遠藤高帆博士の論文 - 1412748401

1：ふふふ：2014/10/08(水) 15:06:41: Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency

一塩基多型対立遺伝子頻度を用いたRNA-seqのための品質制御方法
2：ふふふ：2014/10/08(水) 15:08:13: 要約
RNAシークエンシング（RNA-seq）は個別遺伝子の発現レベルに関してのみならず、その細胞の
ゲノム配列についての情報をも提供する。我々が全ゲノム一塩基多型（SNP）変異体情報のある
メッセンジャーＲＮＡデータを使用する場合、対立遺伝子頻度は細胞集団の遺伝子組成、
および/または、染色体異常を示し得る。ここに私はどのようにしてmRNAの中のSNPが
最近取り下げられた刺激惹起性多能性獲得（ＳＴＡＰ）細胞論文に基づいたRNA-seqデータに
焦点を当てることによって、RNA-seqの実験を評価するために使用し得るかという方法を示します。
分析は異なった種類の細胞と染色体異常が誤ってデータセットに含まれているかもしれないことを
示ました。この再評価は、対立遺伝子頻度の観察が研究中や実験の質の遡及評価をともなう
サンプルの品質評価に役立つかもしれないことを示しています。
3：ふふふ：2014/10/08(水) 15:09:03: 導入
分子生物学的実験では外部ソースや環境物質或いは共培養フィーダー細胞などの望ましくない細胞からの
汚染を防ぐように常に注意が払われなければならない。このことは、単一細胞のレベルでのメッセンジャー
ＲＮＡ解析がより一般的となっている現在、ますます重要になっています。シークエンシング実験をせずに
汚染を検出するのはしばしば非常に困難であり、また研究者が汚染を疑うのは結果が予期された発見と
著しく異なった場合のみである。さまざまな品質管理手法が提案されているが、彼らは(Wang et al. 2012)
実験の他の技術的な側面に主に焦点を当てている。ここでは私は次世代シーケンサー（NGS）を用いた
研究において、とりわけＲNA-seq技術に基づいたメッセンジャーＲＮＡ分析において、汚染細胞を検出する
ためのアプローチについて説明します。
4：ふふふ：2014/10/09(木) 18:15:55: 要約
RNAシークエンシング（RNA-seq）は個別遺伝子の発現レベルに関してのみならず、その細胞の
ゲノム配列についての情報をも提供する。我々が全ゲノム一塩基多型（SNP）変異体情報のある
メッセンジャーＲＮＡデータを使用する場合、対立遺伝子頻度は細胞集団の遺伝子組成、
および/または、染色体異常を示し得る。ここに私はどのようにしてmRNAの中のSNPが
最近取り下げられた刺激惹起性多能性獲得（ＳＴＡＰ）細胞論文に基づいたRNA-seqデータに
焦点を当てることによって、RNA-seqの実験を評価するために使用し得るかという方法を示します。
分析は異なった種類の細胞と染色体異常が誤ってデータセットに含まれているかもしれないことを
示ました。この再評価は、対立遺伝子頻度の観察が研究中や実験の質の遡及評価をともなう
サンプルの品質評価に役立つかもしれないことを示しています。
5：ふふふ：2014/10/09(木) 18:16:29: 導入
分子生物学的実験では外部ソースや環境物質或いは共培養フィーダー細胞などの望ましくない細胞からの
汚染を防ぐように常に注意が払われなければならない。このことは、単一細胞のレベルでのメッセンジャー
ＲＮＡ解析がより一般的となっている現在、ますます重要になっています。シークエンシング実験をせずに
汚染を検出するのはしばしば非常に困難であり、また研究者が汚染を疑うのは結果が予期された発見と
著しく異なった場合のみである。さまざまな品質管理手法が提案されているが、彼らは(Wang et al. 2012)
実験の他の技術的な側面に主に焦点を当てている。ここでは私は次世代シーケンサー（NGS）を用いた
研究において、とりわけＲNA-seq技術に基づいたメッセンジャーＲＮＡ分析において、汚染細胞を検出する
ためのアプローチについて説明します。
6：名無しさん：2014/11/13(木) 17:17:06: 続きないの?
7：名無しさん：2014/11/15(土) 12:49:03: 必要なくなりそう。
8：名無しさん：2014/11/17(月) 12:07:00: 品質制御　－＞　品質管理
9：名無しさん：2014/11/17(月) 16:20:05: >8

全文頼む。
10：名無しさん：2014/11/23(日) 08:44:36: なんで4,5と反転重複してるの?
11：名無しさん：2014/11/23(日) 08:46:37: >8

品質管理なの?なんか製造業のQC活動見たいね。

それより全文頼むよ。
12：名無しさん：2014/11/23(日) 08:47:14: >>10

誰かのいたずら。
13：名無しさん：2014/11/23(日) 08:47:57: ふふふって何よ?
14：名無しさん：2014/11/23(日) 08:48:49: 亡くなった人のハンドルネームさ。
15：名無しさん：2014/11/23(日) 10:18:52: 亡くなった人は続き書かないでしょ。
誰か跡継ぎ居ないの?
16：名無しさん：2014/11/23(日) 10:23:16: セント・パウロふふふ二世という人がふふふさんの衣鉢を継いだといわれていたが
品性が粗暴ということでスレ主から追われて、下界に降臨なさったといわれているので
ここにはもういない。
17：名無しさん：2014/11/23(日) 10:24:45: 誰か続き書いてくれネエかな。

>8 なんかどう?
18：8：2014/11/23(日) 10:25:23: 俺は忙しい。
19：8：2014/11/23(日) 10:26:45: 遠藤論文って小保方実験ねつ造の決定的証拠と評判なんでしょ?
20：名無しさん：2014/11/23(日) 10:28:11: こんな時間に書き込んでるのに忙しいって、誰も真に受けない。
21：名無しさん：2014/11/23(日) 10:29:51: 遠藤は論文の細胞とNCBIに提出された細胞と違ってると言ってるだけ。
22：名無しさん：2014/11/23(日) 10:31:48: 普通は違わないんで、違うというのは普通じゃない。従って
実験ねつ造じゃないのと推論するんでしょ。
23：名無しさん：2014/11/23(日) 10:32:50: そこに小保方未熟粗忽説があるから紛らわしいのよ。
24：名無しさん：2014/11/23(日) 10:34:24: 遠藤論文は正しくないかも知れないという説もあるんでしょ。
だれも専門家が教えてくれないね。
25：名無しさん：2014/11/23(日) 10:36:29: ただ、東大の第三者機関も同じデータから同じ手法で確認したと言ってる。
無論、第三者と言えるかどうかははっきりしない。ただ、遠さんの友人では
無いかとも言われている。若山さんのときもそうだった。