Rosetta@home - 1179916990 - したらば掲示板

20：yamashin ◆kAYTetLjxk：2008/03/26(水) 23:58:15: David Baker's Rosetta@home journal
2008/03/07

Rosetta＠homeでのみなさん全員による成果から生まれた多くの科学論文のうち、最も新しいものが、Science誌の本日号に出ています。
http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/319/5868/1387
この論文では、化学反応の新しい触媒のコンピュータによる設計について記載されています。多くの応用の中には、環境中の有毒化合物の除去（バイオレメディエーション）や、薬分子の合成における難しいステップを非常に容易なものにすること、新しい生物燃料の生成、などがあります。
21：yamashin ◆kAYTetLjxk：2008/03/27(木) 00:00:17: David Baker's Rosetta@home journal
2008/03/20

2本目のRosetta＠homeによる酵素設計の論文は、現在Nature誌のオンライン版に出ています。
http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/index.html
22：レフレール ◆EWc25F6jU6：2008/03/27(木) 22:51:02: >>18-21
yamashinさん、情報ありがとうございます！
私たちのクランチングも結実しつつあり、こうして中途でも論文公開されると"参加している！"というクランチャー冥利に尽きます。

いつも莫大な演算能力と共に情報提供くださり頭が上がりません。
私もwikiでPOEM@HOME以降何もできていません。身引き締めて可及的速やかに作成いたしますので少々お時間頂戴します。

Happy crunching!('-'*)
23：yamashin ◆kAYTetLjxk：2008/04/14(月) 19:53:34: David Baker's Rosetta@home journal
2008/04/04

私たちは現在、あと1ヶ月ほどで始まるCASP8に間に合うよう、Rosettaの新バージョンに全力で取り組んでいます。私たちはいつもより速く新バージョンをテストする必要があり、Rosetta＠homeを維持したままそれを可能にするために、テストサーバーであるRALPHを活用したいと考えています。そういうわけで、もしテストレベルにあるコード（クラッシュする頻度がわずかに高くなっています）を許容する気がある方は、どうかRALPHにサインアップしてください。（1週間で数回変更があり実行ファイルが更新されると思われるので、おそらく高速なネットワーク接続環境があったほうがよいでしょう。）すでにRosettaとRALPHに割り当てをしている方は、RALPHの割り当て時間を増やしていただくと助かります。これらの調整は来月までの限定です。これが終わった後には、CASP8のターゲットに使用されるRosetta＠homeのためのすばらしい新しい改良版Rosettaができているはずです。ありがとう！
24：yamashin ◆kAYTetLjxk：2008/04/14(月) 20:14:21: >>23 の補足
CASP8とは、Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction という
タンパク質の立体構造予測コンテストで、1994年から2年に1回開催されており、
今回が第8回となっています。
5月から7月にかけて、予測対象となるタンパク質が順次発表されることになっています。

CASPの公式サイト
http://predictioncenter.org/

前回(2006年)のCASP7での、Rosetta@homeで参加したBaker研究室のプレゼン資料(PDF)
http://predictioncenter.org/casp7/meeting/presentations/Presentations_predictors/Baker_CASP7.pdf
25：yamashin ◆kAYTetLjxk：2008/04/23(水) 22:30:01: David Baker's Rosetta@home journal
2008/04/19

Rosettaゲームが公開されようとしています！他の参加者を負かして世界ランキングを苦労して上げてみてください。それが同時に、CASPや世界中の人々を救う新しいタンパク質の設計に用いられる技術を磨くことにつながっています。
ここでダウンロードしてください。
http://fold.it/boinc
それではお楽しみください！
26：yamashin ◆kAYTetLjxk：2008/04/23(水) 22:49:38: さっそくゲーム(Fold It!)で遊んでみました。
このゲームは、タンパク質の折り畳みをユーザーの操作で行うことで、ハイスコアを目指すのが
目的です。スコアはサーバーに送信され、他ユーザーと競うことになります。
また、グループ（チーム）を作成・参加でき、グループで競うこともできます。

ゲームのサイトにアクセスします。
http://fold.it/boinc

最初に、ユーザーアカウントを作成する必要があります。
ランキングで使われるほか、ハイスコアをサーバーに保存するために使われます。

実行には、プログラムをダウンロードしてインストールする必要があります。
起動すると音が出るのでちょっとびっくりしました。
作成したユーザーアカウント情報を入力してログインすると、2つのメニューがあります。

「Puzzle Levels」は、練習用問題です。これは、基本的な操作方法のチュートリアルになってるので
まずはこちらをやってみるのがいいでしょう。
基本的、といってもゲームの概念を理解するのはなかなか難しいです。
問題ごとに画面左上にDr. David Bakerからのヒントが出ていますので、これを頼りに進めます。
これについても、そのうち日本語訳したいと思っています。

「Puzzle Competition」は、ランキング対象問題です。問題は定期的に新しいものに入れ替えられているようです。

本日はここまでですが、何か分かればまた書きたいと思います。
27：toma01 ◆BOINCggRew：2008/04/27(日) 21:05:12: Fold it! を早速プレイしてみました。以前のゲームよりわかりやすい印象を受けました。
いまなら各問題で10位以内も可能です。

勢いでwikiにFold it! のページを作成しました。David教授のヒントも載せてみました。
yamashinさん、支障があれば差し替えてかまいません。(^_^;
28：yamashin ◆kAYTetLjxk：2009/05/14(木) 00:21:23: このスレッドには1年ぶりの書き込みです(^^;

Masahiroさんが、5/13のPredictor of the Dayに選ばれています！
対象はリザルトを返却したユーザ全員であり、そのリザルトの中から最も優れた計算結果が得られた
人が選ばれるものですので、UOTD以上に名誉あるものだと思います。
私もいつか選ばれてみたいものです。

トップページにはその日のPOTDが表示されていますが、過去の履歴も以下で見ることができます。
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_old_potd.php
国内での上位チームである、Team 2chやBOINC@MIXIといった文字列が抽出されないのは、
選ばれるがいかに大変であるかということでしょうか。
29：レフレール ◆EWc25F6jU6：2009/05/14(木) 18:44:15: yamashinさん、情報ありがとうございます！

>Masahiroさんが、5/13のPredictor of the Dayに選ばれています！

たいへんすばらしいことです！Masahiroさん、おめでとうございます！＾＾
なかなか得られない栄誉ですよね。それに強運の持ち主であります。

最近チームのrosettaの成績が一時的か収束していることから私もG.W.頃合よりささやかに回しております。極めて微力ではありますがチーム内としての緩衝役を受けてみたいと思いますよ。('-'*)
30：レフレール ◆EWc25F6jU6：2009/05/14(木) 20:11:51: >>28
http://s02.megalodon.jp/2009-0514-2005-35/boinc.bakerlab.org/rosetta/
念のためウェブ魚拓を残しておきました。('-'*)
31：＜相応しくないため削除しました＞：＜相応しくないため削除しました＞: ＜相応しくないため削除しました＞