評価するために使用し得るかという方法を示します。
分析は異なった種類の細胞と染色体異常が誤ってデータセットに含まれているかもしれないことを
示ました。この再評価は、対立遺伝子頻度の観察が研究中や実験の質の遡及評価をともなう
サンプルの品質評価に役立つかもしれないことを示しています。
3：ふふふ：2014/10/08(水) 15:09:03: 導入
分子生物学的実験では外部ソースや環境物質或いは共培養フィーダー細胞などの望ましくない細胞からの
汚染を防ぐように常に注意が払われなければならない。このことは、単一細胞のレベルでのメッセンジャー
ＲＮＡ解析がより一般的となっている現在、ますます重要になっています。シークエンシング実験をせずに
汚染を検出するのはしばしば非常に困難であり、また研究者が汚染を疑うのは結果が予期された発見と
著しく異なった場合のみである。さまざまな品質管理手法が提案されているが、彼らは(Wang et al. 2012)
実験の他の技術的な側面に主に焦点を当てている。ここでは私は次世代シーケンサー（NGS）を用いた
研究において、とりわけＲNA-seq技術に基づいたメッセンジャーＲＮＡ分析において、汚染細胞を検出する
ためのアプローチについて説明します。
4：ふふふ：2014/10/09(木) 18:15:55: 要約
RNAシークエンシング（RNA-seq）は個別遺伝子の発現レベルに関してのみならず、その細胞の
ゲノム配列についての情報をも提供する。我々が全ゲノム一塩基多型（SNP）変異体情報のある
メッセンジャーＲＮＡデータを使用する場合、対立遺伝子頻度は細胞集団の遺伝子組成、
および/または、染色体異常を示し得る。ここに私はどのようにしてmRNAの中のSNPが
最近取り下げられた刺激惹起性多能性獲得（ＳＴＡＰ）細胞論文に基づいたRNA-seqデータに
焦点を当てることによって、RNA-seqの実験を評価するために使用し得るかという方法を示します。
分析は異なった種類の細胞と染色体異常が誤ってデータセットに含まれているかもしれないことを
示ました。この再評価は、対立遺伝子頻度の観察が研究中や実験の質の遡及評価をともなう
サンプルの品質評価に役立つかもしれないことを示しています。
5：ふふふ：2014/10/09(木) 18:16:29: 導入
分子生物学的実験では外部ソースや環境物質或いは共培養フィーダー細胞などの望ましくない細胞からの
汚染を防ぐように常に注意が払われなければならない。このことは、単一細胞のレベルでのメッセンジャー
ＲＮＡ解析がより一般的となっている現在、ますます重要になっています。シークエンシング実験をせずに
汚染を検出するのはしばしば非常に困難であり、また研究者が汚染を疑うのは結果が予期された発見と
著しく異なった場合のみである。さまざまな品質管理手法が提案されているが、彼らは(Wang et al. 2012)
実験の他の技術的な側面に主に焦点を当てている。ここでは私は次世代シーケンサー（NGS）を用いた
研究において、とりわけＲNA-seq技術に基づいたメッセンジャーＲＮＡ分析において、汚染細胞を検出する
ためのアプローチについて説明します。
6：名無しさん：2014/11/13(木) 17:17:06: 続きないの?
7：名無しさん：2014/11/15(土) 12:49:03: 必要なくなりそう。
8：名無しさん：2014/11/17(月) 12:07:00: 品質制御　－＞　品質管理
9：名無しさん：2014/11/17(月) 16:20:05: >8

全文頼む。
10：名無しさん：2014/11/23(日) 08:44:36: なんで4,5と反転重複してるの?
11：名無しさん：2014/11/23(日) 08:46:37: >8

品質管理なの?なんか製造業のQC活動見たいね。

それより全文頼むよ。
12：名無しさん：2014/11/23(日) 08:47:14: >>10

誰かのいたずら。
13：名無しさん：2014/11/23(日) 08:47:57: ふふふって何よ?
14：名無しさん：2014/11/23(日) 08:48:49: 亡くなった人のハンドルネームさ。
15：名無しさん：2014/11/23(日) 10:18:52: 亡くなった人は続き書かないでしょ。
誰か跡継ぎ居ないの?
16：名無しさん：2014/11/23(日) 10:23:16: セント・パウロふふふ二世という人がふふふさんの衣鉢を継いだといわれていたが
品性が粗暴ということでスレ主から追われて、下界に降臨なさったといわれているので
ここにはもういない。
17：名無しさん：2014/11/23(日) 10:24:45: 誰か続き書いてくれネエかな。

