レス数が1スレッドの最大レス数(1000件)を超えています。残念ながら投稿することができません。
電符「東方シリーズ総合スレッド 4956/4956」
-
同人弾幕シューティング「東方紅魔郷」「東方妖々夢」を中心に
一連の東方シリーズについて語らったり、攻略したり、褒め讃えたり、
情報交換したり、創作したり、考察したり、糸電話したりしながら、
ラジオを飛び交うツートントンが聞き取れないスレッドです。
-
いや、理屈ではねＣＤ１ｄがマウスから見たヒトで相同性142あるから
ギリギリくっ付くんじゃないかとみて、それで行くという話だったはずだ
-
だから、マウスCD1ｄにはマウスｍ２βがくっ付いているだろう？
ヒトＣＤ１aを入れた時も、マウスｍ２βがつくはずなんだ
-
でも、HLA-B-Acylでピンを通したという話なので昨日の話
何か行けるんじゃないかなと言う気はしてきましたよ
-
まて、もう一度検証しよう
ヒトＣＤ１ａｂｃｄｅは、
CD1ｄからみて相同性１１６〜１０４・・・。低いな。に存在していて
β２ｍを全てに当てて支えている
だから、ＣＤ１とβ２ｍのピンは結構融通が利くはずだ
-
だから、ＣＤ１ｄである場合、β２ｍの割とルーズな結合がマウスでも期待でき、
これはそのルーズさで、ヒトＣＤ１ａを許容する
どうだ
-
根本的に、実験データが必要ですよね
何かないと言い続けるのがしんどいｗｗｗ
-
マウスのβ２ｍを使う場合、ＣＤ８とのピンは完全だ
問題はＣＤ１につくかどうか
この際、ヒトＣＤ１にマウスβ２ｍをくっつけてしまうのは
ああ、↑で言ってる話になるか
-
だから、ＭＨＣクラス２みたいにヒトβ２ｍが入るところを、ペプチドで繋いだマウスβ２ｍを置く
これですね
-
繋がるのかね？
-
末端一個しかありませんでしたからね
どうするかな・・・定位置から外れててもいいですかね？浮いているとか
-
浮いていていいなら、ちょっと余裕見てアラニンぐらいで繋いで、
行けるんじゃないかなと思いますね
-
いや、変なものは入れない。直接つなぐ
-
ループが十分な長さあれば、β２ｍとＣＤ１の結合が期待できるかなぁ・・・
ループ構造。インスリンのループしてるところとか参考にしますか？
-
いや、それは止めよう。ループは無しだ
直接つないで浮いていていい
-
膜との向きで、外向きだから、小胞体で押し出して言って
Ｎ末端ですかね。どこにあるかな・・・
結晶で見てみると
-
https://www.rcsb.org/3d-view/6D64/1
PDBでこういうのですね。ＣＤ１ｂ
Ｎ末端（だと思う）が近くまで来ているんですが、
β２ｍの定位置からはちょっと遠い。立体構造が崩れるかなぁ・・・
-
波動函数の引力が強い場合、崩れる恐れがあるね
-
そうすると、脂質置いてるお皿の底が抜けるので
アーティファクトという指摘が・・・
-
いや、この場合とりあえず動いたらいいから、
アーティファクトでもいいよ
-
とりあえず近くで浮いてたらいいとする
-
じゃあ、やらないんですが、
できる研究室もあるので、アイデアだけ
コンピューターで距離を測って、きっちりそこまでペプチド鎖を詰めます
このときにプレーンなのが例えばアラニン１０個
コラーゲン風で堅いかもしれないのがグリシン１０個
変な活性が出てしまうかもしれないけれど親水性なのがセリン１０個
-
アラニンを１０個も繋いだら疎水性かもしれず、グロブリンの中に潜り込んでしまう恐れはあります
-
ズレた時にはプロリンを入れて距離合わせです
-
いや、この場合は浮いていていいです・・・
-
Rv0005だけど、これはいったいなに？
-
DNAジャイレースですが、対ウイルスの生体防御系だとわたしは思っていて、
そうすると、病原体との進化競争で進化速度が速いあるいはデタラメだと見ています
-
そして酵素なので、DNA配列ではなく、アミノ酸配列に選択圧が掛かっている
これが細菌のかなり広い範囲で0.0です
-
ところが、ＤＮＡだとＨ３７Ｒａですら保存が不完全。
生体防御系の特徴ではないかと
-
コメで0.0なのは、
リゾビウムを調べていた時に、「アグロバクテリウムは遺伝子の移動がめちゃくちゃで実体不明」とか書いてあったので
それじゃないかと思います
