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STAP問題の全解に向けて、その15

1 :2017/12/22(金) 12:38:51
イェイ。

901 在原業平 :2018/01/09(火) 07:34:07
今は彼の立論の形が理解できるんで

今は彼の立論の形が理解でき無いんで

902 小野小町 :2018/01/09(火) 07:54:51
TSさんは染色体Mの12188番T塩基であるはずのところにA塩基が混ざっていると指摘しているのね。
DRR028632 FLS3 T:1949(49%) A:1992(50%)
DRR028633 FLS3 T:1912(49%) A:2015(51%)
DRR028646 FES1 T:3625(80%) A:921(20%)
DRR028638 129/GFP ES T:2963(80%) A:733(20%)
SRR1171585 STAP-SC(FLS?Acr) T:1245(85%) A:217(15%) ??

903 在原業平 :2018/01/09(火) 07:59:33
そうだね。まずはこれがなぜかと言う問題。そして同時に歯に幹細胞であるCTSにはないねと言ってる。
「たった16Kbしかないミトコンドリアでくっきり1箇所。 CTS1だけない。 確定かな?」と書いた。
これがまた例によって思わせぶりで説明が無い。
>>
SRR1171569 FI-SC(CTS?Acr) T: 144(100%) A:0
DRR028642 CTS1 T:3718(100%) A:4
DRR028643 CTS1 T:3667(100%) A:5

904 在原業平 :2018/01/09(火) 08:01:11
歯に幹細胞→FI幹細胞

905 小野小町 :2018/01/09(火) 08:11:25
そうね。そしたら和モガさんが参入してきて、金華豚の論文を引き合いに出して
これはntESを作った時のリシピエント卵の細胞質の中のミトコンドリアにドナー核の
周囲にわずかに残っていた細胞質の中のミトコンドリアが混じりこんだ
ヘテロプラスミーの証だとしたのね。こういうことがしばしば起こるというのが金華豚の
論文の主旨だわね。ちょっと今忘れたけど6割くらいだったかしらねえ。

906 在原業平 :2018/01/09(火) 08:23:38
FES1は受精卵ESだということになっている。129/B6なんで12188番はTなんだ。
そこになぜAが混じっているのかということが問題になった。FES2にはAは混じっていない。
ただ、これは作るときに株が違うと、小町ちゃんが言ったように6割にしか起こらないものだから
FES1にヘテロプラズミーが起きて、FES2には起こらなかったと解釈することもできる。
和モガさんは曖昧な書き方をしているが、FESが受精卵ESであったら129が母親なのでTになる。
無論Aが入る理由はない。でもこれがntESだったらリシピエントのミトコンドリアがTでドナー核に
付随していた細胞質のミトコンドリアがAだったということになる。つまり、ドナーの母親がAだということだ。

907 デラ・ストリート :2018/01/09(火) 08:27:07
和モガさんの以下は勘違いじゃないのかということね。ntESの時はベースがリシピエントだということね。
>>
AとTが両方でるのは、FLS3が体細胞クローンで12,188番のTの塩基はドナーの129B6F1の129系塩基T(②)に、レシピエントのmtDNA(おそらくICRマウスで塩基はA)が混在しているからだと思われる。

908 ペリー・メイスン :2018/01/09(火) 08:33:17
その後、Tsさんもヘテロプラスミーに関心を持ってコメント欄に以下のように書き込まれたんだね。
>>
「ミトコンドリアゲノムの初期化機構を発見」
riken.jp/pr/press/2016/20160428_1/
培養過程では、ヘテロプラスミーからホモプラスミーへの“リセット”は難しいらしい。
しかし、CTS1はできたというのだろうか?
2017/12/9(土) 午後 10:16[ Ts.Marker ]返信する

909 在原業平 :2018/01/09(火) 08:40:29
我々もここでこのことを論じたんだけど、その所為かどうかは分からないが
TSさんはその後Aを持つミトコンドリアを追い求めてNOD/ShiLtJ マウスに
行きついた。これは超免疫不全マウスと呼ばれているもので、普通は
ntESを作るときのドナー核のF1には使わないものだ。それで我々は今
このヘテロプラズミーの可能性から全部含めてペンディングしているんだ。
TSさんも今そこで沈黙してしまっている。でも同じ場所に二つの塩基が
混じっているという事実は動かないんだ。問題は存在している。

910 小野小町 :2018/01/09(火) 08:51:11
一方で若山さんによるチューブの中身の入れ替えが問題なっているのよね。
上述したヘテロプラスミーの有無である以前に、FES1とFES2はOoboeさん達が
追っている入れ替え問題にも絡んでるのね。
>>
DRR028646 FES1 T:3625(80%) A:921(20%)
DRR028652 FES2 T:5307(100%) A:4

