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ペーパー一枚への道 その1

1地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/11(月) 00:00:59
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799在原業平:2019/04/05(金) 06:57:34
ntES化してキメラ作成成功は若山研では毎日全員で行われていることだということに
気づいてないんだよね。小保方細胞核を使ってntESを作り、そのキメラの胎盤が光ったと
思ったから舞い上がってるのさ。

800一言居士:2019/04/05(金) 07:00:56
胎盤が光ったことをみんなの前で顕微鏡下で確認したのは何時のことかが
とても大事なんだね。キメラはその前に作られている。

801閲覧者:2019/04/05(金) 07:13:00
手記にはその後4月にはFI幹細胞化の実験に入っていたらしいと書かれていているね。
つまり、3月の終わりか4月の始めに胎盤が光っているという話がラボの全員に示された
ということだ。

802小野小町:2019/04/05(金) 07:15:31
4月1日は若山さんが山梨大学で正式に教授就任して、理研では客員チームリーダーになった日ね。

803在原業平:2019/04/05(金) 07:20:08
若山さんはこの後山梨大の研究所の所長を兼務する予定になっているんでラボは
理研で維持されていて、当面山梨では講座を担当しているだけなんだね。理研は
基本兼務禁止なんだけど、山梨大側で研究所建物がまだ完成していなかったんで
引っ越しができないという事情があった。10月頃が完成予定じゃなかったかな。

804一言居士:2019/04/05(金) 07:22:14
同時に行われなかったということは研究所所長案はどこかの時点で後から加わったということだね。

805閲覧者:2019/04/05(金) 07:23:35
箱物は官僚が喜ぶんだよな。天下り先が増える。

806ペリー・メイスン:2019/04/05(金) 07:30:33
若山さんは2月初頭前後からFLS等の作成実験に入ったね。小保方さんは1月22日から
帰後の初出勤だね。その日にもうSTAP細胞作製をさせられていることになる。
これは後の若山さんの証言だとホモマウスだということになっているが、我々は前年の
キメラ実験と同時作成された幹細胞で、アクロシン入りのヘテロだと思っているが、
事実その後の分析でアクロシン入りのヘテロマウスだと確認されていることになるね。
若山さんは小保方さんら太田ESのFES1を渡されたんでと主張しているんだけどね。

807ペリー・メイスン:2019/04/05(金) 07:34:13
1月22日→1月23日
帰後の→帰国後の
小保方さんら太田ESのFES1を渡されたんでと→小保方さんに太田ESのFES1を渡されたんだと

808デラ・ストリート:2019/04/05(金) 07:37:40
胎盤が光ったというF1マウスはどっちだったのかしらね。これって小保方さんに渡したときのは
STAP作成とキメラ胎児成長の期間を合わせると20日前後前よね。蛍光確認が3月末だったとしたら、
3月の10日前後で少なくともFLSを作った時のものではないわね。

809一言居士:2019/04/05(金) 07:41:53
我々の論では使われたのはアクロシン入りのntESだからね。でも、実験するときは
必ず小保方さんに新たにマウスを渡さないといけない。でないと、このキメラは何時の
STA細胞で作られたものですかと小保方さんに疑義されてしまう。で、渡すときに
毛色で識別できるような渡し方はできないね。

810閲覧者:2019/04/05(金) 07:45:17
その胎盤実験のために作られたコントロールESが4/19に培養開始されているんだよな。
それがホモマウスだ。TSも同じくホモマウスだ。これは129/B6であれ、B6/129であれ、
或いはGFPがホモであれ、ヘテロであれ外見では区別できないね。

811小野小町:2019/04/05(金) 07:48:05
重要なのはFLSの実験が続いている中で、同時並行の形で、3月10日前後に
別の胎盤実験のためのマウスが渡されたということね。

812一言居士:2019/04/05(金) 07:52:43
そう。その胎盤実験を思い立ったのはその前のキメラで光っているのではないかと
若山さんが気づいたかららだね。でないと3月10日前後に渡されたマウスで作られた
STAP細胞を得て、若山さんは何をしたかったのかということになってしまう。すると、
彼が胎盤が光っているのではと気づいたのはFLSの樹立を行った時のキメラ胎児を
見てからだということになる。でも、これは我々の論では、前年に作ったntESによる
キメラなんだよな。

