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電符「東方シリーズ総合スレッド 4956/4956」
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同人弾幕シューティング「東方紅魔郷」「東方妖々夢」を中心に
一連の東方シリーズについて語らったり、攻略したり、褒め讃えたり、
情報交換したり、創作したり、考察したり、糸電話したりしながら、
ラジオを飛び交うツートントンが聞き取れないスレッドです。
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たぶんね、抗酸菌が互いに排斥するという話は
in vivoでしか出ないように思いますね
in vitroで出たら、抗生物質探索で引っ掛かったはずです
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たとえば、レプラとBCGがよく知られています
BCGの対レプラワクチンは最高８０％です。場合によってとても高い値になる
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BCGもそう。
オリジナルのbovisでは、たぶん今のBCG Tokyo株よりもmtbに対する排斥効果が高かった
だからワクチン化しようとしたんです
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>>590
じゃあ、マウスに居たらやってもいいということで
嚙まれたことあるからね
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ミクロッティというか結核菌群のプライマーで、何か出ますかね
BCGは感染していないはずだから・・・
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わたし噛まれたことないです。研究室に居た頃はBCG大量だったと思う
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＞イギリスでハタネズミの病原体として初めて記載されました。[1]
＞イノシシはMycobacterium microtiを環境中で維持する上で重要な役割を果たしていますが、野ネズミ（Microtus agrestis）、アカネズミ（Apodemus sylvaticus）、ハタネズミ（Cletherinomys glareolus）、トガリネズミ（Sorex araneus）など、他の哺乳類からも分離されています。また、ラマ、ネコ、ブタ、ウシ、イヌなどの家畜にも見られます。[2][3][4][5]
何で実験用マウスって書かないんだろう？
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＞市販の核酸ハイブリダイゼーション法は、M. tuberculosis群の菌株を同定するために広く用いられている。
あ、市販のプライマーとかがあるみたいです
それ使ってください
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野ネズミとハツカネズミってどれぐらい違うんでしょう？
意外と違う？
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アカネズミ属と？
ハツカネズミ属・・・
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ネズミの獣医
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>>598
こういうのね。自分に当たらないように、巧妙に避けたプライマーを設計することがあるよ
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＞DNAジャイレースとIS6110ですって
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こちら
https://www.pmda.go.jp/PmdaSearch/ivdDetail/ResultDataSetPDF/170005_22300AMX00538000_A_01_05
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あ、そういえば、
アシルついてないマイコバクチン
普通のＭＨＣクラス１で抗原応答があるかもしれませんね。
探す手段は無いけれど
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七員環、五員環という亜立体環が付いていて（特に七員環）
大きいので端が開いてるクラス１で
なんとなく素朴な炭素が多い気がするから、
案外、先ほどのHLA-B-Acylのグループかもしれませんね？
非定型な病原性化合物は大体ここに突っ込むなどするのかもしれない
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gyrB (Rv0005)
わ〜これは厳しいな。
同じところ歩いてたな
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デモは恐いものと言う印象操作ですが、
デモを国家ではなく個人に向けるようになったのは左派の責任です
こちらは反撃として「デモは恐いもの」と言う印象操作をガンガンしなければならなくなった
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つまり、「民衆のデモの権利」と言うものを剥奪する動きが出て来たわけです
デモは暴動だ
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デモを個人に向けるのが悪い
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まろゆきが左派だから、勝ちようが無いのであって
普通にやってたら問題ありません。勝てます
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岡田氏が今回の日中対立を演出したのであって
それで自分関係ありませんみたいな言論が罷り通る国会は健全ではない。民主党は猛省すべき
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ドイツが反日親中で固まって来たな
まあいつものことだ。ドイツは大陸国家、「東洋の不思議な国、中国」に無限の憧れがある
