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STAP問題の全解に向けて、No1

1一言居士:2019/02/27(水) 22:00:17
どうですかあ。

2閲覧者:2019/02/27(水) 22:00:58
何?そういう入り方なの?

3在原業平:2019/02/27(水) 22:01:59
徹底的に敵の金で遊ぶ。

4小野小町:2019/02/27(水) 22:02:42
なるほどね。

5ふむ:2019/02/27(水) 22:06:42
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6孤舟:2019/02/27(水) 22:07:56
続々来るなあ。

7ペリー・メイスン:2019/02/27(水) 22:11:49
早速始めようか。

8シャーロック・ホームズ:2019/02/27(水) 22:14:43
まずはJAKiって何なんだい?

9ドクター・ワトソン:2019/02/27(水) 22:15:17
Janus-Associated Kinase Inhibitor ということらしいよ。

10ペリー・メイスン:2019/02/27(水) 22:15:55
どうしてこんな実験をしているの。一体だれがこんな実験をしようと言いだしたのかね。

11シャーロック・ホームズ:2019/02/27(水) 22:16:37
一応論文の中ではES細胞はこのJAKiを培地に入れると多能性マーカー発現を阻害されるとされているね。つまり多能性を阻害されるとされている。だから、逆にJAKiを入れても多能性マーカー発現が無くならなかったらそれはES細胞ではないということになる。例えばFigure2-jはFI-SCがJAKiの影響を受けていないということを示している。つまりFI-SCはES細胞ではないと一見示しているわけだ。

12ドクター・ワトソン:2019/02/27(水) 22:17:35
どうしてこんな実験が行われているのかね。だれかがFI-SCはES細胞だなんて言い出したのかね。

13シャーロック・ホームズ:2019/02/27(水) 22:18:18
レター論文の主旨はこの時に初めて発表されたので、それを疑うとしたらまずはレター論文の査読者だね。もう一つ考えられるのが笹井さんだよ。彼が自分で書いていて、アーティクル論旨でもESコンタミを指摘されていたくらいだから、当然レターは初めて公表するとは言え、ESコンタミを疑われてはいけないからJAKi検証結果を小保方さんにつけさせたかだね。

14ペリー・メイスン:2019/02/27(水) 22:19:18
若山さんがこんな実験をするわけはないよね。自分の行っている実験にESコンタミがあるなんて自分で疑うわけないし、そもそも我々の論では若山さんはSTAP幹細胞をFGF4誘導しているんだものね。ntESもESだからね。インナーセルマス由来細胞だ。JAKiなんて入れようとするわけがないね。

15デラ・ストリート:2019/02/27(水) 22:20:05
レターの説明は以下ね。
>>
However, as Fgf4-induced stem cells lay between STAP stem cells and trophoblast stem cells in the dendrogram, the possibility of contamination of STAP stem cells in the Fgf4-induced stem-cell population cannot be ruled out. Previous studies have indicated that inner cell mass (ICM)-type pluripotent cells can be removed from culture by treating the culture with a JAK inhibitor <16>(Extended Data Fig. 5a, b). In contrast, the JAK inhibitor treatment had no substantial effect on Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem-cell culture (Extended Data Fig. 5c, d; see Extended Data Fig. 5e, f for control). Expression of neither pluripotency markers (Fig. 2j) nor trophoblast markers (Fig. 2k) was substantially affected, indicating that pluripotency marker expression is unlikely to reflect contaminating STAP stem cells (ICM-type). Consistent with this idea, Fgf4-induced stem cells that were strongly positive for the trophoblast marker Itga7 (a surface marker for trophoblasts but not ES cells) also expressed high levels of Oct4-GFP (Extended Data Fig. 5g).

16翻訳機:2019/02/27(水) 22:20:36
しかしながら、Fgf4誘導幹細胞は、樹状図においてSTAP幹細胞と栄養膜幹細胞との間に位置しているので、Fgf4誘導幹細胞集団におけるSTAP幹細胞の混入の可能性を排除できない。先行する研究では、内部細胞塊(ICM)タイプの多能性細胞は、JAK阻害剤で培養を処理することにより培養物から除去することができることを示した(拡張データ図5a,b)。対して、JAK阻害剤処置は、Fgf4誘導幹細胞培養のOct4-GFPの発現には実質的な影響を及ぼさなかった。(拡張データ図5c,d;コントロールとして拡張データ図5e,f参照)。どの多能性マーカー(図2j)や栄養膜マーカー(図2k)も実質的影響を被らなかった。これは多能性マーカー発現がSTAP幹細胞(ICMタイプ)を反映している可能性の低いことを示している。それを証明するように、栄養膜マーカーであるItga7(ES細胞ではなく、栄養膜の表面マーカ)に対して強く陽性であったFgf4誘導幹細胞はOct4-GFP(拡張データ図5g)を高レベルで発現した(拡張データ図5g)。

17ペリー・メイスン:2019/02/27(水) 22:21:07
先行する研究というのは以下だね。
>>
16. Yang, J. et al. Stat3 activation is limiting for reprogramming to ground state pluripotency. Cell Stem Cell 7, 319–328 (2010)

