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ペーパー一枚への道 その1

1地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/11(月) 00:00:59
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122一言居士:2019/03/15(金) 09:21:33
[連投13]
一応ここで残されている問題はあのねさんの非リンパ球説と、桂報告書擁護者のES細胞をポトリと一滴垂らしたという説ですかね。後者は間違いですが、それを論じるとたぶん私のntES論の根本である、桂報告書の主張する事故コンタミの可能性は太田ESを解凍したという行為によって否定されているというところから順番に押さえ直して説明しなければならなくなるでしょうから、ここで論じないと約束している以上、述べません。以上です。

123小野小町:2019/03/15(金) 09:22:43
まあ、その程度でいいんじゃないの。あまり深入り説明していくと
本線の問題に戻れなくなっちゃうわね。

124一言居士:2019/03/15(金) 09:43:08
貼ってきたけど500字制限に引っかかって連番が一つ増えた。それと>>122
[連投13]→[連投14] ね。

125孤舟:2019/03/15(金) 09:44:02
阿久悠から電話だ。

126ふむ:2019/03/15(金) 09:44:33
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127地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/16(土) 07:41:17
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128在原業平:2019/03/16(土) 07:42:14
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

129小野小町:2019/03/16(土) 07:52:45
お気に入りは変化なしよ。学さんのところに珍しくTs.Markerさんが見えてるわ。

130在原業平:2019/03/16(土) 07:55:33
せっかくあそこで出会えたんで話し合ってみたいけど彼はあまり語らないからね。
話法がほのめかしなのは、彼のブログとトゥイッターで分かってるし、昔したらばに
見えてた時もそうだったからね。

131一言居士:2019/03/16(土) 07:56:37
李の使っているTSAが使われてのではいう可能性指摘だね。

132閲覧者:2019/03/16(土) 08:05:42
ああいうのはどれもそうかもしれないしそうでないかもしれないんで、実際に
実験を行って確かめることのできないど素人門外漢にとってはいつまでもただ
議論しているだけになっちゃうんだよな。どうしたって、ど素人は搦め手からの
決め手と併用して、総合的な把握に至る道しかないよ。その意味ではこれを裁判の
公判だと思って自分が裁判官になったつもりで判断していると想定すると、
のと同じ作業をしていると分かるはずだな。裁判官はSTAP細胞に関してど素人だからね。
でも判断は一分野の専門家が行うことはできない。総合的であるとみなされている
人格が裁くんだよな。

133小野小町:2019/03/16(土) 08:07:39
総合的人格が法に則って判断するというのも裁判官って大変ね。

134在原業平:2019/03/16(土) 08:15:26
道徳的には人が人を裁くことはできないよ。大昔は無知による勘違いが多かったけど、
近代法では法のルールに従って決められたとおりに処理するんで、疑いが強いときは
無罪だ。総合的人格と言ってもしょせん人だからね。神様じゃない。でも。ルール通りに
処理するのだって裁判官が精神病だったら困るでしょ。だから、一応は試験も試問もして
まともな人という建前にしとかないと、法治というルールの根幹が揺らぐよ。

135小野小町:2019/03/16(土) 08:17:58
STAP問題は専門家が判断すると思い込んでる人がいるわね。

136在原業平:2019/03/16(土) 08:26:54
STAP細胞の科学的な探求に関しては専門家以外に参加することは不可能だし、
そもそも一般人は参加する気もない。でもSTAP事件は社会問題だからね。逆に
この分野の科学者たちこそど素人である分野だ。小保方さんの博士号剥奪の
法的正当性に関して細胞生物学者としての立場でど素人判断聞かされても
誰も聞かないやね。

137小野小町:2019/03/16(土) 08:27:49
あら、Lさんのことね。ふふ。

138在原業平:2019/03/16(土) 08:33:43
早稲田の法律の専門家が調査して博士号の取り消しはできないと学長に報告した。
鎌田は何をしたかというと、まず小保方さんが草稿を間違えて提出した落ち度と
それをチェックもせずに受け取った自分たちの落ち度をバーターにかけて、小保方さんに
再試験を了解させたんだ。つまり、小保方さんは自ら博士号を返上した。このことは
早稲田の調査報告の結論の想定していないことだ。

