タンパク質の研究掲示板

1：タンパク質研究掲示板：2011/11/23(水) 06:10:00: （＊）「学問の探究本情報勉強掲示板 BBS」
http://gakumoninfo.seesaa.net/

（＊）タンパク質 - Wikipedia
タンパク質（蛋白質、たんぱくしつ、protein）とは、L-アミノ酸が多数連結（重合）してできた高分子化合物であり、生物の重要な構成成分のひとつである。学術用語としては「タンパク質」と表記する。

（＊）日本蛋白質構造データバンク
http://www.pdbj.org/index_j.html
日本蛋白質構造データバンク（PDBj: Protein Data Bank Japan）は、JST-NBDCと大阪大学の支援を受け、米国RCSB、BMRB、および欧州PDBeと協力して、生体高分子の立体構造データベースを国際的に統一化されたPDBアーカイブとして運営するとともに、様々な解析ツールを提供。

（＊）田中耕一記念質量分析研究所
http://www.shimadzu.co.jp/aboutus/ms_r/
最新の学会発表、論文リスト、ノーベル賞と質量分析10の質問、

（＊）田中耕一著書「生涯最高の失敗」
http://www.amazon.co.jp/gp/product/4022598360/ref=as_li_tf_tl?ie=UTF8&tag=heartlinks-22&linkCode=as2&camp=247&creative=1211&creativeASIN=4022598360
ノーベル賞受賞の発端となった実験上の失敗など。

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（＊）「タンパク質の立体構造入門」
http://www.amazon.co.jp/gp/product/4061538810/ref=as_li_tf_tl?ie=UTF8&tag=heartlinks-22&linkCode=as2&camp=247&creative=1211&creativeASIN=4061538810
タンパク質の構造の基礎から説き起こし、構造決定法や構造バイオインフォマティクスまでを丁寧に解説する。タンパク質の機能の理解には、立体構造が欠かせない。
＜内容、目次＞
第1章　タンパク質構造の基礎
第2章　タンパク質構造の物理化学
第3章　タンパク質の立体構造の特徴抽出と構造比較
第4章　タンパク質の配列・構造・機能の関係
第5章　アミノ酸配列からの構造予測とデザイン
第6章　分子シミュレーション的な技法
第7章　立体構造決定法
2：スポーツドリンク：2011/11/23(水) 06:35:31: スポーツドリンク「アミノバイタル」
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分岐鎖アミノ酸BCAA・アルギニン2000mgとミネラルを配合した、すっきり飲みやすいスポーツドリンクです。

＜原材料・成分＞
果糖、塩化Na、クエン酸、香料、アルギニン、ロイシン、イソロイシン、バリン、乳酸Ca、リン酸K、塩化Mg、クエン酸Na、甘味料(アスパルテーム・L-フェニルアラニン化合物、スクラロース)、塩化K
3：タンパク質掲示板：2011/11/23(水) 06:39:35: （＊）　「タンパク質研究なるほどQ&A」
http://www.amazon.co.jp/gp/product/4897064880/ref=as_li_tf_tl?ie=UTF8&tag=heartlinks-22&linkCode=as2&camp=247&creative=1211&creativeASIN=4897064880

タンパク質研究で知っておきたい手法を幅広くカバー。確実に押さえておきたい基本や失敗の理由、研究のハードルを越えるヒントを100の回答で解説。知識を深める50の用語解説も掲載。

＜内容、目次＞
［第１部　タンパク質研究を始める前に知っておきたいこと］

1章　タンパク質の基本的な性質に関するQ&A
1　タンパク質にはどれくらいの種類があるのですか？【平野　久】
2　タンパク質は安全なものですか？毒性はないのですか？【戸田年総】
3　水に溶けやすいタンパク質と溶けにくいタンパク質では，どこが違うのですか？【中村和行】
4　タンパク質の等電点と分子量とは何ですか？【戸田年総】
5　タンパク質の立体構造について基礎的なことを教えてください【戸田年総】
6　タンパク質の局在性はどのようにして決められているのですか？【中村和行】

