ペーパー一枚への道　その1

1：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/11(月) 00:00:59: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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231：シャーロック・ホームズ：2019/03/20(水) 09:39:41: 学さんのところでの遺伝子解析結果の検討は我々のntES論での細胞の性質の
検討材料にもなるんだね。我々の説ではキメラなんてできて当たり前だからね。
胎盤が光ったという話の意味を深めていくことになるな。
232：ドクター・ワトソン：2019/03/20(水) 09:53:03: ①若山さんは小保方さんが発生学を勉強するように仕向ける実験をしている可能性。
②小保方さんは原始内胚葉(primitive endoderm)由来胎盤組織と栄養外胚葉(trophectoderm)由来胎盤貢献組織を何か混同している可能性。
③笹井さんは小保方さんの②の誤解に気づいていない可能性。
④若山さんは小保方細胞核使用ntESがただの体細胞ntESであったことにかなり後になるまで気づいていない可能性。
⑤若山さんはただ単に自分のntESの胎盤貢献能に新発見していた可能性。

いろいろと調べないとね。
233：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/21(木) 02:33:22: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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234：在原業平：2019/03/21(木) 02:35:27: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
235：小野小町：2019/03/21(木) 02:38:20: Ts.Markerさんからお返事よ。
>>
> あのねさん
> 一言居士さん

STAP-SC、FI-SCのSMARTer は、登録されてないです。（FI-SCもN/Aだったね）
(Letter Supplementary information）

以上のデータはブログ*ttps://blogs.yahoo.co.jp/p2_xx_p/63959573.htmlより
fastqをマッピングしたbamをダウンロードできます。

一言居士さんも、1～2時間ガマンすればIGVで見られるようになると思いますよ。
何か新たな発見があるかも。
2019/3/20(水) 午前 9:08[ Ts.Marker ]返信する
236：一言居士：2019/03/21(木) 02:47:03: 返事をださないと。

>>Ts.Markerさん

私は機械音痴なのでIGVは無理です。あなたに結果とその意味を教えていただいた方が
早いです。
ど素人としてまず予備的質問を先にさせてください。

<Sox21はTS特異的マーカーである>という根拠論文に関する質問です。
237：一言居士：2019/03/21(木) 02:52:07: 事の発端があなたのブログとそのコメント欄だということは、この件を長く
考えてきた仲間内では知られていることですが、あのねさんは最近参加されて
いるようですので、老婆心ながら横レスして一応前提となる情報の出発点を
お知らせしました。あなたの第一声は以下でした。
>>
Stap no Sox21 hatugen kakunin。
2017/5/11(木) 午後 2:29 [ Ts.Marker ] 返信する
238：一言居士：2019/03/21(木) 02:57:52: あなたの2年前のコメントは無論遠藤論文が前提になっています。公共データ登録されたデータを
解析するときに遠藤さんがFI-SCに関してSox21をTS特異的マーカーとして挙げられていたので、
あれ、Sox21なら、FI-SCだけでなくSTAP細胞にも出ているぞと指摘されたのでしたね。そして
Lさんがすかさず以下のようにレスされた。
>>
Ts.Markerさん、すごい解析で、本当に脱帽です。このSTAP Rep2は、STAP細胞（STAP-SCやFI-SCではなく）ですよね？ ES/TSの混ぜ物では全く説明できない結果です。小保方さんが何らかの現象を見ていた事は確かなようですね。TSC Rep1のCdx2とEomesもアップする予定はありますか？
2017/7/6(木) 午前 8:46 [ L ] 返信する
239：一言居士：2019/03/21(木) 03:21:01: あなたは客観的事実に関すること以外には口数の少ない方だということは存じ上げています。
このときあなたはただSox21ならSTAP細胞にも発現しているよとおっしゃっただけです。
でも、LさんはSox21はTS特異的マーカーであるという遠藤さんの記述を鵜呑みにしてそのまま
これはSTAP細胞の胎盤貢献能と関連していると受け取られた。だからこそ、同様にTS特異的マーカーである
Cdx2とEomesに言及されたわけです。遠藤論文のFigure2-cのリジェンドは以下です。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.
240：一言居士：2019/03/21(木) 03:29:29: 一方、笹井さんや丹保さんが参加して最終リヴァイズされたネイチャー論文で
TS特異的マーカーとして挙げられているのはCdx2,Eomes,Itgα7,Elf5です。
Sox21はない。和モガさんはLさんと同様に遠藤論文記述を根拠にSox21はTS特異的
マーカーであると認識されて、かつ、Ts.Markerさんが示されたIGV結果としても
Sox21がTSには発現しているがESには弱くしか発現していないという補強情報を得て、
これはSTAP細胞の胎盤寄与能の傍証であるとされた。
241：一言居士：2019/03/21(木) 03:33:09: 私はど素人ですのでウィキでSox21に関して検索するのですが、以下のようなものしか
ヒットさせられません。
>>
脱毛の原因にかかわる遺伝子・転写因子Sox21
脱毛の原因遺伝子を、国立遺伝学研究所の相賀裕美子教授のグループが中心となり、慶應義塾大学の岡野栄之教授らのグループの共同研究で発見しました。これは遺伝子が発現するためのスイッチの役割をする転写因子（Sox21）を働かなくさせた（ノックアウトした）マウスの解析によって明らかになりました。
242：一言居士：2019/03/21(木) 03:37:24: そこで私の予備的質問は以下です。

