ペーパー一枚への道　その1

1：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/11(月) 00:00:59: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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406：一言居士：2019/03/25(月) 12:15:48: [連投14]
>>凝集塊は1０個位の細胞数にみえますけど、この位の数以下でないと胚には入らないような気がします。スフィア塊は、写真からみると大きいものから小さいものまで、かなり幅があります。

ティシュー論文に「Individual spheres possessed >2000 cells.(The Potential of Stem Cells in Adult Tissues Representative of the Three Germ Layers:Sept.2010)」とあります。STAP論文にもどこかにあったと思いますけど今見つけられません。いずれにせよ、勘違いなさっておられるので、図のブライトフィールドの三番目のスフィア塊の直径上に並んでいる細胞数を数えてみてください。12個程度でしょ。半径が6個のスフィアの体積は4πr^3/3で959個程度と逆残できます。写真はパラフィン固定して薄くスライスした中央付近の断面です。上は桑実胚なので16細胞期ですが、下は胚じゃなくてスフィア塊です。若山さんがナイフで切り分けてインジェクトするあれです。以上です。
407：一言居士：2019/03/25(月) 12:17:15: 959→904
408：小野小町：2019/03/25(月) 12:25:56: 投稿してらっしゃいよ。
409：一言居士：2019/03/25(月) 12:27:22: [連投6]まで送れたけど、また不調だ。しばらく休もう。なんか変だよ。
410：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/26(火) 05:51:53: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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411：在原業平：2019/03/26(火) 05:52:43: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
412：小野小町：2019/03/26(火) 06:09:21: 学さんは送ったのは全部アップしてくれてるわね。
413：一言居士：2019/03/26(火) 06:11:27: 最新の記事の場所に残りを全部送ったよ。ヤフーがおかしいみたいだね。
それともハッカーかな。こっちが原因かあっちが原因かもわからないね。
414：小野小町：2019/03/26(火) 06:12:49: ヤフーブログはでも所詮終了するんでしょ。
415：一言居士：2019/03/26(火) 06:16:49: いずれにせよなんかこれといった反論もないね。一番まともに答えてくれてるのは
学さんだよ。
416：閲覧者：2019/03/26(火) 06:19:44: Figure4がアルブクレマウスだと注意してくれたのはありがたかったな。
417：小野小町：2019/03/26(火) 07:12:24: 今確認に行ったらあのねさんの3/25と3/26のコメントがあったわ。深いところなんで
分からないわね。それといくつか質問を見落としている。
418：デラ・ストリート：2019/03/26(火) 07:15:24: まずこれね。
>>
> 一言居士さん

急いではいませんが、非リンパ球仮説の説明は待っています。でも、この問題も並行して教えていただけませんか。私も興味があります。できたらレター論文のヒートマップの解釈もお聞かせ願いたい。横からですみません。以上です。

もう少し待ってください。私が論理を展開に至った理由は自分なりの科学に対する考え方のスタンスがあります。他の方には荒唐無稽と思われがちですが…
遺伝子解析について手記「あの日」では、ChIP-seq解析を要求されたとか、リバイス後の解析に細胞の種類を集められなかったとの記述がありますがこの辺の解析とは何を指すのか把握できていません。良かったら教えてください。
2019/3/22(金) 午前 6:02[ あのね ]返信する
419：ペリー・メイスン：2019/03/26(火) 07:21:37: これはどこにあるのかわからないけどな。
>>
若山研の常套手段、リプログラミング改善補助のTSA。
本命でなくとも、いい線行くと思うんだが。
2019/3/26(火) 午前 0:06 [ Ts.Marker ] 返信する
420：デラ・ストリート：2019/03/26(火) 07:22:53: あとは全部学さんが最新の記事にまとめてくれてるわね。
421：一言居士：2019/03/26(火) 07:32:13: 書き込みに気づいてなかったね。

>遺伝子解析について手記「あの日」では、ChIP-seq解析を要求されたとか、リバイス後の解析に細胞の種類を集められなかったとの記述がありますがこの辺の解析とは何を指すのか把握できていません。良かったら教えてください。