2 章　タンパク質の分析・研究に関する基本知識
7　タンパク質の分析を始めるときに適切な教科書やマニュアル，そろえるべき器具・試薬類があれば教えてください【岩船裕子】
8　組織などの試料からタンパク質を抽出して機能解析するまでの大まかな流れを教えてください【岩船裕子】
9　タンパク質精製の流れと方法を教えてください【宮崎　香】
10　タンパク質の定量法（濃度測定法）を教えてください【真鍋　敬】
11　共用のタンパク質精製機器を使用するときに，コンタミを起こさないようにするための注意点を教えてください【岩船裕子】
12　プロテオーム研究とはどのような研究なのでしょうか？【戸田年総】
＊サンプルの調整法に関すること
13　細胞からタンパク質を抽出する際に，細胞内小器官の分画をするにはどうすればよいですか？【岩船裕子】
14　微量の生体試料からロスなくタンパク質を抽出するにはどうすればよいですか？【岩船裕子】
15　タンパク質を抽出する際の最適なバッファー，界面活性剤の選択や濃度の設定法などを教えてください【中村和行】
16　細胞からタンパク質を抽出するためにソニケーション（超音波破砕）をするときの注意点を教えてください【戸田年総】
17　抽出したタンパク質の濃縮はできますか？【亀山一央】
18　抽出したタンパク質の保存法について，一般的な注意点を教えてください【宮崎　香】
19　一度抽出したタンパク質は凍結融解のくり返しにどのくらい耐えるのでしょうか？【東　昌市】
20　一度沈澱させたタンパク質が溶けなくなってしまいました．沈澱や再溶解で注意する点を教えてください【東　昌市】
21　電気泳動の前にタンパク質溶液の脱塩を行いたいのですが，どのような方法がよいか教えてください【戸田年総】

　　　（以下、続く）
4：タンパク質掲示板：2011/11/23(水) 06:41:10: ［第２部　タンパク質の分離分画・検出法］
3 章　カラムクロマトグラフィーに関するQ&A
22　分子量と等電点がわかっていると，クロマトグラフィーでの精製条件が決めやすいのはなぜですか？【宮崎　香】
23　クロマトグラフィーで精製するときの手法やカラムの選び方について教えてください【菊島　真／番澤貴子】
24　吸着ロスを防ぐポイントを教えてください【真鍋　敬】
25　マイクロLC，キャピラリーLCのそれぞれの利点を教えてください【真鍋　敬】

