したらばTOP ■掲示板に戻る■ 全部 1-100 最新50 | |
レス数が1スレッドの最大レス数(1000件)を超えています。残念ながら投稿することができません。

小保方さん 応援パートⅢ

1まっちゃん:2014/06/05(木) 13:00:55
 ttp://jbbs.shitaraba.net/study/12333/
という掲示板がありましたが、スパムが寄せるので、休止しました。
 ( ※ 個人への中傷というスパムが寄せてきて、削除依頼が来たが、
    私はいちいちスパムを管理する手間は掛けられないので・・・と管理人さんからの伝言です。
このコーナーは、まじめな討論の場です。個人中傷は禁止です。何故閉鎖されたのか解らないのですが常識的な言動でお願いします。
まっちゃんの意見
 擁護派でして、石井委員長の調査が杜撰であり本人が納得するまで調査するべきだったと考えています。しかも小保方一人が不正、捏造したと 
 発表したものですから刑事犯の犯罪者と思ったのです。論文の一部に強引なミスがあっても主要部分がよければいいのではないか。
 またまた、おかしな報道がでています。ESと STAP細胞は混ざらないと言うのに遺伝子が二種類出てきた。
 それよりか応援したいのにかなり不利です。記者会見で見た小保方さんは真面目そうな、嘘を言ってる感じがしなかった。
 まっちゃんの「見る目がなかったのかなぁ」と。

259名無しさん:2014/06/08(日) 05:53:21
全てのSCで異常だったということは、若山研究室のマウスの管理が杜撰だったことを示唆しますね。

260名無しさん:2014/06/08(日) 08:14:11
やっぱり若山か、、、。

261名無しさん:2014/06/08(日) 09:01:39
何で若山に持っていきたがるのかなあ。
若山研の問題なら若山研の他の論文もアウトということになる。そういう報告あんの?
渡されたのが何であれおぼさんがすり替えたら、一世代目でないからどうだとかいう議論は意味をなさない。

262Yasu:2014/06/08(日) 09:58:29
実験結果を待っている段階では、
全ての議論は意味をなさない。

博士学位を有する者が、論文の書き方のイロハを知らなかった、
という点は、大学教育システム全体の問題として、論じる必要は
あるかな?
ボクはどうでも良いと、思っているが。

263名無しさん:2014/06/08(日) 10:06:51
>何で若山に持っていきたがるのかなあ。

もはや信仰(小保方教)のレベル。
こういう段階にきてしまったのに、まだ無理にでも小保方氏を擁護したいわけだから、合理的に物事を考えることなど出来るわけがない。不自然でも何でも複雑にものを考えようとすると、若山氏にもっていくほか仕方がない。

264名無しさん:2014/06/08(日) 10:08:31
>>261
試料を調べてみたら同じ結果がでるんじゃないかな?
幹細胞に限らず、各種標本が残っていればだけど。
通常は疑惑が生じない限り、標本を調べるようなことはしないから、若山氏も青天の辟易だったのではないかな。
その意味では若山氏もステムセルについてはシロだと思います。
自身の研究室で使っているマウスの飼育実態を知っていれば、STAP幹細胞のシーケンスなんてしないでしょうからね。
飼育担当者や飼育記録を精査する必要もあるのではないか?
これに関して参議院議員が質問趣意書を出しているから、毎日新聞の誤報かスクープか近いうちにわかるけれど。

265名無しさん:2014/06/08(日) 10:10:23
犯行を行える位置にいたからでは?この場合、動機は関係ないというのは刑事捜査の常識だと思いまっせ?

266 ◆tnbpWnvo5w:2014/06/08(日) 10:43:20
>>263
キメラやテラトーマから複数の系統のマウスが検出されたというのなら、小保方が混ぜた可能性が濃厚だけど、ステムセルの株
単一細胞群から複数の系統のマウスが検出されたということは、交配時に間違えたのではなく、交配させたマウスがすでに純系でないことを示しているから、そうなると小保方が自宅や自室で理研に無断でマウスを交配していたか、あるいは若山研のマウスが純系でなかった可能性が大。
小保方がESやTSを摩り替える動機はあるので、それならステムセルからはESやTSのもとになるマウスの系統のみが検出されるはず。
複数検出されたということは完全に若山研のマウス管理の問題だと思いますけれどどう?
しかも全て純系でないとなればなおさら。
細胞摩り替えたのなら、論文記載のマウスでないにしても、単一系統にならないとおかしい話。

267 ◆tnbpWnvo5w:2014/06/08(日) 10:49:49
小保方が自宅でマウスを交配させていたとしたら何のために?という疑問がでるね。
研究費足りなくて、脾臓用のマウスが大量に必要だったとしても、200回分となると、1000匹くらい必要だよね?
どんだけ広いマンションに住んでいるかわからんが、常時100匹くらい飼っていないと無理なんでは?
脾臓が足りなくて、手近なマウスを流用していたのなら、Oct4陽性細胞群は、異なるマウス由来の細胞の集まりだから、それから作ったテラトーマやキメラマウスから複数の系統が検出されてもおかしくはないが、幹細胞となると、単一細胞群だから、元になったマウスがそもそも純系でないはずだよね?

268 ◆tnbpWnvo5w:2014/06/08(日) 10:53:15
自分で樹立したESやTSならともかく、買ってきたESやTSなら系統は既知だから、それとピッタリ一致するなら摩り替え説が正しい可能性が高くなるけれど、さまざまな系統が混じりあっている個体から調製されたことを示唆しているのなら、マウス本体の管理者の責任だと思います。

269Yasu:2014/06/08(日) 11:00:02
>>268
マウス本体の管理者、
とはどういった仕事をしている人なのですか?

ボクは生物学の実験室の事情を知りません。
(同レベルの人は多いと思います)

270名無しさん:2014/06/08(日) 12:14:06
雑種のESも確立されているようですが。以下は3/26付近で既に出た話。
blog.goo.ne.jp/motosuke_t/e/93b8d64af911a3c49dfbefb89d630bac
2chでは↓の意見があった。
>>そもそもB6の雑種由来のマウスES細胞はかなりマイナーなのですが、理研は複数のB6雑種由来のES細胞株を樹立または保持しています。
(www2.brc.riken.jp/lab/cell/s5_list.cgi ?key=e)(投稿者による注:リンク切れか行くことはできなかった)
>>ところが、B6と129の雑種は特に数が少なく、血球細胞から核移植で樹立した非常に特殊な細胞株があるのみです。

とりあえずすり替えた細胞が純系である必要はない。故に雑種だから何だというのは意味をなさない。

271 ◆tnbpWnvo5w:2014/06/08(日) 12:35:49
そうなると、摩り替え説を考えるなら、理研にあるES細胞と幹細胞の遺伝子データを比較すれば、確定しますね。
あるいは飼育実態が明らかになれな、雑種ESを摩り替えたのか、それとも元々交雑されていたマウス由来なのか。

272名無しさん:2014/06/08(日) 12:37:00
>>255
TCR再構成がなくても、T細胞由来の可能性は高いのでは?