813閲覧者:2019/04/05(金) 07:54:38
そこに最初のキメラ胎盤写真が2011/11/28の4Nキメラだったということが関係しているんだな。

814小野小町:2019/04/05(金) 07:56:43
小保方さんは写真のプロパティは知らないのね。手記での胎盤の話は翌年の春から
始まっているわね。でも、若山さんは最初のキメラで既に胎盤のことに気づいていた
可能性があるのね。

815在原業平:2019/04/05(金) 08:03:43
学さんが残りをアップしてくれたね。いろんな人に同時に返事を書けないね。
制約があるからね。とりあえずの返事だけ送っとこう。

816一言居士:2019/04/05(金) 08:22:25
貼ってきたよ。
>>
[連絡1]
>>学さん
一日の連投量に制約があります。お返事は遅れます。ご了解願う。JAKiに関するネイチャー第二レフェリーの査読文だけ先に貼っておきます。
>>
The authors suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cells, but the data for this are not decisive and could be attributed to persistent contamination with STAP cells or ES cells (which could expain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presenve of JAK inhibitor, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.

817一言居士:2019/04/05(金) 08:23:49
[連絡2]
(続き)A global transcriptome anallysis could then be performed for comparison with TS cells. Data should also be provided on Fgf4 withdrawal from the TS-like cells - does this induce the expected differentiation into trophoblast giant cells?

818一言居士:2019/04/05(金) 08:25:12
[連絡3]
>>Ooboeさん
ntES化してキメラ作成の成功は若山研では毎日全員で行われていることで、何も珍しくありません。小保方細胞核を使ってntESを作り、そのキメラの胎盤が光ったと思ったから舞い上がっているとみています。これも一言で解説はできません。待ってください。その間ご自説開示願う。以上です。

819イェイ:2019/04/05(金) 17:43:17
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820在原業平:2019/04/05(金) 17:45:36
小町ちゃん、ジンライムね。
世の中に絶えて桜のなかりせばヘラも叩かずのどけからまし。
オソマツ。

821小野小町:2019/04/05(金) 17:48:18
山上湖の桜はもう散らんとしているというのにヘラは叩きもせずのどかだった。
オソマツな結果でした、又かという意味ね。

822在原業平:2019/04/05(金) 17:49:13
なんで知ってんの?

823開高健:2019/04/05(金) 17:50:38
我々は一心同体だよ。

824小野小町:2019/04/05(金) 17:52:01
学さんは私たちの連絡シリーズをアップしないでなんか変なことおっしゃってるわね。

825一言居士:2019/04/05(金) 17:53:08
またあしらい芸の方が面白くなったんでしょ。まあ、続きの原稿を考えてようかな。

826デラ・ストリート:2019/04/05(金) 17:55:30
> 一言居士さん

これでしょ。こっちの説明はまだはじまってないのにね。
>>

>添加後も光ってるのはどうしたことでしょう

ExtFigは、説明は十分にされていません。ですから、参考ということなんですよ。素人には、JAKiがどのくらいの影響があるかわかりません。私は、FI細胞からの蛍光は残る事を示したと思います。

論文で意味がわからない時は、強引に理由を考えない方が良いです。素人は、謙虚に結果を受け入れたいです。

827一言居士:2019/04/05(金) 17:57:24
我々もそう思ってるんだけどね。はは。はやとちりなのか先回りしたい人なのか。

828閲覧者:2019/04/05(金) 17:59:59
分かってるわよという意味だね。この人は利口な人みたいだね。はやとちりなのではない。
でもどうしてあんなに自己韜晦するのかね。必要性が分からない。

829在原業平:2019/04/05(金) 18:03:30
ため息さんとコンビになってるからね。あのあたりが我々をしてスピン屋さんを
疑わせたところだけどね。ntES論に行かせたくないスピンというのがあるのかなあ。
Ooboeさんはある派だけどスピン屋さんではないからね。

830シャーロック・ホームズ:2019/04/05(金) 18:10:53
論理に専門性はないね。人間の理性に普遍的なものだ。

831ドクター・ワトソン:2019/04/05(金) 18:16:57
うーん、学さんはお医者らしいからね。なんとなく自分を専門家側に身を置きながら、
細胞生物学者じゃないから素人だというカモフラージュの仕方だね。世の中には
法律の専門家もいれば文芸の専門家もいる。あえて言えばやくざの専門家もいれば
商売の専門家もあって、それぞれの分野において、論理は共通なので、論理的に
馬鹿な事言って疑義に対して丁寧な答えも無いような専門家は皆に見下されるわな。

