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小保方さん 応援パートⅢ

1 まっちゃん :2014/06/05(木) 13:00:55
 ttp://jbbs.shitaraba.net/study/12333/
という掲示板がありましたが、スパムが寄せるので、休止しました。
 ( ※ 個人への中傷というスパムが寄せてきて、削除依頼が来たが、
    私はいちいちスパムを管理する手間は掛けられないので・・・と管理人さんからの伝言です。
このコーナーは、まじめな討論の場です。個人中傷は禁止です。何故閉鎖されたのか解らないのですが常識的な言動でお願いします。
まっちゃんの意見
 擁護派でして、石井委員長の調査が杜撰であり本人が納得するまで調査するべきだったと考えています。しかも小保方一人が不正、捏造したと 
 発表したものですから刑事犯の犯罪者と思ったのです。論文の一部に強引なミスがあっても主要部分がよければいいのではないか。
 またまた、おかしな報道がでています。ESと STAP細胞は混ざらないと言うのに遺伝子が二種類出てきた。
 それよりか応援したいのにかなり不利です。記者会見で見た小保方さんは真面目そうな、嘘を言ってる感じがしなかった。
 まっちゃんの「見る目がなかったのかなぁ」と。

428 Baggio ◆PtMr.S7nIk :2014/06/10(火) 19:36:11
>>425

だから、成熟したマウスからSTAP幹細胞が出来たとしても、TCR再構成が見られていないと言うことは、初期化されたことを証明していないってこと。
STAP幹細胞については、セレクションである事の否定が出来ていない。
STAP幹細胞とSTAP細胞が同じ原理で出来ている証拠が提示されていないってことだよ。

429 Yasu :2014/06/10(火) 19:39:17
>>428
「同じ原理」とは書いてありませんね。
「同様の性格」(意訳です)と書いてあります。

430 名無しさん :2014/06/10(火) 19:51:49
大人のT細胞にTCRが無いのなら
大人は皆 免疫無いことになります

馬鹿らしい

431 源氏蛍 ◆VnRg4xmClA :2014/06/10(火) 20:02:35
>>416
その部分の訳は、

「細胞のタイプ(元の細胞の成熟度も含めて)に依存するネガティブなバイアスが存在する可能性を示唆している」

ぐらいの感じでしょうから、
T細胞全体あるいはTCR再構成を起こしているT細胞は細胞の種類的にSTAP幹細胞になりにくいのかもしれない、
もしかすると分化が進みすぎていると幹細胞になりにくいのかもね、くらいのことを丹羽さんは言いたいのかなあと私は考えています。

そのネガティブ・バイアスのメカニズムを具体的に解明できていないことに私は不満ですし、だったら一度分化した細胞が初期化されて多能性を持ったことの別の根拠を示さなければいかんでしょと思いますが。

432 工学修士 ◆1QjlWVrdTI :2014/06/10(火) 20:07:51
>>427
小保方氏もあのようなずさんな論文を書くのだから
不十分な理解のもとに研究してたってことだね。

なら貴方もSTAPが真実かどうかは怪しいって思ってるってことになるね。

433 Yasu :2014/06/10(火) 20:08:23
だからさ、
今、マスコミから流れている情報から、
小保方さんが捏造ぶっこいて、ごまかしていると言えるの?

434 名無しさん :2014/06/10(火) 20:13:51
果たして>>243のようなことを未だに言っている人を相手にして何か意味はあるのだろうか。
まあ個々の判断に委ねられる事項だが。TCRなしが注意喚起に過ぎないとか(結局SCになかったことに変わりはない)、自身論文書いたと主張しているのにあの論文を撤回すべきでないと言っている辺り相手にしてもキリがないと思う。

435 名無しさん :2014/06/10(火) 20:16:53
そもそも論文そのものがおかしい
マスコミの情報は必要ない

436 工学修士 ◆1QjlWVrdTI :2014/06/10(火) 20:18:34
>>430
ないのは「再構成」ね。

>>435
そうね、だから小保方氏は論文撤回したわけだからね。

437 375 :2014/06/10(火) 20:25:37
「分化細胞特異的Cre組み換え酵素発現による恒常的子孫細胞追跡法」
T細胞で、行き詰まりを感じているので・・・
丹羽先生の検証実験(16p)のこの方法で証明されれば、初期化の証拠になりますか?

T細胞について、ある時期に、膨大な量の研究がなされ、それ相当の論文が出たため、却って、その性質が良くわからなくなってしまったというのを聞いたことがありますが、本当でしょうか?

438 名無しさん :2014/06/10(火) 20:27:10
遺伝子に再構成がなければ細胞膜にはTCRも存在しないだろう

抗原をレセプトできず免疫が機能しない

大人になるってそうゆうことか?

439 Yasu :2014/06/10(火) 20:30:04
>>436
小保方さんは、検証実験がやりたければ、論文を撤回しろ、
とオジサンにドヤされて承知したのですよ。
大人は、そのくらいのことは、推察してあげるモノでしょ?

440 名無しさん :2014/06/10(火) 20:35:22
>>439 弁護士の妄想しか報道されてないよ

441 名無しさん :2014/06/10(火) 20:35:31
>>436
オコチャマはすっこんでろ

442 工学修士 ◆1QjlWVrdTI :2014/06/10(火) 20:44:47
>>439
それなら小保方氏を批判するべきなのだな。
なぜ弁護士を使わなかったのかと。弁護士はそのために雇ったのだから。
理研がそんなことを言ったのだったら、弁護士にとっては良い攻撃材料。
それこそ理研を悪者にして小保方氏は理研追及の星になれたのに。

>>441
いやぁ、飛び級で修士取れるほどIQ高くないけどねぇ。

443 名無しさん :2014/06/10(火) 20:45:00
>>436
まあ確かに再構成入れないと正確でないのだが(TCR自体がないという意味になる)、文章的には意味は通じるし省略しても問題ないのでないか。どうしてもならTCR-Rで問題ないかな?

