toolフォルダのmux.batの1045行目
if %INPUT_FILE_SIZE% LEQ %P_MAX_FILESIZE% set PRESET_S_ENABLE=true
を
set PRESET_S_ENABLE=true
にする。(こちらなら、ファイルサイズの制限はなし)
もしは、もしも、ニコニコ動画に上げるつもりがなく、ファイルサイズ制限は気にしないのなら
settingフォルダのenc_setting.batで
set DEFAULT_SIZE_PREMIUM=100
を
set DEFAULT_SIZE_PREMIUM=2048
にすれば、2GBまでなら、プリセットsを使用できます。