Sox21がTSC-specific genesであると一般に認知されている論文なり報告なりをご紹介いただけませんか。

以上です。
243：小野小町：2019/03/21(木) 03:39:53: いいでしょ。貼り付けてらっしゃいよ。でも連番を入れないと学さんが識別が大変みたいよ。
244：一言居士：2019/03/21(木) 04:20:01: 貼り付けてきたよ。最後にレター論文のヒートマップ解析の議論につながることを
期待すると伝えてきた。これは学さんも関心のあるところのはずだよな。
245：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/22(金) 05:29:00: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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246：在原業平：2019/03/22(金) 05:29:56: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
247：小野小町：2019/03/22(金) 05:47:11: Ts.Markerさんからお返事よ。学さんが場を提供してくださったわ。
248：在原業平：2019/03/22(金) 05:48:23: これだね。
>>

> 一言居士さん
Sox21について当時あまり情報がなかったが、最近は結構引っ掛かる。

"Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation"

"Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation"

"A Resource for the Transcriptional Signature of Bona Fide Trophoblast Stem Cells and Analysis of Their Embryonic Persistence"
2019/3/21(木) 午後 0:20[ Ts.Marker ]返信する
249：一言居士：2019/03/22(金) 06:03:42: 整理しとこうかな。まず、

(小保方論文　Published online　29-Jan-14)
Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency
Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency
(遠藤論文　published online: 21 SEP 2014)
Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency
(Moretto Zita M　論文　Epub 2015 Oct 21.)
Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation.
(Georg Kuales　論文　Published online 2015 Dec 14. )
A Resource for the Transcriptional Signature of Bona Fide Trophoblast Stem Cells and Analysis of Their Embryonic Persistence
250：閲覧者：2019/03/22(金) 06:09:32: 遠藤さんは後発の論文は読んでいないんだから、Sox21がTSC-specific genesで
あるといったのは遠藤さんが初めてなのかな。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.
251：一言居士：2019/03/22(金) 06:25:50: そこが謎なんだね。笹井さんも、丹羽さんも、小保方さんにSox21も調べて
おくようにとは言ってない。小保方さんがTS特異的マーカーだとしているのは以下だ。
>>
Cdx2
Eomes
Itga7
Elf5
252：小野小町：2019/03/22(金) 06:29:18: ところがヒートマップのTS細胞にはこの4つは素人目では見当たらない。別名があるのか。
253：在原業平：2019/03/22(金) 06:31:48: 分かりにくいね。タイトルは以下だね。
>>
3. Extended Data Figure 3: Transcriptome analyses of STAP cells shown by heat maps. (494 KB)

