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ペーパー一枚への道 その2

1地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/12(金) 08:00:05
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171一言居士:2019/04/17(水) 16:07:20
ChIP-seqのTSが若山研のものだったとしよう。TSに関する公共データは以下だ。
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591 丹羽研? Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
ChIP-Seq
⑯SRR1171592 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑰SRR1171593 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑱SRR1171594 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input  CD1 (CD1系統-スライド)

172閲覧者:2019/04/17(水) 16:09:13
全部若山研のだと仮定するんだね。
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
ChIP-Seq
⑯SRR1171592 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑰SRR1171593 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1 (CD1系統-スライド)
⑱SRR1171594 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input  CD1 (CD1系統-スライド)

173ドクター・ワトソン:2019/04/17(水) 16:22:56
そこに間違いがあるね。⑯⑰⑱は(CD1系統-スライド)ではない。16P。
>>
(少量混じっ ていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ(CD1 系統)と酷似している)。

174シャーロック・ホームズ:2019/04/17(水) 16:27:37
RNA-seq データ(CD1 系統)はChIP-secではない。
別途、<RNA-seq データ(CD1 系統)>があるということだな。ここまでは分かってる。以下だな。
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
不明分<NA-seq データ(CD1 系統)> (CD1系統-スライド)
ChIP-Seq
⑯SRR1171592 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1
⑰SRR1171593 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1
⑱SRR1171594 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input  CD1

175シャーロック・ホームズ:2019/04/17(水) 16:28:48
不明分<NA-seq →不明分<RNA-seq

176小野小町:2019/04/17(水) 16:31:33
ChIP-SeqのTS分は中身が本当にCD1であるかどうかも確認されてないのね。

177在原業平:2019/04/17(水) 16:33:00
不明分<RNA-seq データ(CD1 系統)> (CD1系統-スライド) は丹羽研提供と言ってるんだな。

178一言居士:2019/04/17(水) 16:34:41
こうか?
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)
不明分<NA-seq データ(CD1 系統)> 丹羽研 (CD1系統-スライド)
ChIP-Seq
⑯SRR1171592 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1
⑰SRR1171593 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1
⑱SRR1171594 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input  CD1

179小野小町:2019/04/17(水) 16:38:23
そこにこういうことなのね。
>>
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテ ロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が 挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。 第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを 実施した。

180在原業平:2019/04/17(水) 16:40:18
TS1はどれでTS2はどれなのかね。

181一言居士:2019/04/17(水) 16:42:45
こうなるのかな。
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)<TS1>
⑭SRR1171591 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)<TS1>
不明分<RNA-seq データ(CD1 系統)> 丹羽研 (CD1系統-スライド)<TS2>
ChIP-Seq
⑯SRR1171592 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1
⑰SRR1171593 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1
⑱SRR1171594 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input  CD1

182閲覧者:2019/04/17(水) 16:51:20
TS2は6月分にしかなんないね。CD1のTSを提供したのはTS1が分化していた結果になっていたからだね。
8月に若山研でCD1のTSを必要としていないよね。分化しているかもという話は理研が引き取ってからだ。
ChIP-seq分も丹羽研だね。

183小野小町:2019/04/17(水) 16:52:16
Ts.Marker さんに連絡したら。

184一言居士:2019/04/17(水) 17:13:59
貼ってきたよ。
>>
[ChIP-seqの件1]
>>Ts.Marker さん
ややこしいですね。ちょっと整理し直してみました。ChIP-seq分を若山研のものと仮定しました。
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1 (129xB6-CAG-スライド)<TS1>
⑭SRR1171591 若山研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1 (129xB6-CAG-スライド)<TS1>
※データベース外 丹羽研 <RNA-seq データ(CD1 系統)-桂報告書> (CD1系統-スライド)<TS2>

185一言居士:2019/04/17(水) 17:14:56
[ChIP-seqの件2]
ChIP-Seq
⑯SRR1171592 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1 (マウス背景調査はされていない)
⑰SRR1171593 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1(マウス背景調査はされていない)
⑱SRR1171594 若山研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input  CD1(マウス背景調査はされていない)

186一言居士:2019/04/17(水) 17:15:34
[ChIP-seqの件3]
<TS2>は6月分にしかなりませんね。査読指示後ですね。そこでCD1のTSを丹羽研が提供したのは8月のTS1が分化しているような結果になっていたからですね。分化しているかもという話は査読後の検討からですね。8月時点での若山研でCD1のTSを必要としてませんよね。ChIP-seq分も丹羽研ではないですか。以上です。