127Pのことだろうね。
422：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/27(水) 03:09:13: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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423：在原業平：2019/03/27(水) 03:10:06: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
424：小野小町：2019/03/27(水) 03:11:19: 昨日送ってまた障害でストップして分を学さんがアップしてくれてるわね。
425：一言居士：2019/03/27(水) 03:14:11: そこに今送ろうとしたら止められてる。多分学さんのブログに誰か入り込んでいたずらしているね。
僕のパソコンからのを止めてるんだよ。連投が原因でないのは最初の障害で分かってる。これで
4回目だ。
426：在原業平：2019/03/27(水) 03:18:20: まあ、あのねさんにデータを送ろうとしただけだからいいんだけど、学さんが
察して新たな記事を立ち上げてくれたんだろうけど、だめだね。誰かがあそこに書き込めばわかるが、
我々が止められたところからは誰も書き込めてない。もう一度、以前の記事のところに書き込んで
みようかな。学さんは気づくだろ。
427：一言居士：2019/03/27(水) 03:23:00: ははは、だめだ。僕のコンピューターそのものがバンされてる。
いずれ、学さんも気づくだろうね。僕が書き込むのを邪魔しているのがいるんだ。
428：小野小町：2019/03/27(水) 03:24:48: 文科省関連ね。若山さんを擁護すると同時に自分たちの問題から何かが
発火することを恐れてるのね。
429：一言居士：2019/03/27(水) 03:26:50: こういうことしてると問題は逆に暴き出されて来るんだけどな。
430：閲覧者：2019/03/27(水) 03:32:28: ヤフーのサーバーの問題じゃないの。もうすぐ廃止なんだろ。
431：一言居士：2019/03/27(水) 03:34:18: まあ、どうでもいいけど、とりあえず途中になってるのは友人に頼んで送って、
事情説明して、あそこへの書き込みは以上としとこう。
432：小野小町：2019/03/27(水) 03:38:40: 人のPCからだったら送れるのかな?
433：一言居士：2019/03/27(水) 03:42:41: たぶんね。連投以前から書き込み不可がでていたからね。ヒートマップのところに
書き込めなかったのが最初だね。その後時々場所によって書き込めてたが、今は
どこも書き込めないね。まあ、友人に頼んでやってみたらわかる。
434：小野小町：2019/03/27(水) 03:43:39: 何事も証拠だわ。送ろうとしてた原稿をここに貼っといてよ。
435：一言居士：2019/03/27(水) 03:44:38: [連投1]
>>あのねさん

>遺伝子解析について手記「あの日」では、ChIP-seq解析を要求されたとか、リバイス後の解析に細胞の種類を集められなかったとの記述がありますがこの辺の解析とは何を指すのか把握できていません。良かったら教えてください。

