ペーパー一枚への道　その1

1：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/11(月) 00:00:59: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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377：一言居士：2019/03/25(月) 07:54:19: Figure3-aはコントロールがES細胞だ。丹羽さんは酸浴スフィア塊から内在性Oct4遺伝子が
発現しているとしたらとても微量だと気付いたので、今度はFigure3-bでコントロールを
ES10個分にしたのさ。そしたら引っかかってきたんだよ。途轍もなく微量だったということだ。
一回の実験で50万個の肝細胞を使って最大ES細胞換算で12個分の発現量しかなかった。
378：小野小町：2019/03/25(月) 07:56:52: その12個分の発現量は12個に集まっているかどうかは分からないのね。たくさんの数の
細胞に微量に分散しているものの総体であるかもしれない。
379：一言居士：2019/03/25(月) 08:02:42: そうだ。しかし、一個でもその一個にES細胞1個分の発現量のあるものが存在していると
大量に実験すると三胚葉に分化誘導できるシャーレが出現するかもしれない。50万個の細胞から
丹羽さんはスフィア塊を20から30個作れている。小保方さんはその一回30万個の実験を
何十回も行って、ついに三胚葉分化を確認してるんでしょ。それが今あるティシュー論文で
ヴァカンティが今もなお特許申請継続しているものさ。
380：小野小町：2019/03/25(月) 08:03:52: こんな微量な細胞でキメラがあんなに高い確率でできてくるわけがないのね。
381：在原業平：2019/03/25(月) 08:08:11: キメラは若山さんのいたずらだ。ただそんないたずらを可能にしたのは丹羽さんが
見つけたGFPの漏れ出しだ。原因は分からないが、これを何物かだと若山さんも
思い込んだんだ。小保方さんも今までの細胞とは違って大量にできてきていると
思いこんでいるのさ。だから騙され続けた。
382：小野小町：2019/03/25(月) 08:09:54: 二人とも共通にGFP蛍光のアーティファクトに騙されていたのね。
383：一言居士：2019/03/25(月) 08:14:27: 若山さんはよく光ってはいるけどこの細胞からキメラはできないと知っている。
自分がキメラ実験しているからね。ただ、光っていることが内在性Oct4発現と
対応していると信じ込んでいる。丹羽さんの検証実験はまだ行われていないんだからね。
若山さんはこの細胞の核をクローン胚に入れてみたかったんだよ。そして実際に
それを行ってキメラと幹細胞を作った。その時に小保方さんを山梨大にリクルートしたいという
別の事情と重なって、一時的な嘘をついたんだよ。その因果がここまで事件を
引っ張ってきたのさ。
384：閲覧者：2019/03/25(月) 08:23:10: >>
つまり、ＡＴＰ酸浴後幹細胞において、細胞は初期化遺伝子を働かせたということです。

ここはその通りだよね。
385：デラ・ストリート：2019/03/25(月) 08:24:13: はい、続きよ。
>>
つまり、酸浴刺激により細胞は変化することが確認されているわけです。また、動物体内には初期化能をもつ細胞の待機があり、需要に応じて変幻自在に変化するはずですから、初期化機能を持つ細胞がその先の細胞へ分化したり、あるいは元へと戻ったりと、細胞は異変克服へと進むはずです。病気の臓器を修復させる方向へ進むはずです、

ＴＳさんの解析でも明らかなように、ＳＴＡＰ細胞は、従来の遺伝子制御とは異なる細胞です。

すなわち、ＳＴＡＰ細胞の遺伝子発現は、“従来と違う”顔つきです。ＳＴＡＰ実験中にそうした細胞が存在していたのですから、小保方氏は遺伝子発現の一風変わった細胞を作製した事は確かなことです。若山氏もその機能に興味を持ち追及しました。

しかし、その実験でつかった細胞にアクロシンが入っている事を知らずに、小保方氏は論文執筆をしてしまったということです。
2019/3/24(日) 午後 7:38返信する
386：一言居士：2019/03/25(月) 08:43:30: >>
ＴＳさんの解析でも明らかなように、ＳＴＡＰ細胞は、従来の遺伝子制御とは異なる細胞です。

①ハーヴァード以来の小保方細胞
②理研での酸浴細胞
③若山さんの曰くつきいたずらキメラと幹細胞

三つを分けて考えるべきだね。
387：デラ・ストリート：2019/03/25(月) 08:45:06: つづきよ。
>>

> 一言居士さん
ExtFig4aの蛍光図は、肝細胞であることをしめす緑色蛍光です。・・・the cell aggregates were derived from 8-days old of Alb-cre/Rosa-GFP Tg mice.