444 名無しさん :2014/06/10(火) 21:08:02
あれだけ撤回に反対していたのだから、何らかの取引はあったんだろね。

445 素人 :2014/06/10(火) 21:14:45
素朴な疑問ですが、論文に反対している若山氏も、その友達もOct4陽性細胞までは固いといい、よくわからないのだけど、たぶん生物の世界では有能な笹井、丹羽もOct4陽性細胞には肯定的。
さらにこのスレの栗田氏も追試成功と述べて発表予定。
確かに科学的なデータは出てきてないけれど、特に笹井氏は有力な反証はないとまで発言。
普通に考えたら、Oct4陽性細胞までは存在すると考えると思うのですが否定派の人々は、どういった根拠で否定しているの?

446 Baggio ◆PtMr.S7nIk :2014/06/10(火) 21:18:46
>>433

皆、マスコミの情報に関係なく、論文とプロトコルを読めば、論文が矛盾している事になると述べているだけよ。
論文の主旨が証明されていない事は明確になっている。
だから、丹羽さんも初期化で多能性を得た証拠を出すために、TCR以外の方法で証明をなんとかしようとしている。


>>439
>>小保方さんは、検証実験がやりたければ、論文を撤回しろ、とオジサンにドヤされて承知したのですよ。

それもマスコミからの情報。
理研は否定している。
自分に都合の悪いことは、マスコミの情報で信じるなと言い、自分に都合の良いことは、マスコミからの情報を元に正解かの様に述べる。
取るに足らない。

447 Baggio ◆PtMr.S7nIk :2014/06/10(火) 21:20:03
>>444

バカンティー氏から撤回に同意してサインをNatureに送ったと言われたからだよ。
それも相談無しに事後報告でね。

448 名無しさん :2014/06/10(火) 21:20:27
>>445

死細胞及びガン細胞ですら発現擦るから

449 Baggio ◆PtMr.S7nIk :2014/06/10(火) 21:24:27
>>445
>>普通に考えたら、Oct4陽性細胞までは存在すると考えると思うのですが否定派の人々は、どういった根拠で否定しているの?

Oct4の発現は多能性の指標になるが、初期化されたかどうかは別の話なのでね。
そもそも未分化の細胞をセレクションしてきただけなら、そもそも多能性を持っている細胞を分けてきただけなので、Oct4は当然発現する。

STAP細胞のミソは、分化した細胞が初期化されて多能性を獲得した事にあるので、TCR再構成でも他の方法でも何でも良いが、初期化した証拠を提示する必要があるから。
未分化細胞のセレクションならMuse細胞が既に報告されているので初めての事ではないのよ。

450 Yasu :2014/06/10(火) 21:26:09
>>446
>皆、マスコミの情報に関係なく、論文とプロトコルを読めば、
論文が矛盾している事になると述べているだけよ。

論文には、STAP細胞のTCR再構成に関して書かれている。
理研発表のプロトコルには、STAP幹細胞のTCR再構成に関して書かれている。
この2つの実験には、同じマウスの細胞は使われていないと推察される。
よって、矛盾も何も無い。

>自分に都合の悪いことは、マスコミの情報で信じるなと言い、自分に都合の良いことは、
マスコミからの情報を元に正解かの様に述べる。

大人としての推察、と書いたはずだが?

451 源氏蛍 ◆VnRg4xmClA :2014/06/10(火) 21:26:28
>>445
私はOct4発現までは事実であってもおかしくないと思っていますよ。
むしろそこまでは事実である可能性のほうが高いと思っています。
ただ、それが多能性に結びつくものではないのだろうと思っているだけです。

452 ◆NJchXJ3rV6 :2014/06/10(火) 21:27:18
>>427
>勉強し直す事は結構なことだが、だとすると、
>これまでの貴兄の発言は、不十分な理解から出た理屈だ、という事になりますよ?

まず言いたいのは、論理的な考察・議論をするのに、身分は関係ないということ。
論理的に、筋さえ通っていれば、小学生が参加してもOKだと思います。
(私は、国立大の理学部を出てますが、院は出てません。つまり、専門家ではありません。)

それと、「論破してもらえると、逆に、うれしいのです。」
なぜなら、今まで知らなかったこと(真実)が、分かるからです。
ですから、TCRに関して、αやβのことを含め、もっと深く学習すれば、
ひょっとすると、TCR再構成が、STAP幹細胞になると消失してしまう理由が、
わかるのではないか、、、そう期待している訳です。

453 名無しさん :2014/06/10(火) 21:28:08
つける薬ねえな

454 名無しさん :2014/06/10(火) 21:28:15
>445
Oct4陽性細胞は理研が発見したのであって
小保方さんが発見したのではない。
と、理詰めで言いたいのではないでしょうか?
ずーっと前から言われていた懸念ですよね。

455 名無しさん :2014/06/10(火) 21:32:05
管理人へ

役一名袋叩きだが
これがあなたの望みか?

