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電符「東方シリーズ総合スレッド 4956/4956」
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同人弾幕シューティング「東方紅魔郷」「東方妖々夢」を中心に
一連の東方シリーズについて語らったり、攻略したり、褒め讃えたり、
情報交換したり、創作したり、考察したり、糸電話したりしながら、
ラジオを飛び交うツートントンが聞き取れないスレッドです。
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ジデオキシマイコバクチン
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じゃあ、BCGで感作して、
そしたら、GCBはマイコバクチン作ってるから、ジデオキシ・・・あー通らないですかね
マイコバクチンじゃないからな。誘導体もまとめて許される？
そういういい加減な話ではない・・・
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ジデオキシマイコバクチンで感作して、ジデオキシマイコバクチンで拾う
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>>484sage
本当に化合物名合ってるだろうね？
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間違ってました
結核菌由来のジデヒドロキシマイコバクチン
ブランチムーディー2004です
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結核菌から取って来た（孫引き）なので、行けるのではないか
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孫引きはダメ
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スルファチドはセラミド系だからC24とC18だった（たぶん）
ポケットが小さいときは、リガンドとして採用すべきではないよ
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いつもの図を数えたらC20とC18って書いてあるのもあるし
アテにならない
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ん？C18とC24だが、ついている位置が逆というのもあるぞ
ポンチ絵などあてにすべきではない
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>>490
見れませんでしたすいません
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https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3268331/
これ見ていただいたら、
ジデヒドロキシマイコバクチンというのは、菌の正常な中間代謝物のようですね
抗原としてなら行けるのでは
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ちょっと待て！！didehydroxymycobactinだ
載ってない
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didehydroxymycobactin has recently been isolated from M. tuberculosis
見れないんですけれども、こういうセンテンスがgoogle scholer上にあって
まあ、行けるのでは
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使う前にブランチムーディーに確認を
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まあ、たまたまT細胞が出なかったのかもしれないし、
できにくいできやすいがあるんでしょう
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マイコバクチンのアシル鎖の長さはいろいろで、
マイコバクチンJで１６と数えるんですかねこれ。そういうぐらい・・・あれ？
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アシルになってないものが「正しい」マイコバクチンと書いてある。PubChemで
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これは〜、CD1には入らないな・・・
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ああ、ここにアシルがつくのか
なるほど。それでジデヒドロキシマイコバクチンと
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Mycobactin Pでアシル鎖は１８
いろいろですね
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>>498
この話ずっとマイコバクチンから半合成したものだと思ってた
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代謝産物でしたｗｗｗ
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スマートミストによると、
マイコバクチンはスキゾ系の性格変更が掛かるので、取り扱いにはご注意ください
手袋に穴が開いたりしないようにして
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マイコバクチンJはマクロファージに対して毒って書いてありますね
これは実験がやりにくい
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いや、その話は抗原提示したら、マクロファージが殺されるということなのかもしれん
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までも、致死的ではないし、BCGだし、
何か出るだろうと
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他の抗原を探そう
スクアレンとかどう？
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スクアレンは良いかもしれませんね。
なんかRIで標識したりして
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ただ、二重結合がガッチリ決まっていて本当に直線状です
曲がらないので、入らないかもしれない
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結局、脂質鎖で修飾されたペプチドという一ジャンルを築いていて
PAMPS特異的な仕様に見えるCD1からちょっとズレているのかもしれない
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ですから、CD1機能のHLA-B-Acylへの遺伝学的移動みたいなことを
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LP1。
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マウスではCD1がシュリンクされて、乗り換えてしまって、
LP1になっちゃったという話では
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HLA-B-Acylというのは正式な番号ではなく
グループなので、いっぱい突っ込める
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でもCD1抗原のほとんどはLP1（省略した言い方）に入らないでしょ
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いや、MHCクラス１だから、両端が開いていて、
ちょっとはみ出てもいいよ
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HLA-B-Baseっていうのもあるはずで、
MR1みたいに核酸化合物が入る
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アタリとして函を設置することはできるんですが、
どこが論文として当たるかは運を天に任せ
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教授の再雇用制度のご活用をお早めに
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ヒトじゃないのにHLAってついてていいんですか？
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じゃあ、mHLA
あ、ダメだな。マウスとモンキーがこんがらがっちゃう
だから、もうHLAはHLAと言うんだよで通すしかないです
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最初にコケかけた、トランスジェニックなのに動いた・・・？！
というのは、アカゲザルとマウスの高度な相同性により、１７０ぐらい
動いたのだということにしましょう
HLA分子は多型が多いので、これぐらいは吸収してくれるのでしょう
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KEGGのBLAST解析は、天井が177ぐらいなので、
ほぼ満額回答です
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マイコバクテリウムとコリネバクテリウムの間に天井が現れ
Rv0001でコリネで検索したらそれぐらいでした
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>>526
高度な相同性があって、何かの回避機構に引っ掛かって抗原にならない場合
トランスジェニックは成立します。
MACの酒耐性形質転換もそれです
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確かにアルデヒドデヒドロゲナーゼの相同性は、配列上は低いんですが、
アルデヒド一個飛ばしたら、吐き気が消えるというのは
これは「代謝経路の高度な相同性」なのです
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経路自体が元々無いとダメだって教授に言っておいてほしかった〜