手記127Pですね。どこまでご存じなのかわかりませんので、私の関心のあるところで中心になるデータをしたらば考察から再掲します。ヒートマップの問題そのものです。Ts.Marker再解析そのものです。和モガ解釈そのものです。問題はすべてこの公共データ登録されている実験そのものにあると思っています。
436：一言居士：2019/03/27(水) 03:45:32: [連投2]
Tru-Seq
①SRR1171556　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
②SRR1171557　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
③SRR1171558　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1　129/Sv　(未調査)
④SRR1171559　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2　129/Sv　(未調査)
437：一言居士：2019/03/27(水) 03:46:11: [連投3]
⑤SRR1171560　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑥SRR1171561　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑦SRR1171565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(GOF+CD1-桂報告書)
⑧SRR1171566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(GOF+CD1-桂報告書)
438：一言居士：2019/03/27(水) 03:47:20: [連投4]
⑨SRR1171580　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑩SRR1171581　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑪SRR1171585　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑫SRR1171586　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
439：一言居士：2019/03/27(水) 03:47:59: [連投5]
⑬SRR1171590　丹羽研?　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1　(129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591　丹羽研?　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1　(129xB6-CAG-スライド)
440：一言居士：2019/03/27(水) 03:50:06: [連投6]
ChIP-Seq
①SRR1171553　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　(GOF-桂報告書)
②SRR1171554　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　(GOF-桂報告書)
③SRR1171555　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　(GOF-桂報告書)
441：一言居士：2019/03/27(水) 03:50:58: [連投7]
④SRR1171562　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑤SRR1171563　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑥SRR1171564　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.input　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
442：一言居士：2019/03/27(水) 03:51:32: [連投8]
⑦SRR1171567　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑧SRR1171568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑨SRR1171569　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
443：一言居士：2019/03/27(水) 03:52:12: [連投9]
⑩SRR1171582　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑪SRR1171583　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑫SRR1171584　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
444：一言居士：2019/03/27(水) 03:52:51: [連投10]
⑬SRR1171587　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑭SRR1171588　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑮SRR1171589　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
445：一言居士：2019/03/27(水) 03:53:26: [連投11]
⑯SRR1171592　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　CD1　(CD1系統-スライド)
⑰SRR1171593　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1　(CD1系統-スライド)
⑱SRR1171594　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input 　CD1　(CD1系統-スライド)
446：小野小町：2019/03/27(水) 03:56:23: ふら、ちょうどスマーターの前で書き込み不可になったのね。連投が原因じゃないのかなあ。
447：一言居士：2019/03/27(水) 03:58:57: 機械的にスパム判断されているのかな。最初のはいきなりだったけど、たまたまその前日に
連投してたな。でも今は何度か繰り返しているからどうなってるのかわからないね。
448：小野小町：2019/03/27(水) 04:00:21: で、続きは?
449：一言居士：2019/03/27(水) 04:01:17: [連投12]
SMARTer-Seq
①SRR1171570　若山　Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
②SRR1171571　若山　Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
③SRR1171572　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
④SRR1171573　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
450：一言居士：2019/03/27(水) 04:01:59: [連投13]
⑤SRR1171574　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑥SRR1171575　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑦SRR1171576　若山　Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑧SRR1171577　若山　Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
451：一言居士：2019/03/27(水) 04:02:33: [連投14]
⑨SRR1171578　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑩SRR1171579　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
452：一言居士：2019/03/27(水) 04:03:26: [連投15]
とりあえず、このデータを確認なさってください。次にTs.Marker再解析と照合されてください。Sox21の問題以上に<やっぱりね>のSTAP酸浴細胞のTS特定的マーカー発現に注意なさってください。そしてレター論文のデータとの矛盾、そして本文そのものの非論理に注目なさってください。皆、この錯綜した結果を解きほぐそうと努力しているんです。以上です。また連絡します。
453：一言居士：2019/03/27(水) 04:04:47: TS特定的マーカー発現→TS特異的マーカー発現
454：小野小町：2019/03/27(水) 04:07:08: あらまあ、こんな途中になってたんじゃ学さんもチンプンカンプンね。でも書き込み不可の
件を知らせておいたから、配慮して新しい記事をアップしてくれたのね。でも
書き込めなかったと。
455：在原業平：2019/03/27(水) 04:12:34: そういうことだね。学さんからの質問が来ているけどコンタクトできないね。
>>
> 一言居士さん

＞若山さんはこの細胞の核をクローン胚に入れてみたかったんですよ。

卵子の細胞の核をくりぬいてから、STAP細胞の核を入れ、それをクローン胚に入れるんですか？クローン胚って？どういう状態ですか？
2019/3/26(火) 午後 10:00返信する
456：一言居士：2019/03/27(水) 04:21:16: やっと関心持ってくれてたのにな。でも答えだけは準備しとこうかな。
>>
>>学さん

<卵子の細胞の核をくりぬいてから、STAP細胞の核を入れ>たもの、<それをクローン胚>というんです。
そのまま発生させるとクローンマウスが生まれます。
発生途中の胚盤胞段階でインナーセルマスを取り出してES培地で維持しているものをntESと言います。
このntESを4Nキメラ胚に入れて発生させるとクローンにとても近い4Nキメラマウスが生まれます。
クローン胚からより達成率が高く、すでに畜産では実用段階です。クローンマウスもそのntESもどちらも
若山さんの発見です。
457：一言居士：2019/03/27(水) 04:24:29: <卵子の細胞の核をくりぬいてから、STAP細胞の核を入れ>たもの、<それをクローン胚>というんです。

