ペーパー一枚への道　その1

1：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/11(月) 00:00:59: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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194：在原業平：2019/03/19(火) 08:03:56: Ts.Markerさんは仄めかすだけだよと言ったとおりの対応だろ。我々はまだ
Ts.Markerブログの検証過程の中に居るんだよね。そういう意味の付き合い
長いからな。
195：ヘーゲル：2019/03/19(火) 08:06:14: 本題頼むぜ。
196：カール・ヤスパース：2019/03/19(火) 08:07:07: 本題、何でしたっけ?
197：デラ・ストリート：2019/03/19(火) 08:09:13: LIF培地でFI-SCがまたES-Likeに戻るという発想したのは誰かという問題よ。
198：ペリー・メイスン：2019/03/19(火) 08:10:11: Figure 4-aだね。
199：小野小町：2019/03/19(火) 08:10:47: 4日間の LIF+FBS培地での誘導が笹井さんの発案ということはないの?
200：在原業平：2019/03/19(火) 08:11:24: それは無いよ。笹井さんは文章はリヴァイズしたが書かれている内容の主旨は変えていないと証言している。
201：小野小町：2019/03/19(火) 08:11:56: 小保方さんが自分でやった実験ということはあるの?
202：在原業平：2019/03/19(火) 08:12:33: 幹細胞化の実験は若山さんが計画してラボメンバーを使っていろんなことをやらせている。一旦FI-SCになったものをLIF+FBS培地で誘導してES様細胞になるという発想をFI-SC自体を作れたことのない小保方さんが発展的に付け加えるということも考えられないね。
203：小野小町：2019/03/19(火) 08:13:17: では、ヒートマップ解析は誰が行ったものなの?
204：在原業平：2019/03/19(火) 08:13:47: 遺伝子解析に関しては8月のGRAS提出分は若山研での検査だ。でもその後1月と6月に追加で提出されていて、レター論文にヒートマップとして表されているのは共著者門田さんの仕事だ。
205：小野小町：2019/03/19(火) 08:14:23: Extended Data Figure 3-bにCD45+とESとSTAPと並んでいてすべて違っているわね。ESではないという証拠でもあるし、本物論者たちの証拠でもあると思われているのね。
206：在原業平：2019/03/19(火) 08:17:15: あそこで解析されているSTAP細胞は小保方さんが酸浴させたCD45陽性細胞だ。
ESと違っているのは無論桂報告のESコンタミ論の間違いを証しているものだ。
でも、丹羽さんが本物のOct4発現細胞はとてもわずかだと言っているにも
関わらず、CD45と酸浴後のCD45であるSTAP細胞の発現パターンがあんなに
違っている原因はハウスキーピング遺伝子側の問題だと思うよ。酸浴で
変化したのはGapdhの方だろ。ここが検証実験で相沢論文の指摘している
ことと関係しているのだと推測できる。
207：一言居士：2019/03/19(火) 08:23:10: ここの問題はある派の和モガさんや、Ts.Markerさん、学さん、Ooboeさんと
パートナー氏の最もよりどころとしている根拠じゃないかな。学さんのところで
問題提起して見たらどうかな。
208：閲覧者：2019/03/19(火) 08:24:40: よし、ジムさんのところにここまでの原稿を送ろう。そののちにヒートマップの件を
学さんのところで論じてもらおう。
209：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/20(水) 07:51:45: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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210：在原業平：2019/03/20(水) 07:52:50: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
