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ド素人め!!

253名無しさん:2014/12/14(日) 07:53:48
うーーん。なんか今結果の整理しているというがそのあたりが問題に
なってるんじゃないかな。でも実験はもう止めてるから、解釈だけだよね。
どこまで実験を進めたかな。次ぎ行こうか。

Low pH triggers fate conversion in somatic cells

254名無しさん:2014/12/14(日) 07:58:01
低ペーハー刺激による体細胞の運命転換

今日は選挙だぞ。忘れるなよ。

255名無しさん:2014/12/14(日) 09:28:49
寒いわ。山に雪降ってる。投票してきたぞい。

CD45+ cells were sorted by fluorescence-activated cell sorting (FACS) from the lymphocyte fraction of postnatal spleens (1-week old) of C57BL/6 mice carrying an Oct4-gfp transgene, and were exposed to various types of strong, transient, physical and chemical stimuli (described below). We examined these cells for activation of the Oct4 promoter after culture for several days in suspension using DMEM/F12 medium supplemented with leukaemia inhibitory factor (LIF) and B27 (hereafter called LIF+B27 medium).

256名無しさん:2014/12/14(日) 09:30:05
CD45+細胞は蛍光活性化細胞選別器(FACS)によって、Oct4-GFP導入遺伝子を保有するC57BL/6マウス(1週齢)の出生後の脾臓のリンパ球画分から選別された。、そして様々なタイプの強い一時的な、物理的、化学的刺激に曝された(下記参照)。我々は血病抑制因子(LIF)及びB27(以下LIF+ B27培地と呼ぶ)を補充したMEM/ F12培地を使用した懸濁液中で数日間培養後Oct4プロモーターの活性化についてこれらの細胞を調べた。

昼からの方があったかくなりそうだな。

257名無しさん:2014/12/14(日) 09:35:14
昨日田舎まで酒買いに行って寒風の中で近くの遺跡の見物したせいか、
今日は風邪気味で頭痛い。あっ、又NGだ。

Among the various perturbations, we were particularly interested in low-pH perturbations for two reasons.

258名無しさん:2014/12/14(日) 09:41:10
さまざまな撹乱の中で、我々は2つの理由から低pHによる撹乱に特に興味を持った。

259名無しさん:2014/12/14(日) 09:42:21
ちょっと見ではNGワードわかんないな。

First, as shown below, low-pH treatment turned out to be most effective for the induction of Oct4.

260名無しさん:2014/12/14(日) 09:45:30
以下に示すように、まず、低pH処理は、Oct4の誘導のために最も効果的であることが判明した。

261名無しさん:2014/12/14(日) 09:47:51
酸がoct4の誘導に効果的ってどういう意味だろうなあ。
NGこの文章だ。

Second, classical experimental embryology has shown

262名無しさん:2014/12/14(日) 09:48:53
ふむ。

that a transient low-pH treatment

263名無しさん:2014/12/14(日) 09:51:40
わかった。又同じだ。
under ‘sublethal’ conditions can

264名無しさん:2014/12/14(日) 09:53:50
きゃん おーるた が原因。

alter the differentiation status of tissues.

265名無しさん:2014/12/14(日) 10:11:32
次に、古典的実験発生学は「亜致死」条件下での一過性低pH処理が組織の分化状態を変化させることができることを示している。

266名無しさん:2014/12/14(日) 10:12:47
よっぽど肛門が嫌いなんだな。

Spontaneous neural conversion from salamander animal caps by soaking the tissues in citrate-based acidic medium below pH 6.0 has been demonstrated previously.

267名無しさん:2014/12/14(日) 10:13:26
pH6.0以下のクエン酸ベース酸性媒体中に組織を浸すことによってサンショウウオのアニマルキャップからの自発的神経変換が以前に実証されている。

268名無しさん:2014/12/14(日) 10:14:01
アニマルキャップって何だ?

269名無しさん:2014/12/14(日) 10:16:12
発生学の実験で卵の動物極側の一部分を切りだしたものって辞書にあるぞ。

270名無しさん:2014/12/14(日) 10:16:45
動物極って?

271名無しさん:2014/12/14(日) 10:18:07
卵の良く分割する側で、卵黄なんかのある側があんまり動かないから
植物極側だと。

272名無しさん:2014/12/14(日) 10:21:11
なぜ酸なのかの説明なんだろう?
ピペットじゃ選別か刺激なのか判明しないからでしょ。

273名無しさん:2014/12/14(日) 10:22:44
ピペットでない他の物にせよ、何でそれが酸だったのかの説明。

274名無しさん:2014/12/14(日) 10:25:19
なるほど。まだ「オクト4に効果的」の意味は分からんままだけど。

Without exposure to the stimuli, none of the cells sorted with CD45 expressed Oct4-GFP regardless of the culture period in LIF+B27 medium. In contrast, a 30-min treatment with low-pH medium (25-min incubation followed by 5-min centrifugation; Fig. 1a; the most effective range was pH 5.4–5.8; Extended Data Fig. 1a) caused the emergence of substantial numbers of spherical clusters that expressed Oct4-GFP in day-7 culture (Fig. 1b). Substantial numbers of GFP+ cells appeared in all cases performed with neonatal splenic cells (n = 30 experiments).