456 名無しさん :2014/06/10(火) 21:34:21
言っておくが
俺はスパム云々の言い訳など
まったく信用していない

457 ◆NJchXJ3rV6 :2014/06/10(火) 21:34:52
>>451
同感です。
そもそも、我々の身体を構成する全ての細胞に、Oct4遺伝子が組み込まれているにも
関わらず、それが発現しないのは、何らかの発現抑制機構が働いているからに他なりません。
瀕死状態となって、あるいは、死んでしまって、その発現抑制機構が解除されれば、
それなりの量のOct4発現が観察されることは、何ら不思議なことではありません。

ただ、万能細胞であるESやiPSでは、Oct4を、積極的に、しかも大量に、
生産しているのです。そういうメカニズムが働いているのです。

だから、Oct4発現のメカニズムが、全然、違うということです。

458 名無しさん :2014/06/10(火) 21:35:04
お前は最低だ

459 Baggio ◆PtMr.S7nIk :2014/06/10(火) 21:38:14
>>450

矛盾だらけ。

STAP幹細胞は、STAP細胞塊から作製されたと書かれている。
STAP細胞にTCR再構成があったのに増殖能を付与してSTAP幹細胞するとTCR再構成が消える理由は示されていない。

別のマウスの実験だろうが、条件が異なろうが、STAP幹細胞が分化した細胞から初期化を経て作製された細胞だと言う証拠が何処にも存在していない。
つまり、Letterで示されているキメラが分化した成熟細胞から初期化を経て作製された多能性細胞から作製されたものであるという証拠になっていない。

分化した細胞が初期化によって多能性を得たので無ければ、論文の趣旨は間違いであると言う事。
STAP細胞が存在したとしても、現時点でそれが証明出来ていなければ、論文としては成立しない。
これらを証明できた時に、その詳細を論文に明記して訂正論文として投稿誌直すのが筋。

460 名無しさん :2014/06/10(火) 21:38:39
>>388
イスラエル・ハイテクベンチャーのgeno_computing氏の報告は
これが本当なら、大どんでん返しとなるインパクトのあるものだ。
しかし、匿名であることと解析結果がデータをもって具体的に
公開されていないので、説得力が弱い。
強い証拠となるべく、第三者によるNCBI登録データーの
解析・確認と、geno_computing氏の実名による登場を願いたい。

461 源氏蛍 ◆VnRg4xmClA :2014/06/10(火) 21:41:10
>>457
同感ですね。

462 Yasu :2014/06/10(火) 22:04:06
>>459
本当に正気で書いているのか?
プロトコルは、追試を行う人の利便のために書かれたものだ。
特に、STAP幹細胞のTCR再構成の下り(8ページ)は、
実験に際する注意書きの項だ。
何の証明をしろと言うのだ?

463 名無しさん :2014/06/10(火) 22:13:35
結局SCにTCR-Rがなかったことに変わりはない。それが注意書きの部分だったとしても。
STAPからSCが誘導されるのだから、T細胞由来なら何%の割合かでTCR-Rが見られなくてはならない。それがなかった以上少なくともSCは証明できたと言えない。
いい加減無駄じゃないかね。

464 名無しさん :2014/06/10(火) 22:17:46
TCR再構成すると増殖しにくいんだよ、きっと
よくある話じゃん

465 源氏蛍 ◆VnRg4xmClA :2014/06/10(火) 22:19:27
>>464
よくある話とは?

466 素人 :2014/06/10(火) 22:45:15
>>451
多能性の話は置いておいて、Oct4陽性細胞(死にかけでなく、生きた細胞)までは存在するという理解?

467 Baggio ◆PtMr.S7nIk :2014/06/10(火) 22:47:41
>>462

論文のアブストラクトに書かれている事を証拠もないのにあったと書いたのなら、それは単なる空想で科学の論文ではない。
Letterのアブストラクトには、「”STAP細胞から培養したSTAP幹細胞は”生体内で胎盤になれるES細胞のようなものになる」と書かれている。
ここで言うSTAP細胞とは分化した細胞から初期化して多能性を得た細胞の事。
では、STAP幹細胞も分化した細胞から初期化した細胞から増殖して得られたはず。
STAP細胞にあったTCR再構成がSTAP幹細胞に存在しないと言うなら、STAP幹細胞が初期化して多能性を得たと言う証拠を別に示さなければ、STAP幹細胞がSTAP細胞から増殖したと言う証拠にならない。
たまたま混じっていた未分化の幹細胞の方が培養で増殖しただけで、生きていたSTAP細胞は培養中に死滅した可能性を否定することは出来ない。

468 Baggio ◆PtMr.S7nIk :2014/06/10(火) 22:48:59
>>464
>>TCR再構成すると増殖しにくいんだよ、きっと

そう。
だから、未分化の幹細胞が混じっていて、それが増殖したなら、STAP幹細胞では無いってこと。

469 名無しさん :2014/06/10(火) 22:51:03
>>463
幹細胞の樹立はやったことがないのだけど、たとえばセレクション培地に蒔いて回収する場合、比較して大きいコロニーから株分けするよね?

成長(細胞分裂)の悪いコロニー使うと、後々影響でそう。

幹細胞の株分けはどうするの?

若山先生が、T細胞の全てにTCR再構成があると勘違いしていたなら、成長の悪い細胞群を無視して幹細胞にするから、もしTCR再構成した細胞由来の幹細胞の成長が遅いのなら、そこでセレクションかかるよね?

470 名無しさん :2014/06/10(火) 22:54:55
>>468
N論だけで論ずると、確かに証明不十分なんだけど、彼女は論文に記載していない実験も多数行っているみたいだから、傍証として、成熟した細胞の初期化を確信する何かがあったとしたら、それほど荒唐無稽ではないはず。

471 源氏蛍 ◆VnRg4xmClA :2014/06/10(火) 22:56:03
>>466
そこは分からないけれど、たぶん死にかけの細胞かなと思っています。

472 名無しさん :2014/06/10(火) 22:56:23
>>467
トリチュレーションは?

