ペーパー一枚への道　その1

1：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/11(月) 00:00:59: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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665：一言居士：2019/04/01(月) 10:12:36: 最初はヴァカンティの特許仮申請だね。あれはコンタミだったようだという
言い訳ストーリーを考えて、小保方さんに渡されたマウスがホモであるとにおわせた。
その後、そのホモマウスで胎盤実験とFI幹細胞実験をして、コントロールESとTSを作った。
更に8月にはAC129の実験でそれをコンタミしたとしているが、この時の実験はキメラができていて
小保方さんはローザだと思っている。AC129は後から作られたものかもしれないんだ。というのも
FLS-TとこのAC129は若山さんが山梨で持っていたコントロール株なんだよね。
666：小野小町：2019/04/01(月) 10:13:57: AC129は山梨で作られて、後に理研に戻された可能性があるのね。木星リストの
謎となっていたところね。
667：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/04/02(火) 07:06:23: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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668：在原業平：2019/04/02(火) 07:07:35: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
669：小野小町：2019/04/02(火) 07:35:33: お気に入りはDORAさんが復活、楠本さんが会計試料アップ、学さんはとうとう私たちの
今の問題の核心部においでになったわね。Ooboeさんは返事の催促よ。
670：一言居士：2019/04/02(火) 07:44:22: 一度に大量投稿できないんだよな。とりあえず順番だから、今日はOoboeさんへの
返事を投稿しよう。昨日までの分を整理しよう。
671：一言居士：2019/04/02(火) 08:57:42: 貼ってきたよ。
[連投1]
>>楠本さん、Ooboeさん
>自分は全くのど素人なので・・・
>どれが漏れ出し画像なのかがよくわかりません・・・

Ooboeさん、お久しぶりですね。一度に大量投稿するとスパム的なものと機械が判断するようです。1,2日間書き込めなくなるので、一日の投稿量を自粛しています。
お問い合わせの漏れ出しの原理は分かっていません。世界中で誰にも分っていないという意味です。ニュートンは人間の知っていることは浜の真砂の一粒に過ぎないという意味のことを言っています。丹羽さんが初めて見つけましたが、理研での検証目的が違うので、原因究明はされないままに事実報告をされただけです。分かったと言ってる人は今のところ私は知りません。ただ、GOFマウスを設計した人は心当たりがあって報告されているか、何か調査中なのかも知れませんね。
672：一言居士：2019/04/02(火) 08:58:41: [連投2]
まず最初に自家蛍光についてですが、死細胞は自家蛍光を発します。自家蛍光は死細胞だけではありませんが、今は死細胞だけに絞りましょう。次に当たり前ですがGFPは緑色にしか蛍光しません。そして自家蛍光は様々なスペクトルを出すということです。緑色に蛍光している蛍光顕微鏡映像を赤色フィルターに切り替えたとき、何も蛍光してなかったらもとの緑色蛍光はGFPの蛍光です。もし、赤色蛍光がでていたらそこには自家蛍光が含まれているということですね。
注意すべきは"含まれている"のであって元の緑色蛍光像にGFPの蛍光が無いということではありません。その識別はフィルター切り替えだけでは不能です。必要ならPCRでGFPの人工遺伝子の発現もしくは、免染でGFP蛋白質の存在を確認しなければなりません。
673：一言居士：2019/04/02(火) 08:59:46: [連投3]
更に、注意すべきは死細胞は自家蛍光を発するが、死にかけの細胞は自家蛍光は発しません。以下は根本さんの紹介している有志の会の記事です。
>>
理研の広報室に自家蛍光の特徴を聞くと「死滅発光はだいたい一時間から三時間くらい。」との事

論文に添付されているライブセルイメージング編集動画において、3時間というのは30分インターバルの方で6コマ分なんですが、一秒間のコマ送りはほぼ9コマです。自家蛍光はその都度1秒間以内で消えているんです。マクロファージが掃除してしまうんですね。マクロファージは酸浴に強いみたいですね。
674：一言居士：2019/04/02(火) 09:00:31: [連投4]
死にかけてるということはまだ生きているということです。そしてここでも注意すべきは、死にかけの細胞はOct4遺伝子を発現しOct4蛋白を作ることがあると言われていますが、これ自体は自家蛍光ではないということです。今、自家蛍光とGFPの話をしています。混同しないでください。GFPの蛍光と、内在性Oct4の発現もしくはOct4蛋白の発現を区別しましょう。
緑色蛍光に関して、以下の現象がありうるわけです。
①GFPのみの発現
②GFPの発現と自家蛍光の混交
③自家蛍光のみの発現
④丹羽氏発見の"常時"5から10%のGFP漏れ出し
675：一言居士：2019/04/02(火) 09:01:24: [連投5]
①は赤が無ければGFPの蛍光ですが、④が常時あるということです。②と③は見ただけでは区別できません。④こそ、誰もが騙された当時未知のアーティファクトだったということです。
ここでもっと重要なことを確認しなければなりませんね。①だったからと言ってSTAP細胞が多能性細胞であるということには全然ならないということです。ES細胞は常時Oct4を発現しています。多能性維持のために不可欠な蛋白質だとされているんでしょ。でもOct4が発現したら、それは多能性細胞なのか。逆は真ではない。