832一言居士:2019/04/05(金) 18:28:16
学さんはこのSTAP問題に関するネットの議論に関して細胞生物学の専門家は、
例えば丹羽さんとか相沢さんとか、参加していないということを知ってるね。
そういう風なことを書いてる。それに対して、真摯に考えているのが
ご自分も含めた我々ど素人だとも知ってる。医学は近いところにはあるんだけど
専門的にはやはり傍流で、イタリア語しかできない学者がラテン語の原典を
読むみたいな隔靴掻痒なんでしょ。日本の子供がもう言葉は喋れるのに源氏物語
読まされるみたいな。はは。

833閲覧者:2019/04/05(金) 18:38:59
読書百篇意自ずから通ずというのは、源氏を読むときにはわかるんだけど、昔
僕の先生が大英博物館でマルクスの資本論の自筆原稿を見た時の話しで、皆が
センセ自由に読めていいねと学生たちが言ったら、真顔で、ジットと見ててみろ、
何を言ってるかわかってくるからと言ったんで、みんなで大笑いした。
大戦で爆撃機乗りだったけどね。急降下爆撃訓練するとき、気を失うと言ってた。
後ろの教官が操縦桿を引いてくれるんだね。

834在原業平:2019/04/05(金) 18:48:54
僕は後ろの教官も好きだ。一心同体だよな。

835一言居士:2019/04/05(金) 18:54:16
<私は、FI細胞からの蛍光は残る事を示したと思います。>

ここから語り始めた方がよさそうだね。次回だな。

836地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/06(土) 05:33:52
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837在原業平:2019/04/06(土) 05:34:59
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

838小野小町:2019/04/06(土) 05:41:39
学さんのところが満開になっちゃってるわね。

839一言居士:2019/04/06(土) 05:42:51
あまり右往左往しないでストレートに書いてきたよ。
>>
[連投1]
>>学さん
取り合えず、流出ネイチャー査読文のレターに関する第二レフェリーのコメントのグーグル訳を貼り付けることから始めましょう。
>
著者らは、STAP細胞由来のTS様細胞は胚由来のTS細胞とは異なることを示唆しているが、これに関するデータは決定的なものではなく、STAP細胞またはES細胞の持続的汚染に起因する可能性がある ( 時折あるNanog陽性細胞がそれを証している)。 ES細胞の存在は、JAK阻害剤の存在下での培養によって排除することができ、そしてOct4およびNanog免疫染色によってモニターすることができる。次に、TS細胞との比較のために包括的なトランスクリプトーム分析を実施することができる。TS様細胞からのFgf4を除くととうなるかのデータも提供されるべきです - これは栄養膜巨細胞への予想される分化を誘導するだろうか?

840一言居士:2019/04/06(土) 05:43:49
[連投2]
この査読文の日付は2013年4月4日で、手記118Pの日付とも一致しています。小保方さんは同じページで論文原稿のウェブ投稿を終えたのが3月11日の夜中だと書いていますね。この論文は笹井さんがリヴァイズした文章です。特にレターに関しては小保方さんが事前に渡していた未完成論文の文章は全く残ってないと記者会見で答えています。でも、言わんとする内容は変えてないとも言ってますね。笹井さんは文責があるんです。科学的に明らかな間違いがあったら世界の笹井さんの知識によって訂正されていると考えていいわけです。ここに誤りがあるときには笹井さんの錯誤と言っていいわけですね。
Extended Data Figure 5の実験結果は最初の投稿時原稿に無かったという事実はご了解いただいたと思います。つまり、JAKiを使った実験は2013/4/4以後に行われているんです。同様にFigure 2-i,j,kも無かった。学さんが提示されているこの件に関する本文のグーグル訳も貼り付けましょう。

841一言居士:2019/04/06(土) 05:45:24
[連投3]
>
しかしながら、Fgf4誘導幹細胞は、樹状図においてSTAP幹細胞と栄養膜幹細胞との間に位置しているので、Fgf4誘導幹細胞集団におけるSTAP幹細胞の混入の可能性を排除できない。先行する研究では、内部細胞塊(ICM)タイプの多能性細胞は、JAK阻害剤で培養を処理することにより培養物から除去することができることを示した(拡張データ図5a,b)。対して、JAK阻害剤処置は、Fgf4誘導幹細胞培養のOct4-GFPの発現には実質的な影響を及ぼさなかった。(拡張データ図5c,d;コントロールとして拡張データ図5e,f参照)。どの多能性マーカー(図2j)や栄養膜マーカー(図2k)も実質的影響を被らなかった。これは多能性マーカー発現がSTAP幹細胞(ICMタイプ)を反映している可能性の低いことを示している。それを証明するように、栄養膜マーカーであるItga7(ES細胞ではなく、栄養膜の表面マーカ)に対して強く陽性であったFgf4誘導幹細胞はOct4-GFP(拡張データ図5g)を高レベルで発現した(拡張データ図5g)。

