Было много предположений о причине его смерти, но российские правительственные СМИ сообщают, что он потерял сознание и умер во время прогулки по тюрьме. Сообщается, что причиной смерти стал тромб. Однако есть сообщения, что накануне он выглядел в хорошем настроении.
В настоящее время участились отравления и расстрелы журналистов и активистов оппозиции, подозреваемых в причастности российских спецслужб. Фактически, незадолго до трагического известия Навального в Испании был застрелен бывший российский солдат Максим Кузьминов. На его теле обнаружено двенадцать огнестрельных ранений.