したらばTOP ■掲示板に戻る■ 全部 1-100 最新50 | |
レス数が900を超えています。1000を超えると投稿できなくなるよ。

ペーパー一枚への道 その1

1地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/11(月) 00:00:59
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

159孤舟:2019/03/16(土) 09:26:34
今日は今から昼過ぎまでヴォランティアだぜ。

160ふむ:2019/03/16(土) 09:27:11
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

161地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/17(日) 08:37:34
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

162在原業平:2019/03/17(日) 08:38:19
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

163小野小町:2019/03/17(日) 08:42:53
お気に入りは変化なしよ。学さんはスピン屋の話にに夢中ね。

164在原業平:2019/03/17(日) 08:51:02
ため息さんは女性なのか。知らなかったな。この人はSTAP事件に関しては
全く勉強不足の人だよね。最初ちら見したときに論じる意味もない相手だと思った。
それに歴史的にもSTAP事件以前からのブロガーだしな。ここにたむろしている奴らは
一研究者時代からよく知ってる相手だけどな。梁山泊にされちまって、
母屋取られている間に盗賊の仲間になったということみたいね。はは。

165小野小町:2019/03/17(日) 08:54:41
学さんもなんでこんな相手たちと絡みあってるのかしらね。自分のブログなんだから
排除しちまって、ご自分の意見だけ書いてればいいのに。スピン屋というのは
お金もらってやってるんだから、なんでもしてくるんで、いちいち相手してたら
時間の無駄だわよね。

166在原業平:2019/03/17(日) 08:56:43
Ooboe さんが根本さんから自分のブログを作りなさいとアドヴァイスされているね。

167小野小町:2019/03/17(日) 08:59:20
木星さん、アトモス部屋さん、Ooboeさん、学さん、バ感想、ため息さんと女性なのね。

168ヘーゲル:2019/03/17(日) 09:02:26
本題頼むぜ

169カール・ヤスパース:2019/03/17(日) 09:03:24
本題、何でしたっけ?

170デラ・ストリート:2019/03/17(日) 09:04:26
JAKi検証は誰が何のために行ったのか?

171一言居士:2019/03/17(日) 09:10:22
結構、むつかしいんだよな。当時の若山ラボで行われた実験ではない。ただ、きっかけが
系統樹で、このベースにあるデータの最初が若山研でのものだ。

172地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/18(月) 09:28:55
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

173在原業平:2019/03/18(月) 09:30:18
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

174小野小町:2019/03/18(月) 09:31:22
お気に入りは変化なしよ。あのねさんも自説展開が止まってる。

175在原業平:2019/03/18(月) 09:32:25
我々も止まってるよな。ジムさんに送る原稿ができない。

176孤舟:2019/03/18(月) 09:33:33
釣りとヴォランティアが忙しいからなあ。

177一言居士:2019/03/18(月) 09:34:38
いや、分かったことを書くのにそんなに時間はいらない。問題自体がむつかしい。

178閲覧者:2019/03/18(月) 09:35:26
考えるための糸口が見つからないんだろ。

179開高健:2019/03/18(月) 09:37:31
僕は釣りをしながら考えたんだけどな。JAKiの検証実験が無かったら、
若山さんの渡したデータと論文の論旨はどういうものだったかと考えたら
いいんじゃないかと。

180孤舟:2019/03/18(月) 09:43:59
JAKiの検証が無かったら、
①STAP細胞は胎児、胎盤に貢献する。
②STAP幹細胞は増殖能を獲得するとき胎盤貢献能を失う。
③FI幹細胞はFGF4培地の中で胎児貢献能を失うが、LIF培地で誘導すると胎盤貢献能を失って胎児貢献能を回復する。

181小野小町:2019/03/18(月) 09:45:37
本当なの?
誰がそんなこと言ったのかしら?