842一言居士:2019/04/06(土) 05:46:08
[連投4]
第二レフェリーはSTAP細胞かES細胞がコンタミしている可能性があると言ってますね。その理由として時折Nanogの出ているデータがあると指摘している。で、もしESのコンタミならJAKiで取り除けると言ってるんですね。 could be excludedと表現している。取り除くという意味ですね。<constitutively expressed BFP (the number of plated cells was one-tenth of that of plated Fgf4-induced stem cells)>も存在していてはいけません。ただし、査読者はcouldと言ってますね。できるんじゃないかと言ってる。

843一言居士:2019/04/06(土) 05:47:14
[連投5]
他方、笹井さんは論文の中でどう言ってるかというと、<STAP幹細胞の混入の可能性を排除できない>と言ってるんです。査読者はESのコンタミでないことをJAKiで検証したらとアドヴァイスしているのに、笹井さんはSTAP幹細胞のコンタミがないことをJAKi検証したと書いている。ところが、実際の実験ではSTAP幹細胞は使われていませんよね。私が笹井さんの錯誤と言ったのはこのことで、錯誤には錯誤の原因がありますよね。ES細胞のコンタミはありませんという論文記述はできないんですね。どうしてかはお分かりですよね。コンタミなんてあり得る実験環境はラボとして最低です。そんな可能性があるかもしれないからと自分で言うような論文はあり得ません。そんなことする前に実験の基礎から勉強し直せと言われてしまう。

844一言居士:2019/04/06(土) 05:49:34
[連投6]
でも、笹井さんは論文を通してやるのが使命です。査読者の言ってることを笑止というわけにはいきません。そんな態度ではリジェクトされてしまう。ご機嫌は取らないといけませんね。文責は笹井さんですね。実際にはESの実験しかしていないのに、本文ではESという言葉をSTAP幹細胞という言葉に置き換えたんです。その時にレトリックを駆使した。
<先行する研究では、内部細胞塊(ICM)タイプの多能性細胞は、JAK阻害剤で培養を処理することにより培養物から除去することができることを示した(拡張データ図5a,b)。>と書いていますね。<内部細胞塊(ICM)タイプの多能性細胞>ってESのことですね。注意深く読むと、直前のSTAP幹細胞を受けているのではないと分かりますよね。もしそうなら間違いになる。STAP幹細胞はICMタイプではありません。彼が微妙な作文をしていることに気づかれると思います。

845一言居士:2019/04/06(土) 05:50:24
[連投7]
そして、続く<対して、JAK阻害剤処置は、Fgf4誘導幹細胞培養のOct4-GFPの発現には実質的な影響を及ぼさなかった。(拡張データ図5c,d;コントロールとして拡張データ図5e,f参照)。どの多能性マーカー(図2j)や栄養膜マーカー(図2k)も実質的影響を被らなかった。>という文章も単独では嘘にはなっていないですね。宙に浮いたのは<STAP幹細胞の混入の可能性を排除できない>という文章で、この結末はどこにも落ちていないし、実験も示されていない。

846一言居士:2019/04/06(土) 05:51:58
[連投8]
先行する論文は参照文献で示されているが、この論文がレフェリーの言っているように、<Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibitor, >と主張しているかどうかは、我々が読んでも別問題だと分かりますが、笹井さんならもっと分かっているでしょうね。でもリジェクトされない作文が必要ですね。でも、そもそもそんなことしていいんでしょうかね。

847一言居士:2019/04/06(土) 05:52:41
[連投9]
学さんが先へ先へ進まれていることは承知しています。学さんらしく直感的表現で、<STAP論文を世に出すことの危険性を、なぜ、一流の学者たちが予想しなかったのか? >と問われた真意は分かっています。アーティクルのアブストの中に以下の文章があって、彼の内心の葛藤を漏らしたものと思っています。彼は万が一に備えて自分のことを告白しているんですよね。
>>
Thus, our findings indicate that epigenetic fate determination of mammalian cells can be markedly converted in a context-dependent manner by strong environmental cues.