アグロバクテリウムで、その辺の細菌から遺伝子が飛んできたのを使ってるみたいな
-
植物界全部ゼロですね・・・
これは何と説明したらいいのやら
-
>>660
変異を好むんだけれど、酵素活性は強く保存みたいな
-
４０００遺伝子あるし全部調べたんでしょう。
それでこれ
結構作為的な話だと思いました
-
>>661
コメと言いながらいったい何を食っているかよくわからない人工生命体であった
-
真核生物になった時に、遺伝学的なファイアウォールを全部取ってしまうという戦略があったのでしょう
それで猛烈な進化速度を獲得した
-
だから植物の生物学は、動物の生物学より常に発見が一歩速かった
基盤的なシステムが露出していることが多いのです
-
細胞説の最初の論文である
シュライデンの『植物発生論』は
シュワンの『動物及び植物の構造と成長の一致に関する顕微鏡的研究』より早かった
-
メンデルも（経験知である育種を除く）動物遺伝学より早かった
-
動物遺伝学って言ったらトーマス・ハント・モーガンですかね
1911年です
-
>>665
端的に言えば、リゾビウムで天井の179なので
アグロバクテリウムから飛んできた遺伝子なのでしょう
-
アグロバクテリウムは、植物界全てで
普遍的に感染していた履歴が想定されます
-
シアノバクテリアの頃から、DNAジャイレースの進化速度の速さ、あるいは崩れやすさ？
が観察され、
どうもそこから来ている「遺伝学的ファイアウォール取ってしまう戦略」なのでは
-
マラリア原虫の気持ちはよくわからない
アピコンプレクサ門＝植物説はあるけれど逆を行きたいのだろうか？
-
アピコプラストというオルガネラがあって、
これが紅藻の葉緑体由来らしいという話
-
さて、ちょっと詳しくなってもう一度この論文に立ち返ってみましょう
-
TAP一つ飛ばしたら、T細胞が著しく減少する
これがアカゲザルHLA-B-Acylをトランスジェニックすることで一定程度回復する。ということは
HLA-B-Acylに他の多くの抗原が未知のTAP-Acyl（仮）によって無理やり突っ込まれて動作状態にあるということでしょう
-
この段階で、マウスの他すべてのHLAは保存されています。
動かない。
動いたすべてが、ローディングするときに、TAP-Acyl (仮)を用いています
-
ローディングのメカニズムということがよくわからないのが現段階ですが、
後から無理やり広げて入れるというトラバサミモデルが没だったので
ペプチドが小胞体でMHCがペプチド重合で伸びて行くときに、TAPがこれに噛み付いでおかないと
ペプチドが入ることができないという話が例えばできて
-
そのときに？
HLA-B-Acylと、普通のHLA-B-Peptideは、ペプチド重合させるときに噛み付かせて置くTAPライクが異なるということ
つまり、TAPはMHCの口の疎水領域に面してくっ付いている
-
その場合、たぶんTAP-AcylはCD1と共通なのでしょう
-
>>678
だから、マウスでは基本的にはHLA-B-Acylはほとんど存在しなくて、
TAPが潰れた時に、「噛み付かせるものが何も無くて」
一緒にT細胞も無くなってしまう
-
https://www.bing.com/images/search?view=detailV2&ccid=t9k19t30&id=8FC030D4DEC3D121D5F967C8BF6403F5405F02EB&thid=OIP.t9k19t30TRX-V1l_6-F-lwHaFj&mediaurl=https%3A%2F%2Fai2-s2-public.s3.amazonaws.com%2Ffigures%2F2017-08-08%2F7bb9e1b48a40cd6b4f064cd6d545c89735cc652a%2F36-Figure1034-1.png&exph=974&expw=1300&q=TAP+MHC+structure&FORM=IRPRST&ck=AD9487ED1C17442169559F36E394CC21&selectedIndex=0&itb=0&cw=1721&ch=853&ajaxhist=0&ajaxserp=0
ヴぇ？なんじゃこりゃ!!