211：小野小町：2019/03/20(水) 08:00:58: お気に入りは学さんのところにTs.Markerさんがあのねさんへのお返事よ。
212：一言居士：2019/03/20(水) 08:03:09: あのね氏はこの問題は調べてないようだから、ブログの説明だけしといたけど、
ここでうまくヒートマップの検討に議論が行ければいいんだけどね。どうなることやら。
Ts.Markerさんは無口な人だからな。
213：小野小町：2019/03/20(水) 08:06:52: Sox21がTS特異的マーカーだと言い出したのは遠藤さんね。和モガさんが
それを引き継いだ形になってるわね。でも学術的にはそんな論文は無いようね。
214：閲覧者：2019/03/20(水) 08:11:55: 丹羽研提出のCD1マウス背景のTSからSox21が発現しているんだね。だから遠藤さんは
Sox21はTSマーカーだと判断して論理を展開している。その遠藤さんなる専門家が
書いているから和モガさんはSox21はTS特異的マーカーだと思ってこれも彼の論理を
展開している。
215：デラ・ストリート：2019/03/20(水) 08:29:05: 遠藤論文のFigure2-cね。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.
216：ペリー・メイスン：2019/03/20(水) 08:33:56: 小保方さんの論文に出てくるTA特異的マーカーは
Cdx2
Eomes
Itga7
Elf5
だね。
217：孤舟：2019/03/20(水) 08:35:48: こんなのあるけどな。
>>
脱毛の原因にかかわる遺伝子・転写因子Sox21
脱毛の原因遺伝子を、国立遺伝学研究所の相賀裕美子教授のグループが中心となり、慶應義塾大学の岡野栄之教授らのグループの共同研究で発見しました。これは遺伝子が発現するためのスイッチの役割をする転写因子（Sox21）を働かなくさせた（ノックアウトした）マウスの解析によって明らかになりました。
218：開高健：2019/03/20(水) 08:37:34: ES特異的マーカーにSox2という紛らわしいのがあるけど関係ないよな。
219：ペリー・メイスン：2019/03/20(水) 08:42:06: こういうところはど素人の手に負えないところだね。遠藤論文の論旨はFI-SCの中の
Sox21遺伝子にあるSNPを比較しているだけで、この遺伝子があるからTSのような胎盤貢献能の
可能性があるのだと言っているわけでもないよな。和モガさんはそれをFI-SCの
胎盤貢献能の証だと受け取ったんだね。当のTs.Marker さんは遠藤論文の確認として調べて
いたんじゃなかったっけ?
220：一言居士：2019/03/20(水) 08:46:06: いや、これはTs.Markerさんが、Sox21はTS特異テクマーカーであるという遠藤論文の主張をそのまま信じて
逆に、STAP細胞からSox21を見つけたという経緯だ。
>>
Stap no Sox21 hatugen kakunin。
2017/5/11(木) 午後 2:29 [ Ts.Marker ] 返信する
>>
Ts.Markerさん、すごい解析で、本当に脱帽です。このSTAP Rep2は、STAP細胞（STAP-SCやFI-SCではなく）ですよね？ ES/TSの混ぜ物では全く説明できない結果です。小保方さんが何らかの現象を見ていた事は確かなようですね。TSC Rep1のCdx2とEomesもアップする予定はありますか？
2017/7/6(木) 午前 8:46 [ L ] 返信する
221：閲覧者：2019/03/20(水) 08:59:29: SOX21とTS特異的マーカーで検索して出てこないのが不思議だよね。出てくるのは
Sox2なんだよね。ESとTSの両方で働くという丹羽さんの研究だね。
222：閲覧者：2019/03/20(水) 09:02:36: 遠藤さんの勘違いなんじゃないかと疑ってるけどね。
Ts.Markerさんも、和モガさんも、L氏も結局Sox21がTSマーカーだという
遠藤論文をいう鵜呑みの根拠にしているだけだ。
223：閲覧者：2019/03/20(水) 09:06:37: あれ一言居士さん、僕の名前で書き込まないでね。それに