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何がマズかったのかすらわからない
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いつもそう・・・
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じゃあ、漸近して行こう。目標mCD1だ！！
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肯定的に考えたら
CD1d1とCD1d2があるから、経路自体はあるはずだ
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じゃあ、β2mをどうするんですかという指し手になる
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いつもの定石手
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それも問題ない。
beta-2-microglobulinは１つだ。
お前はすぐに複数コピーがあって〜と言う
そうではない。そうではないぞ
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相同性は、マウスから見てヒトに対して53です
長さはどちらも119aa
全長で
MARSVTLVFLVLVSLTGLYAIQKTPQIQVYSRHPPENGKPNILNCYVTQFHPPHIEIQMLKNGKKIPKVEMSDMSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDTYACRVKHASMAEPKTVYWDRDM （マウス）
MSRSVALAVLALLSLSGLEAIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM （ヒト）
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ズレてるのは文字の左右幅が違うからです。ちなみに
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際どいという指し手か。そうだな・・・
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両方入れたらいいじゃないですか！！
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一個でやらないとデータが崩れる気がするというのがあって
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じゃあ何を入れる？
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抗原の汎用性からＣＤ１ｂだと思います
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マイコバクチンもポリケチドもＴＬＣ上で大きなスポットとして見たことが無い
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なんでＣＤ１aにしたんだったか・・・
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そのときたまたま話が来たからでは
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例えば、ＣＤ１ｂが動いたとして、どうなる？
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BCGで感作されます
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その結果？
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ああ、一つ階段が抜けてました
ＴＣＲ側の多型でＭＨＣクラス２もＭＨＣクラス１もＣＤ１も収まります。ＣＤ１ｄまであるならば、
多型によりＣＤ１ｂの配列の違いが吸収される
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なので、かなり強引ですが、ミコール酸つきCD1ｂがＴＣＲに押し付けられるはずです。ぐりぐり
これで、増えるでしょう
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このときにTCRに何かついたということのシグナル伝達は、
たぶんTCR(-CD1)複合体の横についている何かの分子クラスタXでしょう
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ヒトでCD1ｂとＣＤ１ｄの相同性はＣＤ１ｂから見て111
ちょっと厳しいかなと言う印象はあるけれども、まあそれほど立体障害は起こさないだろう
複合体の横についている分子クラスタＸの邪魔をしなければそれで動くはず
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TCRもＣＤ１もそれ自体は棒切れなので、分子クラスタＸが無ければ、くっ付くことすらできないと思う
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なので、あ〜、β２ｍと分子クラスタＸの結合が問題と
そうですね・・・
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ちょっとハードルが高かったので、今の段階では凍結です
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あ〜、厳しいなＣＤ８がβ２ｍにくっ付いている
これは丸ごと変えないと互換性が無い。えーと
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水道屋さんの気持ちで、
あ、無理だ
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それだ。だから、マウス側のβ２ｍでなければ・・・
ぐちゃぐちゃだよ！！！！！！！！！
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復旧しておくように。以上だ
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じゃあこういうのはいかがですか？
マウス側のβ２ｍに、ヒト側のβ２ｍを繋いだ融合タンパクを作って
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そういうあやしな実験はダメだよ
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結晶に無茶苦茶詳しくないとダメですね
ＣＤ１の結晶を出したラボに丸投げするしかない
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とかこういうの。
マウスβ２ｍにくっ付いた抗体と言うのを作って、これの尻尾にヒトβ２ｍにくっ付いた抗体を
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SFじゃないですか！やだー
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うちではできないけれど
免疫共沈法で、ＣＤ１にくっ付いている抗体を引っ張って来てこれを増やす
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免疫共沈法は学部の卒論でやったことがあって
結構はっきりくっ付いてきますよ
だから、β２ｍに抗体をくっつけて、それにＣＤ１がくっ付いているものを選択するというアイデアが
わたしはできないけれど！
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抗体には機嫌があって、何でもはくっ付かない
今日はここまで
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CD1テトラマーを模した実験系ですが
どこまで融通が利くかというところですね。
じゃあまた今度
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側鎖同士を波動函数でくっ付けるのに、
ある程度近ければいいという話だと思っていて
テトラマーの距離が通るなら、↑の抗体で異種β２ｍ同士をくっつけるというアイデアも行ける可能性はある
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こういうのドイツ生化学のやり方で、
ケミカルバイオロジーという技術体系です。
繋がって動いたというだけで成果になるので、
なにかもうちょっと簡単なのを
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まあ、うちの仕事ではありませんねｗｗｗ
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>>572
マウスへのトランスジェニックは無理そうだね・・・
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あれ？そういえばそうですね。じゃあ没案に・・・
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じゃあ、ＧＦＰで繋ぐ
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だから結晶構造に詳しくないと崩れちゃってできないんです
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ＧＦＰなのは、なんか歪んだ時のエネルギーを、蛍光として発散してくれそうだからです
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Ｎ末端かＣ末端かしかできないんじゃないかな
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ああ、そうか。グルタミン酸末端とかで行けると思っていた
では、行けるか、行けないかですね
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組み合わせで４パターン。一番エライザの活性が高いものを報告するみたいな
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もしもの話だけど、これ結核感受性が上がったらどうする？
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