911 在原業平 :2018/01/09(火) 08:56:43
和モガさんの<おそらくICRマウスで塩基はA)という予想もTSさんによってクエスチョン入りだけど
覆されているくさい。我々がこの問題をペンディングしている理由は理解してもらえるよな。
>>
SRR2917581 ICR ? T:219(100%) A:0

912 小野小町 :2018/01/09(火) 09:08:39
そしてここにアルイミオウジさんのFLS1のデータ発見が加わったわけね。
>>
阿塁未央児 @aruimiouji 5時間

FLS1の二つには、「chrM:16,105」にもはっきりとした「色分け」された変異があった。
物議を醸す「chrM:12,188」は、R2はAが8%だがR1は0だった。
何が何でもntESとしたいのであれば、これらの二箇所に変異のある核移植のレシピエントとして使われたマウスを探す必要がある。
Tsさんの見つけた>>

913 在原業平 :2018/01/09(火) 09:18:28
分かりません、としか言いようがないね。彼らの進展を待とう。いずれにせよ
解釈はともかくとして、事実の確定が大事だ。
そうそう、思い出したが和モガさんがX1とTerに関する桂報告の結果を自分でも
確認したというのはとても大事なことで、いまや、桂調査はそれ自身が疑惑の
対象だからね。いつもデカルトの懐疑を伴わないでは読まれ得ないものに成り下がっている。
我々が最初のころ桂報告を信頼して小保方さんの捏造であることを証明してやろうと
意気込んでいた時とはえらい様変わりだ。もはや検証で事実と確認されていないことは
全部嘘だと思われているような有様だからね。

914 小野小町 :2018/01/09(火) 09:32:54
私たちは別に彼女が犯人だと思ってたんじゃなくて、桂報告のあれだけの詳細を
読めば犯人が分からないということはあり得ず、かつ、桂報告は小保方さんだと
仄めかしていたのは間違いない以上、犯人を捜すというのは桂報告を
信頼する限り小保方さんが犯人だという証明をすることになるしかなかったのよね。

915 在原業平 :2018/01/09(火) 09:44:08
その通りだ。無論小保方さんがそんなことをするかなあという思いは常にあって、
逆に若山さんだってそんなことしないだろうと、誰でも思うことは我々も思っていたんだよ。
だから最初はこれは何かの誤解で自然界の不可思議が原因なんだろうと思っていたし、
さもなければチャンコロの陰謀で李が怪しいなんて推測もしていた。でも最終的に
桂報告が出て、これはFES1がFLSやCTS1に混入したものだ、AC129はコントロールESが混入だ、
GLSは学生のGOFESだということになった。そして犯人は分からないとしたんで、バカ言うなと
いうことになったんだろ。

916 小野小町 :2018/01/09(火) 09:47:36
捏造かどうか分からない。犯人も分からないとしたんで、皆がきつねに鼻を
つままれたような気分になったのよね。そんなバカな話がどこにあるんだと。

917 :2018/01/09(火) 09:53:01
理系のこの分野の若造博士が何千人いるか知らないが、この分野以外の
一般人たる国民は半分が大人だとして数千万人居るんだぞ。国民を舐めてるんのか。

918 遠山金四郎 :2018/01/09(火) 09:56:35
この桜吹雪が目に入らねうか!

919 在原業平 :2018/01/09(火) 09:58:31
川上さん!

920 川上のぼる :2018/01/09(火) 10:00:35
すまん、すまん。最近出番がなくての。
三橋貴明さんみたいに人騒がせしたのう。犬も食わん。

921 小野小町 :2018/01/09(火) 10:04:47
桂報告がしっかり証明出来てたらよかったんだけど、調べれば調べるほど
証拠が隠されているということに気づかされたわね。つまり犯人は分からないと
いう結論にするために肝心な確証部分を隠している、それが一か所だけでないわけね。
最初は小保方さんの後々の人生のために大目に見てやってるのかと思ってたら
とんでもなかったのよね。

922 在原業平 :2018/01/09(火) 10:10:25
それどころか、どうやら桂チームは結論が出せなくて思い込みのストーリーに
合わせて分析を恣意的に操作している疑義も出てきた。テラトーマから体細胞が
出て来たということの不思議をなんら問い詰めもしていない。誰が捏造するにしても
皮下に入れた細胞を調べるのに体腔内の脾臓や小腸に切り込むバカがどこに居るというんだ。
そんなことしなければならない理由がない。ESで捏造すれば済むはなしだ。