拡張データ図3：ヒートマップ<翻訳機訳注:個々の値のデータ行列を色として表現した可視化グラフ>によって示されるSTAP細胞のトランスクリプトーム<翻訳機訳注:特定の状況下において細胞中に存在する全てのmRNA（ないしは一次転写産物、 transcripts）の総体を指す呼称>解析。（494 KB）
254：小野小町：2019/03/22(金) 06:39:32: なるほど。STAP細胞が基軸なのね。薄い黄色は0から2の間の発現で0ではないのね。
STAP細胞に発現しているmRNAの指示しているすべてのたんぱく質がまず網羅されていて、
対して同じたんぱく質がCD45+,ES,STAP-SC,FI-SCにどれだけ発現しているかということね。
STAP細胞にCdx2,Eomes,Itga7,Elf5が発現してなかったら、ここには項目として上がらないのね。
255：ペリー・メイスン：2019/03/22(金) 06:51:42: メモリはAbsolute expression values are scaled by log2. とあるが、このlog2は
エクセル関数のlog2で2を底とする対数のようだね。だから1は1、2は4、3は9だと思うと
リニアな把握に翻訳できるね。
256：在原業平：2019/03/22(金) 06:55:07: 小町ちゃんの言ってるのはExtended Data Figure 3-aだね。bはCD45+が基準で、
cは造血系統発生に関与する代表的遺伝子に対する比較だね。
257：小野小町：2019/03/22(金) 07:09:00: そうね。ただし、STAP細胞は胎盤寄与するという意味ではCdx2,Eomes,Itga7,Elf5の
何か一つくらいは発現していておかしくないのよね。Figure 4-b では見えてるのに。
258：ペリー・メイスン：2019/03/22(金) 07:12:00: まあ、なんというか論理が雑駁というのと生もののデータは何度もやり直していると
どうにでも取れちゃうということがありそうだね。つまり、生物現象って厳密にいうと
繰り返しは無いんだよな。何しろすべての生物は死に向かっているんだからね。
繰り返しがあるなら死ねないわな。
259：ドクター・ワトソン：2019/03/22(金) 07:15:15: 対話の糸口を作らないといけないんだけどな。どこから入るかな。
そもそも論から入ると本題に到達するのにとんでもなく時間がかかりそうだね。
260：シャーロック・ホームズ：2019/03/22(金) 07:19:56: まあ、生物現象に繰り返しは無いというそもそも論はわきに置いといても、
遺伝子解析のそもそも論は最初にやっとかないと議論は深まらないだろうな。
まず多能性細胞であるということが証明されてのちに、そのメカニズムを知るために
遺伝子解析をしているというところだね。これを押さえないと、多能性細胞で
あるのかどうかが分かってない細胞の遺伝子解析の意味するところに気づけないで、
誤解が生じそうだな。
261：ドクター・ワトソン：2019/03/22(金) 07:24:25: とりあえずは遠藤さんはどうしてSOx21なんて言い出したのかという問題を
提起しているんだから、そこの問題から入るしかないよ。
262：一言居士：2019/03/22(金) 07:27:04: いいだろう。では原稿作りだ。
>>
学さん

議論の場をしつらえて下さって有難うございます。
>>
Ts.Markerさん

論文のご紹介有難うございます。
263：小野小町：2019/03/22(金) 07:27:47: なるほど。で?
264：一言居士：2019/03/22(金) 07:30:22: 論文発表の時系列順序は以下です。

(小保方論文　Published online　29-Jan-14)
Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency
Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency
(遠藤論文　published online: 21 SEP 2014)
Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency
(Moretto Zita M　論文　Epub 2015 Oct 21.)
Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation.
(Georg Kuales　論文　Published online 2015 Dec 14. )
A Resource for the Transcriptional Signature of Bona Fide Trophoblast Stem Cells and Analysis of Their Embryonic Persistence
265：一言居士：2019/03/22(金) 07:38:10: 上記で明らかですが、「Sox21について当時あまり情報がなかった」と当初から
お気づきであったように、笹井さんや丹羽さんが小保方さんの論文のリヴァイズを
命じられていた2013年以前にお二人がTS特異的マーカーとしてSox21も使うよう
アドヴァイスしたということもなかったようです。遠藤さんがなぜここで突然
Sox21はTS特異的マーカーだとしたのかの理由は二つしか考えられません。
①この時点ですでにSox21がTS特異的マーカーであるという論文があったから。
②自分で公共データ登録されているでーたを解析した時にTS細胞分にSox21発現があったから。
266：一言居士：2019/03/22(金) 07:39:11: でーた→データ
267：一言居士：2019/03/22(金) 07:54:43: ①に関して私の知りたかったのは2013年以前の論文です。少なくとも遠藤論文の出た
2014/9/21以前の論文です。私は当時から見つけられなかった。あなたもその経験がおありですね。
それが、「Sox21について当時あまり情報がなかった」という言葉になっているのだと思います。
私はこの世界では全くのど素人です。私が見つけられない以上にあなたに見つけられなかったことは
もっと重い情報ですよね。
②に関してはあなたの解析した<otameshi Sox21>の中にど素人でもわかるくらいはっきり出ていますね。
SRR1171590の分です。桂報告によるとF1のCAG-GFP分で若山さんの作った分のようですね。ChIPSeqの三つは
丹羽さんの提供したCD1背景のTSです。
268：一言居士：2019/03/22(金) 07:58:51: はっきりとはしませんが、無論遠藤さんはあなたより先にSRR1171590を解析しています。
その時に自分でSoc21が顕著に出ているのに気づいて、勝手にTS特異的遺伝子であると
思い込んだのではないかと疑義しています。そして結果後の論文にあるようにそれが
今他社の関心を呼んで調べられているのだということではないかと。
269：一言居士：2019/03/22(金) 08:00:56: Soc21→Sox21
他社→他者
270：一言居士：2019/03/22(金) 08:10:35: もし②だとしたら遠藤論文というのはどう評価したらいいのでしょうかね。学さんに
アップされていただいているようにヒートマップでは沢山のmRNAが発現していて、無論
すべてがそれぞれの多能性細胞特異的マーカーであるということではありませんよね。
例えばES細胞ならOct3/4は必ず発現していて、それがどういう働きをしているかを
調べられてある程度分かっているのがES特異的マーカージーンですね。逆にどんな細胞でも
Oct3/4が発現していたら多能性幹細胞かというと逆は真ではない。当然ですね。ただ、
新種の細胞でOct3/4が発現するようだったら、ひょっとしたら多能性細胞ではないかと
考えて、最終的にはキメラができて初めて多能性細胞だと認められる。そして
そこからこの細胞ではOct3/4がどのような働きをしているのかを探求していくことになる。
ESと同じ働きなのか否かというような研究ですね。
271：一言居士：2019/03/22(金) 08:14:21: もし、②が原因で遠藤さんが

