ペーパー一枚への道　その1

1：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/11(月) 00:00:59: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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285：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/23(土) 07:04:07: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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286：在原業平：2019/03/23(土) 07:05:05: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
287：小野小町：2019/03/23(土) 07:07:16: お気に入りはガンバレが止まっちゃってるのと、Ooboeさんたちが休んでいるのが気になるわね。
何か行動を起こされてるんじゃないかな。学さんのところは昨日のままね。
288：在原業平：2019/03/23(土) 07:09:00: まずはL氏の書き込みから行こうかな。
>>
一言居士さんが、私の昔のコメントを引っ張り出してきてくれたようですが、私の真意と異なる解釈になっています。学さんのコメント欄でも、関連したコメントをした記憶があるのですが、どこに書いたか思い出せないので、再度コメントしておきます。

私個人のスタンスとしては、SOX21がTS特異的マーカーとは考えていません。Ts. Markerさんも挙げているJBC論文では、ES細胞でもTSの半分弱くらいSOX21を発現（タンパクではなくmRNAレベル）しており、SOX21遺伝子を発現するES細胞が存在する事は確かなようです。
2019/3/22(金) 午前 7:59[ L ]返信する
289：一言居士：2019/03/23(土) 07:19:14: 僕の書き込み以前に書き込まれていたね。JBC論文というのは
(Moretto Zita M　論文　Epub 2015 Oct 21.)
Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation.
のことなんで僕の指摘していね時系列的には遠藤論文の根拠にはなってないよね。
現在Sox21がどう考えられているかは今問題にしていない。
ただ、L氏は当初から「SOX21がTS特異的マーカーとは考えていません。」ということだったのかな。
290：閲覧者：2019/03/23(土) 07:26:55: ではなぜCdx2とEomesに触れたのかね。何がすごい解析であったことになるのかな。
>>
Ts.Markerさん、すごい解析で、本当に脱帽です。このSTAP Rep2は、STAP細胞（STAP-SCやFI-SCではなく）ですよね？ ES/TSの混ぜ物では全く説明できない結果です。小保方さんが何らかの現象を見ていた事は確かなようですね。TSC Rep1のCdx2とEomesもアップする予定はありますか？
2017/7/6(木) 午前 8:46[ L ]返信する
291：一言居士：2019/03/23(土) 07:33:58: 我々は以前からL氏をスピン屋さんだと疑ってるからね。彼がどういう意見の変遷を
経ているのかは今はどうでもいいよ。
和モガさんはTs.Markerさんの結果を見てSTAP細胞の胎盤貢献能を信じて、STAP細胞は
論文通りにあるという確信を得られたんで、L氏はそうは思ってなかったということで
構わないよ。L氏は関係ないということだ。ならばこれは遠藤氏がSox21をTS特異的遺伝子であると
言ったことが和モガ氏の確信を生んだということで、では遠藤氏の根拠は
どこにあったのかということになる。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.
292：在原業平：2019/03/23(土) 07:37:21: はい、続きだよ。こういうところがスピン行為と疑われるところだね。我々は遠藤論文に関して根拠論文を問うている。
>>
４細胞期の胚でSOX21発現が低い細胞では、CDX2の発現が上昇し、結果として胚外組織に分化していくとの報告があります。逆に、４細胞期にSOX21発現が上昇している細胞ではCDX2の発現が抑制され、胚内（ICM）への分化傾向を示すと考えられます。これをそのままES/TSに当てはめると、４細胞期にSOX21を高発現している細胞を培養するとES細胞になり、低発現細胞を培養するとTS細胞になる、というストーリーの方が想定しやすく、TS細胞においてSOX21が高発現している事の方が、発生学的には不思議な気がします。

若山研では2-8細胞期の胚からES細胞を樹立する方法も報告されており、この場合には胚におけるSOX21発現を反映したES細胞ができるかもしれません。STAPで使われたES、例えばGOF-ESなどは、この方法で樹立された可能性があり、このラインでSOX21の発現がどうなっているかわかると、理解が進むと思います。STAP関連で公開されているRNAseqデータに、GOF-ESと思われるサンプルはありますか？
2019/3/22(金) 午前 8:00[ L ]返信する
293：一言居士：2019/03/23(土) 07:44:28: これは今の知見でしょ。遠藤さんがthe TSC-specific genes Elf5 and Sox21と
書いた時点の根拠論文を問うている。L氏は別の話をしている。スピンをかけているね。
若山研での初期胚からのES樹立もSox21とは無関係で、自分が勝手に推測しているだけだね。
桂報告書の定義しているGOF-ESは学生の作ったntESだぜ。スピンにしてはあまりに曲がりすぎてて
頓珍漢というのではないかな。
294：小野小町：2019/03/23(土) 07:50:06: その件に関しては学さんが一番まともにお答えかしらね。おっしゃることが
正しいか否かは別として答えにスピンはかかってないわね。
>>
> 一言居士さん
>こういう書き方をするときは既に学会で共通に認められたことを基準にしなければなりませんよね