187小野小町:2019/04/17(水) 17:33:36
桂報告の隠し事の多さは相変わらずなのね。

188地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/18(木) 08:37:14
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189在原業平:2019/04/18(木) 08:38:17
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

190小野小町:2019/04/18(木) 08:40:12
事件のにおいね。松崎の犯罪みたいね。笹井さんの追い落とし工作の可能性が出できたわね。

191一言居士:2019/04/18(木) 08:41:58
昨日貼り付けたものを学さんは本文に組み入れて知らん顔している。Ts.Markerさんは
無言になった。

192シャーロック・ホームズ:2019/04/18(木) 08:48:00
理研のSTAP細胞と東北大のミューズ細胞はティシュー論文時からのライバルなんだけど
大隈は東北大の出身で、松崎は東大だが東北大で教授をしていた。遠藤も東北大だ。
世界展望や11jigenも連動して行動している。これはベースに
①業界がバックについた文科省予算の奪い合い競争がある。
②CDBの次期理事長を座を狙う松崎GDの一歩先んじて単独の副センター長に抜擢された笹井さんへの反感があって、東大閥の岸を利用している。

193ドクター・ワトソン:2019/04/18(木) 08:49:45
そのあたりはもう最初から臭ってたことだけどな。CD1が絡んでいたんだな。

194在原業平:2019/04/18(木) 08:51:32
結果笹井さんが自決したんで一旦後任は京大出身者になってるわけだね。

195閲覧者:2019/04/18(木) 09:07:17
FI-SCにTSがコンタミされていて樹上図が捏造されているという根拠が
小保方さんの犯人説とFI-SCの否定と延いてはSTAPの否定、ESコンタミに
つながるように論理構成されているんだな。遠藤だとか大日向たちだよな。
ははは。いじましいね。

196一言居士:2019/04/18(木) 09:09:21
ノートリアス松崎が中心だな。<1月(最終)>はやっぱり意図的な間違いなんだな。
わざとやってる。1月はまだ原稿提出されていない。1月と6月では大違いなんだな。

197閲覧者:2019/04/18(木) 09:16:12
逆は必ずしも真ならずと高校生でも知ってる論理の基本を無視してTSマーカーがでたら
TSだと馬鹿な論文書いてマスコミ誘導した遠藤も結託しているんだよな。これは
胎盤関係だね。その前にESコンタミ論を言い出したのは若山さんだよな。3月に既に
第三者機関と称して知人に理研の許可なくサンプル解析させている。

198小野小町:2019/04/18(木) 09:17:24
松崎はそれを笹井さん追い落としのチャンスとみたのね。

199在原業平:2019/04/18(木) 09:19:41
情報の最初のリーク元は若山さんだよ。それを利用したという行為は後の問題だ。
①若山
②東北大利権
③理研内権力闘争
と巻き込んでいったのは若山さんだ。

200小野小町:2019/04/18(木) 09:20:41
事件はCDBが小保方さんを呼び戻したことによって発生したのね。

201デラ・ストリート:2019/04/18(木) 09:22:17
なんか愚かね。頭悪いわね。

202ペリー・メイスン:2019/04/18(木) 09:23:21
デラ、頭悪いから悪事を働くのさ。頭いいやつって悪いことしないぜ。

203イェイ:2019/04/18(木) 16:46:57
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204在原業平:2019/04/18(木) 16:48:11
小町ちゃん、ジンライムね。ヴォランティアで疲れたわ。

205小野小町:2019/04/18(木) 16:52:08
そろそろExtended Data Figure 5-a,bの問題に入りましょうよ。難関ね。

206一言居士:2019/04/18(木) 16:53:26
小保方さんはB6の受精卵ESを持たないよね。

207閲覧者:2019/04/18(木) 17:10:09
小保方さんがコントロールとして使いたいからと言って学生から一皿もらったのは
ntESだからね。このExtended Data Figure 5-a,bで受精卵ESもntESも同じだなんて
実験をする人はまともな科学者にはいないね。JAKiの元論文はES細胞での実験だね。
誰かがOct4-GFPマウスの受精卵ES細胞を提供したということさ。