↓

<卵子の細胞の核をくりぬいてから、>体<細胞の核を入れ>たもの、<それをクローン胚>というんです。
458：一言居士：2019/03/27(水) 04:32:08: >卵子の細胞の核をくりぬいてから、STAP細胞の核を入れ、それをクローン胚に入れるんですか？クローン胚って？どういう状態ですか？

GFPの蛍光からSTAP細胞は酸浴である程度リプログラムされているが、キメラまではできないので
自分の技術であるクローン胚に入れてntESを作って、キメラと幹細胞を作ったんです。そして、
通常の体細胞ntESとの違いを研究しようとしていたんです。
459：小野小町：2019/03/27(水) 04:34:42: なるほどね。学さんは誘導してくれてるんでしょうけどね。今書き込めないから
その答えは後回しして、前回の残りまでご友人に頼んだら?
460：一言居士：2019/03/27(水) 04:37:27: そうだなあ。そもそも人の知恵を借りたくて書き込んでるんだけどな。
どちらが教えてるのか本末転倒しているね。一研究者ブログの二の舞だね。
でも問題意識だけは提示しておいて退散しようかな。
461：ヘーゲル：2019/03/27(水) 06:08:28: 本題頼むぜ。
462：カール・ヤスパース：2019/03/27(水) 06:09:36: 本題、何でしたっけ?
463：デラ・ストリート：2019/03/27(水) 06:14:05: ここよ。
>>
359：デラ・ストリート：2019/03/24(日) 17:47:50
酸浴細胞の問題点ね。ハウスキーピング遺伝子の不安定化の問題。Oct4遺伝子プロモーターによる
GFP発現制御設計に対する酸浴の影響。
464：ペリー・メイスン：2019/03/27(水) 06:15:55: はは、そこだったっけ?なんか人のブログのコメント欄にかまけているうちに
自分たちのテーマを見失った感じだな。何事も自力本願だな。
465：一言居士：2019/03/27(水) 06:22:36: Oct4遺伝子プロモーターによるGFP発現制御設計に対する酸浴の影響に関しては、

①自家蛍光ではない。
②GFPの漏れ出しがある。その原因は分かってない。
③内在性Oct4遺伝子の発現がほんの僅かある。
④この死にかけの細胞の発するOct4遺伝子が異常発現でないことは酸肺葉分化実験で証明されている。
⑤その細胞が何かしら体性幹細胞の一種であった可能性はわずかにある。
⑥その細胞が不完全でなリプログラム段階の細胞であった可能性は⑤より大きい。