凝集塊は1０個位の細胞数にみえますけど、この位の数以下でないと胚には入らないような気がします。

スフィア塊は、写真からみると大きいものから小さいものまで、かなり幅があります。
2019/3/24(日) 午後 7:50返信する
388：一言居士：2019/03/25(月) 09:00:27: ここはExtFig4aでなくて丹羽論文のFig4aのGFP蛍光のことだよね。これは僕は
以前からOct4-GFPだと勘違いしてたからね。とてもありがたい指摘だった。3個目の
スフィア塊にOct4蛋白染色がないのにGFPが光っているのを漏れ出しの原因だと思ってた。
ただ、スフィア塊は基本ほぼ1000個だよ。ブライトフィールドを見たら10個以上じゃないか。
あれはパラフィン固定してスライスした断面だけど、球の体積は4πr^3/3なんで
半径に6個見えたら959個だ。それに上は桑実胚なので16個だけど下は胚じゃなくてスフィア塊だ。
389：小野小町：2019/03/25(月) 09:47:15: ティシュー論文の記述ね。
>>
Individual spheres possessed >2000 cells.
(The Potential of Stem Cells in Adult Tissues Representative of the Three Germ Layers:Sept.2010)
390：在原業平：2019/03/25(月) 09:52:43: 学さんのところは最後の連投5がまだ残ってるね。以上ですの稿だ。
391：小野小町：2019/03/25(月) 09:53:34: 今日の原稿は一日待った方がいいかしらね。
392：一言居士：2019/03/25(月) 09:54:23: では今日の返事を準備しよう。
393：一言居士：2019/03/25(月) 12:01:07: 原稿できたぞ。

[連投1]
>>学さん
自家蛍光はいろんなスペクトルを出すので、緑色フィルターだけで見るのではなくて、赤色フィルターでも見ますね。因みにライブセルイメージングでは同時に多画面を見れるので、緑も赤も同時に確認されたら自家蛍光が混じってることだけはわかりますが、手記にある通り、小保方さんはキメラ成功前から若山研でライブセルイメージング実験をラボメンバーに手伝ってもらって自家蛍光確認も行っています。(86P)
394：一言居士：2019/03/25(月) 12:01:47: [連投2]
実験の都合次第で自家蛍光の無いものだけを取り出すこともできるでしょうし、自家蛍光の混じっている細胞しか観察されず、加えて必要があるなら、緑色蛍光が本当に挿入マーカー遺伝子の蛍光であるかどうかは別の手段で確認できますね。
①挿入人工遺伝子の存在をPCRで確認する方法
②マーカー標的している目的のmRNA自体の存在をPCRで確認する方法
③目的のmRNAの発現結果であるタンパク質の存在を免染確認する方法
丹羽さんは取り混ぜてすべて行っていますね。
395：一言居士：2019/03/25(月) 12:02:20: [連投3]
自家蛍光の存在は蛍光顕微鏡を見るときの初歩知識で、関連の専門家ならだれでも知っています。STAP細胞の緑色蛍光を自家蛍光だと最初にいいだしたのがノフラーさん、日本では関さんですが、若山さんの人脈ですね。ノフラーさんのブログで、誰かさんがハアイ、ポールと呼び掛けて問答があるのですが、対してTs.Markerさんの<やっぱりね>質問はガン無視されていることはご承知のとおりです。
396：一言居士：2019/03/25(月) 12:03:00: [連投4]
>>ＧＯＦマウスでないマウス由来肝細胞を酸浴して得た細胞凝集塊では自家発光はせず、ＯｃｔｍＲＮＡと、蛋白産生が見れています。