専門家ではない学とみ子のリプライで申し訳ないです。

専門知識においては、論文で書かれる前に関係者の間ではすでに既知となっていることもあると思います。
もちろん、論文では引用が大事ですが、それ以外に関係者の情報交換内容を引用できることがあると思います。

学とみ子が興味深いのは、むしろ、STAP（幹）細胞にアクロシンが入ることに、関係者たちはいつ気づいたのか？という問題です。
若山研究室では、GRASに持ち込む（一部）細胞を別名で持ち込み、細胞の性状がわからないようにしました。研究内容がいたずらに他者から暴露されないように守るためなんですかね？そうした状況で、誰がいつ、アクロシンを確定したのか？です。
2019/3/22(金) 午前 11:08返信する
295：一言居士：2019/03/23(土) 07:55:26: これは学さんの間違った考えだよ。遠藤論文はSox21をTS特異的マーカーであるとして、
FI-SCを分析し、そのmRNAの上にあるSNPをトレースしてコンタミを指摘しているんだよ。
TSが混じっていると主張したんだ。根拠は周知のものでなければならない。一部の
人間だけしか正しいと思っていないことを根拠にするなんてことはない。
296：閲覧者：2019/03/23(土) 08:00:06: アクロシンに関する疑問は全然経緯を御存じないようだね。これは第三者機関が解析した結果を
若山さんを経由して遠藤さんが入手し、アクロシンだと言い出したものだ。GRASへの持ち込みとは
また別件だ。どういう関係があるのか無いのかとは別で、何もかも一緒くたに論じると混乱するだけだよ。
297：小野小町：2019/03/23(土) 08:01:52: 最後がLさんへのTs.Markerさんのレスね。
>>

> Lさん
"Heterogeneity in Oct4 and Sox2 targets biases cell fate in 4 cell mouse embryo"

>TS細胞においてSOX21が高発現している事の方が、発生学的には不思議な気がします。
そ～なんですよね。
trophoblast stem cell になるまでにSox21がFGF4などの影響で増えてくる？

>GOF-ESと思われるサンプルはありますか？

残念ながらB6はCD45+と例のFI-SC。まあ、このFI-SCがGOF-ESと疑われているんですが。
2019/3/22(金) 午後 3:12[ Ts.Marker ]返信する
298：在原業平：2019/03/23(土) 08:08:26: 新しい論文紹介だね。追加しておこう。L氏のスピン書き込みの根拠論文を
自分も読んでるという紹介でもあるんだね。
>>
(MubeenGoolam論文　24 March 2016)
Heterogeneity in Oct4 and Sox2 Targets Biases Cell Fate in 4-Cell Mouse Embryos
299：在原業平：2019/03/23(土) 08:11:26: <まあ、このFI-SCがGOF-ESと疑われているんですが。>のところは私たちは
GLSだと思ってるのよね。そしてGLSは若山さんが作ったGOF由来の小保方細胞核使用ntESで
学生の作ったといわれているntESであるGOF-ESなるものは中身を若山さんが
GLSに入れ替えたものね。
300：在原業平：2019/03/23(土) 08:18:15: あれ、小町ちゃん。僕の名前で書き込んでるぜ。L氏の話はSox21と初期胚からのES作成の関係だったのに
いつのまにか受精卵ESとntESとがごっちゃ混ぜになってる。こういう風にスピンをかけるんだね。
まあ、我々にとってはただの非論理で、うざいと感じるだけだけどね。ごまかされる人たちもいると信じて
やってるのが、ま、いわゆるスピン屋と呼ばれている業界の二流どころの
アルバイターたちだね。
301：小野小町：2019/03/23(土) 08:24:01: Ts.Markerさんもスピンに引っかかっているの?
302：在原業平：2019/03/23(土) 08:25:17: 彼の固定トゥイートは以下だ。
>>
Coexpression of ES and TS markers can be seen in registered data of FI-SC Chip-seq which was regarded as ES.