ということかな。
466：一言居士：2019/03/27(水) 06:23:55: 酸肺葉→三胚葉
467：小野小町：2019/03/27(水) 06:27:06: ⑤の場合はキンガがムーさんの細胞を外に取りだして三胚葉分化させているけど、
体内ではその組織にしか分化しない体性幹細胞を外に取り出したらなんにでも
なるということを最初に証明したのは小保方さんだということになるのね。
468：一言居士：2019/03/27(水) 06:33:55: ティシュー論文の結果が本当ならそういうことになるね。ただし、ティシュー論文では
三胚葉由来組織のすべてからスフィアを作っていて、そのいずれからも三胚葉分化実験を
成功させている。すべての組織に体性幹細胞があるのかどうかは分かってないので、
⑥である可能性の方が高いね。
469：閲覧者：2019/03/27(水) 06:41:14: 小保方さんは⑥だと思ってティシュー論文と博論を書いてるんだね。博論の題は
Isolation of pluripotent adult stem cellsdiscovered from tissues
derived from all three germ layersだね。
470：一言居士：2019/03/27(水) 06:43:30: これは基本ヴァカンティの胞子様細胞を見つけたという論旨だね。でも、これを境に
できてきているという発想に代わる。
471：閲覧者：2019/03/27(水) 06:45:22: できてきているんなら⑤はないんだけど、小保方さんは⑤の可能性を記者会見で
否定してないね。自分の実験がどちらかを決められるほど厳密でないと分かってたね。
472：小野小町：2019/03/27(水) 06:55:11: 小保方さんの細胞は試験管内で三胚葉分化する細胞だということね。それは
白血球を使っても証明されているわね。そこまでの細胞だということで終わってるのね。
そこにキメラができたという若山さんの嘘が付け加わっただけね。
473：一言居士：2019/03/27(水) 06:57:20: 若山さんはキメラができないということを確認した後に小保方細胞の核を使って
ntESを作り、そこからキメラと幹細胞を作って、普通のntESとの違いを確認しようとしたんだよな。
474：小野小町：2019/03/27(水) 07:01:28: リクルート上の嘘があって、小保方さんとヴァカンティは小保方細胞から
本当にキメラと幹細胞ができたと信じていて、それを論文化したので、
若山さんの所為で捏造論文になっているんだけど、若山さん自身は通りっこないと
確信していて、事実三誌にリジェクトされたから、捏造論文にはならずに済んでいたのね。
475：閲覧者：2019/03/27(水) 07:04:31: 若山さんの小保方核使用ntES実験の結果こそがレター論文の骨子とデータに
なっているんだな。
476：一言居士：2019/03/27(水) 07:06:32: そうなんだけど、その時にも小保方さんの作ったSTAP細胞は本人のものだ。また、
他の公共データベースのデータは基本若山さんのntESの性質だとみているんだよな。
477：在原業平：2019/03/27(水) 07:07:42: それが昨日学さんのところに送ったデータだな。
478：一言居士：2019/03/27(水) 07:50:21: 452は入れ替えだ。STAP細胞とFI-SCを間違えた、ついでに連絡。
[連投15]
あのねさん、とりあえず、このデータを確認なさってください。次にTs.Marker再解析と照合されてください。Sox21の問題以上に<やっぱりね>のはFI-SC細胞のTS特異的マーカー発現に注意なさってください。そしてレター論文のデータとの矛盾、そして本文そのものの非論理に注目なさってください。皆、この錯綜した結果を解きほぐそうと努力しているんです。以上です。私はジムさんの*ttp://blog.livedoor.jp/obokata2657/archives/28578813.htmlに居ます。
479：一言居士：2019/03/27(水) 07:52:42: <やっぱりね>のFI-SCはAcr-CAGなのよね。
480：一言居士：2019/03/27(水) 07:57:31: 小町さん、僕の名前で書き込んでるぜ。

Acr-CAGのFI-SCは
①桂報告では太田ESであるFES1をFGF4誘導したもの
②我々の説では小保方細胞核使用ntES由来のFLSをFGF4誘導したもの
③若山さんの説明と論文では「僕のマウス」由来STAP細胞をFGF4誘導したもの

のはずだ。
481：小野小町：2019/03/27(水) 07:59:27: ③はないわね。実際にAcr-GFPがで出てる。
①は受精卵ESね。
②はntESだわね。
482：一言居士：2019/03/27(水) 08:13:35: <やっぱりね>は568だよね。

⑧SRR1171568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)

