http://www.kakaku.com/bbs/Main.asp?PrdKey=05405011331のS-ATAの記述と同じような状況(手順どおりやってもHD認識失敗)だったので、
予備のUltra ATA HDDにXPをいれて起動させ、マザボ付属のCDからS-ATAドライバを入れて先にS-ATA HDDの中のデータを抽出。バックアップ用外接HDDにデータコピー。
Ultra ATA HDDからBIOS起動させた状態で専用FDを使いドライバとOSの再インストに成功。S-ATA認識可能に。鯖ソフト各種再インストという流れ。
結局マザボ内部(BIOS)のS-ATAドライバが壊れていたようです。
徹夜で作業し10時間近くかかりますた(;´Д`)