848一言居士:2019/04/06(土) 05:53:20
[連投10]
この実験は2013/4/4以後に行われている。Ooboeさん。したらばでの桂報告書の35の間違いを思い出してください。スライドにある<RNA-seq(2013.1:最終)>は2013.6ですから訂正を要求しないといけないと申し上げた。本文には6月とあるのにここで1月としているのは間違いを装った虚偽である可能性すらあるとお気づきですか?もどかしいですが書き込み量制限があるので明日にします。以上です。因みに<以上です>が無いまま止まっているとき、私は書き込めない状態に陥っていると判断されてください。以上です。

849小野小町:2019/04/06(土) 06:51:21
あらまあ、<私は、FI細胞からの蛍光は残る事を示したと思います。>の本論に
入れないままなのね。

850一言居士:2019/04/06(土) 06:52:40
書き込み量制限があるから仕方ないね。続きは準備しとこうかな。

851地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/04/07(日) 07:31:01
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852在原業平:2019/04/07(日) 07:31:47
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

853小野小町:2019/04/07(日) 07:40:53
お気に入りは学さんのところが花盛りね。また、質問が来てるわね。
>>
> 一言居士さん

>ネイチャー第二レフェリーの査読

情報をありがとうございます。

この文章の全体はどこかのサイトでも読めるのですか?他のレフェリー分もあるのですか?
2019/4/6(土) 午後 8:06返信する

854一言居士:2019/04/07(日) 07:48:14
JAKiの問題を解明したくてあそこに行ってるんだけど、こんな質問に答え始めたら
制約文字数の無駄遣いだね。でも場を提供してくれていて、問題解決へのレールを
敷いてくれている人の質問に答えないわけにはいかないね。
>>
僕の持っている資料は事件発生当初吉村教授のブログでこんな流出論文が
ネット上に出回ってるぞと紹介されたPDFファイルのコピーで、査読文は
流出させてはいけないものだけど、それをPDFファイル付きで出回ってるぞと
知らせる行為は自分も流出拡散に協力していることなので変だなとは
思ってたよ。

855閲覧者:2019/04/07(日) 07:56:36
この吉村さんの名は後に遠藤論文の謝辞対象者に入っていたんで関係者と分かったんだね。
更に桃子の『捏造の科学者』が出版されて、この査読文を何人かの研究者に送ったのが
桃子だと分かった。302Pからだね。入手先は松崎さんか若山さん本人だろうね。
今ブログはリニューアルされていて存在してない。一時期サイエンスにも掲載されていた時期があるようだけど
これも今は見れないようだね。

856一言居士:2019/04/07(日) 08:01:08
PDFからの返還ソフトを持ってないので書き込み個所は自分でタイプしたものだ。
レフェリーは3人で、前半がアーティクル、後半がレターの査読。
取り合えず返事しとこうか。

857小野小町:2019/04/07(日) 08:02:18
待って。もう一つあるわ。
>>

> 一言居士さん
立て続けの質問ですみません。

>この実験ではGFP/BFP共挿入マウス由来のESが使われている。提供者は丹羽さんか笹井さんですね。
若山研にはないはずのESです。

これは、どこかに根拠があるのでしょうか?
若山氏はいろいろなESを保有していると思うのですが・・・。

>若山さんは記者会見で、レター論文には自分のところでは行えない実験が入っている言っていると述べていますが、ここのことですね。

学とみ子の勝手な想像で申し訳ないけど、幹細胞が登場する実験は、若山研究室での仕事かな?と思っています。つまり、小保方氏はFI細胞の実験はしていないし、できあがったFI細胞を細胞としてもらったと思います。だから、小保方氏は、mRNAを混ぜることなんてできないのです。
2019/4/6(土) 午後 9:54返信する

858ペリー・メイスン:2019/04/07(日) 08:04:52
整理しよう。
>>
①若山氏はいろいろなESを保有していると思うのですが・・・。
②幹細胞が登場する実験は、若山研究室での仕事かな?
③小保方氏は、mRNAを混ぜることなんてできない