STAP細胞が多能性細胞とされたのは遺伝子発現解析によるのではありません。若山さんがキメラを作って、スタンダードな方法でできたと言ったまま、それが一度も真実を告げられないままに論文化され、笹井さんの信用力でネイチャーに通ってしまったからです。キメラができたから多能性細胞なんです。
676：一言居士：2019/04/02(火) 09:02:19: [連投6]
沢山の人々が無意識にか意図してか、遺伝子解析結果から結論を導こうとしていますよね。これはレター論文を一から一言一句リヴァイズした笹井さんですら陥っている錯誤です。無論、笹井さんと丹羽さんの場合は、キメラができているという大前提があっての錯誤です。その証拠に手記127Pに丹羽さんの「浅い解析」という言葉が書き留められていますね。どうしてそんな「浅い解析」を放置できたか。若山さんがキメラができていると言ってるからです。その根本が動かない限りは遺伝子解析は後にちゃんとやればいいという判断になる。でも、キメラはスタンダードな意味ではできていないということだったらどうなるでしょう。
もし、レター論文の遺伝子解析結果だけでこの細胞は多能性細胞だなんて主張したら物笑いの種でしょう。若山さんはスタンダートな意味でできてないことを知ってるから、こんな論文は通るはずがないと思っている。他の人々はキメラはスタンダードなプロトコルに従ってできている。だからそれが通らないのは論文の書き方によるのだと思っている。
677：一言居士：2019/04/02(火) 09:03:23: [連投7]
本当はキメラを何べんでも作って見せたらいいだけじゃないですか。それが実証科学というものだ。でも、書き方が悪いから通らないとされたら、通せと言われた人々はキメラ作成以外で査読者に疑われているところを掘り下げて説得するしかない。そんなことで論文が通ったら変でしょ。だから若山さんは通らないと思っていた。あるいは通らないことを祈ってたかもしれませんね。でも通ったんですよ。笹井さんと丹羽さんのクレジットが加わったからです。
もう書きすぎてますね。次回にしましょう。Ooboeさんの私の論考に関するご理解はほぼその通りです。以上です。
678：小野小町：2019/04/02(火) 11:24:48: 明日、貼る予定のもここに置いといてよ。
679：一言居士：2019/04/02(火) 11:25:34: [連投8](昨日の続きです)
>>楠本さん、Ooboeさん

加えて、後の丹羽論文が発見した小保方細胞に関する新知見は、GFPの発現とは離れて、一回の実験で約30個のスフィア塊ができ、ひとつの細胞塊が約千個の細胞で構成されているとして、30000個の細胞総数ですが、その中で内在性Oct4遺伝子の発現量は、スフィア塊30個の20%、すなわち6個のスフィア塊の中に散在し、細胞個数に換算して6から12個分だということです。
小保方さんはハーヴァード時代に一回にこの30個程度のスフィア塊をたくさん作り、ひとつづつシャーレで培養してそのなかの20個に一つ50個に一ついう確率で三胚様分化を導きました(手記53P)。この結果は丹羽さんのPCR検証結果と一致していますね。このハーヴァード時代の細胞が何であったかはまだ分かっていません。小保方さんは震災がなかったらその研究を進めていたことでしょうね。
680：一言居士：2019/04/02(火) 11:26:48: [連投9]
若山さんは真実を語るべきチャンスを逸してしまった。それは竹市さんが小保方さんをURLにしたらと言ったからですね。竹市さんには罪はありませんが、若山さんにも罪はないでしょう。これって仏教の言うところの縁起ですよね。利害関係者らしいオホホ・ポエムに以下のようにありますね。
>>
「世に倦む日々の人、竹市のこと信用してたのね。御愁傷様」
「竹市は本件をここまで深刻にした張本人です」
「ＣＤＢの小保方擁護筆頭、未だに現実を受け入れられない。今日も相澤研までわざわざ小保方に会いにいっちゃったり」
「もうホント馬鹿じゃないかと」
「で、細胞の調査をすることには絶対反対ね。認めてもしぶしぶ。ＣＤＢは５月末になってからやっと細胞の調査を始めた」
「けれど、若山にプライマーの配列聞いてたから、一瞬で元のＥＳが同定ｗｗｗ」
681：一言居士：2019/04/02(火) 11:27:28: [連投10]
情報は寺下さんからも入るんですね。無論寺下さんは若山先生方と単なる電話での会話をしているだけですね。それだけで情報は伝わる。ここまでで何もとりたてて世間を騒がせるようになる要素はなかったところに、竹市さんがたまたま倫理委員会の席上で興味を持っていたところに、西川さんから小保方さんが米国に帰ったという話を聞いてURLに採用したらといったことが、オホホ・ポエムが<「竹市は本件をここまで深刻にした張本人です」>と言っている真意でしょうね。本音がでてますね。でも、因縁ですよね。倫理委員会で検討されたのは若山さんが自分の血液でSTAP細胞を小保方さんに作らせたことが機縁ですよね。因果は巡る。西川さんが最初に理研を辞任したのもこのURLの契機を作ったことが後ろめたかったんでしょうね。無論、こういうのは偶然に過ぎない。躓いたのは道端にあった石が悪いのかに類した話にしかならない。
682：一言居士：2019/04/02(火) 11:28:39: [連投11]
手記239Pに相沢さんが小保方さんに対して「身から出たサビだ」というくだりがあります。小保方さんは再現実験中に相沢さんのチームに所属していて、相沢さんは大学の大先輩だということもあっていわゆるベイビーシッター役を仰せつかっていますから、小保方さんから今までの経緯を聞いていて、気づくところがあったんではないですか。孫くらいの年の差です。
ここはどんな経緯なのかの調査がありませんから一方的な言い分だけを強調するのはよくないかもしれませんが、若山さんは総じてずっと小保方さんに対して優しいですよね。人に対して優しくて、相手のわがままに対して宏量の人ほど一旦憤ると内心収まりませんね。こういう人は我慢強いので本心を表情や語気に出したりはしませんよね。