275名無しさん:2014/12/14(日) 12:14:05
刺激に曝さないままだと、CD45でソートされた細胞はどれもLIF+ B27培地での培養期間にも関わらず、Oct4-GFPを発現しなかった。対照的に、低pH培地での30分間処理は(25分間の保温期間に5分間遠心分離<図1a>、最も効果的な範囲はpH5.4から5.8であった<拡張データ図1a>。)7日の培養においてOct4-GFPを発現する多くの数のスフィア状クラスターの出現を引き起こした(図1b)。 GFP 陽性細胞の大量の数は新生児の脾臓細胞で実行されたすべてのケースで現れた(30回の実験)。

深浦9段が悪い将棋を粘ってひっくり返したな。

276名無しさん:2014/12/14(日) 12:18:20
羽生は先週負けてるからな。深浦今年は来るか。

The emergence of Oct4-GFP+ cells at the expense of CD45+ cells was also observed by flow cytometry (Fig. 1c, top, and Extended Data Fig. 1b, c). We next fractionated CD45+ cells into populations positive and negative for CD90 (T cells), CD19 (B cells) and CD34 (haematopoietic progenitors18), and subjected them to low-pH treatment. Cells of these fractions, including T and B cells, generated Oct4-GFP+ cells at an efficacy comparable to unfractionated CD45+ cells (25–50% of surviving cells on day 7), except for CD34+ haematopoietic progenitors19, which rarely produced Oct4-GFP+ cells (<2%; Extended Data Fig. 1d).

277名無しさん:2014/12/15(月) 07:59:15
CD45陽性細胞を使ったOct4-GFP陽性細胞の出現はまたフローサイトメトリー装置によっても観察された(図1c、最上部、及び拡張データ図1b、c)。我々は次にCD45陽性細胞をCD90(T細胞)、CD19(B細胞)およびCD34(造血前駆細胞18)の陽性と陰性の集団に分画し、それらを低pH処理に供した。T細胞とB細胞を含むこれらの分画細胞は、Oct4-GFP陽性細胞をめったに作らなかったCD34陽性造血前駆細胞19を除いて(2%以下;拡張データ図1D)、未分画CD45陽性細胞(7日目に生存している細胞は25〜50%)に匹敵する効果でOct4-GFP陽性細胞を発生した。

278名無しさん:2014/12/15(月) 08:01:17
造血前駆細胞18と造血前駆細胞19って別ものなのかな?

279名無しさん:2014/12/15(月) 08:08:35
俺たちでは無理だ。precursorとprogenitorの区別もつかないからどっちも前駆細胞だ。
いいじゃないか、別に今更お医者になろうってんじゃあるまいし。
小保方がねつ造実験したのかしなかったのかが分かればいいんでしょ。

280名無しさん:2014/12/15(月) 08:14:58
いや、単なる誤植なのかなとも思ったもんだからさ。

Among maintenance media for pluripotent cells, the appearance of Oct4-GFP+ cells was most efficient in LIF+B27 medium, and did not occur in mouse epiblast-derived stem-cell (EpiSC) medium (Extended Data Fig. 1e). The presence or absence of LIF during days 0–2 did not substantially affect the frequency of Oct4-GFP+ cell generation on day 7 (Extended Data Fig. 1f), whereas the addition of LIF during days 4–7 was not sufficient, indicating that LIF dependency started during days 2–4.

281名無しさん:2014/12/15(月) 08:29:03
多能性細胞ための維持培地の中では、Oct4の-GFP陽性細胞の出現はLIF+ B27培地中で最も効率的であった。そしてマウス胚盤葉上層由来幹細胞(EpiSC)培地では起こらなかった(拡張データ図1e)。LIF依存性は2日目から4日目中に始まるので4日目から7日目中のLIFの添加が十分でなかった場合と違って、0日目から2日目中のLIFの有無は7日目でのOct4-GFP陽性細胞の発生の頻度に実質的な影響を及ぼさなかった(拡張データ図1F)。

282名無しさん:2014/12/15(月) 08:32:25
図と図の説明は省いてるよ。なんかテキストがぐちゃぐちゃで大丈夫かな。
あっちゃ、又NGだ。

Most of the surviving cells on day 1 were still CD45+ and Oct4-GFP−. On day 3, the total cell numbers were reduced to between one-third to one-half of the day 0 population (Fig. 1d; see Extended Data Fig. 1g, h for apoptosis アナリシス), and a substantial number of total surviving cells became Oct4-GFP+ (Fig. 1d), albeit with relatively weak signal intensity. On day 7, a significant number of Oct4-GFP+CD45− cells (one-half to two-thirds of total surviving cells) constituted a distinct population from the Oct4-GFP−CD45− cells (Fig. 1c, top, day 7, and Fig. 1d). No obvious generation of Oct4-GFP+CD45− populations was seen in non-treated CD45+ cells cultured similarly but without low-pH treatment (Fig. 1c, bottom).

