小保方さん　応援パートⅢ

1：まっちゃん：2014/06/05(木) 13:00:55: 　ttp://jbbs.shitaraba.net/study/12333/
という掲示板がありましたが、スパムが寄せるので、休止しました。
　（ ※　個人への中傷というスパムが寄せてきて、削除依頼が来たが、
　　　　私はいちいちスパムを管理する手間は掛けられないので・・・と管理人さんからの伝言です。
このコーナーは、まじめな討論の場です。個人中傷は禁止です。何故閉鎖されたのか解らないのですが常識的な言動でお願いします。
まっちゃんの意見
　擁護派でして、石井委員長の調査が杜撰であり本人が納得するまで調査するべきだったと考えています。しかも小保方一人が不正、捏造したと　
　発表したものですから刑事犯の犯罪者と思ったのです。論文の一部に強引なミスがあっても主要部分がよければいいのではないか。
　またまた、おかしな報道がでています。ESと STAP細胞は混ざらないと言うのに遺伝子が二種類出てきた。
　それよりか応援したいのにかなり不利です。記者会見で見た小保方さんは真面目そうな、嘘を言ってる感じがしなかった。
　まっちゃんの「見る目がなかったのかなぁ」と。
475：源氏蛍 ◆VnRg4xmClA：2014/06/10(火) 23:12:35: >>474
そもそも、テラトーマやキメラマウスを形成した細胞がTCR再構成の痕跡という初期化の証拠を持っているかどうかを調べていないから、
STAP細胞が初期化によってできたものであることを証明できていないんだよね。
TCR再構成があるのを調べたのは（論文の説明どおりにきちんとやっているとしても）Oct4陽性細胞の段階だけだもの。
多能性を持っていたのは、もともと体内にあった未分化の細胞かもしれないし、混入あるいはすりかえられたES細胞かもしれない。

成熟した体細胞が酸の刺激によって初期化されるという一番大事な部分が証明されていないんだよね。
476：名無しさん：2014/06/10(火) 23:13:43: >>469
TCR-R起こしたら成長が遅くなるという根拠はありますか。
>>470
むしろ報道からはろくに実験していないとしか思えないのですが。実験ノート然り。
逆に初期化を確信する何かがあるというのを信じる根拠は何ですか。
根拠がなければ以上は宗教に過ぎないと思いますが。
477：源氏蛍 ◆VnRg4xmClA：2014/06/10(火) 23:18:27: >>475の補足

STAP幹細胞だけにTCR再構成が見られないのなら、>>474さんの主張もありかもしれないけれど、
テラトーマやキメラマウスや、in vitroで分化した細胞にTCR再構成があるかどうかを調べていないのが問題だという意味で書きました。
478：名無しさん：2014/06/10(火) 23:23:17: >>474
T由来ではないとすれば確かに必要はないが(N論としては必要)、それに変わる証明手段が必要。
生データはまだ開示されていないが、少なくとも全SCに関しては様々な異常により捏造が確定的。
479：名無しさん：2014/06/10(火) 23:24:55: 特定の人しか再現できなかったり、全てを論文に記載してなくてもダメという決まりはないんでしょ？
480：源氏蛍 ◆VnRg4xmClA：2014/06/10(火) 23:30:30: >>479
他の人が誰も再現できない論文は、その中の主張が信用されない。

主張したいことを証明するのに必要な実験やデータを載せていない論文もまたしかり。

後者はきちんと査読されたら普通は載らないけどね。
今回はNatureにしては査読が甘かったと言わざるを得ないのではないか。
481：名無しさん：2014/06/10(火) 23:34:30: 479のようなことをこの前テレビでシェーンの特集やってた時よくあることと言ってたよ。
成果を横取りされないために全てを明かさないから再現できないことが多いと。
482：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 23:39:50: >>477

テラトーマやキメラに分化する過程で一定の確率でTCR再構成しちゃうんじゃね？
483：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 23:47:36: >>482

もとい、Ｔ細胞由来だったものとして認識できる確率は低いってこと。
484：名無しさん：2014/06/10(火) 23:47:57: 論文を読む限り、小保方さんはありとあらゆる細胞にありとあらゆる刺激を与えてみていたことが伺えます。ちなみにTCR再構成について書かれているのはほんの数行。選択説を否定する根拠の補足程度。あまり重要と考えていなかったのかな？
↓Natureのarticleおよびletter原文
ttp://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12968.html
ttp://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12969.html#/main
↓見事に日本語訳をしてくれているサイト
ttp://syodokukai.exblog.jp/20313842/
ttp://syodokukai.exblog.jp/20326345/
485：源氏蛍 ◆VnRg4xmClA：2014/06/10(火) 23:50:45: >>492
それはそうですね。
新しくできたリンパ球が混入しないような検査の仕方は難しいのでしょうか。
486：源氏蛍 ◆VnRg4xmClA：2014/06/10(火) 23:51:42: >>485のリンク先は>>482の間違いです。すみません。
487：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/10(火) 23:56:56: >>484
>>選択説を否定する根拠の補足程度。あまり重要と考えていなかったのかな？

アブストラクトと結論でしっかり、STAP効果の鍵は、リプログラミングである事を強調しているのにですか？
「A key conclusion drawn from this study is that the reprogramming in STAP conversion goes beyond the pluripotent state of ES cells・・・」
「Collectively, our study indicates that STAP-based conversion can reprogram somatic cells to acquire not only pluripotency but also the ability of trophoblast differentiation.」
488：源氏蛍 ◆VnRg4xmClA：2014/06/11(水) 00:01:35: >>484
でも、articleのabstractでいきなりこう書いちゃってるから。