859一言居士:2019/04/07(日) 08:47:16
時系列順序で整理したらわかるでしょう。
1.若山研でのFI-SC実験(2012年の春から秋)
2.第一回GRASへの試料提出(TS1:129B6F1CAG-GFP,FI-SC1:129B6F1 Acr-CAG-GFP<FI-SC1>)
3.笹井さんのレター論文完成(2013年の1月から3月10日)
4.第二回GRASへの試料提出(TS:なし,FI-SC2:129B6F1 Acr-CAG-GFP)
5.小保方さんによるネイチャーへのウェブ投稿(3月11日夜中)
6.ネイチャーからのリヴァイズ通知と第二査読者のKAKi検証アドヴァイス(4月4日)
7.小保方、笹井、丹羽各氏によるJAKi検証実験と論文加筆(4月5日以降)
8.第三回回GRASへの試料提出(2013年6月/TS2:CD1系統,FI-SC3:B6 Oct4-GFP+α)
9.第一回修正論文投稿(9月7日)
10.第二回リヴァイズ要請通知(10月3日)
11.第二回再修正論文投稿(11月13日)
12.第三回リヴァイズ要請通知(12月13日)
13.最終稿投稿(12月16日)
14.アクセプト通知(12月21日)

860閲覧者:2019/04/07(日) 08:55:23
①若山氏はいろいろなESを保有していると思うのですが・・・。
②幹細胞が登場する実験は、若山研究室での仕事かな?

JAKiの実験は査読者要請で時系列が違う。

③小保方氏は、mRNAを混ぜることなんてできない

<FI-SC3:B6 Oct4-GFP+α>はGOF由来FI-SCにGFP/BFP共挿入ESを10%混ぜた実験の
データではないかと申し上げている。

861小野小町:2019/04/07(日) 08:56:39
それでいいんじゃないの。投稿してきたら。

862一言居士:2019/04/07(日) 09:46:50
投稿してきたよ。
>>
[回答1]
>>学さん
>この文章の全体はどこかのサイトでも読めるのですか?他のレフェリー分もあるのですか?

お答え申し上げます。多分今からでは入手困難と思います。私は2014年の事件発生当初、慶応大の吉村教授のブログでこんな流出論文がネット上に出回ってるぞと紹介されたPDFファイルのコピーを保存しています。
これは流出させてはいけないものだが、それをPDFファイル付きで出回ってるぞと知らせる行為は自分も流出拡散に協力していることなので変だなとは思いながらも本物だということはすぐにわかりました。この吉村教授の名は後に遠藤論文の謝辞 に、<I would like to acknowledge Dr Akihiko Yoshimura, Keio University, who initially suggested on his website that NGS data could be evaluated by SNP analysis.>とあることで若山さん側の関係者だと分かりました。

863一言居士:2019/04/07(日) 09:48:15
[回答2]
また、流出させた張本人は須田桃子さんの『捏造の科学者』が出版されて、302P以降にこの査読文を何人かの研究者に送ったことが書かれています。コピーの流出元は若山さんか、調査資料として保持している理研の上層関係者しかありませんが、多分松崎さんだということはOoboe さんたちはよくご存じです。
今吉村さんのブログはリニューアルされていて査読文のコピーはそこに存在してません。一時期サイエンスにも掲載されていた時期があるようですが、それも今は見れないようです。私はPDFからの変換ソフトを持ってないので書き込み個所は自分でタイプしたものです。レフェリーは3人で、前半がアーティクル、後半がレターの査読コメントです。

864一言居士:2019/04/07(日) 09:49:22
[回答3]
加えてのご質問です。
①若山氏はいろいろなESを保有していると思うのですが・・・。
②幹細胞が登場する実験は、若山研究室での仕事かな?

JAKiの実験は査読者要請で時系列が違います。

③小保方氏は、mRNAを混ぜることなんてできない

上記御質問と合わせて以下の時系列をご確認ください。

865一言居士:2019/04/07(日) 09:50:24
[回答3]
1.若山研でのFI-SC実験(2012年の春から秋)
2.第一回GRASへの試料提出(2012年8月/TS1:129B6F1CAG-GFP,FI-SC1:129B6F1 Acr-CAG-GFP)
3.笹井さんのレター論文完成(2013年の1月から3月10日の間)
4.第二回GRASへの試料提出(2013年1月/TS:なし,FI-SC2:129B6F1 Acr-CAG-GFP)
5.小保方さんによるネイチャーへのウェブ投稿(3月11日夜中)
6.ネイチャーからのリヴァイズ通知と第二査読者のJAKi検証アドヴァイス(4月4日)
7.小保方、笹井、丹羽各氏によるJAKi検証実験と論文加筆(4月5日以降)
8.第三回回GRASへの試料提出(2013年6月/TS2:CD1系統,FI-SC3:B6 Oct4-GFP+α)
9.第一回修正論文投稿(9月7日)