139小野小町:2019/03/16(土) 08:41:08
小保方さんの落ち度と自分たちの落ち度はバーターにはできないわよね。早稲田は草稿を
受け取っていてかつ博士号を与えている。これを勝手に根拠なく取り消すと詐欺罪になるわね。
小保方さんはお金を払って教育を受けているのよね。お金を返すだけじゃなくて、
人生の時間の浪費と名誉棄損の両方で損害賠償請求できるわね。小保方さんは訴訟してたら
勝ってるわよね。なにしろ母校の法学部卒業の先輩たちが皆、取り消しはできないと
法的判断を下しているのよね。

140在原業平:2019/03/16(土) 08:46:16
だからこそ早稲田は小保方さんの愛校心という情に訴えたんだよ。こんなケチのついた手続き上の
ミスで与えられて、かつ事実草稿であるようなものに対して与えられている形ではあなたも不本意でしょう、
もう一度提出時点からやり直しましょうと誘いかけた。これによって彼女からの訴訟を避けているんだよ。

141小野小町:2019/03/16(土) 08:47:54
間違ってるわ。草稿を本稿に差し替えるだけで済むことだわ。

142在原業平:2019/03/16(土) 08:49:33
早稲田は草稿であることに自部で気づかねばならなかった。その時点でそのまま
落とすか、差し替えを指示するかのどちらかだった。

143在原業平:2019/03/16(土) 08:50:13
自部→自分

144小野小町:2019/03/16(土) 08:51:40
バカタレがと怒って差し替えさせるに決まってるわよね。この時点ではSTAP事件なんて
起きていないわね。

145在原業平:2019/03/16(土) 08:53:31
ところが気づかないままに事務処理されて博士号授与された。早稲田の落ち度だ。

146小野小町:2019/03/16(土) 08:54:51
授与後にそれに気づいたら、本稿と差し替えて終わりでしょ。

147在原業平:2019/03/16(土) 08:56:16
小保方さんは本稿を提出し直している。にも拘わらず早稲田は差し替え処理をしなかつた。

148小野小町:2019/03/16(土) 08:56:50
どうしてなの?

149在原業平:2019/03/16(土) 08:59:35
鎌田がバカだからだよ。もしくは鎌田に圧力をかけた文科省の役人がバカだからだ。
この草稿提出の発覚がSTAP事件と絡んでいて文科省と鎌田は世論の動向に右往左往した。

150小野小町:2019/03/16(土) 09:01:31
理研での出来事と博士号授与手続きは無関係ね。11次元の指摘からこうなったんだけど、
そのことと博論とは関係ないわ。

151在原業平:2019/03/16(土) 09:05:33
博論に不正があったら早稲田は堂々と剥奪できるよ。でも自分たちで
行った調査結果で不正はないと結論して、しかも手続き上においても剥奪は
できないと鎌田に進言しているんだよ。それなのに鎌田は差し替え判断を留保した。
それはSTAP事件の解明を待つためなんだ。そちらからまた新たな真実が出るのではないかと
思っているんだよ。

152小野小町:2019/03/16(土) 09:11:02
差し替え処理して草稿か、本稿かの問題はそれはそれで終わらせて置いたらよかったんでしょ。
その後博論自体に捏造があったと分かったのならその時に剥奪すればいい。そもそも審査して
通しているんだから捏造なんかあるわけがないのよね。STAP事件が仮に小保方さんの
捏造だったとしても、博士論文とは無関係よね。そんなこと言ってたら他の不正事件でも
博士号剥奪されないといけない人たちがたくさんいることになってしまうわね。そんな人って
法律で裁判が開かれて判決の元で剥奪されたシェーンくらいしか知らないわ。

153在原業平:2019/03/16(土) 09:12:59
だから鎌田は馬鹿なんだよ。頭悪いんだよ。

154小野小町:2019/03/16(土) 09:15:05
頭悪いんだから仕方無いと言われちゃうと、お前は頭いいのかと反論されても
困る身では、閉口しちゃうわね。

155在原業平:2019/03/16(土) 09:18:08
ま、そういうことなんだよ。神ならぬ身なんで後から間違いだと分かることは多いよ。
でもわかったらその時はちゃんと過ちは正さないとな。

156ヘーゲル:2019/03/16(土) 09:19:00
本題頼むぜ。

157カール・ヤスパース:2019/03/16(土) 09:20:31
本題、何でしたっけ?