182在原業平:2019/03/18(月) 10:03:59
①は若山さんが胎児胎盤の試料を渡して胎盤が光っているようだから確認してと指示して、
小保方さんはその免染写真をExtended Data Figure 1-b,cとして図表添付した。
②は若山さんが作ってキメラも作られているが、なぜかキメラ胎盤が光っていないという証拠写真が無い。
③はFI化幹細胞由来キメラが作られFigure 2-gにしょうこしゃしんがあるが、上下が同じ区画の比較に
なってないので胎児が光っていないという証拠がない。また、LIF培地でES様に戻された細胞由来の
キメラ実験結果は無いので胎児胎盤写真の証拠がない。しかし、テラトーマ実験は行われている。

183在原業平:2019/03/18(月) 10:05:41
FI化幹細胞由来キメラ→FI幹細胞由来キメラ
しょうこしゃしん→証拠写真

184デラ・ストリート:2019/03/18(月) 10:07:39
最後のテラトーマに関する記述は以下ね。
>>
Notably, when cultured in LIF+FBS-containing medium for 4 days, Fgf4-induced stem cells underwent substantial changes in morphology and started to form ES-cell-like compact colonies with strong GFP signals (Fig. 3a). These cells showed expression of pluripotency makers, but not trophoblast markers (Fig. 3b and Extended Data Fig. 6a), and formed teratomas in mice (Extended Data Fig. 6b). These ES-like cells were generated from Fgf4-induced stem cells sorted for strong expression of the trophoblast marker Itga7, but rarely from Itga7-dim cells (Fig. 3c, d).

特に4日間LIF+ FBS含有培地で培養すると、Fgf4誘導幹細胞は、形態学的に実質的な変化を受け、強いGFPシグナル(図3a)を有するES細胞様のコンパクトなコロニーを形成し始めた。これらの細胞は、多能性メーカーの発現を示したが、栄養膜マーカーは示さず(図3b及び拡張データ図6a)、かつマウスにおいてテラトーマを形成した(データ図。拡張図6b)。これらのES様細胞は栄養膜マーカーItga7の強発現しているFgf4誘導幹細胞から生成されたが、まれにItga7-DIM細胞からも生成された(図3c、d)。

185小野小町:2019/03/18(月) 10:21:07
Figure 3-aはGOF由来FI-SCがあるという証拠写真ね。対してExtended Data Figure 6-aは免染結果で、
Oct4は内在性Oct4ね。丹羽さんの検証結果によれば、酸浴STAP細胞の内在性Oct4発現はほんのわずかなので、
この免染結果は桂報告の言うように既存のES起源であるか、我々の論であるntES起源である可能性が
とてもた高いのね。そして小保方さんがこの細胞からテラトーマを作った。なぜか?

186在原業平:2019/03/18(月) 10:28:11
若山さんがキメラを作っていなかったからだろうね。ということは若山さんは
ここまで実験を進めていなかったんじゃないか。Figure 3-aからdまでだね。つまり、
LIF培地によるOct4-GFPの再発現確認とそのPCR結果までだ。FI-SCは凍結保存されているので
LIF培地による誘導は笹井研でもできるし、また、テラトーマ実験は小保方さんでもできる。
キメラ実験まで進んでいない段階で小保方さんはヴァカンティの元に帰ってしまったんだな。

187地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/19(火) 07:40:50
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

188在原業平:2019/03/19(火) 07:41:35
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

189小野小町:2019/03/19(火) 07:45:57
お気に入りは変化なしよ。あのねさんは返事がないわね。Ts.Markerさんに
出した質問も案の定返事がないわ。

190在原業平:2019/03/19(火) 07:48:17
Ts.Markerさんの書き込みもここに記録しておこうかな。いずれヤフーブログは消えてしまうらしいから。
>>
> あのねさん

3因子で作製したiPS細胞(3F-iPS細胞)は、4因子の4F-iPS細胞に比べ分化多能性(キメラマウス作成効率など)が著しく低下しているらしいが、TSA処理(TSA treatment)によりキメラマウスの作成効率が上がり寄与率の高いキメラマウスが作成出来たとのこと。
(24770224 研究成果報告書(基金分) - KAKEN 参照)