ここは自家蛍光もあったかどうかは確認写真がありませんが、ただ、自家蛍光の無いものを使っているということでしょうね。アルブクレマウスですね。僕の勘違いは後で述べます。
397：一言居士：2019/03/25(月) 12:03:30: [連投5]
>>ただし、Oct陽性細胞の割合は、HCl酸浴肝細胞と酸浴させていない肝細胞と同程度であり、肝細胞にはそうした細胞が含まれるか、あるいは非特異的な検査結果か？とのことのようです。

これはFigure3-aのことをおっしゃってるのだと思われますが、コントロールのES細胞ではCAG-GFP遺伝子と内在性Oct4遺伝子の発現量がそれぞれ1に設定してあり、赤と緑の棒グラフで示されていて、それに対して、GOFマウスの肝細胞を乖離した時点で既にOct4-GFPが対数スケールで7%程度発現している。ATP処理しても8%程度、HCL処理すると10%に近いという結果ですが、それに対する内在性Oct4遺伝子の発現は検出限界のゼロです。つまりGFPは光ってるが肝心の内在性Oct4遺伝子の発現はほとんど無いと言ってるわけですね。
398：一言居士：2019/03/25(月) 12:04:15: [連投6]
これはqPCRの検証でmRNAそのものを検出しているのでもちろん自家蛍光の問題なんかとは無関係です。Oct4-GFP人工遺伝子は発現しているが、内在性のOct4蛋白質を作る遺伝子そのものは発現してないという結果ですね。丹羽さんはそのGFPの異常発現をleaky expressionと言ってますが、原因には触れていませんね。
Oct4-GFPの設計は内在性のOct4遺伝子を動かすためのプロモーターと同じものをGFP製造プログラムにつなげていますから、一方が動き出したら他方も動く仕込みです。でも生体の中でのことですから、酸浴亜致死下では双方の発現がどうなるかまでは考えられていませんよね。
399：一言居士：2019/03/25(月) 12:04:58: [連投7]
またコントロールのESのGFPはCAG-GFPです。なぜOct4-GFPマウスのESを使わなかったのか、そして、ES細胞を酸浴させるとそのOct4-GFPの発現がどうなるかをどうして確認しなかったのかという問題もありますが、理研の予算を使って特許申請維持できるのかということを確認するための実験をしているわけですから、Oct4-GFP人工遺遺伝子の設計が酸浴などという非常識な条件下に対してどうであるかということを研究するのが目的ではないわけですよね。そんなこと始めてたら検証は延々終わらないことになります。
400：一言居士：2019/03/25(月) 12:05:53: [連投8]
では、理研に来る前に小保方さんが追及していた細胞は何であったのかというと、無論、ハーバードと東京女子医大時代に小保方さんはGFPなんて使っていません。qPCR検証です。丹羽さんはFigure3-aの実験で、酸浴スフィア塊から内在性Oct4遺伝子が発現しているとしたらとても微量だと気付いたので、今度はFigure3-bでコントロールをES10個分にしました。その結果が小保方さんが理研に来る前から追いかけていた細胞のようですよね。
401：一言居士：2019/03/25(月) 12:07:50: [連投9]
丹羽さんの検証では一回の実験で50万個の肝細胞を使って最大ES細胞換算で12個分の発現量しかなかった。その12個分の発現量は12個に集まっているかどうかすら分からない。たくさんの数の細胞に微量に分散しているものの総体であるかもしれない。しかし、その一個にES細胞1個分の発現量のある酸浴細胞が1個でも存在していると大量に実験すると三胚葉に分化誘導できるシャーレが出現するかもしれない。50万個の細胞から丹羽さんはスフィア塊を20から30個作れている。小保方さんはその一回30万個の実験を何十回も行って何百個のスフィア塊を使って、ついに三胚葉分化を確認してるんでしょ。(手記53P)それが今あるティシュー論文でヴァカンティが今もなお特許申請継続している実験結果です。
402：一言居士：2019/03/25(月) 12:08:43: [連投10]
物理刺激と酸浴刺激の違いはあるが、小保方細胞の出現経過は共通しているのではないでしょうかね。無論、こんな微量な細胞でキメラがネイチャー論文のようなあんなに高い確率でできてくるわけがありません。キメラは若山さんの曰くつきの"いたずら"です。ただ、その曰くはともかくとして、そんないたずらが可能であったのは丹羽さんが見つけたGFPの漏れ出し現象があったからです。原因は分からないが、これを何物かだと若山さんも思い込んだ。小保方さんも今までの細胞とは違って大量にできてきていると思いこんでいるんです。だから騙され続けた。二人とも共通にGFP蛍光のアーティファクトに騙されていたんです。
403：一言居士：2019/03/25(月) 12:09:37: [連投11]
若山さんはよく光ってはいるけどこの細胞からキメラはできないと知っている。自分がキメラ実験してますからね。ただ、GFPの光っていることが内在性Oct4発現と対応していると信じ込んでいる。丹羽さんの検証実験はまだ行われていません。若山さんはこの細胞の核をクローン胚に入れてみたかったんですよ。それはいたずらなんかじゃない。正真正銘の科学者の好奇心ではないですか。そして実際にそれを行ってキメラと幹細胞を作ったが、その時に小保方さんを山梨大にリクルートしたいという別の事情と重なって、一時的な嘘をついたんです。その因果がここまで事件を引っ張ってきたのだとみています。
404：一言居士：2019/03/25(月) 12:11:56: [連投12]
>>つまり、ＡＴＰ酸浴後肝細胞において、細胞は初期化遺伝子を働かせたということです。
>>ＴＳさんの解析でも明らかなように、ＳＴＡＰ細胞は、従来の遺伝子制御とは異なる細胞です。