158デラ・ストリート:2019/03/16(土) 09:25:37
JAKインヒビターよ。

159孤舟:2019/03/16(土) 09:26:34
今日は今から昼過ぎまでヴォランティアだぜ。

160ふむ:2019/03/16(土) 09:27:11
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161地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/17(日) 08:37:34
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162在原業平:2019/03/17(日) 08:38:19
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

163小野小町:2019/03/17(日) 08:42:53
お気に入りは変化なしよ。学さんはスピン屋の話にに夢中ね。

164在原業平:2019/03/17(日) 08:51:02
ため息さんは女性なのか。知らなかったな。この人はSTAP事件に関しては
全く勉強不足の人だよね。最初ちら見したときに論じる意味もない相手だと思った。
それに歴史的にもSTAP事件以前からのブロガーだしな。ここにたむろしている奴らは
一研究者時代からよく知ってる相手だけどな。梁山泊にされちまって、
母屋取られている間に盗賊の仲間になったということみたいね。はは。

165小野小町:2019/03/17(日) 08:54:41
学さんもなんでこんな相手たちと絡みあってるのかしらね。自分のブログなんだから
排除しちまって、ご自分の意見だけ書いてればいいのに。スピン屋というのは
お金もらってやってるんだから、なんでもしてくるんで、いちいち相手してたら
時間の無駄だわよね。

166在原業平:2019/03/17(日) 08:56:43
Ooboe さんが根本さんから自分のブログを作りなさいとアドヴァイスされているね。

167小野小町:2019/03/17(日) 08:59:20
木星さん、アトモス部屋さん、Ooboeさん、学さん、バ感想、ため息さんと女性なのね。

168ヘーゲル:2019/03/17(日) 09:02:26
本題頼むぜ

169カール・ヤスパース:2019/03/17(日) 09:03:24
本題、何でしたっけ?

170デラ・ストリート:2019/03/17(日) 09:04:26
JAKi検証は誰が何のために行ったのか?

171一言居士:2019/03/17(日) 09:10:22
結構、むつかしいんだよな。当時の若山ラボで行われた実験ではない。ただ、きっかけが
系統樹で、このベースにあるデータの最初が若山研でのものだ。

172地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/18(月) 09:28:55
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173在原業平:2019/03/18(月) 09:30:18
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

174小野小町:2019/03/18(月) 09:31:22
お気に入りは変化なしよ。あのねさんも自説展開が止まってる。

175在原業平:2019/03/18(月) 09:32:25
我々も止まってるよな。ジムさんに送る原稿ができない。

176孤舟:2019/03/18(月) 09:33:33
釣りとヴォランティアが忙しいからなあ。

177一言居士:2019/03/18(月) 09:34:38
いや、分かったことを書くのにそんなに時間はいらない。問題自体がむつかしい。

178閲覧者:2019/03/18(月) 09:35:26
考えるための糸口が見つからないんだろ。

179開高健:2019/03/18(月) 09:37:31
僕は釣りをしながら考えたんだけどな。JAKiの検証実験が無かったら、
若山さんの渡したデータと論文の論旨はどういうものだったかと考えたら
いいんじゃないかと。

180孤舟:2019/03/18(月) 09:43:59
JAKiの検証が無かったら、
①STAP細胞は胎児、胎盤に貢献する。
②STAP幹細胞は増殖能を獲得するとき胎盤貢献能を失う。
③FI幹細胞はFGF4培地の中で胎児貢献能を失うが、LIF培地で誘導すると胎盤貢献能を失って胎児貢献能を回復する。

181小野小町:2019/03/18(月) 09:45:37
本当なの?
誰がそんなこと言ったのかしら?