683：一言居士：2019/04/02(火) 11:29:32: [連投12]
こういう話は巷にあふれていて珍しくもない話ですが、そういう下世話なことも考えておかないと事件の全体像はつかめないかもしれませんね。
追い詰められて仕方なかったとはいえ、若山さんは用心のためにサンプルの中身を入れ替えています。この入れ替えが無いということが証明されていたら犯人は小保方さんですよ。その意味では桂チームの細胞の由来に関する解析結果は見事なものです。ただ、入れ替えがなかったことが一切証明されていないばかりか、理研はそれに関する問い合わせに対して言を左右にして答えませんから、この解析結果はA=Aだという馬鹿げた結果しか意味し得なくなっているんです。
684：一言居士：2019/04/02(火) 11:30:22: [連投13]
入れ替えは一方的に若山さんが悪い。でも、相手は自分に対してあんなことしたやつだよということになるでしょう。万が一論文が通ってしまって、捏造だと騒がれたときはどうするのか。キメラは自分がntESで作ってしまっている。これはESコンタミだったと言い逃れるしかないですね。よく小保方さんに対してそんな冷たいことができるなと思う人は、では小保方さんが若山さんに対して何をしたかを思い出さないといけませんよね。だからああいう下世話なことも考えておく必要があるわけです。
若山さんは本心では論文が通らずにうやむやになることを望んでいたと思います。でも、内偵させていることにもなっている小保方ラボの寺下さんから論文は通りそうだと聞いていますよね。
685：一言居士：2019/04/02(火) 11:31:13: [連投14]
2013年8月に笹井さんにレターの件をむにゃむにゃと話したが、理解してもらえなかったということで、笹井さんにも責任著者の一人になってもらって、いよいよ通ったらもう捏造論文だとして取り下げ方向にもっていくと決めて、11jigenにもリークしておいたということで、だから記者会見発表後すぐに大騒ぎになったわけです。
では若山さんはいつからそんな準備をしていたのか。最初はヴァカンティの特許仮申請ですね。あれは何かのコンタミだったようだという言い訳ストーリーを考えて、小保方さんに渡されたマウスがホモであるとにおわせた。ヴァカンティに対してはキメラができたのはコンタミだったと説明し得るようにするためですね。これはFLSのジャームライントランスミッション実験で、キメラの成長を待って行いますから5月から6月頃です。
686：一言居士：2019/04/02(火) 11:32:06: [連投15]
ネイチャー論文ではマウス背景はGFPに関してヘテロだけしかありません。小保方さんはホモであった可能性を若山さんからにおわされて試料ラベルに+/-表示をしていますね。でも、実際はヘテロに結果が来たんですから論文にヘテロ表示しているだけです。ではホモであったということはいつ分かったのかというと、事件後の若山記者会見の席上です。僕のマウスはホモだったと言い出した。それならどうして論文を早く修正させなかったのかと言いたくなりますよね。責任著者でしかも実験の実行者じゃないか。
論文原稿も修正させず、ジャームラインがヘテロに来たと小保方さんに口頭でいっただけで事件化するまで何も言わなかった。なぜか。この言い訳は小保方さんが山梨についてきてくれていたらヴァカンティにする予定だった言い訳だからです。竹市さんが小保方さんを論文ごとURLにして奪い去った後にする予定だったものではないが、もはやそれしか道が無くなっていたんですよ。
687：一言居士：2019/04/02(火) 11:33:06: [連投16]
その後、そのホモマウスで胎盤実験とFI幹細胞実験をして、コントロールESとTSを作った。更に2012年8月にはAC129の実験で小保方さんがそれをコンタミしたとしているが、この時の実験は小保方さんはキメラができていてローザだと思っている。AC129は後から作られたものかもしれません。というのもFLS-TとこのAC129は若山さんが山梨で持っていたコントロールES株129B6F1ES-1で作られている。AC129は山梨で作られて、後に理研に戻された可能性があるんですね。木星リストの謎となってDORAさんが疑義していたところですね。以上です。私は先頭のJAKiのスレッドに行きます。こここそ、私の本当に知りたかったところなんです。
688：小野小町：2019/04/02(火) 11:37:20: なるほど、じゃ、JAKiの原稿作ってよ。
689：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/04/03(水) 07:34:31: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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690：在原業平：2019/04/03(水) 07:39:08: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
691：小野小町：2019/04/03(水) 07:40:03: 学さんがどんどん先に行かれてるわね。
692：一言居士：2019/04/03(水) 07:42:41: 楠本さんとOoboeさんへの返事の残りは貼り付けてきたよ。後ろに付け加えた。
>>
学さんにお願いですが、あまりどんどん先に進まないでください。私は応答するのに
書き込み量制限があるんです。以上です。明日JAKiのスレッドに行きます。
693：小野小町：2019/04/03(水) 07:44:02: あら、予告してるのね。じゃあ、早く原稿用意しないと。
694：デラ・ストリート：2019/04/03(水) 07:45:57: 学さんは画像を取り込んでくれているから説明しやすいわね。配慮してくれてるのよね。
>>