(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.

とそれているのなら、問題でしょうね。こういう書き方をするときは既に
学会で共通に認められたことを基準にしなければなりませんよね。①であることを
願いますけどね。けがの功名で結果的にそうであることになっても、何の自慢にも
なりませんね。
272：一言居士：2019/03/22(金) 08:15:55: それて→されて
273：一言居士：2019/03/22(金) 08:23:21: ヒートマップの結果も私にはチンプンカンプンなんですけど、根本に同じ問題が
あるのではないかと疑義しています。つまり、たくさんデータを並べているんだけども
何も言えてないのではないか、あるいはデータ自体が生ものということもあるのか、
その時々でちがう結果が出ていて、論旨に都合よく塩梅されているのではないかという
疑問です。
私はntES論です。根本的にキメラは酸浴細胞をntES化されてできた結果で、小保方さん、
笹井さん、丹羽さんはキメラはSTAP細胞からスタンダードな方法でできたと思い込んで
いることがすべての遠因だと思っています。とりあえず以上です。ここまでのところを
御批判いただきたい。
274：オウ、イェイ。：2019/03/22(金) 17:15:16: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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275：在原業平：2019/03/22(金) 17:16:52: 小町ちゃん、ジンライムね。50上釣ったぜ。
276：小野小町：2019/03/22(金) 17:19:04: あら、おめでとう。冬から準備した甲斐があったわね。何センチだったの?
277：在原業平：2019/03/22(金) 17:27:56: 51.0センチジャスト。腹パンの雌、竿、14尺、朱紋峰嵐馬、ライン、1.2、
リーダー、0.8の41センチと50センチ、針、改良ヤラズ7号、餌、バラケは
マッシュと藻べら、クワセはグルテンαとイモグルと綿グルのミックス。
床は2本程度、棚は上針トントンより少し緩めたところ。
で、ドンと、へへへ。
278：在原業平：2019/03/22(金) 18:23:43: 今、写真を拡大してよく見たら51.2センチだった。へへへ。前回は51.5だ。
2枚目。満足。うへへへへ。
279：小野小町：2019/03/22(金) 18:26:31: グルテン餌の開発者、料理人の土井勝さんが40上100枚目標だった時代とは
違うのね。魚も大きくなってるし。
280：在原業平：2019/03/22(金) 18:29:36: まあ、そうなんだけど、価値を下げないでよ。うへへへへ。ただうれしいだけ。
うひひひひ。だからと言ってそんなに簡単には釣れないんだぜ。くふふふふ。
281：小野小町：2019/03/22(金) 18:32:04: 学さんのとこで議論発展してるんだけど今日はダメそうね。
282：在原業平：2019/03/22(金) 18:35:13: 今日はダメだ。ふふふ。正月に御神籤大吉だったからなあ。わははははは。
運だよ。運。今年は運がいいんだ。僕、もう一枚釣りそうな予感。てへへへへ。
283：小野小町：2019/03/22(金) 18:40:22: ま、いっかあ。

youtube.com/watch?v=lBLkyp_YLHI
284：今日は、ということで。：2019/03/22(金) 18:41:42: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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285：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/23(土) 07:04:07: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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286：在原業平：2019/03/23(土) 07:05:05: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
287：小野小町：2019/03/23(土) 07:07:16: お気に入りはガンバレが止まっちゃってるのと、Ooboeさんたちが休んでいるのが気になるわね。
何か行動を起こされてるんじゃないかな。学さんのところは昨日のままね。
288：在原業平：2019/03/23(土) 07:09:00: まずはL氏の書き込みから行こうかな。
>>
一言居士さんが、私の昔のコメントを引っ張り出してきてくれたようですが、私の真意と異なる解釈になっています。学さんのコメント欄でも、関連したコメントをした記憶があるのですが、どこに書いたか思い出せないので、再度コメントしておきます。