283名無しさん:2014/12/15(月) 08:33:03
発見早くなったな。

284名無しさん:2014/12/15(月) 08:33:41
いまのところこうもんとえすいーえっくすしかない。

285名無しさん:2014/12/15(月) 13:49:00
1日目に生存している細胞の大半はまだCD45陽性およびOct4-GFP陰性であった。3日目に総細胞数が0日目の数の三分の一から半分の間に減少し(図1d; 細胞死分析に関する拡張データ図1g、h参照)、総生存細胞のかなりの数が比較的弱い信号強度ではあるがOct4-GFP陽性(図1D)になった。 7日目にはかなりの数のOct4-GFP陽性CD45陰性細胞(総生存細胞の半数から三分の二)がOct4-GFP陰性CD45陰性細胞とは異なる集団を構成した(図1c、最上部、7日目、および図1d)。Oct4-GFP陽性 CD45陰性集団のどんな明らかな発生も、低pH処理なしの同様に培養された非処理CD45陽性細胞の中に見られなかった(図1c、下)。

何してんの?

286名無しさん:2014/12/15(月) 13:49:45
魚の餌やり。

287名無しさん:2014/12/15(月) 13:50:19
何の?

288名無しさん:2014/12/15(月) 13:51:07
釣ったへらぶなの。

289名無しさん:2014/12/15(月) 13:51:37
どこで飼ってるの?

290名無しさん:2014/12/15(月) 13:52:27
ヒ・ミ・ツ

Low-pH-treated CD45+ cells, but not untreated cells, gradually turned on GFP signals over the first few days (Fig. 1e, Supplementary Videos 1 and 2 and Extended Data Fig. 2a), whereas CD45 immunoreactivity became gradually reduced in the cells that demonstrated Oct4-GFP expression (Fig. 1f and Extended Data Fig. 2b). By day 5, the Oct4-GFP+ cells attached together and formed clusters by accretion. These GFP+ clusters (but not GFP− cells) were quite mobile and often showed cell processes on moving (Supplementary Video 1).

291名無しさん:2014/12/15(月) 13:53:25
CD45の免疫反応性がOct4-GFP発見の証明された細胞の中で徐々に減少したのに対して(図1fに及び拡張データ図2b)、未処理細胞で無い低pH処理されたCD45陽性細胞は最初の数日間で徐々にGFPシグナルを発し始めた(図1e、補足動画1、2と拡張データ図2a)。5日目では、Oct4-GFP陽性細胞が互いに密着し、集積によってクラスタを形成した。これらのGFP陽性クラスター(ただし、GFP陰性細胞ではない)は大変可動で、しばしば動いている細胞過程を示した(補足ビデオ1)。

何枚くらい?

292名無しさん:2014/12/15(月) 13:55:13
1500枚。

The Oct4-GFP+ cells demonstrated a characteristic small cell size with little cytoplasm and also showed a distinct fine structure of the nucleus compared with that of parental CD45+ lymphocytes (Fig. 1g). The Oct4-GFP+ cells on day 7 were smaller than non-treated CD45+ cells (Fig. 1g, h and Extended Data Fig. 2c) and embryonic stem (ES) cells (Fig. 1h), both of which are generally considered to be small in size. The diameter of low-pH-treated CD45+ cells became reduced during the first 2 days, even before they started Oct4-GFP expression (Fig. 1f), whereas the onset of GFP expression was not accompanied by cell divisions. Consistent with this, no substantial 5-ethynyl-2′-deoxyuridine (EdU) uptake was observed in the Oct4-GFP+ cells after the stressor (Extended Data Fig. 2d).

293名無しさん:2014/12/15(月) 13:56:21
Oct4-GFP陽性細胞は細胞質のほとんどない特徴的な小細胞サイズを示し、また親のCD45陽性リンパ球のそれと比較して異なる核の微細構造を示した(図1g)。7日目のOct4-GFP陽性細胞は非処理CD45陽性細胞と胚性幹(ES)細胞(図1h)よりも小さかった(図1g、hおよび拡張データ図2c)。どちらも一般的にサイズの小さい細胞であると考えられている。低pH処理したCD45陽性細胞の直径は、GFP発現の発生が細胞分裂を伴わなかったにも関わらず、それらがOct4-GFP発現を開始する前であってすら、最初の2日の間で小さくなりだした(図1F)。これと同調して、いかほどの5エチニル-2'-デオキシウリジン(EdU)の取り込みもそのストレス因子後のOct4-GFP陽性細胞の中に認められなかった(拡張データ図2d)。

そんなに大量に飼える池ってあるの?

