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電符「東方シリーズ総合スレッド 4956/4956」
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同人弾幕シューティング「東方紅魔郷」「東方妖々夢」を中心に
一連の東方シリーズについて語らったり、攻略したり、褒め讃えたり、
情報交換したり、創作したり、考察したり、糸電話したりしながら、
ラジオを飛び交うツートントンが聞き取れないスレッドです。
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いや、大きな仕事になるな。
CD1は話は堅いが、派閥が弱い
できるかと言われたら、賭けになる
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アカゲ・・・ザル？
トランスジェニック・・・？なぜ動く・・・
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いや、良い良い良い
動いているという結果だ。ドキッとしたドキッとしたｗｗｗ
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TAPって本当にＭＨＣを強烈に上方制御するんですね・・・
そういうことってあるのか〜・・・
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ペプチド断片があるというその圧力だろうねｗｗｗ
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ああ、本当にトランスジェニックのアカゲザルHLAが動いてるんだ。すごいな・・・
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これで論文になりましたよね？ならないかな...
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え〜・・・。すごーい・・・。
よくできますねぇ・・・。実験の上に実験積んだら、怒られると思ってやらなかった
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だから、最初の段階では、アカゲザルHLAに乗っていて、最終的にはマウスの互換リポペプチド用HLAに乗っていたみたいな
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マウスのHLA B*098、の互換。
そうか〜。そういうのあるんだな〜
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調べられるか？
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アカゲザル（赤毛猿、Macaca mulatta）
コードはmcc。Macaca mulatta (rhesus monkey)
HLA Bは２０個ぐらいヒットですが、98はない
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新しいものですね
82ぐらいまでなら乗ってる資料があって
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どうしましょ
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ヒトはどうだ？
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HLA DRBとかありますけれど、
HLA Bがブラウザの検索でヒットしません。KEGG上には無いように見える
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じゃあアカゲザルで
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該当しません。KEGG上ではHLA Bという形式では記載されていないようです
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じゃあ、脂質鎖用HLAは発見しにくかったとして、番号が後
アカゲザルの
HLA class I histocompatibility antigen, B-67 alpha chain-like
これを似たようなものとして、マウスで相同性解析
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150で切ってこんな感じです。MHC Hというカテゴリなのだろうか？
mmu:547349 H2-K1; MHC class I family member K06751 486 1e-170
mmu:14964 H2-D1, H-2D, H2-D, H2-K1; histocompatibility 2, D ... K06751 464 2e-162
mmu:15013 H2-Q2, Gm11132, H-2Q2, H2-D1, H2-K1, gs14-2; histo... K06751 458 3e-160
mmu:14980 H2-L, H-2L; histocompatibility 2, D region locus L K06751 458 5e-160
mmu:15040 H2-T23, 37b, 37c, H-2T23, H2-K1, H2-Qa1, Qa-1, Qa-... K06751 456 5e-159
mmu:14972 H2-K1, H-2K, H-2K(d), H2-D1, H2-K, K-f; histocompa... K06751 453 8e-158
mmu:667977 H2-T26, EG667977, Gm8909, H-2T5, H2-T5, H2-Tw5l, ... K06751 449 3e-156
mmu:110558 H2-Q9, H-2Q9, Ped, Qa-2, Qa-9, Qa9; histocompatib... K06751 445 2e-155
mmu:15018 H2-Q7, H-2Q7, Ped, Q9, Qa-2, Qa-7, Qa7; histocompa... K06751 444 5e-155
mmu:15007 H2-Q10, H-2Q10, H2-K1, Q10, Qa10; histocompatibili... K06751 443 1e-154
mmu:14963 H2-Bl, H-2T13, H2-B1, H2-Bl-like, H2-D1, H2-K1, H2... K06751 436 3e-151
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>>473
番号が後のは脂質用って本当なのかな？
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では、Mamu-B*098のアミノ酸配列を
京大のKEGGやってる部局に持ち込んで、
マウスでこれと相同の探してくださいとお尋ねしていただければ
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>>475
これでっちあげです。
ちゃんとしたデータが取れたら外してください
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見つけたら、スルファチドとGMMが乗るかどうか試してみましょう
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GMM入れるには穴が狭いから、スルファチドだけでいい
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これが通れば、スルファチドの抗原処理関連トランスポーターと、SIVリポペプチドの抗原処理トランスポーターが同じである可能性が指摘でき