私個人のスタンスとしては、SOX21がTS特異的マーカーとは考えていません。Ts. Markerさんも挙げているJBC論文では、ES細胞でもTSの半分弱くらいSOX21を発現（タンパクではなくmRNAレベル）しており、SOX21遺伝子を発現するES細胞が存在する事は確かなようです。
2019/3/22(金) 午前 7:59[ L ]返信する
289：一言居士：2019/03/23(土) 07:19:14: 僕の書き込み以前に書き込まれていたね。JBC論文というのは
(Moretto Zita M　論文　Epub 2015 Oct 21.)
Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation.
のことなんで僕の指摘していね時系列的には遠藤論文の根拠にはなってないよね。
現在Sox21がどう考えられているかは今問題にしていない。
ただ、L氏は当初から「SOX21がTS特異的マーカーとは考えていません。」ということだったのかな。
290：閲覧者：2019/03/23(土) 07:26:55: ではなぜCdx2とEomesに触れたのかね。何がすごい解析であったことになるのかな。
>>
Ts.Markerさん、すごい解析で、本当に脱帽です。このSTAP Rep2は、STAP細胞（STAP-SCやFI-SCではなく）ですよね？ ES/TSの混ぜ物では全く説明できない結果です。小保方さんが何らかの現象を見ていた事は確かなようですね。TSC Rep1のCdx2とEomesもアップする予定はありますか？
2017/7/6(木) 午前 8:46[ L ]返信する
291：一言居士：2019/03/23(土) 07:33:58: 我々は以前からL氏をスピン屋さんだと疑ってるからね。彼がどういう意見の変遷を
経ているのかは今はどうでもいいよ。
和モガさんはTs.Markerさんの結果を見てSTAP細胞の胎盤貢献能を信じて、STAP細胞は
論文通りにあるという確信を得られたんで、L氏はそうは思ってなかったということで
構わないよ。L氏は関係ないということだ。ならばこれは遠藤氏がSox21をTS特異的遺伝子であると
言ったことが和モガ氏の確信を生んだということで、では遠藤氏の根拠は
どこにあったのかということになる。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.
292：在原業平：2019/03/23(土) 07:37:21: はい、続きだよ。こういうところがスピン行為と疑われるところだね。我々は遠藤論文に関して根拠論文を問うている。
>>
４細胞期の胚でSOX21発現が低い細胞では、CDX2の発現が上昇し、結果として胚外組織に分化していくとの報告があります。逆に、４細胞期にSOX21発現が上昇している細胞ではCDX2の発現が抑制され、胚内（ICM）への分化傾向を示すと考えられます。これをそのままES/TSに当てはめると、４細胞期にSOX21を高発現している細胞を培養するとES細胞になり、低発現細胞を培養するとTS細胞になる、というストーリーの方が想定しやすく、TS細胞においてSOX21が高発現している事の方が、発生学的には不思議な気がします。

若山研では2-8細胞期の胚からES細胞を樹立する方法も報告されており、この場合には胚におけるSOX21発現を反映したES細胞ができるかもしれません。STAPで使われたES、例えばGOF-ESなどは、この方法で樹立された可能性があり、このラインでSOX21の発現がどうなっているかわかると、理解が進むと思います。STAP関連で公開されているRNAseqデータに、GOF-ESと思われるサンプルはありますか？
2019/3/22(金) 午前 8:00[ L ]返信する
293：一言居士：2019/03/23(土) 07:44:28: これは今の知見でしょ。遠藤さんがthe TSC-specific genes Elf5 and Sox21と
書いた時点の根拠論文を問うている。L氏は別の話をしている。スピンをかけているね。
若山研での初期胚からのES樹立もSox21とは無関係で、自分が勝手に推測しているだけだね。
桂報告書の定義しているGOF-ESは学生の作ったntESだぜ。スピンにしてはあまりに曲がりすぎてて
頓珍漢というのではないかな。
294：小野小町：2019/03/23(土) 07:50:06: その件に関しては学さんが一番まともにお答えかしらね。おっしゃることが
正しいか否かは別として答えにスピンはかかってないわね。
>>
> 一言居士さん
>こういう書き方をするときは既に学会で共通に認められたことを基準にしなければなりませんよね