866一言居士:2019/04/07(日) 09:51:07
(続き)
10.第二回リヴァイズ要請通知(10月3日)
11.第二回再修正論文投稿(11月13日)
12.第三回リヴァイズ要請通知(12月13日)
13.最終稿投稿(12月16日)
14.アクセプト通知(12月21日)

867一言居士:2019/04/07(日) 09:52:09
[回答4]
<FI-SC3:B6 Oct4-GFP+α>はGOF由来FI-SCにGFP/BFP共挿入ESを10%混ぜたJAKi検証実験のデータを小保方さんが公共データ登録したものではないかと申し上げているのが③の御質問への答えです。これを遠藤氏はTSのコンタミだとして、その根拠にSox21とElf5の発現があるからとしたことを私はそういう論拠は論理的錯覚だと申し上げたんです。Sox21とElf5はどんな条件下でもTS以外からは発現しないのか。Sox21はいろんな細胞からでていることをTs.Markerさんが示しています。Elf5はどうなんですか。誰も調べてない。遠藤さんも調べていませんね。非論理だと申し上げている。とりあえず以上ですが、私のこの件に関する疑義は続きます。もうちょっと書けそうですが危ないので明日にします。

868イェイ:2019/04/07(日) 14:43:10
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869在原業平:2019/04/07(日) 14:44:46
小町ちゃん、コーヒーね。ヴォランティアでクタクタだよ。

870小野小町:2019/04/07(日) 14:46:28
朝、Ooboeさんからも連絡があったわね。
>>
「あの日」若山氏描写記述によるStapキメラの作製成功パートナー説
「ipsよりすごいものを作った」
「ips研究のような大型予算を」
と繰り返す若山氏の様子の記述は、ノーベル賞に匹敵する成果を達成した
との強い胸中の発露でしょう。
小保方スフェア核使用のキメラ作製や
胎盤寄与程度とはレベルが違いすぎる、歴史的生物学的成果の興奮と、
パートナーの解釈です。
小保方スフェアによるStapキメラ作製成功でないと、歴史的生物学成果の興奮とはならないでしょう、
2019/4/6(土) 午後 6:16[ Ooboe ]返信する

871一言居士:2019/04/07(日) 14:52:49
0oboeさん、誤解があるようです。
>>
①小保方スフェア核使用(ntES)のキメラ作製
②胎盤寄与
程度とはレベルが違いすぎる、歴史的生物学的成果の興奮

①は出来て当たり前です。STAP細胞から本当にキメラができたら大発見ですが、ntESのキメラは日常茶飯です。
②はもし本当ならSTAPキメラであったも、ntESキメラであっても大発見なんです。


混同しないでくたぜさぃ。

872閲覧者:2019/04/07(日) 14:55:12
胎盤が光ったのが本当ならiPSよりESより受精卵に近くリプログラムされている
ということになるんだよね。

873小野小町:2019/04/07(日) 14:55:52
貼ってきてよ。

874一言居士:2019/04/07(日) 15:06:51
今貼ってきたよ。

>>Ooboeさん、
パートナー氏に誤解があるようです。
>>
①小保方スフェア核使用(ntES)のキメラ作製や
②胎盤寄与
程度とはレベルが違いすぎる、歴史的生物学的成果の興奮

①は出来て当たり前です。STAP細胞から本当にキメラができたら大発見ですが、ntESのキメラは日常茶飯です。②はもし本当ならSTAPキメラであっても、ntESキメラであっても大発見なんです。①の珍しくもないことと②の大発見を同列において混同なさらないでください。胎盤が光ったのが本当ならiPSよりESより受精卵に近くリプログラムされていることになるんです。これからその問題を論じることになります。以上です。

875在原業平:2019/04/07(日) 21:51:35
うーん、ヴォランティア忙しすぎ。

876小野小町:2019/04/07(日) 21:54:33
学さんはまたあしらい芸でお遊びね。あなたが次を投稿してあげないから。

877在原業平:2019/04/07(日) 21:56:31
僕は事件の真相を解明したいだけだ。あらかじめ決められた結論はないからね。
尤ももうntES以外にすべての情報を整合させる仮説は無いと分かってる。

878一言居士:2019/04/07(日) 21:57:58
答えが見えてるからと言ってすべての細かいところが分かっているわけでもないな。

879閲覧者:2019/04/07(日) 21:59:02
だからこそ学さんのところで知恵を借りたいんだよな。

880在原業平:2019/04/07(日) 22:01:29
知恵を借りたいのになんか主客転倒しているな。こっちに得るものが無い。
学さんはリードはうまいんだけどな。ほんとはブログが賑わえばいいなんて
ところが見えないことはない。

881小野小町:2019/04/07(日) 22:02:13
そうかなあ。ほんとにある派じゃないの?