208小野小町:2019/04/18(木) 17:11:35
査読者がやれといった実験なんだから提供者は笹井研か丹羽研ね。他ではない。

209在原業平:2019/04/18(木) 17:21:24
リヴァイズ通知のあった4月以前ではない。

210在原業平:2019/04/18(木) 17:37:06
JAKiを入れたら分化し始めたんだろうね。Oct4-GFPは消えた。

211デラ・ストリート:2019/04/18(木) 17:42:40
そうね。そしていよいよOct4-GFPマウス由来のFI-SCにJAKiを入れたが、蛍光は
消えなかった。つまり分化を抑制しているはずのヤーヌスキナーゼを分解阻害したんだけど
FI-SCの多能性状態は変わらなかった。

212ペリー・メイスン:2019/04/18(木) 17:44:16
はてね。FI-SCが多能性細胞であることは何によって保証されていたんだっけな。

213デラ・ストリート:2019/04/18(木) 18:00:03
キメラができたことによるわ。あるいはテラトーマができたことに。

214ペリー・メイスン:2019/04/18(木) 18:07:59
どこに証拠があるの?

215デラ・ストリート:2019/04/18(木) 18:27:30
①Figure 2-f,gにキメラと胎盤写真がある。
②木星リスト14-17番に胎盤と羊膜と胎児と胎盤の繋がっている試料があって<若山研■■氏>と書かれている。
③木星リスト20番にテラトーマの染色結果スライドがある。

216デラ・ストリート:2019/04/18(木) 18:31:49
②のグラススライド切片の伏字は多分寺下さんね。小保方さんと一緒に作業した。
FI-SCのキメラを渡したのは無論若山さんだわね。これって①がCAG-GFPなんで、
Jahki検証で使われているGOF由来FI-SCキメラとは違うわね。

217デラ・ストリート:2019/04/18(木) 18:33:25
Jahki検証で→JAKi検証で

218小野小町:2019/04/18(木) 18:40:37
小保方さんと寺下さんは若山研では年齢が近いということがあって仲良しね。
でも彼女も東北大なのよね。若山さんは寺下さんの先生と知り合いで寺下さんを
預かっているのね。太田ESは東北大の黒木さんのところに山梨から分析以来の
結果、送られたわね。

219在原業平:2019/04/18(木) 18:41:50
全部つながってきたな。

220一言居士:2019/04/18(木) 18:42:56
寺下さんは全然悪意はないよ。事件後結構つらいことになったんじゃないかな。

221閲覧者:2019/04/18(木) 18:45:05
CTS1からはアクロシンが出でいるからね。CAGの光っているのはCTS1関係のキメラだ。

222シャーロック・ホームズ:2019/04/18(木) 18:52:44
ではExtended Data Figure 5-c,dのFI-SCはなんだ?
なぜ、論文の、もしくは元論文の理屈では受精卵ESなら消えるはずのOct4-GFPが
消えないんだい?

223ドクター・ワトソン:2019/04/18(木) 18:54:22
だから、論文の、もしくは元論文の理屈が正しいならこのFI-SCは受精卵ESでないことは
確かだということになる。

224シャーロック・ホームズ:2019/04/18(木) 18:56:53
さあ、このGOF由来のFI-SCに関してはキメラ実験結果が無いんで、そもそも
多能性細胞であるかどうかすら分からない。ただ、Oct4-GFP発現していて、
JAKiを入れても発現は消えないという何らかの細胞だね。

225小野小町:2019/04/18(木) 18:59:18
何であり得るの?

226地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/19(金) 06:40:45
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227在原業平:2019/04/19(金) 06:42:03
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

228小野小町:2019/04/19(金) 06:43:22
お気に入りは変化なしよ。DORAさんの返事もないし。学さんの質問もない。

229一言居士:2019/04/19(金) 06:44:38
"ある派"は居なくなったということでいのかな。全部ntES派になったということ?

230閲覧者:2019/04/19(金) 06:50:02
自分たちの考えの中に矛盾があるということには気づいたということかな。小保方さんが
潔白であると同時に若山さんも潔白であるという解はない。そうであったらどんなに
よかろうかという感情と論理の導く結論は別だということに気づいたと。

231小野小町:2019/04/19(金) 06:54:38
桂報告の間違いで止まってほしいのね。桂報告の嘘は若山さんの嘘から発している
ということは分かっているのに、その嘘は誰かの陰謀に巻き込まれて強制されたのだと
考えているんだけど、それが何かは分からないと。でも、強制されたにせよ、嘘の発祥元は
若山さんで、その場合、自分の保身で嘘をついた場合以上に罪が重くなるということには
気づいてないのね。