あの研究室でTSA(トリコスタチンA)が、密かに使われたかどうかは定かではないが、キメラや幹細胞化に効果があるんではと思ってます。
2019/3/15(金) 午後 11:51[ Ts.Marker ]返信する

191小野小町:2019/03/19(火) 07:51:28
Ts.Markerさんはまだある派なのね。

192在原業平:2019/03/19(火) 07:58:56
STAP細胞培地にTSAを入れたら幹細胞化するかもと考えているんだから、まだ
STAP細胞が論文通りにある可能性を考え続けているということだね。
李はntESにTSA処理する実験をしているんで、使われた可能性はあるけど、結果は
無論我々の知り得ないことだからね。ただ、こういう科学的側面だけでは
この事件の真実は解明され得ない。仮にTSAでできていたのなら、どうして
できているはずの論文を取り下げたのかという問いに同時に答えを与えないといけない。
Ts.Markerさんはそちらに関心が無いんだね。

193小野小町:2019/03/19(火) 08:00:54
そういう議論に入ると人を論じなければならなくなるから嫌がってるのよね。
でも、そこを嫌がったら解はでないのね。

194在原業平:2019/03/19(火) 08:03:56
Ts.Markerさんは仄めかすだけだよと言ったとおりの対応だろ。我々はまだ
Ts.Markerブログの検証過程の中に居るんだよね。そういう意味の付き合い
長いからな。

195ヘーゲル:2019/03/19(火) 08:06:14
本題頼むぜ。

196カール・ヤスパース:2019/03/19(火) 08:07:07
本題、何でしたっけ?

197デラ・ストリート:2019/03/19(火) 08:09:13
LIF培地でFI-SCがまたES-Likeに戻るという発想したのは誰かという問題よ。

198ペリー・メイスン:2019/03/19(火) 08:10:11
Figure 4-aだね。

199小野小町:2019/03/19(火) 08:10:47
4日間の LIF+FBS培地での誘導が笹井さんの発案ということはないの?

200在原業平:2019/03/19(火) 08:11:24
それは無いよ。笹井さんは文章はリヴァイズしたが書かれている内容の主旨は変えていないと証言している。

201小野小町:2019/03/19(火) 08:11:56
小保方さんが自分でやった実験ということはあるの?

202在原業平:2019/03/19(火) 08:12:33
幹細胞化の実験は若山さんが計画してラボメンバーを使っていろんなことをやらせている。一旦FI-SCになったものをLIF+FBS培地で誘導してES様細胞になるという発想をFI-SC自体を作れたことのない小保方さんが発展的に付け加えるということも考えられないね。

203小野小町:2019/03/19(火) 08:13:17
では、ヒートマップ解析は誰が行ったものなの?

204在原業平:2019/03/19(火) 08:13:47
遺伝子解析に関しては8月のGRAS提出分は若山研での検査だ。でもその後1月と6月に追加で提出されていて、レター論文にヒートマップとして表されているのは共著者門田さんの仕事だ。

205小野小町:2019/03/19(火) 08:14:23
Extended Data Figure 3-bにCD45+とESとSTAPと並んでいてすべて違っているわね。ESではないという証拠でもあるし、本物論者たちの証拠でもあると思われているのね。

206在原業平:2019/03/19(火) 08:17:15
あそこで解析されているSTAP細胞は小保方さんが酸浴させたCD45陽性細胞だ。
ESと違っているのは無論桂報告のESコンタミ論の間違いを証しているものだ。
でも、丹羽さんが本物のOct4発現細胞はとてもわずかだと言っているにも
関わらず、CD45と酸浴後のCD45であるSTAP細胞の発現パターンがあんなに
違っている原因はハウスキーピング遺伝子側の問題だと思うよ。酸浴で
変化したのはGapdhの方だろ。ここが検証実験で相沢論文の指摘している
ことと関係しているのだと推測できる。