その通りだと思います。いや、ハーヴァード時代からその意味では彼女の細胞は本物です。

①ハーヴァード以来の小保方細胞
②理研での酸浴細胞
③若山さんの曰くつき"いたずら"キメラと幹細胞

三つを分けて考えるべきだと思っているんです。
405：一言居士：2019/03/25(月) 12:12:33: [連投13]
>>ExtFig4aの蛍光図は、肝細胞であることをしめす緑色蛍光です。・・・the cell aggregates were derived from 8-days old of Alb-cre/Rosa-GFP Tg mice.

ご指摘有難うございます。僕は以前からOct4-GFPだと勘違いしてました。3個目のスフィア塊にOct4蛋白染色がないのにGFPが光っているのを漏れ出し原因だと思ってました。ただExtFig4aはFig4aですね。
406：一言居士：2019/03/25(月) 12:15:48: [連投14]
>>凝集塊は1０個位の細胞数にみえますけど、この位の数以下でないと胚には入らないような気がします。スフィア塊は、写真からみると大きいものから小さいものまで、かなり幅があります。

ティシュー論文に「Individual spheres possessed >2000 cells.(The Potential of Stem Cells in Adult Tissues Representative of the Three Germ Layers:Sept.2010)」とあります。STAP論文にもどこかにあったと思いますけど今見つけられません。いずれにせよ、勘違いなさっておられるので、図のブライトフィールドの三番目のスフィア塊の直径上に並んでいる細胞数を数えてみてください。12個程度でしょ。半径が6個のスフィアの体積は4πr^3/3で959個程度と逆残できます。写真はパラフィン固定して薄くスライスした中央付近の断面です。上は桑実胚なので16細胞期ですが、下は胚じゃなくてスフィア塊です。若山さんがナイフで切り分けてインジェクトするあれです。以上です。
407：一言居士：2019/03/25(月) 12:17:15: 959→904
408：小野小町：2019/03/25(月) 12:25:56: 投稿してらっしゃいよ。
409：一言居士：2019/03/25(月) 12:27:22: [連投6]まで送れたけど、また不調だ。しばらく休もう。なんか変だよ。
410：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/26(火) 05:51:53: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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411：在原業平：2019/03/26(火) 05:52:43: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
412：小野小町：2019/03/26(火) 06:09:21: 学さんは送ったのは全部アップしてくれてるわね。
413：一言居士：2019/03/26(火) 06:11:27: 最新の記事の場所に残りを全部送ったよ。ヤフーがおかしいみたいだね。
それともハッカーかな。こっちが原因かあっちが原因かもわからないね。
414：小野小町：2019/03/26(火) 06:12:49: ヤフーブログはでも所詮終了するんでしょ。
415：一言居士：2019/03/26(火) 06:16:49: いずれにせよなんかこれといった反論もないね。一番まともに答えてくれてるのは
学さんだよ。
416：閲覧者：2019/03/26(火) 06:19:44: Figure4がアルブクレマウスだと注意してくれたのはありがたかったな。
417：小野小町：2019/03/26(火) 07:12:24: 今確認に行ったらあのねさんの3/25と3/26のコメントがあったわ。深いところなんで
分からないわね。それといくつか質問を見落としている。
418：デラ・ストリート：2019/03/26(火) 07:15:24: まずこれね。
>>
> 一言居士さん