182在原業平:2019/03/18(月) 10:03:59
①は若山さんが胎児胎盤の試料を渡して胎盤が光っているようだから確認してと指示して、
小保方さんはその免染写真をExtended Data Figure 1-b,cとして図表添付した。
②は若山さんが作ってキメラも作られているが、なぜかキメラ胎盤が光っていないという証拠写真が無い。
③はFI化幹細胞由来キメラが作られFigure 2-gにしょうこしゃしんがあるが、上下が同じ区画の比較に
なってないので胎児が光っていないという証拠がない。また、LIF培地でES様に戻された細胞由来の
キメラ実験結果は無いので胎児胎盤写真の証拠がない。しかし、テラトーマ実験は行われている。

183在原業平:2019/03/18(月) 10:05:41
FI化幹細胞由来キメラ→FI幹細胞由来キメラ
しょうこしゃしん→証拠写真

184デラ・ストリート:2019/03/18(月) 10:07:39
最後のテラトーマに関する記述は以下ね。
>>
Notably, when cultured in LIF+FBS-containing medium for 4 days, Fgf4-induced stem cells underwent substantial changes in morphology and started to form ES-cell-like compact colonies with strong GFP signals (Fig. 3a). These cells showed expression of pluripotency makers, but not trophoblast markers (Fig. 3b and Extended Data Fig. 6a), and formed teratomas in mice (Extended Data Fig. 6b). These ES-like cells were generated from Fgf4-induced stem cells sorted for strong expression of the trophoblast marker Itga7, but rarely from Itga7-dim cells (Fig. 3c, d).

特に4日間LIF+ FBS含有培地で培養すると、Fgf4誘導幹細胞は、形態学的に実質的な変化を受け、強いGFPシグナル(図3a)を有するES細胞様のコンパクトなコロニーを形成し始めた。これらの細胞は、多能性メーカーの発現を示したが、栄養膜マーカーは示さず(図3b及び拡張データ図6a)、かつマウスにおいてテラトーマを形成した(データ図。拡張図6b)。これらのES様細胞は栄養膜マーカーItga7の強発現しているFgf4誘導幹細胞から生成されたが、まれにItga7-DIM細胞からも生成された(図3c、d)。

185小野小町:2019/03/18(月) 10:21:07
Figure 3-aはGOF由来FI-SCがあるという証拠写真ね。対してExtended Data Figure 6-aは免染結果で、
Oct4は内在性Oct4ね。丹羽さんの検証結果によれば、酸浴STAP細胞の内在性Oct4発現はほんのわずかなので、
この免染結果は桂報告の言うように既存のES起源であるか、我々の論であるntES起源である可能性が
とてもた高いのね。そして小保方さんがこの細胞からテラトーマを作った。なぜか?

186在原業平:2019/03/18(月) 10:28:11
若山さんがキメラを作っていなかったからだろうね。ということは若山さんは
ここまで実験を進めていなかったんじゃないか。Figure 3-aからdまでだね。つまり、
LIF培地によるOct4-GFPの再発現確認とそのPCR結果までだ。FI-SCは凍結保存されているので
LIF培地による誘導は笹井研でもできるし、また、テラトーマ実験は小保方さんでもできる。
キメラ実験まで進んでいない段階で小保方さんはヴァカンティの元に帰ってしまったんだな。

187地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/19(火) 07:40:50
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188在原業平:2019/03/19(火) 07:41:35
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

189小野小町:2019/03/19(火) 07:45:57
お気に入りは変化なしよ。あのねさんは返事がないわね。Ts.Markerさんに
出した質問も案の定返事がないわ。

190在原業平:2019/03/19(火) 07:48:17
Ts.Markerさんの書き込みもここに記録しておこうかな。いずれヤフーブログは消えてしまうらしいから。
>>
> あのねさん

3因子で作製したiPS細胞(3F-iPS細胞)は、4因子の4F-iPS細胞に比べ分化多能性(キメラマウス作成効率など)が著しく低下しているらしいが、TSA処理(TSA treatment)によりキメラマウスの作成効率が上がり寄与率の高いキメラマウスが作成出来たとのこと。
(24770224 研究成果報告書(基金分) - KAKEN 参照)