232一言居士:2019/04/19(金) 07:05:32
いや気づいてきたということでしょ。だから論理的反論が無いんだよ。

233在原業平:2019/04/19(金) 07:09:30
ntESであったという実証は今のところ無いんだから反論はできるはずなんだけどな。

234小野小町:2019/04/19(金) 07:11:16
そこまで考えぬいていた人は少なかったということかな。どうやら学さんが
一番早く理解したみたいね。

235一言居士:2019/04/19(金) 07:13:39
事実は全部知りたいんだけど、知ったのちにどうするのという判断が交互に
表れているね。我々は便所の落書きだという判断は最初からしているからね。
これはしょうもない事件なんだよね。最初から予感があったな。

236ヘーゲル:2019/04/19(金) 07:19:56
本題頼むぜ。

237カール・ヤスパース:2019/04/19(金) 07:20:36
本題、何でしたっけ?

238デラ・ストリート:2019/04/19(金) 07:22:32
GOF由来のFI-SCに関してはキメラ実験結果が無いんで、そもそも多能性細胞で
あるかどうかすら分からない。ただ、Oct4-GFP発現していて、JAKiを入れても
発現は消えないという何らかの細胞が何であり得るか。

239一言居士:2019/04/19(金) 07:26:39
若山さんは、小保方さんの作ったGOF由来STAP細胞をFgf4誘導したものと言っていたらしいね。
それを笹井さんと小保方さんとで論文化したということでしょ。

240閲覧者:2019/04/19(金) 07:27:56
丹羽さんが検証実験ではできないと言ってるけどね。これも条件が厳しすぎたとかいろいろ言われてはいるけどね。

241一言居士:2019/04/19(金) 07:29:59
それはあまり言い訳にはならないんだよな。論文化したということは自分たちで
できたということなんで、そんなに再現が難しい状態だと論文にはしないよね。
あるいは論文になってもだれも信用しない、ドリーみたいにね。

242小野小町:2019/04/19(金) 07:30:41
ドリーみたいだったのかもしれないじゃないの。

243在原業平:2019/04/19(金) 07:33:41
"ある派"の人たちの何となくよりどころにしている考えでもあるかな。でも、
今、<Oct4-GFP発現していて、JAKiを入れても発現は消えない>細胞があるんだよ。
具体的な実験がたくさん行われている。どれか一つくらいは再現されないと
いけないでしょ。これってESだと消えるんだよ。コントロールがそうなってるじゃないか。

244一言居士:2019/04/19(金) 07:41:18
小保方さんはOct4-GFPが光っているけど、JAKiを入れても蛍光が消えない
FI-SCと言われて渡されていた細胞を持っていたということになる。

①ESの可能性はこの実験によって否定されていることになる。
②GOF由来STAPをFgf4誘導してもできないことが一応丹羽論文に書かれている。
③GLSをFgf4誘導した細胞と考えていて、GLSは2011年にGOF由来STAP細胞の
核を使用してntESを作り、キメラ胚に入れて再度ES化したGLを2012年になって
そのままGLSとしたと考えている。従ってこの現象はさういう細胞の持っている
性質だと考えている。

245一言居士:2019/04/19(金) 07:42:41
GLSを→我々はGLSを

246閲覧者:2019/04/19(金) 07:48:10
我々は丹羽さんの検証結果と初期の小保方さんの実験成果を踏まえると、若山さんは
小保方細胞核を使用してクローン胚を作った時に真正の小保方細胞には当たっていないと
考えている。従って、彼の作った細胞はただたんに白血球細胞を使ったntESを
キメラ胚に入れて再度ES化した細胞の本来持っている性質を証明しているのだと
考えるんだな。STAP細胞は不要な実験だ。この細胞はFgf4誘導された結果、
JAKiを入れても分化を起こさないという性質を持っている。

247小野小町:2019/04/19(金) 07:50:53
それでやっとExtended Data Figure 5-e,fの問題に入れるのね。

248ドクター・ワトソン:2019/04/19(金) 08:04:25
最初に考えなければならない問題は、e,fで使用されたFI-SCはc,dで使われたものと
同じ株であるのかということだね。もし違う株を使ってると話が変わる。