ES特異的マーカーであるOct4,Nanog,Sox2がすべて〇
TS特異的マーカーであるCdx2,Eomes,Itgα7がすべて〇だ。
483：閲覧者：2019/03/27(水) 08:16:21: どれがどれかははっきりしないがSox21に関してはトゥイッター情報では
全部にで出ることになってるね。
>>
Sox21
　　Tru-seq SMARTer ChIP-seq
ES 　　 LL 　　X 　　 H
STAP 　　HH 　 H 　 H
STAP-SC LL 　　 N/A 　 H
FI-SC 　　H 　　 N/A 　 H
TS 　　H 　　 N/A 　 H
484：一言居士：2019/03/27(水) 08:19:02: これではSox21がTS特異的マーカーであるとは言えないね。この遺伝子の最近の
働きの研究成果とは別問題なんだな。遠藤解析の一つの根拠は失われている。
モガさんも同じだね。
485：閲覧者：2019/03/27(水) 08:23:04: どの細胞腫でも発現している遺伝子があって、そういうのは何らかの働きをしているのは無論だけど
その細胞に特異的とは言えないね。遠藤さんはSox21が発現しているからTSが混ぜられていると言ったんだよね。
これだとESからも発現している。BFPとGFP共挿入ESの実験データだった可能性は否定できないね。
残ってるのはElf5かな。これはTs.Markerさんが調査してないね。
486：小野小町：2019/03/27(水) 08:26:44: 遺伝子発現解析ってあんまり当てにならないみたいね。
487：シャーロック・ホームズ：2019/03/27(水) 08:52:21: そういうことか。なんか全部すっきりした感じだね。Soc21が発現しているから
TSコンタミだなんて言っていながら、全部に発現していて、ただTSの中でも
何らかの働きはしているが、他の細胞の中でも何らかの働きはしているんだな。
だって現にRNAとして発現しているんだからね。ヒートマップもそうだね。
それと細胞はジッとしてないからね。あるときは発現しているけどあるときは
発現してないということがあるんだよな。それは調べたたまたまその時の発現だ
ということね。これだと何回もやってると欲しいデータは取れるんだよな。
488：ドクター・ワトソン：2019/03/27(水) 08:53:47: ペーパー1枚にまとめるかい?
489：在原業平：2019/03/27(水) 08:54:57: いや、ここまでのところをまとめて一度ジムさんのところに送ろう。一枚報告はそのあとだ。
490：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/28(木) 08:10:54: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
👼　💀　👹　🐝　😈　👽　🌅　👰　👩　👦　👧　🙍　🙋　🙅　👮　👪　👫　🙇　
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🎶　🎵　🎧　🔈　🔉 　🔊　📀　📞　🔫　🚓　🍸　☕　🍰　🍶　🍻　📡　🔑　🌈　
📖　🆖　⏫　⏬　❎　🆘　🅿　🆗　⏪　🔙　🔜　💸　💐　🚨　📠　🏣　🏢　🚢　
🏦　🏭　⛵　🚇　⚾　⚽　🏈　🎿　🎆　🍀　🏊　♨　🎲　🎌　🎳　🎢　🌁　🌟　
💢　📹　📺　📱　💻　📷　💊　⏰　⌛　🗻　🗾　🗽　☔　🍓　🍌　🌛　🍒　🍮　
🌀　🔓　🔥　🔰　🎴　✨　💦　❄　💨　🎐　💉　🍷　❗　💡　🚧　🎏　🕖　🕚　⛔　
🌃　🔔　🔎　💧　💫 🎉　⛩️
☀　✈　✂　✒　✌　♠　☺　㊙　🈴　㊗　🈶　🈚　🈸　▶　↩　❤️ ☠️
491：在原業平：2019/03/28(木) 08:11:45: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
492：小野小町：2019/03/28(木) 08:13:17: 学さんがSAP事件という私たちの言葉の意味を理解されて、本気になってこられたようね。
493：在原業平：2019/03/28(木) 08:14:08: あしらい芸はなくなったね。
494：一言居士：2019/03/28(木) 08:15:08: 1日置いたら書き込めるようになってたから残りを全部送ったよ。
495：閲覧者：2019/03/28(木) 08:19:32: あのCdx2の話は実はティシュー論文の分析とつながっているんだよね。小保方さんは
ESとスフィアの両方からCdx2の発現を確認している。ところがネイチャー論文では
Cdx2はTS特異的マーカーとしてのみ表れてくるんだよ。
496：小野小町：2019/03/28(木) 08:20:28: せっかく本気になられたみたいだからお知らせしといた方がいいんじゃないの?
497：一言居士：2019/03/28(木) 08:32:08: 原稿書こうかな。
>>
>>学さん
ティシュー論文のFig.2のコントロールのESにそのCdx2の発現があることになっていて
対する各組織細胞から採取された細胞のスフィア塊からはいずれにも見られません。