923 小野小町 :2018/01/09(火) 10:15:03
どこにあったか分からない太田ESを解凍しなければ使えないということを知っているにも
関わらず、そんなものを解凍するということは意図的であるに決まってるでしょうという
ことにすら気づいてないふりをするのね。悪質よね。

924 在原業平 :2018/01/09(火) 10:22:21
テラトーマも本当にリシピエントの体細胞だというなら、リシピエントマウスの
全ゲノム解析したら分かるじゃないか。使われているのは免疫不全マウスなんだぜ。
それをただ、GFPがないから体細胞だとした。この体細胞が裸マウスじゃなかったら
ntESを共培養するときのリシピエント胚の可能性もあると分かるじゃないか。
気づかなかったというなら間抜けも極まってるじゃないか。そんなわけないだろ。
悪質だな。

925 小野小町 :2018/01/09(火) 10:25:34
そもそもあれだけのESを実験に合わせて使い分けているのに意図的コンタミか
どうか分からないって、無理があるわよね。このことは桃子や詫摩さんすら
指摘していることよね。もっとも彼女らは小保方さんを庇っているという視点で
指摘してるんだわね。

926 :2018/01/09(火) 10:30:27
こういうことには警察を入れるという法律に変えないと駄目だということだね。
警察も鑑識、科捜研を強化して博士さんたちを沢山雇ってやると雇用対策にもなるね。
これからAIとロボットの時代になるんで公務に人を入れて行って国家目標や
全人類の役に立つ目標に人々を奉仕させるべきだよね。

927 ふふふ :2018/01/09(火) 10:31:30
鉄、どうしたんだ、一体。新年早々。生まれ変わったのかい。

928 :2018/01/09(火) 10:32:44
ぐすっ。

929 ふふふ :2018/01/09(火) 10:33:24
なんだ、風邪で熱があるだけなのかい。

930 タカハシワケ :2018/01/09(火) 10:35:34
公務員のふんどしを締め直させるのが先だな。そのためには文科省なんて
ちんけなところからじゃなくて財務省から始めないとな。

931 川上のぼる :2018/01/09(火) 10:37:36
あなたのご子孫みたいにすわ時計事件かと思いきや、犬も食わないなんて
肩透かしでしたなあ。

932 在原業平 :2018/01/09(火) 10:38:47
まあ、それはそれ、これはこれ、我々の今の話題は今の話題ということで願います。

933 川上のぼる :2018/01/09(火) 10:40:47
子供みたいな嫁をもらうからそうなるんだ。

934 在原業平 :2018/01/09(火) 10:41:38
川上さん!

935 川上のぼる :2018/01/09(火) 10:43:09
交番の若い警察官も困ったろうな。いひひ。

936 タカハシワケ :2018/01/09(火) 10:47:34
三橋さんには財務省の性根を叩き直すために頑張ってもらわないといけないからな。
まあ、、、仲良うしなはれや。。。

937 小野小町 :2018/01/09(火) 10:50:02
便所の白壁の残りが少なくなったからわざと雑談ばかりしてるのね。
学さんの書き込みの感想でも書いたら?

938 在原業平 :2018/01/09(火) 10:53:58
利害対立者の陰謀論を構築するんだったらもうそろそろ誰がそんなことをしたのかということを
具体的に検証して行かないといけないよ。この論はいろんなニュアンスがあるんだけど、和モガさん、
Tsさん、佐藤さん、Ooboeさん達に根強く残ってる疑念なんだよな。要するに若山、小保方の二人では
ないのだと。

939 小野小町 :2018/01/09(火) 10:59:28
この論は若山さんも最終的にはこの陰謀者たちの方に加担せざるを得なくなって
いったというストーリーになっていくんでょうね。つまりは大きな目で見ると
若山さん犯人論になるのよね。小保方さんを陥れることになってるわよね。

940 在原業平 :2018/01/09(火) 11:04:37
本当は論文通りにキメラも幹細胞もできていたんだ。たから若山さんはずっと
論文発表以降もあると言いづけていたと。でも何らかの利害関係者からの
圧力があって、若山さんはその圧力に負けたのだということになるんだったら
まさに若山さんが嘘をついている犯人だよ。なぜそんな嘘をついたのだという
動機が圧力者たちの脅迫なのだというだけの話しだ。ぜんぜん若山さん
無罪説にならないよ。