急いではいませんが、非リンパ球仮説の説明は待っています。でも、この問題も並行して教えていただけませんか。私も興味があります。できたらレター論文のヒートマップの解釈もお聞かせ願いたい。横からですみません。以上です。

もう少し待ってください。私が論理を展開に至った理由は自分なりの科学に対する考え方のスタンスがあります。他の方には荒唐無稽と思われがちですが…
遺伝子解析について手記「あの日」では、ChIP-seq解析を要求されたとか、リバイス後の解析に細胞の種類を集められなかったとの記述がありますがこの辺の解析とは何を指すのか把握できていません。良かったら教えてください。
2019/3/22(金) 午前 6:02[ あのね ]返信する
419：ペリー・メイスン：2019/03/26(火) 07:21:37: これはどこにあるのかわからないけどな。
>>
若山研の常套手段、リプログラミング改善補助のTSA。
本命でなくとも、いい線行くと思うんだが。
2019/3/26(火) 午前 0:06 [ Ts.Marker ] 返信する
420：デラ・ストリート：2019/03/26(火) 07:22:53: あとは全部学さんが最新の記事にまとめてくれてるわね。
421：一言居士：2019/03/26(火) 07:32:13: 書き込みに気づいてなかったね。

>遺伝子解析について手記「あの日」では、ChIP-seq解析を要求されたとか、リバイス後の解析に細胞の種類を集められなかったとの記述がありますがこの辺の解析とは何を指すのか把握できていません。良かったら教えてください。

127Pのことだろうね。
422：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/27(水) 03:09:13: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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423：在原業平：2019/03/27(水) 03:10:06: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
424：小野小町：2019/03/27(水) 03:11:19: 昨日送ってまた障害でストップして分を学さんがアップしてくれてるわね。
425：一言居士：2019/03/27(水) 03:14:11: そこに今送ろうとしたら止められてる。多分学さんのブログに誰か入り込んでいたずらしているね。
僕のパソコンからのを止めてるんだよ。連投が原因でないのは最初の障害で分かってる。これで
4回目だ。
426：在原業平：2019/03/27(水) 03:18:20: まあ、あのねさんにデータを送ろうとしただけだからいいんだけど、学さんが
察して新たな記事を立ち上げてくれたんだろうけど、だめだね。誰かがあそこに書き込めばわかるが、
我々が止められたところからは誰も書き込めてない。もう一度、以前の記事のところに書き込んで
みようかな。学さんは気づくだろ。
427：一言居士：2019/03/27(水) 03:23:00: ははは、だめだ。僕のコンピューターそのものがバンされてる。
いずれ、学さんも気づくだろうね。僕が書き込むのを邪魔しているのがいるんだ。
428：小野小町：2019/03/27(水) 03:24:48: 文科省関連ね。若山さんを擁護すると同時に自分たちの問題から何かが
発火することを恐れてるのね。
429：一言居士：2019/03/27(水) 03:26:50: こういうことしてると問題は逆に暴き出されて来るんだけどな。
430：閲覧者：2019/03/27(水) 03:32:28: ヤフーのサーバーの問題じゃないの。もうすぐ廃止なんだろ。
431：一言居士：2019/03/27(水) 03:34:18: まあ、どうでもいいけど、とりあえず途中になってるのは友人に頼んで送って、
事情説明して、あそこへの書き込みは以上としとこう。
432：小野小町：2019/03/27(水) 03:38:40: 人のPCからだったら送れるのかな?
433：一言居士：2019/03/27(水) 03:42:41: たぶんね。連投以前から書き込み不可がでていたからね。ヒートマップのところに
書き込めなかったのが最初だね。その後時々場所によって書き込めてたが、今は
どこも書き込めないね。まあ、友人に頼んでやってみたらわかる。
434：小野小町：2019/03/27(水) 03:43:39: 何事も証拠だわ。送ろうとしてた原稿をここに貼っといてよ。
435：一言居士：2019/03/27(水) 03:44:38: [連投1]
>>あのねさん