294名無しさん:2014/12/15(月) 13:58:33
うち捨てられ、放置された昔の農業用水池さ。使われてる池は定期的に
干されてしまう。くふふ。

The lack of substantial proliferation argues against the possibility that CD45− cells, contaminating as a very minor population in the FACS-sorted CD45+ cells, quickly grew and formed a substantial Oct4-GFP+ population over the first few days after the low-pH treatment. In addition, genomic rearrangements of Tcrb (T-cell receptor gene) were observed in Oct4-GFP+ cells derived from FACS-purified CD45+ cells and CD90+CD45+ T cells (Fig. 1i, lanes 4, 5, and Extended Data Fig. 2e–g), indicating at least some contribution from lineage-committed T cells. Thus, Oct4-GFP+ cells were generated de novo from low-pH-treated CD45+ haematopoietic cells by reprogramming, rather than by simple selection of stress-enduring cells.

295名無しさん:2014/12/15(月) 14:01:03
明確な増殖の欠如は、FACSソートされたCD45陽性細胞の中に非常にわずかに混入したCD45陰性細胞が、低pH処理後の最初の数日間で急速に成長し、大量のOct4-GFP陽性集団を形成した可能性の論議を引き起こす。加えて、Tcrb(T細胞受容体遺伝子)のゲノム再編成がFACS精製されたCD45陽性細胞およびCD90陽性 CD45陽性T細胞に由来する、少なくとも系譜決定されたT細胞の何がしかの貢献を指し示すOct4-GFP陽性細胞の中に観察された(図1iのレーン4,5及び拡張データ図2e からg)。したがって、Oct4-GFP陽性細胞は最初から、ストレスに耐える細胞の単なる選択によるよりも、むしろ低pH処置CD45陽性造血細胞から再プログラミングによって造られている。

ところで、セレクションではない、リプログラミングだという理由が書いてあるんだけど
理解できた?

296名無しさん:2014/12/15(月) 14:06:38
ふーーーーむ。三段に落ちるように論理が構成されているのだろう
なあとは推測できるんだけど、本当に三段に落ちてるのかどうかが
理解できないということ以前に、個別の命題が正しいのかどうかすら
判断できないくらいの無知なんだけどなあ。

297名無しさん:2014/12/15(月) 14:09:16
ははは。ご同慶の至りでござる。

298名無しさん:2014/12/15(月) 14:10:15
コンチクショウ。同慶と言うな。嬉かないわい。

299名無しさん:2014/12/15(月) 14:16:15
俺たちの最初の疑問はティシュー論文のスフィアの培養だったね。
後のこのアーティクル論旨によればスフィアは培養されないはずだった。
それが培養後に三胚葉に分化した。ここはでも、酸処理と同様に保温期間の
培養を言うのだと解せるかな。
でも、博論での疑問はどうして刺激惹起と判断できるのかという疑問だった。
それがすくなくとも判断できると書いてあるね。

300名無しさん:2014/12/15(月) 14:22:42
確かに「したがって、Oct4-GFP陽性細胞は最初から、ストレスに耐える細胞の
単なる選択によるよりも、むしろ低pH処置CD45陽性造血細胞から再プログラミングに
よって造られている。」と書いてあるからな。
「ストレスに耐える細胞の単なる選択」というのは博論のところで俺たちが
考えた、小さい細胞はなぜストレスに強いのかの理由をつきとめないと
それが未知の幹細胞を選択したのだという可能性を否定できないという疑念を
念頭に置いていることは理解できるね。つまり当然だけど俺たちの疑念は
小保方も抱くはずだ。でも本当に選択したのではないと証明仕切れてるのか?

301名無しさん:2014/12/15(月) 14:31:43
いや、逆でしょ。あの時は小保方捏造弁護視点で考えたけど、今小保方は
未知の幹細胞ではないと主張したのだから、その細胞は酸に弱いから生き残れない
のだと証明しないといけない。それが証明されてるかということだろう。
それと、もう一つ、素人としては気になるのが、ライブイメージングで
細胞が動き回っている。これは以前から日粘着シートを使わないといけないと
主張されていて、この細胞が活発に動く途謂うことが主張されてきているけど、
プリンピキアを持ち出すまでもなく、物は静止を含めて力が働かない限り
等速直線運動を維持する。この細胞は繊毛でも持っているのか?それとも
細胞を動かしているのは何らかのイオンによる電気力か、或いは分子の
ブラウン運動なの?

302名無しさん:2014/12/15(月) 14:36:47
そんなとこからか。しかし、順序としてそこよりも、今書いてあることを
何とかウィキレベルでもいいから理解しないといけないんじゃないかな。
つまり、ここで何をやってるかということよね。ソーターの件も博論では
スフィアを作らなかったと書いてあったにも関わらず、ここでは使われている。
ソーターの違いも分からんよね。誰か教えてくれればなあ。

303名無しさん:2014/12/15(月) 15:12:48
結局TCR再構成の問題になるのかな。一旦体細胞になった細胞から
多能性細胞に変わったのなら、STAPだよね。こんな細胞はいままで
存在していない。このTCR再構成の電気泳動が細工されてるといわれた
訳だ。でも笹井は今まで蛍光していなかったものが徐々に蛍光すること、
今まで大きかった直径が徐々に小さくなることをもってしても他の幹細胞では
ないと言ってたね。