273 ◆NJchXJ3rV6:2014/06/08(日) 13:14:17
>>255
STAP細胞(Oct4やNanogなどの多能性マーカーが、ES細胞レベルで発現した細胞)
では、TCR再構成があった(T細胞由来が明らかだった)のに、
それをSTAP幹細胞にすると、TCR再構成がなくなるということは、
以下の事を意味する。

1.ES細胞などの、もともと多能性があった細胞が、混入してしまった。(細胞塊に含まれていた)
2.幹細胞化する際に、未知のメカニズムが発動し、TCR再構成が消失した。

1か2のどちらかなんですが、どちらが正解かはわかりません。
だとすると、ネイチャー論文は、いったい何だったのか、何を主張するものだったのか?
ということになります。T細胞が多能性を獲得した、証明にはなっていないのです。

2であることが証明できれば、もちろん論文は正当化されます。
しかし、ネイチャー論文は、そのTCR再構成が消失するメカニズムを解明したものではないですし、
TCR再構成がSTAP幹細胞に見られないことは、3月5日になって、
後だしジャンケンで、丹羽氏のプロトコルと同時に、こっそりと明らかになったのです。
それまでは、STAP細胞にTCR再構成があるということは、
STAP幹細胞にも、キメラにも、当然あるだろう。。。そういう前提で、みな動いていたのです。
(そういう前提で、論文の構成も仕上がっていた訳です)
だから、あえて、論文内では、STAP幹細胞やキメラやテラトーマに、
TCR再構成があることは、調べられていなかったのです。あって当然だから、調べないという訳です。

274 ◆NJchXJ3rV6:2014/06/08(日) 13:28:28
273は、

>>252 >>256 へのレスでした。

リンク間違えました。

275名無しさん:2014/06/08(日) 13:32:02
>>273
T細胞の全てがTCR再構成をしているわけではないよ?

276名無しさん:2014/06/08(日) 13:38:04
ttp://www3.riken.jp/stap/j/b9document1.pdf
がわかりやすい?
九頁以降

277 ◆NJchXJ3rV6:2014/06/08(日) 13:40:02
>>273 のつづき

2の、TCR再構成が消失する未知のメカニズムを解明し、証明できれば、
1の可能性を排除してもよいこととなり、論文は正当化されるでしょう。

しかし、そのメカニズムの解明は、一筋縄ではいかないことは、明らかです。
それよりむしろ、現時点では、1の可能性を疑わせる証拠が、いろいろと出てきているのです。
しかも、一つや二つの疑念ではなく、数多くの疑念が生じているため、
単なるミスによる混入ではなく、意図的な混入ではないかと、
疑わざるを得ないような状況にある訳です。

人は、そんなにたくさん、連続してミスをするのか?ということです。
凹さんは、認知症なんでしょうか?

278 ◆NJchXJ3rV6:2014/06/08(日) 14:00:29
>>276
いや、こんな資料があったんですね。勉強になります。ありがとうございます。

ということは、273を修正すると、次のようになるのかな?
2番を修正。

2.STAP細胞→STAP幹細胞への変換時に、TCR再構成が消失することもあれば、
TCR再構成が消失しないこともある。
TCR再構成の消失は、特殊なメカニズムが働くことによるものではなく、
もともとT細胞にTCR再構成がある確率が、10−20%しかないために起こる。

なるほど、勉強になりました。

279名無しさん:2014/06/08(日) 14:14:05
擁護するものではないが、STAPはT細胞由来でなくともよいのでは(論文的には問題だが)という意見があったのは明記しておく。但し、少なくともCD45+由来でなくてはいけない。その点についてCD45+由来ではないとしたkaho氏の解析結果がある。

280人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/08(日) 14:30:30
相変わらずスレの進行が迅いですね。

>>216 Baggioさん

これまで3スレに渡って議論の摺り合わせを行って参りましたが、今回の事件の「落としどころ」が多少は見えてきたというか、個々の細かな論点はともかく、大枠としてはある程度統一的な結論が導き出せるのではないかと思い始めています。

今回の論点を雑ぱくに整理すると、(1)研究者個人(小保方氏)の論文不正そのものをどう評価するか(2)理研をはじめ、論文不正にまつわる周囲の対応をどう評価するか、の二点であり、これについては最終的にはどちらも必要であることは明らかで、その点では論者の立場を待たないだろうと思われます。
(1)についてはなぜこのようなずさんな研究体制がまかり通ってしまったのか、真相解明をすることによって、今後の研究倫理における指針作成に役立てる必要があると思います。(2)については研究者が不正を行わず適切な研究ができるような、環境作りが必要に思います。このような自助努力が研究者コミュニティー自身の中でどれだけ行えるかが、今後の日本における科学研究の将来を占うというべきでしょうか。

理研の対応については改革委員会が幾つか是正措置を提案しているようなので、今後の推移を見守っていきたいと思います。

MSN産経ニュース
理研の全理事に交代要求へ 改革委「自浄作用が不十分」 野依氏は除く
2014.6.6 10:00
ttp://sankei.jp.msn.com/science/news/140606/scn14060610000003-n1.htm

テレ朝ニュース
STAP検証チームに小保方氏を 理研改革委員会(06/03 07:58)
ttp://news.tv-asahi.co.jp/news_society/articles/000028100.html

281 ◆NJchXJ3rV6:2014/06/08(日) 14:35:26
まあでも、STAP幹細胞に、1個でもTCR再構成のある細胞が含まれていたら、
PCRで検出されるはずなんだよな。

まあだから、TCR再構成が検出される可能性が高いと思うのだ。
というか、STAP幹細胞でも、STAP細胞と同程度の確率で、
TCR再構成が検出されないとおかしいことになる。

もし、何度やってもTCR再構成が検出されないのであれば、
一つ考えられるのは、
TCR再構成のあるOct4陽性細胞の増殖能が、
TCR再構成のないOct4陽性細胞(T細胞を含む)の増殖能よりも、
劣っているということだ。

だから、増殖を繰り返すうちに、
TCR再構成のあるOct4陽性細胞が、淘汰されてしまう。そういうことだよな。
やはり、特殊なメカニズムが介在しなければ、
STAP幹細胞にTCR再構成が見られないことを、説明することは不可能だ。

282人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/08(日) 14:57:57
>>226 >>237
コメントありがとうございます。

私が擁護派に分類されるべきか否かは置いておきますが、少なくともここのスレでは「事実がどうなのか」を見極めるために多くの討論がなされてきました。
その点で「願望のバイアス」は避けるべきでしょうが、ただどのような人も自身の先入観から免れ得ない部分がありますので、その点では常に自己の論説を再点検する必要はあると思います。

ちなみに、小保方氏を擁護せんが為に「若山氏犯人説」を主張するような論調があったとすれば、それは論外です。

283人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/08(日) 14:58:43
現在、第三者機関が解析したSTAP幹細胞の遺伝的由来について活発な議論がなされていますが、ソースの出所は下の毎日新聞とNHKの記事になるのでしょうか。
どちらも記事の書き方が何か曖昧な感じで、記者が事柄を正確に把握しているのかちょっと疑問に思える部分もありましたので(F1というのはマウスの種類ではないと思うのですが)。
他にもソースがありましたらご教授頂ければ幸いです。

STAP論文:幹細胞に不自然な遺伝子 第三者機関が解析
毎日新聞 2014年06月03日 15時20分(最終更新 06月03日 16時04分)
ttp://mainichi.jp/select/news/20140603k0000e040226000c.html

STAP 存在に新たな疑念
6月3日 19時23分(NHK NEWSWEB)
ttp://www3.nhk.or.jp/news/html/20140603/k10014947431000.html

284名無しさん:2014/06/08(日) 15:07:22
TCR再構成することで、リプログラミングした際に巧く初期化せず、生存しない可能性は高いのでは?

285Yasu:2014/06/08(日) 15:25:50
これは、「話の筋」と言う意味で書いておきます。

若山先生が、小保方さんから受け取ったSTAP細胞を使って
作成したSTAP幹細胞の遺伝子系列が、
若山先生が(実験に使用する為に)渡したマウスの遺伝子系列
と異なっていた、と報道されています。

この話に説得力を持たせる為には、
若山先生が小保方さんに渡したマウスの細胞も、同様に
保管されていて、且つ、上記の遺伝子解析と同等の解析結果
を示す必要がある、と思うが、いかがだろうか?