>遺伝子解析について手記「あの日」では、ChIP-seq解析を要求されたとか、リバイス後の解析に細胞の種類を集められなかったとの記述がありますがこの辺の解析とは何を指すのか把握できていません。良かったら教えてください。

手記127Pですね。どこまでご存じなのかわかりませんので、私の関心のあるところで中心になるデータをしたらば考察から再掲します。ヒートマップの問題そのものです。Ts.Marker再解析そのものです。和モガ解釈そのものです。問題はすべてこの公共データ登録されている実験そのものにあると思っています。
436：一言居士：2019/03/27(水) 03:45:32: [連投2]
Tru-Seq
①SRR1171556　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
②SRR1171557　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　derived from spleen C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
③SRR1171558　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1　129/Sv　(未調査)
④SRR1171559　若山　Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2　129/Sv　(未調査)
437：一言居士：2019/03/27(水) 03:46:11: [連投3]
⑤SRR1171560　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑥SRR1171561　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑦SRR1171565　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(GOF+CD1-桂報告書)
⑧SRR1171566　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(GOF+CD1-桂報告書)
438：一言居士：2019/03/27(水) 03:47:20: [連投4]
⑨SRR1171580　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑩SRR1171581　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑪SRR1171585　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑫SRR1171586　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
439：一言居士：2019/03/27(水) 03:47:59: [連投5]
⑬SRR1171590　丹羽研?　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1　CD1　(129xB6-CAG-スライド)
⑭SRR1171591　丹羽研?　Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2　CD1　(129xB6-CAG-スライド)
440：一言居士：2019/03/27(水) 03:50:06: [連投6]
ChIP-Seq
①SRR1171553　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　(GOF-桂報告書)
②SRR1171554　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　(GOF-桂報告書)
③SRR1171555　小保方　CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　derived from spleen　Oct3/4::gfp C57BL/6　(GOF-桂報告書)
441：一言居士：2019/03/27(水) 03:50:58: [連投7]
④SRR1171562　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑤SRR1171563　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑥SRR1171564　若山　Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.input　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
442：一言居士：2019/03/27(水) 03:51:32: [連投8]
⑦SRR1171567　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑧SRR1171568　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
⑨SRR1171569　若山　FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-Acr-CAG-桂報告書)
443：一言居士：2019/03/27(水) 03:52:12: [連投9]
⑩SRR1171582　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv 　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑪SRR1171583　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑫SRR1171584　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
444：一言居士：2019/03/27(水) 03:52:51: [連投10]
⑬SRR1171587　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑭SRR1171588　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
⑮SRR1171589　若山　STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(129xB6-CAG-桂報告書)
445：一言居士：2019/03/27(水) 03:53:26: [連投11]
⑯SRR1171592　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3　CD1　(CD1系統-スライド)
⑰SRR1171593　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3　CD1　(CD1系統-スライド)
⑱SRR1171594　丹羽研　Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input 　CD1　(CD1系統-スライド)
446：小野小町：2019/03/27(水) 03:56:23: ふら、ちょうどスマーターの前で書き込み不可になったのね。連投が原因じゃないのかなあ。
447：一言居士：2019/03/27(水) 03:58:57: 機械的にスパム判断されているのかな。最初のはいきなりだったけど、たまたまその前日に
連投してたな。でも今は何度か繰り返しているからどうなってるのかわからないね。
448：小野小町：2019/03/27(水) 04:00:21: で、続きは?
449：一言居士：2019/03/27(水) 04:01:17: [連投12]
SMARTer-Seq
①SRR1171570　若山　Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
②SRR1171571　若山　Blastocyst stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
③SRR1171572　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
④SRR1171573　小保方　CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
450：一言居士：2019/03/27(水) 04:01:59: [連投13]
⑤SRR1171574　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑥SRR1171575　若山　Embryonic Stem Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑦SRR1171576　若山　Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep1　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑧SRR1171577　若山　Morula stage embryos:RNASeq.SMARTer.Rep2　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
451：一言居士：2019/03/27(水) 04:02:33: [連投14]
⑨SRR1171578　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep1　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
⑩SRR1171579　小保方　Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.SMARTer.Rep2　Oct3/4 expressing cells　C57BL/6x129/Sv　(未調査)
452：一言居士：2019/03/27(水) 04:03:26: [連投15]
とりあえず、このデータを確認なさってください。次にTs.Marker再解析と照合されてください。Sox21の問題以上に<やっぱりね>のSTAP酸浴細胞のTS特定的マーカー発現に注意なさってください。そしてレター論文のデータとの矛盾、そして本文そのものの非論理に注目なさってください。皆、この錯綜した結果を解きほぐそうと努力しているんです。以上です。また連絡します。
453：一言居士：2019/03/27(水) 04:04:47: TS特定的マーカー発現→TS特異的マーカー発現
454：小野小町：2019/03/27(水) 04:07:08: あらまあ、こんな途中になってたんじゃ学さんもチンプンカンプンね。でも書き込み不可の
件を知らせておいたから、配慮して新しい記事をアップしてくれたのね。でも
書き込めなかったと。
455：在原業平：2019/03/27(水) 04:12:34: そういうことだね。学さんからの質問が来ているけどコンタクトできないね。
>>
> 一言居士さん