How can we explain this fact?
303：小野小町：2019/03/23(土) 08:31:37: 彼のやつぱりねの中にSox21はないわよね。
304：在原業平：2019/03/23(土) 08:38:23: 567,568,569の中のとりわけ568のFI-SCは明確に出ていて、これがTs.Markerさんの
結論なんだね。このときのTS特異的マーカーは論文と同じCdx2,Eomes,Itgα7だ。
Sox21はない。
305：一言居士：2019/03/23(土) 09:23:17: さて、返事と今後の検討の方向を示さないといけないね。
>>
>>Lさん
あなたのコメント引用に関して私の誤解があったようでお詫びします。
Soc21に関してあなたはTS特異的マーカーであるとは思われていないという点了解しました。
私が問題にしているのは遠藤論文でSox21をTS特異的マーカーとして分析の論拠にしている点です。

>>学さん
遠藤論文は、彼の調べたFI-SCが登録上B6/129とされているのに、ES特異的マーカーに関してはB6のSNPsしかなく、
TS特異的マーカーに関してはB6が多いが違うものが少し入っていると主張しています。
そのTS特異的マーカーとしてElf5とともにSoc21が選ばれているんです。そしてTSが混じっていると結論し、
かつ、そのTSは丹羽さんが提供したCD1マウス系統のTSだと主張しているんです。根拠は周知のもので
なければならない。一部の人間だけしか正しいと思っていないことを根拠にするなんてことはあっては
なりませんよね。
306：一言居士：2019/03/23(土) 09:24:46: Soc21→Sox21
307：一言居士：2019/03/23(土) 09:31:09: >>学さん

アクロシンの件は、2014年になった事件後、第三者機関の分析結果を、遠藤さんが、
若山さんを経由して、入手し、アクロシンだと言い出したものです。
2012年時の研究中のGRASへの試料持ち込み経緯とはまた別件です。これから検討します。
308：一言居士：2019/03/23(土) 09:38:54: >>Ts.Markerさん

あなたの固定トゥイートは以下です。
>>
Coexpression of ES and TS markers can be seen in registered data of FI-SC Chip-seq which was regarded as ES.
How can we explain this fact?

そして<やっぱりね>のTS特異的マーカーはCdx2,Eomes,Itgα7でSox21はありませんね。
加えて解析されているFI-SCは567,568,569で、桂調査でアクロシン入りと分かっています。
対して、遠藤さんが分析したFI-SCは565ね566です。無論あなたも解析されている。
これらは桂報告がB6+1割のCD1と結論しています。
309：一言居士：2019/03/23(土) 09:40:58: 565ね566→565,566
310：一言居士：2019/03/23(土) 09:46:33: そて、私の質問は以下でした。
①遠藤論文が出る以前にSox21がTS特異的マーカーであるとする論文があるか。
②遠藤氏は分析時にどうしてTS特異的マーカーとして常識的な小保方論文にある
ようなCdx2,Eomes,Itgα7,Elf5という中から二つを選ばなかったか。どうしてそこに
一般的でないSox21を入れたのか。
311：一言居士：2019/03/23(土) 09:58:25: 現在の知見でSox21がどういう働きをしているのかという科学的興味には今は
入らないようにしましょう。桂報告書がGOF-ESと呼んでいるのは学生である糸井さんか、
京極さんが作ったとされているntESのことです。無論李さんは当時博士研究員で彼の
細胞ではありませんね。小保方さんはコントロールとして研究用に一皿もらっていて、
これは中身はともかくとして木星リストの中にラベル書きされたチューブがあります。
この核移植ESの話と、最近のSox21の研究と、若山研での8細胞期以前の受精卵ES細胞研究の
話を時系列無視でつなぎ合わせて何か考えても事件解明目的としては意味がありませんから、
この話も今はやらないようにしましょう。
312：一言居士：2019/03/23(土) 10:18:29: 学さんが学さんらしく直感で先走られているように、アクロシンが入っていると
言い出したのは若山さん言い出しっぺ第三者機関解析データ経由の遠藤さんです。
そして遠藤さんが565,566にコンタミがあると言ったんです。そしてTS特異的マーカーが
あるから、TSのコンタミだと言ったんです。桂チームはTSのコンタミだとは
言ってなくて、別の細胞でCD1である可能性が高いものが1割程度と言ってる。
ここはExtended Data Figure 5-eにあるBFPとGFP共挿入ESの提供元が丹羽研であると
マウス背景がCD1である可能性が出で来るところです。この実験はGOF由来FI-SCに
10%の共挿入ESを混ぜている。
313：一言居士：2019/03/23(土) 10:20:22: TSの混入を言い出したのは遠藤さんです。その根拠にSox21が使われている。
ESであった可能性を先回りしてつぶしていることになりますね。
以上です。ここまでのところの御批判をいただきたい。
314：小野小町：2019/03/23(土) 10:21:03: いいでしょ。貼ってらっしゃいな。
315：一言居士：2019/03/23(土) 19:45:51: イェィ。
316：小野小町：2019/03/23(土) 19:46:32: あなた、貼ってないでしょ。
317：在原業平：2019/03/23(土) 19:48:31: 小町ちゃん。昨日50上釣っちゃったもんで阿久悠たちがいろいろとうるさいんだよ。
忙しくていけないや。でも、その間、盛り上がってるからいいじゃないか。しばらく聞いてよう。
318：小野小町：2019/03/23(土) 21:29:33: なんか、支離滅裂してるだけね。間違いも多いわね。あのねさんって
岡部マウスの経緯も知らなそうね。
319：在原業平：2019/03/23(土) 22:08:17: 何が問題なのかがわかってないんだね。
320：一言居士：2019/03/23(土) 22:09:23: 僕が朝、問題意識を貼り付けてこなかったからだな。
321：小野小町：2019/03/23(土) 22:10:55: そうよ。50上なんて釣るからそうなっちゃうんだわ。
学さんもあちこちに書き込み場所を分散して取り止めないわね。
322：一言居士：2019/03/23(土) 22:50:52: とりあえず朝の分を遅まきながら貼ってきたよ。これで本題が遠藤論文の是非だと
分かるでしょ。
323：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/24(日) 06:14:13: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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324：在原業平：2019/03/24(日) 06:15:02: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
325：小野小町：2019/03/24(日) 06:17:17: お気に入りは学さんのところだけよ。なんだか、あちこちに分散して集中しないけど、
そもそも参考になる意見が聞けそうなの?
326：一言居士：2019/03/24(日) 06:20:45: なんだか一研究者ブログに参加した時みたいに頼りない結果になりそうだね。
部分解しか持ってない人たちばかり見たいに思えるね。何も新しい知見がない。
でもTs.Maekerさんは論文を紹介してくれているからね。何も得るものが
無いということもない。
327：閲覧者：2019/03/24(日) 06:22:41: 今までの検討の繰り返しになりそうだけど、ひとつづつチェックしたらどうだい。
<ＴＳさんの解析をみんなでわかって行こう。>が最新記事だね。
328：一言居士：2019/03/24(日) 06:41:29: 学さんが勝手に記事を加えていくからね。あれはTs.Markerさんがトゥイッターに
書いていることだ。あそこにこちらの要望を書いて置こう。
>>
>>Ts.Markerさん