（何故かNGワードが含まれるらしいので一部日本語に訳してみた。）
遺伝子再構成の分析により、 we found that committed somatic cells give rise to STAP cells by reprogramming rather than selection.
489：源氏蛍 ◆VnRg4xmClA：2014/06/11(水) 00:12:14: >>485補足。

であるならば、なおのこと、後のほうで出てくるSTAP幹細胞にはTCR再構成があることを調べておくべきだったかと。
もしTCR再構成の痕跡を幹細胞の段階で見出していれば、その前段階であるSTAP細胞が体細胞を初期化してできたものであることがほぼ立証できたのに。
490：名無しさん：2014/06/11(水) 00:51:15: >>487
論文を読んでみた限り、TCR再構成をリプログラミングの根拠にするにはあまりにも根拠が薄弱すぎると疑問に思っただけです。
示された箇所はletterからですね。LetterではTCR再構成は全く触れられていません。
「以上より、Fgf4誘導性幹細胞は、単に多能性マーカーと栄養膜細胞マーカーを発現しているだけでなく、LIF+FBS含有培地で培養するとES様細胞に転換する能力を持っていることが示された。」
「本研究の結果と前論文の結果から、分化した体細胞をSTAPに基づいてリプログラムすることにより、多能性の状態を獲得するだけでなく、栄養膜細胞および胎盤への分化能も獲得できることが示された。」
ＴＣＲ再構成に関して触れられているのはarticleの以下の部分のみ。単に選択説を排除するために提示してみただけに読めたので、TCR再構成を根拠にしようという意図はあまりなかったのかな？と疑問に思っただけです。皆様どう思われるのかな？と。
The lack of substantial proliferation argues against the possibility that CD45－ cells, contaminating as a very minor population in the FACS-sorted CD45+ cells, quickly grew and formed a substantial Oct4-GFP+ population over the first few days after the low-pH treatment. In addition, genomic rearrangements of Tcrb (T-cell receptor gene) were observed in Oct4-GFP+ cells derived from FACS-purified CD45+ cells and CD90+CD45+ T cells (Fig. 1i, lanes 4, 5, and Extended Data Fig. 2e–g), indicating at least some contribution from lineage-committed T cells. Thus, Oct4-GFP+ cells were generated de novo from low-pH-treated CD45+ haematopoietic cells by reprogramming, rather than by simple selection of stress-enduring cells23.
ここで、FACSでソートしたCD45+細胞の中に非常に少ないCD45-の多能性細胞が不純物として混ざっていて、それが急速に増殖して最初の数日でOct4-GFP+細胞集団を形成した可能性も考えられる。しかし、Oct4-GFPの発現開始は細胞分裂を伴っておらず、酸性ストレス刺激の後にEdU取り込みは見られていない(すなわち酸性刺激後には大きな細胞分裂、細胞増殖は起きてない)ため、その可能性は否定的である。また、FACSで精製されたCD45+細胞およびCD90+CD45+ T細胞から生成したOct4-GFP陽性細胞でT-cell receptor 遺伝子のゲノム再構成が認められたため、Oct4-GFP陽性細胞は分化したT細胞から生じたことが示された。以上より、Oct4-GFP陽性細胞は低pH処理したCD45+細胞からリプログラミングによって新たに生成されたものであり、低pHストレスに耐性を示す細胞が単に選択されたわけではないことが分かる。
491：305：2014/06/11(水) 01:00:49: >>484、>>490は305が書き込みました。
すみません。疑問山積で。
492：305：2014/06/11(水) 02:02:30: >>488
[精製されたリンパ球から作製したSTAP細胞のライブイメージングおよび遺伝子の再構成により、選択ではなく、分化した体細胞がリプログラミングによりSTAP細胞を生じさせていることが分かった。]
ほんとうだ。書いちゃってますね。
493：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 02:05:29: >>490
>>論文を読んでみた限り、TCR再構成をリプログラミングの根拠にするにはあまりにも根拠が薄弱すぎると疑問に思っただけです。

だからLetterの方で胎盤へ分化できる幹細胞にもリプログラミングがありきで結論を出してるのは、問題がありますと言っているんです。
切り貼りの電気泳動で示したArticleを引用して、STAP幹細胞がリプログラミングして出来ていると言う結論を述べているのですから。
しかも、それが鍵であると述べています。

「FACSで精製されたCD45+細胞およびCD90+CD45+ T細胞から生成したOct4-GFP陽性細胞でT-cell receptor 遺伝子のゲノム再構成が認められたため、Oct4-GFP陽性細胞は分化したT細胞から生じたことが示された。」
抜粋していただいた部分の電気泳動に切り貼りがあったのではないですか？
そこで、実際にその電気泳動が間違いないものであるかを確認するために、実験ノートの記載を確認したのですが、実験で用いた細胞が実際のどのサンプル試料を用いたものかについては、実験ノートが杜撰でたどれないと言う事で、CD45+細胞およびCD90+CD45+T細胞から作製したOct4-GFP陽性細胞を電気泳動したものであると言う実験事実の証拠が提示されていない。
保存サンプルに該当する試料があれば、もう一度、調査委員の目の前で電気泳動してみせれば、すぐに確認が取れたはずです。
しかし、どのサンプル試料を用いたかが解らないので、確認のしようが無いという事。
ラベルにCD45+GFPと書かれていても、どのマウス系統でどの様な処理をした細胞サンプルかなどが実験記録で追えなければ、明確になっていなければ、本人がこれですと言った所で、調査委員としては何を調べてるのかわけが解りません。