＞若山さんはこの細胞の核をクローン胚に入れてみたかったんですよ。

卵子の細胞の核をくりぬいてから、STAP細胞の核を入れ、それをクローン胚に入れるんですか？クローン胚って？どういう状態ですか？
2019/3/26(火) 午後 10:00返信する
456：一言居士：2019/03/27(水) 04:21:16: やっと関心持ってくれてたのにな。でも答えだけは準備しとこうかな。
>>
>>学さん

<卵子の細胞の核をくりぬいてから、STAP細胞の核を入れ>たもの、<それをクローン胚>というんです。
そのまま発生させるとクローンマウスが生まれます。
発生途中の胚盤胞段階でインナーセルマスを取り出してES培地で維持しているものをntESと言います。
このntESを4Nキメラ胚に入れて発生させるとクローンにとても近い4Nキメラマウスが生まれます。
クローン胚からより達成率が高く、すでに畜産では実用段階です。クローンマウスもそのntESもどちらも
若山さんの発見です。
457：一言居士：2019/03/27(水) 04:24:29: <卵子の細胞の核をくりぬいてから、STAP細胞の核を入れ>たもの、<それをクローン胚>というんです。

↓

<卵子の細胞の核をくりぬいてから、>体<細胞の核を入れ>たもの、<それをクローン胚>というんです。
458：一言居士：2019/03/27(水) 04:32:08: >卵子の細胞の核をくりぬいてから、STAP細胞の核を入れ、それをクローン胚に入れるんですか？クローン胚って？どういう状態ですか？

GFPの蛍光からSTAP細胞は酸浴である程度リプログラムされているが、キメラまではできないので
自分の技術であるクローン胚に入れてntESを作って、キメラと幹細胞を作ったんです。そして、
通常の体細胞ntESとの違いを研究しようとしていたんです。
459：小野小町：2019/03/27(水) 04:34:42: なるほどね。学さんは誘導してくれてるんでしょうけどね。今書き込めないから
その答えは後回しして、前回の残りまでご友人に頼んだら?
460：一言居士：2019/03/27(水) 04:37:27: そうだなあ。そもそも人の知恵を借りたくて書き込んでるんだけどな。
どちらが教えてるのか本末転倒しているね。一研究者ブログの二の舞だね。
でも問題意識だけは提示しておいて退散しようかな。
461：ヘーゲル：2019/03/27(水) 06:08:28: 本題頼むぜ。
462：カール・ヤスパース：2019/03/27(水) 06:09:36: 本題、何でしたっけ?
463：デラ・ストリート：2019/03/27(水) 06:14:05: ここよ。
>>
359：デラ・ストリート：2019/03/24(日) 17:47:50
酸浴細胞の問題点ね。ハウスキーピング遺伝子の不安定化の問題。Oct4遺伝子プロモーターによる
GFP発現制御設計に対する酸浴の影響。
464：ペリー・メイスン：2019/03/27(水) 06:15:55: はは、そこだったっけ?なんか人のブログのコメント欄にかまけているうちに
自分たちのテーマを見失った感じだな。何事も自力本願だな。
465：一言居士：2019/03/27(水) 06:22:36: Oct4遺伝子プロモーターによるGFP発現制御設計に対する酸浴の影響に関しては、