473 Baggio ◆PtMr.S7nIk :2014/06/10(火) 22:57:48
>>470

だから、それを出しなさいと言っているだけの事。
その部分がキチンと確立出来たときに、訂正論文としてその証拠と共に世に出すべきだと述べているのです。
あるっぽいでは、何も証明した事にならないからさ。

474 名無しさん :2014/06/10(火) 23:04:19
>>473
それはそれ
今は必要ないのでは?
当たり前のように、いろいろな細胞からSTAP細胞を作ったから意識が向いておらず、幹細胞のTCRの重要性を軽視した部分はあるけれど。

475 源氏蛍 ◆VnRg4xmClA :2014/06/10(火) 23:12:35
>>474
そもそも、テラトーマやキメラマウスを形成した細胞がTCR再構成の痕跡という初期化の証拠を持っているかどうかを調べていないから、
STAP細胞が初期化によってできたものであることを証明できていないんだよね。
TCR再構成があるのを調べたのは(論文の説明どおりにきちんとやっているとしても)Oct4陽性細胞の段階だけだもの。
多能性を持っていたのは、もともと体内にあった未分化の細胞かもしれないし、混入あるいはすりかえられたES細胞かもしれない。

成熟した体細胞が酸の刺激によって初期化されるという一番大事な部分が証明されていないんだよね。

476 名無しさん :2014/06/10(火) 23:13:43
>>469
TCR-R起こしたら成長が遅くなるという根拠はありますか。
>>470
むしろ報道からはろくに実験していないとしか思えないのですが。実験ノート然り。
逆に初期化を確信する何かがあるというのを信じる根拠は何ですか。
根拠がなければ以上は宗教に過ぎないと思いますが。

477 源氏蛍 ◆VnRg4xmClA :2014/06/10(火) 23:18:27
>>475の補足

STAP幹細胞だけにTCR再構成が見られないのなら、>>474さんの主張もありかもしれないけれど、
テラトーマやキメラマウスや、in vitroで分化した細胞にTCR再構成があるかどうかを調べていないのが問題だという意味で書きました。

478 名無しさん :2014/06/10(火) 23:23:17
>>474
T由来ではないとすれば確かに必要はないが(N論としては必要)、それに変わる証明手段が必要。
生データはまだ開示されていないが、少なくとも全SCに関しては様々な異常により捏造が確定的。

479 名無しさん :2014/06/10(火) 23:24:55
特定の人しか再現できなかったり、全てを論文に記載してなくてもダメという決まりはないんでしょ?

480 源氏蛍 ◆VnRg4xmClA :2014/06/10(火) 23:30:30
>>479
他の人が誰も再現できない論文は、その中の主張が信用されない。

主張したいことを証明するのに必要な実験やデータを載せていない論文もまたしかり。

後者はきちんと査読されたら普通は載らないけどね。
今回はNatureにしては査読が甘かったと言わざるを得ないのではないか。

481 名無しさん :2014/06/10(火) 23:34:30
479のようなことをこの前テレビでシェーンの特集やってた時よくあることと言ってたよ。
成果を横取りされないために全てを明かさないから再現できないことが多いと。

482 Baggio ◆PtMr.S7nIk :2014/06/10(火) 23:39:50
>>477

テラトーマやキメラに分化する過程で一定の確率でTCR再構成しちゃうんじゃね?

483 Baggio ◆PtMr.S7nIk :2014/06/10(火) 23:47:36
>>482

もとい、T細胞由来だったものとして認識できる確率は低いってこと。

484 名無しさん :2014/06/10(火) 23:47:57
論文を読む限り、小保方さんはありとあらゆる細胞にありとあらゆる刺激を与えてみていたことが伺えます。ちなみにTCR再構成について書かれているのはほんの数行。選択説を否定する根拠の補足程度。あまり重要と考えていなかったのかな?
↓Natureのarticleおよびletter原文
ttp://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12968.html
ttp://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/full/nature12969.html#/main
↓見事に日本語訳をしてくれているサイト
ttp://syodokukai.exblog.jp/20313842/
ttp://syodokukai.exblog.jp/20326345/

485 源氏蛍 ◆VnRg4xmClA :2014/06/10(火) 23:50:45
>>492
それはそうですね。
新しくできたリンパ球が混入しないような検査の仕方は難しいのでしょうか。

486 源氏蛍 ◆VnRg4xmClA :2014/06/10(火) 23:51:42
>>485のリンク先は>>482の間違いです。すみません。

487 Baggio ◆PtMr.S7nIk :2014/06/10(火) 23:56:56
>>484
>>選択説を否定する根拠の補足程度。あまり重要と考えていなかったのかな?

アブストラクトと結論でしっかり、STAP効果の鍵は、リプログラミングである事を強調しているのにですか?
「A key conclusion drawn from this study is that the reprogramming in STAP conversion goes beyond the pluripotent state of ES cells・・・」
「Collectively, our study indicates that STAP-based conversion can reprogram somatic cells to acquire not only pluripotency but also the ability of trophoblast differentiation.」

488 源氏蛍 ◆VnRg4xmClA :2014/06/11(水) 00:01:35
>>484
でも、articleのabstractでいきなりこう書いちゃってるから。

(何故かNGワードが含まれるらしいので一部日本語に訳してみた。)
遺伝子再構成の分析により、 we found that committed somatic cells give rise to STAP cells by reprogramming rather than selection.