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>>611
自分の線積分と、国の線積分がごっちゃになっているときの表現で
自分のことを語っているわけ
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>>611
しかし、相当な武闘派で鳴らしたまろゆきだが、
左派の立場からは勝ちようが無いのかこの状況
ほ〜ん・・・
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>>611
しかし、相当な武闘派で鳴らしたまろゆきだが、
左派の立場からは勝ちようが無いのかこの状況
ほ〜ん・・・
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まあ、北京には「国内の民主派勢力の弾圧が目的でやってます。言葉だけだよ」と言っておきますかなｗｗｗ
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ドイツの反日感情の高まりは、まあ放置しておきましょう
日本に関わろうとしてくるのは、どうせＳＰＤだ。
場が煮詰まってくれば衝突する
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「侵略責任への向き合い方が不十分」と言う自省が
まさに世界でのドイツの覇権を食い潰しているのですｗｗｗ
侵略責任と言っている限り無視で通る。孤立しているのです
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孤立と言うか、
覇権を背にした工作能力が全然無いということになるから、もういいのです
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国際卓越大学
京都大学もノミネートされているという噂ですが、
もし、乗ったら、話が必要です
教授が再任用で戻って来れるかもしれませんハーバードだ！！
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そういえば一日考えて、
こういうのはどうです
CD1はポンチ絵で描くと
グロブリン グロブリン
グロブリン β２ｍ
膜ＣＤ１膜膜膜膜膜膜膜膜
膜ＣＤ１膜膜膜膜膜膜膜膜
ＣＤ１
↑
ちょっと出てる
みたいな感じで
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マウスにトランスジェニックした時の
このβ２ｍの左隣のグロブリンドメインを、ヒトβ２ｍに交換できないか・・・？
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そしたら、構造的に
ヒトＣＤ１ ヒトＣＤ１
ヒトβ２ｍ ヒトＣＤ１ マウスβ２ｍ
みたいになって、マウスの中で安定化しながら、マウスＣＤ８がマウスβ２ｍについて、立体障害が起きないみたいな
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いや、だめだ同じだ・・・
うん？ちょっと待て
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ヒトＣＤ１ ヒトＣＤ１
マウスβ２ｍ ヒトβ２ｍ
膜ＣＤ１膜膜膜膜膜膜膜膜
膜ＣＤ１膜膜膜膜膜膜膜膜
ＣＤ１
じゃないか？
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本来はヒトβ２ｍは上と横から固定されるはずだが、
上からだけの固定になる。通るか？
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結晶では上からもくっ付いてるように見えるし、まあ、何とか通るのでは・・・
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だからヒトＣＤ１ｂのグロブリンドメインを一個マウスのβ２ｍに変えてしまうというアイデアで
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ＰＣモニターの変換ケーブルをガチャガチャしているので見て思いついた
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このアーティフィシャルなヒトＣＤ１ｂとヒトβ２ｍを二遺伝子入れるという方向で
回収できそうな気がします
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変換ケーブルのピンが合わないときどうするか
合うのをつけるというノリで
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いや、理屈ではねＣＤ１ｄがマウスから見たヒトで相同性142あるから
ギリギリくっ付くんじゃないかとみて、それで行くという話だったはずだ
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だから、マウスCD1ｄにはマウスｍ２βがくっ付いているだろう？
ヒトＣＤ１aを入れた時も、マウスｍ２βがつくはずなんだ
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でも、HLA-B-Acylでピンを通したという話なので昨日の話
何か行けるんじゃないかなと言う気はしてきましたよ
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まて、もう一度検証しよう
ヒトＣＤ１ａｂｃｄｅは、
CD1ｄからみて相同性１１６〜１０４・・・。低いな。に存在していて
β２ｍを全てに当てて支えている
だから、ＣＤ１とβ２ｍのピンは結構融通が利くはずだ
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だから、ＣＤ１ｄである場合、β２ｍの割とルーズな結合がマウスでも期待でき、
これはそのルーズさで、ヒトＣＤ１ａを許容する
どうだ
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根本的に、実験データが必要ですよね
何かないと言い続けるのがしんどいｗｗｗ
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マウスのβ２ｍを使う場合、ＣＤ８とのピンは完全だ
問題はＣＤ１につくかどうか
この際、ヒトＣＤ１にマウスβ２ｍをくっつけてしまうのは
ああ、↑で言ってる話になるか
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だから、ＭＨＣクラス２みたいにヒトβ２ｍが入るところを、ペプチドで繋いだマウスβ２ｍを置く
