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電符「東方シリーズ総合スレッド 4956/4956」
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同人弾幕シューティング「東方紅魔郷」「東方妖々夢」を中心に
一連の東方シリーズについて語らったり、攻略したり、褒め讃えたり、
情報交換したり、創作したり、考察したり、糸電話したりしながら、
ラジオを飛び交うツートントンが聞き取れないスレッドです。
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結晶に無茶苦茶詳しくないとダメですね
ＣＤ１の結晶を出したラボに丸投げするしかない
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とかこういうの。
マウスβ２ｍにくっ付いた抗体と言うのを作って、これの尻尾にヒトβ２ｍにくっ付いた抗体を
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SFじゃないですか！やだー
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うちではできないけれど
免疫共沈法で、ＣＤ１にくっ付いている抗体を引っ張って来てこれを増やす
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免疫共沈法は学部の卒論でやったことがあって
結構はっきりくっ付いてきますよ
だから、β２ｍに抗体をくっつけて、それにＣＤ１がくっ付いているものを選択するというアイデアが
わたしはできないけれど！
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抗体には機嫌があって、何でもはくっ付かない
今日はここまで
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CD1テトラマーを模した実験系ですが
どこまで融通が利くかというところですね。
じゃあまた今度
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側鎖同士を波動函数でくっ付けるのに、
ある程度近ければいいという話だと思っていて
テトラマーの距離が通るなら、↑の抗体で異種β２ｍ同士をくっつけるというアイデアも行ける可能性はある
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こういうのドイツ生化学のやり方で、
ケミカルバイオロジーという技術体系です。
繋がって動いたというだけで成果になるので、
なにかもうちょっと簡単なのを
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まあ、うちの仕事ではありませんねｗｗｗ
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>>572
マウスへのトランスジェニックは無理そうだね・・・
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あれ？そういえばそうですね。じゃあ没案に・・・
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じゃあ、ＧＦＰで繋ぐ
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だから結晶構造に詳しくないと崩れちゃってできないんです
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ＧＦＰなのは、なんか歪んだ時のエネルギーを、蛍光として発散してくれそうだからです
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Ｎ末端かＣ末端かしかできないんじゃないかな
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ああ、そうか。グルタミン酸末端とかで行けると思っていた
では、行けるか、行けないかですね
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組み合わせで４パターン。一番エライザの活性が高いものを報告するみたいな
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もしもの話だけど、これ結核感受性が上がったらどうする？
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そうですねｗｗｗ
ＭＡＣワクチンを流行らせるいい機会ではｗｗｗ
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そういえば、ミクロッティがハタネズミ (Alexandromys montebelli)を宿主としている話
同じ属のAlexandromys fortisでは、CD1dが二つなんですよね。
マウスと一緒
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記号はmfotです
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この段階では、必ずしもCD1ｄしかないということが
抗酸菌感受性ゼロ。と言う話にはつながらない
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まああまり変わらないと思いますね
マウスでもやはりミクロッティが優先的に座っているのでしょう
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ミクロッティとＢＣＧを共培養して、
ＢＣＧが居なくなっちゃうとかデータが出たら、ｗｗｗ
まあそういう話で固まって行くかもしれません
ＢＣＧも結核菌群ですからほぼ互換でしょう
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ミクロッティは結構病原性が高いからダメだよ
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たぶんね、抗酸菌が互いに排斥するという話は
in vivoでしか出ないように思いますね
in vitroで出たら、抗生物質探索で引っ掛かったはずです
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たとえば、レプラとBCGがよく知られています
BCGの対レプラワクチンは最高８０％です。場合によってとても高い値になる
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BCGもそう。
オリジナルのbovisでは、たぶん今のBCG Tokyo株よりもmtbに対する排斥効果が高かった
だからワクチン化しようとしたんです
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>>590
じゃあ、マウスに居たらやってもいいということで
嚙まれたことあるからね
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ミクロッティというか結核菌群のプライマーで、何か出ますかね
BCGは感染していないはずだから・・・
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わたし噛まれたことないです。研究室に居た頃はBCG大量だったと思う
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＞イギリスでハタネズミの病原体として初めて記載されました。[1]
＞イノシシはMycobacterium microtiを環境中で維持する上で重要な役割を果たしていますが、野ネズミ（Microtus agrestis）、アカネズミ（Apodemus sylvaticus）、ハタネズミ（Cletherinomys glareolus）、トガリネズミ（Sorex araneus）など、他の哺乳類からも分離されています。また、ラマ、ネコ、ブタ、ウシ、イヌなどの家畜にも見られます。[2][3][4][5]