941 一言居士 :2018/01/09(火) 11:12:23
若山さんも小保方さんもいい人に違いない。だから誰か外から圧力をかけた人々が
いるのだという逃げ方は、今度はその人々もいい人達だったら、その時はどこに
尻を持っていくのという方向に向かう。これってキリがないよ。そうではなくて
この場合はキメラのできる細胞があるという証拠を探さないといけないのさ。そして
今和モガさんやTSさんやアルイミオウジさんが検証しているのがその細胞の性質だ。
そしてそれは既存のESではないよということが分かりつつあるわけだ。それは
小保方さんの細胞がちゃんとあるという証拠である可能性が示されたんだけど
その細胞がキメラのできる細胞であるという証拠はそこからは導き出せないよね。

942 閲覧者 :2018/01/09(火) 11:14:03
丹羽論文は出来なかったと書いてるね。

943 一言居士 :2018/01/09(火) 11:21:54
和モガさんは丹羽さんが
>>
Klf4 expression was detected in all samples, which may reflect its expression in liver cells, and thus serves as a positive control in this assay.

と書いているところのコンテクストを離れて、そもそもKlf4は肝臓の細胞由来ではないと噛みついたんだな。

944 閲覧者 :2018/01/09(火) 11:29:08
今もう一度確認に行ったら、また更新されていて、キメラができるんじゃないかと
書かれているね。
我々は小保方さんの作った細胞は本物だが、キメラができないと思っているからこそ、ここで
できたからにはntES化されているんだと立論している。でも彼らは論文のままで
できたと信じているんだね。だからこの場合は出来ているのにどうして取り消しになったのかと
言うことの経緯を説明しなければならないな。

945 小野小町 :2018/01/09(火) 11:33:12
彼らは専門屋さんたちで科学的な事実確認に夢中だから、ここは学さんが
こちらの方向で仮定を置いて誰が圧力団体だったのかということを追い詰めて
行けばいいのよね。そしたら私たちにも分かりやすくなるわね。

946 在原業平 :2018/01/09(火) 11:36:51
そうだねえ。我々は我々でntES論の詳細を詰めていくから、彼女には陰謀論の方を
追及して行って欲しいな。事実は一つだよ。間違っていたらどこかで必ず行き詰るから
修正されていくはずだ。我々の真の目標は事件の全貌解明だからね。

947 小野小町 :2018/01/09(火) 11:47:41
陰謀論は若山さんが抵抗したらこの事件が捏造だとされることは無かったんだから
その意味では若山さん犯人説の一つであることは免れないわね。ここは学さんにも
確認しといて欲しいわね。そして、学さん達が間違っていたことが証明され、そして
私たちのntES論も間違っていることが明らかになった時は、小保方さんが犯人で
あったという結論に戻るかも知れないことも確認しておいてほしいわ。
お昼よ。

ヴェルディは耳について鳴りやまなくなるからバッハを聞いて忘れましょ。
youtube.com/watch?v=yPTyNv2ivzg

948 河岸を替えて呑み直しだぜ。 :2018/01/09(火) 11:53:34
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949 名無しさん :2018/01/12(金) 04:41:18
近交系とは、主に兄妹・姉弟同士の近親交配を20世代以上継続して得られた、遺伝子的なバックグラウンドを揃えた動植物の系統のことである。近交系は、特に実験動物において個体差を少なくするために用いられる。近親交配を20世代以上繰り返しているために、近交系の個体は0.01%のヘテロ接合の遺伝子しか持たない。そのために、遺伝的にはほぼ同一の個体であるみなすことができる。
マウスの近交系は1909年にジャクソン研究所のC.C Littleによって作成されたDBA系統である。現在主に用いられるのは、DBA/2、C57BL/6、BALB/cなどがある。
特殊な近交系
セグリゲイティング近交系
セグリゲイティング近交系とは、特定の遺伝子座のみをヘテロに保ちながら近親交配を継続した系統である。あるミュータントを維持する場合などに用いる。
コアイソジェニック近交系
突然変異におよって一つの遺伝子座のみが異なっている系統である。系統を表す際には突然変異を起こした系統に変異を起こした遺伝子を付して記する。
(例:C3H/HeJNem-rufはC3H/HeJNemにおいてrough furが変異したマウスの系統である)
リコンビナント近交系
二つの近交系から交配を行い、その子の近親交配を行い再び近交系としたもの。 元となった系統を表す略語を大文字Xでつなぐことで表記する。
(例:CXBはC57BL/6JとBALB/cの交雑に由来するリコンビナント近交系である)
おまけ
遠藤の過去の意味深な、仲間とのTwitterでの発言
「分からないの? 私がゲノムを読めば読むほど、ここのB6がBALB/cとの交雑してたってことを証明することになるのよ。」←お前はゲノム解析しながらリコンビナント近交系だと知ってったんかい。中途半端で解析を終らすとこはお前の真骨頂だな。

950 ほう。 :2018/01/12(金) 05:19:56
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