489 源氏蛍 ◆VnRg4xmClA :2014/06/11(水) 00:12:14
>>485補足。

であるならば、なおのこと、後のほうで出てくるSTAP幹細胞にはTCR再構成があることを調べておくべきだったかと。
もしTCR再構成の痕跡を幹細胞の段階で見出していれば、その前段階であるSTAP細胞が体細胞を初期化してできたものであることがほぼ立証できたのに。

490 名無しさん :2014/06/11(水) 00:51:15
>>487
論文を読んでみた限り、TCR再構成をリプログラミングの根拠にするにはあまりにも根拠が薄弱すぎると疑問に思っただけです。
示された箇所はletterからですね。LetterではTCR再構成は全く触れられていません。
「以上より、Fgf4誘導性幹細胞は、単に多能性マーカーと栄養膜細胞マーカーを発現しているだけでなく、LIF+FBS含有培地で培養するとES様細胞に転換する能力を持っていることが示された。」
「本研究の結果と前論文の結果から、分化した体細胞をSTAPに基づいてリプログラムすることにより、多能性の状態を獲得するだけでなく、栄養膜細胞および胎盤への分化能も獲得できることが示された。」
TCR再構成に関して触れられているのはarticleの以下の部分のみ。単に選択説を排除するために提示してみただけに読めたので、TCR再構成を根拠にしようという意図はあまりなかったのかな?と疑問に思っただけです。皆様どう思われるのかな?と。
The lack of substantial proliferation argues against the possibility that CD45− cells, contaminating as a very minor population in the FACS-sorted CD45+ cells, quickly grew and formed a substantial Oct4-GFP+ population over the first few days after the low-pH treatment. In addition, genomic rearrangements of Tcrb (T-cell receptor gene) were observed in Oct4-GFP+ cells derived from FACS-purified CD45+ cells and CD90+CD45+ T cells (Fig. 1i, lanes 4, 5, and Extended Data Fig. 2e–g), indicating at least some contribution from lineage-committed T cells. Thus, Oct4-GFP+ cells were generated de novo from low-pH-treated CD45+ haematopoietic cells by reprogramming, rather than by simple selection of stress-enduring cells23.
ここで、FACSでソートしたCD45+細胞の中に非常に少ないCD45-の多能性細胞が不純物として混ざっていて、それが急速に増殖して最初の数日でOct4-GFP+細胞集団を形成した可能性も考えられる。しかし、Oct4-GFPの発現開始は細胞分裂を伴っておらず、酸性ストレス刺激の後にEdU取り込みは見られていない(すなわち酸性刺激後には大きな細胞分裂、細胞増殖は起きてない)ため、その可能性は否定的である。また、FACSで精製されたCD45+細胞およびCD90+CD45+ T細胞から生成したOct4-GFP陽性細胞でT-cell receptor 遺伝子のゲノム再構成が認められたため、Oct4-GFP陽性細胞は分化したT細胞から生じたことが示された。以上より、Oct4-GFP陽性細胞は低pH処理したCD45+細胞からリプログラミングによって新たに生成されたものであり、低pHストレスに耐性を示す細胞が単に選択されたわけではないことが分かる。

491 305 :2014/06/11(水) 01:00:49
>>484>>490は305が書き込みました。
すみません。疑問山積で。

492 305 :2014/06/11(水) 02:02:30
>>488
[精製されたリンパ球から作製したSTAP細胞のライブイメージングおよび遺伝子の再構成により、選択ではなく、分化した体細胞がリプログラミングによりSTAP細胞を生じさせていることが分かった。]
ほんとうだ。書いちゃってますね。

493 Baggio ◆PtMr.S7nIk :2014/06/11(水) 02:05:29
>>490
>>論文を読んでみた限り、TCR再構成をリプログラミングの根拠にするにはあまりにも根拠が薄弱すぎると疑問に思っただけです。

だからLetterの方で胎盤へ分化できる幹細胞にもリプログラミングがありきで結論を出してるのは、問題がありますと言っているんです。
切り貼りの電気泳動で示したArticleを引用して、STAP幹細胞がリプログラミングして出来ていると言う結論を述べているのですから。
しかも、それが鍵であると述べています。


「FACSで精製されたCD45+細胞およびCD90+CD45+ T細胞から生成したOct4-GFP陽性細胞でT-cell receptor 遺伝子のゲノム再構成が認められたため、Oct4-GFP陽性細胞は分化したT細胞から生じたことが示された。」
抜粋していただいた部分の電気泳動に切り貼りがあったのではないですか?
そこで、実際にその電気泳動が間違いないものであるかを確認するために、実験ノートの記載を確認したのですが、実験で用いた細胞が実際のどのサンプル試料を用いたものかについては、実験ノートが杜撰でたどれないと言う事で、CD45+細胞およびCD90+CD45+T細胞から作製したOct4-GFP陽性細胞を電気泳動したものであると言う実験事実の証拠が提示されていない。
保存サンプルに該当する試料があれば、もう一度、調査委員の目の前で電気泳動してみせれば、すぐに確認が取れたはずです。
しかし、どのサンプル試料を用いたかが解らないので、確認のしようが無いという事。
ラベルにCD45+GFPと書かれていても、どのマウス系統でどの様な処理をした細胞サンプルかなどが実験記録で追えなければ、明確になっていなければ、本人がこれですと言った所で、調査委員としては何を調べてるのかわけが解りません。

論文の趣旨で考えれば、このTCR再構成が起こった細胞を使ってその後の実験がすべて達成できている事が示せていなければ、リプログラミングから得た多能性細胞が胎盤に分化できると言う証拠にはならないわけです。
また、論文中には、FACSで純化したCD45+細胞の純度も示されていなかったと思うので、CD45−細胞が混じっていないと言う根拠を提示していないように思いましたが(確認していませんが、他の方も指摘していた気がします)。

STAP細胞の有無は別にして、これらの事から2つの論文が正しいものであると言うのは、如何なものかと言うことです。
該当箇所をすべて明確にして訂正論文を出すのが筋だと私は思います。

494 ◆NJchXJ3rV6 :2014/06/11(水) 02:33:36
>>484 >>490
>TCR再構成を根拠にしようという意図はあまりなかったのかな?と疑問に思っただけです。皆様どう思われるのかな?と。