これですね
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繋がるのかね？
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末端一個しかありませんでしたからね
どうするかな・・・定位置から外れててもいいですかね？浮いているとか
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浮いていていいなら、ちょっと余裕見てアラニンぐらいで繋いで、
行けるんじゃないかなと思いますね
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いや、変なものは入れない。直接つなぐ
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ループが十分な長さあれば、β２ｍとＣＤ１の結合が期待できるかなぁ・・・
ループ構造。インスリンのループしてるところとか参考にしますか？
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いや、それは止めよう。ループは無しだ
直接つないで浮いていていい
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膜との向きで、外向きだから、小胞体で押し出して言って
Ｎ末端ですかね。どこにあるかな・・・
結晶で見てみると
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https://www.rcsb.org/3d-view/6D64/1
PDBでこういうのですね。ＣＤ１ｂ
Ｎ末端（だと思う）が近くまで来ているんですが、
β２ｍの定位置からはちょっと遠い。立体構造が崩れるかなぁ・・・
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波動函数の引力が強い場合、崩れる恐れがあるね
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そうすると、脂質置いてるお皿の底が抜けるので
アーティファクトという指摘が・・・
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いや、この場合とりあえず動いたらいいから、
アーティファクトでもいいよ
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とりあえず近くで浮いてたらいいとする
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じゃあ、やらないんですが、
できる研究室もあるので、アイデアだけ
コンピューターで距離を測って、きっちりそこまでペプチド鎖を詰めます
このときにプレーンなのが例えばアラニン１０個
コラーゲン風で堅いかもしれないのがグリシン１０個
変な活性が出てしまうかもしれないけれど親水性なのがセリン１０個
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アラニンを１０個も繋いだら疎水性かもしれず、グロブリンの中に潜り込んでしまう恐れはあります
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ズレた時にはプロリンを入れて距離合わせです
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いや、この場合は浮いていていいです・・・
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Rv0005だけど、これはいったいなに？
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DNAジャイレースですが、対ウイルスの生体防御系だとわたしは思っていて、
そうすると、病原体との進化競争で進化速度が速いあるいはデタラメだと見ています
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そして酵素なので、DNA配列ではなく、アミノ酸配列に選択圧が掛かっている
これが細菌のかなり広い範囲で0.0です
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ところが、ＤＮＡだとＨ３７Ｒａですら保存が不完全。
生体防御系の特徴ではないかと
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コメで0.0なのは、
リゾビウムを調べていた時に、「アグロバクテリウムは遺伝子の移動がめちゃくちゃで実体不明」とか書いてあったので
それじゃないかと思います
アグロバクテリウムで、その辺の細菌から遺伝子が飛んできたのを使ってるみたいな
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植物界全部ゼロですね・・・
これは何と説明したらいいのやら
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>>660
変異を好むんだけれど、酵素活性は強く保存みたいな
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４０００遺伝子あるし全部調べたんでしょう。
それでこれ
結構作為的な話だと思いました
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>>661
コメと言いながらいったい何を食っているかよくわからない人工生命体であった
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真核生物になった時に、遺伝学的なファイアウォールを全部取ってしまうという戦略があったのでしょう
それで猛烈な進化速度を獲得した
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だから植物の生物学は、動物の生物学より常に発見が一歩速かった
基盤的なシステムが露出していることが多いのです
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細胞説の最初の論文である
シュライデンの『植物発生論』は
シュワンの『動物及び植物の構造と成長の一致に関する顕微鏡的研究』より早かった
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メンデルも（経験知である育種を除く）動物遺伝学より早かった