　　　（以下、続く）
5：タンパク質掲示板：2011/11/23(水) 06:41:27: 4 章　電気泳動に関するQ&A
＊等電点電気泳動に関すること
26　等電点電気泳動の原理を教えてください【真鍋　敬】
27　電気泳動の電流や電圧を決める際の考え方を教えてください【戸田年総】
28　等電点マーカーを選ぶ際の基本事項を教えてください【戸田年総】
29　等電点電気泳動を行うときの温度は何度くらいがよいでしょうか？【戸田年総】
30　等電点電気泳動中に電流が流れなくなりました．どうしたらよいですか？【戸田年総】
31　IPGゲルに目的のタンパク質がうまく入っていきません．どうすればよいですか？【岩船裕子】
32　等電点が非常に高いヒストンやリボソームを等電点電気泳動したいのですが，どうすればよいですか？【岩船裕子】
＊SDS電気泳動に関すること
33　SDS電気泳動の原理を教えてください【真鍋　敬】
34　アクリルアミドゲルのT％濃度とC％濃度の意味を教えてください【戸田年総】
35　濃度勾配ゲルの作り方を教えてください【真鍋　敬】
36　市販の分子量マーカーを使うときの注意点があったら教えてください【真鍋　敬】
37　SDS電気泳動のときの電極液としてはグリシン系とトリシン系のどちらがベターですか？【戸田年総】
38　SDS電気泳動のときにコンタミを起こさずにサンプルをアプライするコツがあったら教えてください【戸田年総】
39　どうしてもスマイリングを起こしてしまいます．どこに問題があるのでしょうか？【戸田年総】
＊二次元電気泳動に関すること
40　二次元電気泳動の原理を教えてください【岩船裕子】
41　血清タンパク質からアルブミンや免疫グロブリンを除去する方法を教えてください【中村和行】
42　二次元電気泳動の再現性を向上させるにはどのようにしたらよいでしょうか？【戸田年総】
43　2D-DIGEの原理と定量性について教えてください【荒木令江】
44　DIGE用の試料調製法を教えてください【荒木令江】
45　二次元電気泳動の画像解析ソフトを選ぶときのポイントがあったら教えてください【戸田年総】
46　蛍光染色したゲルからタンパク質のスポットを切り出したいのですが，何かよい方法はありませんか？【戸田年総】
47　二次元電気泳動のスポットの位置が，データベースから計算で求められた理論的な等電点や分子量と異なることがあるのはどうしてですか？【真鍋　敬】
＊ウエスタンブロットに関すること
48　ウエスタンブロット法について教えてください【安光英太郎】
49　ウエスタンブロット法の操作上の注意点を教えてください【安光英太郎】
50　ウエスタンブロッティングを行いたいのですが，転写はセミドライ式とタンク式のどちらがよいですか？【戸田年総】
51　ウエスタンブロット法でシグナルの特異性を判定する方法や対処法を教えてください【安光英太郎】
52　ウエスタンブロットで検出されたタンパク質を同定したいのですが，どのような方法がありますか？【戸田年総】
53　ウエスタンブロット法で目的のタンパク質を定量するときに気をつけるところを教えてください【安光英太郎】
54　高分子量タンパク質の効率的な転写法や転写せずにゲル内で抗体検出する方法を教えてください【岩船裕子】
55　CBBで染色してしまったゲルを使ってウエスタンブロットを行いたいのですが大丈夫でしょうか？【戸田年総】
＊染色に関すること
56　タンパク質のゲル内染色法について教えてください【戸田年総】
57　銀染色を行うときにゲル全体が黒くなってしまいます．どうしたらバックを下げることができますか？【戸田年総】
58　銀染色でバンドやスポットが白く抜けることがありますが，どうしてでしょうか？【戸田年総】
59　染色を行うときにゲルが壊れてしまいます．ゲルを壊さないコツがあったら教えてください【戸田年総】
60　Pro-QR DiamondとSYPROR Rubyの二重染色でリン酸化を解析する際の，コツを教えてください【戸田年総】
＊その他の電気泳動に関すること
61　非変性電気泳動の原理と実際のやり方を教えてください【真鍋　敬】
62　アフィニティー電気泳動と免疫電気泳動の原理と種類を教えてください【中村和行】
63　フリーフロー電気泳動について教えてください【小林直之】
64　マイクロチップ電気泳動法のしくみと性能について教えてください【中村和行】
65　アフィノフォレシスとは何でしょうか？【志村清仁】

　　　（以下、続く）
6：タンパク質掲示板：2011/11/23(水) 06:42:12: 5 章　組換えタンパク質の発現と調製に関するQ&A
66　これから組換えタンパク質を作りたいので，必要な許認可の手続きや設備について教えてください【杉浦重樹】
67　無細胞翻訳系を用いて組換えタンパク質を作るとき，どうすれば合成効率を高めることができますか？【遠藤弥重太／澤崎達也】
68　大腸菌で可溶性の組換えタンパク質を可溶性で発現させるための工夫とは？【松尾雄志】
69　大腸菌で発現させた組換えタンパク質を精製するときの注意点とは？【松尾雄志】
70　封入体となった組換えタンパク質の可溶化と組換えタンパク質の再生とは？【松尾雄志】
［第３部　タンパク質の同定法，構造解析法と相互作用解析法］

6 章　タンパク質の同定に関するQ&A
71　ペプチドマスフィンガープリンティング法とペプチドシークエンスタグ法の違いを教えてください【高山光男】
72　質量分析のサンプル調製法を教えてください【川村　猛／西村俊秀】
73　質量分析によるアミノ酸配列決定の原理を教えてください【高山光男】
74　精製したタンパク質のN末端がブロッキングされてる場合，アミノ酸配列はどのようにして決めればよいのでしょうか？【岩船裕子】
＊ゲルからの抽出，ゲル内での消化に関すること
75　ゲルからタンパク質を抽出する方法を教えてください【岩船裕子】
76　ゲル内でタンパク質を消化する方法（in gel消化法）について教えてください【戸田年総】