286 ◆NJchXJ3rV6:2014/06/08(日) 17:20:15
>>284
STAP幹細胞化すると、TCR再構成が検出されずらくなる原因は、
いろいろな仮説が立てられると思います。

>>281 で私が述べた、増殖能(生存能力)の違いによって、
TCR再構成のない細胞だけが生き残るというのも、単なる一つの仮説です。
284さんのおっしゃることも、十分に、可能性としてはあるでしょう。

結局、STAP幹細胞化するとTCR再構成が消失してしまうという現象は、
裏で特殊な未知のメカニズムが働かない限り、説明がつかない現象なのです。
もし、何もメカニズムが働いていないのであれば、
STAP細胞と同確率で、STAP幹細胞でも、TCR再構成が検出されないと、おかしい訳です。

で、凹の論文では、その裏で働くメカニズムについては何も解明していない訳ですから、
「体細胞が多能性を獲得したこと」の証明としては、不十分だということです。

287 ◆NJchXJ3rV6:2014/06/08(日) 17:28:50
ちなみにキメラにすると、TCR再構成が検出されずらくなることは、以下のように説明がつきます。

キメラ作成時に、胚盤胞にSTAP細胞塊を注入しますが、
まず、そのSTAP細胞塊は、100個の細胞で構成されていたと仮定しましょう。
その100個のうち、TCR再構成のある細胞は1〜4個です。(>>276 さんの資料のページ9参照)
で、その100個の細胞のうち、キメラ個体になれるのは、5個だったしましょう。
その5個の細胞の中に、TCR再構成がある細胞が1個でも含まれる確率は、
少し複雑な確率計算になるので省略しますが、約5%〜17.12%となります。

ところが、STAP幹細胞では、話が違ってきます。
PCRにかける場合は、細胞塊に一個でもTCR再構成のある細胞が含まれていたら、
TCR再構成が検出されるはずだからです。
なので、100個の細胞のうち、TCR再構成のある細胞は1〜4個であるとしても、
1個でも含まれている限り、100%の確率で、TCR再構成は検出されます。
それが検出されないということは、
TCR再構成を消失させる何らかのメカニズムが、裏で機能していることを示唆しています。

288 ◆NJchXJ3rV6:2014/06/08(日) 18:10:06
この丹羽氏の検証実験資料は素晴らしいな。。。
ttp://www3.riken.jp/stap/j/b9document1.pdf
10ページを見ると、まず一番左に、FACSで選別したCD45+細胞に、
どんな種類の細胞が含まれているかが示されています。
B細胞、T細胞、マクロファージ、その他(造血幹細胞など)が、含まれています。
そして、一番右をみると、成果物であるSTAP細胞塊に、どんな種類の細胞が
含まれているか、わかるようになっています。
その構成は、INPUTである、CD45+細胞と、まったく同じです。
B細胞、T細胞、マクロファージ、その他(造血幹細胞など)が、含まれています。

要するに、増殖能がないため、ランダムに、ただ寄せ集まってるだけと考えられます。
マクロファージが手を伸ばして、寄せ集めただけかもしれません。

ここで問題なのは、ESやTSが混じっていた場合、どうなるかということです。
ESやTSが増殖能を失っていたら、他の細胞と同様、やはり、ごちゃ混ぜに、
ランダムに寄せ集まる、、、推測で申し訳ないが、私にはそういうイメージしか描けない。
あるいは、他の細胞から栄養を奪い取ろうと、見境なく、他の細胞にくっついている、
そうなるんじゃないかな〜?

11ページ、12ページになると、今度は、INPUTがSTAP細胞塊になってます。
その構成は、10ページのCD45+細胞と、まったく同じですよね。
もしESやTSが混ざってたら、その細胞塊に、同じように含まれるんじゃないのかな?
増殖能を回復して、自立してコロニーを形成できるようになるまでは、
STAP細胞塊の中に、身を隠して、潜んでいるのではないかと、
推測で申し訳ないけど、私はそう思います。(長文、失礼しました)

289Baggio ◆PtMr.S7nIk:2014/06/08(日) 18:36:31
>>285
>>若山先生が小保方さんに渡したマウスの細胞も、同様に保管されていて、且つ、上記の遺伝子解析と同等の解析結果を示す必要がある、と思うが、いかがだろうか?

若山氏が小保方氏に渡したのはマウス。
小保方氏の実験ノートの杜撰さからいって、仮に元の細胞が保管されていたとしてもデータにたどり着けないと思う。

ttp://sankei.jp.msn.com/science/news/140325/scn14032521180003-n1.htm

290Baggio ◆PtMr.S7nIk:2014/06/08(日) 18:41:15
>>256
>>272

TCR再構成がSTAP細胞STAP幹細胞に見られれば、分化したT細胞から初期化されて多能性を得た証拠になるから。
TCR再構成が無くてもT細胞由来と言う可能性はあるが、それでは、セレクションなのか初期化なのかが解らない。
セレクションと初期化では大きく論旨が異なる。
だから、論文ではTCR再構成の電気泳動を出したのでしょ。

291Baggio ◆PtMr.S7nIk:2014/06/08(日) 18:58:27
>>280

そうですね。
議論は議論として、結論については我々は見守るしかありませんね。

292Yasu:2014/06/08(日) 19:12:45
>>289
だれに責任があるのか?は置いておいて、

処理前と処理後のデータが揃っていない状況で、
矛盾がある/無しの議論は出来ないと言う意見です。
社会の常識ではないか?

293人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/08(日) 19:13:18
>>287
すみません、人文系として素朴な疑問なのですが、STAP幹細胞についてTCR再構成が認められないことについて、3/5に発表された実験プロトコルでは「STAP細胞からSTAP幹細胞に変換するプロセスにおいて(理由ははっきり分からないが)TCR再構成を持つものを選択排除するような負のバイアスがあること」と予想したということになりそうですが、これを素直に読むと、CDBチームも本当のところはよく分からなかった、ということになるでしょうか。
ttp://www.riken.jp/pr/topics/2014/20140305_1/

いわゆる「疑惑」を取り外して素直に読めば、よく分からないがTCR再構成が認められなかった、というストーリーもありだと思いましたが、どうなのでしょうか。

STAP疑惑にまつわるTCR再構成問題については、STAP幹細胞やキメラにもTCR再構成が見られないなら、STAP細胞が分化された細胞からのinductionによって多能性を獲得したことの(完全な)証明にならないのではないかという疑義(広大の難波先生、慶大の吉村先生など)が示されてきましたが、CDBチームは上のような理由からSTAP幹細胞やキメラについてはTCR再構成を再確認はせず(あるいは出来ず)、とりあえずOct4出現でTCR再構成を確認しただけで良しとした、というようなことはあるでしょうか。

294人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/08(日) 19:46:13
>>290 Baggioさん
コメントありがとうございます。

理研を巡る今後の動きについては確かに見守るしかないのですが、私自身、今回の事件全体、またここの議論で学ぶべきことも多かったので、その成果を元に、いつか応用哲学の分野で研究倫理に関する報告や提言を行っていくことが出来ればと思っています。
研究倫理については今回の事件が示唆するように、適切な基準作りという点では端緒についたばかりで、議論すべきことが山積みという印象です。その意味で、今後の動きについても引き続き議論の場があればと思っております。

295人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/08(日) 19:48:10
>>294
すみませんアンカー間違えました。
×>>290>>291です。

296Yasu:2014/06/08(日) 20:04:01
ボクの意見ですが。
自然科学の研究に限れば、あまりウルサイ決め事は作らなくて良いと思います。

なぜなら、「実験による検証」が絶対条件だからです。
相対性理論が、アインシュタインの生前、実験検証されなかった為に、
ノーベル賞が与えられなかった事は有名です。(他の仕事にかこつけて授与
されてはいるが)