遠藤論文をいう鵜呑みの根拠→遠藤論文を鵜呑みの根拠

だね。
224：一言居士：2019/03/20(水) 09:11:00: このネイチャー論文はそもそも小保方さんの酸浴細胞からキメラができたから、
小保方さんの酸浴細胞は新種の多能性細胞だと主張しているだけなんだけど、
そんなものからキメラができるはずがない、ESのコンタミでしょと疑われたんだね。
その疑いを否定するために遺伝子解析結果をつけているんだけど、そんなことする
必要は全くないんで、何度でもキメラを作って見せたらいいだけなんだよな。
225：閲覧者：2019/03/20(水) 09:16:20: 小保方さんはキメラができる前は自分の発見した細胞は未熟な幹細胞らしいと
考えていたんだよな。だからいろいろと遺伝子解析して調べていた。彼女は
試験管内三胚葉分化を確認し、ヴァカンティ足場を使ってのテラトーマ形成の
確認まではしている。これが既存の幹細胞の類なのか、新種の知られていない
幹細胞なのか、あるいは刺激でできてきている細胞なのかを遺伝子発現解析で
ESと比較して何かわからないかと調べていたんでしょ。でも、キメラはできた。
226：一言居士：2019/03/20(水) 09:19:01: そうなんだよ。未熟な幹細胞ではないということはキメラ形成で完全証明された。
理研でのネイチャー論文の骨子はそれだ。人が信じないのなら何度でもキメラを
作って見せればいいだけだ。遺伝子解析なんて証明のためには不要なものだ。
227：小野小町：2019/03/20(水) 09:21:39: でも、だれにも再現できない。丹羽さんと小保方さんすらキメラ形成に成功しなかった。
するとキメラを作ったのは若山さんなんだから、若山さんが再現して見せる番よね。
228：在原業平：2019/03/20(水) 09:26:10: ところが、彼は多忙を理由に再現実験に参加しなかった。ここでできなかったら
ESコンタミか、さもなければ若山さんが何かしたかが問題になる。彼は理研の調査主導で
そういう問題になることを恐れたから参加しなかったのだと思われても仕方がないだろうね。
他方で太田ESを理研の調査チームに渡したのは若山さんだ。彼は容疑者だ。理研は
太田さんの試料を京都大学に依頼して保全しないといけなかった立場だよ。
229：小野小町：2019/03/20(水) 09:30:57: MTAも無いような個人的な試料だったということね。作られているのかすら怪しいのよね。
太田さんの実験ノートも公表されていない。勝手に作ったとか、ノートに書かれているとか
リストにあるとか言ってるだけね。しかも、本当に作っているntESの方は論文やラベルと
中身の親の系譜が逆転しているなんて、警察や裁判所が聞いたらあきれるような
でたらめさなのよね。
230：在原業平：2019/03/20(水) 09:33:53: こんなことをするから逆に足がつくんだね。無実なら何もしないでも
明らかになってくるよ。
231：シャーロック・ホームズ：2019/03/20(水) 09:39:41: 学さんのところでの遺伝子解析結果の検討は我々のntES論での細胞の性質の
検討材料にもなるんだね。我々の説ではキメラなんてできて当たり前だからね。
胎盤が光ったという話の意味を深めていくことになるな。
232：ドクター・ワトソン：2019/03/20(水) 09:53:03: ①若山さんは小保方さんが発生学を勉強するように仕向ける実験をしている可能性。
②小保方さんは原始内胚葉(primitive endoderm)由来胎盤組織と栄養外胚葉(trophectoderm)由来胎盤貢献組織を何か混同している可能性。
③笹井さんは小保方さんの②の誤解に気づいていない可能性。
④若山さんは小保方細胞核使用ntESがただの体細胞ntESであったことにかなり後になるまで気づいていない可能性。
⑤若山さんはただ単に自分のntESの胎盤貢献能に新発見していた可能性。

いろいろと調べないとね。
233：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/21(木) 02:33:22: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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234：在原業平：2019/03/21(木) 02:35:27: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
235：小野小町：2019/03/21(木) 02:38:20: Ts.Markerさんからお返事よ。
>>
> あのねさん
> 一言居士さん

STAP-SC、FI-SCのSMARTer は、登録されてないです。（FI-SCもN/Aだったね）
(Letter Supplementary information）

以上のデータはブログ*ttps://blogs.yahoo.co.jp/p2_xx_p/63959573.htmlより
fastqをマッピングしたbamをダウンロードできます。

一言居士さんも、1～2時間ガマンすればIGVで見られるようになると思いますよ。
何か新たな発見があるかも。
2019/3/20(水) 午前 9:08[ Ts.Marker ]返信する
236：一言居士：2019/03/21(木) 02:47:03: 返事をださないと。