　　　（以下、続く）
7：タンパク質掲示板：2011/11/23(水) 06:42:42: 7 章　タンパク質・ペプチドの質量分析に関するQ&A
77　タンパク質・ペプチドの分析に適した質量分析装置の特徴と使い分けを教えてください【高山光男】
78　質量分析でタンパク質発現の定量はできますか？【高山光男】
79　質量分析で精製・分離したタンパク質の分子量（質量）を測定することはできますか？【高山光男】
80　LC-MSについて教えてください【藤井清永，西村俊秀】
81　質量分析に悪影響を及ぼす混入物を教えてください【川村　猛／西村俊秀】
82　タンパク質同定をLC-MS/MSの自動連続分析で行いたいのですがどうすればよいでしょうか？【藤井清永／西村俊秀】
83　タンパク質の分析にはMALDI法とESI法のどちらが適しているのですか？【高山光男】
84　MALDIのマトリックスの選び方を教えてください【山田真希】
85　ショットガン法について教えてください．また，ショットガン法で定量分析はできますか？【西村俊秀】

8 章　タンパク質の翻訳後修飾に関するQ&A
86　タンパク質の多くは翻訳後に修飾を受けているといいますが，どのような修飾があるのか教えてください【平野　久】
87　タンパク質の翻訳後修飾のそれぞれに最適な解析方法を教えてください【平野　久】
88　質量分析計を用いてリン酸化タンパク質を解析したいのですが，方法を教えてください【戸田年総】
89　リン酸化ペプチドの濃縮法について教えてください【亀山一央】
90　MS以外の糖タンパク質の検出法を教えてください【中村和行】
91　ジスルフィド結合の存否を調べるにはどうしたらよいですか？【矢野裕之】

　　　（以下、続く）
8：タンパク質掲示板：2011/11/23(水) 06:43:22: 9 章　データベースの利用法に関するQ&A
92　インターネットを利用してタンパク質を同定したいのですが，やり方がわかりません．どうすればよいでしょうか？【戸田年総】
93　インターネットを利用してタンパク質の立体構造を調べる方法を教えてください【戸田年総】
94　ネットで公開されているデータベースに自分のデータを入れてもらうことはできるのですか？【戸田年総】
95　タンパク質の相互作用をインターネットで調べたいのですがどうすればよいのでしょうか？【藤渕　航】
10 章　タンパク質の相互作用に関するQ&A
96　タンパク質相互作用の基盤となっている分子機構について教えてください【戸田年総】
97　タンパク質複合体の解析法について教えてください【平野　久】
98　SPR法について教えてください【橋本せつ子】
99　DPI技術（Dual Polarization Interferometry : 二面偏波式干渉法）について教えてください【中村徳雄】
100　two-hybrid法について教えてください【亀井　翼】