何で実験用マウスって書かないんだろう？
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＞市販の核酸ハイブリダイゼーション法は、M. tuberculosis群の菌株を同定するために広く用いられている。
あ、市販のプライマーとかがあるみたいです
それ使ってください
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野ネズミとハツカネズミってどれぐらい違うんでしょう？
意外と違う？
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アカネズミ属と？
ハツカネズミ属・・・
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ネズミの獣医
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>>598
こういうのね。自分に当たらないように、巧妙に避けたプライマーを設計することがあるよ
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＞DNAジャイレースとIS6110ですって
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こちら
https://www.pmda.go.jp/PmdaSearch/ivdDetail/ResultDataSetPDF/170005_22300AMX00538000_A_01_05
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あ、そういえば、
アシルついてないマイコバクチン
普通のＭＨＣクラス１で抗原応答があるかもしれませんね。
探す手段は無いけれど
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七員環、五員環という亜立体環が付いていて（特に七員環）
大きいので端が開いてるクラス１で
なんとなく素朴な炭素が多い気がするから、
案外、先ほどのHLA-B-Acylのグループかもしれませんね？
非定型な病原性化合物は大体ここに突っ込むなどするのかもしれない
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gyrB (Rv0005)
わ〜これは厳しいな。
同じところ歩いてたな
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デモは恐いものと言う印象操作ですが、
デモを国家ではなく個人に向けるようになったのは左派の責任です
こちらは反撃として「デモは恐いもの」と言う印象操作をガンガンしなければならなくなった
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つまり、「民衆のデモの権利」と言うものを剥奪する動きが出て来たわけです
デモは暴動だ
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デモを個人に向けるのが悪い
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まろゆきが左派だから、勝ちようが無いのであって
普通にやってたら問題ありません。勝てます
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岡田氏が今回の日中対立を演出したのであって
それで自分関係ありませんみたいな言論が罷り通る国会は健全ではない。民主党は猛省すべき
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ドイツが反日親中で固まって来たな
まあいつものことだ。ドイツは大陸国家、「東洋の不思議な国、中国」に無限の憧れがある
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>>611
自分の線積分と、国の線積分がごっちゃになっているときの表現で
自分のことを語っているわけ
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>>611
しかし、相当な武闘派で鳴らしたまろゆきだが、
左派の立場からは勝ちようが無いのかこの状況
ほ〜ん・・・
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>>611
しかし、相当な武闘派で鳴らしたまろゆきだが、
左派の立場からは勝ちようが無いのかこの状況
ほ〜ん・・・
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まあ、北京には「国内の民主派勢力の弾圧が目的でやってます。言葉だけだよ」と言っておきますかなｗｗｗ
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ドイツの反日感情の高まりは、まあ放置しておきましょう
日本に関わろうとしてくるのは、どうせＳＰＤだ。
場が煮詰まってくれば衝突する
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「侵略責任への向き合い方が不十分」と言う自省が
まさに世界でのドイツの覇権を食い潰しているのですｗｗｗ
侵略責任と言っている限り無視で通る。孤立しているのです
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孤立と言うか、
覇権を背にした工作能力が全然無いということになるから、もういいのです
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国際卓越大学
京都大学もノミネートされているという噂ですが、
もし、乗ったら、話が必要です
教授が再任用で戻って来れるかもしれませんハーバードだ！！
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そういえば一日考えて、
こういうのはどうです
CD1はポンチ絵で描くと
グロブリン グロブリン
グロブリン β２ｍ
膜ＣＤ１膜膜膜膜膜膜膜膜
膜ＣＤ１膜膜膜膜膜膜膜膜
ＣＤ１
↑
ちょっと出てる
みたいな感じで
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マウスにトランスジェニックした時の
このβ２ｍの左隣のグロブリンドメインを、ヒトβ２ｍに交換できないか・・・？
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そしたら、構造的に
ヒトＣＤ１ ヒトＣＤ１
ヒトβ２ｍ ヒトＣＤ１ マウスβ２ｍ
みたいになって、マウスの中で安定化しながら、マウスＣＤ８がマウスβ２ｍについて、立体障害が起きないみたいな
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いや、だめだ同じだ・・・
うん？ちょっと待て
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ヒトＣＤ１ ヒトＣＤ１
マウスβ２ｍ ヒトβ２ｍ
膜ＣＤ１膜膜膜膜膜膜膜膜
膜ＣＤ１膜膜膜膜膜膜膜膜
ＣＤ１
じゃないか？
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本来はヒトβ２ｍは上と横から固定されるはずだが、
上からだけの固定になる。通るか？
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結晶では上からもくっ付いてるように見えるし、まあ、何とか通るのでは・・・
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だからヒトＣＤ１ｂのグロブリンドメインを一個マウスのβ２ｍに変えてしまうというアイデアで
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ＰＣモニターの変換ケーブルをガチャガチャしているので見て思いついた