下に示したExtFig5は、常にBFP(青蛍光）が光り、かつOct-GFP（緑蛍光）が光るように作ったESを、1/10量でFI細胞の上に加えて、JAKiの影響を見た実験です。
JAKiが無い状態（左）では、ES細胞はOct-GFP（緑蛍光）を発現しているが、JAKiを入れる（右）と、ES細胞由来のOct-GFP（緑蛍光）が発現しなくなる結果が示されています。
695：一言居士：2019/04/03(水) 08:05:34: 桂報告書に以下のようにある。

>>
FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、
もう 1 種類が論文に採用されたOct4-GFP挿入を持つB6ホモ系統由来データに10%程度の別細胞(CD1の可能性が高い)由来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。
696：閲覧者：2019/04/03(水) 08:09:44: 我々は<Oct4-GFP挿入を持つB6ホモ系統由来データに10%程度の別細胞
(CD1の可能性が高い)由来データが混じったもの(FI-SC3)>こそ、この
BFP-ESを使った実験の試料データではないかと言ってるんだけどね。
これは遠藤さんがTSが1割程度混じっていると言った分だよね。
697：一言居士：2019/04/03(水) 08:15:12: 桂報告はTSであるとは言ってないんだ。CD1が10%だと言ってて、同時にスライドの表では
TSがCD1であることと並べられていて、両方を考え合わせるとTSであることを示唆している形になってるが、
決してあからさまには言ってない。対して、遠藤論文ではTSが1割程度混じっていると述べている。
その根拠こそがTS特異的マーカーたるSox21とElf5の発現があるという根拠になっているんだよな。
そしてSox21はTS以外にも発見するということはTs.Markerさんが事実証明している。
ではElf5はどうか。誰も調べてないね。
698：一言居士：2019/04/03(水) 08:23:35: 発見→発現

遠藤さんの論文記載は以下だ。
>>
the FI‐SC population originated from two cell types: ESC‐like cells having a B6 genetic background and TSC‐like cells having a genotype similar to that of CD1
699：ドクター・ワトソン：2019/04/03(水) 08:39:05: TS特異的遺伝子はTS細胞の中で重要な働きをしている遺伝子という意味でしょ。
TS細胞以外では発現しないという意味ではない。遠藤論文は単に論理がおかしいだけだね。
TSである証拠になってない。ESでもあり得るんだよ。なぜESを調べないのか。
BFPの人工遺伝子が発現しているからRNAの全解析したらTSかGFP/BFP-ESか
すぐわかるはずだけど、それは行わないんだよな。
700：小野小町：2019/04/03(水) 08:41:18: 遠藤さんは、「舐めてますね」とか「真綿でじわじわと」とか言う人でもあるのね。
701：在原業平：2019/04/03(水) 08:46:00: 小保方さんは若山さんを怒らせちゃったんだと思うよ。遠藤さんは若山さんの
説明に共感してこういうことをやってるんだよ。アクロシンを発見する
ストーリーはとても不自然だよな。小芝居の類だ。NHKの放送に登場した
大日向さんもそうだよな。「ワンツーナインではありません」って、
再現芝居じゃないか。何をやってるんだということさ。
702：シャーロック・ホームズ：2019/04/03(水) 08:52:46: Extended Data Figure 3-bのヒートマップの下から1/3くらいのところに
POU5f1がある。Oct4の別名だけど、ESに濃く出ているけどSTAPはいうに及ばず
CD45にも出ているよね。これを見ても、Elf5が出ているからTSだなんて論理は
馬鹿げたものだと分かるでしょ。
703：ドクター・ワトソン：2019/04/03(水) 08:55:02: POU5f1が出ているからCD45はES細胞だと言ってるのと同じなんだよな。
704：一言居士：2019/04/03(水) 09:03:41: こんな論理で博士なんて笑わせるよな。日本の博士レベルってこの程度なのかな。はは。
705：小野小町：2019/04/03(水) 09:05:10: そんなことないわよ。まともな論理で論文書かないとバスできないはずよ。
遠藤さんは博士さんよ。
706：閲覧者：2019/04/03(水) 09:06:03: まともな論理思考ができるのにこんな論文を書いたというのは変だね。
707：ドクター・ワトソン：2019/04/03(水) 09:07:50: そういう変な論理を専門用語でカモフラージュしながらあたかも真実であるかのように
一般社会にまき散らす行為をスピンというね。
708：シャーロック・ホームズ：2019/04/03(水) 09:10:39: そういう博士さんのことを米国ではスピンドクターというと、ジャーナリストの
上杉さんが日本に紹介した用語だね。
709：在原業平：2019/04/03(水) 09:17:11: 日本では御用学者という伝統的用語があるけど、少し意味がずれてるかな。
やってることは同じだけどね。子供相手のたぶらかしだね。上から目線なんだけど
世間の大人から生暖かい目で見下されている。
710：小野小町：2019/04/03(水) 09:17:51: 生暖かいのね。
711：在原業平：2019/04/03(水) 09:19:24: 昔から目くら千人、目明き千人というからね。必要なことでもあるんだな。
だから生暖かいのさ。
712：在原業平：2019/04/03(水) 18:58:13: 小町ちゃん、ジンライムね。釣れない。鯉の入り食い。90センチ近いのもいたよ。
竿の腰が抜けちゃうよ。買い直したばかりだと言うのに。
713：小野小町：2019/04/03(水) 18:59:03: どうして宙で釣らないの?