249シャーロック・ホームズ:2019/04/19(金) 08:06:20
普通の科学者ならたくさん培養した同じ株を使うでしょ。

250一言居士:2019/04/19(金) 08:08:27
同じ株だったら中段左の白矢印の先は光ってないとおかしい。cの下段は
光ってるじゃないか。まずはその原因からだよな。

251イェイ:2019/04/19(金) 13:56:55
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252小野小町:2019/04/19(金) 13:57:27
何してんのよ。

253在原業平:2019/04/19(金) 13:58:10
車検だよ。

254一言居士:2019/04/19(金) 13:59:31
ここまでの考察を学さんのところに貼ってきたよ。今アップされている。
>>
[Oct4-GFP蛍光1]
>>学さん
そろそろ本題です。Extended Data Figure 5-a,bの問題からです。
小保方さんはB6の受精卵ESを持ちません。小保方さんがコントロールとして使いたいからと言って学生から一皿もらったのはntESです。このExtended Data Figure 5-a,bで受精卵ESもntESも同じだなんて前提で実験をする人はまともな科学者にはいないはずです。このリヴァイズ実験は笹井さんと丹羽さんの指導で行われている。JAKiの元論文は受精卵ES細胞での実験ですね。誰かがOct4-GFPマウスの受精卵ES細胞を提供したということになります。査読者がやりなさいといった実験なんですから提供者は笹井研か丹羽研で、若山研ではありません。査読書の到着日は2013/4/4です。若山研は理研にはもうありません。

255一言居士:2019/04/19(金) 14:00:05
[Oct4-GFP蛍光2]
FI-SCが多能性細胞であることはキメラができたこと、或いは一歩譲ってもテラトーマができたことにあるわけです。
①Figure 2-f,gにキメラと胎盤写真がある。
②木星リスト14-17番に胎盤と羊膜と胎児と胎盤の繋がっているグラススライド試料があって<若山研■■氏>と書かれている。
③木星リスト20番にテラトーマの染色結果スライドがある。

256一言居士:2019/04/19(金) 14:00:48
[Oct4-GFP蛍光3]
②のグラススライド切片の伏字は多分寺下さんで小保方さんと一緒に作業した。小保方さんと寺下さんは若山研では年齢が近いということがあって仲良しのようですね。でも彼女も東北大です。若山さんは寺下さんの先生と知り合いで寺下さんを預かっているわけです。東北大は大隅理事長、遠藤さんの出身校であり、東大の松崎さんも東北大の教授経験者ですね。東北大はPNASで小保方さんの細胞論文と争って勝ったミューズ細胞論文を出した学校で業界と提携したプロジェクトもあるところです。Ooboeさんとパートナー氏は太田ESが若山さんの手で東北大の黒木助教授のところに分析依頼に出されている事実を突き止めていますね。FI-SCのキメラを小保方さんに渡したのは無論若山さんで、他の人にはできません。
①はCAG-GFPだとリジェンドにありますからCTS1のAcr-CAGだと思われますが、無論、JAKi検証で使われているGOF由来FI-SCキメラとは違います。

257一言居士:2019/04/19(金) 14:01:21
[Oct4-GFP蛍光4]
GOF由来のFI-SCに関してはキメラ実験結果データが添付されて無いのですから、そもそも多能性細胞であるかどうかすら分からない。ただ、CTS1キメラができたんだから、GOF由来FI-SCでもできるだろうと論理的に演繹推論されているだけで実証データはつけられていない。このGOF由来FI-SCがOct4-GFP発現していて、JAKiを入れても発現は消えないという現象が何であり得るかという問題を考えないといけないのですね。

258一言居士:2019/04/19(金) 14:02:17
[Oct4-GFP蛍光5]
若山さんは、小保方さんの作ったGOF由来STAP細胞をFgf4誘導したものと言って渡していた細胞があって、それにいろいろと口頭で説明していたものを、笹井さんと小保方さんとで論文化したということなんですから、全部が全部若山さんの考えていたことと一致しないのは当然ですが、彼はGOFマウスからFgf4誘導した細胞はつくった"記憶がない"と言ってますね。大問題ですよね。論文の骨子のところに書かれていて、原稿を送られているのに、見てなかったとでもいうのですかね。まあ、実際そういってますけどね。Figure 2-a,bは何なんでしょうかね。誰が写した写真なんでしょうか。Ts.Markerブログで最初から指摘されていますね。無いものをあるように作ったら捏造です。桂さんに仕事中に寝ないように注意申しあげたいものですね。まあ、無論ただの嫌味ですがね。

