에드워드와 그 남동생 아르폰스는, 유 나무일에 돌아가신 모친을 생각한 나머지, 죽은 인간을 소생하게 한다고 하는 연금술 최대의 금기, 인체련성을 가 버린다. 그러나 련성은 실패해, 에드워드는 왼발을, 아르폰스는 몸모두를 잃는다. 당신의 오른 팔과 교환에, 간신히 남동생의 영혼을 련 이루어, 요로이에 정착 시키기로 성공했지만, 그 대상은 너무 너무 큰 것에서 만났다. 에드워드는 아르폰스와 함께, 잃은 모두를 되찾기 (위해)때문에, 절대인 력을 가지는 「현자의 돌」을 찾는 여행을 떠난다. 오른손과 왼발을 강의 의지 「기계요로이(자동 제어 장치 일)」에 바꾼 그를, 사람은 「강의 연금 술사」라고 부른다…….