専門家ではない学とみ子のリプライで申し訳ないです。

専門知識においては、論文で書かれる前に関係者の間ではすでに既知となっていることもあると思います。
もちろん、論文では引用が大事ですが、それ以外に関係者の情報交換内容を引用できることがあると思います。

学とみ子が興味深いのは、むしろ、STAP（幹）細胞にアクロシンが入ることに、関係者たちはいつ気づいたのか？という問題です。
若山研究室では、GRASに持ち込む（一部）細胞を別名で持ち込み、細胞の性状がわからないようにしました。研究内容がいたずらに他者から暴露されないように守るためなんですかね？そうした状況で、誰がいつ、アクロシンを確定したのか？です。
2019/3/22(金) 午前 11:08返信する
295：一言居士：2019/03/23(土) 07:55:26: これは学さんの間違った考えだよ。遠藤論文はSox21をTS特異的マーカーであるとして、
FI-SCを分析し、そのmRNAの上にあるSNPをトレースしてコンタミを指摘しているんだよ。
TSが混じっていると主張したんだ。根拠は周知のものでなければならない。一部の
人間だけしか正しいと思っていないことを根拠にするなんてことはない。
296：閲覧者：2019/03/23(土) 08:00:06: アクロシンに関する疑問は全然経緯を御存じないようだね。これは第三者機関が解析した結果を
若山さんを経由して遠藤さんが入手し、アクロシンだと言い出したものだ。GRASへの持ち込みとは
また別件だ。どういう関係があるのか無いのかとは別で、何もかも一緒くたに論じると混乱するだけだよ。
297：小野小町：2019/03/23(土) 08:01:52: 最後がLさんへのTs.Markerさんのレスね。
>>

> Lさん
"Heterogeneity in Oct4 and Sox2 targets biases cell fate in 4 cell mouse embryo"

>TS細胞においてSOX21が高発現している事の方が、発生学的には不思議な気がします。
そ～なんですよね。
trophoblast stem cell になるまでにSox21がFGF4などの影響で増えてくる？

>GOF-ESと思われるサンプルはありますか？

残念ながらB6はCD45+と例のFI-SC。まあ、このFI-SCがGOF-ESと疑われているんですが。
2019/3/22(金) 午後 3:12[ Ts.Marker ]返信する
298：在原業平：2019/03/23(土) 08:08:26: 新しい論文紹介だね。追加しておこう。L氏のスピン書き込みの根拠論文を
自分も読んでるという紹介でもあるんだね。
>>
(MubeenGoolam論文　24 March 2016)
Heterogeneity in Oct4 and Sox2 Targets Biases Cell Fate in 4-Cell Mouse Embryos
299：在原業平：2019/03/23(土) 08:11:26: <まあ、このFI-SCがGOF-ESと疑われているんですが。>のところは私たちは
GLSだと思ってるのよね。そしてGLSは若山さんが作ったGOF由来の小保方細胞核使用ntESで
学生の作ったといわれているntESであるGOF-ESなるものは中身を若山さんが
GLSに入れ替えたものね。
300：在原業平：2019/03/23(土) 08:18:15: あれ、小町ちゃん。僕の名前で書き込んでるぜ。L氏の話はSox21と初期胚からのES作成の関係だったのに
いつのまにか受精卵ESとntESとがごっちゃ混ぜになってる。こういう風にスピンをかけるんだね。
まあ、我々にとってはただの非論理で、うざいと感じるだけだけどね。ごまかされる人たちもいると信じて
やってるのが、ま、いわゆるスピン屋と呼ばれている業界の二流どころの
アルバイターたちだね。
301：小野小町：2019/03/23(土) 08:24:01: Ts.Markerさんもスピンに引っかかっているの?
302：在原業平：2019/03/23(土) 08:25:17: 彼の固定トゥイートは以下だ。
>>
Coexpression of ES and TS markers can be seen in registered data of FI-SC Chip-seq which was regarded as ES.