私はIGVの見方がわかりません。濃く出ていれば発現が多い、薄いのは少ないという
素人感覚で〇X△と認識して分類しています。要望です。まず、今回のHH,H,X,N/A,L,LLの
意味を解説してください。次に、Tru-seq, SMARTer, ChIP-seqの区別を教えてください。
特に前者二つはどちらもRNASeqと書かれていて、どう違うのかがわかりません。たぶん、
どちらかが2012年8月の分析で、他方が2013年1月以降の分析でくわえられたのかとも推測しますが
分かりません。それから細胞種はES,STAP,STAP-SC,FI-SC,TSと分類されていますが、あなたの
分析したライン別に記載されてください。
329：一言居士：2019/03/24(日) 06:57:31: このデータはあなたしかお持ちでない(アルイミオウジ氏のところにもありますが)。
我々はあなたのブログに出ているものだけしか把握していません。現在どれだけ
分析が進んでいるのかは存じませんが、新しく加えられているデータがあったらそれも
更新していただければ有難いです。我々が今持っているデータは、
Tru-seq=ES560,STAP580,STAP-SC585,FI-SC565,TS590,EpiSC568CD45+556
SMARTer=ES574,STAP578(Bowti2,Tophat2)
SMARTer<otamesi>=STAP581(Sox21のみ)
ChIP-seq=ES563,STAP583,STAP-SC588,FI-SC568,TS593
ChIP-seq<やっぱりね>=FI-SC567,FI-SC568,FI-SC569
です。番号は560→SRR1171560の意味です。
330：一言居士：2019/03/24(日) 07:07:23: ご承知の通り、このデータの整理はいつ誰がどういう経緯で登録したのかも
わかっていません。例えばF1の細胞はすべてがC57BL/6x129/Svと記載されているんですが
中身が違っている。TSもすべてCD1と書かれていて丹羽研提供は桂報告書で
分かっていますが、遠藤さんが分析した590,591は若山さんの作ったF1のTSのようです。
この公共データ登録は小保方さんが一旦理研を経由して登録していて人の手が
介入しているようでもあります。ライン別にちゃんと識別されていなければならない理由です。
以上要望でした。
331：小野小町：2019/03/24(日) 07:29:51: とりあえず貼り付けてらっしゃいよ。
332：一言居士：2019/03/24(日) 07:30:40: 少し変えたけど貼ってきたよ。
333：閲覧者：2019/03/24(日) 07:31:47: 次は丹羽論文の記事に対してだね。
334：一言居士：2019/03/24(日) 07:33:14: かなりの誤解があるね。特に～10は10の3乗なんだけどアルイミオウジ氏と同じく
気づいてないね。
335：閲覧者：2019/03/24(日) 07:35:44: あそこは誤解されたままだとチンプンカンプンで、逆に丹羽論文の問題点が
隠されてしまうだろうね。
336：一言居士：2019/03/24(日) 07:46:49: >>学さん