>>Ts.Markerさん

私は機械音痴なのでIGVは無理です。あなたに結果とその意味を教えていただいた方が
早いです。
ど素人としてまず予備的質問を先にさせてください。

<Sox21はTS特異的マーカーである>という根拠論文に関する質問です。
237：一言居士：2019/03/21(木) 02:52:07: 事の発端があなたのブログとそのコメント欄だということは、この件を長く
考えてきた仲間内では知られていることですが、あのねさんは最近参加されて
いるようですので、老婆心ながら横レスして一応前提となる情報の出発点を
お知らせしました。あなたの第一声は以下でした。
>>
Stap no Sox21 hatugen kakunin。
2017/5/11(木) 午後 2:29 [ Ts.Marker ] 返信する
238：一言居士：2019/03/21(木) 02:57:52: あなたの2年前のコメントは無論遠藤論文が前提になっています。公共データ登録されたデータを
解析するときに遠藤さんがFI-SCに関してSox21をTS特異的マーカーとして挙げられていたので、
あれ、Sox21なら、FI-SCだけでなくSTAP細胞にも出ているぞと指摘されたのでしたね。そして
Lさんがすかさず以下のようにレスされた。
>>
Ts.Markerさん、すごい解析で、本当に脱帽です。このSTAP Rep2は、STAP細胞（STAP-SCやFI-SCではなく）ですよね？ ES/TSの混ぜ物では全く説明できない結果です。小保方さんが何らかの現象を見ていた事は確かなようですね。TSC Rep1のCdx2とEomesもアップする予定はありますか？
2017/7/6(木) 午前 8:46 [ L ] 返信する
239：一言居士：2019/03/21(木) 03:21:01: あなたは客観的事実に関すること以外には口数の少ない方だということは存じ上げています。
このときあなたはただSox21ならSTAP細胞にも発現しているよとおっしゃっただけです。
でも、LさんはSox21はTS特異的マーカーであるという遠藤さんの記述を鵜呑みにしてそのまま
これはSTAP細胞の胎盤貢献能と関連していると受け取られた。だからこそ、同様にTS特異的マーカーである
Cdx2とEomesに言及されたわけです。遠藤論文のFigure2-cのリジェンドは以下です。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.
240：一言居士：2019/03/21(木) 03:29:29: 一方、笹井さんや丹保さんが参加して最終リヴァイズされたネイチャー論文で
TS特異的マーカーとして挙げられているのはCdx2,Eomes,Itgα7,Elf5です。
Sox21はない。和モガさんはLさんと同様に遠藤論文記述を根拠にSox21はTS特異的
マーカーであると認識されて、かつ、Ts.Markerさんが示されたIGV結果としても
Sox21がTSには発現しているがESには弱くしか発現していないという補強情報を得て、
これはSTAP細胞の胎盤寄与能の傍証であるとされた。
241：一言居士：2019/03/21(木) 03:33:09: 私はど素人ですのでウィキでSox21に関して検索するのですが、以下のようなものしか
ヒットさせられません。
>>
脱毛の原因にかかわる遺伝子・転写因子Sox21
脱毛の原因遺伝子を、国立遺伝学研究所の相賀裕美子教授のグループが中心となり、慶應義塾大学の岡野栄之教授らのグループの共同研究で発見しました。これは遺伝子が発現するためのスイッチの役割をする転写因子（Sox21）を働かなくさせた（ノックアウトした）マウスの解析によって明らかになりました。
242：一言居士：2019/03/21(木) 03:37:24: そこで私の予備的質問は以下です。

Sox21がTSC-specific genesであると一般に認知されている論文なり報告なりをご紹介いただけませんか。

以上です。
243：小野小町：2019/03/21(木) 03:39:53: いいでしょ。貼り付けてらっしゃいよ。でも連番を入れないと学さんが識別が大変みたいよ。
244：一言居士：2019/03/21(木) 04:20:01: 貼り付けてきたよ。最後にレター論文のヒートマップ解析の議論につながることを
期待すると伝えてきた。これは学さんも関心のあるところのはずだよな。
245：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/22(金) 05:29:00: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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246：在原業平：2019/03/22(金) 05:29:56: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
247：小野小町：2019/03/22(金) 05:47:11: Ts.Markerさんからお返事よ。学さんが場を提供してくださったわ。
248：在原業平：2019/03/22(金) 05:48:23: これだね。
>>