今回、(表明されている)検証チームが理研内部の組織、と言う特殊なケース
ではありますが、やはり「実験」に立脚した検証と言う浄化システムは機能
しています。
勿論、世間常識で言うところの「悪意のある捏造」は許されませんんが、
後は結構、緩くやれば良いと思います。

297人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/08(日) 20:06:29
>>292 Yasuさん

> 処理前と処理後のデータが揃っていない状況で、
> 矛盾がある/無しの議論は出来ないと言う意見です。

確かに報道などでは「先に疑惑ありき」的な論調が目立ちますが、とにかく疑わしいと思えるネタを探っているというのが実態でしょうか。
>>283でも揚げましたが、報道自体が不正確であったりミスリードを含むものである場合も散見されるので、その点は批判的に見ていく必要はあると私も思います。

298Baggio ◆PtMr.S7nIk:2014/06/08(日) 20:22:14
>>292

通常、実験に用いるマウスは遺伝子系統が保証されているマウスを正規の手続きで購入したものしか使えないので、若山氏が渡した実験で用いるマウスは遺伝子系列が分かっているものだけになります。
何系統のマウスを用いたかが解ればデータはデータベース化されているので、元細胞の解析は通常手順では必要ないです。
また、ラボのマウスの購入記録などと照合すれば、使用した可能性のあるマウスも判明します。

299人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/08(日) 20:46:42
>>296 Yasuさん

> 自然科学の研究に限れば、あまりウルサイ決め事は作らなくて良いと思います。

これはどちらかというと武田先生の見解に近いというべきでしょうか。
武田先生の見解は、個々の点ではかなり乱暴な調子があるものの、言わんとしていること全体としては一理あるとも思っています。
しかし、昨今では研究不正に関する話題が目白押しで、かつてのような性善説で十分だとは言っていられない現状もあるかと思います。
医学生物学の分野でも、ノバルティス事件、東大森口氏のiPS臨床研究不正事件、加藤元教授論文不正事件など、最近だけでも複数の不正疑惑があり、そこには「科学界の持つ構造的な問題」がある(九大中山先生)とまで言われます。その意味で研究不正を巡る現今の深刻な状況があると思います。
今回の小保方事件も、こういった流れの中で、特に分子生物学の分野で危機感を募らせている部分があるとすれば、研究不正に対して厳しい目を向けるべきという意見もまた、一理あると思います。

また前スレでのバイオ系さんのコメント(523番、576番)のコメントにあるとおり、分子生物学では多能性細胞の成果発表について、その評価に慎重にならざるを得ない事情があるようで、この点も外野からは分かりづらい側面だったと思います。

前スレ523番(>>168
> 幹細胞研究の当事者であればこそ、過去に多くの再現不能な幹細胞作成報告があったことを踏まえて、新規の報告には慎重にならざるを得ない

バイオ系さんによれば、すでに成果として認められているMuse細胞ですら、再現実験が困難であったり発表論文に誇張があったりするそうです(同576番コメント)。
このあたりも今回の小保方論文の適否について、 分生コミュニティーとその外部で評価を分けていることの一因になっていると、私は理解しています。

300人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/08(日) 21:01:47
>>298 Baggioさん
なるほどマウスについては購入記録などを照合すれば出自が分かるわけですね。

ところで全く関係ない質問で誠に恐縮なのですが、>>289でお示しになった産経記事で、「F1」のマウスというのは、B6/129のF1の意味ではないかという話がかつて「STAP細胞掲示板」の別スレで議論されたことがありましたが、これで正しいでしょうか。

F1というのは一代目の子どもという意味らしいので、何と何を交配したF1なのかが分からなければ議論にならないと思うのですが、>>283での6月3日NHK報道も相変わらず「F1」とやっていて、このあたりがよく分かりません。
もしご存じでしたらご教授頂ければ幸いです。

301Yasu:2014/06/08(日) 21:07:34
>>299
ボクは物理学の出ですが、
いわゆる生物関係の研究は、数物系で言うところの「現象論」だと認識しています。
つまり、各現象の裏側にある、基本的原理・・・例えばニュートンの法則のような・・・
を整理するところまで理解が到達していません。
特に、数式表現が出来ないので、実験結果も数値を使った評価が出来ないところが、
理論(原理)と実験の乖離を論じる時の、曖昧さを許す結果になっています。
厳しい言い方をすれば、学問としてはかなり原始的なレベルと言えます。

一方で、病気を治す、と言うプラクティカルな側面では、金、あるいは名誉が動きますから、
ご案内の様な不健全な事件も頻発しているのだと思います。

卑近な例で言えば、子供のスポーツ(サッカーなど)では、大人よりゆるやかなルールで行う
事が通常です。でなければ、より混乱が増大します。ハードルは上げれば良い、と言うもの
では無いと思います。

302Yasu:2014/06/08(日) 21:10:30
>>298
それは
1.誰もミスは犯していない。
2.誰かが恣意的な不正を犯したに違いない。

という前提の意見ですね?
それは、いかがなモノかと思います。

303名無しさん:2014/06/08(日) 21:13:33
幹細胞のシーケンス出たのにESとの照合をしていないはずはないから、幹細胞の遺伝子は理研のESとは違うのでしょうね。

304270:2014/06/08(日) 21:45:35
>>300
難波先生の見解ではそうだが、2chでは129を含んですらいないのでないかというのがあった。82番参照。初出はもっとさかのぼるようだ。
read2ch.net/newsplus/1395874441/
どちらが正しいか判断つきかねるが、いずれにしてもおかしいのは間違いない。

>>303
どこ情報かね? 出典を示されたし。

305名無しさん:2014/06/08(日) 21:52:58
Articleからstap細胞をどの系統のマウスから作成したかを記述した部分を取り出してみた。
どう読んでもB6と129のF1としか読めないんだけど?
(素人だから間違ってたらすみません。誰か教えてください。)
STAP cells (B6GFP CD45+ cells carrying cag-gfp
STAP-cell (B6GFP × 129/Sv; agouti) injection into blastocysts (ICR strain; albino).
STAP cells (B6GFP × 129/Sv).
STAP cells derived from Oct4-gfp C57BL/6 mice (left) and 129/Sv × C57BL/6 F1 mice (right).
129/Sv × B6GFP STAP cells
STAP cells derived from F1 GFP mice (B6GFP and DBA/2 or 129/Sv).

306名無しさん:2014/06/08(日) 22:00:41
1.誰もミスは犯していない。
2.誰かが恣意的な不正を犯したに違いない。

いいねー!
でも、2は、

2.誰か一人が恣意的な不正を犯したに違いない。

の間違いでは?
Yasuさん、がんばってください!

307Baggio ◆PtMr.S7nIk:2014/06/08(日) 22:01:48
>>300
>>305

B6と129のF1で合っていると思います。

308270:2014/06/08(日) 22:13:58
>>305
その記述が果たして正しいのかという問題もあります。
そもそも3/26時点での話は一応論文外の話でなかったか。

309Baggio ◆PtMr.S7nIk:2014/06/08(日) 22:35:43
>>302

そんな事は前提にしていません。
処理前のデータは、購入元によって真にその系統である事が保証され、元データも担保されると述べているだけです。
1kgの分銅が、真に1kgであると言う事について、作製した会社が規格に基づいた保証書を出す事と同じでしょうかね。


ttp://www.riken.jp/~/media/riken/about/reports/animals/animaltest-regulations.pdf
第25条 責任者は、実施した動物実験について、紙及び電子記録媒体、ラボノート ブック等一般的な有体物に記録するものとする。


となっているので、実験記録にマウスの系統や購入元を記載して保管していることが原則です。

310Yasu:2014/06/08(日) 22:39:20
>>309
業者から届いたマウスが、
小保方さんの手に届くまでに、一切のミスが無かった事は、
保証されていませんよね?