現状、誰も再現できないことを考えると、
「TCR再構成を根拠にしようという意図はなかった」というより、
「TCR再構成については、あまり詳細に記述したくはなかった」が、
正解ではないかと思う。(本当は、ここが一番の肝であるはずなのに・・・)

>>414 で上げたNCBIデータを使って、kahoさんや多くの大学が、さまざまな解析を
したようですが、中でもCNV解析ですかね、、、これによると、
STAPとESの距離がゼロ、、、もう言い逃れできるレベルじゃない。
でも、NGS解析に出した細胞株を間違えたとか、また言い訳するのでしょうか?
一番大切なSTAPのデータを間違えるなんて、あり得るのだろうか。。。

さらに、>>375 >>460 を読むと、このNCBI登録データをハッキングですか?
またもや、証拠隠滅するつもりなのかな?なんかもう、最低すぎる。

495 ◆NJchXJ3rV6 :2014/06/11(水) 02:46:40
STAPが、一株でも冷凍保存されて残されていればなぁ。

STAPの特徴。
・増殖能がきわめて弱い。
・Oct4やNanogなどの多能性マーカーの発現が、ESレベル。
・ACTHを加えるとSTAP幹細胞になるはずだが、それは若山氏にしかできない。

1株でも残されていれば、いろいろ検証できて、身の潔白を証明できたのにね。残念。

496 Baggio ◆PtMr.S7nIk :2014/06/11(水) 02:54:02
>>493補足

Letterでは、>>490さんが示されているように、Articleを引用してSTAP幹細胞が体細胞のリプログラミングによって作製され、胎盤などに分化したと結論していたのに、新プロトコルでSTAP幹細胞にはTCR再構成が無いと書かれた。
だから、興味を持っていた人達が、じゃあSTAP幹細胞のリプログラミングは何で証明したのか?となったのです。

さらに、丹羽氏の再検証では、そもそもTCR再構成で調べるのは適切では無いと述べている。
じゃあ、なんで論文ではTCR再構成があった事を証拠としたのか?って言う疑問に発展するのですよ。


>>494

そもそものテーマの発案者であるバカンティ氏とその弟子の小保方氏は細胞作製のスペシャリストではないので、良く解っていなかった。
で、Muse細胞の様に未分化幹細胞のセレクションでは面白くないので、体細胞からの初期化であるとして論文構成を練った。
TCR再構成の電気泳動さえあれば査読は乗り切れるからね。
ま、これは推測ですがね。

497 名無しさん :2014/06/11(水) 04:34:06
>>495
造らせれば良いのでは?
おぼぼに。

498 名無しさん :2014/06/11(水) 04:45:58
TCR再構成を利用してセレクション説を否定するロジックは後から構築したっぽい。
当初は、トリチュレーションで作ったSTAP細胞を主軸に論文書いたけれど、査読で蹴られたから、セレクション説を否定する必要に迫られて、後から付け足したけれど、実験が足らなかったのかな?
いずれにしてもOct4陽性細胞(死にかけでない正常細胞)までは高い確率で存在するという合意は得られましたね。
多能性の有無は議論の余地がありそうだけど。

499 名無しさん :2014/06/11(水) 04:47:47
>>495
苦手で現存する幹細胞はオール若山産だけど、自分でも作ったと4月に言ってなかった?

500 名無しさん :2014/06/11(水) 04:49:08
>>494
ESとiPSの距離もゼロだけど?

501 名無しさん :2014/06/11(水) 05:14:53
>>498
テラトーマまでは固いんじゃないかな?
幹細胞を巡るドタバタ劇は若山先生がT細胞は全てTCR再構成をしていると勘違いしていた、に1票

502 人文系ポスドク ◆VltbcUwotE :2014/06/11(水) 05:31:03
皆様おはようございます。
半日でずいぶんコメントが進みましたね。
私はといえば昨日の夜は踏んだり蹴ったり・・・いやそんなことはどうでもよいですが。

>>407 Baggioさん

全く専門外からの印象批評かも知れず誠に恐縮ですが、今回のSTAP論文の行く末はなかなか困難なものがあるかと想像しています。Oct4発現までは追試報告にあるとおり何とか行けそうですが、そこから先が棘の道で、丹羽氏の検証計画にあるように、もともとTCR再構成を指標とすること自体に困難があるような気もします。
あと、樹立したとされる43株中たった8株しか残っていないのなら、それだけでTCR再構成を確認すること自体、土台望み薄だったでしょうか。

ただどこかのコメントで見ましたが、STAP細胞>STAP幹細胞の樹立自体はそれほど困難ではないらしいので、その点ではOct4発現でリプログラミングされた細胞(必ずしもT細胞由来でなくてもよい)が同定でき、かつその細胞から確実にSTAP幹細胞が出来たという証拠を示せれば、こちらはクリアできる可能性があるのでしょうか。
キメラの方は、さらに困難が伴うようですが・・・。

これだけ困難が伴う作業を、30歳の研究者が指揮して完遂できたとすれば、それこそ奇跡的だったのでしょうか。

503 人文系ポスドク ◆VltbcUwotE :2014/06/11(水) 05:31:42
>>409

> 事実誤認が多い方が何人もいて参照リンクも読まない(少なくとも1人はそう明言)、

このあたりのやりとりは私も当時ちょっとだけ拝見していました。
確かに「難波教」とか言われてしまうとやる気が失せるというのは分からないでもないですが(苦笑)、まあ今回の騒動の前提となる議論(吉村先生や難波先生の見解)くらい押さえておけというのは、私でも同様に申し上げるところだろうと思います。

避難の意味も分かりました。まあ、向こうの私たちの議論が評価されたのだと前向きに受け取ります。今回向こうの閉鎖でこちらで議論させて頂くことになりましたが、向こうの常連さん(皆さん鋭い論客です)もこちらにたくさん来られているようなので、これまでのようなことはないだろうと、思っています。