259一言居士:2019/04/19(金) 14:03:12
[Oct4-GFP蛍光6]
論文が正しいとすると、小保方さんはOct4-GFPが光っているけど、JAKiを入れても蛍光が消えない細胞を持っていたということになる。無論渡したのは若山さんで、FI-SCという名前は笹井さんが命名しただけで、若山さんはCalls TSと名付けていただけですね。ではこの細胞は何か。
①ESの可能性はこの実験によって否定されていることになる。
②GOF由来STAPをFgf4誘導してもできないことが一応丹羽論文に書かれている。
③私はGLSをFgf4誘導した細胞と考えていて、GLSは2011年にGOF由来STAP細胞の核を使用してntESを作り、キメラ胚に入れて再度ES化したGLを2012年になってそのままGLSとしたと考えている。従ってこの現象はさういう細胞の持っている性質だと考えている。

260一言居士:2019/04/19(金) 14:03:49
[Oct4-GFP蛍光7]
丹羽さんの検証結果と初期の小保方さんの実験成果を踏まえると、若山さんは小保方細胞核を使用してクローン胚を作った時に真正の小保方細胞には当たっていないとわたしは考えています。従って、彼の作った細胞はただたんに白血球細胞を使ったntESをキメラ胚に入れて再度ES化した細胞の本来持っている性質を表していて、結果的にはSTAP細胞は不要な実験だったのだと思っています。この細胞はFgf4誘導された結果、JAKiを入れても分化を起こさないという性質を持っているということです。

261一言居士:2019/04/19(金) 14:04:39
[Oct4-GFP蛍光8]
これだけのことは押さえたうえで、Extended Data Figure 5-e,fの問題を考えようということです。最初に考えなければならない問題は、e,fで使用されたFI-SCはc,dで使われたものと同じ株であるのかということです。もし違う株を使ってると話が変わる。でも普通の科学者ならたくさん培養した同じ株を使うでしょ。同じ株だったら中段左の白矢印の先は光ってないとおかしい。cの下段は光ってるではないか。まずはその原因から考えることになる。私は結論は持っていないんです。ロゴスの導くままに推論するだけです。次回にします。以上です。

262小野小町:2019/04/19(金) 14:05:49
なるほど。でも肝心なところを次回に回したのね。

263ドクター・ワトソン:2019/04/19(金) 14:06:37
僕はもう分かったけどね。

264シャーロック・ホームズ:2019/04/19(金) 14:07:58
そうね。僕も分かったぞ。ちゃんと論文を読まないとな。培地が違う。

265デラ・ストリート:2019/04/19(金) 14:14:46
レター論文の最後に書かれていることね。
>>
As for STAP-cell-derived Fgf4-induced stem cells, which can also contribute to both embryonic and placental tissues, our in vitro conversion study combined with inhibitor treatments clearly indicate that the bidirectional potential of Fgf4-induced stem cells is unlikely to reflect the co-presence of separate subpopulations of ES-like and trophoblast-stem-like cells in the culture. Collectively, our study indicates that STAP-based conversion can reprogram somatic cells to acquire not only pluripotency but also the ability of trophoblast differentiation.

266ドクター・ワトソン:2019/04/19(金) 14:21:22
<our in vitro conversion study combined with inhibitor treatments clearly
indicate that the bidirectional potential of Fgf4-induced stem cells is unlikely
to reflect the co-presence of separate subpopulations of ES-like and
trophoblast-stem-like cells in the culture. >という部分がこの実験の
意味するところなんだね。誤解してたよな。

267シャーロック・ホームズ:2019/04/19(金) 14:24:17
a.bとc,dはLif培地だ。e,fはFgf4培地だね。だからFI-SCはFgf4培地では
ESマーカー発現を失ってるから光ってないのが当然だということを意味している図だ。
ははははは。

268一言居士:2019/04/19(金) 14:26:23
するとここに書かれていることは何も不思議はなくなるね。問題はそのように変化する細胞は
何なのかということだけだね。

269閲覧者:2019/04/19(金) 14:27:28
我々はntESの性質だと主張しているよな。一応全解したかな。

270一言居士:2019/04/19(金) 14:31:37
最後に残された問題が胎盤は本当に光ったのかという問題だ。遺伝子解析結果の
意味するところは胎盤が光るということが証明されていてこそ意味を持つ。
胎盤が光っていないとき同じ遺伝子発現結果の意味するところはまた違ってくる。


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