714：在原業平：2019/04/03(水) 19:00:51: 宙に来るなら苦労はないよ。昼間釣ってるからね。全部掛けて痛い目に合わせてやると
フナ系が来るかもというような場所なんだよ。
715：小野小町：2019/04/03(水) 19:03:28: ハリスを細くすると痛い目に合わせたことにならないのね。そんな場所で釣らなきゃいいのに。
716：在原業平：2019/04/03(水) 19:05:41: 人が釣らないそんな場所で釣って見せるという目標の立て方もあるのさ。ここで釣るという。
717：小野小町：2019/04/03(水) 19:08:26: STAP事件便所の落書きシリーズみたいね。ふふ。物好きな話ね。
718：開高健：2019/04/03(水) 19:09:24: 趣味って物好きだよ。小町ちゃん。
719：井伏鱒二：2019/04/03(水) 19:15:05: どんな道にも一隅を照らす人たちっているんだよな。そういう人たちって
とてつもないんだな。スポーツで言うと世間はオリンピックしか知らない
というようなレベルだね。釣りでもとんでもない人たちがいるね。そういう
人たちって表には絶対に出てこない。ヘラ釣りだと50上200枚なんて人ね。
720：小野小町：2019/04/03(水) 19:22:28: たかが魚釣りなのにね。
721：在原業平：2019/04/03(水) 19:25:46: たかが魚釣りなんだけど、世間の人ですでに50上200枚釣られていることを
知ってる人は少ない。皆一生に一枚を目指している。
722：一言居士：2019/04/03(水) 19:28:39: 世界は深いほど飽きが来ないね。
723：小野小町：2019/04/03(水) 19:31:18: あのねさんの質問を見落としてるわ。
>>

> 一言居士さん

>若山さんがキメラを作って、スタンダードな方法でできたと言ったまま、それが一度も真実を告げられないままに論文化され、笹井さんの信用力でネイチャーに通ってしまったからです。

一言さんは、若山氏の、小保方さんに真実を告げられないままの論文が笹井さんが入る前、NatureやScienseに投稿していた時点で仮にリバイスされることは若山氏の中に微塵もなかったとの認識ですか？
2019/4/2(火) 午後 9:45[ あのね ]返信する
724：一言居士：2019/04/03(水) 19:35:11: リバイスと言ってきたら、あれはコンタミだったと言って、自ら取り下げればいい。
そもそも通るなんて思ってないね。若山さんにとって予定外だったのは、山梨大で
僕の助手でと言ったら二つ返事になると思っていたことだろうね。
725：小野小町：2019/04/03(水) 19:40:49: 若山さんは人事異動の守秘義務が解ける翌年になるまで小保方さんを引き留めるために
キメラができたよと嘘をついたのよね。で翌年戻ってきたときに、僕の助手から始めてねと
プロポーズしたら、考えときますと言われたのね。ズッコケルところね。
726：一言居士：2019/04/03(水) 19:43:43: まあ、そんな言い方はしないだろうけど、論文が出るまではヴァカンティ先生のラボに
所属していないといけないんですと答えたろうね。
727：小野小町：2019/04/03(水) 19:46:05: 結局、最終的にはヴァカンティのところに帰っちゃったくせに。
728：在原業平：2019/04/03(水) 20:06:20: これって結構失礼だよね。世界の若山だからね。耳マウスのヴァカンティと
比べるのかということになっちゃってるんだよな。本人は全然気づいていないんだけどね。
729：小野小町：2019/04/03(水) 20:13:50: ヴァカンティは単なるメディカルドクターに過ぎないのよね。細胞生物学の分野に関して
若山さんと比較するのも失礼なくらいなんだけど、なんか小保方さんって変にうぶで
世間常識がない。若山さんは別にヴァカンティを馬鹿になんかしてないんだろうけど、
小保方さんの選択は若山さんのプライドをいた傷つける行為なのね。でも若山さんは
小保方さんが分かってないことを知ってるから別にそれを怒ったりはしないのね。ただ、
惚れこんでいて、自分のラボに来た方がいいぞと信じてんのよね。それは何か親心的な
ものまであるのね。
730：在原業平：2019/04/03(水) 20:18:16: 米国社会はドライだからね。特に外国人だとよほど能力がないと認められていくのは
大変だからね。親心的にも自分のところにおいでという気持ちはあるだろうね。
731：小野小町：2019/04/03(水) 20:22:17: ところが、そこは若山さんの考え違いもあるんでしょ。小保方さんは岡野、大和、そして
ヴァカンティという系譜の中にあって、小保方さんは最終的にはTWINsの教授になっていく
コースが普通なんでしょ。若山さんは謂わば横恋慕した形なのよね。
732：一言居士：2019/04/03(水) 20:32:00: まあ、この点に関しては我々は小保方さんに対して厳しいけど、あえて彼女のために弁明すると
彼女は間に挟まれてどうしていいかわからなくなってヴァカンティのところに帰ったんだね。でも、
どうしていいかわからなくなった時に帰った先はヴァカンティのところだったということだ。
賽は投げられている。
733：小野小町：2019/04/03(水) 20:40:12: 若山さんは理解したんじゃないのかしら。
