FlashManagerについては、一度登録料金を支払うと登録時のメジャーバージョン(FM for GBAはv3、FM for GBxはv1)の間は支払い不要です。
しかし、メジャーバージョンアップの際、その新しいバージョンをご使用されたいときは再度登録料金が必要です。しかし、古いバージョンを使い続けるのであれば支払は不要です。
いつメジャーバージョンアップがされるかは、まだ計画されていません。
規定事項の最後の項目を参考にしてください。ユーザ登録のときに料金の支払いが発生すると考えてください。