The Potential of Stem Cells in Adult Tissues Representative of the Three Germ Layers
*ttps://www.researchgate.net/profile/Karen_Westerman/publication/47154811_The_Potential_of_Stem_Cells_in_Adult_Tissues_Representative_of_the_Three_Germ_Layers/links/556637fc08aefcb861d19869/The-Potential-of-Stem-Cells-in-Adult-Tissues-Representative-of-the-Three-Germ-Layers.pdf
498：一言居士：2019/03/28(木) 08:43:23: この論文の新規性はスフィア塊からOct4遺伝子の発現を確認し、かつその細胞が
試験管内で三胚様に分化したことを確認して報告したことです。
私はこの事件に関しては若山さんはとても不運で、気の毒であったと思っている
くらいですが、この三胚様組織に分化したという事実と、後に原因は分からないが
丹羽さんが発見したGFPの漏れ出しという二つの現象から、この細胞はキメラは
できないが、何物かではあると信じたことが、この細胞の核を使って自分のntES技術で
キメラ作成し、その性質を解明してみようという心的動因を生んだのだと推測しています。
499：一言居士：2019/03/28(木) 08:44:38: この論文の新規性はスフィア塊からOct4遺伝子の発現を確認し、かつその細胞が
試験管内で三胚様に分化したことを確認して報告したことです。
私はこの事件に関しては若山さんはとても不運で、気の毒であったと思っている
くらいですが、この三胚様組織に分化したという事実と、後に原因は分からないが
丹羽さんが発見したGFPの漏れ出しという二つの現象から、この細胞はキメラは
できないが、何物かではあると信じたことが、この細胞の核を使って自分のntES技術で
キメラ作成し、その性質を解明してみようという心的動因を生んだのだと推測しています。
500：一言居士：2019/03/28(木) 08:45:19: あれ、ご送信した。もう一度。
501：一言居士：2019/03/28(木) 08:46:53: まいいや、後のでいこう。
502：一言居士：2019/03/28(木) 08:55:41: ティシュー論文のすごいのは発見事実ですね。その論理の運びはど素人が
読んでも変ですね。笹井さんが12/11ヴァージョン原稿を初めて見た時の感想は
このティシュー論文を読むことで推察可能ではないでしょうか。彼女はFig2で
ただESとスフィアは違う多能性細胞だということを言うためにこの発現解析比較をしている。
このやり方は転じてネイチャー論文ではCdx2がES細胞では見られず、TS細胞は無論、
STAP細胞とFI-SCには見られるという論理になってるんです。彼女はその矛盾に
気づいていません。彼女が見ているのはスフィア細胞が三胚様分化したという事実と、
STAP細胞からキメラができたという事実と、胎盤が光ったという事実です。
彼女の論理は個別の事実に対して説明可能なデータをつけることです。
503：一言居士：2019/03/28(木) 09:06:39: そしておそらく"生もの"は死に向かって"川の流れのように"経過して行くものである以上
何事も厳密には繰り返し得ないものなのだという形而上学的な裏事情を反映して、
どんなデータでも何回も取り直していたら論理構成に都合のいいデータは得られるのが
この細胞生物学という怪しげな科学分野の陥穽なのだということは、西川さんも
どこかで書いておられたのではなかったでしょうかね。自分も学生たちにもう少し
頑張ってみろと指示したと。ガンバルって、何でしょうかね。
504：一言居士：2019/03/28(木) 09:13:51: 論文のキメラが嘘だと言われて通らないときには、論理をいじるのではなくて、
何度でもキメラを作って見せたらいいだけです。それだけの話しで、論文の書き方が悪いから
通らないのだと誰がいいだしたのか。理研の罪が一番大きいんですね。だから、本当のことを
報告しないで、灰色のままに多くの人々を放り出して不幸にしてしまったんでは
ありませんかね。
505：小野小町：2019/03/28(木) 09:14:38: 貼り付けてきたら。

ペーパー一枚への道 その1