304名無しさん:2014/12/15(月) 15:16:11
ミューズ細胞はセレクションで採集されるもとから存在している幹細胞だよね。
ある意味これはあきらかにバカンティの胞子様細胞の存在を証明していて
バカンティさんノーベル賞もらうことになるのかな。

305名無しさん:2014/12/15(月) 15:19:24
いやそれはないんだ。同じ分野ではなかなかノーベル賞は何度も出されない。
この辺も世間のノーベル賞評価と人の業績の歴史的評価は違うんだ。山中さんが一度
受賞してしまっているからね。しかも、ミューズ細胞の研究は進んでいて
どうもIPSももともとミューズ細胞ではないかと考えている人も
あるみたいだね。

306名無しさん:2014/12/15(月) 15:22:02
そこからするとSTAP細胞はもともと幹細胞ではないというんだから
笹井が舞い上がったのも無理ないね。

307名無しさん:2014/12/15(月) 15:24:17
そうなんだよ。しかもミューズ細胞はトリプシンで増殖させられるんだけど
STAP細胞とされる物は長くトリプシン処理でバラバラにしていたから
キメラ成功できなかったといわれてるんだから、本当なら明らかに
ミューズ細胞と違うものだ。

308名無しさん:2014/12/15(月) 15:41:03
ただミューズ細胞は骨髄から多量に採取されていて、博論で骨髄からの採集が
メインになっているところはハーバード時代からの研究が黒田さんに先を
越されたのかもしれないね。上で誰かがねつ造観点から言ってたね。
でも博論書いてるときまだ博士にすらなってないものね。常田さんが
別のテーマで出せといったとき断ってるから、やはり違うんだという感触を
持ってただろうね。博士になって母校の先生になる程度なら、普通に
努力してたら良かったんでしょ。それはそれで大変だろうけど、STAPの
発見に突き進むというのはもっと大きなモチベーションが必要だ。

309名無しさん:2014/12/15(月) 15:46:40
>明確な増殖の欠如は、FACSソートされたCD45陽性細胞の中に非常にわずかに混入したCD45陰性細胞が、低pH処理後の最初の数日間で急速に成長し、大量のOct4-GFP陽性集団を形成した可能性の論議を引き起こす。
明確な増殖の欠如は、FACSソートされたCD45陽性細胞の中に非常にわずかに混入したCD45陰性細胞が、低pH処理後の最初の数日間で急速に成長し、大量のOct4-GFP陽性集団を形成した可能性の論議に対して反(反駁)する。

argues against 〜に対して反駁する。

この文章は、細胞分画しても、微量コンタミしているかもしれないOCT4を最初から発現している幹細胞やスポア細胞の存在を退けているね。
そんな細胞がコンタミしていたら、実質上、培養初期で細胞が増殖してこなかった実験事実を説明しないだろうって。
間違っていたら、ゴメン。

310名無しさん:2014/12/15(月) 15:57:05
ハーバード時代から小保方が採集していたのはミューズ細胞ではないと思うよ。
ミューズ細胞の大きさは100ミクロンだよね。ピペットはもっと細い。
スフィアって8ミクロンだから1/10以下よね。

311名無しさん:2014/12/15(月) 16:01:44
>>291

ここで書かれている培養条件が飢餓培養となっていなかった可能性は排除されていない。
ドリーの時の様に画像では飢餓培養中において体細胞が初期化されてOct4発現する過程を見ているだけの可能性はある。

312名無しさん:2014/12/15(月) 16:05:06
>>309

僕の不注意です。おっしゃる通りです。文意がちょっと変だなあとは
感じてたんですが、なにしろ、そもそも言ってることがチンプンカンプン
なんですから、流しました。今内容についてはいろいろ調べてるところです。
有難うございます。

313名無しさん:2014/12/15(月) 16:10:11
>>309
>>そんな細胞がコンタミしていたら、実質上、培養初期で細胞が増殖してこなかった実験事実を説明しないだろうって。

未分化幹細胞がセレクションされる場合、なぜ、それが得られるのかと言うと、幹細胞としての機能が休眠しているからだろう。
その休眠を目覚めさせて未分化幹細胞が増殖するためには、何らかのトリガーが必要なので、培養初期には細胞が増殖しない事は想定されるべき事なのだよ。
俺は知らないが、未分化幹細胞が休眠している状態でもOct4陽性を示すかどうかってのは、Muse細胞で解明されているのかな?

314名無しさん:2014/12/15(月) 18:37:30
>>278

>造血前駆細胞18と造血前駆細胞19って別ものなのかな?