アルイミオウジ氏も気づかれていなかったですが、～10は肩の小さい3が脱落しているんです。
10の三乗です。つまり～1000で、スフィア塊は最大1000個程度の細胞で構成されているという意味です。
このことはスフィア塊の写真を見ればわかる通りで10個以下なんてことはあり得ませんし、
ティシュー論文以来細胞塊は約1000個の細胞でできていると書き継がれていることでもあります。
誤植の類なんですけど、あの分析に丹羽さんが10個のESを基準にしていることでなんとなく曖昧に
気づかずに読み過ごされていることが多いようです。
337：一言居士：2019/03/24(日) 08:12:53: （図3b）は約1000個の細胞で構成されているスフィア塊を10個のES細胞のマーカー遺伝子
発現量と比較したものが19例並べてあるグラフです。メモリは対数表示で、Oct4に関して言えば
0.1のライン以上が4例あるということです。10個のESの発現量との比較ですから、0.1の近辺では
1個分が発現しているということです。1000個の中の1個です。しかも比較的発現のある19例を
並べてあるんですから、何もない事例もあるということです。1000個の19例だと19000ですが、
スフィア塊は20から30個程度形成されたと書かれています。で、結果的に最大30スフィアの20%つまり
最大6個のスフィアのそれぞれに1個か2個の内在性Oct4遺伝子発現があった。つまり最大12個あった
という結論なんです。それは最初の50万個の細胞に対しては0.0012–0.0024%であるということですね。
338：一言居士：2019/03/24(日) 08:20:56: これでもティシュー論文では試験管内三胚葉分化も足場付きテラトーマならできているわけです。
それは大量に入れた細胞の中の一個でも多能性細胞であれば分化するからですね。これが今でも
ヴァカンティが特許申請継続している理由です。
でも、相沢さんと丹羽さんの検証目的は理研の名前で出しているネイチャー論文の骨子通りに
特許も申請していますから、キメラが再現できるか否かだけが検証の目的で、
理研の予算を使って行っているのですから、ティシュー時の細胞が何であったかなどという
検証はやれません。目的が違うということです。結果は、再現できないから特許申請は
取り下げるというものです。
339：一言居士：2019/03/24(日) 08:31:59: そこの理解に関して一致できれば、今度は丹羽論文の曖昧さに関しても指摘できることに
なると思います。ES10個分の発現量と比較して0.1は1個分ですけど、これは一個だとは
言えませんよね。1/100が10個集まったら1/10です。1/1000が100個集まっても1/10です。
とても微量な発現がたくさんあるという可能性を否定できていませんね。（図4a）に2個の
スフィア塊の中で11個の個別細胞が免染で黄色く着色されているのが見えます。結論には
6個のスフィア塊の中に1から2個だったはずですね。これは1から2個分の発現と読み替え
ないといけないんでしょうね。
>>However, the frequency was very low; 5 × 105 liver cells yielded only ~30 cell aggregates, in which about 20% of the cell aggregates contained 1–2 Oct3/4 positive cells, indicating a frequency per seeded liver cell of 0.0012–0.0024%.
340：一言居士：2019/03/24(日) 08:35:00: 発現→発現量
341：一言居士：2019/03/24(日) 08:48:10: このことはGFPの蛍光に関しても言えるかもしれません。Ooboeさんのパートナー氏は
予備的再現実験時の小保方さんの作った自家蛍光ではない沢山の蛍光細胞の出現写真を
ガンバレブログにアップされています。亜致死酸浴下条件でOct4-GFPが内在性Oct4遺伝子発現に
正確に比例して発現するのか否かはわかっていません。こんな実験をしたのは
小保方さんが初めてだからです。丹羽さんも1割程度の漏れ出しという現象を発見しています。
分かってないことが多いですけど、前述した通り理研の検証実験は特許申請維持の可否検証が
目的ですので多くを要求することはできませんね。事件は複雑なので、多面的に検討していく
しかないと思っています。以上です。
342：小野小町：2019/03/24(日) 08:48:54: ま、その程度でいいでしょ。貼ってらっしゃいな。
343：一言居士：2019/03/24(日) 09:14:11: 貼ってきたよ。
344：閲覧者：2019/03/24(日) 09:14:55: じゃ、最後はヒートマップだね。
345：デラ・ストリート：2019/03/24(日) 09:19:14: これね。
>>
一言居士さん、
一般人の理解では、難しく考えすぎない方が良いと思います。論文というのは、専門家以外の人でも興味を持ってくれることを目指します。科学は皆のものです。