>8 なんかどう?
18：8：2014/11/23(日) 10:25:23: 俺は忙しい。
19：8：2014/11/23(日) 10:26:45: 遠藤論文って小保方実験ねつ造の決定的証拠と評判なんでしょ?
20：名無しさん：2014/11/23(日) 10:28:11: こんな時間に書き込んでるのに忙しいって、誰も真に受けない。
21：名無しさん：2014/11/23(日) 10:29:51: 遠藤は論文の細胞とNCBIに提出された細胞と違ってると言ってるだけ。
22：名無しさん：2014/11/23(日) 10:31:48: 普通は違わないんで、違うというのは普通じゃない。従って
実験ねつ造じゃないのと推論するんでしょ。
23：名無しさん：2014/11/23(日) 10:32:50: そこに小保方未熟粗忽説があるから紛らわしいのよ。
24：名無しさん：2014/11/23(日) 10:34:24: 遠藤論文は正しくないかも知れないという説もあるんでしょ。
だれも専門家が教えてくれないね。
25：名無しさん：2014/11/23(日) 10:36:29: ただ、東大の第三者機関も同じデータから同じ手法で確認したと言ってる。
無論、第三者と言えるかどうかははっきりしない。ただ、遠さんの友人では
無いかとも言われている。若山さんのときもそうだった。
26：名無しさん：2014/11/23(日) 10:40:30: 同じ手法でやったら同じ結論だったというのは確認されていると言って
いいんじゃないかな。ただ、同じ手法だから、そもそもの手法適用判断が
間違っていたら同じように間違えたというに過ぎないかもしれない。
実際にコンタミ細胞を自分達で作ってデータを取り、その手法の適用が
正しいかどうかの検証は第三者追試されてないばかりか、本人がそもそもしてない。
ここも小保方の実験とたいして変わらない実証の弱さよね。
27：名無しさん：2014/11/23(日) 10:41:49: 遠藤さんは細胞をコンタミさせてみるなんて仕事はしてないから
それは難しかったんだろうね。そもそも仕事が違うからな。
28：名無しさん：2014/11/23(日) 13:37:52: インフォの方で、この手法について語られる人がいない。
29：名無しさん：2014/11/23(日) 14:45:15: >>25
科学的な価値から言えば、友人でも誰でも、本人以外は「第三者」だよ。
30：名無しさん：2014/11/23(日) 15:38:19: ん？
31：名無しさん：2014/11/23(日) 15:56:37: 科学はシンパシーとは別に存在するから。
32：名無しさん：2014/11/23(日) 16:01:01: 一般的意味に置いてでしょ。そういう時は科学的価値からなんて言わないのよ。
組織が了解してやってる検証じゃないといううことで、一体誰の予算使ってたの
という問題になってるのを知らないのね。
33：名無しさん：2014/11/24(月) 00:29:27: >>26
>>実際にコンタミ細胞を自分達で作ってデータを取り、その手法の適用が正しいかどうかの検証は第三者追試されてないばかりか、本人がそもそもしてない。
>>ここも小保方の実験とたいして変わらない実証の弱さよね。

遠藤のは単なるデータ解析だから、コンタミしている疑似データを作る事は可能。
しかし、実際にコンタミ細胞を自分で作ったところで、小保方の使った細胞を手に入れない限り、再現はできない事は誰でも解っている。
それをあえてやっていて、本人等へ否定してみろと言う事を暗に含め、本人等がこのデータが本当に何であるのかの情報開示をしないことを批難しているのですよ。
34：名無しさん：2014/11/24(月) 00:32:43: >>32
>>組織が了解してやってる検証じゃないといううことで、一体誰の予算使ってたのという問題になってるのを知らないのね。

内部告発と言われることも考えて、最初の解析はすべて自前で揃えてやったとブログで語っている。
実名を公開した後は、理研から認められて行っているので、問題無かろう。
35：名無しさん：2014/11/24(月) 08:11:56: >>33

なんでこんなバカがここに来てるんだ？

「遠藤のは単なるデータ解析だから、」と
「コンタミしている疑似データを作る事は可能。」は因果がないじゃないか？
ＮＣＢＩデータというのは単なるデジタルデータだぞ。それを遠藤が
自分のパソコンで市販のソフトを使って分析したんじゃないか。
自分でコンタミ細胞を作って、自分で解析部署に出して、そのデジタルデータを
使えば間違いない解析手法途謂うことを確認できるじゃないかいう趣旨でしょ。
遠藤は細胞屋じゃ無いんだからそこまで人に頼んで作ってもらうのは
大変だからやらなかったんだろうといってるのに、お前は細胞屋じゃないから
可能と書いてるんだぞ。

どこから来たバカなんだ。

誰でも分かってるようなことをもっともらしく書いてるが
ここは遠藤論文がテーマだぞ。スレ違いだろ。
36：名無しさん：2014/11/24(月) 08:18:17: ＞＞34

東大と内部告発と関係ないだろ。何を言ってるんだ。
第三者機関に頼んでやってもらったというときには
第三者機関が正式に追試を承知してやってるという意味になるが、
実際にはそこに勤めている友人が、その機関から配分を受けている
自分の予算の中で組織の正式な了解も無くやってるということが
あったから問題になってるんだが、それ以前にお前が噛み付いてきてる
ところが全体の問題提起からまったくずれてるのさ。

個々はお前の来るところじゃない。
37：名無しさん：2014/11/24(月) 16:07:07: >>33
Figure 1(C) Allele frequency of HSC samples contaminated with different percentages of ESCs as shown

論文中でシミュレーションは、一応やっている。　ただし　HSC（B6)にESC(129B6)をコンタミさせている。

TS（CD1）で、やってほしいな。