論文の趣旨で考えれば、このTCR再構成が起こった細胞を使ってその後の実験がすべて達成できている事が示せていなければ、リプログラミングから得た多能性細胞が胎盤に分化できると言う証拠にはならないわけです。
また、論文中には、FACSで純化したCD45+細胞の純度も示されていなかったと思うので、CD45－細胞が混じっていないと言う根拠を提示していないように思いましたが（確認していませんが、他の方も指摘していた気がします）。

STAP細胞の有無は別にして、これらの事から2つの論文が正しいものであると言うのは、如何なものかと言うことです。
該当箇所をすべて明確にして訂正論文を出すのが筋だと私は思います。
494： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 02:33:36: >>484 >>490
>TCR再構成を根拠にしようという意図はあまりなかったのかな？と疑問に思っただけです。皆様どう思われるのかな？と。

現状、誰も再現できないことを考えると、
「TCR再構成を根拠にしようという意図はなかった」というより、
「ＴＣＲ再構成については、あまり詳細に記述したくはなかった」が、
正解ではないかと思う。（本当は、ここが一番の肝であるはずなのに・・・）

>>414 で上げたNＣＢIデータを使って、kahoさんや多くの大学が、さまざまな解析を
したようですが、中でもＣＮＶ解析ですかね、、、これによると、
ＳＴＡＰとＥＳの距離がゼロ、、、もう言い逃れできるレベルじゃない。
でも、ＮＧＳ解析に出した細胞株を間違えたとか、また言い訳するのでしょうか？
一番大切なＳＴＡＰのデータを間違えるなんて、あり得るのだろうか。。。

さらに、>>375 >>460 を読むと、このＮＣＢＩ登録データをハッキングですか？
またもや、証拠隠滅するつもりなのかな？なんかもう、最低すぎる。
495： ◆NJchXJ3rV6：2014/06/11(水) 02:46:40: ＳＴＡＰが、一株でも冷凍保存されて残されていればなぁ。

ＳＴＡＰの特徴。
・増殖能がきわめて弱い。
・Ｏｃｔ４やＮａｎｏｇなどの多能性マーカーの発現が、ＥＳレベル。
・ＡＣＴＨを加えるとＳＴＡＰ幹細胞になるはずだが、それは若山氏にしかできない。

１株でも残されていれば、いろいろ検証できて、身の潔白を証明できたのにね。残念。
496：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 02:54:02: >>493補足

Letterでは、>>490さんが示されているように、Articleを引用してSTAP幹細胞が体細胞のリプログラミングによって作製され、胎盤などに分化したと結論していたのに、新プロトコルでSTAP幹細胞にはTCR再構成が無いと書かれた。
だから、興味を持っていた人達が、じゃあSTAP幹細胞のリプログラミングは何で証明したのか？となったのです。

さらに、丹羽氏の再検証では、そもそもTCR再構成で調べるのは適切では無いと述べている。
じゃあ、なんで論文ではTCR再構成があった事を証拠としたのか？って言う疑問に発展するのですよ。

>>494

そもそものテーマの発案者であるバカンティ氏とその弟子の小保方氏は細胞作製のスペシャリストではないので、良く解っていなかった。
で、Muse細胞の様に未分化幹細胞のセレクションでは面白くないので、体細胞からの初期化であるとして論文構成を練った。
TCR再構成の電気泳動さえあれば査読は乗り切れるからね。
ま、これは推測ですがね。
497：名無しさん：2014/06/11(水) 04:34:06: >>495
造らせれば良いのでは？
おぼぼに。
498：名無しさん：2014/06/11(水) 04:45:58: TCR再構成を利用してセレクション説を否定するロジックは後から構築したっぽい。
当初は、トリチュレーションで作ったSTAP細胞を主軸に論文書いたけれど、査読で蹴られたから、セレクション説を否定する必要に迫られて、後から付け足したけれど、実験が足らなかったのかな？
いずれにしてもOct4陽性細胞（死にかけでない正常細胞）までは高い確率で存在するという合意は得られましたね。
多能性の有無は議論の余地がありそうだけど。
499：名無しさん：2014/06/11(水) 04:47:47: >>495
苦手で現存する幹細胞はオール若山産だけど、自分でも作ったと４月に言ってなかった？
500：名無しさん：2014/06/11(水) 04:49:08: >>494
ESとiPSの距離もゼロだけど？
501：名無しさん：2014/06/11(水) 05:14:53: >>498
テラトーマまでは固いんじゃないかな？
幹細胞を巡るドタバタ劇は若山先生がT細胞は全てTCR再構成をしていると勘違いしていた、に１票
502：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 05:31:03: 皆様おはようございます。
半日でずいぶんコメントが進みましたね。
私はといえば昨日の夜は踏んだり蹴ったり・・・いやそんなことはどうでもよいですが。

>>407 Baggioさん

全く専門外からの印象批評かも知れず誠に恐縮ですが、今回のSTAP論文の行く末はなかなか困難なものがあるかと想像しています。Oct4発現までは追試報告にあるとおり何とか行けそうですが、そこから先が棘の道で、丹羽氏の検証計画にあるように、もともとTCR再構成を指標とすること自体に困難があるような気もします。
あと、樹立したとされる43株中たった8株しか残っていないのなら、それだけでTCR再構成を確認すること自体、土台望み薄だったでしょうか。

ただどこかのコメントで見ましたが、STAP細胞＞STAP幹細胞の樹立自体はそれほど困難ではないらしいので、その点ではOct4発現でリプログラミングされた細胞（必ずしもT細胞由来でなくてもよい）が同定でき、かつその細胞から確実にSTAP幹細胞が出来たという証拠を示せれば、こちらはクリアできる可能性があるのでしょうか。
キメラの方は、さらに困難が伴うようですが・・・。