　　　（以下、続く）
9：タンパク質掲示板：2011/11/23(水) 06:43:49: ［付録］
知識を深める50の用語解説
01　affinity chromatography（アフィニティークロマトグラフィー）
02　antibody array（抗体チップ）
03　chemical proteomics（ケミカルプロテオミクス）
04　differential display（ディファレンシャルディスプレー）
05　disease proteomics（疾患プロテオミクス）
06　Expert Protein Analysis System（ExPASy）
07　expression proteomics（発現プロテオミクス）
08　focused proteomics（フォーカストプロテオミクス）
09　fragment ion（フラグメントイオン）
10　functional linkage analysis（機能リンケージ解析）
11　functional proteomics（機能プロテオミクス）
12　glycomics（グライコミクス）
13　green fluorescein protein（GFP）
14　histidine-tail fusion protein（His-Tagタンパク質）
15　homologue（ホモログタンパク質）
16　immobilized metal affinity chromatography method（IMAC法）
17　immobilized pH gradient gel（IPGゲル）
18　interactome（インタラクトーム）
19　ion trap（イオントラップ）
20　isoforms（アイソフォーム）
21　isotope-coded affinity tag（ICAT）
22　isotopic ion（同位体イオン）
23　MASCOT
24　matrix（マトリックス）
25　modificomics（モディフィコミクス）
26　monoisotopic mass（モノアイソトピック質量）
27　monolithic columns（モノリスカラム）
28　neutral loss scan（ニュートラルロススキャン）
29　parent ion（親イオン）
30　peptide mass fingerprinting（ペプチドマスフィンガープリンティング）
31　peptide sequence tag（ペプチドシークエンスタグ）
32　peptidome（ペプチドーム）
33　pharmacoproteomics（ファルマコプロテオミクス）
34　phosphoproteomics（ホスホプロテオミクス）
35　post-source decay（ポストソース分解）
36　principal ion（主イオン）
37　product ion scan（プロダクトイオンスキャン）
38　protein array（プロテインアレイ）
39　protein cluster（タンパク質クラスター）
40　protein ladder sequencing（プロテインラダーシークエンシング）
41　protein profilling（プロテインプロファイリング）
42　protein signiture（プロテインシグニチャー）
43　protein-chip（プロテインチップ）
44　puromycin method（ピューロマイシン法）
45　reduced alkylation（還元アルキル化）
46　reverse proteomics（リバースプロテオミクス）
47　shotgun proteomics（ショットガンプロテオミクス）
48　structural proteomics（構造プロテオミクス）
49　tandem affinity purification（タンデムアフィニティー精製法）
50　top-down proteomics （トップダウンプロテオミクス）

http://www.amazon.co.jp/gp/product/4897064880/ref=as_li_tf_tl?ie=UTF8&tag=heartlinks-22&linkCode=as2&camp=247&creative=1211&creativeASIN=4897064880
10：タンパク質研究掲示板：2011/11/23(水) 06:48:57: タンパク質ナノモーターの回転軸の詳細構造を解明－骨粗鬆症に関与する酵素の活性調節領域を同定－
2011年11月15日
http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/news_data/h/h1/news6/2011/111115_1.htm

　岩田想医学研究科教授、村田武士千葉大学大学院理学研究科特任准教授（独立行政法人理化学研究所生命分子システム基盤研究領域客員研究員）らは、タンパク質ナノモーターであるV型ATPaseの回転軸の詳細構造を世界で初めて解明しました。これによりV型ATPaseの活性調節に関わる新たな領域が明らかになりました。本研究結果は、骨粗鬆症などの疾病に関与するV型ATPaseの活性調節機構の解明に繋がるものと期待されます。

　本研究は文部科学省ターゲットタンパク研究プログラム、文部科学省科学技術振興調整費等の支援を受け、横山茂之理化学研究所生命分子システム基盤研究領域長、西條慎也東京理科大学基礎工学研究科助教、山登一郎同教授らとの共同研究として行われました。本研究成果は、米国科学雑誌「米国科学アカデミー紀要（PNAS）」電子版にて公開されます。

　V型ATPaseは、細菌からヒトまで多くの生体膜中に存在し、水素イオンを運ぶことで膜内外のpHを調整しています。V型ATPaseは骨の形成に関わる破骨細胞やがん細胞の細胞膜にも存在しており、骨粗鬆症やがん細胞の増殖・転移に関与していることが分かっています。そのため、V型ATPaseの分子メカニズムを知ることは、これら疾病の理解や創薬への応用に繋がる重要な知見になると考えられます。本研究では、V型ATPaseの活性調節のメカニズムを明らかにすることを目的に、V型ATPaseの回転軸であるDF複合体の立体構造の解明を試みました。
11：タンパク質研究掲示板：2011/11/23(水) 06:51:41: 野出佐大教授ら、糖尿病抑制するタンパク質を解明
ttp://www.saga-s.co.jp/news/saga.0.2084408.article.html