そうすると、ペプチド部位ではなく脂質鎖部位に引っ掛けてトランスポートしているとなる
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いや、通らない。そんな都合のいい想定はダメだ
あくまで素朴な目線での実験だ
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>>480
ミリスチン酸。C14だ。
これがギリギリ入るサイズだったら、C16とC18のスルファチド
あっ、二本あるから入らない・・・
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モノアシル抗原・・・
うーん、他に知らないなぁ・・・
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ジデオキシマイコバクチン
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じゃあ、BCGで感作して、
そしたら、GCBはマイコバクチン作ってるから、ジデオキシ・・・あー通らないですかね
マイコバクチンじゃないからな。誘導体もまとめて許される？
そういういい加減な話ではない・・・
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ジデオキシマイコバクチンで感作して、ジデオキシマイコバクチンで拾う
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>>484sage
本当に化合物名合ってるだろうね？
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間違ってました
結核菌由来のジデヒドロキシマイコバクチン
ブランチムーディー2004です
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結核菌から取って来た（孫引き）なので、行けるのではないか
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孫引きはダメ
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スルファチドはセラミド系だからC24とC18だった（たぶん）
ポケットが小さいときは、リガンドとして採用すべきではないよ
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いつもの図を数えたらC20とC18って書いてあるのもあるし
アテにならない
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ん？C18とC24だが、ついている位置が逆というのもあるぞ
ポンチ絵などあてにすべきではない
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>>490
見れませんでしたすいません
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https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3268331/
これ見ていただいたら、
ジデヒドロキシマイコバクチンというのは、菌の正常な中間代謝物のようですね
抗原としてなら行けるのでは
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ちょっと待て！！didehydroxymycobactinだ
載ってない
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didehydroxymycobactin has recently been isolated from M. tuberculosis
見れないんですけれども、こういうセンテンスがgoogle scholer上にあって
まあ、行けるのでは
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使う前にブランチムーディーに確認を
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まあ、たまたまT細胞が出なかったのかもしれないし、
できにくいできやすいがあるんでしょう
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マイコバクチンのアシル鎖の長さはいろいろで、
マイコバクチンJで１６と数えるんですかねこれ。そういうぐらい・・・あれ？
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アシルになってないものが「正しい」マイコバクチンと書いてある。PubChemで
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これは〜、CD1には入らないな・・・
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ああ、ここにアシルがつくのか
なるほど。それでジデヒドロキシマイコバクチンと
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Mycobactin Pでアシル鎖は１８
いろいろですね
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>>498
この話ずっとマイコバクチンから半合成したものだと思ってた
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代謝産物でしたｗｗｗ
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スマートミストによると、
マイコバクチンはスキゾ系の性格変更が掛かるので、取り扱いにはご注意ください
手袋に穴が開いたりしないようにして
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マイコバクチンJはマクロファージに対して毒って書いてありますね
これは実験がやりにくい
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いや、その話は抗原提示したら、マクロファージが殺されるということなのかもしれん
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までも、致死的ではないし、BCGだし、
何か出るだろうと
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他の抗原を探そう
スクアレンとかどう？
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スクアレンは良いかもしれませんね。
なんかRIで標識したりして
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ただ、二重結合がガッチリ決まっていて本当に直線状です
曲がらないので、入らないかもしれない
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結局、脂質鎖で修飾されたペプチドという一ジャンルを築いていて
PAMPS特異的な仕様に見えるCD1からちょっとズレているのかもしれない
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ですから、CD1機能のHLA-B-Acylへの遺伝学的移動みたいなことを
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LP1。
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マウスではCD1がシュリンクされて、乗り換えてしまって、
LP1になっちゃったという話では
