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LMOの規制については、これに反対する米、加、豪等のLMO輸出国側と、規制を求めるEU及び開発途上国との間に意見の相違があったため、この議定書の作成交渉が開始されるまで時間を要したが、1995年11月の生物多様性条約第2回締約国会議においてこの議定書の作成のための作業部会を設置することが決定され、その後、1996年から1999年までの間に計6回開催された作業部会において交渉が行われた。当初は、1999年2月にカルタヘナ（コロンビア）で行われた第6回作業部会の直後に開催された生物多様性条約特別締約国会議においてこの議定書を採択することが目指されたが、交渉参加国間の意見の隔たりが大きく、同締約国会議において交渉はまとまらなかった。
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