研究者のなかには、⚪️さんのように、足元がら一般人を侮辱するタイプの人がいますが、この戦法にめげないようにしましょう。

記事で示したメッセンジャーＲＮＡ図の色つき状態を見れば、ESとSTAPの相違は明らかです。

この時期の小保方氏は、STAP細胞は用意できただけかな？と思います。幹細胞実験には小保方氏は参加しておらず、若山氏から譲られた細胞しか持ち合わせていないのではないか？と想像します。

GRASから再度、サンプル提出を要請されても、小保方氏に混乱があり、しかるべきサンプルを用意できなかたのではないでしょうか？
2019/3/22(金) 午前 8:51返信する
346：一言居士：2019/03/24(日) 09:29:37: >>学さん

>この時期の小保方氏は、STAP細胞は用意できただけかな？と思います。幹細胞実験には小保方氏は参加しておらず、若山氏から譲られた細胞しか持ち合わせていないのではないか？と想像します。

大まかにそういうことだと思います。ただし、STAP細胞を作らされているということは
その都度どんなマウスを渡されているかはわかっています。GRASへの解析依頼に関しては
基本長である若山さんの依頼認可が必要ですから若山さんの指示で行っていて、この手伝いを
詳しい先輩(共著者の野老博士さんだと思います)が手伝ってくれたと手記では説明されています。
従って小保方さんが全く関与していないということはないですね。ただ、笹井研に移ってからの
分析は小保方さんが行っていて、このヒートマップは同じく共著者の門田さんの仕事ですね。
笹井さんがかわいがっていた人のようです。
347：一言居士：2019/03/24(日) 09:38:06: >GRASから再度、サンプル提出を要請されても、小保方氏に混乱があり、しかるべきサンプルを用意できなかたのではないでしょうか？

GRASからの再度サンプル提出要請はないです。彼らは提出されたものを分析するだけです。
再提出しているのは笹井さんや小保方さんです。樹上図がうまく理屈どうりにならなかったからですね。
丹羽さんのCD1のTSは若山さんの作ったTSが分化していたらしいという理由で、
提供されたものです。これは報告書に書かれています。ところが遠藤さんが分析した二つのTSラインは
B6と129のF1だという結果になっている。でも登録はTSは全部CD1になっています。
Ts.Marker の分析の記事のところにも書きましたが、この登録事務時にも何か混乱が
あるようだと推測しています。というのもあまりに矛盾が多いんです。
348：一言居士：2019/03/24(日) 09:40:01: Ts.Marker の→Ts.Marker さんの
349：一言居士：2019/03/24(日) 09:52:36: で、肝心のヒートマップですが、まず最初のaはSTAP細胞の全RNA発現遺伝子ですね。それに対して
ESとSTAP-SCとTSとFI-SCの同じ遺伝子発現がどうかと比較されている。STAP細胞が基準ですから
このときのSTAP細胞に例えばSox21が発現していなければ、他の細胞には発現していても項目には上がりません。
そういう比較ですね。bは同様にES細胞基準です。
二つの問題があると思いますね。
①酸浴されているのはSTAP細胞だけで、GRAPDH値が他と違う。
②時々の細胞の状態によって発現RNAが変わる可能性。特にSTAP細胞はまだ確かな幹細胞であると確定していない。
350：一言居士：2019/03/24(日) 09:57:43: ①は相沢論文に論じられていることです。ハウスキーピング遺伝子が動いたら比較はできません。
②はキメラができたとされているから笹井さんたちが油断したんで、これがまだ
博論段階の研究だったら、こんな分析は何も言えてることになりません。でも、
キメラはできていて、STAP細胞は幹細胞だと、小保方さんは言うに及ばず、笹井さん、
丹羽さんも含めて若山さん以外の関係者全員が信じているんです。
事件は単相ではありません。以上です。
351：小野小町：2019/03/24(日) 10:17:17: 貼ってらっしゃいな。
352：一言居士：2019/03/24(日) 10:18:08: 今、作業中みたい。
353：一言居士：2019/03/24(日) 17:33:38: まだ書き込めないね。それと前回分の丹羽論文に関するコメントがまだ反映されてない。
354：小野小町：2019/03/24(日) 17:36:23: Lさんの返信がきてるけど、最初の投稿の[連投1]がさっきあがったばかりね。
何か変調みたいね。しばらく様子見しましょ。それより事務さんに送る原稿が
本来の私たちの検討よね。
355：小野小町：2019/03/24(日) 17:37:04: 事務さん→ジムさん
356：閲覧者：2019/03/24(日) 17:38:57: そこまで考えてる人は少ないみたいだね。でも、人の発想は何か参考になるはずだからね。
もう少し待とう。その間、自分たちは自分たちで考えていたらいいでしょ。
357：ヘーゲル：2019/03/24(日) 17:39:32: 本題頼むぜ。
358：カール・ヤスパース：2019/03/24(日) 17:40:17: 本題、何でしたっけ?
359：デラ・ストリート：2019/03/24(日) 17:47:50: 酸浴細胞の問題点ね。ハウスキーピング遺伝子の不安定化の問題。Oct4遺伝子プロモーターによる
GFP発現制御設計に対する酸浴の影響。
360：一言居士：2019/03/24(日) 19:46:54: なんか、あそこだけ変みたいだな。他の場所には送れた。これで全部送って
アップされていないのが2件で待ちだね。
361：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/25(月) 05:35:29: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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🎶　🎵　🎧　🔈　🔉 　🔊　📀　📞　🔫　🚓　🍸　☕　🍰　🍶　🍻　📡　🔑　🌈　
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☀　✈　✂　✒　✌　♠　☺　㊙　🈴　㊗　🈶　🈚　🈸　▶　↩　❤️ ☠️
362：在原業平：2019/03/25(月) 05:36:21: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
363：小野小町：2019/03/25(月) 06:27:00: 学さんが丹羽論文に関してはアップしてくれたわ。ご自分で納得してから
アップされているみたいね。もう一つはまだよ。
364：在原業平：2019/03/25(月) 06:29:10: それは真摯に対応していただけるようになったという意味ではむしろありがたいね。
問題提起した甲斐があったという結果になることを望んでる。
>>

