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複符「東方シリーズ総合スレッド 4979/4979」
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同人弾幕シューティング「東方紅魔郷」「東方妖々夢」を中心に
一連の東方シリーズについて語らったり、攻略したり、褒め讃えたり、
情報交換したり、創作したり、考察したり、いつの間にかふくふくと増えたりしながら
京都のイベントを行脚してみるスレッドです
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結核ワクチンに貢献した！
なので、ノーベル平和賞狙いましょう
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菌はおそらく休眠状態を経て死んでいるかもしれないので、
ＢＣＧはマイクロアレイして、発現を見ておいても良いかもしれません
これを他所の研究室が獲って来たきちんとしたデータと突き合わせて
in vivoでの競合的休眠ということを言いたい
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攻撃側はマイクロアレイしてもたぶん普通と変わらないけれど、
防御側はマイクロアレイで大きな変容が出ると思います
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ＭＡＣと一部配列が共有されているものがあるので、
それは、
ＡＩで「４０００個の遺伝子を比較し」「配列が２塩基以上同じものを抽出」で出させて
データ基準を満たさずとして、バッテンを付けておきましょう
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あれ？夢だからネガポジ反転してるな
「プライマー中で、違いが二塩基以下のもの」かもしれません
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がんばってプライマー取ったら、できると思いますけれども、
時間が掛かるので・・・
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おしまい
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>>954
AIの結果は自分で再確認できるものでなければならず
ディスカッションに使う遺伝子は、自分でも確認して、ダメだったら「データ基準を満たさず」でバッテン
他のを語ります
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まあ、脂質をやる研究室なので、
高度に保存されているセントラルドグマ系や、ATP系は
たぶん触れないだろうという、実際的判断
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何があると思う・・・？
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アシルキャリアーに繋いで、脂質伸ばして、それをミコール酸転移に・・・（←呪い）
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まあ、言われている休眠遺伝子は一通り見てみて、
関係がありそうだったら指摘すればいいし、下がってなかったら、この条件では上下してませんでしたと
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以前ヒドラダーゼを言っていたけど、それは？
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いや〜、、、ヒドラダーゼのポケットから基質を推定するのは、
今の技術では無理ですね・・・
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特異的なヒドラダーゼは、通常タンパク質ではなく、
核酸か低分子化合物への修飾と推定され？
それは機能を失活させるということが、通常ヒトでの肝臓とかがやっているOH化ではあります
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メチル基にOH付けるには、CYP（ヘムを組み込んだシトクロム）が必要で、
でもそれではなかった・・・ような気がします
だから、エステル基かアミド基を特異的に分解するようなの
が、低酸素休眠でソートされていたんだろうと思います
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いや、ヒドロラーゼ（Hydrolase）はタンパク質や糖の加水分解も含む非常に広範な気質が想定される酵素だ
アテにならない・・・
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まあ、タンパク質の特異的分解、ということを休眠酵素ですることはあり得ると思いますけれども、
普通は脂質系低分子じゃないかな・・・
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例えば？
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じゃあ、ウェインモデルは上手く再現できなかったので、
ステーショナリーフェイズのTLCを持ってきますけれども、
ここでミコール酸や他の脂質を分解しているのに、ヒドロラーゼが関わっていると思います
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非特異的じゃないのか？
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まあ、非特異的なパターンですけれども、
担っているのは特異的な酵素・・・
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ステーショナリーフェイズではミコール酸はほとんどなくなるが、どう見る？
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人体内では、抗酸菌はミコール酸の膜を外している・・・
という気はあまりしません
in vivoではやはり、強力なミコール酸の精神活性があります
自分には取り付けず、分泌しているだけかも
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実際、病巣から採って来た菌はチールネルゼン染色で染まります
ミコール酸があると判定すべきでは
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>>973
じゃあこれは？
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ボロボロになった培地で元気が無くなっているだけだと、その時は思いました
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恐らく、菌が「無限に糖を取って来れる」と思っているというか、転写因子でそうなっているとき
ミコール酸がガンガン作られて余ったのは放り出され、
菌が「糖が無い！」と判断したとき、ミコール酸合成は真っ先に切られるのでしょう。
敢えて言えば、脂質鎖の延長を途中で止めて、横流しし、トリアシルグリセロールに移行するようです？
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じゃあ、途中でグルコースを足したら、ミコール酸はできるんだな？
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いや〜・・・どうかな〜・・・
他の因子も足りなくなっているから〜
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じゃあ、ミコール酸合成をするかしないかの判定は転写因子一つで決まっているの？
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まあ・・・、そう見えたかな〜・・・
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これはBCGではまだ頑張っていて、
mc^2 155は、顕著だった気がします
まあ、mc^2 155は合成生物のようなものですけれども・・・
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まあ、この手の転写の話をするときは
mc^2は話題を引くかもしれませんねｗｗｗ
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>>978
細胞制御学なので、レセプターで考えますと、
二因子系レセプターで糖を検出し、シグナルを送っている・・・！かもしれません
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というのも、核内受容体で、糖をリガンドにしているものが無いんです
構造的に難しいのかもしれない
ペルオキシソーム（PPARα）レセプターで、脂肪酸をリガンドにしていて、
脂肪酸が溜まったら、トリグリを作るとかそういう経路はあるかもしれません
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ラクトースオペロンとかはどうだ
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ｃＡＭＰとグルコースによる制御ですか・・・？
いや〜、詳しくないですね・・・
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フランスの話は読みにくいけれども
ラクトースリプレッサーなるタンパク質に、ラクトースがくっ付いて、
これが転写因子として機能するようですね
抗酸菌にそういうのあったかな・・・
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グルコースリプレッサーというのもどうやらあるらしいです
それだな
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じゃあ、ガラクトースリプレッサーの相同解析で
mtu:Rv3575c LacI family transcriptional regulator 62.4 8e-12
・・・
抗酸菌にはLacI family transcriptional regulatorはこれ１個しかありません
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なんか違うな。
そもそもラクトースリプレッサーでグルコースがある時の場合は
cAMPを介して、オペロンに効いていただろう
それじゃないか
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グルコースが欠乏すると、cAMPが上がり、cAMPがCAPに結合し、これが転写因子として働く・・・
ところがKEGGに大腸菌にはCAPもcAMPもありませんどうしたらいいんだ
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大腸菌はわからないので
H37Rvでこれですね
Rv3676
K10914 CRP/FNR family transcriptional regulator, cyclic AMP receptor protein | (RefSeq) crp; cAMP receptor protein
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CRP/FNR familyでもう一個
Rv1675c
K21884 CRP/FNR family transcriptional regulator, cAMP and macrophage regulator | (RefSeq) cmr; HTH-type transcriptional regulator Cmr
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グルコース欠乏による
ミコール酸から、トリグリへの横流しはたぶんこの二つのどちらかでしょう
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大腸菌ではCRPという名前で登録されていて四つありました
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やることが無いので今日はここまで
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おつかれさまでした〜
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結核の病原性は、ミコール酸産性能にあり、
それはRv3676とRv1675cのノックアウトにより、強毒化し得る
ですねｗｗｗ
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