これだけ困難が伴う作業を、30歳の研究者が指揮して完遂できたとすれば、それこそ奇跡的だったのでしょうか。
503：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 05:31:42: >>409

> 事実誤認が多い方が何人もいて参照リンクも読まない(少なくとも1人はそう明言)、

このあたりのやりとりは私も当時ちょっとだけ拝見していました。
確かに「難波教」とか言われてしまうとやる気が失せるというのは分からないでもないですが（苦笑）、まあ今回の騒動の前提となる議論（吉村先生や難波先生の見解）くらい押さえておけというのは、私でも同様に申し上げるところだろうと思います。

避難の意味も分かりました。まあ、向こうの私たちの議論が評価されたのだと前向きに受け取ります。今回向こうの閉鎖でこちらで議論させて頂くことになりましたが、向こうの常連さん（皆さん鋭い論客です）もこちらにたくさん来られているようなので、これまでのようなことはないだろうと、思っています。

論文撤回の是非については>>401のYasuさんへのコメントで申し上げたとおり、調査手続その他の見直しをする前提で、撤回妥当だと私も思います。
ただ、撤回不要という議論もありだと思います。もちろんその場合はちゃんとした理論的根拠を明示して頂くということが前提ですが。
504：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 05:35:28: >>503
すみませんリンク間違えました。
×>>401のYasuさんへのコメント
○>>400のYasuさんへのコメント
505：名無しさん：2014/06/11(水) 05:41:49: >>503
個人的には再現実験をさせてみて、どこまで再現できるか見極めた上で、撤回か訂正か決める話なのかな？
少なくともテラトーマまでは造れるのであれば、細胞すり替えの可能性はかなり下がるから訂正で良いという立場です。
506：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 06:16:38: >>412

プロトコルの当該箇所については>>415でお示しの箇所で結構です。
すでに>>420でお示しになっている丹羽氏の「STAP現象の検証の実施について」によれば、

> １週令マウス脾臓由来CD45陽性血液細胞の１０－２０％がT細胞で、
> そのうち１０－２０％がT細胞受容体遺伝子再構成を持つ。
> （全CD45陽性細胞の１－４％がT細胞受容体遺伝子再構成を持つ）
（9ページ）

だそうですので、STAP幹細胞中にTCR再構成を持つ確率もまた1-4％ということになるでしょうか。
そうだとすると、残されたたったの8株の中でTCR再構成が確認できなかったこと自体は、さほど不思議なことではないのでは？とも思います。
（分野外の邪推なので間違っているかも知れませんが）

もちろん、このことによって「Nature論文はSTAP細胞（ないしSTAP幹細胞）が分化した細胞からのinductionによって多能性を獲得したことを証明できていない」という事実は変わらないので、もっと多くのSTAP幹細胞を作成してTCR再構成の有無を見極めるべきか、丹羽氏の主張のように別の指標を見つけるべきなのか、どちらかになるでしょうか。
507：名無しさん：2014/06/11(水) 06:28:57: >>502
>>357で20株程度あると述べられています。

>>501
テラトーマも画像が使い回しなんだよなぁ。テラトーマができるならSCとかもできて然るべき。
508：名無しさん：2014/06/11(水) 06:33:43: >>500
0じゃないよ。この辺は確認しようか。T由来iPSにはTCR-Rが認められる。他方ESにはない。
new.immunoreg.jp/modules/pico_boyaki/index.php?content_id=346
509：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 06:38:44: >>505
コメントありがとうございます。

私自身も、騒動が持ち上がった当初は撤回は必要とせず画像差し替え＆訂正でよいのでは？と思っていました。もし今回の論文騒動が吉村先生らが指摘するTCR再構成問題（つまり論文全般のロジックの問題）だけであるか、または論文不正が軽微なものであるか、あるいは実験ノートなどで実験の存在を検証できたならば、訂正でよかった可能性はあると思います。

ただ今回の場合、論文全体のロジックに欠陥がある上に、画像はおかしな加工をしている、実験ノートは穴だらけで実験結果を検証できない、さらに小保方氏から声明のあった「他の実験的証拠」もいつまで経っても出てこないなど、本当に実験が行われたのかすら誰にも分からないという状況の中で、一旦撤回しやり直せという考えは、決して極端な（あるいは小保方氏に対して著しく不利な）結論ではないのでは？とも思います。
ただし、私は手続的公正の観点から、処分はSTAP問題全体が解決してからでも遅くはないかも知れない、あるいは再実験などによって実験そのものがある程度（正しいと）検証できるようなら、小保方氏に名誉挽回の機会を与えておくようにすれば、よいのではないかと思っています。
510：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 07:10:24: >>507
コメントありがとうございます。

実は私も>>345で、Baggioさん（>>357）と全く同じソースによって20株と考えていたのですが、>>346さんから8株だというご指摘を受け、私自身どちらなのか判断が付いていませんでした。
検索してみると、8株というのは理研において凍結保存されている数というのが正しいのでしょうか。ただ、そうすると小保方氏の20株（若山教授と同じ）はどこへ消えたのだろうと素朴な疑問も湧きます。

ともあれ20株が正しいのだとしても、>>506で申し上げたとおりCD45陽性細胞全数中TCR再構成のあるものが1-4%というのが正しいなら、確率論的にTCR再構成がひとつも確認できないことはありうると思いますが、いかがでしょうか。
511：名無しさん：2014/06/11(水) 07:19:46: >>510
廃棄した模様
512：名無しさん：2014/06/11(水) 07:54:57: >>510
若山教授が山梨大に移るときに論文に使わなかった株は廃棄したと新聞記事になっていたはずですよ。
513：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 08:55:51: >>511-512
コメントありがとうございます。