丹羽氏は、ＧＯＦマウス由来の細胞を使うと、酸浴後、自己発光してしまい、緑と赤の両方の蛍光を出すが、7日培養細胞において、ｍＲＮＡが発現しているのを確認できるとしています。つまり、Ｏｃｔ挿入遺伝子の影響で赤も緑も蛍光が出ている（挿入遺伝子が洩れる）ものの、ｍＲＮＡができている（Ｏｃｔ遺伝子が機能している）という意味だと思います。

ＧＯＦマウスでないマウス由来肝細胞を酸浴して得た細胞凝集塊では自家発光はせず、ＯｃｔｍＲＮＡと、蛋白産生が見れています。

ただし、Oct陽性細胞の割合は、HCl酸浴肝細胞と酸浴させていない肝細胞と同程度であり、肝細胞にはそうした細胞が含まれるか、あるいは非特異的な検査結果か？とのことのようです。

つまり、ＡＴＰ酸浴後幹細胞において、細胞は初期化遺伝子を働かせたということです。
2019/3/24(日) 午後 7:12返信する
365：一言居士：2019/03/25(月) 06:42:38: 自家蛍光はいろんなスペクトルを出すので、緑色フィルターだけで見るのではなくて
赤色フィルターでも見る。因みにライブセルイメージングでは同時に多画面を見れるんで
緑も赤も同時に確認されたら自家蛍光が混じってることだけはわかるんだよね。
このときは緑色が本当に挿入遺伝子の蛍光であるかどうかは別の手段で確認する
ことになるんだけど、人工遺伝子の存在をPCRで確認する方法や、マーカー識別しようと
している目的のmRNA自体の存在をPCRで確認する方法、そして目的のmRNAの発現結果である
タンパク質の存在を免染確認する方法とあるね。丹羽さんは無論全部確認している。
366：閲覧者：2019/03/25(月) 06:53:53: 自家蛍光なんて蛍光顕微鏡を見るときの初歩知識だよね。もともとこんなことを
言い出したのがノフラーと関さんだったね。これって小学生レベルの話なんでしょ。
367：在原業平：2019/03/25(月) 06:56:47: 若山さんの人脈さ。誰かさんのハアイ、ポールで分かるじゃないか。
368：小野小町：2019/03/25(月) 06:58:04: Ts.Markerさんの質問はガン無視ね。
369：一言居士：2019/03/25(月) 07:00:59: ははは、今はそういう話じゃないの。
>>
ＧＯＦマウスでないマウス由来肝細胞を酸浴して得た細胞凝集塊では自家発光はせず、ＯｃｔｍＲＮＡと、蛋白産生が見れています。

ここは自家蛍光もあったかどうかは確認写真がないよね。ただ、自家蛍光の無いものを使っているということでしょ。
アルブクレマウスで幹細胞由来細胞だとはっきりわかっているものだよね。
370：閲覧者：2019/03/25(月) 07:03:44: ここは学さんブログに来てよかったところだね。我々は以前Figure 4-aのGFPを
Oct4-GFPと思い違いしてたからね。よく見るとアルプクレと書いてある。
371：一言居士：2019/03/25(月) 07:32:08: Figure 3はGOFマウスを使っていて、Figure4はAlb-cre/Rosa-GFP Tg miceだと書かれている。
>>
ただし、Oct陽性細胞の割合は、HCl酸浴肝細胞と酸浴させていない肝細胞と同程度であり、肝細胞にはそうした細胞が含まれるか、あるいは非特異的な検査結果か？とのことのようです。