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HLA-B-Acylというのは正式な番号ではなく
グループなので、いっぱい突っ込める
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でもCD1抗原のほとんどはLP1（省略した言い方）に入らないでしょ
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いや、MHCクラス１だから、両端が開いていて、
ちょっとはみ出てもいいよ
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HLA-B-Baseっていうのもあるはずで、
MR1みたいに核酸化合物が入る
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アタリとして函を設置することはできるんですが、
どこが論文として当たるかは運を天に任せ
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教授の再雇用制度のご活用をお早めに
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ヒトじゃないのにHLAってついてていいんですか？
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じゃあ、mHLA
あ、ダメだな。マウスとモンキーがこんがらがっちゃう
だから、もうHLAはHLAと言うんだよで通すしかないです
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最初にコケかけた、トランスジェニックなのに動いた・・・？！
というのは、アカゲザルとマウスの高度な相同性により、１７０ぐらい
動いたのだということにしましょう
HLA分子は多型が多いので、これぐらいは吸収してくれるのでしょう
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KEGGのBLAST解析は、天井が177ぐらいなので、
ほぼ満額回答です
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マイコバクテリウムとコリネバクテリウムの間に天井が現れ
Rv0001でコリネで検索したらそれぐらいでした
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>>526
高度な相同性があって、何かの回避機構に引っ掛かって抗原にならない場合
トランスジェニックは成立します。
MACの酒耐性形質転換もそれです
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確かにアルデヒドデヒドロゲナーゼの相同性は、配列上は低いんですが、
アルデヒド一個飛ばしたら、吐き気が消えるというのは
これは「代謝経路の高度な相同性」なのです
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経路自体が元々無いとダメだって教授に言っておいてほしかった〜
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何がマズかったのかすらわからない
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いつもそう・・・
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じゃあ、漸近して行こう。目標mCD1だ！！
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肯定的に考えたら
CD1d1とCD1d2があるから、経路自体はあるはずだ
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じゃあ、β2mをどうするんですかという指し手になる
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いつもの定石手
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それも問題ない。
beta-2-microglobulinは１つだ。
お前はすぐに複数コピーがあって〜と言う
そうではない。そうではないぞ
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相同性は、マウスから見てヒトに対して53です
長さはどちらも119aa
全長で
MARSVTLVFLVLVSLTGLYAIQKTPQIQVYSRHPPENGKPNILNCYVTQFHPPHIEIQMLKNGKKIPKVEMSDMSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDTYACRVKHASMAEPKTVYWDRDM （マウス）
MSRSVALAVLALLSLSGLEAIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM （ヒト）
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ズレてるのは文字の左右幅が違うからです。ちなみに
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際どいという指し手か。そうだな・・・
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両方入れたらいいじゃないですか！！
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一個でやらないとデータが崩れる気がするというのがあって
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じゃあ何を入れる？
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抗原の汎用性からＣＤ１ｂだと思います
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マイコバクチンもポリケチドもＴＬＣ上で大きなスポットとして見たことが無い
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なんでＣＤ１aにしたんだったか・・・
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そのときたまたま話が来たからでは
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例えば、ＣＤ１ｂが動いたとして、どうなる？
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BCGで感作されます
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その結果？
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ああ、一つ階段が抜けてました
ＴＣＲ側の多型でＭＨＣクラス２もＭＨＣクラス１もＣＤ１も収まります。ＣＤ１ｄまであるならば、
多型によりＣＤ１ｂの配列の違いが吸収される
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なので、かなり強引ですが、ミコール酸つきCD1ｂがＴＣＲに押し付けられるはずです。ぐりぐり
これで、増えるでしょう
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このときにTCRに何かついたということのシグナル伝達は、
たぶんTCR(-CD1)複合体の横についている何かの分子クラスタXでしょう
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