18、19はテキストの脚注ナンバーですから、おなじものです。

315名無しさん:2014/12/15(月) 18:40:32
あっ、だから俺がテキストコピペしてくちゃくちゃだろってそう言ったろう。
良く確認しないから。テキストの校正って文献学の基礎だよ。

316名無しさん:2014/12/15(月) 18:43:34
よく言うよ。酒飲みながらやるからだ。お前今日ずっとへらぶなに
餌やってたんじゃないか。なんでも俺のせいにするな。

317名無しさん:2014/12/15(月) 18:51:26
そう、カリカリするなよ。年取って怒ると体に毒だよ。この間は八代亜紀の
「素敵なあなた」を紹介したから、今度は向こうの新人紹介しよう。
それで勘弁してね。

Bei Mir Bist Du Schoen - Jonny Hepbir Trio with Sara Oschlag

いいよ、これ。ちょっとブレンダリーばりの声だ。

318名無しさん:2014/12/15(月) 21:44:46
>>309
>そんな細胞がコンタミしていたら、実質上、培養初期で細胞が増殖してこなかった実験事実を説明しないだろうって

この解釈は、おそらく間違っています。

Oct4-GFP陽性細胞が微量なコンタミ細胞から急速に増殖した結果だというなら、(そのまま増殖能を持ち続けているはずで)、Oct4-GFP陽性細胞の増殖能が実質的に欠け
ているという実験事実と整合性が取れないと言っているのだと思います。

319名無しさん:2014/12/16(火) 04:07:44
素人の限界感じるなあ。

320名無しさん:2014/12/16(火) 04:10:54
でもね、この章の趣旨はTCRの再構成があったからSTAP細胞は
体細胞から多能性獲得したものであって、既存の何らかの幹細胞を選択して
来たものではないということよね。その論旨は動かない。それが事実であれ
嘘であったにせよ。

321名無しさん:2014/12/16(火) 04:14:32
それはそうだよ。ただし、小保方と若山はこのTCRの再構成確認という
手法を当時知らなくて、指導役だった西川さんにアドバイスされてこの確認を
事後にやっている。実験成功当時はそれを行なっていないのに、この現象は
リプログラミングの結果だと確信していた。なぜ?

322名無しさん:2014/12/16(火) 04:16:09
それはねえ、笹井の会見時の説明を聞いたら分かる。最終的な成功確信はキメラ
だったでしょう。そのとき何を確認した?

323名無しさん:2014/12/16(火) 04:17:50
STAP細胞が移植の結果、胎児と胎盤に貢献していたことか。

324名無しさん:2014/12/16(火) 04:24:46
ミューズ細胞を含めてそんな幹細胞は当時発見されてなかったからでしょ。
だから舞い上がったのでしょう。新種の幹細胞であるか、STAPであるか。
いずれにせよ新発見だ。理研、ハーバードの特許獲得欲求にとって、どっちでも
大差なかったと言ったら関係者に失礼かな。
でも無論論文の趣旨に対しては天と地ほどの開きがある。

325名無しさん:2014/12/16(火) 04:27:39
小保方が週刊新潮の記者に、捏造は絶対にない、あるとしたら
何かしらの未分化細胞を拾ったかも知れないと答えてたのは
ここが本人の確信のないところだったのかな。

326名無しさん:2014/12/16(火) 04:31:50
いや、ESによるねつ造なんて心無い中傷を受けて、そんな馬鹿なと思う反面
何か自分が間違ったのかと反省したということでしょ。あり得るとしたら
Tセルレセプターの再構成確認の曖昧さを含めた未分化細胞のセレクションだったかも
知れないという、心の動揺でしょう。

327名無しさん:2014/12/16(火) 04:33:03
飢餓培養の件は?

328名無しさん:2014/12/16(火) 04:40:54
ないと思うよ。若山が一緒にやってる実験よ。飢餓培養ってドリーの実験で
実証された体細胞からのリプログラミングで培地の血清を減らしていって
細胞の分化を止めると、不思議なことにリセットが起きる。これが完全な
初期化であるかどうかはまだ解明されていない。でもこのドリーの実験を
第三者としてマウスで追試したのは若山さんよ。しかも、このアーティクル
完成には笹井も丹羽も関与しているのよ。培地が飢餓培養になっているか否か
なんて直ぐに分かってしまうじゃないか。これは実験に関わっていなくても
知識でカバーできるところよね。無論ねつ造なら別よ。そうでない限り
飢餓培養になっていた可能性はないとおもう。

329名無しさん:2014/12/16(火) 04:50:35
若山って飢餓培養細胞を作ることもできるのね?

330名無しさん:2014/12/16(火) 10:08:37
だってプロトコルあるんだから誰でもできる。

331名無しさん:2014/12/16(火) 10:41:16
>>328
>>培地が飢餓培養になっているか否かなんて直ぐに分かってしまうじゃないか。これは実験に関わっていなくても知識でカバーできるところよね。無論ねつ造なら別よ。そうでない限り飢餓培養になっていた可能性はないとおもう。

飢餓培養状態が完全に同じ条件でしかできないなんてことはないし。
いつくかの違う条件で飢餓培養状態が作れる事は大いにあり得る話ですね。
積極的に飢餓培養を試している場合ならすぐに解るが、全く異なる条件でたまたまそうなっていたと言う場合は、すぐに解らなくても仕方ない。
だから、査読者も血清の量などを含めてすべての条件をキチンと詳細に示せと指摘している。