> 一言居士さん
Sox21について当時あまり情報がなかったが、最近は結構引っ掛かる。

"Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation"

"Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation"

"A Resource for the Transcriptional Signature of Bona Fide Trophoblast Stem Cells and Analysis of Their Embryonic Persistence"
2019/3/21(木) 午後 0:20[ Ts.Marker ]返信する
249：一言居士：2019/03/22(金) 06:03:42: 整理しとこうかな。まず、

(小保方論文　Published online　29-Jan-14)
Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency
Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency
(遠藤論文　published online: 21 SEP 2014)
Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency
(Moretto Zita M　論文　Epub 2015 Oct 21.)
Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation.
(Georg Kuales　論文　Published online 2015 Dec 14. )
A Resource for the Transcriptional Signature of Bona Fide Trophoblast Stem Cells and Analysis of Their Embryonic Persistence
250：閲覧者：2019/03/22(金) 06:09:32: 遠藤さんは後発の論文は読んでいないんだから、Sox21がTSC-specific genesで
あるといったのは遠藤さんが初めてなのかな。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.
251：一言居士：2019/03/22(金) 06:25:50: そこが謎なんだね。笹井さんも、丹羽さんも、小保方さんにSox21も調べて
おくようにとは言ってない。小保方さんがTS特異的マーカーだとしているのは以下だ。
>>
Cdx2
Eomes
Itga7
Elf5
252：小野小町：2019/03/22(金) 06:29:18: ところがヒートマップのTS細胞にはこの4つは素人目では見当たらない。別名があるのか。
253：在原業平：2019/03/22(金) 06:31:48: 分かりにくいね。タイトルは以下だね。
>>
3. Extended Data Figure 3: Transcriptome analyses of STAP cells shown by heat maps. (494 KB)

拡張データ図3：ヒートマップ<翻訳機訳注:個々の値のデータ行列を色として表現した可視化グラフ>によって示されるSTAP細胞のトランスクリプトーム<翻訳機訳注:特定の状況下において細胞中に存在する全てのmRNA（ないしは一次転写産物、 transcripts）の総体を指す呼称>解析。（494 KB）
254：小野小町：2019/03/22(金) 06:39:32: なるほど。STAP細胞が基軸なのね。薄い黄色は0から2の間の発現で0ではないのね。
STAP細胞に発現しているmRNAの指示しているすべてのたんぱく質がまず網羅されていて、
対して同じたんぱく質がCD45+,ES,STAP-SC,FI-SCにどれだけ発現しているかということね。
STAP細胞にCdx2,Eomes,Itga7,Elf5が発現してなかったら、ここには項目として上がらないのね。
255：ペリー・メイスン：2019/03/22(金) 06:51:42: メモリはAbsolute expression values are scaled by log2. とあるが、このlog2は
エクセル関数のlog2で2を底とする対数のようだね。だから1は1、2は4、3は9だと思うと
リニアな把握に翻訳できるね。
256：在原業平：2019/03/22(金) 06:55:07: 小町ちゃんの言ってるのはExtended Data Figure 3-aだね。bはCD45+が基準で、
cは造血系統発生に関与する代表的遺伝子に対する比較だね。
257：小野小町：2019/03/22(金) 07:09:00: そうね。ただし、STAP細胞は胎盤寄与するという意味ではCdx2,Eomes,Itga7,Elf5の
何か一つくらいは発現していておかしくないのよね。Figure 4-b では見えてるのに。
258：ペリー・メイスン：2019/03/22(金) 07:12:00: まあ、なんというか論理が雑駁というのと生もののデータは何度もやり直していると
どうにでも取れちゃうということがありそうだね。つまり、生物現象って厳密にいうと
繰り返しは無いんだよな。何しろすべての生物は死に向かっているんだからね。
繰り返しがあるなら死ねないわな。
259：ドクター・ワトソン：2019/03/22(金) 07:15:15: 対話の糸口を作らないといけないんだけどな。どこから入るかな。
そもそも論から入ると本題に到達するのにとんでもなく時間がかかりそうだね。
260：シャーロック・ホームズ：2019/03/22(金) 07:19:56: まあ、生物現象に繰り返しは無いというそもそも論はわきに置いといても、
遺伝子解析のそもそも論は最初にやっとかないと議論は深まらないだろうな。
まず多能性細胞であるということが証明されてのちに、そのメカニズムを知るために
遺伝子解析をしているというところだね。これを押さえないと、多能性細胞で
あるのかどうかが分かってない細胞の遺伝子解析の意味するところに気づけないで、
誤解が生じそうだな。
261：ドクター・ワトソン：2019/03/22(金) 07:24:25: とりあえずは遠藤さんはどうしてSOx21なんて言い出したのかという問題を
提起しているんだから、そこの問題から入るしかないよ。
262：一言居士：2019/03/22(金) 07:27:04: いいだろう。では原稿作りだ。
>>
学さん