　佐賀大学医学部循環器内科の野出孝一教授らの研究グループは、細胞の炎症を抑えるタンパク質が、糖尿病の原因である膵臓（すいぞう）の慢性炎症の抑制に効果があることをマウス実験で解明し、米国病理学会誌電子版に発表した。グループは「従来の治療薬は対症療法だったが、糖尿病の発症原因に直接効く新薬開発につながる」としている。
　
　糖尿病は、血糖を下げるインスリンというホルモンの作用が低下し、血糖値が異常に高くなる病気。インスリンを分泌する膵臓の慢性炎症が、糖尿病の進行に関与していることが分かっている。
　
　研究グループは、細胞レベルで炎症を抑制するタンパク質インターロイキン（ＩＬ）２７に着目した。遺伝子操作でＩＬ２７が働く受容体を欠損させたマウスと、ＩＬ２７自体を欠損させたマウス、普通のマウスの３種類に、人工的に糖尿病を発症させ、ＩＬ２７を投与。受容体の欠損マウス以外の２種類は膵臓の炎症やインスリンの分泌、血糖値が大幅に改善した。２００４年から２００匹以上のマウスで実験し、ＩＬ２７が糖尿病を抑える有意なデータを得た。
　
　これまでの糖尿病薬はインスリン分泌促進薬かインスリンの感受性を高めるタイプしかなく、直接インスリンを注射しても、十分に血糖をコントロールできなかった。研究グループは、すでに大手製薬会社と共同でＩＬ２７の受容体を活性化する薬の研究を進めている。
　
　糖尿病は、動脈硬化によって脳梗塞や心筋梗塞など深刻な合併症を引き起こすが、研究グループはＩＬ２７がこれら血管の炎症も抑制することを実験で確認しており、来年３月の日本循環器学会で発表する予定。野出教授は「新薬は糖尿病自体にも、合併症にも効果があり、経口薬で患者への負担も少ない。大動物への応用や治験を経て、５～１０年後の実用化を目指したい」と語る。
12：タンパク質研究掲示板：2011/11/23(水) 06:53:07: 血液検査の感度１００倍　ノーベル賞・田中耕一さんらが新技術開発
ttp://www.sankeibiz.jp/compliance/news/111108/cpc1111082143001-n1.htm

　健康診断などで行う血液検査の感度を従来の１００倍に高める新技術を、ノーベル化学賞受賞者で島津製作所フェローの田中耕一さん（５２）らが開発し2011年11月８日、発表した。血液１滴でがんや生活習慣病などを早期診断したり、画期的な治療薬の開発につながる成果という。

　記者会見した田中さんは「今まであきらめていたものが、これで見えてくる。大きな自信を持って紹介できる」と笑顔で語った。

　田中さんらは、病気にかかると体内で新たな種類のタンパク質が作られ、その発見が診断や治療につながることに着目。人の免疫反応で重要な役割を果たす抗体を使って、１０万種類以上のタンパク質から病気に関係するものだけを素早く見つけ出す方法を開発した。

　２本の腕を広げたようなＹの字形をしている抗体の中心部に、バネのような構造を人工的に作製して取り付け、腕が自在に動いて目的のタンパク質を探し出せるようにした。この抗体を使って検査したところ、アルツハイマーの原因物質とみられるタンパク質を従来の１００倍の感度で見つけ出すことに成功した。

　田中さんが開発し、平成１４年のノーベル賞受賞理由となった質量分析装置でこうしたタンパク質を解析すれば構造が判明し、治療薬開発も期待できるという。

　東京大客員教授も務め多忙な田中さんは「まだやりたいことがたくさんある。実験が好きなので続けていきたい」。日本の科学技術については「数多くの研究が世界の最先端を行っている。もっと自信を持ってよいと思う」と強調した。
13：Life Application Study Bible KJV, Personal Size pdf：2014/06/03(火) 03:46:15: If you!￣d like an almost endless supply of FREE books delivered directly to your iBooks, Kindle, or Nook app - <a href="http://www.cukbooks.com">PDF EBOOK FREE DOWNLOAD</a> - or almost any other eBook reader app -- then you!￣ll want to install eBook Search right now.
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