734：一言居士：2019/04/03(水) 20:43:02: たぶんね。でも理解したで済まないことになっていくんだよ。小保方さんは
理研のユニットリーダーになった。ヴァカンティのところに居ればいいのに、
理研に採用された。しかも自分の行った幹細胞化実験を携えて。
735：閲覧者：2019/04/03(水) 20:45:35: ntES化して作られたキメラはスタンダードに作られたということになっている
ままだね。山梨に来てくれたら真実を告げる予定だったけど、来ないままで、
論文はそのまま笹井さんが引き継ぐ。大変だね。
736：一言居士：2019/04/03(水) 20:47:27: 今更、リクルートための嘘がこんなことになってしまったと打ち明けられないね。
737：小野小町：2019/04/03(水) 20:49:19: どうしてもっと早くに本当のことを言わないの?
738：閲覧者：2019/04/03(水) 20:54:40: 言うと小保方さんは自分の研究には関心を持ってくれないと思ってるんだね。
何とか自分の研究に引き込みたいんだね。自分の研究のブレークスルーをやってくれると
期待して惚れ込んでるんだよな。どこかで山中さんがノーベル賞を受賞したことに
対する挫折感があって、小保方さんに期待している。小保方さんは当時輝いていたんだよな。
739：ドクター・ワトソン：2019/04/03(水) 20:59:04: 幹細胞化の実験を一緒にやってたのに突然帰ってしまった。山梨に連れて帰ろうという予定で
行動していたのに突然それは無しという賽が投げられた。突然なんだよな。
説明する暇がないね。彼女は突然RULになって論文ごと理研にさらわれたんだな。
740：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/04/04(木) 03:14:44: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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741：在原業平：2019/04/04(木) 06:05:16: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
742：小野小町：2019/04/04(木) 06:06:02: お気に入りは変化なしよ。
743：一言居士：2019/04/04(木) 06:08:01: 今学さんのところに原稿貼り付けてきたら、連投6まででリジェクトされた。ここには多分
時間をおいてももう書き込めないんだよな。明日やってみてダメだったら最新のスレに書き込むしかないな。
744：小野小町：2019/04/04(木) 06:08:53: 一応ここに記録しといてよ。
745：一言居士：2019/04/04(木) 06:09:39: [連投1]
>>学さん
素晴らしい場を提供していただいて本当に感謝します。まず確認しなければならないことは、この実験は若山研で行われたものではないという事実ですね。Extended Data Figure 5-a,bの写真はOct4-GFPですね。小保方さんはOct4-GFPのESを若山研で入手はしていませんね。小保方さんが持っているのは学生が作って小保方さんがもらったと言われているOct4-GFPのntESです。さらにExtended Data Figure 5-e,fに使われているGFP/BFP共挿入マウスのESも小保方さんは若山研では入手していません。提供者は丹羽さん、もしくは笹井さんですが、ほぼ丹羽さんだと思われます。というのは公共データ登録されているTSはマウス背景がCD1と書かれていて、これは若山さんが作ったと言っている129B6F1CAGホモマウス背景のTSが分化していたため丹羽研から提供されたと報告されていますね。
746：一言居士：2019/04/04(木) 06:10:46: [連投2]
因みにこのTSは私があのねさんに提供した分類で以下のようになっています。
>>
Tru-Seq
⑬SRR1171590　丹羽研?　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1　(129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591　丹羽研?　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1　(129xB6-CAG-スライド)
ChIP-Seq
⑯SRR1171592　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　CD1　(CD1系統-スライド)
⑰SRR1171593　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1　(CD1系統-スライド)
⑱SRR1171594　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input 　CD1　(CD1系統-スライド)
747：一言居士：2019/04/04(木) 06:11:25: [連投3]