議論の場をしつらえて下さって有難うございます。
>>
Ts.Markerさん

論文のご紹介有難うございます。
263：小野小町：2019/03/22(金) 07:27:47: なるほど。で?
264：一言居士：2019/03/22(金) 07:30:22: 論文発表の時系列順序は以下です。

(小保方論文　Published online　29-Jan-14)
Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency
Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency
(遠藤論文　published online: 21 SEP 2014)
Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency
(Moretto Zita M　論文　Epub 2015 Oct 21.)
Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation.
(Georg Kuales　論文　Published online 2015 Dec 14. )
A Resource for the Transcriptional Signature of Bona Fide Trophoblast Stem Cells and Analysis of Their Embryonic Persistence
265：一言居士：2019/03/22(金) 07:38:10: 上記で明らかですが、「Sox21について当時あまり情報がなかった」と当初から
お気づきであったように、笹井さんや丹羽さんが小保方さんの論文のリヴァイズを
命じられていた2013年以前にお二人がTS特異的マーカーとしてSox21も使うよう
アドヴァイスしたということもなかったようです。遠藤さんがなぜここで突然
Sox21はTS特異的マーカーだとしたのかの理由は二つしか考えられません。
①この時点ですでにSox21がTS特異的マーカーであるという論文があったから。
②自分で公共データ登録されているでーたを解析した時にTS細胞分にSox21発現があったから。
266：一言居士：2019/03/22(金) 07:39:11: でーた→データ
267：一言居士：2019/03/22(金) 07:54:43: ①に関して私の知りたかったのは2013年以前の論文です。少なくとも遠藤論文の出た
2014/9/21以前の論文です。私は当時から見つけられなかった。あなたもその経験がおありですね。
それが、「Sox21について当時あまり情報がなかった」という言葉になっているのだと思います。
私はこの世界では全くのど素人です。私が見つけられない以上にあなたに見つけられなかったことは
もっと重い情報ですよね。
②に関してはあなたの解析した<otameshi Sox21>の中にど素人でもわかるくらいはっきり出ていますね。
SRR1171590の分です。桂報告によるとF1のCAG-GFP分で若山さんの作った分のようですね。ChIPSeqの三つは
丹羽さんの提供したCD1背景のTSです。
268：一言居士：2019/03/22(金) 07:58:51: はっきりとはしませんが、無論遠藤さんはあなたより先にSRR1171590を解析しています。
その時に自分でSoc21が顕著に出ているのに気づいて、勝手にTS特異的遺伝子であると
思い込んだのではないかと疑義しています。そして結果後の論文にあるようにそれが
今他社の関心を呼んで調べられているのだということではないかと。
269：一言居士：2019/03/22(金) 08:00:56: Soc21→Sox21
他社→他者
270：一言居士：2019/03/22(金) 08:10:35: もし②だとしたら遠藤論文というのはどう評価したらいいのでしょうかね。学さんに
アップされていただいているようにヒートマップでは沢山のmRNAが発現していて、無論
すべてがそれぞれの多能性細胞特異的マーカーであるということではありませんよね。
例えばES細胞ならOct3/4は必ず発現していて、それがどういう働きをしているかを
調べられてある程度分かっているのがES特異的マーカージーンですね。逆にどんな細胞でも
Oct3/4が発現していたら多能性幹細胞かというと逆は真ではない。当然ですね。ただ、
新種の細胞でOct3/4が発現するようだったら、ひょっとしたら多能性細胞ではないかと
考えて、最終的にはキメラができて初めて多能性細胞だと認められる。そして
そこからこの細胞ではOct3/4がどのような働きをしているのかを探求していくことになる。
ESと同じ働きなのか否かというような研究ですね。
271：一言居士：2019/03/22(金) 08:14:21: もし、②が原因で遠藤さんが

(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.