あの研究室でTSA(トリコスタチンA)が、密かに使われたかどうかは定かではないが、キメラや幹細胞化に効果があるんではと思ってます。
2019/3/15(金) 午後 11:51[ Ts.Marker ]返信する

191小野小町:2019/03/19(火) 07:51:28
Ts.Markerさんはまだある派なのね。

192在原業平:2019/03/19(火) 07:58:56
STAP細胞培地にTSAを入れたら幹細胞化するかもと考えているんだから、まだ
STAP細胞が論文通りにある可能性を考え続けているということだね。
李はntESにTSA処理する実験をしているんで、使われた可能性はあるけど、結果は
無論我々の知り得ないことだからね。ただ、こういう科学的側面だけでは
この事件の真実は解明され得ない。仮にTSAでできていたのなら、どうして
できているはずの論文を取り下げたのかという問いに同時に答えを与えないといけない。
Ts.Markerさんはそちらに関心が無いんだね。

193小野小町:2019/03/19(火) 08:00:54
そういう議論に入ると人を論じなければならなくなるから嫌がってるのよね。
でも、そこを嫌がったら解はでないのね。

194在原業平:2019/03/19(火) 08:03:56
Ts.Markerさんは仄めかすだけだよと言ったとおりの対応だろ。我々はまだ
Ts.Markerブログの検証過程の中に居るんだよね。そういう意味の付き合い
長いからな。

195ヘーゲル:2019/03/19(火) 08:06:14
本題頼むぜ。

196カール・ヤスパース:2019/03/19(火) 08:07:07
本題、何でしたっけ?

197デラ・ストリート:2019/03/19(火) 08:09:13
LIF培地でFI-SCがまたES-Likeに戻るという発想したのは誰かという問題よ。

198ペリー・メイスン:2019/03/19(火) 08:10:11
Figure 4-aだね。

199小野小町:2019/03/19(火) 08:10:47
4日間の LIF+FBS培地での誘導が笹井さんの発案ということはないの?

200在原業平:2019/03/19(火) 08:11:24
それは無いよ。笹井さんは文章はリヴァイズしたが書かれている内容の主旨は変えていないと証言している。

201小野小町:2019/03/19(火) 08:11:56
小保方さんが自分でやった実験ということはあるの?

202在原業平:2019/03/19(火) 08:12:33
幹細胞化の実験は若山さんが計画してラボメンバーを使っていろんなことをやらせている。一旦FI-SCになったものをLIF+FBS培地で誘導してES様細胞になるという発想をFI-SC自体を作れたことのない小保方さんが発展的に付け加えるということも考えられないね。

203小野小町:2019/03/19(火) 08:13:17
では、ヒートマップ解析は誰が行ったものなの?

204在原業平:2019/03/19(火) 08:13:47
遺伝子解析に関しては8月のGRAS提出分は若山研での検査だ。でもその後1月と6月に追加で提出されていて、レター論文にヒートマップとして表されているのは共著者門田さんの仕事だ。

205小野小町:2019/03/19(火) 08:14:23
Extended Data Figure 3-bにCD45+とESとSTAPと並んでいてすべて違っているわね。ESではないという証拠でもあるし、本物論者たちの証拠でもあると思われているのね。

206在原業平:2019/03/19(火) 08:17:15
あそこで解析されているSTAP細胞は小保方さんが酸浴させたCD45陽性細胞だ。
ESと違っているのは無論桂報告のESコンタミ論の間違いを証しているものだ。
でも、丹羽さんが本物のOct4発現細胞はとてもわずかだと言っているにも
関わらず、CD45と酸浴後のCD45であるSTAP細胞の発現パターンがあんなに
違っている原因はハウスキーピング遺伝子側の問題だと思うよ。酸浴で
変化したのはGapdhの方だろ。ここが検証実験で相沢論文の指摘している
ことと関係しているのだと推測できる。