確かに「廃棄」とか「若山教授が廃棄」という報道は検索に引っかかってきますが、確実な数が示されているのはBaggioさんが>>357で述べられている朝日新聞の報道で、43株作った中で20株を廃棄、残る20株は小保方氏と各自同じ20株を持つようになった（これ自体も3株の行方が分かりませんが）というものです。そうするとこの20株と、「理研に残っている8株」などとどう関係するのかがよく分からないわけです。「8株」が問題になっている報道として、例えば以下の報道があります。

ＳＴＡＰ細胞実験マウスに新たな疑問
3月25日 19時28分（NHK NEWSWEB）
ttp://www.webcitation.org/6OLNuLUlv
------------------------------------------------------------------------
専門家は、論文で出来たとされ凍結保存されている８株のＳＴＡＰ細胞すべてについて詳しく調べるべきだとしています。
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「メスの幹細胞もある」小保方氏が朝日新聞記事に反論
2014年4月14日15時00分（朝日新聞DIGITAL）
ttp://www.asahi.com/articles/ASG3T6Q7ZG3TPLBJ002.html
------------------------------------------------------------------------
弁護団が小保方氏から聞き取ったとする内容で、その中に朝日新聞記事への反論も含まれていた。この文書によると、ＳＴＡＰ幹細胞は少なくとも１０株は現存し、理研に保管されているという。そのうち、８株の幹細胞はオスだったが、それ以外を第三者機関で調べたところ、メスの幹細胞も含まれていたと指摘。
（中略）
論文や共著者の若山照彦山梨大教授によると、ＳＴＡＰ幹細胞は若山教授が少なくとも４３株を作った。うち論文の中で説明している主要な８株の性別を調べた結果、すべてオスだった。このため、若山教授はつくったＳＴＡＰ幹細胞はすべてオスと判断していた。
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514：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 09:07:54: 以前>>323ないし>>326でまっちゃんさんの「小保方さん応援」スレの（事実上の）前スレに当たる「STOP（再）宣言から・・・まだ続けるの？」の過去ログをアップしましたが、Googleに405番から428番（これがおそらく最終）のコメントを含むキャッシュが残っていたので、それを補充したものを再アップします。これでこのスレは完全な形で保存されたことになると思います。
以下よりダウンロード下さい。
「STAP細胞掲示板」では他にもスレがありましたが、こちらも見つかり次第報告いたします。

STOP（再）宣言から・・・まだ続けるの？
ttp://fast-uploader.com/file/6958000637775/

今から読み直してみると、たった1ヶ月前ですが、私自身もかなり「青い」議論をしています・・・。
515：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 09:14:48: >>514
すみません、
×405番から428番（これがおそらく最終）のコメント
○405番から427番（これがおそらく最終）のコメント
です。
516：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 09:15:29: 本人は実験参加に意欲を燃やしているようだね。
www.sponichi.co.jp/society/news/2014/06/11/kiji/K20140611008340950.html

一体どこからこの自信が来るのか・・・
517：名無しさん：2014/06/11(水) 09:26:12: 200回つくったからなんじゃない？
518：名無しさん：2014/06/11(水) 09:27:43: 再現実験で大恥をさらすか、奇跡の成功を遂げるか。
今のところ理研が再現実験に反対している理由が不明だね。
519：Yasu：2014/06/11(水) 09:34:33: >>509
論文撤回という事は、全てがゼロに成ることを意味します。
後から名誉挽回はあり得ません。
３０年間、冤罪で懲役を受けた人の、名誉回復が「本当の意味で」可能だと
思いますか？

ですから、昨日も書いたように、「学問科学として」批判する以上は、
刺し違える覚悟、手続きを経て行うべきだと思います。
すなわち、小保方氏が悪意のある捏造を行って、学問界を追放するに値する、
という意見に瑕疵があった場合、その人物は、逆の立場に立たされる義務があります。

ましてや、匿名を使ったり、自分は専門家では無いと自称したり、これから勉強します、などと
言ってみたり、大御所の意見を「読もうね」などと言って、自分の意見に箔をつける程度の理屈に、
上記の覚悟があるとは、到底思えない。
520：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 09:40:58: >>519
電気泳動の合成は悪意ある改ざんだが。
この一点で追放の論拠は十分だろう。
本人も認めてるから冤罪じゃない。

論文提出するまでもない。
521：Yasu：2014/06/11(水) 09:46:42: >>520
それにしては、
口数が多過ぎやしないか？
522：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 09:51:01: >>521
ん？何を指して言ってる？具体的に指摘してほしいが
523：Yasu：2014/06/11(水) 09:53:28: >>522
やはり、ボクちゃんだな。言われただろ？
524：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 09:57:58: >>519

それこそ、事実誤認。
著者らが自ら撤回した場合には、キチンとした事実が出た場合には、訂正論文を撤回した論文にリンク付けして再投稿する事ができます。
もちろん、Nature側から提出期限が決められているはずですが。
それが受理されれば、過去の撤回論文の訂正と言うことで認識されますので、一定の名誉は回復されます。
もちろん、Yasuさんの事なので、完全な名誉回復にはなっていないと言うことだと思います。
が、ばからしい切り貼りや取り違え、実験記録の杜撰な部分のツケまで名誉回復させる義理はありません。