5件ともCD1とデータ登録されているんですが、Tru-Seqの分析結果は129xB6-CAGと分かりましたから若山さんのTSのようですね。ChIP-Seqは登録名と中身の検査結果が一致していて丹羽さんのものと分かる。公共データ登録は通常は論文の著者が直接行うものですが、小保方さんは直接でなく、2013/11/5に理研に提出していて、理研はそれを2014/2/13にNCBI に提出していますね。つまり間に人が介入しているんです。このデータベースのマウス背景記載はF1がすべて<C57BL/6x129/Sv>とされていて雌雄が逆になっている。Ooboeさんのパートナー氏には是非小保方さんが理研に提出した時のデータ資料を開示請求してもらいたいものですね。
748：一言居士：2019/04/04(木) 06:12:14: [連投4]
私がGFP/BFP共挿入マウスのESの背景がCD1ではないかと申し上げている理由はお分かりだと思います。遠藤論文が分析したデータは以下ですね。桂報告はTSであるとは言ってない。TSはCD1だと併記しているだけです。でも遠藤さんはこれをTSだと論文で主張しています。そしてその根拠たるや、TS特異的マーカーであるSox21とElf5が発現しているからだと説明したのです。
>>
Tru-Seq
⑦SRR1171565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(GOF+CD1-桂報告書)
⑧SRR1171566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(GOF+CD1-桂報告書)
749：一言居士：2019/04/04(木) 06:12:52: [連投5]
Extended Data Figure3-bのヒートマップの下から1/3の辺りにPou5f1(Oct4)がありますね。CD45,ES,STAPの順に並んでいますが、右端のスケールで、CD45は2-4レヴェル、ESは10-12、STAPは4-6ですね。2を底とする対数表示ですから、リニアにはCD45は4-16、ESは1024-4096、STAPは16-64です。ESの0以上の発現遺伝子を真ん中に置いてESと同じ発現遺伝子に関してCD45とSTAPを比較している。これを見ると丹羽さんの後の検証確認と一致していますね。ESと比較したらSTAPは格段少ない。でも今はそのことを論じているのではなくて、Pou5f1(Oct4)はES特異的遺伝子であるが、Pou5f1(Oct4)が発現していたらESなのではないということの根拠として指摘しているんです。遠藤さんの論拠を思い出してください。TS特異的遺伝子が発現していたらTSだと言ってるんですよ。非論理も極まっている。
750：一言居士：2019/04/04(木) 06:13:54: [連投6]
遠藤論文はネイチャーで一蹴されて日本分子生物学会主催のGenes to Cellsに拾われた。STAP論文記者会見発表後に竹市さんのところに連名のメールを送った先です(手記142P)。当時の理事長と副理事長が大隅典子氏と中山敬一氏ですね。前者は東北大学、後者は九大でNHKの番組にも出てましたね。因みにBCA報告の松崎さんは東大ですが、理研に来る前は東北大で教鞭をとってましたね。
ここで、見落としていたあのねさんへの返事をさせてください。
>>
一言さんは、若山氏の、小保方さんに真実を告げられないままの論文が笹井さんが入る前、NatureやScienseに投稿していた時点で仮にリバイスされることは若山氏の中に微塵もなかったとの認識ですか？
2019/4/2(火) 午後 9:45[ あのね ]返信する
751：小野小町：2019/04/04(木) 06:14:54: ここまでは投稿できたのね。先は?
752：一言居士：2019/04/04(木) 06:17:20: [連投7]
そう思っています。一蹴されるレヴェルだと思っていたはずです。若山さんも査読する立場の人ですからね。自分でやってできなかったものを、できたことにして論文提出させている。落ちるに決まってる。実際の事実は自分が一番知っていますね。現にけんもほろろでしたね。若山さんは小保方さんをヴァカンティから切り離すこと事だけを考えていたんですよ。論文を提出したら縁が切れるような説明を小保方さんから受けていますよね(手記81P)。ニュアンスは分かりませんけどね。若山さんはあきらめていません。キメラができないことがはっきりした後に、当時はまだ人事秘だった山梨大への転勤の内示を発表できるまで小保方さんを引き留めたいと思ってntES化実験のことは何も話さないでキメラができたと嘘をつき、翌年の転勤発表の時に助手で来いと誘ってますね。若山さんは二つ返事だと思ってたでしょうね。ここで小保方さんが即答しなかったことが話がこじれて行った原因だと思っています。
753：一言居士：2019/04/04(木) 06:18:30: [連投8]
話を戻します。Extended Data Figure 5-a,b,c,dはESのOct4はJAKiの添加で消えるがFI-SCは消えないというものです。私が錯誤という言葉を使ったことが学さんの誤解を生んでいるようですが、ここの部分の本文は以下ですよね。
>>
However, as Fgf4-induced stem cells lay between STAP stem cells and trophoblast stem cells in the dendrogram, the possibility of contamination of STAP stem cells in the Fgf4-induced stem-cell population cannot be ruled out.