207一言居士:2019/03/19(火) 08:23:10
ここの問題はある派の和モガさんや、Ts.Markerさん、学さん、Ooboeさんと
パートナー氏の最もよりどころとしている根拠じゃないかな。学さんのところで
問題提起して見たらどうかな。

208閲覧者:2019/03/19(火) 08:24:40
よし、ジムさんのところにここまでの原稿を送ろう。そののちにヒートマップの件を
学さんのところで論じてもらおう。

209地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/20(水) 07:51:45
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

210在原業平:2019/03/20(水) 07:52:50
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

211小野小町:2019/03/20(水) 08:00:58
お気に入りは学さんのところにTs.Markerさんがあのねさんへのお返事よ。

212一言居士:2019/03/20(水) 08:03:09
あのね氏はこの問題は調べてないようだから、ブログの説明だけしといたけど、
ここでうまくヒートマップの検討に議論が行ければいいんだけどね。どうなることやら。
Ts.Markerさんは無口な人だからな。

213小野小町:2019/03/20(水) 08:06:52
Sox21がTS特異的マーカーだと言い出したのは遠藤さんね。和モガさんが
それを引き継いだ形になってるわね。でも学術的にはそんな論文は無いようね。

214閲覧者:2019/03/20(水) 08:11:55
丹羽研提出のCD1マウス背景のTSからSox21が発現しているんだね。だから遠藤さんは
Sox21はTSマーカーだと判断して論理を展開している。その遠藤さんなる専門家が
書いているから和モガさんはSox21はTS特異的マーカーだと思ってこれも彼の論理を
展開している。

215デラ・ストリート:2019/03/20(水) 08:29:05
遠藤論文のFigure2-cね。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.

216ペリー・メイスン:2019/03/20(水) 08:33:56
小保方さんの論文に出てくるTA特異的マーカーは
Cdx2
Eomes
Itga7
Elf5
だね。

217孤舟:2019/03/20(水) 08:35:48
こんなのあるけどな。
>>
脱毛の原因にかかわる遺伝子・転写因子Sox21
脱毛の原因遺伝子を、国立遺伝学研究所の相賀裕美子教授のグループが中心となり、慶應義塾大学の岡野栄之教授らのグループの共同研究で発見しました。これは遺伝子が発現するためのスイッチの役割をする転写因子(Sox21)を働かなくさせた(ノックアウトした)マウスの解析によって明らかになりました。

218開高健:2019/03/20(水) 08:37:34
ES特異的マーカーにSox2という紛らわしいのがあるけど関係ないよな。

219ペリー・メイスン:2019/03/20(水) 08:42:06
こういうところはど素人の手に負えないところだね。遠藤論文の論旨はFI-SCの中の
Sox21遺伝子にあるSNPを比較しているだけで、この遺伝子があるからTSのような胎盤貢献能の
可能性があるのだと言っているわけでもないよな。和モガさんはそれをFI-SCの
胎盤貢献能の証だと受け取ったんだね。当のTs.Marker さんは遠藤論文の確認として調べて
いたんじゃなかったっけ?

220一言居士:2019/03/20(水) 08:46:06
いや、これはTs.Markerさんが、Sox21はTS特異テクマーカーであるという遠藤論文の主張をそのまま信じて
逆に、STAP細胞からSox21を見つけたという経緯だ。
>>
Stap no Sox21 hatugen kakunin。
2017/5/11(木) 午後 2:29 [ Ts.Marker ] 返信する
>>
Ts.Markerさん、すごい解析で、本当に脱帽です。このSTAP Rep2は、STAP細胞(STAP-SCやFI-SCではなく)ですよね? ES/TSの混ぜ物では全く説明できない結果です。小保方さんが何らかの現象を見ていた事は確かなようですね。TSC Rep1のCdx2とEomesもアップする予定はありますか?
2017/7/6(木) 午前 8:46 [ L ] 返信する