人間の赤ん坊の取り違えでさえ、不幸な事に起きています。

311305:2014/06/08(日) 22:45:01
>>307
ありがとうございます。少しすっきりしました。
ということは>>289産経の報道
「若山教授はこの細胞塊を凍結保存していたが、論文の画像不正疑惑などの問題を受け、改めて遺伝子を調べたところ、129系統ではなく、実験には使わなかったはずのB6とF1という別種のマウスの細胞だったことが判明。」
という記事は129とB6とのF1だった?つまり若山先生は「129だけで作ってみてね」と言ったのに「はい、できました」と渡された細胞は、無断でB6を掛け合わせたマウスから作られた細胞だったということ?

312名無しさん:2014/06/08(日) 22:51:23
>>281
理論計算の話ですが、TCR再構成したT細胞がSTAP幹細胞に変化する際の増殖速度が5%少ないと仮定すると、幹細胞での比率は1万分の一になるはずだから、この実験系でTCR再構成した幹細胞を検出できる可能性は絶望的かな。
10%少ないと仮定すると百万分の一以下になるし。

313源氏蛍 ◆VnRg4xmClA:2014/06/08(日) 23:21:46
>>284
参考のために申し上げておきますと、TCR再構成を起こしたT細胞からiPS細胞を作ることは既に成功しています。

ttp://news.mynavi.jp/news/2013/01/10/170/

314305:2014/06/08(日) 23:22:56
>>308
確かに論文の記述は何が真実のデータか疑わしい。
確かに論文外の話でした。
でも>>283NHKの報道の「「B6」と「CD1」という2種類のマウスの細胞だった疑いが強い」という記述も簡単には信じられません。F1という種類のマウス?

315源氏蛍 ◆VnRg4xmClA:2014/06/08(日) 23:31:07
それから、若山さんに対してSTAP幹細胞にTCR再構成が8株中3で起きていると伝えたのは小保方さんのようですね。
日経サイエンス6月号を読み直していたら若山さんの発言として載っていました。

今出先から書いているので手元に日経サイエンスが無いのですが、載っていた場所は56ページあたりの下のほうだったかなと思います。


それから私事で申し訳ありませんが、私生活がのっぴきならない状態になってきましたので、今後は書き込みの数が減ると思います。
STAP問題にのめり込みすぎて私生活がおろそかになっていたツケが回ってきました(笑)。
非常に名残惜しいのですがよろしくお願いします。

316Baggio ◆PtMr.S7nIk:2014/06/08(日) 23:35:58
>>310

もし、そう言ったミスならSTAP幹細胞の解析結果も1系統のマウスだけにならないとダメですけどね。
実験動物も飼育状況(交配させた場合の数の増加、安楽死も含む)の登録義務があり、毎年、記録の提出があるはずなので、購入記録と使用記録を照合すれば、ミスがあったかどうかはすぐに判明します。

317305:2014/06/09(月) 00:10:20
よく考えたら、>>283NHK報道のKahoさんのデータベースの遺伝子解析は意味ないのでは?
データベースのデータそのものが真正のものかどうか分からないから。

318Baggio ◆PtMr.S7nIk:2014/06/09(月) 00:32:13
>>317

遠藤高帆さんは、論文に疑義がある事を明らかにしようとしただけで、STAP細胞の真偽についてまでは言及をしていないと思います。

319名無しさん:2014/06/09(月) 00:32:42
>>316
その記録が杜撰だったから隠しているんだろ?理研はさ。

320305:2014/06/09(月) 00:34:30
>>318
なるほど了解です。ありがとうございました。

321人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/09(月) 00:34:51
>>301 Yasuさん
コメントありがとうございます。

> いわゆる生物関係の研究は、数物系で言うところの「現象論」だと認識しています。

> 特に、数式表現が出来ないので、実験結果も数値を使った評価が出来ないところが、
> 理論(原理)と実験の乖離を論じる時の、曖昧さを許す結果になっています。
> 厳しい言い方をすれば、学問としてはかなり原始的なレベルと言えます。

私も数学・論理学などの理論系の人たちと多少議論する機会もありますので、そのようなご意見は確かに理解できるところがあります。理論系の方の「数式化」への信頼は、絶大なものがありますね。
ただ、数式表現が出来ない分野を「原始的」と言っていいかどうかという点では、もはやそういう時代ではないのでは?と思います。それだけ科学の分野も裾野が広がっていますし、特に医学生物系のように成果次第では多額の資金が動くようなところでは、また独自の「基準作り」が必要だと思います。

他方、同じ応用系でも工学系では医学生物学系と違って検証が比較的容易に行われることから、研究不正についてさほどうるさく言わなくてもよいという事情は、前スレの工学系中年さんらのコメントでも明らかになりました。
その点で、同じ科学系といってもそれぞれで基準が異なっているわけで、例えば実験ノートや画像の真正さなどが問題となる分子生物学の分野は、固有な科学分野として独自の基準作りを必要としているということだろうと思います。>>299でバイオ系さんのコメントを引用したのも、そういった「分野固有の事情」を斟酌しなければ、正しい意味で「適切な基準作り」が出来ないだろうということを申し上げたかったからです。

322人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/09(月) 01:00:36
>>304 270さん
コメントありがとうございます。

実は、お示しになった2chスレ82番氏が引用している15番コメントは、閉鎖になった「STAP細胞掲示板」で行われた議論そのものです。
(2chの人たちも結構ここ(ないし以前の「STAP細胞掲示板」)を見ているようです)

この15番さんが提起した問題はつづきがあるのですが(私もちょっと参加しています)、結局ここでの暫定的な結論としては

(1)Nature論文で使われたキメラマウスはB6/129のF1
(2)それとは別に、若山氏は129のマウスを小保方氏に渡して、別なマウスでも同様の結果が出るのか試そうとした
(3)小保方氏は129でも成功したと言って細胞2株を渡したが、この細胞を検証すると実はB6とB6/129のF1由来だった(3/25の朝日、NHK、産経の報道)

というストーリーです。

上の議論は閉鎖になった掲示板の「STOP(再)宣言から・・・まだ続けるの?」スレ(まっちゃんさんスレの前スレに当たる)で行われたもので、こちらも不完全ながら過去ログが残っていました。こちらもアップロードしましたので、次のコメントでリンクを示します。

323人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/09(月) 01:04:08
>>168ここのスレの過去ログ一覧改訂版になります。
>>322で話題となっているスレの過去ログもアップロードしました。
ご活用下さい。

小保方さん、応援パートⅡ
ttp://fast-uploader.com/file/6957598202412/

小保方さん、応援
ttp://fast-uploader.com/file/6957598122116/

STOP(再)宣言から・・・まだ続けるの?
ttp://fast-uploader.com/file/6957795597675/

以前の「STAP細胞掲示板」では議論の盛り上がったスレが事実上の本スレという状態で、まっちゃんさんの「小保方さん、応援」スレの事実上の前スレに当たるのが新たに追加した過去ログです。元ポスドクさん(私とは別人)ご提案の「小保方氏による再実験」の可否で議論が盛り上がりました。
このスレは428番くらいまでコメントがあったはずですが、残念ながら404番までしか保存できていません。もし完全な過去ログをお持ちの方がおられたらご一報頂ければ幸いです。

324人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/09(月) 01:43:23
>>307 Baggioさん

> B6と129のF1で合っていると思います。

ご教授ありがとうございます。
ここの過去スレを当たってみましたが、ここでも同様の結論となっていました。
>>322-323

そうすると、>>283のNHK記事は、こちらはNature論文で作成したキメラのことであるとすると、

ttp://www3.nhk.or.jp/news/html/20140603/k10014947431000.html
------------------------------------------------------------------------
その結果、この細胞は「(※B6と129の)F1」という種類のマウスから作ったとされていたのに、実際には、この実験には使われていないはずの「B6」と「CD1」という2種類のマウスの細胞だった疑いが強いことが分かったということです。
------------------------------------------------------------------------
※は私が補足しました

ということになるのでしょうか。
(これで>>305さんの疑問解消になるでしょうか?)