また、冤罪だと言うなら、何故、バカンティー氏までもが撤回に同意した？
思い当たる部分があるからだろう。
525：Yasu：2014/06/11(水) 10:06:06: >>524
他人を批判する時の、仁義について述べたまでですよ。
526：375：2014/06/11(水) 10:12:05: >>518
小保方氏が検証実験に立ち会い
ttp://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20140611-00000012-mai-sctch
試料に手をふれない約束で、立ち会いをしているそうだ。
527：名無しさん：2014/06/11(水) 10:16:43: 画像を改ざんしたことは事実だが、結果を変えてないから問題なさそう。
528：名無しさん：2014/06/11(水) 10:23:44: な、キリがないだろ。下らない揚げ足取ったり。
まあ個々に委ねられる事項だが。私の結論としてはやはりまともに相手にすべきでないと思う。議論の質を下げる。
向こうでの議論を思い出して頂きたい。事実誤認や論理破綻が酷すぎる方一人のために周りが合わせる必要はないはずだ(こんなこと書くと人文系氏にお叱りを受けるな)。参照リンクも>>519からしてやはり読んでいないようだし。
529：名無しさん：2014/06/11(水) 10:33:53: スルーしたい人はしたらいいし好きなように議論するのが掲示板でしょ。
530：Yasu：2014/06/11(水) 10:36:12: >>528
エライ人の意見を、部分的にコピペして、
自分は高級な意見を言っている、と思っているのか？
さらに、自分は皆お見通しだから、自分の意見に同意しろと、再三に
渡って述べる事の恥ずかしさを、指摘されてもなお、理解出来ない。

自己責任で持論を述べた経験が無いらしい。
531：名無しさん：2014/06/11(水) 10:40:12: >>519で義務だと述べているのに>>525で仁義だと述べたり。
自分もハンネでしかないのに捏造派を批判したり(自身で仁義と述べているのに)。
ここだけですら突っ込みが追い付きませんぜ。
532：名無しさん：2014/06/11(水) 10:40:20: そのくせ武田先生のものは読むなとか言ったりしてるでしょ。参考になるし
為になることも書いてる。
ご自信が推薦するのは自由だけど他のものをけなしちゃだめじゃないかな。
533：名無しさん：2014/06/11(水) 10:53:32: >>532
武田先生の本件の言論を全ておかしいとは言ってないが。
確かに正論書いている部分はある。ただ、トンデモをかなり含んではいるから優先順位としては下にすべきだ。
534：名無しさん：2014/06/11(水) 11:00:03: まるでロンパールーム
535：名無しさん：2014/06/11(水) 11:10:04: Yasuさん、あまり熱くならないで。
僕もstap細胞はあると思っています。
「stap細胞はありそうだ」
「stap幹細胞も可能性あるぞ」
で、いいと思っています。
ここに居る多くの方は中立で正論を装ってはいますが、
どうもそうは思えません。
536：Yasu：2014/06/11(水) 11:11:09: >>534
業界用語を並べたり、省略言葉を並べたりした、
エセ科学論の方が、ロンパールームに近いと、ボクは思うがな。
537：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 12:01:36: >>530
そういうなら、君は当然STAPが実在することを証明した論文書いてて
論文誌に投稿する準備中なんだよね？

いつ頃載るのかな？読むから教えてほしいんだが
538：Yasu：2014/06/11(水) 12:03:22: >>537
ヨーチエンジ
539：名無しさん：2014/06/11(水) 12:07:43: とても疑問なんですが、笹井氏にしても丹羽氏にしても素人ではないわけで、これだけ自家蛍光が疑われている中でも、Oct4陽性細胞はあると言っているのに、まずそれを疑う人々は何を根拠にしているの？
540：名無しさん：2014/06/11(水) 12:13:30: >>535
あると主張するのは構わないが、何か具体的な根拠があるのかね? それがなければ意味はない。論理的飛躍、事実誤認なしに説明して下さい。
541：名無しさん：2014/06/11(水) 12:13:36: >>539

癌化してもそうなるから
542：名無しさん：2014/06/11(水) 12:20:24: >>539
Oct発現と万能細胞の間にハードルが相当あること理解している?
Oct発現しても死かそれに瀕した細胞の可能性があるわけで。例のライブセルイメージも、死細胞の誤認が有力。
543：名無しさん：2014/06/11(水) 12:23:47: >>542
僕？日本語読めないの？
544：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 12:32:17: >>519 Yasuさん、

論文撤回と名誉回復については>>524Baggioさんが述べられているとおりだろうと思います。
ただし、現在の状況では小保方氏の論文撤回は彼女に著しく不利になるというような主張は可能かも知れません。説得的に語って頂けるなら賛同される方があるでしょうか。

あと、
> ましてや、匿名を使ったり、自分は専門家では無いと自称したり、これから勉強します、などと
> 言ってみたり、大御所の意見を「読もうね」などと言って、自分の意見に箔をつける程度の理屈に、

今回のSTAP疑惑のように、すでに社会問題化している事柄について、私たちが一般の立場で議論することは何ら問題ないと思います。もちろん個人攻撃や誹謗中傷は論外ですが、基本的にこういった公の場での意見表明は自由ですから、もしおかしな点があれば相手を尊重した上で論理的な反論をすべきだと思います。