221閲覧者:2019/03/20(水) 08:59:29
SOX21とTS特異的マーカーで検索して出てこないのが不思議だよね。出てくるのは
Sox2なんだよね。ESとTSの両方で働くという丹羽さんの研究だね。

222閲覧者:2019/03/20(水) 09:02:36
遠藤さんの勘違いなんじゃないかと疑ってるけどね。
Ts.Markerさんも、和モガさんも、L氏も結局Sox21がTSマーカーだという
遠藤論文をいう鵜呑みの根拠にしているだけだ。

223閲覧者:2019/03/20(水) 09:06:37
あれ一言居士さん、僕の名前で書き込まないでね。それに

遠藤論文をいう鵜呑みの根拠→遠藤論文を鵜呑みの根拠

だね。

224一言居士:2019/03/20(水) 09:11:00
このネイチャー論文はそもそも小保方さんの酸浴細胞からキメラができたから、
小保方さんの酸浴細胞は新種の多能性細胞だと主張しているだけなんだけど、
そんなものからキメラができるはずがない、ESのコンタミでしょと疑われたんだね。
その疑いを否定するために遺伝子解析結果をつけているんだけど、そんなことする
必要は全くないんで、何度でもキメラを作って見せたらいいだけなんだよな。

225閲覧者:2019/03/20(水) 09:16:20
小保方さんはキメラができる前は自分の発見した細胞は未熟な幹細胞らしいと
考えていたんだよな。だからいろいろと遺伝子解析して調べていた。彼女は
試験管内三胚葉分化を確認し、ヴァカンティ足場を使ってのテラトーマ形成の
確認まではしている。これが既存の幹細胞の類なのか、新種の知られていない
幹細胞なのか、あるいは刺激でできてきている細胞なのかを遺伝子発現解析で
ESと比較して何かわからないかと調べていたんでしょ。でも、キメラはできた。

226一言居士:2019/03/20(水) 09:19:01
そうなんだよ。未熟な幹細胞ではないということはキメラ形成で完全証明された。
理研でのネイチャー論文の骨子はそれだ。人が信じないのなら何度でもキメラを
作って見せればいいだけだ。遺伝子解析なんて証明のためには不要なものだ。

227小野小町:2019/03/20(水) 09:21:39
でも、だれにも再現できない。丹羽さんと小保方さんすらキメラ形成に成功しなかった。
するとキメラを作ったのは若山さんなんだから、若山さんが再現して見せる番よね。

228在原業平:2019/03/20(水) 09:26:10
ところが、彼は多忙を理由に再現実験に参加しなかった。ここでできなかったら
ESコンタミか、さもなければ若山さんが何かしたかが問題になる。彼は理研の調査主導で
そういう問題になることを恐れたから参加しなかったのだと思われても仕方がないだろうね。
他方で太田ESを理研の調査チームに渡したのは若山さんだ。彼は容疑者だ。理研は
太田さんの試料を京都大学に依頼して保全しないといけなかった立場だよ。

229小野小町:2019/03/20(水) 09:30:57
MTAも無いような個人的な試料だったということね。作られているのかすら怪しいのよね。
太田さんの実験ノートも公表されていない。勝手に作ったとか、ノートに書かれているとか
リストにあるとか言ってるだけね。しかも、本当に作っているntESの方は論文やラベルと
中身の親の系譜が逆転しているなんて、警察や裁判所が聞いたらあきれるような
でたらめさなのよね。

230在原業平:2019/03/20(水) 09:33:53
こんなことをするから逆に足がつくんだね。無実なら何もしないでも
明らかになってくるよ。

231シャーロック・ホームズ:2019/03/20(水) 09:39:41
学さんのところでの遺伝子解析結果の検討は我々のntES論での細胞の性質の
検討材料にもなるんだね。我々の説ではキメラなんてできて当たり前だからね。
胎盤が光ったという話の意味を深めていくことになるな。