18閲覧者:2019/02/27(水) 22:21:48
紛らわしい書き方になってるけど、(Extended Data Fig. 5a, b)は先行研究論文の中にある写真の引用ではなくて小保方さんが実際にやってみて確認した写真だね。
>>
Previous studies have indicated that inner cell mass (ICM)-type pluripotent cells can be removed from culture by treating the culture with a JAK inhibitor <16>(Extended Data Fig. 5a, b).
先行する研究では、内部細胞塊(ICM)タイプの多能性細胞は、JAK阻害剤で培養を処理することにより培養物から除去することができることを示した(拡張データ図5a,b)。

19一言居士:2019/02/27(水) 22:22:47
笹井さんの文章でthe possibility of contamination of STAP stem cells in the Fgf4-induced stem-cell population cannot be ruled out.と書かれているSTAP幹細胞コンタミというのはあくまでも、STAP細胞をACTH+Lifで幹細胞誘導したものだからね。性質はES細胞そっくりだけどES細胞のようにインナーセルマスを取り出して培養されたものではないよな。リンパ球を酸浴させてできたとされるSTAP細胞をACTH+Lifで幹細胞誘導したとされているんだから、インナーセルマス由来細胞ではない。ところが笹井さんはあたかもESのコンタミであったらいけないからというような理由でJAKiを入れた。変でしょ。

20閲覧者:2019/02/27(水) 22:23:36
Yang, J.の論文読まないといけないね。

21小野小町:2019/02/27(水) 22:26:11
次回にしましょう。

youtube.com/watch?v=2cQH219gm1k

22よっしゃ:2019/02/27(水) 22:27:55
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23地球の上に朝が来た。その裏側は夜だろう。:2019/02/28(木) 08:39:52
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24在原業平:2019/02/28(木) 08:45:33
モーニン、小町ちゃん。コーヒーね。

25小野小町:2019/02/28(木) 08:59:21
追いかけてこないわね。プロじゃなかったのかな。

26シャーロック・ホームズ:2019/02/28(木) 09:02:01
まっちゃんと源氏蛍の属していたラボの残党だったかな。板の管理人機能以上の
操作は今のところしてないからね。

27ドクター・ワトソン:2019/02/28(木) 09:04:02
<STAP細胞研究用やりとり>板は昔から立ち上げられていて一度も使われていなかったものだな。

28ドクター・ワトソン:2019/02/28(木) 09:09:45
したらば掲示板→学問→STAPででてくる板は昔から3つだ。
①STAP 受付 掲示板
②iPS細胞 ES細胞 STAP細胞掲示板
③STAP細胞研究用やりとり
あらかじめ用意されているジャンルだったんだろうな。①だけが昔から
使われていて、途中から我々のメモ用紙になった。

29小野小町:2019/02/28(木) 09:14:30
①は以前のスレッドが何かのルールに抵触してバンされたのよね。それで以下から始まるのね。
>>
小保方さん 応援パートⅢ
1: まっちゃん :2014/06/05(木) 13:00:55
 ttp://jbbs.shitaraba.net/study/12333/
という掲示板がありましたが、スパムが寄せるので、休止しました。
 ( ※ 個人への中傷というスパムが寄せてきて、削除依頼が来たが、
    私はいちいちスパムを管理する手間は掛けられないので・・・と管理人さんからの伝言です。
このコーナーは、まじめな討論の場です。個人中傷は禁止です。何故閉鎖されたのか解らないのですが常識的な言動でお願いします。
まっちゃんの意見
 擁護派でして、石井委員長の調査が杜撰であり本人が納得するまで調査するべきだったと考えています。しかも小保方一人が不正、捏造したと 
 発表したものですから刑事犯の犯罪者と思ったのです。論文の一部に強引なミスがあっても主要部分がよければいいのではないか。
 またまた、おかしな報道がでています。ESと STAP細胞は混ざらないと言うのに遺伝子が二種類出てきた。
 それよりか応援したいのにかなり不利です。記者会見で見た小保方さんは真面目そうな、嘘を言ってる感じがしなかった。
 まっちゃんの「見る目がなかったのかなぁ」と。

30在原業平:2019/02/28(木) 09:19:14
バンされたんではなくて管理人から注意が来たので自分で削除してここで
やり直すことにしたということみたいね。あらかじめ3つの設定があったから
利用したんじゃないかな。すると源氏蛍は無関係もしれないね。

31孤舟:2019/02/28(木) 09:22:17
途中でしたらばの経営主体がチョンに代わったからな。ヒロユキだとかホリエモンたちが
最終的には売り逃げして、ヒロユキはいまフランスかな、ホリエモンはロケットだな。
あいつはどうもそのころからいるんだけどな。

32開高健:2019/02/28(木) 09:23:57
まあ、いいじゃないか。あのバカが気づくまではここでやってよう。そろそろ
終わりでしょ。

33一言居士:2019/02/28(木) 09:25:43
僕の見通しだと、今やってるJAKiの謎解きが終わると残りのヒートマップは軽いと思う。

34閲覧者:2019/02/28(木) 09:45:05
まだざっと目を通しただけなんだけど、Yang, J.の論文の趣旨とレター論文に書かれている
JAKiの効用とは何かちぐはぐなんだけどな。

35ヘーゲル:2019/02/28(木) 09:46:06
本題頼むぜ。


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