332名無しさん:2014/12/16(火) 11:25:04
もうちょっと進んでみようかな。今のところ保留しているのは
小保方さんが写真データを改竄していることの合理的な理由だね。

333名無しさん:2014/12/16(火) 11:32:28
それと画像の使いまわしの件ね。笹井によれば博士論文からアーティクルへの
形式的な問題はないということらしいね。無論内容は別だが。博士論文は未発表論文扱いということね。
だけどティシューから博士論文への転用は発表論文からだから問題なんだが
そもそも小保方さんは未定草稿を間違えて出してることになってるからね。
これからアーティクルでの画像を中心に考えれば判明してくるんじゃないかな。

334名無しさん:2014/12/16(火) 11:37:40
小保方さんの科学者としての心構えは未熟だと思うよ。全てにおいて
厳格さがない。ただ、今は詐欺師としてのねつ造犯ではないということを
明らかにしようとしている。そのためにはなぜ画像がそのように
流用されていき、なぜ、それでも構わないと思ったのかということに関して
俺たちに理解可能な理由がなければならないね。俺たちというのはつまり
一般の人間にも分かるレベルでということね。

335名無しさん:2014/12/16(火) 11:39:48
もう一つ最後に難関が残っている。これは双方に言えることだが
遠藤論文との不整合だよね。

336名無しさん:2014/12/16(火) 11:45:48
遠藤論文に関してはね。まずは遠藤さんのやり方が正しいかどうかの
この世界での認知が必要だね。分析自体は第三者でも直ぐやれるはずだけど
どの程度同じ結果が出てるか。また、このやり方では正しい測定は出来ない
という意見もあるから、そこがちゃんとしてから、つまり論文の方法論的
正しさが証明認知されてからだろうね。その後はSTAPなりSTAP幹細胞の
正体がもっと分からないと解明できない面もあるだろうね。つまり、小保方には
私には今のところ分かりませんと言う権利がある。しかし、今度STAPが偽物
細胞だと証明されたら、小保方はどうやって何を提出したか白状しないといけなくなる。

337名無しさん:2014/12/16(火) 11:47:41
そのときに又間違えていい加減なのをもっていったなんて言い訳も
あり得るね。

338名無しさん:2014/12/16(火) 11:51:29
もちろん可能性としてはあり得るけど、今再現実験終わってるから
もう直ぐどちらか分かることになってる。もし出来てたらなぜ遠藤論文が
そういう結論を出したかということについて両者に学問的課題ができるが、
それはもはや急がない。ゆっくりやってくれということになる。
もしねつ造だったらもう書いているように一気にティシューまで遡るから
小保方さんの博士号は取り消される。その後いろんなことがあって終わらないよと
予言してる。

339名無しさん:2014/12/16(火) 11:53:03
出来てたら?

340名無しさん:2014/12/16(火) 11:55:00
多分潮が引くように静かになって、暫くしたら小保方さんはどこか違う
研究環境で仕事していたなんてことにならないかな。官僚の木村さんのとき
みたいにただ静かになるだけよ。

341名無しさん:2014/12/16(火) 11:56:16
世間って無責任だね。

342名無しさん:2014/12/16(火) 11:58:15
いや一般大衆は静かに判断するんだ。騒ぐのは表層の芥よ。
今でも一般人は騒いでないでしょ。マスコミの表に出てくる
目立ちたがり屋が騒ぐのよ。

343名無しさん:2014/12/16(火) 12:04:58
>>331
>飢餓培養状態が完全に同じ条件でしかできないなんてことはないし。
いつくかの違う条件で飢餓培養状態が作れる事は大いにあり得る話ですね。

ミューズ細胞の大きさが100ミクロンというのはウィキの写真に出ています。
STAPの大きさが8ミクロンというのは論文にありますが、ミューズの
写真がマウスか人かは分かりません。作り方が違えば新発見になるかも知れないんじゃ
ないですか。IPSもだんだん遺伝子操作が必要なくなってきて、もともと
ミューズではなかったかという人もあるらしいですね。ただ、俺たちレベルには
分かりません。あなたが最初からその可能性をおっしゃってたのは覚えていますよ。
俺たちの認識がやっとそこにおいついてきたんでしょうね。例のアクロシンの
関係はどうなったのでしょう。こっちも俺たちにはチンプンカン゜ンです。

344名無しさん:2014/12/16(火) 12:06:13
それと、査読は一旦通っていますよ。

345名無しさん:2014/12/16(火) 12:13:06
>>333
>>だけどティシューから博士論文への転用は発表論文からだから問題なんだが

ティシュー論文は博士号を取得するために書く博士論文のための学術論文だから、博士論文と同じ内容であるのは当然です。
画像などを用いる事は全く問題無い(博士論文の中に内容に関連する論文として上記の事を記載し、必要があれば審査段階では学術論文も一緒に提出する事もあるくらい)。
科学の世界で博士号を取るためには学術誌へ掲載した論文が最低何報か(科学の世界だと3報が一般的だが、分野によって本数は異なる)必要ですから。