232ドクター・ワトソン:2019/03/20(水) 09:53:03
①若山さんは小保方さんが発生学を勉強するように仕向ける実験をしている可能性。
②小保方さんは原始内胚葉(primitive endoderm)由来胎盤組織と栄養外胚葉(trophectoderm)由来胎盤貢献組織を何か混同している可能性。
③笹井さんは小保方さんの②の誤解に気づいていない可能性。
④若山さんは小保方細胞核使用ntESがただの体細胞ntESであったことにかなり後になるまで気づいていない可能性。
⑤若山さんはただ単に自分のntESの胎盤貢献能に新発見していた可能性。

いろいろと調べないとね。

233地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/21(木) 02:33:22
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

234在原業平:2019/03/21(木) 02:35:27
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

235小野小町:2019/03/21(木) 02:38:20
Ts.Markerさんからお返事よ。
>>
> あのねさん
> 一言居士さん

STAP-SC、FI-SCのSMARTer は、登録されてないです。(FI-SCもN/Aだったね)
(Letter Supplementary information)

以上のデータはブログ*ttps://blogs.yahoo.co.jp/p2_xx_p/63959573.htmlより
fastqをマッピングしたbamをダウンロードできます。

一言居士さんも、1〜2時間ガマンすればIGVで見られるようになると思いますよ。
何か新たな発見があるかも。
2019/3/20(水) 午前 9:08[ Ts.Marker ]返信する

236一言居士:2019/03/21(木) 02:47:03
返事をださないと。

>>Ts.Markerさん

私は機械音痴なのでIGVは無理です。あなたに結果とその意味を教えていただいた方が
早いです。
ど素人としてまず予備的質問を先にさせてください。

<Sox21はTS特異的マーカーである>という根拠論文に関する質問です。

237一言居士:2019/03/21(木) 02:52:07
事の発端があなたのブログとそのコメント欄だということは、この件を長く
考えてきた仲間内では知られていることですが、あのねさんは最近参加されて
いるようですので、老婆心ながら横レスして一応前提となる情報の出発点を
お知らせしました。あなたの第一声は以下でした。
>>
Stap no Sox21 hatugen kakunin。
2017/5/11(木) 午後 2:29 [ Ts.Marker ] 返信する

238一言居士:2019/03/21(木) 02:57:52
あなたの2年前のコメントは無論遠藤論文が前提になっています。公共データ登録されたデータを
解析するときに遠藤さんがFI-SCに関してSox21をTS特異的マーカーとして挙げられていたので、
あれ、Sox21なら、FI-SCだけでなくSTAP細胞にも出ているぞと指摘されたのでしたね。そして
Lさんがすかさず以下のようにレスされた。
>>
Ts.Markerさん、すごい解析で、本当に脱帽です。このSTAP Rep2は、STAP細胞(STAP-SCやFI-SCではなく)ですよね? ES/TSの混ぜ物では全く説明できない結果です。小保方さんが何らかの現象を見ていた事は確かなようですね。TSC Rep1のCdx2とEomesもアップする予定はありますか?
2017/7/6(木) 午前 8:46 [ L ] 返信する

239一言居士:2019/03/21(木) 03:21:01
あなたは客観的事実に関すること以外には口数の少ない方だということは存じ上げています。
このときあなたはただSox21ならSTAP細胞にも発現しているよとおっしゃっただけです。
でも、LさんはSox21はTS特異的マーカーであるという遠藤さんの記述を鵜呑みにしてそのまま
これはSTAP細胞の胎盤貢献能と関連していると受け取られた。だからこそ、同様にTS特異的マーカーである
Cdx2とEomesに言及されたわけです。遠藤論文のFigure2-cのリジェンドは以下です。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.