①自家蛍光ではない。
②GFPの漏れ出しがある。その原因は分かってない。
③内在性Oct4遺伝子の発現がほんの僅かある。
④この死にかけの細胞の発するOct4遺伝子が異常発現でないことは酸肺葉分化実験で証明されている。
⑤その細胞が何かしら体性幹細胞の一種であった可能性はわずかにある。
⑥その細胞が不完全でなリプログラム段階の細胞であった可能性は⑤より大きい。

ということかな。
466：一言居士：2019/03/27(水) 06:23:55: 酸肺葉→三胚葉
467：小野小町：2019/03/27(水) 06:27:06: ⑤の場合はキンガがムーさんの細胞を外に取りだして三胚葉分化させているけど、
体内ではその組織にしか分化しない体性幹細胞を外に取り出したらなんにでも
なるということを最初に証明したのは小保方さんだということになるのね。
468：一言居士：2019/03/27(水) 06:33:55: ティシュー論文の結果が本当ならそういうことになるね。ただし、ティシュー論文では
三胚葉由来組織のすべてからスフィアを作っていて、そのいずれからも三胚葉分化実験を
成功させている。すべての組織に体性幹細胞があるのかどうかは分かってないので、
⑥である可能性の方が高いね。
469：閲覧者：2019/03/27(水) 06:41:14: 小保方さんは⑥だと思ってティシュー論文と博論を書いてるんだね。博論の題は
Isolation of pluripotent adult stem cellsdiscovered from tissues
derived from all three germ layersだね。
470：一言居士：2019/03/27(水) 06:43:30: これは基本ヴァカンティの胞子様細胞を見つけたという論旨だね。でも、これを境に
できてきているという発想に代わる。
471：閲覧者：2019/03/27(水) 06:45:22: できてきているんなら⑤はないんだけど、小保方さんは⑤の可能性を記者会見で
否定してないね。自分の実験がどちらかを決められるほど厳密でないと分かってたね。
472：小野小町：2019/03/27(水) 06:55:11: 小保方さんの細胞は試験管内で三胚葉分化する細胞だということね。それは
白血球を使っても証明されているわね。そこまでの細胞だということで終わってるのね。
そこにキメラができたという若山さんの嘘が付け加わっただけね。
473：一言居士：2019/03/27(水) 06:57:20: 若山さんはキメラができないということを確認した後に小保方細胞の核を使って
ntESを作り、そこからキメラと幹細胞を作って、普通のntESとの違いを確認しようとしたんだよな。
474：小野小町：2019/03/27(水) 07:01:28: リクルート上の嘘があって、小保方さんとヴァカンティは小保方細胞から
本当にキメラと幹細胞ができたと信じていて、それを論文化したので、
若山さんの所為で捏造論文になっているんだけど、若山さん自身は通りっこないと
確信していて、事実三誌にリジェクトされたから、捏造論文にはならずに済んでいたのね。
475：閲覧者：2019/03/27(水) 07:04:31: 若山さんの小保方核使用ntES実験の結果こそがレター論文の骨子とデータに
なっているんだな。
476：一言居士：2019/03/27(水) 07:06:32: そうなんだけど、その時にも小保方さんの作ったSTAP細胞は本人のものだ。また、
他の公共データベースのデータは基本若山さんのntESの性質だとみているんだよな。

ペーパー一枚への道 その1