346名無しさん:2014/12/16(火) 12:37:04
>>343

Muse細胞はヒト細胞なので倫理的な問題からキメラは作る予定はないとなっていたと思います。
マウスでの研究は、ヒトに応用するための研究ですから、Muse細胞の様なセレクションであれば、ヒト細胞で見つかっているものをマウスで見つけても・・・。

>>作り方が違えば新発見になるかも知れないんじゃないですか。

もちろん、そうですよ。
でも、その場合は、Natureに載るような大発見かどうかは何とも言えません。
内容や進歩の状況によるでしょう。
もちろん、飢餓培養であってもテロメアの問題が解明できており、完全に未分化細胞に戻る初期化である事が証明出来た!なんて事であれば、それはそれでノーベル賞級の素晴らしい成果ではないかと思います。

それを報告する論文で実験手順に嘘があってはいけないし、他の可能性を排除する様な論旨を書くなら、それをキチンと調べる努力を怠っては行けないと思いますよ。
学術論文で、可能性を否定し、断定する際にはキチンとした証拠の提示が必要なのです。
今回はそう言った部分に疑義がかかったのですから。

>>344
>>それと、査読は一旦通っていますよ。

査読が通ったことと、査読コメントに対してすべてキチンと対応したかどうかは別の話でしょう。
査読はデータや結果に嘘が無いと言う前提で行われるものですから。

347名無しさん:2014/12/16(火) 12:40:18
>>338
>もしねつ造だったらもう書いているように一気にティシューまで遡るから
小保方さんの博士号は取り消される。

横やり失礼。
ここは、早稲田総長の会見をよく見返したほうがいい。
学位維持に再現実験の話は一切出てこない。

早稲田調査委も総長も実験実体はあったと認定している(そこの不正は詳しくは問わないということ)。
なぜ小保方さんが学位を剥奪される(ただし猶予期間あり)決定を下されたかというと、「下書きを出した」から。
そのことが、注意義務を怠り「不正の方法で学位を取得した」とみなされて学位剥奪という決定になった。
さらに、調査委に提出された博論では内容が酷くて、このまま通すわけにはいかないとも言われていた。

本来は即座に学位剥奪の事例だが、早稲田の教授たちの指導に問題があったため、博論の再提出が認められた。
だから彼女が学位を維持するためには、下書きではなく学位にふさわしい本稿を再提出し審査で合格するのが条件。
再現実験の結果は審査の合否には関係しない。

出されたのが下書きで実験実体があるなら博論に関わる実験やデータは真正のものがあるだろうから、
それを使って学位にふさわしいレベルの博論を書いて出すようにというのが早稲田のメッセージだろうね。
院生当時に不正をしていないで真正データがあれば、書き直して学位維持できる可能性はある。
不正をしていて真正データを用意できなければ通らないかもしれないということだね。

348名無しさん:2014/12/16(火) 13:06:41
>>346

お返事有難うございます。人とマウスのミューズを出したのは
大きさです。スタップと大きさが違えばミューズでないと分かりますが、
スタップはマウスだけで、ミューズのスケール付きの写真は人か
マウスか分かりませんと申し上げたのです。

後半の観点に関しては、おっしゃることは完全に同意です。そんなに難しい
話ではありません。私の関心は小保方さんが詐欺師的にESを使って若山さんを
騙してキメラを作らせたなんて中傷に対して、そんなことはないという
弁護の観点からなぜこうなったかを考えています。あなたのおっしゃることは
こんな騒ぎにならないどんな論文でも実際に静かに行なわれている
仲間達からの批判ですよね。現実に1/3から半分の論文取り下げが
ありますものね。でも小保方さんは2月以来そういう学問的批判を
受けてきたのではありませんよね。笹井さんとのメールまで公開され
若山さんが持っていくことになっていたESが小保方研にあったなんて
中傷でしょ。

349名無しさん:2014/12/16(火) 13:13:47
>>347
コメント有難うございます。
その件に関しては私の考えは前スレ「小保方さんのコメント」で
書いてますのでここで論じるつもりはありません。
無論あなたの推測は分かります。

ただ、今は小保方弁護で書いてますから、つまりもう再現実験は
終了していると考えてるんですからあなたの意見と対立しません。
というより興味がないんです。成功してれば博士は意地されるでしょうよ。
どういうかたちになるにせよ。でもねつ造と判明したら小保方さん再提出は
しませんよね。博士号仮にもってたって誰も雇わない。

350名無しさん:2014/12/16(火) 13:18:54
小保方さんねつ造仮定の推測は「8番染色体にトリソミー」というスレタイから
結構長く続けています。ただ、これもログを覗くともうみんなが語りつくして
しまっている話ですね。もういよいよ答えのでる日が間近です。

351名無しさん:2014/12/16(火) 13:32:07
ではその日までポチポチと。

Low-pH-induced Oct4+ cells have pluripotency

352名無しさん:2014/12/16(火) 13:33:11
低pH誘導Oct4陽性細胞が多能性を有する

明日からすさまじい寒気らしいよ。


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