(資料)対訳レター論文

59：翻訳機：2018/10/10(水) 11:31:22: RNAシークエンシングおよびChIPシークエンシング解析
生物学的二重試料を用いて細胞系のRNA配列決定を行った。全RNAをRNasyミニキット（Qiagen）によりT細胞から抽出した。 RNA-seqライブラリーは、TruSeq RNA Sample Prepキット（イルミナ）のプロトコールに従って1μgの全RNAから調製し、Illumina Hi-Seq1000で深い配列決定分析を行った。全発現プロファイルの（全転写物のlog2 FPKM; FPKMは、マップされた百万リードに対して、転写物のキロベースあたりの断片数を意味する）階層的クラスタリングから、様々な細胞型のクラスターツリー図を得た。ツリーを作成するために、1-r（r=プロファイル間のピアソン相関係数）に適用された完全リンケージ法を使用し、％単位（AU P値とも呼ばれる）で統計的信頼スコアを得るために1,000サイクルのブートストラップ再サンプリングを実施した。桑実胚および胚盤胞胚を含む分析（少量のRNAしか得られない）に関しては、Illumina Sequencing（Clontech Laboratories）用のSMARTer Ultra Low RNAキットで事前増幅を行った。異様発現遺伝子は、DESeqパッケージ23によって同定された。

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