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このアーティフィシャルなヒトＣＤ１ｂとヒトβ２ｍを二遺伝子入れるという方向で
回収できそうな気がします
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変換ケーブルのピンが合わないときどうするか
合うのをつけるというノリで
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いや、理屈ではねＣＤ１ｄがマウスから見たヒトで相同性142あるから
ギリギリくっ付くんじゃないかとみて、それで行くという話だったはずだ
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だから、マウスCD1ｄにはマウスｍ２βがくっ付いているだろう？
ヒトＣＤ１aを入れた時も、マウスｍ２βがつくはずなんだ
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でも、HLA-B-Acylでピンを通したという話なので昨日の話
何か行けるんじゃないかなと言う気はしてきましたよ
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まて、もう一度検証しよう
ヒトＣＤ１ａｂｃｄｅは、
CD1ｄからみて相同性１１６〜１０４・・・。低いな。に存在していて
β２ｍを全てに当てて支えている
だから、ＣＤ１とβ２ｍのピンは結構融通が利くはずだ
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だから、ＣＤ１ｄである場合、β２ｍの割とルーズな結合がマウスでも期待でき、
これはそのルーズさで、ヒトＣＤ１ａを許容する
どうだ
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根本的に、実験データが必要ですよね
何かないと言い続けるのがしんどいｗｗｗ
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マウスのβ２ｍを使う場合、ＣＤ８とのピンは完全だ
問題はＣＤ１につくかどうか
この際、ヒトＣＤ１にマウスβ２ｍをくっつけてしまうのは
ああ、↑で言ってる話になるか
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だから、ＭＨＣクラス２みたいにヒトβ２ｍが入るところを、ペプチドで繋いだマウスβ２ｍを置く
これですね
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繋がるのかね？
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末端一個しかありませんでしたからね
どうするかな・・・定位置から外れててもいいですかね？浮いているとか
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浮いていていいなら、ちょっと余裕見てアラニンぐらいで繋いで、
行けるんじゃないかなと思いますね
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いや、変なものは入れない。直接つなぐ
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ループが十分な長さあれば、β２ｍとＣＤ１の結合が期待できるかなぁ・・・
ループ構造。インスリンのループしてるところとか参考にしますか？
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いや、それは止めよう。ループは無しだ
直接つないで浮いていていい
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膜との向きで、外向きだから、小胞体で押し出して言って
Ｎ末端ですかね。どこにあるかな・・・
結晶で見てみると
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https://www.rcsb.org/3d-view/6D64/1
PDBでこういうのですね。ＣＤ１ｂ
Ｎ末端（だと思う）が近くまで来ているんですが、
β２ｍの定位置からはちょっと遠い。立体構造が崩れるかなぁ・・・
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波動函数の引力が強い場合、崩れる恐れがあるね
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そうすると、脂質置いてるお皿の底が抜けるので
アーティファクトという指摘が・・・
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いや、この場合とりあえず動いたらいいから、
アーティファクトでもいいよ
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とりあえず近くで浮いてたらいいとする
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じゃあ、やらないんですが、
できる研究室もあるので、アイデアだけ
コンピューターで距離を測って、きっちりそこまでペプチド鎖を詰めます
このときにプレーンなのが例えばアラニン１０個
コラーゲン風で堅いかもしれないのがグリシン１０個
変な活性が出てしまうかもしれないけれど親水性なのがセリン１０個
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アラニンを１０個も繋いだら疎水性かもしれず、グロブリンの中に潜り込んでしまう恐れはあります
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ズレた時にはプロリンを入れて距離合わせです
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いや、この場合は浮いていていいです・・・
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Rv0005だけど、これはいったいなに？
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DNAジャイレースですが、対ウイルスの生体防御系だとわたしは思っていて、
そうすると、病原体との進化競争で進化速度が速いあるいはデタラメだと見ています
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そして酵素なので、DNA配列ではなく、アミノ酸配列に選択圧が掛かっている
これが細菌のかなり広い範囲で0.0です
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ところが、ＤＮＡだとＨ３７Ｒａですら保存が不完全。
生体防御系の特徴ではないかと
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コメで0.0なのは、
リゾビウムを調べていた時に、「アグロバクテリウムは遺伝子の移動がめちゃくちゃで実体不明」とか書いてあったので
それじゃないかと思います
アグロバクテリウムで、その辺の細菌から遺伝子が飛んできたのを使ってるみたいな
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植物界全部ゼロですね・・・
これは何と説明したらいいのやら
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>>660
変異を好むんだけれど、酵素活性は強く保存みたいな
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４０００遺伝子あるし全部調べたんでしょう。
それでこれ
結構作為的な話だと思いました
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