325 ◆NJchXJ3rV6:2014/06/09(月) 02:09:17
>>322
>(2)それとは別に、若山氏は129のマウスを小保方氏に渡して、別なマウスでも同様の結果が出るのか試そうとした

そうか、そういう事だったのですね。
今まで、マウスの系統の事まで、深く考えたことがなかったので、
「あれ〜、若山氏は、129Svのオスのマウスを凹に渡してるのに、なんで論文では、F1キメラ作ったことになってるんだろ?」
とか、真剣に悩んじゃいましたww
私も素人なんで、あんまり深入りはしたくないのですが、やはり不正が蔓延する社会にはしたくないのです。
だから、この問題に関しては、ついつい熱くなってしまって、貴重な時間を浪費しております。
はやく、すべてが明らかになり、不正対策も強化して欲しいです。
次の、若山氏の会見で、いろいろと解決されることを期待してます。

326人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/09(月) 02:17:53
すみません、>>323でアップした過去ログは余計な広告バナーが残っていました。
再アップしましたのでこちらのリンクをご活用下さい。

STOP(再)宣言から・・・まだ続けるの?
ttp://fast-uploader.com/file/6957802892507/

327 ◆NJchXJ3rV6:2014/06/09(月) 03:16:47
今回、NGS解析で出てきたCD1という系統のマウス、、、
これ、ぐぐって調べてみても、何だかよくわからない。
かなり特殊な系統のマウス、なのではないでしょうか?

ということは、これの出所を辿っていけば、何かしら、解決の糸口を見い出せるかもしれない。
当然、理研は調査してるだろうけど、もし、CD1系統のマウスの購入履歴がないのであれば、
それは、既に樹立され、継代培養されている、CD1系統由来のESやTSを混入させたことの、確たる証拠となるだろう。
なぜなら、購入履歴のないCD1系統のマウスの脾臓細胞を、STAPを作るための試料として利用することはできないからだ。
つまり、STAP細胞は、脾臓細胞から作られたのではなく、
継代培養されている、CD1系統由来の細胞(おそらくESかTS)を、意図的に混入させてできたことを意味するのだ。
CD1系統が特殊な系統である以上、コンタミはあり得ない。混入は、100%、意図的なのだ。

まずやるべきは、ESやTSを保管しているのは、誰かを調べることだ。
次に、そのESやTSが、CD1系統由来かどうかを、調べること。
かなり特殊な系統である、CD1系統由来のESやTSを保持している人がいれば、
その人が混入の犯人である。または、それをこっそり拝借できる人が、犯人である。

しかし、もう誰も持っていないかな? 既に、処分されてしまったかな? さて、寝るか・・・

328人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/09(月) 03:37:37
>>325
コメントありがとうございます。、
若山氏がNature論文の実験とは別に渡したマウス(129系)については、そういうことのようです。

ちなみに、Nature論文では、articleの645ページで「B6GFP×129/Sv」が言及されている以外に、644ページでは「CD45+ cel-derived STAP cells (from F1 mice of B6GFP×129/Sv or DBA/2)」という表現もあり、そうするとB6と129のF1ばかりでなくB6とDBA/2のF1も使われていたということになるでしょうか。
さらにletter論文では「shown with Rosa26-GFP」というような表現もありますが(677ページ)、これに関連して上の過去ログ(>>326)では、B6の雑種由来のES細胞は極めて少なく、また129マウスも129SvRosa26-GFPであれば希少種で、これがES細胞による捏造説とどう関連するかについても議論されていました(結論は出ていませんが)。
B6と129のF1も129SvRosa26-GFPも希少種だとすると、結果的にはこれを使ったES細胞捏造説という可能性は低くなるでしょうか。ただし、6月3日のNHK報道ではCD1というさらに別なマウスも登場しているので、ややこしいです。

私のような人文系の部外者はどう評価していいかさっぱり分かりませんが、分子生物学に詳しい皆さんのコメントを期待したいと思います。

>>327
CD1(ICR)マウスについては研究用によく使われているマウスらしいです。
たとえば
ttp://www.crj.co.jp/product/domestic/detail/37
ttp://endocrine.seitai.saitama-u.ac.jp/research02.html

理研のサイトによれば、ICR由来のES細胞は2種類ほどあるようです。
ttp://www2.brc.riken.jp/lab/cell/s5_list.cgi?key=e

ところでB6(C57BL/6)は黒色のマウスで、CD1(ICR)は白色のマウスのようですね。こういった知識もあると、分かる人はマウスを見ただけで分かるということになるのでしょうか。

329名無しさん:2014/06/09(月) 09:31:53
幹細胞のシーケンスデータと理研保有のESは一致したのかな?
一致していれば、話は早いんだけどー。

330Yasu:2014/06/09(月) 10:11:55
>>329
シーケンスデータが簡単に取れるのなら、それでES細胞混入の疑惑には決着が
付きますね。
Nature論文不正に関する再調査を、理研は「行わない」としていますから、
データを持っていたとしても、言及はしないのかも知れません。

331Baggio ◆PtMr.S7nIk:2014/06/09(月) 10:56:57
>>319

内部規定(文科省からの通達)で決まっている動物実験の管理記録の杜撰さについては、我々で判断出来る所ではないので。
山中先生が、マウスが飼育室外に出てしまって謝罪したのも、これらの動物実験の管理についての責任です。
これに違反していれば、若山氏と小保方氏に処分が追加されるだけの事。

332Baggio ◆PtMr.S7nIk:2014/06/09(月) 11:02:18
>>324

第三者機関での解析については、どの幹細胞を解析したのかは、不明ですね。
最初の8株であれば、論文とは関係なく、129系統でやりたいと言って渡したものだと思われます。

最初の2株で129系統ではない129/B6/F1とB6であると出た事を受けて、保有している20株すべてを解析すると言っていたので、そちらの解析結果の中から抜粋している可能性もあります。
明らかにされていませんので、若山氏の記者会見を待つしか無いと思います。

幹細胞は全部オスだと言うコメントにも、疑惑がかけられているので、そちらも併せて記者会見で公表されるでしょう。
ただし、小保方氏は自身の保有株を調べた所、メスもあったと言う事についてこの分析結果はどこにも提示されていないようです。

333Yasu:2014/06/09(月) 11:38:04
状況を整理しませんか?

若山先生は、Nature論文を撤回しましょう、という呼びかけをされていた。
関係者にメールするなりで、済む事ですが、小保方さんと連絡が取れないので、
会見を開いたと言った内容の発言がありました。
結果的にNature論文は撤回される(予定)ので、若山先生から「世間一般」に
対しての声明は出ない、と推察されます。(するべきでも無い)

若山先生が独自に調査、試験した結果は、理研上層部には届いている模様ですが、
若山先生が公式にコメントしたわけではなく、いわゆるリーク情報に基づいた
マスコミ報道が出ているだけです。

334工学修士 ◆1QjlWVrdTI:2014/06/09(月) 12:21:59
>>333
>結果的にNature論文は撤回される(予定)ので、若山先生から「世間一般」に
>対しての声明は出ない、と推察されます。(するべきでも無い)

それは分からないが
自分は若山氏は記者会見すべきだと思う。

今のところ、論文不正(電気泳動の合成とか酷い・・・)に加え、
STAPができた証拠は一つもなく、小保方氏は実験不正もしたのではないかとの疑いが濃くなっていく中で
論文撤回したから不問としていいのか?と非常に疑問に思う。

また同じようなことが起こったときに、論文撤回すればいいという
悪しき前例となるし。

335工学修士 ◆1QjlWVrdTI:2014/06/09(月) 12:33:30
>>296

一応、突っ込んどくけど・・・
アインシュタインの功績だけど
相対性理論は生前から評価されてたよ。

>1919年にアーサー・エディントンが皆既日食を利用して、一般相対性理論により予測された太陽近傍での光の曲がりを確認したことにより、理論の正しさが認められ、世間への認知が一気に広まった。

アインシュタインは1919年前から亡くなってたの?