あと余計なことですが、>>528さんのご指摘にあるとおり、反論される場合は一応は相手の提示した情報なりに目を通すのが礼儀だと思います。そうでなければ一方的に自説をごり押しするだけと受け取られてしまいますので。それはYasuさんにとっても心外であろうと思われます。
545：名無しさん：2014/06/11(水) 12:33:46: >>543
ライブセルイメージが誤認というのが有力な以上、少なくとも素人でないからと言って鵜呑みにできないということ。気づいたなら公開前に取り換えるはずだろう。
まあ何だかんだそこまではできるとは思うけど。そこから先が棘の道ということ。
546：名無しさん：2014/06/11(水) 12:37:17: >>542
539は、Oct4陽性細胞の有無しか書いていないから、万能性の話は飛躍しすぎ。
Oct4陽性細胞=万能細胞ではないと主張しながら、自らOct4陽性細胞=万能細胞と述べているのは、小学生レベルの日本語としても変だよ
547：名無しさん：2014/06/11(水) 12:39:53: >>545
笹井さんは結構ドライだから、間違えに気づいたら素直に認めるよ。
公開されている情報が怪しいからと決めつけは良くないんじゃない？
ついでに割りとネットも見てるから、さまざまな疑惑に対して自分で確認して、それでも存在すると考えたから記者会見したんだよ。
548：名無しさん：2014/06/11(水) 12:41:40: >>541
あんなマイルドな条件でガンになるか？
しかもT細胞www
549：Yasu：2014/06/11(水) 12:46:00: >>544
社会問題になっていませんよ。
ボクの知る限り、香港・中文・大学の李教・授が、STAP細胞の存在を否定する論文を、
Nature誌に投稿し、リジェクトされたと訊いています。その後の動向は判りません。
（どなたか、ご存じですか？）
いわゆるマスコミ用語のリケジョの活躍やら、服やアクセ・サリーのブラ・ンドが
とりざたされたに過ぎません。

公の場での意見表明は自由です。
しかし、論文に書かれている「学問的内容」に関して、批判を加えるのは、
表現の自由に担保される意見表明とは違います。
ボクは、その点はわきまえて書き込みしているつもりです。
（NGワード回避の為に、読みにくくなっています）
550：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 12:47:00: >>526
すでに実験やってるようなもんだね。

>>538
自らの提言に責任を持たないなら、相手にするだけ無駄だな。
以降は放置するか。
551：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 12:52:15: >>539

Oct4陽性細胞はあっても良いかなと思っていますので、疑っている人々には該当しませんが、コメント。

笹井氏も丹羽氏もNature投稿時は、自分で実験してないから、小保方氏から聞いた話を鵜呑みにしただけだと思う。
二人は、ラボ外（当時は若山ラボ）の人間なので、小保方氏からリアルタイムでは実験結果の報告は受けているはずがない（これは事実らしい）。
と言うか、論文の画像と論文にある実験項以外の部分は知らなかったと思う。
そもそも、二人とも論文作成の後半の方で関わったと言っているしね。

バカンティ氏からの強い要請で、若山ラボの関係者でも特定の人間（ほぼ若山氏一人）にしか結果を見せていなかったらしいし、若山ラボの報告会では小保方氏は1回も報告をしていないと言うのは事実。
さらに、成果をプレゼンする面接でも笹井氏や若山氏など特定の人物だけで非公開で行った事が明らかとなっている。
笹井氏が論文作成時に、実験事実をキチンと生データで確認し、実験ノートを見ていたら、Natureを出す前に実験ノートの杜撰さとかデータの取り違えなどは把握出来ていたはずなので、記者会見での話からしても、笹井氏が生データで確認していないのは明らか。

つまり、笹井氏と丹羽氏のOct4陽性細胞があると言うコメントは参考にならない。
552：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 12:52:33: >>528

いえ、私は人を叱るような立場にはありません。ここはお互いに同等の資格で議論をする場だと考えます。
また、もしある人の議論が無価値だと思われるなら、>>529さんのご提言通り基本スルーでよいと思われます。下手に構うとスレが荒れる原因にもなりますので。

ところで>>409で
> 自分含めこっちの議論投げた旨の書き込みがあったはず

というのは「パートⅠ」スレで2013年以降の論文不正の話をされた986番さんのことでしょうか。986番さんには次スレ（「パートⅡ」スレ）で筑波大の不正の例をご教授頂きましたが、大変有意義なコメントだったと思います（>>323）。
553：名無しさん：2014/06/11(水) 12:53:25: 私も528の意見に基本的には賛成です。Yasuさんのコメントは主題があっちに行ったりこっちに行ったりで、確固たる論拠をもってコメントしているとは思えません。結局この方の原点は243であって、科学的な議論よりもむしろ信仰のレベルに近いような気がします。しかも、520-523や537-538を読むと、議論の主題とは無縁の、相手への罵倒もお得意らしい。こういう掲示板では当然のことながら、書かれたことがすべてであって、仮に工学修士さんが「ボクちゃん」や「ヨーチエンジ」であったとしても（私は毛頭、そうは思っていませんが）、まともな議論にはなんら影響しません。むしろ、こういう、男女の痴話げんかのような悪罵の類は、せっかくの議論の質に大きく影響すると思いますね。
554：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 12:56:13: >>549 Yasuさん、

> しかし、論文に書かれている「学問的内容」に関して、批判を加えるのは、
> 表現の自由に担保される意見表明とは違います。

いえ、そんなことはないと思いますよ。
学問的内容であっても、批判は自由だと思います。
もちろん、掲示板やブログでの批判と、論文発表による批判は自ずと重きが異なるでしょうが、それはそれ相応の評価がされるということだろうと思います。
555：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 12:59:56: >>549
>>ボクの知る限り、香港・中文・大学の李教・授が、STAP細胞の存在を否定する論文を、Nature誌に投稿し、リジェクトされたと訊いています。その後の動向は判りません。