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動物遺伝学って言ったらトーマス・ハント・モーガンですかね
1911年です
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>>665
端的に言えば、リゾビウムで天井の179なので
アグロバクテリウムから飛んできた遺伝子なのでしょう
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アグロバクテリウムは、植物界全てで
普遍的に感染していた履歴が想定されます
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シアノバクテリアの頃から、DNAジャイレースの進化速度の速さ、あるいは崩れやすさ？
が観察され、
どうもそこから来ている「遺伝学的ファイアウォール取ってしまう戦略」なのでは
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マラリア原虫の気持ちはよくわからない
アピコンプレクサ門＝植物説はあるけれど逆を行きたいのだろうか？
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アピコプラストというオルガネラがあって、
これが紅藻の葉緑体由来らしいという話
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さて、ちょっと詳しくなってもう一度この論文に立ち返ってみましょう
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TAP一つ飛ばしたら、T細胞が著しく減少する
これがアカゲザルHLA-B-Acylをトランスジェニックすることで一定程度回復する。ということは
HLA-B-Acylに他の多くの抗原が未知のTAP-Acyl（仮）によって無理やり突っ込まれて動作状態にあるということでしょう
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この段階で、マウスの他すべてのHLAは保存されています。
動かない。
動いたすべてが、ローディングするときに、TAP-Acyl (仮)を用いています
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ローディングのメカニズムということがよくわからないのが現段階ですが、
後から無理やり広げて入れるというトラバサミモデルが没だったので
ペプチドが小胞体でMHCがペプチド重合で伸びて行くときに、TAPがこれに噛み付いでおかないと
ペプチドが入ることができないという話が例えばできて
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そのときに？
HLA-B-Acylと、普通のHLA-B-Peptideは、ペプチド重合させるときに噛み付かせて置くTAPライクが異なるということ
つまり、TAPはMHCの口の疎水領域に面してくっ付いている
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その場合、たぶんTAP-AcylはCD1と共通なのでしょう
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>>678
だから、マウスでは基本的にはHLA-B-Acylはほとんど存在しなくて、
TAPが潰れた時に、「噛み付かせるものが何も無くて」
一緒にT細胞も無くなってしまう
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https://www.bing.com/images/search?view=detailV2&ccid=t9k19t30&id=8FC030D4DEC3D121D5F967C8BF6403F5405F02EB&thid=OIP.t9k19t30TRX-V1l_6-F-lwHaFj&mediaurl=https%3A%2F%2Fai2-s2-public.s3.amazonaws.com%2Ffigures%2F2017-08-08%2F7bb9e1b48a40cd6b4f064cd6d545c89735cc652a%2F36-Figure1034-1.png&exph=974&expw=1300&q=TAP+MHC+structure&FORM=IRPRST&ck=AD9487ED1C17442169559F36E394CC21&selectedIndex=0&itb=0&cw=1721&ch=853&ajaxhist=0&ajaxserp=0
ヴぇ？なんじゃこりゃ!!
これがTAP？
そんな馬鹿な
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トラバサミモデルだな
合成した後こじ開けるはずだこれは
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そうでないと結晶でくっ付かない
変性剤入れながら結晶作るのか？ｗｗｗ無理だｗｗｗ
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ああ、でもこのモデルはわかりやすくていいね。
脂質鎖がついていたら、このTAPトランスポーターは通れない
別の形態になる。何か似たような
膜の中から抗原を取って来るようなものだ
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恐らく、TAPを飛ばしたときに、HLA-B-AcylでT細胞が復旧したのは
ロイシン、イソロイシン、バリン、フェニルアラニンなどもか
そういう疎水性の残基を脂質鎖に見立てて、トランスポーターに無理やり突っ込んだんだろう
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特定できたら、
それだけ単離して、CD1のローディングシステムと言うことができる
あっという間に抗原が探索できるぞ
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そうか。T細胞って、抗原でつつかないと増えないんでしたっけ
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MHCを飾っているだけでは、「抗原でつついた」ことにはならない
なんか不思議な話ですね
極めて多様性の高い抗原ペプチド配列の有る無しででそんな定性的な認識ができるんだろうか？
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