これはGOFマウスの結果でFigure3-aのことだと思われるけど、コントロールのES細胞では
CAG-GFP遺伝子と内在性Oct4遺伝子の発現量がそれぞれ1に設定してあって、赤と緑の棒グラフで示されている。
それに対して、肝細胞を乖離した時点で既にGFPが7/100程度発現している。ATP処理しても8/100程度、
HCL処理すると1/10に近いという結果だね。それに対する内在性Oct4遺伝子の発現は検出限界のゼロだ。
つまりGFPは光ってるが肝心の内在性Oct4遺伝子の発現は無いよと言ってるんだね。
372：小野小町：2019/03/25(月) 07:33:32: 自家蛍光とは無関係なのね。
373：在原業平：2019/03/25(月) 07:40:29: これはqPCRの検証でmRNAそのものを検出している。光ではないから関係ない。
Oct4-GFP遺伝子は発現しているがOct4遺伝子そのものは発現してないという結果だ。
丹羽さんはそのGFPの発現をleaky expressionと言ってるが、原因には触れていない。
コントロールのESのGFPはCAG-GFPだ。なぜOct4-GFPにしなかったのかという問題だね。
そして、ES細胞を酸浴させるとそのOct4-GFPの発現がどうなるかをどうして
確認しなかったか。
374：小野小町：2019/03/25(月) 07:43:49: 理研の予算を使って特許申請維持できるのかということを確認するための実験なので
Oct4-GFP人工遺伝子の設計が酸浴に対してどうであるかということを研究するのが
目的ではないということね。そんなこと始めてたら検証は延々終わらないことに
なってしまうのね。
375：一言居士：2019/03/25(月) 07:45:32: そういうことだね。で、では小保方さんがハーヴァード以来追い求めてきた細胞は
GFPの漏れ出しに過ぎなかったのか?
376：閲覧者：2019/03/25(月) 07:47:35: そんなバカな話はないね。ハーバードと東京女子医大時代に小保方さんは
GFPなんて使っていない。qPCR検証だ。
377：一言居士：2019/03/25(月) 07:54:19: Figure3-aはコントロールがES細胞だ。丹羽さんは酸浴スフィア塊から内在性Oct4遺伝子が
発現しているとしたらとても微量だと気付いたので、今度はFigure3-bでコントロールを
ES10個分にしたのさ。そしたら引っかかってきたんだよ。途轍もなく微量だったということだ。
一回の実験で50万個の肝細胞を使って最大ES細胞換算で12個分の発現量しかなかった。
378：小野小町：2019/03/25(月) 07:56:52: その12個分の発現量は12個に集まっているかどうかは分からないのね。たくさんの数の
細胞に微量に分散しているものの総体であるかもしれない。
379：一言居士：2019/03/25(月) 08:02:42: そうだ。しかし、一個でもその一個にES細胞1個分の発現量のあるものが存在していると
大量に実験すると三胚葉に分化誘導できるシャーレが出現するかもしれない。50万個の細胞から
丹羽さんはスフィア塊を20から30個作れている。小保方さんはその一回30万個の実験を
何十回も行って、ついに三胚葉分化を確認してるんでしょ。それが今あるティシュー論文で
ヴァカンティが今もなお特許申請継続しているものさ。
380：小野小町：2019/03/25(月) 08:03:52: こんな微量な細胞でキメラがあんなに高い確率でできてくるわけがないのね。
381：在原業平：2019/03/25(月) 08:08:11: キメラは若山さんのいたずらだ。ただそんないたずらを可能にしたのは丹羽さんが
見つけたGFPの漏れ出しだ。原因は分からないが、これを何物かだと若山さんも
思い込んだんだ。小保方さんも今までの細胞とは違って大量にできてきていると
思いこんでいるのさ。だから騙され続けた。
382：小野小町：2019/03/25(月) 08:09:54: 二人とも共通にGFP蛍光のアーティファクトに騙されていたのね。
383：一言居士：2019/03/25(月) 08:14:27: 若山さんはよく光ってはいるけどこの細胞からキメラはできないと知っている。
自分がキメラ実験しているからね。ただ、光っていることが内在性Oct4発現と
対応していると信じ込んでいる。丹羽さんの検証実験はまだ行われていないんだからね。
若山さんはこの細胞の核をクローン胚に入れてみたかったんだよ。そして実際に
それを行ってキメラと幹細胞を作った。その時に小保方さんを山梨大にリクルートしたいという
別の事情と重なって、一時的な嘘をついたんだよ。その因果がここまで事件を
引っ張ってきたのさ。
384：閲覧者：2019/03/25(月) 08:23:10: >>
つまり、ＡＴＰ酸浴後幹細胞において、細胞は初期化遺伝子を働かせたということです。

ここはその通りだよね。

ペーパー一枚への道 その1