240一言居士:2019/03/21(木) 03:29:29
一方、笹井さんや丹保さんが参加して最終リヴァイズされたネイチャー論文で
TS特異的マーカーとして挙げられているのはCdx2,Eomes,Itgα7,Elf5です。
Sox21はない。和モガさんはLさんと同様に遠藤論文記述を根拠にSox21はTS特異的
マーカーであると認識されて、かつ、Ts.Markerさんが示されたIGV結果としても
Sox21がTSには発現しているがESには弱くしか発現していないという補強情報を得て、
これはSTAP細胞の胎盤寄与能の傍証であるとされた。

241一言居士:2019/03/21(木) 03:33:09
私はど素人ですのでウィキでSox21に関して検索するのですが、以下のようなものしか
ヒットさせられません。
>>
脱毛の原因にかかわる遺伝子・転写因子Sox21
脱毛の原因遺伝子を、国立遺伝学研究所の相賀裕美子教授のグループが中心となり、慶應義塾大学の岡野栄之教授らのグループの共同研究で発見しました。これは遺伝子が発現するためのスイッチの役割をする転写因子(Sox21)を働かなくさせた(ノックアウトした)マウスの解析によって明らかになりました。

242一言居士:2019/03/21(木) 03:37:24
そこで私の予備的質問は以下です。

Sox21がTSC-specific genesであると一般に認知されている論文なり報告なりをご紹介いただけませんか。

以上です。

243小野小町:2019/03/21(木) 03:39:53
いいでしょ。貼り付けてらっしゃいよ。でも連番を入れないと学さんが識別が大変みたいよ。

244一言居士:2019/03/21(木) 04:20:01
貼り付けてきたよ。最後にレター論文のヒートマップ解析の議論につながることを
期待すると伝えてきた。これは学さんも関心のあるところのはずだよな。

245地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/22(金) 05:29:00
😭 😃 😵 😒 😣 😝 😍 😆 😔 😳 😉 😴 🙄 🤔 😕 😡 😱 👿 
👼 💀 👹 🐝 😈 👽 🌅 👰 👩 👦 👧 🙍 🙋 🙅 👮 👪 👫 🙇 
🙈 🙊 🐰 😸 🐜 💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 
👻 ⛅ 💩 🌠 💚 💜 💙 💏 💞 💓 💖 💕 🎼 🎻 🎷 🎺 🎹 🎥 
🎶 🎵 🎧 🔈 🔉  🔊 📀 📞 🔫 🚓 🍸 ☕ 🍰 🍶 🍻 📡 🔑 🌈 
📖 🆖 ⏫ ⏬ ❎ 🆘 🅿 🆗 ⏪ 🔙 🔜 💸 💐 🚨 📠 🏣 🏢 🚢 
🏦 🏭 ⛵ 🚇 ⚾ ⚽ 🏈 🎿 🎆 🍀 🏊 ♨ 🎲 🎌 🎳 🎢 🌁 🌟 
💢 📹 📺 📱 💻 📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 
🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 💦 ❄ 💨 🎐 💉 🍷 ❗ 💡 🚧 🎏 🕖 🕚 ⛔ 
🌃 🔔 🔎 💧 💫 🎉 ⛩️
☀ ✈ ✂ ✒ ✌ ♠ ☺ ㊙ 🈴 ㊗ 🈶 🈚 🈸 ▶ ↩ ❤️ ☠️

246在原業平:2019/03/22(金) 05:29:56
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

247小野小町:2019/03/22(金) 05:47:11
Ts.Markerさんからお返事よ。学さんが場を提供してくださったわ。

248在原業平:2019/03/22(金) 05:48:23
これだね。
>>

> 一言居士さん
Sox21について当時あまり情報がなかったが、最近は結構引っ掛かる。

"Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation"

"Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation"

"A Resource for the Transcriptional Signature of Bona Fide Trophoblast Stem Cells and Analysis of Their Embryonic Persistence"
2019/3/21(木) 午後 0:20[ Ts.Marker ]返信する