How can we explain this fact?
303：小野小町：2019/03/23(土) 08:31:37: 彼のやつぱりねの中にSox21はないわよね。
304：在原業平：2019/03/23(土) 08:38:23: 567,568,569の中のとりわけ568のFI-SCは明確に出ていて、これがTs.Markerさんの
結論なんだね。このときのTS特異的マーカーは論文と同じCdx2,Eomes,Itgα7だ。
Sox21はない。
305：一言居士：2019/03/23(土) 09:23:17: さて、返事と今後の検討の方向を示さないといけないね。
>>
>>Lさん
あなたのコメント引用に関して私の誤解があったようでお詫びします。
Soc21に関してあなたはTS特異的マーカーであるとは思われていないという点了解しました。
私が問題にしているのは遠藤論文でSox21をTS特異的マーカーとして分析の論拠にしている点です。

>>学さん
遠藤論文は、彼の調べたFI-SCが登録上B6/129とされているのに、ES特異的マーカーに関してはB6のSNPsしかなく、
TS特異的マーカーに関してはB6が多いが違うものが少し入っていると主張しています。
そのTS特異的マーカーとしてElf5とともにSoc21が選ばれているんです。そしてTSが混じっていると結論し、
かつ、そのTSは丹羽さんが提供したCD1マウス系統のTSだと主張しているんです。根拠は周知のもので
なければならない。一部の人間だけしか正しいと思っていないことを根拠にするなんてことはあっては
なりませんよね。
306：一言居士：2019/03/23(土) 09:24:46: Soc21→Sox21
307：一言居士：2019/03/23(土) 09:31:09: >>学さん

アクロシンの件は、2014年になった事件後、第三者機関の分析結果を、遠藤さんが、
若山さんを経由して、入手し、アクロシンだと言い出したものです。
2012年時の研究中のGRASへの試料持ち込み経緯とはまた別件です。これから検討します。
308：一言居士：2019/03/23(土) 09:38:54: >>Ts.Markerさん

あなたの固定トゥイートは以下です。
>>
Coexpression of ES and TS markers can be seen in registered data of FI-SC Chip-seq which was regarded as ES.
How can we explain this fact?

そして<やっぱりね>のTS特異的マーカーはCdx2,Eomes,Itgα7でSox21はありませんね。
加えて解析されているFI-SCは567,568,569で、桂調査でアクロシン入りと分かっています。
対して、遠藤さんが分析したFI-SCは565ね566です。無論あなたも解析されている。
これらは桂報告がB6+1割のCD1と結論しています。
309：一言居士：2019/03/23(土) 09:40:58: 565ね566→565,566
310：一言居士：2019/03/23(土) 09:46:33: そて、私の質問は以下でした。
①遠藤論文が出る以前にSox21がTS特異的マーカーであるとする論文があるか。
②遠藤氏は分析時にどうしてTS特異的マーカーとして常識的な小保方論文にある
ようなCdx2,Eomes,Itgα7,Elf5という中から二つを選ばなかったか。どうしてそこに
一般的でないSox21を入れたのか。
311：一言居士：2019/03/23(土) 09:58:25: 現在の知見でSox21がどういう働きをしているのかという科学的興味には今は
入らないようにしましょう。桂報告書がGOF-ESと呼んでいるのは学生である糸井さんか、
京極さんが作ったとされているntESのことです。無論李さんは当時博士研究員で彼の
細胞ではありませんね。小保方さんはコントロールとして研究用に一皿もらっていて、
これは中身はともかくとして木星リストの中にラベル書きされたチューブがあります。
この核移植ESの話と、最近のSox21の研究と、若山研での8細胞期以前の受精卵ES細胞研究の
話を時系列無視でつなぎ合わせて何か考えても事件解明目的としては意味がありませんから、
この話も今はやらないようにしましょう。
312：一言居士：2019/03/23(土) 10:18:29: 学さんが学さんらしく直感で先走られているように、アクロシンが入っていると
言い出したのは若山さん言い出しっぺ第三者機関解析データ経由の遠藤さんです。
そして遠藤さんが565,566にコンタミがあると言ったんです。そしてTS特異的マーカーが
あるから、TSのコンタミだと言ったんです。桂チームはTSのコンタミだとは
言ってなくて、別の細胞でCD1である可能性が高いものが1割程度と言ってる。
ここはExtended Data Figure 5-eにあるBFPとGFP共挿入ESの提供元が丹羽研であると
マウス背景がCD1である可能性が出で来るところです。この実験はGOF由来FI-SCに
10%の共挿入ESを混ぜている。
313：一言居士：2019/03/23(土) 10:20:22: TSの混入を言い出したのは遠藤さんです。その根拠にSox21が使われている。
ESであった可能性を先回りしてつぶしていることになりますね。
以上です。ここまでのところの御批判をいただきたい。
314：小野小町：2019/03/23(土) 10:21:03: いいでしょ。貼ってらっしゃいな。
315：一言居士：2019/03/23(土) 19:45:51: イェィ。
316：小野小町：2019/03/23(土) 19:46:32: あなた、貼ってないでしょ。
317：在原業平：2019/03/23(土) 19:48:31: 小町ちゃん。昨日50上釣っちゃったもんで阿久悠たちがいろいろとうるさいんだよ。
忙しくていけないや。でも、その間、盛り上がってるからいいじゃないか。しばらく聞いてよう。
318：小野小町：2019/03/23(土) 21:29:33: なんか、支離滅裂してるだけね。間違いも多いわね。あのねさんって
岡部マウスの経緯も知らなそうね。
319：在原業平：2019/03/23(土) 22:08:17: 何が問題なのかがわかってないんだね。
320：一言居士：2019/03/23(土) 22:09:23: 僕が朝、問題意識を貼り付けてこなかったからだな。
321：小野小町：2019/03/23(土) 22:10:55: そうよ。50上なんて釣るからそうなっちゃうんだわ。
学さんもあちこちに書き込み場所を分散して取り止めないわね。
322：一言居士：2019/03/23(土) 22:50:52: とりあえず朝の分を遅まきながら貼ってきたよ。これで本題が遠藤論文の是非だと
分かるでしょ。
323：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/24(日) 06:14:13: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
👼　💀　👹　🐝　😈　👽　🌅　👰　👩　👦　👧　🙍　🙋　🙅　👮　👪　👫　🙇　
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324：在原業平：2019/03/24(日) 06:15:02: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
325：小野小町：2019/03/24(日) 06:17:17: お気に入りは学さんのところだけよ。なんだか、あちこちに分散して集中しないけど、
そもそも参考になる意見が聞けそうなの?
326：一言居士：2019/03/24(日) 06:20:45: なんだか一研究者ブログに参加した時みたいに頼りない結果になりそうだね。
部分解しか持ってない人たちばかり見たいに思えるね。何も新しい知見がない。
でもTs.Maekerさんは論文を紹介してくれているからね。何も得るものが
無いということもない。
327：閲覧者：2019/03/24(日) 06:22:41: 今までの検討の繰り返しになりそうだけど、ひとつづつチェックしたらどうだい。
<ＴＳさんの解析をみんなでわかって行こう。>が最新記事だね。
328：一言居士：2019/03/24(日) 06:41:29: 学さんが勝手に記事を加えていくからね。あれはTs.Markerさんがトゥイッターに
書いていることだ。あそこにこちらの要望を書いて置こう。
>>
>>Ts.Markerさん