とそれているのなら、問題でしょうね。こういう書き方をするときは既に
学会で共通に認められたことを基準にしなければなりませんよね。①であることを
願いますけどね。けがの功名で結果的にそうであることになっても、何の自慢にも
なりませんね。
272：一言居士：2019/03/22(金) 08:15:55: それて→されて
273：一言居士：2019/03/22(金) 08:23:21: ヒートマップの結果も私にはチンプンカンプンなんですけど、根本に同じ問題が
あるのではないかと疑義しています。つまり、たくさんデータを並べているんだけども
何も言えてないのではないか、あるいはデータ自体が生ものということもあるのか、
その時々でちがう結果が出ていて、論旨に都合よく塩梅されているのではないかという
疑問です。
私はntES論です。根本的にキメラは酸浴細胞をntES化されてできた結果で、小保方さん、
笹井さん、丹羽さんはキメラはSTAP細胞からスタンダードな方法でできたと思い込んで
いることがすべての遠因だと思っています。とりあえず以上です。ここまでのところを
御批判いただきたい。
274：オウ、イェイ。：2019/03/22(金) 17:15:16: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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275：在原業平：2019/03/22(金) 17:16:52: 小町ちゃん、ジンライムね。50上釣ったぜ。
276：小野小町：2019/03/22(金) 17:19:04: あら、おめでとう。冬から準備した甲斐があったわね。何センチだったの?
277：在原業平：2019/03/22(金) 17:27:56: 51.0センチジャスト。腹パンの雌、竿、14尺、朱紋峰嵐馬、ライン、1.2、
リーダー、0.8の41センチと50センチ、針、改良ヤラズ7号、餌、バラケは
マッシュと藻べら、クワセはグルテンαとイモグルと綿グルのミックス。
床は2本程度、棚は上針トントンより少し緩めたところ。
で、ドンと、へへへ。
278：在原業平：2019/03/22(金) 18:23:43: 今、写真を拡大してよく見たら51.2センチだった。へへへ。前回は51.5だ。
2枚目。満足。うへへへへ。
279：小野小町：2019/03/22(金) 18:26:31: グルテン餌の開発者、料理人の土井勝さんが40上100枚目標だった時代とは
違うのね。魚も大きくなってるし。
280：在原業平：2019/03/22(金) 18:29:36: まあ、そうなんだけど、価値を下げないでよ。うへへへへ。ただうれしいだけ。
うひひひひ。だからと言ってそんなに簡単には釣れないんだぜ。くふふふふ。
281：小野小町：2019/03/22(金) 18:32:04: 学さんのとこで議論発展してるんだけど今日はダメそうね。
282：在原業平：2019/03/22(金) 18:35:13: 今日はダメだ。ふふふ。正月に御神籤大吉だったからなあ。わははははは。
運だよ。運。今年は運がいいんだ。僕、もう一枚釣りそうな予感。てへへへへ。
283：小野小町：2019/03/22(金) 18:40:22: ま、いっかあ。

youtube.com/watch?v=lBLkyp_YLHI
284：今日は、ということで。：2019/03/22(金) 18:41:42: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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285：地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。：2019/03/23(土) 07:04:07: 😭　😃　😵　😒　😣　😝　😍　😆　😔　😳　😉　😴　🙄　🤔　😕　😡　😱　👿　
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286：在原業平：2019/03/23(土) 07:05:05: モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。
287：小野小町：2019/03/23(土) 07:07:16: お気に入りはガンバレが止まっちゃってるのと、Ooboeさんたちが休んでいるのが気になるわね。
何か行動を起こされてるんじゃないかな。学さんのところは昨日のままね。
288：在原業平：2019/03/23(土) 07:09:00: まずはL氏の書き込みから行こうかな。
>>
一言居士さんが、私の昔のコメントを引っ張り出してきてくれたようですが、私の真意と異なる解釈になっています。学さんのコメント欄でも、関連したコメントをした記憶があるのですが、どこに書いたか思い出せないので、再度コメントしておきます。