論文撤回の是非については>>401のYasuさんへのコメントで申し上げたとおり、調査手続その他の見直しをする前提で、撤回妥当だと私も思います。
ただ、撤回不要という議論もありだと思います。もちろんその場合はちゃんとした理論的根拠を明示して頂くということが前提ですが。

504 人文系ポスドク ◆VltbcUwotE :2014/06/11(水) 05:35:28
>>503
すみませんリンク間違えました。
×>>401のYasuさんへのコメント
>>400のYasuさんへのコメント

505 名無しさん :2014/06/11(水) 05:41:49
>>503
個人的には再現実験をさせてみて、どこまで再現できるか見極めた上で、撤回か訂正か決める話なのかな?
少なくともテラトーマまでは造れるのであれば、細胞すり替えの可能性はかなり下がるから訂正で良いという立場です。

506 人文系ポスドク ◆VltbcUwotE :2014/06/11(水) 06:16:38
>>412

プロトコルの当該箇所については>>415でお示しの箇所で結構です。
すでに>>420でお示しになっている丹羽氏の「STAP現象の検証の実施について」によれば、

> 1週令マウス脾臓由来CD45陽性血液細胞の10−20%がT細胞で、
> そのうち10−20%がT細胞受容体遺伝子再構成を持つ。
> (全CD45陽性細胞の1−4%がT細胞受容体遺伝子再構成を持つ)
(9ページ)

だそうですので、STAP幹細胞中にTCR再構成を持つ確率もまた1-4%ということになるでしょうか。
そうだとすると、残されたたったの8株の中でTCR再構成が確認できなかったこと自体は、さほど不思議なことではないのでは?とも思います。
(分野外の邪推なので間違っているかも知れませんが)

もちろん、このことによって「Nature論文はSTAP細胞(ないしSTAP幹細胞)が分化した細胞からのinductionによって多能性を獲得したことを証明できていない」という事実は変わらないので、もっと多くのSTAP幹細胞を作成してTCR再構成の有無を見極めるべきか、丹羽氏の主張のように別の指標を見つけるべきなのか、どちらかになるでしょうか。

507 名無しさん :2014/06/11(水) 06:28:57
>>502
>>357で20株程度あると述べられています。

>>501
テラトーマも画像が使い回しなんだよなぁ。テラトーマができるならSCとかもできて然るべき。

508 名無しさん :2014/06/11(水) 06:33:43
>>500
0じゃないよ。この辺は確認しようか。T由来iPSにはTCR-Rが認められる。他方ESにはない。
new.immunoreg.jp/modules/pico_boyaki/index.php?content_id=346

509 人文系ポスドク ◆VltbcUwotE :2014/06/11(水) 06:38:44
>>505
コメントありがとうございます。

私自身も、騒動が持ち上がった当初は撤回は必要とせず画像差し替え&訂正でよいのでは?と思っていました。もし今回の論文騒動が吉村先生らが指摘するTCR再構成問題(つまり論文全般のロジックの問題)だけであるか、または論文不正が軽微なものであるか、あるいは実験ノートなどで実験の存在を検証できたならば、訂正でよかった可能性はあると思います。

ただ今回の場合、論文全体のロジックに欠陥がある上に、画像はおかしな加工をしている、実験ノートは穴だらけで実験結果を検証できない、さらに小保方氏から声明のあった「他の実験的証拠」もいつまで経っても出てこないなど、本当に実験が行われたのかすら誰にも分からないという状況の中で、一旦撤回しやり直せという考えは、決して極端な(あるいは小保方氏に対して著しく不利な)結論ではないのでは?とも思います。
ただし、私は手続的公正の観点から、処分はSTAP問題全体が解決してからでも遅くはないかも知れない、あるいは再実験などによって実験そのものがある程度(正しいと)検証できるようなら、小保方氏に名誉挽回の機会を与えておくようにすれば、よいのではないかと思っています。

510 人文系ポスドク ◆VltbcUwotE :2014/06/11(水) 07:10:24
>>507
コメントありがとうございます。

実は私も>>345で、Baggioさん(>>357)と全く同じソースによって20株と考えていたのですが、>>346さんから8株だというご指摘を受け、私自身どちらなのか判断が付いていませんでした。
検索してみると、8株というのは理研において凍結保存されている数というのが正しいのでしょうか。ただ、そうすると小保方氏の20株(若山教授と同じ)はどこへ消えたのだろうと素朴な疑問も湧きます。

ともあれ20株が正しいのだとしても、>>506で申し上げたとおりCD45陽性細胞全数中TCR再構成のあるものが1-4%というのが正しいなら、確率論的にTCR再構成がひとつも確認できないことはありうると思いますが、いかがでしょうか。

511 名無しさん :2014/06/11(水) 07:19:46
>>510
廃棄した模様

512 名無しさん :2014/06/11(水) 07:54:57
>>510
若山教授が山梨大に移るときに論文に使わなかった株は廃棄したと新聞記事になっていたはずですよ。

513 人文系ポスドク ◆VltbcUwotE :2014/06/11(水) 08:55:51
>>511-512
コメントありがとうございます。

確かに「廃棄」とか「若山教授が廃棄」という報道は検索に引っかかってきますが、確実な数が示されているのはBaggioさんが>>357で述べられている朝日新聞の報道で、43株作った中で20株を廃棄、残る20株は小保方氏と各自同じ20株を持つようになった(これ自体も3株の行方が分かりませんが)というものです。そうするとこの20株と、「理研に残っている8株」などとどう関係するのかがよく分からないわけです。「8株」が問題になっている報道として、例えば以下の報道があります。