私はIGVの見方がわかりません。濃く出ていれば発現が多い、薄いのは少ないという
素人感覚で〇X△と認識して分類しています。要望です。まず、今回のHH,H,X,N/A,L,LLの
意味を解説してください。次に、Tru-seq, SMARTer, ChIP-seqの区別を教えてください。
特に前者二つはどちらもRNASeqと書かれていて、どう違うのかがわかりません。たぶん、
どちらかが2012年8月の分析で、他方が2013年1月以降の分析でくわえられたのかとも推測しますが
分かりません。それから細胞種はES,STAP,STAP-SC,FI-SC,TSと分類されていますが、あなたの
分析したライン別に記載されてください。
329：一言居士：2019/03/24(日) 06:57:31: このデータはあなたしかお持ちでない(アルイミオウジ氏のところにもありますが)。
我々はあなたのブログに出ているものだけしか把握していません。現在どれだけ
分析が進んでいるのかは存じませんが、新しく加えられているデータがあったらそれも
更新していただければ有難いです。我々が今持っているデータは、
Tru-seq=ES560,STAP580,STAP-SC585,FI-SC565,TS590,EpiSC568CD45+556
SMARTer=ES574,STAP578(Bowti2,Tophat2)
SMARTer<otamesi>=STAP581(Sox21のみ)
ChIP-seq=ES563,STAP583,STAP-SC588,FI-SC568,TS593
ChIP-seq<やっぱりね>=FI-SC567,FI-SC568,FI-SC569
です。番号は560→SRR1171560の意味です。
330：一言居士：2019/03/24(日) 07:07:23: ご承知の通り、このデータの整理はいつ誰がどういう経緯で登録したのかも
わかっていません。例えばF1の細胞はすべてがC57BL/6x129/Svと記載されているんですが
中身が違っている。TSもすべてCD1と書かれていて丹羽研提供は桂報告書で
分かっていますが、遠藤さんが分析した590,591は若山さんの作ったF1のTSのようです。
この公共データ登録は小保方さんが一旦理研を経由して登録していて人の手が
介入しているようでもあります。ライン別にちゃんと識別されていなければならない理由です。
以上要望でした。

ペーパー一枚への道 その1