私個人のスタンスとしては、SOX21がTS特異的マーカーとは考えていません。Ts. Markerさんも挙げているJBC論文では、ES細胞でもTSの半分弱くらいSOX21を発現（タンパクではなくmRNAレベル）しており、SOX21遺伝子を発現するES細胞が存在する事は確かなようです。
2019/3/22(金) 午前 7:59[ L ]返信する
289：一言居士：2019/03/23(土) 07:19:14: 僕の書き込み以前に書き込まれていたね。JBC論文というのは
(Moretto Zita M　論文　Epub 2015 Oct 21.)
Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation.
のことなんで僕の指摘していね時系列的には遠藤論文の根拠にはなってないよね。
現在Sox21がどう考えられているかは今問題にしていない。
ただ、L氏は当初から「SOX21がTS特異的マーカーとは考えていません。」ということだったのかな。
290：閲覧者：2019/03/23(土) 07:26:55: ではなぜCdx2とEomesに触れたのかね。何がすごい解析であったことになるのかな。
>>
Ts.Markerさん、すごい解析で、本当に脱帽です。このSTAP Rep2は、STAP細胞（STAP-SCやFI-SCではなく）ですよね？ ES/TSの混ぜ物では全く説明できない結果です。小保方さんが何らかの現象を見ていた事は確かなようですね。TSC Rep1のCdx2とEomesもアップする予定はありますか？
2017/7/6(木) 午前 8:46[ L ]返信する
291：一言居士：2019/03/23(土) 07:33:58: 我々は以前からL氏をスピン屋さんだと疑ってるからね。彼がどういう意見の変遷を
経ているのかは今はどうでもいいよ。
和モガさんはTs.Markerさんの結果を見てSTAP細胞の胎盤貢献能を信じて、STAP細胞は
論文通りにあるという確信を得られたんで、L氏はそうは思ってなかったということで
構わないよ。L氏は関係ないということだ。ならばこれは遠藤氏がSox21をTS特異的遺伝子であると
言ったことが和モガ氏の確信を生んだということで、では遠藤氏の根拠は
どこにあったのかということになる。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.
292：在原業平：2019/03/23(土) 07:37:21: はい、続きだよ。こういうところがスピン行為と疑われるところだね。我々は遠藤論文に関して根拠論文を問うている。
>>
４細胞期の胚でSOX21発現が低い細胞では、CDX2の発現が上昇し、結果として胚外組織に分化していくとの報告があります。逆に、４細胞期にSOX21発現が上昇している細胞ではCDX2の発現が抑制され、胚内（ICM）への分化傾向を示すと考えられます。これをそのままES/TSに当てはめると、４細胞期にSOX21を高発現している細胞を培養するとES細胞になり、低発現細胞を培養するとTS細胞になる、というストーリーの方が想定しやすく、TS細胞においてSOX21が高発現している事の方が、発生学的には不思議な気がします。

若山研では2-8細胞期の胚からES細胞を樹立する方法も報告されており、この場合には胚におけるSOX21発現を反映したES細胞ができるかもしれません。STAPで使われたES、例えばGOF-ESなどは、この方法で樹立された可能性があり、このラインでSOX21の発現がどうなっているかわかると、理解が進むと思います。STAP関連で公開されているRNAseqデータに、GOF-ESと思われるサンプルはありますか？
2019/3/22(金) 午前 8:00[ L ]返信する
293：一言居士：2019/03/23(土) 07:44:28: これは今の知見でしょ。遠藤さんがthe TSC-specific genes Elf5 and Sox21と
書いた時点の根拠論文を問うている。L氏は別の話をしている。スピンをかけているね。
若山研での初期胚からのES樹立もSox21とは無関係で、自分が勝手に推測しているだけだね。
桂報告書の定義しているGOF-ESは学生の作ったntESだぜ。スピンにしてはあまりに曲がりすぎてて
頓珍漢というのではないかな。

ペーパー一枚への道 その1