ノーベル賞は他の論文でもらってたから、二つ目は貰えなかっただけ。
キュリー夫人は2つ貰ったが、アインシュタイン当時はノーベル賞は2つ貰えないようになってたようだ。

336Yasu:2014/06/09(月) 12:58:12
>>335
>1919年にアーサー・エディントンが皆既日食を利用して、一般相対性理論により
予測された太陽近傍での光の曲がりを確認したことにより、
理論の正しさが認められ、世間への認知が一気に広まった。

この実験の正しさには、疑問が唱えられています。
ノーベル賞が見送られた理由は、正確には解りませんが、
当時、誰もが納得できるレベルには認知されていなかったと思われます。

337名無しさん:2014/06/09(月) 18:21:33
>>335
そんな規定はないよ

338工学修士 ◆1QjlWVrdTI:2014/06/09(月) 18:52:23
>>337
そうね、勘違いだった。失礼。

339Yasu:2014/06/09(月) 19:45:31
ボクに賞が出ないのは、
規定の為だと思う。

340305:2014/06/09(月) 20:55:59
>>324
なるほど。おかげで頭の中が少しすっきりしました。ありがとうございます。
ただひとつ不可解なことは129系統の遺伝子が全く検出されなかったかのように読めることですね。それとも129系統+B6+CD1のデータが検出されたのか?また一体何のデータなのか?キメラなのか、細胞なのか、幹細胞なのか?
キメラだとするとarticleのfigure 4にc, Adult chimaeric mice generated by STAP-cell (B6GFP × 129/Sv; agouti) injection into blastocysts (ICR strain; albino).とある。
これって「CD1系アルビノにB6/129のF1から作成したSTAP細胞をインジェクションして作ったキメラマウス」という意味としかとれないんだけど、そうだとするとCD1(=ICR)由来のDNAが検出されても何の不思議もない気がするのですが、間違ってるかな?

341Yasu:2014/06/09(月) 21:44:04
>>340
ほとんどボクの推察なんですがね。
小保方さんと若山先生の間の連絡に、混乱があったのだと思います。
(小保方さんのノートを見ると、彼女自身に混乱があるのかも知れません)
若山先生は、その点が釈然としないので、自分を納得させるために、
調査をされているのだと思います。

その結果の断片が(恐らく恣意的に)理研内部からリークされているのです。
繰り返しますが、若山先生が口頭で伝えられていた話と、その後、理研から
発表された内容の食い違いを調査(確認)する話の一部を、作為的にリーク
している為に、小保方さんがキワドイ、捏造隠蔽工作をしている様に見えるのだと
思います。

342名無しさん:2014/06/09(月) 22:02:25
若山先生、もしかしたらT細胞全てにTCR再構成があると思っていたのかも?
この話、免疫屋さんの間では常識なのですが、他の分生の人に聞いたら意外そうな顔をされたので、それほどメジャーではない?
若山先生は、STAP幹細胞にTCR再構成がないと知って動き始めたから、もしかしたら、誤解による暴走?

343Yasu:2014/06/09(月) 22:43:43
>>342
若山先生は、STAP幹細胞にTCR再構成がないと知って動き始めたから、
もしかしたら、誤解による暴走?

聞いていた話と、違うじゃない?程度の内輪話だったのではないか?
理研内部に「敵」がいるのでしょうね。
秘密裏に進められたプロジェクトは、快く思わない人が出てくる事は、
避けられません。

344名無しさん:2014/06/10(火) 05:57:03
>>342
もしそうだとすると、おぼちゃんは、軽い気持ちでTCR再構成あるんじゃない、たぶん。

と若山先生に言ったかもしれないけれど、若山先生の方は8クローン全てにTCR再構成がないと知って、ESつかまされた?!と激焦った可能性もあるね。

おぼちゃんにメールしても返事が来ないから、なおさら騙された感を募らせた?

そう考えれば、日経サイエンスのOct4陽性細胞までは固い発言も納得できるね。

345人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/10(火) 06:51:59
>>332 Baggioさん
コメントありがとうございます。

すみません。私自身>>283の報道報告以来、議論をごっちゃにして進めてしまった嫌いがありますので、Baggioさんからいただいたコメントを契機に、少し整理してみます。

まず、>>283での毎日新聞報道とNHK報道は、関連はしているが全く別の案件に関する報道で、

(1)若山教授が所持していたSTAP幹細胞(おそらく20株)について若山教授自身が第三者機関に調査を委ね、その結果が近々記者会見で発表される(毎日新聞)
(2)STAP細胞のものとして理研に残されているデータを(kaho氏らが)分析したことによって、実験で本来使われていなかったはずのマウスが使用されていたという疑惑が発覚した(NHK)

になります。
まず、(1)についてはおそらく4月中旬に発覚したSTAP幹細胞の「オス」「メス」騒動に関連して発表された、若山さん自身が所持している20株のSTAP幹細胞が、第三者機関に解析を依頼されていると報道されたもの(下記)を受けてのものだと思われます。これについては毎日記事の書き方が曖昧で、具体的な内容がよく分かりません。その点でBaggioさんのご指摘(>>332)の通り、詳細は記者会見を待つしかないようです。また、この20株のうち、幾つかは>>322で指摘した129系やB6、B6/129のF1マウス由来になるのでは?と思うのですが、これらの関係もまだよく分かりません。

朝日新聞
「残存の幹細胞、第三者が解析」 小保方氏「メスも存在」、本紙に反論 STAP論文
2014年4月15日05時00分
ttp://www.asahi.com/articles/DA3S11084677.html

(2)についてはkahoさん(遠藤高帆さん)の報告書がいよいよ公にされたということで、その内容の一部がNHK記者に(部分的に)リークされたもののようです。これはNature論文に発表されたSTAP細胞発見の元データとなるはずのもので、NHKが「F1」と報道しているマウスは、>>305さんご指摘の通りarticle論文では「B6と129のF1」となっており、このことを指すのではないか(>>324)というのが今のところの結論です(ただし同論文ではB6とDBA/2のF1も使っているような書き方もしています >>328)。ただしNHK発表のCD1マウスについては>>305さんが別の疑義(>>340)を示されていますので、こちらは要検討となるでしょうか。他にNHKで出てきたB6マウスについては、よく分かりません(が(1)の若山教授所持の株でB6由来の細胞株が登場しています)。
なおNHKの報道では、STAP捏造疑惑としてES、TS混入説を強く示唆した内容になっていますが、これについては>>7栗田覚さんが「ESとTSを混ぜて培養しても、STAP細胞のようなものにはならない」と否定的な見解を述べられています。

以上かんたんにまとめてみましたが、間違いなどありましたらご指摘頂ければ幸いです。

346名無しさん:2014/06/10(火) 07:50:35
幹細胞については、報道を総合すると、20株樹立した。
それとは別に129系統から2株樹立した。
状態の良い8株+2株以外は若山先生が山梨大に移動するときに廃棄した(メスは廃棄した株)。
残り8株は株分けして、同じものを小保方と若山が保有することにした。
だから、理研保有の8株と若山保有の8株は同じもの。
2株は129系統から作ったはずの幹細胞で若山オリジナル。
3月に独自に系統解析をしたのは10株全て(若山オリジナルの2株で系統異常)。
今回、第三者機関に依頼して解析したのが何かは判然としないけれど、若山オリジナルの2株だと思います。
8株であれば理研にもあるし、その株の解析は理研が強固に反対しているので、若山先生も解析に出せないのだと思います。