事実は知りません。
しかし、STAP細胞の真偽を理研が検証している中で、STAP細胞の存在を否定する論文を投稿しても、当然、リジェクトされるでしょう。
再検証実験の存在をNatureも知っている状況下では、当たり前。
556：名無しさん：2014/06/11(水) 13:00:58: >>547
残念ながらあの会見は生物板で論破ないし説明できるとされた事項以上のことを説明していない。そして会見自体に矛盾があり、鵜呑みにできない。いくつかあるが、過去にあまり出さなかった方の見解を。
nosumi.exblog.jp/20586616/
557：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 13:02:15: >>549
>>しかし、論文に書かれている「学問的内容」に関して、批判を加えるのは、表現の自由に担保される意見表明とは違います。

論文として公の場に出したのですから、それが批評されるのは当然のこと。
良くても悪くても。
558：名無しさん：2014/06/11(水) 13:04:17: >>548

あれも癌化して白血病になるよ

ほとんどの細胞がくたばる条件はマイルドではないな
559：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 13:05:14: >>551 Baggioさん

> バカンティ氏からの強い要請で、若山ラボの関係者でも特定の人間（ほぼ若山氏一人）にしか結果を見せていなかったらしいし、若山ラボの報告会では小保方氏は1回も報告をしていないと言うのは事実。
> さらに、成果をプレゼンする面接でも笹井氏や若山氏など特定の人物だけで非公開で行った事が明らかとなっている。

そうなると、前スレ201番、213番あたりで議論に挙がったピアレビューの話は、やはり無かったか不充分にしか行われなかったことの傍証になるでしょうか。
560：名無しさん：2014/06/11(水) 13:15:37: >>552
そこじゃないと思う。そんな有意義なコメは書いた記憶はない。
記憶が定かなら500後半(70付近?)かと思うのだが、間違ってても許してね。このスレか確証がない。ちょっとログ見てみます。
561：名無しさん：2014/06/11(水) 13:17:17: 意見が正反対だからと言って排除したがるのは感心しないな。本人が
そう思っているのだからそれは一つの意見として受け止めたらいいじゃない。
武田先生のような人がここに現れたら議論にならないということになるね。
562：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 13:27:16: >>560
もしかするとこれでしょうか。
パートⅠスレの378番からの議論がありました（>>323）。

378 ：名無しさん：2014/05/04(日) 19:20:22
>>371
もう一つの掲示板とか酷いよね。陰謀とか権威主義とか下らない書き込み多すぎて投げた。

このあと382番、385番、387番、390番とレスがつづくようです。
563：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 13:28:01: >>510への追記です。

もしSTAP幹細胞株が多数の細胞が集積したものであって、その中で1-4%の割合でTCR再構成を持つT細胞起源の幹細胞が確認できるというのであれば、幹細胞株でTCR再構成が確認できるものは当然存在する、ということになるのでしょうか。
「1-4%の割合で必ず存在する」のか「存在する確率が1-4%しかない」のか、読み方によっても変わってしまいますが（あるいは私は誤読しているでしょうか）。
564：名無しさん：2014/06/11(水) 13:28:31: ２月に三回成功した場には笹井さんも立ち会ったはずだけどなー
565：名無しさん：2014/06/11(水) 13:30:02: >>563
株として確立する際にセレクション入るけどな。
566：名無しさん：2014/06/11(水) 13:34:25: >>562
それだ。全然違って失礼(70番というのはかろうじてあってたが)
567：人文系ポスドク ◆VltbcUwotE：2014/06/11(水) 13:35:54: >>565
コメントありがとうございます。

すみませんセレクションってどんな感じでしょうか。
成功したものと失敗したものを選り分けるとかでしょうか。
568：名無しさん：2014/06/11(水) 13:37:57: >>561
武田先生でも正論なら歓迎しまっせ。
569：名無しさん：2014/06/11(水) 13:40:49: 新たな情報が入って参りました。これは致命的じゃないか。
www3.nhk.or.jp/news/html/20140611/k10015134871000.html
570：名無しさん：2014/06/11(水) 13:47:46: >>567
幹細胞は作ったことないけれど、通常、目的の細胞を誘導した場合、TCR再構成のある幹細胞を欲しいと意識しなければ、増殖力旺盛な細胞郡を選ぶから、仮説になるが、TCR再構成幹細胞が、それ以外より増殖力低いなら、その時点で人為的に排除されます。
全てのT細胞にTCR再構成があると思って樹立したのなら、わざわざヒョードルな細胞群を拾わないという話。
わずかでも、TCR再構成のある幹細胞が欲しいと思います樹立していたのなら、増殖力旺盛なのからヒョードルなのまで、根こそぎ拾うけど、若山先生がT細胞にTCR再構成が全てあると思って実験していたのなら、拾えないよね？
増殖力がTCR再構成していない細胞由来の幹細胞と同じなら、同じ確率で拾うかもしれないけれど。
571：Baggio ◆PtMr.S7nIk：2014/06/11(水) 13:53:24: >>569

これも小保方氏はデータを取り違えたと言うのだろうか・・・
572：名無しさん：2014/06/11(水) 13:55:37: >>570
TCR-Rあれば増殖能が上下するって根拠がないんだよな。
逆にあれば増殖能が上がってより高い確率で拾う、というのも可能だ。
573：工学修士 ◆1QjlWVrdTI：2014/06/11(水) 13:56:49: >>569
日経サイエンスも号外来た。無料でダウンロード可能だ。

www.nikkei-science.com/wp-content/uploads/2014/06/20140611STAP.pdf
574：名無しさん：2014/06/11(水) 14:04:30: >>572
仮説としては、高率で拾う可能性もあるが、実際に拾ってないのだから、低率で拾う状態になったのでしょう。

小保方さん 応援パートⅢ