STAP細胞 実験マウスに新たな疑問
3月25日 19時28分(NHK NEWSWEB)
ttp://www.webcitation.org/6OLNuLUlv
------------------------------------------------------------------------
専門家は、論文で出来たとされ凍結保存されている8株のSTAP細胞すべてについて詳しく調べるべきだとしています。
------------------------------------------------------------------------


「メスの幹細胞もある」小保方氏が朝日新聞記事に反論
2014年4月14日15時00分(朝日新聞DIGITAL)
ttp://www.asahi.com/articles/ASG3T6Q7ZG3TPLBJ002.html
------------------------------------------------------------------------
弁護団が小保方氏から聞き取ったとする内容で、その中に朝日新聞記事への反論も含まれていた。この文書によると、STAP幹細胞は少なくとも10株は現存し、理研に保管されているという。そのうち、8株の幹細胞はオスだったが、それ以外を第三者機関で調べたところ、メスの幹細胞も含まれていたと指摘。
(中略)
論文や共著者の若山照彦山梨大教授によると、STAP幹細胞は若山教授が少なくとも43株を作った。うち論文の中で説明している主要な8株の性別を調べた結果、すべてオスだった。このため、若山教授はつくったSTAP幹細胞はすべてオスと判断していた。
------------------------------------------------------------------------

514 人文系ポスドク ◆VltbcUwotE :2014/06/11(水) 09:07:54
以前>>323ないし>>326でまっちゃんさんの「小保方さん応援」スレの(事実上の)前スレに当たる「STOP(再)宣言から・・・まだ続けるの?」の過去ログをアップしましたが、Googleに405番から428番(これがおそらく最終)のコメントを含むキャッシュが残っていたので、それを補充したものを再アップします。これでこのスレは完全な形で保存されたことになると思います。
以下よりダウンロード下さい。
「STAP細胞掲示板」では他にもスレがありましたが、こちらも見つかり次第報告いたします。

STOP(再)宣言から・・・まだ続けるの?
ttp://fast-uploader.com/file/6958000637775/

今から読み直してみると、たった1ヶ月前ですが、私自身もかなり「青い」議論をしています・・・。

515 人文系ポスドク ◆VltbcUwotE :2014/06/11(水) 09:14:48
>>514
すみません、
×405番から428番(これがおそらく最終)のコメント
○405番から427番(これがおそらく最終)のコメント
です。

516 工学修士 ◆1QjlWVrdTI :2014/06/11(水) 09:15:29
本人は実験参加に意欲を燃やしているようだね。
www.sponichi.co.jp/society/news/2014/06/11/kiji/K20140611008340950.html

一体どこからこの自信が来るのか・・・

517 名無しさん :2014/06/11(水) 09:26:12
200回つくったからなんじゃない?

518 名無しさん :2014/06/11(水) 09:27:43
再現実験で大恥をさらすか、奇跡の成功を遂げるか。
今のところ理研が再現実験に反対している理由が不明だね。

519 Yasu :2014/06/11(水) 09:34:33
>>509
論文撤回という事は、全てがゼロに成ることを意味します。
後から名誉挽回はあり得ません。
30年間、冤罪で懲役を受けた人の、名誉回復が「本当の意味で」可能だと
思いますか?

ですから、昨日も書いたように、「学問科学として」批判する以上は、
刺し違える覚悟、手続きを経て行うべきだと思います。
すなわち、小保方氏が悪意のある捏造を行って、学問界を追放するに値する、
という意見に瑕疵があった場合、その人物は、逆の立場に立たされる義務があります。

ましてや、匿名を使ったり、自分は専門家では無いと自称したり、これから勉強します、などと
言ってみたり、大御所の意見を「読もうね」などと言って、自分の意見に箔をつける程度の理屈に、
上記の覚悟があるとは、到底思えない。

520 工学修士 ◆1QjlWVrdTI :2014/06/11(水) 09:40:58
>>519
電気泳動の合成は悪意ある改ざんだが。
この一点で追放の論拠は十分だろう。
本人も認めてるから冤罪じゃない。

論文提出するまでもない。

521 Yasu :2014/06/11(水) 09:46:42
>>520
それにしては、
口数が多過ぎやしないか?

522 工学修士 ◆1QjlWVrdTI :2014/06/11(水) 09:51:01
>>521
ん?何を指して言ってる?具体的に指摘してほしいが

523 Yasu :2014/06/11(水) 09:53:28
>>522
やはり、ボクちゃんだな。言われただろ?

524 Baggio ◆PtMr.S7nIk :2014/06/11(水) 09:57:58
>>519

それこそ、事実誤認。
著者らが自ら撤回した場合には、キチンとした事実が出た場合には、訂正論文を撤回した論文にリンク付けして再投稿する事ができます。
もちろん、Nature側から提出期限が決められているはずですが。
それが受理されれば、過去の撤回論文の訂正と言うことで認識されますので、一定の名誉は回復されます。
もちろん、Yasuさんの事なので、完全な名誉回復にはなっていないと言うことだと思います。
が、ばからしい切り貼りや取り違え、実験記録の杜撰な部分のツケまで名誉回復させる義理はありません。

また、冤罪だと言うなら、何故、バカンティー氏までもが撤回に同意した?
思い当たる部分があるからだろう。

525 Yasu :2014/06/11(水) 10:06:06
>>524
他人を批判する時の、仁義について述べたまでですよ。

526 375 :2014/06/11(水) 10:12:05
>>518
小保方氏が検証実験に立ち会い
ttp://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20140611-00000012-mai-sctch
試料に手をふれない約束で、立ち会いをしているそうだ。

527 名無しさん :2014/06/11(水) 10:16:43
画像を改ざんしたことは事実だが、結果を変えてないから問題なさそう。




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