347名無しさん:2014/06/10(火) 07:54:32
>>344
私もTCRの問題は追試開始前に考えました。
吉村先生から、全てのT細胞で起こるわけではないと聞いて、STAPはあると考えて追試を始めました。

348工学修士 ◆1QjlWVrdTI:2014/06/10(火) 09:13:51
>>344
TCR再構成は論文の要。分化した細胞が初期化したというね。
だからこそSTAPは凄いという話になった。

でも理研のプロトコル開示では、TCR再構成ないって話になる。
論文と違うことを言ってる。
だから若山氏が論文撤回呼び掛けるのは当たり前。
むしろ、若山氏以外が呼び掛けなかったのがおかしい。

349Yasu:2014/06/10(火) 09:27:57
>>348
理研のプロトコルでは、
TCR再構成の無い事と、古い(成熟した)細胞が符合するから、
若い細胞を使わないと上手く行きません、と注意喚起しているのです。

350人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/10(火) 09:43:56
>>340 305さん
コメントありがとうございます。

とりあえず>>345で今までの経緯をまとめてみたつもりだったのですが、>>305さんのご発言も含めてもう一度Nature論文を見てみると、どうもさらに不可解なところが出てきました。

4月中頃に「STAP細胞掲示板」で議論されたもの(>>322)、ないし6月3日NHKでの「F1」マウス報道(>>324)から、本来Nature論文でSTAP細胞が作られたのは「B6と129のF1」マウスではないかと推定したのですが、Natureのarticle論文(=>>305での一覧)によると

> STAP cells (B6GFP CD45+ cells carrying cag-gfp)

という表現が出てきて(pp.644-645)、要はB6純系マウスでもSTAP細胞を作ったことになっています。p.646ではOct4-GFPマウスもC57/BL6(つまりB6)だという表現も出てきますので、そうすると、小保方氏が129だと言って若山教授に渡したSTAP幹細胞株がB6やB6/129のF1であることはある意味で自然(つまり元々Nature論文時代に作っていた)ということになるのでしょうか。
そうすると、NHKが「STAP細胞を培養して出来た細胞」が「「F1」という種類のマウスから作ったとされていた」というのは論文全般のことではなく、ある特定のデータ(例えばkahoさんの解析したChip-seqのデータ?)についてのことだという話になるのでしょうか。結局開示された情報だけでは、よく分かりません。

あと、305さんからご提示頂いた

> Adult chimaeric mice generated by STAP-cell (B6GFP × 129/Sv; agouti) injection into blastocysts (ICR strain; albino).

は確かに「B6/129のF1マウス由来のSTAP細胞をTCR(CD1)マウスの胚盤胞にインジェクションした」と読めますね。CD1はインジェクションの相手なのでこれ由来のSTAP幹細胞というのも妙ですが、要は使い回しをしているうちにいろんなタイプの幹細胞株が出来たということでしょうか。
どうも与えられた情報からは確実なところはさっぱり分からないようです。

351Yasu:2014/06/10(火) 09:59:44
>>350
情報が、恣意的にネガティブセレクションされているのですよ。

若山先生が、小保方さんとのやりとり(会話)で、誤解、聞き違いをしている
事は確からしい。そのことを若山先生は確認しているのです。

少し話が逸れますが、
kahoと言う人物は、匿名で実名人物を批判する、と言う大人げない行動を
とっている自覚が無いのでしょうかね?

352工学修士 ◆1QjlWVrdTI:2014/06/10(火) 10:09:09
>>349
若い細胞を使えばTCR再構成されるって、どこに書いてあるのだ?
具体的にご指摘願いたいな。

353人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/10(火) 10:16:45
>>346
コメントありがとうございます。

> 状態の良い8株+2株以外は若山先生が山梨大に移動するときに廃棄した(メスは廃棄した株)。
> 残り8株は株分けして、同じものを小保方と若山が保有することにした。

たしかこの話もどこかで聞いた記憶がありますが、とにかくいろいろなことが起こるので失念しておりました。もしソースが分かればご教授頂ければ幸いです。
そうすると理研に残っている8株は、元々小保方氏所有だった20株のうちの8株だということになるのでしょうか。どうもこの辺の正確なところがメディアの報道からは伝わってきませんね。
結局残っているのが8株ずつ(プラス2株)ということになると、作ったもののうち検証できるのは部分的なものに過ぎないかのも知れませんが。

354名無しさん:2014/06/10(火) 10:17:15
>>346
40株となっていますが。その後20株廃棄と。
理研のと同一の株が出されていなくても10株は解析に出されているはず。もし↓のが違うなら出典を示して頂けませんか。
www.asahi.com/sp/articles/photo/AS20140415000384.html

355人文系ポスドク ◆VltbcUwotE:2014/06/10(火) 10:25:26
>>348 工学修士さん

> でも理研のプロトコル開示では、TCR再構成ないって話になる。
> 論文と違うことを言ってる。

いえ、事柄はそれほど単純ではなくて、
まずNature論文で主張されたのは、あくまでOct4-GFPの時点(STAP細胞出現の時点)でTCR再構成が確認されたという話です(article: p.642)。
それに対し、3/5の実験プロトコルの話は、そのSTAP細胞からSTAP幹細胞を樹立した時に、「STAP幹細胞では」TCR再構成が確認できなかった、という話です。
そこで、プロトコルではどうして「幹細胞」ではTCR再構成を確認できなかったかをいろいろ類推しているということです(Protocol Excange: p.8)。

慶大・吉村先生らの指摘は、TCR再構成がOct4-GFP時点ばかりでなく、STAP幹細胞やキメラでも確認できなければ、「分化された細胞からinductionされたSTAP細胞が、最終的に多能性かつ増殖性のある細胞として役立つということ」全体が証明されていないのでは?という疑義だったと思います。
この指摘は正しいわけですが、他方でNature論文とプロトコルでの「TCR再構成」別なステップでの話なので、それ自体は矛盾してはいないわけです。

356名無しさん:2014/06/10(火) 10:25:34
>>352
この方を相手にすべきでないと思われます。
あなたも(コテハン通り修士の方ですよね?)少なくともあの論文は撤回が妥当というのは遅くとも3月中に把握したのでは。この方は自身論文書いたと主張しているにも関わらず撤回に反対というのを4月以降も繰り広げた人です。詳しくは別スレ参照。

357Baggio ◆PtMr.S7nIk:2014/06/10(火) 10:28:01
>>346

間違っています。
幹細胞の樹立は43株です。
ttp://www.asahi.com/articles/DA3S11084677.html

20株くらいは廃棄されていて、同一の20株を小保方氏と分け合ったとあるので、理研に保有されている物と若山氏が持っている20株は同一のもの。
なので、解析結果が出れば、メスが入っていたかどうかも解る。

ネーチャーのブログにも論文で説明されている8株を含む20株が解析に出されたと書かれている。
ttp://blogs.nature.com/news/2014/06/genetic-tests-suggest-stap-stem-cells-never-existed.html

なので、保有しているすべての幹細胞を解析に出されています。
その結果がどういう物なのかが明らかになっていないと言うだけ。
ES細胞とTS細胞の混在らしいと言うのも、先に出した8株の結果なのか、20株すべての結果なのかが不明と言うこと。

358Yasu:2014/06/10(火) 10:28:26
>>352
ttp://www.riken.jp/pr/topics/2014/20140305_1/

8ページを見てください。
(NGワードが使われているそうで、貼り付けが出来ません)




掲示板管理者へ連絡 無料レンタル掲示板