754：一言居士：2019/04/04(木) 06:19:16: [連投9]
笹井さんが一からリバイズしたとされる本文で、コンタミが疑われるからとされているのはSTAP幹細胞で、ESではありませんね。それにそもそもSTAP幹細胞はインナーセルマス由来細胞ではありませんよ。JAKi検査される対象ではありませんよね。しかも、現にSTAP幹細胞のJAKi検証なんて行われていませんね。
この実験ではGFP/BFP共挿入マウス由来のESが使われている。提供者は丹羽さんか笹井さんですね。若山研にはないはずのESです。この実験をさせたのは笹井さんと丹羽さんで、この原稿をちゃんと見ているはずですね。若山さんは記者会見で、レター論文には自分のところでは行えない実験が入っている言っていると述べていますが、ここのことですね。
755：一言居士：2019/04/04(木) 06:20:06: [連投10]
論文の趣旨に沿って、Extended Data Figure 5-e,fを見てみましょう。ここはいろんな人が指摘しているところですが、FI-SCのOct4-GFPはJAKiの添加で消えませんでしたよね。e,fで使われているFI-SCは無論c,dで使われたものと同じですね。白の矢印の先にFI-SCがある。矢印はブライトフィールドでの同じ位置を示していますね。eの中段はOct4-GFP細胞ですからJAKi添加前も後も光ってないといけませんね。c,dと同じ結果でないといけない。でもどちらも光ってない。最下段はどうかというと、これはブルーのフィルターなんですからどちらも緑色蛍光は見えないのが当然です。ここは問題ない。
756：一言居士：2019/04/04(木) 06:20:59: [連投11]
そしていよいよGFP/BFP共挿入ESです。青の矢印の先にある。これはESですね。GFPに関してはa,bと同じ結果にならないといけない。つまりJAKi添加前には光っているが、添加後には消える。中段の画像はその通りになってますね。ではBFPに関してはどうなるのが論旨でしょうか。ESなんですからJAKiが添加されたらGFPと同様にBFPも消えないといけませんが、最下段のJAKi添加前はちゃんと光ってますね。でも添加後も光ってるのはどうしたことでしょうか。この実験は笹井さんも丹羽さんも見ている実験です。私が錯誤と言ってるのはその意味です。これ以上書き込むと機械にリジェクトされそうです。以上です。明日、また続きを書きます。
757：小野小町：2019/04/04(木) 06:41:22: なるほどね。予定外にリジェクトが早かったのね。でも、そもそもこの実験の
目的は何だったのかしらね。以前考えたわよね。
758：在原業平：2019/04/04(木) 06:45:31: この実験はFI-SCがESではないということを示そうとした実験だけど、そういう実験を
自ら行うというのも変なので、STAP幹細胞のコンタミという論旨にすり替えたと考えたね。
だから本文がおかしくなってる。で、本文のsTAP幹細胞と書かれているところを
ES細胞という言葉に戻すと実験の意味がすっきり通る。
759：閲覧者：2019/04/04(木) 06:54:57: これはやはり査読要請があってのことだよね。ESじゃないのと疑われて、a,b,c,dを
添付して違うと証明したけど、ESとFI-SC併記だと操作を疑われそうだから、あるいは
現に疑われたから同時実験をしたというような事情だね。
760：一言居士：2019/04/04(木) 07:03:51: それだとこの実験は6月のGRAS提出分だよね。1月はまだ論文が提出されてない時期だ。
桂報告書のスライドではTSの<CD1>とFI-SCの<B6 Oct4-GFP+α>のGRAS提出をTru-seq(2013.1:最終)
としているんだけど、最終は6月だよね。間違いを装った虚偽ではないのか。
761：閲覧者：2019/04/04(木) 07:20:11: 本文16Pはこうだね。
>>
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) ・・・
>>
再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、・・・
762：デラ・ストリート：2019/04/04(木) 07:34:49: スライドの表は以下よね。
>>
TS FI-SC
RNA-seq(2012.8) 129B6F1CAG-GFP<TS1> 129B6F1Acr-CAG-GFP<FI-SC1>
RNA-seq(2013.1) - 129B6F1Acr-CAG-GFP<FI-SC2>
RNA-seq(2013.1:最終) CD1<TS2> B6 Oct4-GFP+α<FI-SC3>
RNA-seq(2013.6)
763：デラ・ストリート：2019/04/04(木) 07:37:50: やり直し。
>>
**********************TS*******************FI-SC
RNA-seq(2012.8)*******129B6F1CAG-GFP<TS1>**129B6F1Acr-CAG-GFP<FI-SC1>
RNA-seq(2013.1)*******-********************129B6F1Acr-CAG-GFP<FI-SC2>
RNA-seq(2013.1:最終)**CD1<TS2>*************B6 Oct4-GFP+α<FI-SC3>
RNA-seq(2013.6)
764：デラ・ストリート：2019/04/04(木) 07:39:21: ふむ。
>>
*********************TS*******************FI-SC
RNA-seq(2012.8)*******129B6F1CAG-GFP<TS1>**129B6F1Acr-CAG-GFP<FI-SC1>
RNA-seq(2013.1)*******-*************⋆*******129B6F1Acr-CAG-GFP<FI-SC2>
RNA-seq(2013.1:最終)**CD1<TS2>**************B6 Oct4-GFP+α<FI-SC3>
RNA-seq(2013.6)

ペーパー一枚への道 その1