207一言居士:2019/03/19(火) 08:23:10
ここの問題はある派の和モガさんや、Ts.Markerさん、学さん、Ooboeさんと
パートナー氏の最もよりどころとしている根拠じゃないかな。学さんのところで
問題提起して見たらどうかな。

208閲覧者:2019/03/19(火) 08:24:40
よし、ジムさんのところにここまでの原稿を送ろう。そののちにヒートマップの件を
学さんのところで論じてもらおう。

209地球の上に朝が来た、その裏側は夜だろう。:2019/03/20(水) 07:51:45
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210在原業平:2019/03/20(水) 07:52:50
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

211小野小町:2019/03/20(水) 08:00:58
お気に入りは学さんのところにTs.Markerさんがあのねさんへのお返事よ。

212一言居士:2019/03/20(水) 08:03:09
あのね氏はこの問題は調べてないようだから、ブログの説明だけしといたけど、
ここでうまくヒートマップの検討に議論が行ければいいんだけどね。どうなることやら。
Ts.Markerさんは無口な人だからな。

213小野小町:2019/03/20(水) 08:06:52
Sox21がTS特異的マーカーだと言い出したのは遠藤さんね。和モガさんが
それを引き継いだ形になってるわね。でも学術的にはそんな論文は無いようね。

214閲覧者:2019/03/20(水) 08:11:55
丹羽研提出のCD1マウス背景のTSからSox21が発現しているんだね。だから遠藤さんは
Sox21はTSマーカーだと判断して論理を展開している。その遠藤さんなる専門家が
書いているから和モガさんはSox21はTS特異的マーカーだと思ってこれも彼の論理を
展開している。

215デラ・ストリート:2019/03/20(水) 08:29:05
遠藤論文のFigure2-cね。
>>
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.

216ペリー・メイスン:2019/03/20(水) 08:33:56
小保方さんの論文に出てくるTA特異的マーカーは
Cdx2
Eomes
Itga7
Elf5
だね。

217孤舟:2019/03/20(水) 08:35:48
こんなのあるけどな。
>>
脱毛の原因にかかわる遺伝子・転写因子Sox21
脱毛の原因遺伝子を、国立遺伝学研究所の相賀裕美子教授のグループが中心となり、慶應義塾大学の岡野栄之教授らのグループの共同研究で発見しました。これは遺伝子が発現するためのスイッチの役割をする転写因子(Sox21)を働かなくさせた(ノックアウトした)マウスの解析によって明らかになりました。

218開高健:2019/03/20(水) 08:37:34
ES特異的マーカーにSox2という紛らわしいのがあるけど関係ないよな。

219ペリー・メイスン:2019/03/20(水) 08:42:06
こういうところはど素人の手に負えないところだね。遠藤論文の論旨はFI-SCの中の
Sox21遺伝子にあるSNPを比較しているだけで、この遺伝子があるからTSのような胎盤貢献能の
可能性があるのだと言っているわけでもないよな。和モガさんはそれをFI-SCの
胎盤貢献能の証だと受け取ったんだね。当のTs.Marker さんは遠藤論文の確認として調べて
いたんじゃなかったっけ?

220一言居士:2019/03/20(水) 08:46:06
いや、これはTs.Markerさんが、Sox21はTS特異テクマーカーであるという遠藤論文の主張をそのまま信じて
逆に、STAP細胞からSox21を見つけたという経緯だ。
>>
Stap no Sox21 hatugen kakunin。
2017/5/11(木) 午後 2:29 [ Ts.Marker ] 返信する
>>
Ts.Markerさん、すごい解析で、本当に脱帽です。このSTAP Rep2は、STAP細胞(STAP-SCやFI-SCではなく)ですよね? ES/TSの混ぜ物では全く説明できない結果です。小保方さんが何らかの現象を見ていた事は確かなようですね。TSC Rep1のCdx2とEomesもアップする予定はありますか?
2017/7/6(木) 午前 8:46 [ L ] 返信する

221閲覧者:2019/03/20(水) 08:59:29
SOX21とTS特異的マーカーで検索して出てこないのが不思議だよね。出てくるのは
Sox2なんだよね。ESとTSの両方で働くという丹羽さんの研究だね。


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