249一言居士:2019/03/22(金) 06:03:42
整理しとこうかな。まず、

(小保方論文 Published online 29-Jan-14)
Stimulus-triggered fate conversion of somatic cells into pluripotency
Bidirectional developmental potential in reprogrammed cells with acquired pluripotency
(遠藤論文 published online: 21 SEP 2014)
Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency
(Moretto Zita M 論文 Epub 2015 Oct 21.)
Gene Expression Profiling Reveals a Novel Regulatory Role for Sox21 Protein in Mouse Trophoblast Stem Cell Differentiation.
(Georg Kuales 論文 Published online 2015 Dec 14. )
A Resource for the Transcriptional Signature of Bona Fide Trophoblast Stem Cells and Analysis of Their Embryonic Persistence

250閲覧者:2019/03/22(金) 06:09:32
遠藤さんは後発の論文は読んでいないんだから、Sox21がTSC-specific genesで
あるといったのは遠藤さんが初めてなのかな。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.

251一言居士:2019/03/22(金) 06:25:50
そこが謎なんだね。笹井さんも、丹羽さんも、小保方さんにSox21も調べて
おくようにとは言ってない。小保方さんがTS特異的マーカーだとしているのは以下だ。
>>
Cdx2
Eomes
Itga7
Elf5

252小野小町:2019/03/22(金) 06:29:18
ところがヒートマップのTS細胞にはこの4つは素人目では見当たらない。別名があるのか。

253在原業平:2019/03/22(金) 06:31:48
分かりにくいね。タイトルは以下だね。
>>
3. Extended Data Figure 3: Transcriptome analyses of STAP cells shown by heat maps. (494 KB)

拡張データ図3:ヒートマップ<翻訳機訳注:個々の値のデータ行列を色として表現した可視化グラフ>によって示されるSTAP細胞のトランスクリプトーム<翻訳機訳注:特定の状況下において細胞中に存在する全てのmRNA(ないしは一次転写産物、 transcripts)の総体を指す呼称>解析。 (494 KB)

254小野小町:2019/03/22(金) 06:39:32
なるほど。STAP細胞が基軸なのね。薄い黄色は0から2の間の発現で0ではないのね。
STAP細胞に発現しているmRNAの指示しているすべてのたんぱく質がまず網羅されていて、
対して同じたんぱく質がCD45+,ES,STAP-SC,FI-SCにどれだけ発現しているかということね。
STAP細胞にCdx2,Eomes,Itga7,Elf5が発現してなかったら、ここには項目として上がらないのね。

255ペリー・メイスン:2019/03/22(金) 06:51:42
メモリはAbsolute expression values are scaled by log2. とあるが、このlog2は
エクセル関数のlog2で2を底とする対数のようだね。だから1は1、2は4、3は9だと思うと
リニアな把握に翻訳できるね。

256在原業平:2019/03/22(金) 06:55:07
小町ちゃんの言ってるのはExtended Data Figure 3-aだね。bはCD45+が基準で、
cは造血系統発生に関与する代表的遺伝子に対する比較だね。

257小野小町:2019/03/22(金) 07:09:00
そうね。ただし、STAP細胞は胎盤寄与するという意味ではCdx2,Eomes,Itga7,Elf5の
何か一つくらいは発現していておかしくないのよね。Figure 4-b では見えてるのに。

258ペリー・メイスン:2019/03/22(金) 07:12:00
まあ、なんというか論理が雑駁というのと生もののデータは何度もやり直していると
どうにでも取れちゃうということがありそうだね。つまり、生物現象って厳密にいうと
繰り返しは無いんだよな。何しろすべての生物は死に向かっているんだからね。
繰り返しがあるなら死ねないわな。


新着レスの表示


名前: E-mail(省略可)

※書き込む際の注意事項はこちら

※画像アップローダーはこちら

(画像を表示できるのは「画像リンクのサムネイル表示」がオンの掲示板に限ります)

掲示板管理者へ連絡 無料レンタル掲示板