これがTAP？
そんな馬鹿な
-
トラバサミモデルだな
合成した後こじ開けるはずだこれは
-
そうでないと結晶でくっ付かない
変性剤入れながら結晶作るのか？ｗｗｗ無理だｗｗｗ
-
ああ、でもこのモデルはわかりやすくていいね。
脂質鎖がついていたら、このTAPトランスポーターは通れない
別の形態になる。何か似たような
膜の中から抗原を取って来るようなものだ
-
恐らく、TAPを飛ばしたときに、HLA-B-AcylでT細胞が復旧したのは
ロイシン、イソロイシン、バリン、フェニルアラニンなどもか
そういう疎水性の残基を脂質鎖に見立てて、トランスポーターに無理やり突っ込んだんだろう
-
特定できたら、
それだけ単離して、CD1のローディングシステムと言うことができる
あっという間に抗原が探索できるぞ
-
そうか。T細胞って、抗原でつつかないと増えないんでしたっけ
-
MHCを飾っているだけでは、「抗原でつついた」ことにはならない
なんか不思議な話ですね
極めて多様性の高い抗原ペプチド配列の有る無しででそんな定性的な認識ができるんだろうか？
-
だから、閉じた状態のMHCというのが知られていて、
これがねぇ。移植免疫なんだよ（こっそり）
-
非常に厳密で、
そのせいでHLA-Bが８０個もあるというのの、自分が持って生まれたものしか、認めないと言うんだ
-
CD1ではない、HLAで行くなら、
移植免疫がカネの井戸です。絶対に踏み外してはいけない
-
まあだから、ゲノム編集は不明な疣の恐れが指摘されていますが
コピー数でTAPを増やしたら（笑）、移植免疫は軽くなると思います
空のHLAが減れば、空のHLAを狙って空爆して来るNK細胞の攻撃は減る
-
ただ、ゲノム編集の謎疣は懸念で、
TAP1,2のmRNAワクチンを打ってみるとかどうですかね。配列サイズがデカすぎる？
-
通常、ボトルネックになるのは膜タンパクだと思う
サイトゾルのタンパク質は多く発現され、上方調整も恐らくできるだろう
-
>>695
わたしもワクチン打ったけど、熱と接種部位の腫れだけだったよ
副作用的にはどれもこんなものだろう
-
だから、移植者に半年に一回打つみたいな
-
じゃあ毎月一回ね
-
二週間に一回です。これ以上はATPモノマーの心毒性が問題になって来る
-
TAP1は2247nt、TAP2は2061nt
入るかなぁ・・・。
まあ入らなくはないかもしれないが
-
同じmRNAに乗せようと思うから長くなる
二種類作ってカクテル接種でいいよ
-
マクロファージと言えば、
真核生物の機嫌がちょっとごちゃっとしているので
現段階でのまとめを
-
ヒトからRv0092互換遺伝子を見たら、コメとアメーバが0.0で、酵母がちょっと下がる
恐らく、アピコンプレクサの辺りが何か関連していると見れば、この辺から葉緑体が発生していたかもしれず
そうすると系統樹が
マラリア原虫・コメ・アメーバ・ヒトみたいになって、
カビは反対方向に走って行ったのだろう
-
カビは進化速度が速いというか、ゲノムが崩れてるので
系統樹解析が当てにならないので、しばらく忘れていてもいいと思う
-
恐らく、古細菌のプロトプラスト（細菌のマイコプラズマみたいなの）が大きくなって
それで、抗酸菌を食べようとして消化不良、ミトコンドリアになったというモデルが提案でき
そうすると、最初の真核生物は、アメーバの近くかなと思うわけです
-
そこから、やっぱり細胞壁硬くして固着生活しますという先祖返り？の流れで植物がどっかに行き、
当wikiでは扱わないけれど、カビなども同じ方向を目指そうと独自のルートを選択した
-
これは有殻アメーバと無殻アメーバみたいなものがあって、
想定されるラインです
どちらもアメーボゾア門です
-
で、話を戻そう
-
後でノートっていうかｗｉｋｉに書いておきます
-
で、次の実験報告会だが
-
半年後ぐらいじゃないですかね
-
ただ、今の人数で、どうやってマウス飼ってるのかなって
-
いや、同じことを思っていて
トランスジェニックについてもうちょっと話しておきたい
-
TAPを飛ばしたら、T細胞の一集団が出ない
これは良い。確かな事実だ。ろう。たぶん
-
マウスの系で、アカゲザルのHLA-B-Acylをトランスジェニックしたら、
非TAP経路で「抗原を搭載したHLA」が出現し、これでつついたら消えたT細胞の一集団が出る
これもそうだとして
-
なぜうまく行った
-
>>713
それは君も知ってるM2の人がやってくれました。親切なお手伝い
-
そうかな・・・？
だとしたら、何だか不審なネタがそこから湧いている気がするんですがね・・・
-
いや、聞いたことないなと思って
所属しているクラスタが違うとそこまで違うものだろうか？
-
世間は広い
-
ネズミの世話分、どこかで帳尻合わせが発生すると思うよ
-
もしかして → テクニシャン
-
じゃあまあいいか・・・
-
>>716
HLA-B-AcylもＣＤ１ｄもβ２ｍ・・・。あれ？
-
アカゲザルのHLA-B-Acylも、ヒトのＣＤ１aも互換のはずだ。そうだな？
-
おかしいですね。じゃあ、トランスジェニックＣＤ１aは動いたことになります
ちょっと待ってください
-
つつくところまで行った。動作完遂だ
-
修士論文。紅に載ってません。博士までしか検索できないようです
-
>>728
いや、ちょっと待ってください。
提示はするが、抗原反応は無いというラインがあります
つまり、崩れたHLA-B-Acylに抗原だけロードされて、NKの空爆を避けられるぎりぎりのライン
-
つまり？
-
崩れたHLA-B-Acylそれ自体が、NKの空爆を避けさせるものであり、
他のローディングされていないMHCが放置されていても、T細胞増殖シグナルが通った
|
|
掲示板管理者へ連絡
無料レンタル掲示板