882在原業平:2019/04/07(日) 22:04:28
キメラはスタンダードな意味ではできないから酸浴細胞は多能性細胞ではないよ。
現に今でも本人にできなかった。ただあの細胞が何かは分かってない。

883小野小町:2019/04/07(日) 22:08:09
2011年から2012年にかけてキメラが作られたのは動かないわね。
それが誰が何をしたからできたのかということね。再現実験でできなかったんだから
以前のは若山さんが何かしてキメラができてのか、小保方さんがESコンタミで
若山さんにキメラを作らせたのかという単純な二者択一問題なのね。

884一言居士:2019/04/07(日) 22:12:12
Ts.Markerさんも考えてくれているけどな。
>>
「論文のデータとして使用された細胞には、若山研にいた頃に若山先生からChIP(クロマチン免疫沈降)は行ってもいいが、シーケンサーによる解析は行わないように指示が出されていたものがあった。ChIPの実験では特定のタンパク質の発現しかわからないが、シーケンサーによる解析を行えば、その細胞の由来などが詳細にわかる。「なぜだろう」という疑問を持ちながらも、当時は指示にそのまま従っていた。後に次世代シーケンサーの公開されたデータについても疑義が挙がる。」(あの日 127~128P)
Tru-seq FI-SC3 3回目2013年6月 のことだろう。 再シークエンスしたのは、Letter追加実験のOct4-FI-SCのES-Like Cellの残存という結果に近い系統樹になるには、CTSは合わないしな。CTSのES-MARKER-GENEの発現は微弱になっているようだから。
いずれにしろ作成者はシーケンスしゲノムが読まれると「まずい」と考えていたんだろうな。しかし、Tru-seqのデータは公開された。
2019/4/7(日) 午後 6:57[ Ts.Marker ]返信する

885閲覧者:2019/04/07(日) 22:17:52
え? シーケンサーによる解析は行わないように指示が出されていたのは8月の分でしょ。
6月の解析とは無関係だけど?
作成者はシーケンスしゲノムが読まれると「まずい」と考えていたというのは8月の分だよな。
6月の分に何かやらかしたということ?

886閲覧者:2019/04/07(日) 22:21:09
Tru-seqのデータは6月だよな。

887ドクター・ワトソン:2019/04/07(日) 22:22:08
Oct4-FI-SCは6月だ。

888ドクター・ワトソンシャーロック・ホームズ:2019/04/07(日) 22:23:02
ES-Like Cellの残存?

889ドクター・ワトソン:2019/04/07(日) 22:23:54
ホームズ。なんだ君。

890社ナーロック・ホームズ:2019/04/07(日) 22:24:36
うーーーん。ややこしい。

891小野小町:2019/04/07(日) 22:28:25
ノムが読まれると「まずい」?

892小野小町:2019/04/07(日) 22:29:21
ノム→ゲノム

893在原業平:2019/04/07(日) 22:36:53
若山さんはOct4-FI-SCのゲノムを読まれるとまずいと思っていたという意味だね。
ところがJAKiの検証で提出されたデータはOct4-FI-SCの分だった。これは困るデータになってると。

894一言居士:2019/04/07(日) 22:41:43
困るというのは? そもそもOct4-FI-SCは無いと若山さんは主張しているんでしょ。
ゲノムを読めばOCT4-GFPがあるか無いかはすぐわかるけど、それは桂調査が
あえてやらなかったことだというのは既に我々は指摘しているよな。Oct4-FI-SCであるかないか
なんて問題が困るということではないはずだけど。何が困ると言ってるのか。

895一言居士:2019/04/07(日) 22:43:04
ゲノムを読まれて困ることだな。何かな。我々に言わせればそれはntESであることが
分かるからということのはずだんだけど。

896小野小町:2019/04/07(日) 22:45:52
ヘテロプラズミーはダメだったわね。何かしらね。

897閲覧者:2019/04/07(日) 22:48:29
Oct4-FI-SCのゲノムを読まれたくなかったのに6月のJAKi検証データの登録で
読まれてしまっていて、GFP以外に困ること?

898一言居士:2019/04/07(日) 22:50:09
若山さんはOct4-FI-SCに関して何をしたことを隠しておきたかったのか?


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